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相似文献
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1.
根据低分子量谷蛋白亚基(LMW-GS)基因编码区保守序列设计引物,用PCR方法从蛋白质含量低至13.17%的D81和高达27.20%的D42 2份野生二粒小麦(Triticumdicoccoides)中克隆得到2个LMW-GS基因序列LMW-D81和LMW-D42(GenBank上的序列号分别为FJ461691和FJ461690)。它们具有小麦低分子量谷蛋白基因的典型结构特征,其长度分别为1053bp和1011bp,并分别编码350和336个氨基酸残基的成熟蛋白。LMW-D42和LMW-D81的氨基酸序列估算分子量分别为38kDa和39kDa,说明二者均为C型亚基编码基因。LMW-D42和LMW-D81的N-末端序列都为METSHIP-,表明这2个C型亚基编码基因归属LMW-m型。同源性比对和聚类分析揭示,LMW-D81和LMW-D42均属于Glu-B3位点编码基因。LMW-D42和LMW-D81的核苷酸序列和推导的氨基酸序列一致性分别为93.94%和92.57%。与LMW-D81相比,LMW-D42除发生了22处间断性的碱基替换外,还存在一段42个碱基的缺失。对推导氨基酸序列进行的二级结构预测显示,LMW-D81和LMW-D42的蛋白质二级结构高度一致。其α-螺旋主要位于信号肽和C-末端,少量的α-螺旋和不规则卷曲构成了N-末端。大多数不规则卷曲位于重复区,仅有的一段β-折叠则出现在C-末端。同时,它们的编码区均具有分布一致的8个半胱氨酸残基,且第一和第七个半胱氨酸残基均位于无规则卷曲中。这些结构特点对小麦加工品质改良具有一定意义。  相似文献   

2.
通过生物信息学软件预测分析支气管败血波氏杆菌PRN基因编码蛋白功能及其调节机制。结果表明,支气管败血波氏杆菌PRN基因CDS区编码911个氨基酸,分子式为C4 121H6 556N1 250O1 258S11,分子质量为13 196,消光系数为95 800,其理论等电点为9.64,不稳定系数为36.24,PRN蛋白的理化性质稳定;PRN蛋白有多个磷酸化位点和糖基化位点;信号肽预测PRN蛋白有1个信号肽,信号肽位置在1～34;PRN蛋白为亲水性蛋白,存在1个跨膜结构;预测二级结构主要由无规则卷曲构成,占39.08%,β-折叠占23.93%,α-螺旋占23.30%,三级结构主要由无规则卷曲和β-折叠构成。上述结果提示,该蛋白具有重要生物学意义,可为进一步开发支气管败血波氏杆菌亚单位疫苗奠定基础。  相似文献   

3.
通过生物信息学和同源建模分析发现甘薯mPPO含有588个氨基酸残基(aa),其N-端包含两段跨膜信号序列.二级结构预测结果显示,mPPO含有18个α-螺旋、 9个β-转角、 18个无规则卷曲,同时二硫键稳定着酶分子结构,活性中心被6个组氨酸包围.分子对接结果揭示了mPPO与底物的结合位点以及相互作用方式.  相似文献   

4.
根据在NCBI中已登录的植物转录因子NAC家族中与抗逆性有关成员的核苷酸序列和氨基酸序列,应用生物信息学软件分析了其理化性质、疏水性/亲水性、跨膜结构、二级结构、功能结构域等,并构建了这类NAC家族成员的系统进化树.结果表明,17种NAC成员的蛋白质一级结构中存在明显的疏水区和亲水区,都存在明显的α--螺旋和β折叠.二级结构组成上相似,都由α-螺旋、β折叠和无规则卷曲组成.这些成员都能够通过同源建模分析NAC蛋白质的三维结构.进化分析表明,它们主要分成4大类群.通过多序列比对得到了这些成员的保守区段,并设计了简并引物.  相似文献   

