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1.
实时荧光定量PCR（qRT-PCR）是基因表达研究的常用方法,筛选达氏鲟（肌动蛋白（）、18S核糖体RNA（）共7个常用内参基因作为候选基因,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder 4个软件分析这7个候选基因在达氏鲟成鱼不同组织和不同发育时期胚胎及性腺的表达稳定性。结果表明,7个候选内参基因的定量PCR引物均可获得特异性扩增产物和理想的扩增效率。在成鱼不同组织中,候选内参基因稳定性由高到低的顺序为18S rRNA > > GAPDH > -actin > ;在不同发育时期卵巢中,候选内参基因稳定性由高到低的顺序为 > ,而不同发育卵巢最稳定表达的内参基因是。本研究旨在为今后达氏鲟不同组织、不同发育时期胚胎及性腺的基因表达差异研究提供理论基础。 相似文献
2.
为比较甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)、18S rRNA和β-actin基因在脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)作内参基因的优劣,本研究采用同源克隆和RACE技术,克隆了脊尾白虾GAPDH基因全长cDNA序列(GenBank登录号:KX893516),通过实时荧光定量PCR(quantative real-time PCR,qPT-PCR)技术,检测3种基因在脊尾白虾不同组织及不同蜕壳后时间点的表达量变化,在此基础上进行内参稳定性分析。结果显示,脊尾白虾GAPDH基因全长1514 bp,开放读码框1002 bp,编码333个氨基酸,二级结构预测显示GAPDH蛋白具有一个高度保守的NAD~+结合功能域(NAD binding domain)和行使糖运输和代谢的催化功能域。分析qRT-PCR结果并结合ge Norm、Norm Finder和Best Keeper 3种软件的分析发现,在不同组织和不同蜕壳后时间点,3种内参基因的稳定性由高到低依次为18S r RNA、GAPDH、β-actin。因此,在脊尾白虾不同组织和不同蜕壳后时间点的定量分析中,选取单内参基因时,推荐使用18S rRNA为内参基因,双内参时推荐18S rRNA和GAPDH,而18S rRNA、β-actin和GAPDH在其他生理条件下作内参基因的稳定性还有待进一步研究。 相似文献
3.
内参基因在实时荧光定量PCR(qRT-PCR)中具有校准的作用,然而鲤疱疹病毒Ⅱ型感染异育银鲫内参基因目前仍未见研究报道。采用qRT-PCR技术检测不同处理条件下异育银鲫组织和尾鳍细胞GAPDH、EF-1α、18S rRNA和β-actin 4个候选内参基因在组织和尾鳍细胞的转录水平,利用软件geNorm、Norm Finder、Best Keeper和Delta Ct分析了其表达量的稳定性,以筛选出健康异育银鲫不同组织以及鲤疱疹病毒Ⅱ型感染的肾脏、脾脏和异育银鲫尾鳍细胞在不同时间均较稳定的内参基因。geNorm稳定值以及4个内参的表达量Ct值分析显示,健康异育银鲫脑、脾脏、肾脏、肌肉、鳃、肠、肝脏和心脏组织中β-actin和EF-1α都是比较稳定的内参基因;鲤疱疹病毒Ⅱ型感染肾脏和尾鳍细胞不同时间点,内参基因β-actin稳定性最佳;鲤疱疹病毒Ⅱ型感染脾脏不同时间点时,EF-1α稳定性最佳。分别以4个候选内参基因为内参分析PIN1基因在肾脏组织不同感染时间的相对表达量,结果进一步证实,PIN1基因在肾脏组织感染不同时间点以β-actin为内参时,其表达量呈下降趋势,与cDNA文库测序中的表达量分析结果一致,各时间点的表达量差异极显著(P<0.01)。本试验结果有利于研究异育银鲫在不同处理条件下基因的表达分析,可为获得精准的结果奠定理论基础。 相似文献
4.
