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1.
《畜牧兽医学报》2018,(11)
旨在了解骆驼属在缺水条件下组织环境适应机制。本研究选取6峰6～9岁的成年阿拉善双峰驼,随机分为2组,第一组为对照组(colon1_3),正常采食饲料与水;第二组为禁水组(colon3),不给骆驼饮水,其他处理(饲草量)与对照组相同,禁水24d。采用Illumina HiSeq 2000测序平台通过对禁水(试验组)与正常饮水(对照组)条件下双峰驼结肠组织进行转录组测序,并对转录组数据进行质控、比对、差异表达、GO和KEGG分析。结果显示,禁水组与对照组比较共获得差异表达基因2 122个,其中上调表达基因813个,下调表达基因1 309个。GO分析结果显示,禁水组下调表达基因最为显著富集的条目有30条,上调表达基因中未得到统计学意义的富集条目。KEGG富集分析显示,禁水组下调表达基因显著富集到剪接体、蛋白外排、内质网蛋白合成过程、RNA转运、核糖体合成、mRNA检测、RNA降解代谢途径;上调表达基因富集到的通路包含局部细胞黏连、溶酶体功能等。上述结果表明,禁水环境下,结肠组织下调表达基因多于上调表达基因,下调表达基因多参与RNA加工和蛋白质合成,这些功能有利于骆驼在缺水环境下,减少RNA的合成,降低结肠组织的代谢速率。 相似文献
2.
本研究采用RNA-seq技术对60(DS)、90(DN)、120(DT)、150(DF)日龄沙子岭猪睾丸组织进行转录测序，筛选差异表达基因并进行功能注释，从而为进一步研究猪睾丸组织发育和精子生成的分子调控机制奠定理论基础。结果表明，各文库获得的序列数量共计1 095 135 628条，164.26 GB，其中比对至猪参考基因组的序列比例为73.07%～75.64%，共有25 491条转录本，对应21 606个基因；DN VS. DS组的差异表达基因数量为1 606个，其中1 216个上调基因显著富集于40条GO项，390个下调基因显著富集于166条GO项；DT VS. DN组的差异表达基因数量为180个，其中97个下调基因显著富集于37条GO项；DF VS.DT组的差异表达基因数量为438个，其中243个下调基因显著富集于22条GO项。说明沙子岭猪睾丸组织发育过程中基因表达存在明显差异，尤其是60日龄至90日龄期间，这些差异表达基因可为进一步研究沙子岭猪睾丸组织发育和精子生成的分子机制提供参考依据。 相似文献
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旨在筛选藏鸡和大恒肉鸡胚胎期骨骼肌差异表达的mRNA和lncRNA,并构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,为进一步探讨两个鸡品种骨骼肌生长发育速度的差异机制奠定基础。随机选取已孵化18 d的藏鸡和大恒肉鸡胚胎各3个,采集胚胎腿肌组织进行转录组测序。筛选两个品种中差异表达的mRNAs和lncRNAs,对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并对lncRNA的靶标miRNA以及靶向mRNA的miRNA进行预测,筛选与肌肉发育相关的mRNA和lncRNA构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,最后利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对测序结果进行验证。结果显示,共有106个mRNAs在两个品种中差异表达,其中上调表达mRNAs 48个,下调表达mRNAs 58个。差异表达lncRNAs共有28个,其中10个上调,18个下调。差异表达mRNA的GO富集结果显示,骨骼肌细胞分化条目被显著富集,KEGG富集分析中脂质代谢通路被显著富集。lncRNA靶基因的KEGG富集结果显示,在10个显著富集通路中,有基因显著富集于类固醇生物合成和脂肪酸生物合成等与脂质代谢... 相似文献
4.
藏鸡不同发育阶段腿部肌肉组织转录组及microRNA联合分析 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在从转录组和miRNA角度探讨藏鸡肌肉发育的调控机制,了解藏鸡肌肉发育的特殊性。本研究对120和150日龄藏鸡的肌肉组织进行转录组和small RNA测序,筛选出两个日龄阶段差异表达的基因和miRNA,并利用qRT-PCR技术对测序结果进行验证。结果,共筛选出1 691个差异表达基因,其中上调基因330个,下调基因1 361个。差异表达miRNA共有22个,其中9个上调,13个下调。随机选择的5个基因和miRNAs的qPCR验证结果表明表达趋势与测序结果一致。GO富集分析显示,在富集前10的条目中,与免疫相关的条目占较大比例。KEGG分析结果显示,在19个显著富集通路中,与免疫相关的通路占较大比例,且83个miRNA的靶基因出现在显著富集通路上。转录组和small RNA测序数据联合分析表明,343个miRNA-mRNA对为负相关调控模式。本研究从多组学层面为进一步理解藏鸡的肌肉发育提供了理论基础。 相似文献
5.