5.
紫花苜蓿蛋白质二硫键异构酶的基因已经被克隆测序。利用其mRNA及氨基酸序列,应用生物信息学软件预测了该蛋白质的理化性质、亲/疏水性、信号肽、二级结构、卷曲螺旋结构、跨膜区域、糖基化位点、活性位点、亚细胞定位、功能结构域及高级结构。结果表明,该蛋白质是一个整体疏水性蛋白,细胞定位为粗面内质网,含有512个氨基酸,理论等电点为4.98,信号肽位于1～24号氨基酸;二级结构中α-螺旋占26.37％（135AA）,无规则卷曲占53.32％（273AA）,延伸链占20.31％（104AA）;包含3个卷曲螺旋结构,3个糖基化位点,2个硫氧还蛋白结构域,2个硫氧还蛋白活性位点。Ramachandram结构检测表明此模型的三维结构符合立体化学能量规则。  相似文献   

6.
目的应用生物信息学的方法预测地衣芽孢杆菌几丁质酶的结构与功能。方法登陆NCBI数据库搜索目标酶的氨基酸序列,用生物信息学软件ProtParam、SIGNALIP、SWISS-MODEL等预测该酶的理化性质、信号肽及跨膜区、空间结构等。结果该酶是由693个氨基酸组成的蛋白质,相对分子质量为77803.79,分子式为C_(3483)H~(5251)N~(937)O~(1059)S~(19),理论等电点为5.42,不稳定系数为33.82,亲水性系数为-0.590,二级结构中α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲所占比分别为15.73%、26.55%和57.72%。结论地衣芽孢杆菌几丁质酶为一种亲水性蛋白,有磷酸化、乙酰化位点,有信号肽,可分泌,可能作为一种胞外因子与其他物质共同作用,为其进一步研究提供新方向。  相似文献   

7.
从绿盲蝽(Apolygus lucorum)成虫中克隆得到1个多聚半乳糖醛酸酶(Polygalacturonase,PG)基因ALPG(GenBank登录号JQ288100.1),其碱基序列为1 050 bp,编码350个氨基酸。获得的该碱基序列与美国豆荚草盲蝽(Lygus hesperus)PG具有很高的同源性,碱基序列一致性为93%。该基因编码蛋白AL-PG有氨基端疏水信号肽序列(MKFTIYALGLLVAVASA)。预测的成熟肽相对分子质量为35.9 kD,等电点为8.89。AL-PG二级结构由大量的β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成,而α-螺旋的数量非常少。AL-PG三级结构是右手平行的β螺旋结构,包含4组β折叠,PB1,PB2a,PB2b和PB3。催化氨基酸残基Asp153,Asp173和Asp174在底物结合裂缝的底部,底物结合裂缝入口的最小距离为8.4。  相似文献   

8.
为研究捕食线虫性真菌几丁质酶的功能,在国内首次对少孢节丛孢菌XJ-A1几丁质酶AO-801和AO-483基因进行扩增、克隆及测序,并对其编码蛋白信号肽、疏水性与亲水性、高级结构、功能域进行预测和分析。结果显示,2个不同蛋白均具有典型的几丁质酶催化区保守序列SXGGW和DGXDXDWE,属于糖苷水解酶18家族几丁质酶,无信号肽序列,表明这2个蛋白为非分泌型蛋白,二级结构以无规则卷曲、α-螺旋和β-折叠为蛋白的主要结构元件,三级结构中有(α/β)8的圆桶形结构。系统发育分析表明,几丁质酶AO-801和AO-483与昆虫病原真菌几丁质酶的亲缘关系更为接近,说明它们所产生的几丁质酶在侵染宿主的过程中发挥着类似的功能,并且不同来源真菌几丁质酶根据分子质量的差异形成3个不同的进化分枝。  相似文献   

9.
采用生物信息学方法分析和预测了荷斯坦牛TLR6基因编码蛋白质的理化特性、结构功能及其同源进化关系。结果表明,荷斯坦牛TLR6基因编码793个氨基酸,组成蛋白为不稳定的水溶性蛋白,二级结构为混合型,三级结构由α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成。蛋白质功能显示信号转导、胁迫应答、免疫应答和生长因子的几率相对较高。荷斯坦牛TLR6基因氨基酸序列与牦牛的同源性较高。说明TLR6基因能在荷斯坦牛免疫应答和生长调节过程中发挥重要作用,可能对牛的抗病力和生产性能起作用。  相似文献   