拟穴青蟹不同发育时期胚胎基因表达的内参基因的筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
为获得适用于研究拟穴青蟹(Scylla paramamosain)不同发育时期胚胎基因表达的内参基因,本研究采用3个内参基因筛选软件geNorm、NormFinder及BestKeeper对微管蛋白α1A(Tuba1a)、核糖体蛋白L13(Rpl13)、泛素(UBQ)、核糖体蛋白S6激酶(Rps6)、精氨酸激酶(Ak)、3-磷酸甘油脱氢酶(gapdh)、28S核糖体RNA(28S)、18S核糖体RNA(18S)和延伸因子1A基因(EF-1α)等9个常用候选内参基因在拟穴青蟹不同发育时期胚胎的表达稳定性进行分析。geNorm分析表明, EF-1α和Rpl13的表达稳定性最高,并且采用2个内参基因同时校正目标基因的定量结果可以达到最优效果; NormFinder分析表明, gapdh和EF-1α是9个候选内参基因中表达最稳定的; BestKeeper分析表明,gapdh的标准偏差和变异系数是9个候选基因中最低的。综合3个内参基因筛选软件,可以选用EF-1α,或选用EF-1α和gapdh双内参同时校正拟穴青蟹不同胚胎发育时期各基因的表达情况。 相似文献
5.
实时荧光定量PCR (qRT-PCR)是研究基因表达的一种广泛使用且有效的方法,选用黄带拟鲹(Pseudocaranx dentex)合适的内参基因,是qRT-PCR技术获得该物种基因表达可靠结果的关键。本研究首先测定了9个常用内参基因(β-actin、RPL13、EF-1α、GAPDH、HPRT、PPIA、β2M、TUB和PP2A)在黄带拟鲹成鱼组织中的表达丰度;同时,利用BestKeeper、NormFinder、geNorm和RefFinder 4种模型预测了内参基因的表达稳定性,发现其表达稳定性排序为RPL13>EF-1α> PP2A>HPRT>PPIA>TUB>β2M>β-actin>GAPDH。进一步通过定量检测目标基因myod1在不同组织的表达情况,验证上述预测结果的准确性。研究发现,RPL13和EF-1α单独或联合作为黄带拟鲹qRT-PCR内参基因,可显著提高目标基因表达量检测结果的稳定性与可靠性。结果表明,RPL13和EF-1α可作为黄带拟鲹不同组织q RT-PCR分析的内参基因。同时,也证实了并不是管家基因的表达在所有... 相似文献
6.
本研究检测了18S rRNA(18S)、28S rRNA(28S)、组织蛋白酶Z(cathepsin Z,CTSZ)、延伸因子1-α(elongationfactor 1-α,EF-1α)、3-磷酸甘油脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,gapdh)、β肌动蛋白(β-actin)6个候选内参基因在17α,2β双羟孕酮(DHP)诱导鲤(Cyprinus carpio)卵母细胞最终成熟过程的表达情况,并应用不同的内参分析软件对数据进行了分析.Bestkeeper软件分析表明EF-1α的变异系数和标准差是6个候选内参基因中最低的,且Bestkeeper指数在6个候选内参基因中最高,说明其表达稳定性最高,适合做为内参基因;geNorm软件分析认为需要同时使用EF-1α和CTSZ两个内参基因来校正目标基因的表达;NormFinder软件分析同样表明EF-1α是6个候选内参基因中表达最稳定的;最后通过RefFinder软件综合比较分析,确定EF-1α相对于其他5个候选内参基因,在17α,20β双羟孕酮诱导卵母细胞最终成熟阶段表达最为稳定,可作为内参校正17α,20β双羟孕酮诱导鲤卵母细胞最终成熟阶段各基因的表达情况. 相似文献
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混养斑尾复虾虎鱼对菊黄东方鲀养殖效果的影响 总被引：1，自引：1，他引：0
为了提高池塘空间的利用效率,通过斑尾复虾虎鱼与菊黄东方鲀的混养试验,对菊黄东方鲀混养和单养的养殖能效进行了比较。结果显示:以2龄、3龄的菊黄东方鲀作为主养鱼与斑尾复虾虎鱼混养,主养鱼产量可达300 kg/亩(15亩=1 hm~2,下同),每亩还能增收16.7~26.23 kg商品规格的斑尾复虾虎鱼;2龄菊黄东方鲀混养和单养的饲料系数分别为1.75和2.06,3龄菊黄东方鲀混养和单养的饲料系数分别为3.32和4.20,与单养相比,混养在饲料利用率等方面有明显优势。 相似文献
8.