旨在对高、低乳脂率奶牛乳腺上皮细胞(BMECs)转录组测序的mRNA表达谱数据进行深入分析,挖掘影响奶牛乳脂代谢的关键候选基因。本研究采用Illumina PE150方法对乳脂率具有极端差异的荷斯坦奶牛(高、低乳脂组各4头)的BMECs进行转录组测序,以P<0.05和|log2FoldChange|≥1.5为阈值筛选差异表达基因,并利用KOBAS在线网址进行功能富集分析,最后通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析测序结果的准确性及乳脂代谢相关差异表达基因的组织表达谱。结果表明,在高、低乳脂组之间共发现578个差异表达基因,包括332个上调差异表达基因,246个下调差异表达基因。功能富集分析共确定了包含生物学过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)的366个显著富集的GO条目(P<0.05),其中与脂代谢密切相关的GO条目有长链脂肪酸的运输、脂肪细胞分化的正向调节、乳腺肺泡发育、花生四烯酸的结合等。差异表达基因显著富集到47条KEGG通路(P<0.05),参与脂代谢的通路有15条,分别为脂肪细胞内脂解的调节、磷脂酶D信号通路、河马... 相似文献
6.
《畜牧兽医学报》2019,(12)
旨在从转录组和miRNA角度探讨藏鸡肌肉发育的调控机制,了解藏鸡肌肉发育的特殊性。本研究对120和150日龄藏鸡的肌肉组织进行转录组和small RNA测序,筛选出两个日龄阶段差异表达的基因和miRNA,并利用qRT-PCR技术对测序结果进行验证。结果,共筛选出1 691个差异表达基因,其中上调基因330个,下调基因1 361个。差异表达miRNA共有22个,其中9个上调,13个下调。随机选择的5个基因和miRNAs的qPCR验证结果表明表达趋势与测序结果一致。GO富集分析显示,在富集前10的条目中,与免疫相关的条目占较大比例。KEGG分析结果显示,在19个显著富集通路中,与免疫相关的通路占较大比例,且83个miRNA的靶基因出现在显著富集通路上。转录组和small RNA测序数据联合分析表明,343个miRNA-mRNA对为负相关调控模式。本研究从多组学层面为进一步理解藏鸡的肌肉发育提供了理论基础。 相似文献
7.
为了探究冷刺激对民猪脂肪细胞代谢的影响,试验以体外培养的前脂肪细胞为试验材料,通过添加终浓度为1 000 nmol/L的肾上腺素模拟冷刺激环境,同时设置未添加肾上腺素的对照组,诱导分化7 d后收集细胞进行转录组测序(RNA-seq)分析,筛选出表达水平发生变化的差异基因,对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,最后通过qRT-PCR验证试验检测RNA-seq结果的准确性。结果表明：肾上腺素会改变脂肪细胞中基因的表达模式,引起128个基因显著上调,93个基因显著下调,其中游离脂肪酸受体4(FFAR4)基因上调倍数最大,为4.63倍。对差异表达基因进行GO功能注释,在分子功能注释分析中有8个条目显著富集,在生物过程注释分析中有128个条目显著富集,在细胞组分注释分析中无显著富集的条目。对差异基因进行KEGG信号通路富集分析,仅神经活性配体-受体相互作用通路被富集。说明肾上腺素可以改变脂肪细胞原有的代谢模式,与脂肪酸代谢和糖原合成等相关的基因发生了显著变化,同时细胞内外的信号转导也发生了改变。 相似文献
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为探究高低海拔斑头雁肺脏差异表达基因和差异代谢通路的变化,基于Illumina NovaSeq 6000测序平台对斑头雁肺脏组织进行转录组测序,分析差异表达基因,利用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证,进一步对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果:与高海拔组斑头雁肺脏相比,筛选出差异表达基因84个,其中上调差异表达基因51个,下调差异表达基因33个。经GO功能注释后富集到21个显著性GO功能,"生物过程"显著富集到11个条目,涉及代谢过程以及内源性刺激的应答等。"细胞组成"显著富集到1个条目,涉及到细胞外区域。"分子功能"显著富集到9个条目,涉及到酶活性、激素、转录因子、钠离子跨膜转运等。注释到KEGG的显著性富集通路有3条,涉及到糖胺聚糖降解通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路以及丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢通路。本研究结果丰富了斑头雁的基因资源,为该物种海拔适应相关基因的功能研究奠定了基础。 相似文献
9.
