新城疫病毒(长春株)F蛋白基因的克隆和序列分析   总被引：21，自引：6，他引：15  

王兴龙  金宁一  丁壮  金扩世  罗坤  郭志儒  王宏伟  欧阳红生  殷震 《中国兽医学报》1999,19(2):109-113

新城疫病毒（ＮＤＶ）长春株在鸡胚增殖后纯化,提取ＲＮＡ,然后利用特异性引物,经ＲＴ－ＰＣＲ一次性扩增出了ＮＤＶ长春株的全长Ｆ基因。将该Ｆ基因插入ｐＫＳ（－）后,进行了序列测定。序列分析表明,该Ｆ基因核苷酸长度为１７５８ｂｐ,编码５５３个氨基酸,序列中有６个糖基化位点,１３个半胱氨酸残基,裂解位点区（１１２～１１７）氨基酸序列为Ｇｌｙ－Ａｒｇ－Ｇｌｎ－Ｇｌｙ－Ａｒｇ－Ｌｅｕ,与所有弱毒株在这一区域的序列（Ｇｌｙ－Ａｒｇ／Ｌｙｓ－Ｇｌｎ－Ｇｌｙ／Ｓｅｒ－Ａｒｇ－Ｌｅｕ）相符,证明长春株为弱毒株。同源性分析表明,长春株Ｆ基因与目前国外发表的其他ＮＤＶＦ基因相比,核苷酸序列同源性在８８％～９９％之间,推导的氨基酸序列同源性在９０％～９８％之间  相似文献   

新城疫病毒弱毒株分子生物学特性的研究   总被引：3，自引：0，他引：3  

金扩世  金宁一  王兴龙 《中国预防兽医学报》2000,22(3):193-195

于１９９６年从长春地区一养鸡场分离到一株新城疫病毒（ＮＤＶ长春株）,经过病毒生物学特性的研究表明该ＮＤＶ毒株为弱毒株。将ＮＤＶ长春株纯化培养后,提取病毒ＲＮＡ,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增Ｆ基因,并测定出Ｆ基因的全部核苷酸序列为１７５８ｂｐ,编码有５５３个氨基酸残基。与国内外发表的部分ＮＤＶ病毒的强毒株和弱毒株的相同序列进行比较,其核苷酸同源性在８８．２％￣９６．７％之间,氨基酸同源性在９０．１％￣９８．１％之间,并与所有弱毒株Ｆ蛋白裂解位点区（１１２￣１１７）氨基酸序列Ｇｌｙ－Ａｒｇ／Ｌｙｓ－Ｇｌｎ－Ｇｌｙ／Ｓｅｒ－Ａｒｇ－Ｌｅｕ相同,从基因和分子水平上进一步证明ＮＤＶ长春株为ＮＤＶ弱毒株。  相似文献   

新城疫病毒昌黎株与国外毒株HN蛋白基因核苷酸及氨基酸差异性 …   总被引：1，自引：0，他引：1  

丁壮  金宁一 《中国兽医学报》2000,20(4):328-331

参考国外发表的新城疫病毒（ＮＤＶ）的ＨＮ基因序列设计了１对特异性引物，应用ＲＴ－ＰＣＲ对ＮＤＶ昌黎株（野毒）的ＨＮ基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序。扩增出的ＨＮ基因核苷酸长度为１ ７４２ｂｐ，编码５７１个氨基酸，序列中有６个糖基化位点，１３个半胱氨酸残基，与国外发表的强毒株序列相符。核苷酸同源怀在８８．５％～９２．９％，推导的氨基酸序列同源性在９０．０％～９４．２％之间。  相似文献   

一株ClassI新城疫病毒分离株NP和P蛋白基因分子特征和遗传进化分析     

陈云霞  刘华雷  郑东霞  赵云玲  黄伟坚  王志亮 《动物检疫》2011,(3):37-40

本研究对2009年实验室保存的一株ClassI新城疫病毒分离株NDV09—056的NP和P基因进行了扩增和序列分析,对其分子特征和遗传进化关系进行了分析。结果表明该分离株NP蛋白基因全长为1746nt,共编码489aa,其N端1-401氨基酸相对比较保守,C端402-479氨基酸变化比较大;同源性分析表明本分离株的NP蛋白基因与I类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93．5％-98．5%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于77．0％～79．2％。P蛋白主要氨基酸突变区集中在57～107aa和135-212aa两个区域,而N端和C端相对保守;同源性分析表明本分离株的P蛋白基因与I类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为90．4％-95．3％,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于68．3％～72．5％。遗传进化分析表明本分离株与I类基因3型新城疫病毒代表株NDV08．004的亲缘关系最近。  相似文献   