内参基因在虾夷扇贝定量PCR中表达稳定性的比较 总被引：3，自引：0，他引：3
应用实时荧光定量技术,检测虾夷扇贝的β-actin、Glyceraldehydes-3-phosphate dehydrogen-ase、α-tubulin、Cytochrome b5、TATA box binding protein-associated factor、Elongation factor 1α共6个内参基因在饥饿胁迫下各组织、致病菌感染前后和水环境升温前后不同时间段血样中的mRNA表达情况。经geNorm程序统计分析,6个内参基因在上述处理中的表达稳定性存在差异,导致不同处理中适用的内参基因有所不同。为进一步开展虾夷扇贝基因表达的定量研究奠定了基础。 相似文献
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高光胁迫下坛紫菜定量PCR内参基因的筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
为了筛选不同高光光强胁迫下坛紫菜中表达水平最为稳定的内参基因,本研究采用qRT-PCR技术测定了植物中常用的6种内参基因UBC、TUB、18S、EF2、ACT和GAPDH在不同光照强度下培养的坛紫菜藻体中的绝对表达水平,并采用比较Ct值法、Ge Norm、Bestkeeper和NormFinder软件分析4种方法对6种候选内参基因的表达稳定性进行评估。结果显示,UBC的Ct值变化范围最小,18S的Ct值变化范围最大;ge Norm软件分析结果显示最稳定的内参基因为UBC和EF2;Bestkeeper和NormFinder软件分析结果类似,UBC基因的稳定值M均为最低值(分别为0.044和0.80),说明其表达水平最稳定。研究表明,UBC基因可以作为不同光照条件下坛紫菜基因表达qRT-PCR分析的最适内参基因。 相似文献
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以合浦珠母贝（Pinctada fucata）为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术检测了甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）、β-肌动蛋白（β-actin）和18S核糖体rRNA（18S rRNA）3个管家基因在合浦珠母贝不同组织、性腺发育时期、胚胎发育时期mRNA水平的表达情况。同时比较了BestKeeper、geNorm和NormFinde软件对试验数据处理的差异,从中选出合适的内参基因。结果表明β-actin在不同组织和胚胎发育不同阶段表达最稳定,18S rRNA在性腺发育不同时期表达最稳定。 相似文献
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实时荧光定量 PCR 已广泛用于基因表达的分析,合适的内参基因选择是获得准确分析结果的关键。本研究选用正常生理状态下岩牡蛎(Crassostrea nippona)的鳃、外套膜、闭壳肌和内脏团 4 种组织以及盐度 10、20 和 30暂养 1 周后的鳃组织为材料,对已报道的常见内参基因(EF1A、GAPDH、RO21、TUB 和 TUA)的稳定性通过 3 种方法(geNorm、NormFinder 和 BestKeeper)进行分析和筛选,发现针对鳃单一组织在不同盐度胁迫下, GAPDH 和RO21 可以作为合适内参基因,而在不同组织中,需要更多的内参基因联合分析才能获得准确的定量表达结果。本研究是首次利用 q-PCR 对岩牡蛎进行内参基因的筛选和验证,为今后该物种低盐胁迫相关的基因表达和功能基因的研究提供重要依据。 相似文献
