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1.
猪乙脑病毒WHe株的PrM—E、NSl、E—NS2A基因的克隆及序列测定 总被引：2，自引：0，他引：2
本文通过RT—PCR扩增了猪乙型脑炎病毒wHe株主要抗原基因NS1(约1．14kb)、prM-E(约2．1kb)、E-NS1-NS2A(约3．0kb)，并将NS1、E-NS1-NS2A、PrM-E基因克隆、测序。与Cenbank发表的JEV基因序列进行序列分析，发现WHe株与其他12种典型的JEV强毒株的同源性在88．3％～99.4％之间。wHe株与K94P05株的同源性最低(88．3％)，与P3株的同源性最高(99．4％)，可认为wHe株是由P3株衍生而来的。在JEV基因组5’端389-3910的长3522nt的决定JEV抗原性的C-prM-E-NS1-NS2A区中，wHe株与P3株仅有21个碱基不同，其中的14个单碱基突变为同义突变，另外7个为错义突变，导致相应的氨基酸序列(1173个)中的6个氨基酸发生了变异，其中的5个氨基政变异出现在含有各关键的抗体中和决定簇的E蛋白内，另一个位于NS1蛋白内。 相似文献
2.
研究以鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)烟台株为模板,PCR扩增出1条约2.7kb的gB基因片段,并将其克隆到pMD18-T载体中。序列测定显示,gB基因长2622bp,包含完整的阅读框架。序列比较分析发现,烟台株和王岗株、河北株的gB基因核苷酸序列与SA2株的相比均在第89位上缺失1个碱基G,而在第102位核苷酸处插入1个碱基A,从而引起氨基酸序列中第29～32位5个氨基酸的移码突变。烟台株还有另外7个碱基发生突变,使得其gB基因与河北株、王岗株、疫苗株的gB基因核苷酸同源性分别为99.8%、SA299.7%和99.6%,氨基酸的同源性分别为99.4%、99.4%、98.9%,表明不同ILTV毒株之间gB基因是非常保守的。 相似文献
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根据GenBank中收录的猫细小病毒(FPV)CU-4株基因序列设计引物,扩增本实验室分离保存的FPV CC-1株NS1基因,并进行序列测定。结果表明,该毒株NS1基因序列长度约为2.35 kb,该基因的阅读框总长为2007 bp,编码668个氨基酸。该序列与FPV193/70株、PLI-IV株、TU-2株、CU-4株、94-1株和X J-1株的NS1基因比较,核苷酸的同源性分别为99.0%、98.9%、98.8%、98.7%、98.6%、99.4%,氨基酸的同源性分别为98.8%、98.7%、98.5%、98.7%、98.5%、99.3%。该毒株与犬细小病毒(CPV)、貂细小病毒(MEM)、大鼠细小病毒(RPV)、猪细小病毒(PPV)、鹅细小病毒(GPV)、鼠细小病毒(MVM)NS1的进化树分析表明,它与MEM和CPV的亲缘关系比较近,与PPV的亲缘关系较远。 相似文献
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《中国兽医杂志》2019,(7)
为了分析2015-2018年北方地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,通过RT-PCR分段扩增、测序,获得10株PEDV S基因序列。分析发现,10株S基因核苷酸序列同源性为96.8%～99.4%,推导编码的氨基酸序列同源性为96.5%～99.3%;与参考株核苷酸序列同源性为93.4%～99.5%,与参考株氨基酸序列同源性为92.0%～99.4%。其中,4株序列基因长度均为4 161 nt,编码1 386个氨基酸;6株序列基因长度均为4 158 nt,编码1 385个氨基酸,与目前流行的变异株和经典株CV777相比,这6株S基因推导的氨基酸序列已分别在131位、1 196位出现1个氨基酸缺失,在进化树中已形成多个小分支。由此表明,我国PEDV在流行过程中已出现较大变异。作者研究结果为监测和分析我国PEDV的变异和演化提供了有价值的基因信息数据。 相似文献
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根据GenBank上发表的犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)、猫细小病毒(Feline parvovirus,FPV)核酸序列,分别设计扩增VP2基因与NS1基因的特异性引物,采用PCR技术扩增蓝狐细小病毒(Blue fox parvovirus,BF-PV)泰安分离株(BFPV-TA)的VP2基因和NS1基因,将PCR产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析.结果显示,BFPV-TA VP2基因含有1个ORF,全长1 755 bp,共编码584个氨基酸,第219位氨基酸发生I→V(219I→V)改变,300G→P,411E→A;BFPV→TA NS1基因含有1个ORF,全长2 007 bp,共编码668个氨基酸,8个氨基酸残基发生改变,43R→H,135H→Y,172K→R,179A→E,350D→N,4091→V,574I→V,616D→V.BFPV-TA VP2基因与CPV和FPV参照株的同源性在98.4%～99.4%,BFPV-TA NS1基因与CPV和FPV参照株的同源性为98.6%～99.1%.VP2基因系统发生分析,BFPV-TA与FPV的亲源关系较为密切,但NS1基因系统发生分析,BFPV-TA成单独的分支. 相似文献
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8.