丝腺是家蚕合成和分泌丝蛋白的唯一器官，温度在丝腺合成丝蛋白的过程中具有重要调控作用，对蚕丝产量和品质都有重要影响。了解丝腺对饲养温度的响应机制对有效调控熟蚕吐丝有重要借鉴作用，以实用蚕品种贵蚕7号为研究对象，在丝腺发育和丝蛋白合成关键时期(5龄期)分别采用20℃、25℃和30℃不同温度条件进行饲养，并取游走期丝腺进行转录组比较分析。结果发现高温组(30℃)和低温组(20℃)与正常适宜饲养温度组(25℃)相比，共鉴定到109 053个差异表达基因。其中30℃饲养条件下存在67个显著上调表达基因，196个显著下调表达基因；20℃饲养条件下存在101个显著上调表达基因，124个显著下调表达基因。高温组和低温组之间分别存在4个和7个特异差异表达基因。进一步对这些差异基因进行GO和KEGG功能富集分析，发现高温组差异表达基因主要集中于氨基酸代谢、保幼激素代谢和能量代谢等与丝蛋白合成紧密相关的信号通路，低温组差异表达基因主要富集于苯丙素的生物合成、谷胱甘肽代谢等与物质代谢合成相关的信号通路，共同富集的通路主要集中于物质运输和能量代谢。这说明高温和低温胁迫影响丝腺发育或丝蛋白合成分泌的分子途径既存在... 相似文献
10.
旨在筛选雷琼牛与陆丰牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs以及mRNAs,通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的竞争调控网络、搜寻lncRNA顺式靶向调控基因并进行功能预测，挖掘可供提升华南地区地方品种黄牛肉用价值的关键候选基因。本研究随机选取4月龄雌性雷琼牛与陆丰牛各4头，取背最长肌组织用于RNA测序，测序结果使用RT-qPCR验证。筛选两品种黄牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs和mRNAs,用于构建差异表达转录本的竞争调控网络以及搜寻lncRNA顺式靶向调控基因。候选基因使用GO和KEGG富集分析进行功能预测。结果表明，以雷琼牛为对照组，两个品种中存在119个差异表达的lncRNAs,其中73个上调表达，46个下调表达；差异表达的miRNAs共有13个，其中7个上调表达，6个下调表达；差异表达的mRNAs共有599个，其中155个上调表达，444个下调表达。竞争性调控网络中mRNAs的GO富集结果显示，与肌生成相关的条目主要为磷酸化以及膜结构等，KEGG富集结果中与肌生成相关的通路主要为Rap1、MAPK、PI3K-Akt等信号通路。顺式靶向调控基因的GO... 相似文献
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作者旨在研究阿如拉-7味散对感染致病性E.coli O1大鼠肠黏膜机械屏障、免疫屏障和化学屏障的影响。选用60只6～8周龄SD大鼠进行试验,分为空白对照组、未治疗组、环丙沙星组和阿如拉-7味散高(1.08g·kg-1)、中(0.54g·kg-1)、低(0.27g·kg-1)剂量组,共6组,每组10只。试验结束时,计算其保护率,并采集小肠各段进行HE染色,测定小肠黏膜形态指标;同时采集血清和回肠组织,ELISA试剂盒法检测血清中的D-乳酸和二胺氧化酶(DAO)含量以及回肠黏膜中的分泌型免疫球蛋白(sIgA)和肠三叶因子(ITF)含量。结果表明:(1)阿如拉-7味散中剂量对感染致病性E.coli O_1大鼠的保护率最好,为50%;且对小肠黏膜形态有一定的改善和修复作用,其效果与环丙沙星相当;(2)环丙沙星组与空白对照组相比D-乳酸含量无显著差异(P>0.05);阿如拉-7味散高、中剂量组DAO含量与空白对照组相比无显著差异(P>0.05);(3)除阿如拉-7味散低剂量组外,其余各组与未治疗组相比回肠黏膜sIgA含量显著提高(P<0.05);未治疗组大鼠回肠黏膜ITF含量与其余各组相比显著降低(P<0.05)。结果提示,阿如拉-7味散对感染致病性E.coli O_1大鼠引起的肠黏膜损伤有一定的修复作用,其中中剂量(0.54g·kg-1)效果最佳,与抗生素环丙沙星的修复效果相当。 相似文献