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利用封闭呼吸室对同一日龄、不同规格的红鳍东方鲀、菊黄东方鲀和菊黄东方鲀(♀)×红鳍东方鲀(♂)杂交F1代幼鱼进行耗氧率和临界窒息点的研究。试验结果表明,水温14.8～15.6℃时,体质量(37.24±3.64)g的红鳍东方鲀幼鱼耗氧率为(0.3385±0.0161)mg/(g.h),体质量(14.45±1.08)g的菊黄东方鲀幼鱼耗氧率为(0.2327±0.0241)mg/(g.h),体质量(27.96±1.38)g的杂交F1代东方鲀幼鱼耗氧率为(0.2282±0.0219)mg/(g.h);同一日龄不同规格红鳍东方鲀、菊黄东方鲀和杂交东方鲀幼鱼的耗氧量分别为(12.5243±0.6720)、(3.3544±0.2975)、(5.8469±0.9537)mg/(h.尾);3种东方鲀的耗氧率呈明显的昼夜节律,白天平均耗氧率显著高于夜晚。水温为14.8～15.6℃时,红鳍东方鲀、菊黄东方鲀及杂交东方鲀幼鱼的临界窒息点分别为0.665、0.882mg/L和0.774mg/L。 相似文献
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为筛选出菲律宾蛤仔17个发育时期及成体7个组织中的最适内参基因,实验采用3个内参基因筛选方法ge Norm、Norm Finder及ΔCt对菲律宾蛤仔不同发育时期和成体不同组织中的12个候选内参基因延伸因子1α基因(EF1A)、TATA盒结合蛋白基因(TBP)、组蛋白H3基因(HIS)、细胞色素b5基因(CYTB5)、泛素缀合酶基因(UCE)、核糖体蛋白L8基因(RPL8)、核糖体蛋白S23基因(RPS23)、核糖体蛋白L2基因(RPL2)、细胞色素C基因(CYTC)、生长因子受体结合蛋白2基因(GFRP2)、肌动蛋白基因(ACT)和微管蛋白基因(TUB)进行表达稳定性分析。结果显示,菲律宾蛤仔不同发育时期q RT-PCR分析需要3个内参基因,分别为CYTC、CYTB5和RPS23;菲律宾蛤仔成体不同组织q RT-PCR分析需要2个内参基因,分别为CYTB5和GFRP2。ACT在菲律宾蛤仔不同发育阶段和不同组织中表达最不稳定。 相似文献
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《水产科学》2017,(2)
利用实时荧光定量PCR技术检测冀研一号(菊黄东方鲀♀×红鳍东方鲀♂)稚鱼肝胰脏、脾脏、头肾中重组激活基因rags在腹腔注射迟钝爱德华氏菌后6、12、24、36、48、72h内相对表达量的变化情况。试验结果显示,感染迟钝爱德华氏菌后,肝胰脏中rags基因表达呈下降趋势,相对表达量峰值出现在攻毒后6h。脾脏和头肾中rags基因表达均呈先升后降趋势,但在攻毒后48h出现反弹回升。脾脏中,rags基因相对表达量峰值出现在攻毒后6h;头肾中,rag1基因和rag2基因相对表达量峰值分别出现在攻毒后48h和6h。与对照组相比,腹腔注射迟钝爱德华氏菌能引起冀研一号东方鲀rags基因表达上调,且rag1基因和rag2基因表达趋势基本一致。 相似文献
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基于线粒体基因组的东方鲀属系统发育学及群体遗传学 总被引：1，自引：0，他引：1
为了细致探究东方鲀属内系统发育关系,本研究首次基于群体尺度对东方鲀属物种进行系统发育分析。利用线粒体基因组,在包含10个种的124尾东方鲀中,挖掘了1 488个单核苷酸多态性（SNP）位点和4个插入缺失（INDEL）,使用这些遗传变异位点进行了系统发育及群体遗传学分析。发现网纹东方魨与铅点东方鲀可能是同种异名,且二者形成的姊妹群位于东方鲀属基部;暗纹东方鲀与红鳍东方鲀、菊黄东方鲀与双斑东方鲀各自亲缘关系较近。此外,实验发现了4尾可疑的双斑东方鲀和菊黄东方鲀杂交个体,以及2尾可疑的横纹东方魨杂交个体。遗传多样性方面,弓斑东方鲀遗传多样性最低。此外,实验在10种东方鲀中共找到595个种间特异性SNP位点。Ka/Ks分析表明,nd6基因的Ka/Ks最高（平均为1.19）,说明在东方鲀属中nd6可能经历了正选择,而ATP合成酶基因可能在东方鲀适应淡水环境中受到选择。研究表明,东方鲀属内系统发育关系较为复杂,且在野生环境下东方鲀物种间广泛存在自然杂交现象,该研究为东方鲀物种快速鉴定提供可靠的分子标记,加速东方鲀属系统发育研究进展,并为东方鲀野生种质资源保护提供了理论依据。 相似文献
17.