新城疫病毒山东分离株ShD-5-06 F和HN基因序列分析     

岳楚昕  莫贞峰  李颖  刘栋  朱剑英 《动物医学进展》2008,29(8)

从山东济南某非典型新城疫发病鸡群中分离到一株新城疫病毒株（ShD-5—06）,研究其生物学特性表明,该病毒具有新城疫强毒株的一些特征。从该分离株扩增出其F和HN基因,并与标准株进行同源性比较,为探讨NDV是否发生变异提供理论依据。本试验通过RT—PCR法特异性地扩增出F和HN基因全基因序列,并对其与已经发表的序列进行核苷酸序列测定和分析。结果表明,ShD-5—06株的F和HN基因开放性阅读框架（ORF）为1662bp和1716bp,分别编码489个和571个氨基酸。与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相应序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在84．1％～88．7％之间,氨基酸同源性在88．1％～93．3％之间;HN基因核苷酸序列的同源性在82．19,5～87．4％之间,氨基酸同源性在88．6％～90．9%之间;F蛋白裂解位点区（112～117）氨基酸组成与强毒株一致,说明NDV山东分离株（ShD-5—06）为新城疫强毒株。  相似文献   

四个新城疫病毒强毒株HN基因的同源性分析     

丁壮  金宁一  王兴龙  金扩世  李太元  吕杰  米志强  夏志平  殷震 《中国预防兽医学报》2000,(Z1)

新城疫病毒（ＮＤＶ）四平株、昌黎株、青岛株、Ｆ４８Ｅ８株分别接种９日龄ＳＰＦ鸡胚增殖，蚀斑纯化（３代），生物学特性鉴定及结合基因序列分析，表明ＮＤＶ四平株、昌黎株、青岛株均为强毒株。经差数、蔗糖密度梯度离心提纯病毒，分别提取ＲＮＡ，利用一对特异性引物及ＲＴ－ＰＣＲ方法，一次性扩增出 ＮＤＶ四平株、昌黎株、青岛株和 Ｆ４８Ｅ８株的全长 ＨＮ基因，分别将该ＨＮ基因克隆入载体ｐＫＳ（－）并进行测序。序列分析表明，这４个毒株ＨＮ基因核苷酸长度均为１７１３ｂｐ，编码５７１个氨基酸，其中四平株和 Ｆ４８Ｅ８株含有５个糖基化位点，青岛株和昌黎株含有 ６个糖基化位点，四平株含有 １２个半胱氨酸残基，而昌黎株、青岛株和Ｆ４８Ｅ８株含有１３个半胱氨酸残基。３个野生毒株与Ｆ４８Ｅ８相比较，核苷酸序列同源性为８５．７％－９９．３％，推导的氨基酸序列同源性为 ８９．５％－９８．８％，其中 ＮＤＶ四平株与标准强毒 Ｆ４８Ｅ８同源关系最近，核苷酸同源性为 ９９．３％，推导的氨基酸同源性为 ９８． ８％。  相似文献   

一株Class Ⅰ新城疫病毒分离株NP和P蛋白基因分子特征和遗传进化分析     

陈云霞  刘华雷  郑东霞  赵云玲  黄伟坚  王志亮 《中国动物检疫》2011,28(3):37-40

本研究对2009年实验室保存的一株Class Ⅰ新城疫病毒分离株NDV09-056的NP和P基因进行了扩增和序列分析,对其分子特征和遗传进化关系进行了分析。结果表明该分离株NP蛋白基因全长为1746nt,共编码489aa,其N端1～401氨基酸相对比较保守,C端402～479氨基酸变化比较大;同源性分析表明本分离株的NP蛋白基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93.5%～98.5%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于77.0%～79.2%。P蛋白主要氨基酸突变区集中在57～107aa和135～212aa两个区域,而N端和C端相对保守;同源性分析表明本分离株的P蛋白基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为90.4%～95.3%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于68.3%～72.5%。遗传进化分析表明本分离株与Ⅰ类基因3型新城疫病毒代表株NDV08-004的亲缘关系最近。  相似文献   

