共查询到19条相似文献，搜索用时 171 毫秒
1.
为探究秀丽白虾Exopalaemon modestus不同地理种群的遗传变异,采用PCR产物纯化测序的方法,分别测定了太湖、鄱阳湖和兴凯湖3个种群共计129个秀丽白虾样品的mtDNA 16S rRNA基因序列。结果表明:在486 bp序列中,检测到10个变异位点,占所测序列的2.06%;共发现8种单倍型,其中太湖种群5种,鄱阳湖种群4种,兴凯湖种群1种;单倍型Ⅰ为太湖和鄱阳湖种群共有,单倍型Ⅳ为鄱阳湖和兴凯湖种群共有,3个种群未有共享单倍型;平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.691 00和0.002 46,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,3个种群间的遗传变异为29.58%,种群内的遗传变异为70.42%,遗传分化系数(Gst)为0.295 8,基因流(Nm)为0.595 2,3个种群间遗传分化存在极显著性差异(P0.01)。本研究结果可为秀利白虾种质资源保护提供基础数据。 相似文献
2.
采用线粒体16S rRNA基因序列测定技术,分析了我国沿海长蛸4个野生群体的遗传结构及其变异。经比对获得了1个长度为512 bp的核苷酸片段,检测到48个变异位点,占分析位点总数的9.4%,45个个体共检测到30个单倍型,单倍型多样性指数H为0.964 6,总体核苷酸多样性指数Pi为0.032 9,表现出较丰富的遗传多样性。AMOVA分析表明,4个长蛸群体间存在较高的遗传分化,82.07%的遗传差异存在于群体间,而仅有17.93%的遗传差异存在于群体内。聚类分析也表明4个群体可明显聚为2个类群,一个由大连、青岛和舟山群体组成,另一个由厦门群体组成;厦门群体与其它群体间的遗传距离达到0.094,遗传分化系数和基因流分别达到0.97和0.02,表明厦门群体与其它3个群体有着显著的遗传隔离,可能为亚种水平的分化。上述群体间的分化可能与长蛸自身的底栖生活方式、海区水文条件及地理历史因素等有关。 相似文献
3.
[目的]比较黑棘鲷群体线粒体16S r RNA基因序列。[方法]运用黑棘鲷线粒体16Sr RNA基因片段,对来自我国沿海的10个野生黑棘鲷群体进行了遗传多样性以及遗传分化的分析。[结果]10个群体的80个个体中,碱基A、C、G、T的平均含量分别为31.6%、24.2%、22.7%、21.5%,一共定义了9种单倍型,共发现16个多态位点,得出9种单倍型,遗传距离为0.000 0~0.006 3,10个黑棘鲷群体的平均单倍型多样性(Hd)为0.393,平均核苷酸多样性指数(Pi)为0.003 19,说明10个群体表现出了较低的Hd和较低的Pi,其中厦门群体的遗传多样性最大,这与厦门的地理位置及气候有关。AMOVA模块和系统进化树均显示来自10个群体黑棘鲷间遗传分化不显著,说明来自南北方的黑棘鲷属于同一个管理单元,分子中性进化检验显示舟山群体显著偏离中性进化。[结论]该研究可为鲷科鱼类的进化以及遗传多样性研究提供依据。 相似文献
4.
《西南农业学报》2015,(2)
假眼小绿叶蝉Empoasca vitis(Gthe)是我国危害最为严重的茶园害虫。本研究对假眼小绿叶蝉11个地理种群的101个个体的16S rRNA序列片段进行了扩增和测序,以此分析11个地理种群间的遗传多样性、分子变异和种群遗传结构。结果表明:假眼小绿叶蝉16S rRNA基因序列片段全长493 bp,A+T含量为77%。101个个体中共检测出变异位点11个,形成单倍型13个,单倍型进化网络关系显示四川群体具有的单倍型与原始单倍型(H2)距离较远。群体单倍型多样性指数为0.68812,种群内部单倍型多样性在0~0.80556之间,且总群体和各地理种群的中性检验结果均为不显著,表示假眼小绿叶蝉进化符合中性模型,其种群较为稳定。AMOVA分子变异分析结果表明假眼小绿叶蝉的遗传分化主要源于种群内部。 相似文献
5.