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黑皮质素4型受体(melanocortin 4 receptor,MC4R)作为下丘脑参与能量调控过程中的关键性受体,在动物能量代谢调节中被广泛关注。目前,关于该受体在绵羊下丘脑中分布区域的相关报道较少。针对试验过程中MC4R免疫荧光结果不稳定,分布区域不明显的特点,本研究在改进现有MC4R免疫荧光试验方法基础上,对MC4R在绵羊下丘脑的分布区域进行了观察。结果显示,分别经过4%多聚甲醛长时间固定(6 d),Triton X-100(pH≈8.68)长时间通透(2 d),以及3%过氧化氢和0.2 mol/L甘氨酸+0.3%SDS+20%甲醇的预处理后,可以获得稳定且饱满的MC4R免疫荧光结果。MC4R主要分布在绵羊下丘脑的室旁核(arcuate nucleus,ARC)区域,但在弓状核区域并无类似分布。 相似文献
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研究孕酮(P4)对绵羊输卵管上皮细胞β-防御素2(SBD2)基因表达的影响,探讨P4调节SBD2表达的潜在机制。建立绵羊输卵管上皮细胞体外培养体系,用不同浓度(10^-6、10^-7、10^-8、10^-9、10^-10mol/L)P4分别处理绵羊输卵管上皮细胞0、2、6、12、24、48h,筛选P4诱导绵羊输卵管上皮细胞SBD2mRNA表达的最佳条件。然后使用10-6mol/L孕激素核受体拮抗剂RU486,50μmol/L蛋白激酶C(PKC)信号通路阻断剂H7预处理细胞1h,再使用P4诱导SBD2mRNA表达的最佳条件处理细胞,同时设只添加阻断剂(RU486和H7)处理组、只添加孕酮(P4)处理组和空白对照组,通过RT-qPCR技术检测SBD2mRNA的表达变化。10-9mol/LP4诱导绵羊输卵管上皮细胞6h和24h时SBD2mRNA表达显著高于对照组(P<0.01),且与P4组相比,添加RU486和H7后显著抑制了P4诱导的SBD2mRNA的表达水平(P<0.01)。P4以浓度和时间依赖性方式显著增加SBD2mRNA表达,并且诱导可能通过孕酮核受体(PR)介导的基因组途径以及PKC信号通路来提高绵羊输卵管上皮的先天免疫防御能力。 相似文献
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生物土壤结皮（Biological Soil Crusts,BSCS）是荒漠地段广泛分布的地表活性覆盖物,在干旱区生态恢复过程中存在不可替代的多重生态功能。本文从干旱、半干旱地区BSCS形成、演替和分布规律,以及其对土壤理化性质、碳氮固存、抵抗风蚀、水分入渗等多种生态功能的影响等两个方面来阐述国内外BSCS的研究现状,总结BSCS研究中存在的问题,探讨BSCS研究前沿问题和未来趋势,试图在BSCS的生态研究、监测、管理和修复方面提出新的观点和见解,这对进一步开展BSCS相关研究具有重要意义。 相似文献
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建立马肌肉挫伤模型,应用超声学方法,观察肌肉厚度、肌肉血流信号等指标,探索ZD制剂肌肉挫伤的治疗效果。将15匹蒙古马随机分为试验药物组(ZD制剂)、阳性药物组(按摩乳软膏)和阴性对照组(生理盐水),10kg重物于2m高处自由下落捶击肩部肌肉4次,制作肌肉挫伤模型。于造模后2h、1d、3d、5d、7d、10d、15d、25d、30d用超声检测造模部位肌肉厚度、肌肉回声强度、肌肉内部回声和血流信号。在15d治疗期内,ZD制剂组造模部位消肿显著优于阳性药物组和阴性对照组,其中慢性期消肿效果显著优于阳性药物组,表明ZD制剂对肌肉挫伤肿胀有着良好的治疗效果,在慢性期效果更佳;ZD制剂组造模部位的局部肌肉血流信号发展优于阳性药物组和阴性对照组,表明ZD制剂有助于损伤部位新生血管产生和血流量的增加,对肌肉挫伤的治疗有着积极作用。试验表明ZD制剂对肌肉挫伤模型损伤部位消肿、促进血液循环有着显著的促进作用。 相似文献