目的为了建立检测绵羊整联蛋白受体αv亚基基因(ITGAV)mRNA相对转录水平的实时定量PCR方法,构建目的基因ITGAV、内参基因β-actin的标准质粒和标准曲线。方法根据GeneBank中绵羊ITGAV和β-actin基因编码区保守序列,设计特异引物,选择绵羊卵巢组织cDNA为模板进行PCR扩增,产物回收纯化后,与PMD18-T载体连接、转化感受态DH5α,筛选白色菌落并摇菌培养,经PCR和测序鉴定获得阳性ITGAV、β-actin重组质粒;将阳性重组质粒107～102梯度稀释作为模板,进行实时荧光定量PCR,系统软件自动生成标准曲线及回归方程。结果ITGAV基因相关系数(RSq)=0.998,扩增效率(Eff.)=104.7%;β-actin基因相关系数(RSq)=0.998,扩增效率(Eff.)=111.6%。经熔解曲线分析,ITGAV基因熔解温度为84.66℃,β-actin为86.92℃,2个基因片段的熔解曲线均呈单峰,扩增曲线呈典型的S型动力学曲线,指数扩增期和平台期十分明显,表现为理想的扩增曲线。结论成功构建目的基因ITGAV、内参基因β-actin的标准质粒和标准曲线。 相似文献
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菊黄东方鲀发育早期的脂肪酸组成变化 总被引：1，自引：1，他引：0
采用生化分析手段对菊黄东方鲀的未受精卵、胚胎(出膜前,受精后80~85 h)、初孵仔鱼(0日龄)、开口前仔鱼(3日龄)的脂肪酸组成和含量进行了检测和分析。结果显示,菊黄东方鲀卵和鱼苗的水分含量随着个体发育出现升高趋势,而鱼苗总脂含量随着个体发育显著下降。各发育阶段的干样中检出8种饱和脂肪酸(SFA)、7种单不饱和脂肪酸(MUFA)和12种多不饱和脂肪酸(PUFA)。菊黄东方鲀未受精卵脂肪酸组成与其亲本卵巢非常相似;胚胎期的脂肪酸利用率高低顺序为SFA(15.08%)、MUFA(14.46%)、n6PUFA(10.20%)和n3PUFA(0.19%),以C16:0、C16:1、C18:1n9c和C18:2n6c为主要能量来源,n3PUFA被优先保存,特别是DHA得到完全保留;孵化后,在内源性营养阶段,仔鱼对n3PUFA利用迅速上升,仔鱼开口前的脂肪酸利用率高低顺序与胚胎期正好相反:n3PUFA(19.60%)、n6PUFA(16.98%)、SFA(13.50%)和MUFA(13.01%),以C18:2n6c、C22:5n3(DPA)、C20:5n3(EPA)、C22:6n3(DHA)、C18:1n9c和C16:0为主要能量来源,其中仔鱼对DHA实际利用量为最高(14.44 mg/g),仔鱼在开口前期n3PUFA(特别是DHA)被大量利用消耗。研究表明,菊黄东方鲀仔鱼发育需要消耗大量的n3PUFA(特别是DHA和EPA),并建议在菊黄东方鲀苗种培育开口阶段及时增加富含EPA和DHA饵料的投喂量,如海水的轮虫、藻类强化过的卤虫幼体,缓解苗种开口阶段成活率低下的问题。 相似文献
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菊黄东方鲀当年鱼种养殖阶段消化酶活性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
为了研究池塘养殖菊黄东方鲀（Takifugu flavidus）鱼种生长及肠组织中消化酶活性随生长的变化,2012年5－11月进行室外养殖试验,池塘面积0.2 hm2,水深1.5～2.0 m,鱼苗体长1.2~1.5 cm,放养密度为22.5 万尾/hm2,试验用海水盐度5~15,水温为15~35℃,pH 8~9;测定当年鱼种不同生长阶段的体长、体质量、肝重、肠长等生长指标,通过生物化学方法测定了其肠组织主要消化酶活性。结果表明,菊黄东方鲀幼鱼体长、体质量与养殖天数均呈指数相关（L=27.07e0.0088t, W=1.0982e0.0262t）;体长与体质量呈幂函数增长相关（W=3×10-5L3.1070）,且为异速生长。不同生长阶段菊黄东方鲀肝体比、比肠长、肥满度的变化显著（P<0.05）;肝体比随生长呈显著上升趋势（P<0.05）,变化范围为4.15%~20.23%;比肠长则呈显著下降趋势（P<0.05）,变化范围为0.97%～2.33%,不同生长阶段肥满度变化为3.99%～5.11%。菊黄东方鲀肠组织碱性蛋白酶和淀粉酶活性均随生长呈显著降低趋势（P<0.05）,最大值均出现在养殖40 d（83.11 U/mg与3.13 U/mg）;酸性蛋白酶活性呈先下降、后上升趋势（P<0.05）,最小值（0.34 U/mg）与最大值（0.86 U/mg）分别出现在113 d和166 d;脂肪酶活性随生长变化不显著（P>0.05）。研究表明,菊黄东方鲀鱼种的生长与养殖条件的改变存在密切关系;肝体比、比肠长等与鱼的发育及营养摄入存在一定关系;肠组织不是生成蛋白酶和淀粉酶的主要器官。 相似文献