该研究通过RT-PCR扩增乙型脑炎病毒分离株PrM/E基因测序后,将测序结果与GenBanK发表的JEV SA14基因序列和SA14-14-2进行比较分析,结果发现分离株与JEV SA14强毒株的同源性为98.1%,与SA1-14-2株的同源性为97.1%;在477-2477长为2 000 nt决定JEV抗源性的PrM/E区中.分离株与SA14株仅有40个碱基不同,其中12个碱基为错义突变,导致E基因2个氨基酸序列(E135和E232)与SA14的E区两个氨基酸的不同;而分离株与SA14-14-2株有48个碱基不同,导致E基因12个氨基酸序列与SA14-14-2不同.由于确定JEV毒性的10个关键性基酸的位置均在E蛋白上,分离株与SA14强毒株这10个氨基酸的位置完全一致,因此序列的比较结果表明;乙脑病毒分离株为强毒株.由此可以看出基因分析对于病毒毒力的判断具有重要参考意义. 相似文献
9.
为了探讨日本乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)的复制机制及其蛋白与宿主蛋白的相互作用关系,试验以GenBank中收录的JEV HW1株NS3基因序列为模板设计引物,经PCR扩增获得NS3基因序列后,采用ClonExpress克隆技术将NS3基因连接到真核表达载体p EGFP-C3上,将得到的产物pEGFP-C3-NS3送生工生物工程(上海)股份有限公司测序;使用X-tremeGENE HP DNA Transfection Reagent体外转染幼地鼠肾细胞(BHK21细胞),观察24 h后应用Western-blot和IFA法进行鉴定。结果表明:PCR克隆获得的基因片段大小约为1 370 bp,NS3基因片段与HW1株同源性为100%; BHK21细胞密度在70%～80%时质粒转染效果最佳,质粒质量与转染试剂体积的比例为1∶3; Western-blot鉴定融合蛋白成功表达,分子质量约为79 ku; IFA鉴定融合蛋白成功表达,24 h为转染高峰期,绿色荧光最强,pEGFP-C3-NS3与NS3阳性血清反应显红色荧光。说明在BHK21细胞中成功表达出NS3蛋白。 相似文献
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羊口疮病毒上海流行株的分离鉴定及其保护性抗原基因遗传进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解上海地区羊口疮病毒(ORFV)流行毒株的分子生物学特性与遗传变异情况,采集疑似ORFV感染的羔羊唇部结痂组织,应用PCR、MDBK细胞分离培养、电子显微镜观察、间接免疫荧光技术等方法,进行分离鉴定,并对这2个分离毒株保护性抗原基因F1L、B2L进行克隆与序列分析。结果表明,成功分离到2株ORFV,将其分别命名为ORFV-F416、ORFV-F429。其中,2株分离株F1L基因与参考毒株核苷酸序列同源性分别为95.2%~99.4%,推导氨基酸序列与参考毒株氨基酸序列同源性分别为94.4%~99.4%,遗传进化树分析均显示2株均属于同一分支,且与福建株FJ-YX(KC568410)亲缘关系最近。但与相关参考毒株相比,分离株FIL基因编码的氨基酸在44~66位不存在核苷酸的缺失,表明上海流行株与FJ-YX株存在一定的变异。2株分离株B2L基因与参考毒株核苷酸序列同源性为96.7%~99.6%,氨基酸序列同源性为94.7%~98.9%,且在遗传进化树上均与广西株GX-YB(JQ904793)有较近的亲缘关系,但与中国疫苗株(JQ904789)亲缘关系较远。表明从上海地区分离得到的2个毒株与流行于中国南方地区的ORFV毒株有较近的亲缘关系,但分离株的FIL基因和B2L基因存在一定变异。 相似文献