新城疫病毒四平株HN蛋白基因的克隆与序列分析   总被引：4，自引：1，他引：3  

丁壮  金宁一  王兴龙 《中国预防兽医学报》2000,22(2):102-105

新城疫病毒（ＨＤＶ）四平株在鸡胚增殖后纯化，提取ＲＮＡ，然后利用特异性引物，经ＲＴ－ＰＣＲ一次性扩增出了ＮＤＶ四平株的全长ＨＮ基因。将该ＨＮ基因插入ｐＫＳ后测序。序列分析表明，该ＨＮ基因核苷酸长度为１７４２ｂｐ，编码５７１个氨基酸，序列中有５个糖基化位点，１２个半胱氨酸残基。同源性分析表明，四平株ＨＮ基因与目前国外发表的其他ＮＤＶＨＮ基因相比，核苷酸序鲁同源性在８３．４￣８９．２％之间，推导的氨基  相似文献   

1株鸭源Ⅰ类新城疫病毒分离株F和HN基因的分子特性分析     

冯莉莉  刘华雷  郑东霞  赵云玲  张维  张乐萃  王志亮 《畜牧与兽医》2011,43(4)

采用RT-PCR技术对Ⅰ类新城疫病毒(NDV)09-014分离株完整的融合蛋白(F)基因和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因进行了扩增和遗传进化分析。F基因的序列测定结果表明:该分离株F基因全长为1 792 bp,可编码553个氨基酸,裂解位点的氨基酸组成为112E-R-Q-E-R-L117,具有典型的新城疫弱毒株特征。同源性分析表明本分离株的F基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93%～95.2%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于70.6%～72.4%。HN基因的序列测定结果表明:HN基因全长2 001 bp,可编码616个氨基酸,同源性分析表明本分离株的HN基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性在92.7%～94.7%之间,而与Ⅱ类新城疫病毒同源性较低,为70.7%～71.5%。根据完整的F基因和HN基因构建的遗传进化树均表明:本分离株在分类地位上属于Ⅰ类新城疫病毒基因3型,因此Ⅰ类新城疫病毒的F基因和HN基因具有相似的进化速率。  相似文献   

新城疫病毒ShD-5-04株F基因和HN基因序列分析     

刘栋  朱剑英  王化宝  王娟  莫贞峰  赫静  岳楚昕 《水禽世界》2007,(11):10-13

从山东潍坊某非典型新城疫发病鸡群中分离到一株新城疫病毒(暂命名:ShD-5-04),其生物学特性表明该病毒具有新城疫强毒株的一些特征。通过RT-PCR特异性地扩增出F和HN基因序列,并对其进行核苷酸序列测定和分析,结果表明ShD-5-04株的F和HN基因开放性阅读框架(ORF)为1662bp和1716bp,分别编码489个和571个氨基酸,与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相应序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在84.1%～88.7%之间,氨基酸同源性在88.1%～93.3%之间;HN基因核苷酸序列的同源性在82.1%～87.4%之间,氨基酸同源性在88.6%～90.9%之间;F蛋白裂解位点区(112-117)氨基酸组成与强毒株一致,说明NDV山东分离株(ShD-5-04)为新城疫强毒株。  相似文献   

3株新城疫病毒广西分离株F基因和HN基因序列分析     

《上海畜牧兽医通讯》2016,(5)

根据已发表的新城疫病毒基因组序列,设计并合成了扩增F基因和HN基因的2对引物,利用RT-PCR扩增了3个广西分离株的F基因和HN基因片段,并将其分别克隆到pMDl8-T载体中。结果表明:上述分离株F基因序列全长为1 662bp,编码553个氨基酸;HN基因序列全长为1 716bp或1 734bp,编码571或577个氨基酸。与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相同序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在83.8%~99.9%之间,氨基酸序列的同源性在88.4%~99.3%之间;HN基因核苷酸序列的同源性在80.9%~98.8%之间,氨基酸序列的同源性在86.9%~98.6%之间。系统进化树分析表明,GX21株NDV为基因Ⅰ型,GX215株NDV为基因Ⅱ型,GX117株NDV为基因Ⅶ型。  相似文献   