运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540～560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602～604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且（A＋T）含量高于（G＋C）含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。 相似文献
6.
对长江中上游主要支流5个野生群体鲇[舞阳河群体(WYH)、乌江群体(WJ)、雅砻江群体(YLJ)、岷江群体(MJ)、金沙江群体(CS)]中的27个样品的16S rRNA基因进行PCR扩增,并对扩增产物测序.用CLUSTAL X v 1.81软件对所得的27个16SrRNA序列进行比对,并用Dna SP 5.10软件进行比较分析,共检测出74个变异位点、8种单倍型.舞阳河、乌江、雅砻江、岷江、金沙江等5个野生群体的单倍型多样性(H)分别为0.600、0.857、0.600、0.600、0.667,核苷酸多样性(π)分别为0.00072、0.1754、0.00036、0.00072、0.01871.对5个野生群体的16S rRNA序列进行Tajima's D和Fst分析发现,所有群体符合中性进化模型,且有一些单倍型的分化,只有金沙江群体的遗传差异显著.对5个群体进行分子变异等级分析的结果表明,群体间分子变异不显著.对5个群体构建分子系统树发现,乌江、雅砻江、岷江、金沙江群体之间的亲缘关系较近,舞阳河群体与其他群体间的亲缘关系较远. 相似文献
7.
为研究江苏多鳞四指马鲅Eleutheronema rhadinum和台湾四指马鲅Eleutheronema tetradactylum的遗传多样性及种群遗传结构,对两个群体的细胞色素b(Cytb)和16S r RNA序列进行了克隆分析。结果表明:在30个江苏多鳞四指马鲅样本中,检出Cytb单倍型3个,变异位点2个,16S r RNA单倍型1个,变异位点0个;在台湾四指马鲅的30个样本中,检出Cytb单倍型1个,变异位点0个,16S r RNA单倍型1个,变异位点0个;多鳞四指马鲅的Cytb单倍型多样性(H)与核苷酸多样性(Pi)水平均高于四指马鲅,且Tajima'SD、Fu'S Fs中性检验结果皆为负值(P0.1),说明江苏多鳞四指马鲅未经历种群扩张现象。研究表明,尽管多鳞四指马鲅与四指马鲅这两个群体的Cytb和16S r RNA基因存在较低的遗传多样性,但各自的基因型之间存在明显差异,适于作为这两个种类的鉴别标记。 相似文献
8.
[目的]在核DNA水平根据DNA序列变异分析我国沿海8个互花米草种群的遗传结构。[方法]根据互花米草EST序列EH277045的序列信息设计引物,在8个种群共75份样本中扩增该序列,采取直接测序的方法,比较序列差异,计算多种遗传参数,分析中国互花米草种群的遗传多棹性与变异。[结果]共得到28个多态位点,将75份样本分为25种单倍型,核苷酸多样性为0．01l,单倍型多样性为0．794;种群间基因分化系数Gst,为0．163,遗传分化指数Fst,为0．222;AMOVA分析揭示79％的遗传差异来源于种群内,21％的遗传差异来源于种群间。[结论]我国互花米草种群遗传多样性水平高,种群间遗传分化较低,遗传多样性主要存在于种群内。 相似文献
9.
【目的】揭示河西走廊苹果蠹蛾不同地理种群间的联系,分析地理种群间的序列变异、遗传多样性和遗传分化。【方法】采用PCR和基因测序技术,扩增并分析了河西走廊8个地理种群132个苹果蠹蛾个体的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因片段,应用DnaSP 5.10计算单倍型多样性指数(Hd)、核甘酸多样性指数(Pi)和Tajima’s D值,采用ZT软件包进行Mantel检验,分析种群间遗传距离与地理距离的相关性,利用软件Arlequin 3.11计算成对种群间的固定系数(Fst)。【结果】在获得的132条序列中共发现了8个变异位点和5个单倍型,其中3个单倍型为种群共享单倍型。总体单倍型多样性指数为0.578,种群内单倍型多样性为0.000~0.700。各种群的Tajima’s D值中性检验符合中性突变,说明河西走廊苹果蠹蛾在历史上没有出现群体扩张,群体大小稳定。Fst值表明,河西走廊苹果蠹蛾种群间具有一定程度的遗传分化,而各地理种群的遗传距离与地理距离无显著的相关性。【结论】河西走廊苹果蠹蛾遗传多样性较低,且地理种群间有一定程度的遗传分化。 相似文献
10.