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为进一步开展猪细小病毒（porcine parvovirus,PPV）NS1蛋白功能研究,根据GenBank登录的PPV参考株NADL-2（登录号：NC001718）的NS1基因序列设计1对特异性引物,采用PCR技术扩增PPV疫苗株NS1基因,将PCR扩增产物克隆入pTA2载体构建重组质粒pTA2-NS1,并进行测序鉴定。测序结果显示,构建的pTA2-NS1质粒含有一个开放阅读框（ORF）,全长1989 bp,共编码662个氨基酸,与GenBank登录的PPV参考株NADL-2、Kresse株的NS1基因的核苷酸同源性分别为99.85%和99.65%,氨基酸同源性分别为99.70%和99.70%。上述结果表明试验成功构建了含有PPV NS1基因的重组质粒pTA2-NS1。应用DNAStar软件及在线ProtScale、SignalP 4.1、TMHMM、Scansite、PSORTⅡ等生物信息学软件对NS1基因及其编码蛋白进行生物信息学分析,结果显示NS1蛋白分子质量为75.7 ku,等电点PI为6.82,是弱酸性蛋白;NS1蛋白不含信号肽序列,无跨膜区,为可溶性蛋白,主要定位于细胞核内,T199、Y309、T338、T512、S631、T635为其潜在磷酸化位点。以上研究为进行PPV NS1蛋白表达,进一步开展NS1蛋白功能研究奠定了基础。 相似文献
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鸡艾美耳球虫3-1E基因的克隆与表达 总被引：4，自引：0，他引：4
应用反转录 -聚合酶链式反应 (RT- PCR)技术 ,分别从柔嫩艾美耳球虫甘肃株 (E.tenella GS,Et GS)和堆型艾美耳球虫青海株 (E.acervulina QH,Ea QH)孢子化卵囊子孢子中提取的总 RNA扩增得到鸡球虫子孢子表面抗原 3- 1E基因 (Et GS3-1E和 Ea QH 3- 1E)。将 Et GS3- 1E与原核表达载体 p GEX- 6 P1连接 ,构建了的 p GEX- 3- 1E原核表达质粒 ,并获得融合蛋白的高效表达和纯化。序列分析表明 :Et GS3- 1E和 Ea QH 3- 1E的 ORF均为 5 13个碱基 ,共编码 171个氨基酸。Et GS3- 1E的蛋白分子量为 18.5 k D,Ea QH 3- 1E的蛋白分子量为 18.6 k D。ORF比较 ,Et GS3- 1E与文献报道的 Ea3- 1E比较 ,共有 2个核苷酸发生变异 ,核苷酸同源性为 98.8%,有 1个氨基酸发生变异 ,氨基酸同源性为 99.4 %;Ea QH 3- 1E与文献报道的 Ea3- 1E比较 ,共有 4个核苷酸发生变异 ,核苷酸同源性为 97.7%,有 3个氨基酸变异 ,氨基酸同源性为 98.3%;Et GS 3- 1E与 Ea QH 3- 1E比较 ,有 3个核苷酸发生变异 ,核苷酸同源性为 98.2 %,有 2个氨基酸发生变异 ,氨基酸同源性为 98.8%。获得了 Et GS 3- 1E融合蛋白的高效表达和纯化 ,表达率达 4 3.2 %。 相似文献
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黑曲霉3928植酸酶phy基因的克隆及全序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中已注册的黑曲霉基因序列设计了1对引物,通过PCR方法将黑曲霉phy A全基因进行扩增,获得了1条长约1.5 kb的特异性PCR产物,在PMD18 T载体中克隆了黑曲霉3928植酸酶phy A全基因,筛选到2个重组菌落(1#和2#),并进行了全序列测定。序列分析结果表明:2个重组质粒的测序结果完全一致;克隆的片段中含有完整的phy A基因序列,全长1 506 bp,其中含有一段长102 bp的内含子;phyA基因全序列编码467个氨基酸,信号肽位于基因的5′端,长度为19个氨基酸;碱基序列与GenBank中报道的AY513749的同源性为98.87%,编码的氨基酸序列的同源性为97.21%。 相似文献
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为了解日本乙型脑炎病毒(JEV)强、弱毒株非结构蛋白的免疫效果,笔者分析了JEV强、弱毒株非结构蛋白NS1、NS2A和NS1-2A真核表达的差异。通过观察JE减毒活疫苗(SA14-14-2株)和JEV贵州分离株(GZ株)分别在BHK-21细胞上出现的CPE,并收集强、弱毒株的细胞悬液,提取总RNA,分别设计6对特异性引物,应用RT-PCR技术扩增非结构蛋白NS1、NS2A和NS1-2A的编码基因,构建真核表达质粒pcDNA3.1(+)-NS1r、pcDNA3.1(+)-NS2Ar、pcDNA3.1(+)-NS1-2Ar、pcDNA3.1(+)-NS1q、pcDNA3.1(+)-NS2Aq和pcDNA3.1(+)-NS1-2Aq,将构建成功的6种真核表达质粒免疫健康小鼠,最后采集小鼠的血液和组织分别进行JEV抗体检测和细胞免疫水平检测。研究结果显示:JEV GZ强毒株与JEV SA14-14-2弱毒株能在BHK21细胞上增殖并产生CPE现象;构建的6种真核表达质粒免疫小鼠后经血常规和T淋巴亚群检测可以极显著或显著增加CD4+和CD8+细胞的含量。表明JEV强毒株非结构蛋白所诱导的细胞免疫略优于弱毒株非结构蛋白诱导的细胞免疫,但差异不明显。本研究结果可为日本乙型脑炎病毒的病原基础研究提供参考。 相似文献