番鸭源新城疫病毒F蛋白基因的克隆及序列分析     

程龙飞  黄瑜  傅光华  李文杨  施少华  彭春香 《中国兽医学报》2005,25(6):578-580

利用RT-PCR技术对番鸭源新城疫病毒FP1/02株的F蛋白基因进行分段扩增、定向克隆到pMD 18-T Simple Vector质粒载体，然后制定其核苷酸序列，拼接出F基因全序列．并推导出其相应的氨基酸序列。FP1／02株的F蛋白基因全长1690bp．编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列为^112R-R-Q-K-R-F^112．具有强毒蛛特有的氨基酸序列结构特征。核苷酸序列分析结果表明，FP1／02株与其他不同源新城疫病毒毒株之间的核苷酸序列同源性为87.2%～93.3%.  相似文献   

新城疫病毒ShD-5-04株F基因的克隆与毒力分析     

刘栋  朱剑英  牛钟相  王希军 《动物医学进展》2007,28(10):1-7

通过RT-PCR特异性扩增出新城疫病毒(NDV)山东分离株(ShD-5-04)的F基因序列,对其进行核苷酸序列测定和分析.结果表明,ShD-5-04株的F基因开放性阅读框为1 662 bp,编码489个氨基酸.与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相同序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在84.1%～88.7%之间,氨基酸同源性在88.1%～93.3%之间;F蛋白裂解位点区(112位～117位)氨基酸组成与强毒株一致,从基因水平上说明NDV ShD-5-04株为新城疫强毒株.  相似文献   

犬瘟热病毒野毒株融合蛋白主要功能区基因的变异研究   总被引：12，自引：2，他引：10  

李金中  夏咸柱 《中国兽医学报》1996,16(6):519-526

根据犬瘟热病毒（ＣＤＶ）融合蛋白（Ｆ）基因的核苷酸序列，设计合成了１０条引物。用１对引物从延吉犬病料中扩增出了含Ｆ２区基因的３１４ｂｐ的片段。除两端引物序列外为２６５ｂｐ，编码８８个氨基酸。它与日本弱毒株（ＣＤＶ－Ｄ，Ｏｏｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ弱毒株（ＣＤＶ－ＯＮ）、海豹瘟热病毒２型（ＰＤＶ２）、１型（ＰＤＶ１）在核苷酸和氨基酸水平上的同源性，分别为９８．１％和９５．５％、９６．２％和９３．２％和  相似文献   

鹅细小病毒VP1-VP3非重叠区基因的克隆与序列分析     

王志强  刘力威  杨旭东  李洪彬  黄芳芳  邹跃  陈亮  黄宇翔 《中国家禽》2011,33(19)

通过克隆鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)分离株VP1-V3非重叠区基因,并对其进行序列分析,为鹅细小病毒感染与疫苗免疫的鉴别诊断奠定理论基础.进行鹅胚病毒增殖,收集尿囊液,提取基因组,参考发表的B株序列,设计合成一对引物,经PCR扩增,克隆VP1-VP3基因,筛选阳性克隆,对其进行序列测定及同源性分析.结果表明,克隆的基因片段为901 bp,VP1-VP3基因共594 bp,编码198个氨基酸;弱毒株之间亲缘关系很近,核苷酸同源性99.5％～100％,氨基酸同源性98.5％～100％;强毒株与B株亲缘关系较近,核苷酸同源性96.6％,氨基酸同源性97.5％;弱毒株与强毒株亲缘关系较远,核苷酸同源性92％～93％,氨基酸同源性96％～97.5％;弱毒株与B株亲缘关系最远,核苷酸同源性92.5％～93％,氨基酸同源性93.9％～95.5％.说明强毒株与弱毒株之间核苷酸序列存在差异.  相似文献   

猪瘟病毒E2基因的扩增及序列分析     

曲永利  季新成  王臣  员丽娟  李毅 《中国兽医杂志》2006,42(2):7-9

本研究利用RT—PCR技术，对流行于国内部分地区的9株猪瘟病毒（CSFV）E2基因进行扩增，与C-株等4株参考毒株做了同源性比较，绘制了遗传进化关系发生树，结果表明，所测序列共由442个氮基酸残基组成。可将13株CSFV分为两个组群，其E2基因间的核苷酸序列同源性为81．9％～99．7％，所推导氨基酸序列同源性为88．2％～99．5％，其中9株CSFVE2基因的长度均为1324bp，编码的氨基酸序列均包括完整信号肽序列和跨膜区序列，9株流行毒株与C-株之间核苷酸序列同源性为81．9％～95．3％。所推导氨基酸序列同源性为88．2％～95．5％。说明近期流行毒株的变异呈现一定的多样性，并且多数毒株已向远离疫菌株方向变异。  相似文献   