以暗纹东方鲀（Takifugu fasciatus）肝脏线粒体DNA为模板,按照红鳍东方鲀线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,获得了暗纹东方鲀线粒体DNA 16S rRNA基因（1667bp）及3′端上游的tRNALeu基因（73bp）的全序列。16S rRNA碱基组成分别为：胸腺嘧啶（T）22．1％,胞嘧啶（C）23．6％,腺瞟呤（A）35．2％,鸟嘌呤（G）19．0％。运用DNA分析软件对暗纹东方鲀与GenBank中鲀形目其他23种鱼类的mtDNA 16S rRNA序列进行核苷酸同源性比较分析,分别在鲀形目和东方鲀属水平上利用多种鱼类DNA 16S rRNA序列构建分子系统树。结果显示,同目不同科间的16S rRNA序列核苷酸相似性在73．6％～87．4％之间,同属间的核苷酸相似性高达约99．0％。在属间、科级、亚目级水平上,利用较长的16S rRNA序列构建的NJ树和MP树在拓扑图总体趋势相似,各枝的支持率较高。而在东方鲀属内中选取同源性较高的16S rRNA部分序列构建分子系统树拓扑结构虽一致,但各枝的支持率不太高。因此认为,16S rRNA基因较适合于研究鲀形目鱼类中属间、不同种间以及分化较早的种间、科级、亚目级的系统发育分析。本研究结果有助于进一步利用线粒体基因研究分析鲀形目鱼类系统进化关系。 相似文献
11.
16S rRNA和COI基因条形码在12种观赏鱼种类鉴定中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
应用通用引物测定观赏鱼市场上价值较高的红尾金龙鱼、黄尾龙鱼、青龙鱼、珍珠龙鱼、银龙鱼、神仙鱼、非洲珠宝鱼、接吻鱼、珍珠毛足鲈、蓝钻石孔雀、孔雀鱼、锦鲤等12种观赏鱼的16SrRNA基因和COI基因部分序列。应用DNA序列分析软件,对这些基因进行同源性比较和系统发育分析。通过GenBank中的核酸BLAST和BOLD SYSTEMS数据库对这些基因序列进行比对,结果表明16SrRNA基因和COI基因可以在物种水平作为基因条码对亚洲龙鱼、珍珠龙鱼、银龙鱼和神仙鱼等观赏鱼进行准确的鉴别,而且应用COI基因构建的系统发育树比16SrRNA基因更加接近现有的鱼类分类体系。但对形态十分相似的慈鲷等观赏鱼,以及红尾金龙鱼、黄尾龙鱼、青龙鱼等同一个物种不同品系的观赏鱼依靠16SrRNA基因或COI基因都无法准确鉴定,需要研究进化速度更快的DNA基因条码。 相似文献
12.
16S rRNA对于构建功能性核糖体是十分重要的,人们普遍将其作为原核生物进化中保守的系统发育标志.为了进一步研究16S rRNA的进化,本文将Escherichia coli中最后一个拷贝的16S rRNA基因替换为Bacillus subtilis的16S rRNA 基因,得到了菌株SQ110BSX.菌株SQ110BSX的代时与出发菌株SQ110基本一致,但是SQ110BSX表现出冷敏感性,而且rRNA/蛋白比值为SQ110的148%.实验结果表明,菌株SQ110BSX中的核糖体效率明显下降.由于E.coli和B.subtilis在遗传距离上较远,两者的可替换性证明了16S rRNA的高度保守性. 相似文献
13.