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ZD制剂为治疗马非开放性软组织损伤的经典验方,为探索其作用机制,通过建立马前肢急性软组织损伤模型,对其进行组织形态学观察,评价ZD制剂对马急性软组织损伤的作用效果,采用免疫组织化学方法检测ZD制剂对VEGF、bFGF在肌肉中表达的影响。用20匹蒙古马随机分为4组,选取左前肢肩部臂部肌肉,制造急性软组织损伤模型。于造模前、后用取样器进行组织取样,制作成石蜡切片,观察其形态学变化,用免疫组织化学方法对阳性细胞分析VEGF、bFGF的表达。结果表明,试验药物组在损伤后的修复能力优于阳性药物组和阴性对照组。表明ZD制剂可通过促进成纤维细胞、毛细血管新生和肌细胞的生成来进行组织的修复再生,试验药物组在损伤后VEGF、bFGF的表达优于阴性对照组和阳性药物组,ZD制剂可能通过提高VEGF、bFGF的表达进行损伤的修复。 相似文献
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为了探索脾酪氨酸激酶(Syk)是否参与酿酒酵母甘露聚糖(S.c M)诱导绵羊瘤胃上皮细胞(ORECs)β-防御素-1(SBD-1)表达的过程,首先利用免疫组化、RT-PCR和免疫荧光等方法检测Syk在ORECs内的表达情况;然后采用qPCR和Western blot方法检测S.c M刺激ORECs后Syk的表达变化,同时用Western blot方法检测Syk的磷酸化水平;接着用3条Syk特异性siRNAs(#1、#2和#3)转染ORECs 24 h后,qPCR检测Syk mRNA的表达变化,筛选出干扰效果最佳的Syk siRNA;最后用效果最佳的siRNA和Syk特异性抑制剂R406分别处理ORECs后,采用qPCR和ELISA检测SBD-1的表达变化,以确定Syk在S.c M诱导SBD-1表达过程中的作用。结果显示:Syk在ORECs内表达;且S.c M刺激ORECs后Syk的mRNA和蛋白表达水平显著高于未刺激组(P<0.01或P<0.05),S.c M刺激ORECs不同时间(5、15、30、45和60 min)均能使Syk发生磷酸化,且刺激15 min后磷酸化水平达到最大(P<0.01);此外,Syk的3条特异性siRNAs转染ORECs后Syk的表达均降低,且Syk siRNA#2的抑制效果最明显(P<0.01);同时Syk siRNA#2和R406均能极显著降低S.c M诱导ORECs SBD-1的表达(P<0.01)。上述结果表明,Syk参与S.c M诱导ORECs SBD-1的表达。 相似文献
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为系统探讨中国西门塔尔牛瘤胃内的微生物多样性及其功能,本试验利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析西门塔尔牛(20月龄,平均体重约为550 kg)瘤胃液样本菌群结构并进行PICRUSt功能预测。结果显示,两组样本通过Illumina Miseq测序平台共获得66 712条优质序列,聚类分析得到1 797个操作分类单元(OTU),经分类学鉴定分属13个门20个纲22个目33个科及59个属;厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群,所占比例分别为62.46%和22.45%;基于属的组成,依次为粪杆菌真核菌群([Eubacterium]_coprostanoligenes_group,9.16%)、瘤胃球菌属_2 (Ruminococcus_2,7.90%)、未知属f型拟杆菌目RF16菌群(norank_f__Bacteroidales_RF16_group,6.23%)、未知属f型瘤胃菌科(norank_f__Ruminococcaceae,4.79%)、理研菌科_RC9菌群(Rikenellaceae_RC9_gut_group,4.72%)、未知属f型拟杆菌目BS11菌群(norank_f_Bacteroidales_BS11_gut_group,4.49%)、瘤胃球菌属_1(Ruminococcus_1,4.43%)等;16S rRNA基因组的PICRUSt功能预测发现,瘤胃菌群功能主要集中在碳水化合物转运及代谢上,可能含有大量的纤维素和木质素降解酶基因。综上,基于16S rRNA基因的高通量测序技术全面揭示了西门塔尔牛瘤胃菌群的多样性,并预测其含有丰富的蛋白质分解、木质纤维素降解酶系,为探索西门塔尔牛瘤胃微生物奠定基础,也为进一步挖掘与某些重要营养生理功能密切相关的瘤胃微生物功能基因提供参考。 相似文献