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《中国兽医杂志》2016,(3)
为研究广东省猪流行性腹泻病毒S1基因的变异情况,于2012-2013年间从广东省不同地区猪场采集56份腹泻病仔猪样本。通过PCR方法扩增到12个样本的PEDV的S1基因序列,并进行序列比对及遗传分析。结果 12个样本PEDV的S1基因序列之间的核苷酸同源性为91.1%~99.6%,氨基酸的同源性为88.5%~99.1%。12个样本PEDV的S1基因序列与国内参考毒株核苷酸的同源性为91.0%~99.9%,氨基酸的同源性为88.5%~99.7%。与国外参考毒株核苷酸的同源性为89.0%~99.7%,氨基酸的同源性为86.5%~99.4%。与经典毒株CV777的核苷酸同源性为91.0%~100.0%,氨基酸的同源性为88.3%~99.9%。其中,仅GD-HY的S1基因与CV777的同源性达100.0%,其他同源性较低。表明近年广东省的PEDV流行毒株以变异株为主,与疫苗株(CV777)的亲缘关系较远。 相似文献
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广西百色马生长激素基因的克隆与序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
为了丰富优良地方品种百色马的分子遗传学基础数据,试验设计1对特异性引物,利用PCR技术成功克隆百色马的生长激素基因全序列.结果表明:百色马GH基因碱基序列全长1 922 bp(GenBank登录号为FJ604598),包含完整的5个外显子和4个内含子;与蒙古马比较,百色马GH基因DNA序列出现12个碱基的变异,有3个变异位点处于编码区,均为有义突变,突变方式都为G→A的转换,其中第981位碱基G→A致使第89位氨基酸由Arg突变为Lys,第1739位碱基G→A使第185位氨基酸由Gly→Arg,第1 764位碱基G→A使第193位氨基酸由Gly→Asp.基于GH基因构建的不同,动物亲缘进化树的拓扑结构与物种树一致,哺乳动物的GH基因在进化中比较保守. 相似文献
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旨在研究1株连续传代的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) SDZP P126 GP2基因的变异情况,以及GP2对病毒增殖的影响。构建GP2基因全长真核载体pEGFP-N1-GP2,利用生物学软件对GP2基因进行核苷酸和氨基酸的同源性分析,并将重组质粒pEGFP-N1-GP2转染到Marc-145细胞上,接毒后检测对病毒增殖的影响。通过GP2基因核苷酸和氨基酸的同源性分析,发现9个碱基的突变,这9个碱基的突变导致了5个氨基酸的突变。其中氨基酸序列中的第10位由亮氨酸突变为苯丙氨酸,这一突变在多株致弱毒株中存在,在Marc-145细胞转染重组质粒pEGFP-N1-GP2对病毒的增殖无显著影响。初步推断SDZP P126 GP2基因的突变对病毒在Marc-145细胞上增殖没有影响。 相似文献
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为了研究C型产气荚膜梭菌β毒素基因的遗传变异特点,试验采用生物软件设计扩增产气荚膜梭菌β毒素基因的引物,PCR扩增产物纯化后测定核苷酸序列,然后与参考序列进行同源性比对。结果表明:所测菌株与参考菌株核苷酸序列同源性依次为99.5%、99.8%、99.9%,推导的氨基酸序列同源性依次为99.4%、99.4%、99.6%,碱基突变以A-G、C-T之间的转换为主。 相似文献