新城疫病毒（昌黎株）F蛋白基因的克隆和序列分析     

米志强  金宁一 《动物科学与动物医学》2000,17(6):39-42

以鸡胚尿囊液繁殖的新城疫病毒（昌黎株）,经差速离心浓缩后,提取ＲＮＡ,参考国外发表新城疫病毒Ｆ基因序列,设计并合成了一对长度皆为２６ｂｐ特异性引物,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增出ＮＤＶ昌黎株部分Ｆ基因序列,将其插入本室构建的ＦｐＫＳ（－）,进行序列测定。序列分析表明该部分Ｆ基因长度为８１０ｂｐ,编码２６７个氨基酸,有４个半胱氨酸残基和２个糖基化位点,裂解位点区（１１２－１１７）氨基酸序列为Ｒ－Ｒ－Ｑ－Ｋ－Ｒ－Ｆ,与所有强毒株在这一区域的序列（Ｒ／Ｋ－Ｒ－Ｑ－Ｒ／Ｋ－Ｒ－Ｆ）相符,证明ＮＤＶ昌黎株为强毒株。  相似文献   

新城疫病毒F48E9株融合蛋白基因核苷酸序列分析   总被引：4，自引：1，他引：3  

曹殿军  苑纯秀 《中国预防兽医学报》1999,21(2):103-106

通过反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）扩增出新城疫病毒国内标准强毒株Ｆ４８Ｅ９的融合蛋白基因的ｃＤ－ＮＡ。经双粘端定向克隆到ｐＵＣ１９的多克隆位点中,采用Ｓａｎｇｅｒ’ｓ双脱氧末端终止法测定ｃＤＮＡ片段的核苷酸序列,并推导出其氨基酸序列。Ｆ基因全长为１６６２个ｂｐ,单一的开放阅读框编码５５３个氨基酸的多肽。Ｆ蛋白的疏水构型有三个强疏水区;其裂解位点的氨基酸序列为１１２Ｒ－Ｒ－Ｑ－Ｒ－１１６Ｒ－１１７Ｆ;Ｆ蛋白上共有１２个Ｃｙｓ残基位点和五个潜在糖基化位点。  相似文献   

新城疫病毒（青岛株）F蛋白基因的克隆和序列分析   总被引：7，自引：1，他引：6  

王兴龙  金宁一  丁壮  金扩世  米志强  郭志儒  李太元  吕杰  殷震 《中国兽医学报》2001,21(2):113-116

参考新城疫病毒（NDV）长春株的F基因序列设计了1以特异性引物，应用RT－PCR对NDV青岛株（野毒）的F基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序，扩出的F基因核苷酸长度为792bp，编码261个氨基酸，包括完整的F2片段和部分F1片段，裂解位点区（112－117aa）氨基酸序列为Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe，与国外发表的强毒株序列相符，正明青岛株为强毒株，根据该基因推导的所基酸序列，与国内外发表的NDVF蛋白氨基酸序列相比，同源性为88．1％－94．3％。  相似文献   

鸽新城疫病毒分离株F0裂解位点的基因克隆及序列分析   总被引：7，自引：0，他引：7  

陈春花  闫玉河 《中国畜禽传染病》1997,(4):5-8

为探讨新鸽新城疫的流行特点，在分子水平上阐明鸽新城疫病毒分离株与鸡新城疫病毒株之间的相互关系，我们用ＲＴ－ＰＣＲ技术获得了分离株Ｆ０裂解位点附近３００ｂｐ的基因片段，将其克隆到ｐＵＣ１９载体上得到一重组克隆ｐＮＤ２１，序列分析表明，插入片段与鸡新城疫强毒Ｔｅｘａｓ相应区域的同源性为８７．７％，而与弱毒株Ｄ２６／７６及ＬａＳｏｔａ同源性分别是９１．７％和９８％，其Ｆ０裂解点的氨基酸顺序为Ｇｌｙ－Ａｒ  相似文献