14.
奶牛子宫内膜炎致病菌的16S rRNA序列鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】对奶牛产后子宫内膜炎致病菌进行16S rRNA序列鉴定。【方法】从产后子宫内膜炎患牛子宫分泌物中分离致病菌,通过细菌培养、纯化、分离、革兰氏染色和生化试验进行初步鉴定。选取代表性菌株11株,利用细菌通用引物,通过PCR方法,对其16S rRNA基因的核苷酸序列进行扩增,将扩增产物与pMD19-T载体连接构建克隆载体,经PCR和双酶切鉴定正确后测序,测序结果与GenBank中已注册菌株的16S rRNA基因序列进行比对。【结果】共分离到致病菌株60株,有代表性的11株细菌归类为:SD01为琼氏不动杆菌,SD02为粪肠球菌,SD03为金黄色葡萄球菌,SD04为中间葡萄球菌,SD05为溶血葡萄球菌,SD06为鲁菲不动杆菌,SD07为无乳链球菌,SD08为芽孢杆菌,SD09为枯草芽孢杆菌,SD10为大肠杆菌,SD11为假单胞杆菌。【结论】通过国际公认的16S rRNA序列鉴定技术,准确鉴定出引起奶牛子宫内膜炎的致病菌种类,为临床治疗该病提供了理论依据。 相似文献
15.
为了解长白山天池水中细菌的种类及多样性,用NA、1/10NA、R2A、1/10R2A培养基从长白山天池水样品中分离出25株细菌菌株,对其进行16S rRNA基因序列的系统发育分析及形态观察,结果得到9种具有代表性的菌株,9株细菌在系统发育上与芽孢杆菌属(Bacillus sp.)及厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus sp.)关系密切,其中芽孢杆菌属为分离获得的优势菌属. 相似文献
16.
副猪嗜血杆菌的分离与鉴定及其16S rRNA 生物信息学分析 总被引：4，自引：0，他引：4
从湖南省内送检的疑似患多发性浆膜炎与关节炎的猪病料中分离到12株细菌,细菌学试验证明12株细菌均符合副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)形态、培养和生化特性.根据HPS 16S rRNA序列设计引物对12株细菌进行PCR扩增,均得到预期目的条带,将扩增片段测序并运用DNAStar软件与GenBank中不同血清型HPS基因序列进行比对,表明其与Genbank中已公布的不同血清型HPS菌株16S rRNA序列的同源性为90.4%~99.9%,其中与血清5型同源性最高,对所测序列与参考序列进行遗传进化树分析,结果表明其中11株属于血清5型HPS. 相似文献
17.
为建立16S rRNA基因序列分析鉴定猪肠道细菌的方法,选择细菌的16S rRNA基因为靶序列设计引物,对11株猪肠道细菌进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序和序列分析.序列分析结果显示,A2、A4序列与柠檬明串珠菌同源性＞99％;B2序列与鼠乳杆菌同源性＞99％;C2序列与唾液乳酸杆菌同源性＞99％;F3序列与类肠膜魏斯氏菌同源性＞97％;F6和F7序列与融合魏斯氏菌同源性＞99％;M3和M8序列与洛菲氏不动杆菌同源性＞98％;M9和M11序列与粪肠球菌同源性＞99％.表明建立的16S rRNA基因序列分析方法可以应用于鉴定猪肠道细菌. 相似文献
18.
缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段，PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性，共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示，三个野生群体之间出现了明显的遗传分化，其中崇明群体遗传多样性最高，其次为射阳群体，象山群体遗传多样性最低，表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化，且单倍型混杂，聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近，这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响，降低了种质资源的丰富度。 相似文献
19.
缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析 总被引：11，自引：0，他引：11
采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段，PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性，共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示，三个野生群体之间出现了明显的遗传分化，其中崇明群体遗传多样性最高，其次为射阳群体，象山群体遗传多样性最低，表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化，且单倍型混杂，聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近，这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响，降低了种质资源的丰富度。 相似文献