10.
对斑翅果蝇非典型嗅觉受体(Orco)基因的理化性质、亚细胞定位、跨膜结构、信号肽、磷酸化位点、保守结构域、亲疏水性、蛋白功能、二级和三级结构及同源进化等进行分析.结果显示,斑翅果蝇Orco基因编码的蛋白质有486个氨基酸,相对分子质量为54 271.14 u,等电点为8.69.亚细胞主要定位于其他细胞器,不属于分泌蛋白;无信号肽序列,有7个跨膜结构和1个Pfam 7tm_6的结构域;Orco蛋白的二级结构中,α螺旋占50.21%,直链延伸占20.16%,β转角占8.64%,无规则卷曲占20.99%;三级结构主要由α螺旋和无规则卷曲缠绕折叠形成.  相似文献   

11.
张益奇  赵伟  金妙仁  杨瑞金 《安徽农业科学》2011,(10):5933-5934,5948
[目的]研究汽爆处理对羽毛角蛋白二级结构的影响,为其体外消化率的提高寻找依据。[方法]采用FTIR技术研究羽毛汽爆处理前后的光谱行为,经去卷积和曲线拟合等数学方法进一步处理后,得到其α螺旋、β转角、无规卷曲和β折叠的相对含量。[结果]经汽爆处理后,羽毛体外胃蛋白酶消化率显著提高;从二级结构的变化可看出,羽毛角蛋白经汽爆处理后β折叠含量明显减少,无规卷曲含量增加。[结论]汽爆处理后,羽毛角蛋白二级结构的改变可能是其消化率提高的原因。  相似文献   

12.
以框镜鲤Cyprinus carpio维氏气单胞菌Aeromonas veronii CY0806株细菌基因组DNA为模板,经PCR扩增,获得flaA基因,将其克隆并测序,测序结果与气单胞菌属的不同菌株进行相似性分析,并对flaA基因编码蛋白质进行生物信息学分析.结果显示:获得框镜鲤维氏气单胞菌鞭毛flaA基因,长915 bp,编码304个氨基酸,系统进化树分析,其与其他维氏气单胞菌flaA基因处于同一分支,相关生物信息学分析显示,flaA基因编码的蛋白质相对分子质量32 098.66,等电点5.57,半衰期30 h,不稳定系数为32.31,脂肪系数81.05,不存在信号肽和跨膜区,二级结构预测:flaA基因以α螺旋和β折叠为主,同时,以同源建模法预测了flaA基因编码蛋白的三维立体结构.  相似文献   

13.
黄建峰  雷文益  蔡慈峰  廖志勇 《安徽农业科学》2011,39(16):9735-9737,9745
对NCBI已登记的5种鱼IGFⅠ-的氨基酸序列进行生物信息学方法分析,对其组分、理化性质、跨膜结构域、二级结构、功能结构域、亚细胞定位、同源建模及分子进化进行预测和推断。结果表明,IGⅠF-定位于胞外,是一种存在信号肽的分泌性蛋白,伸展片段和自由卷曲是成熟IGFⅠ-的主要结构元件,而α-螺旋则分布于分子表面。  相似文献   

14.
为通过原核、真核外源表达贵州黑山羊肌肉生长抑制素(MSTN)蛋白,制备MSTN受体拮抗剂或免疫诱导山羊产生MSTN抗体,从而消除MSTN对肌肉生长的抑制作用奠定基础,采用RT-PCR技术扩增贵州黑山羊生长抑制素基因cDNA序列;应用生物信息学相关软件和方法对生长抑制素蛋白二级结构和抗原表位进行预测。结果表明:贵州黑山羊生长抑制素基因编码区全长1 128bp,编码375个氨基酸。生长抑制素蛋白二级结构以无规卷曲为主,有少量的α螺旋和β片层,少见β转角;推测生长抑制素蛋白在二级结构上可能有3个优势抗原表位区域,分别为72～78、235～240和251～254位肽段。  相似文献   

15.
向日葵抗坏血酸过氧化物酶的电子克隆和生物信息学分析   总被引：1，自引：1，他引：0  
利用电子克隆技术得到长753 bp的向日葵抗坏血酸过氧化物酶(HaAPX)cDNA。通过生物信息学分析发现,HaAPX在核酸水平和蛋白质水平上都与常见物种的APX非常相似,具有极其保守的酶活作用域Peroxidase-1(-divtlsggHtl-)和Peroxidase-2(-aplmlRlawHsa-),且配体结合位点和金属结合位点完全保守。HaAPX与甘薯(Ipomoea batatas)APX亲缘关系很近,其编码蛋白由250个氨基酸组成,分子量为2.7 ku,无信号肽和跨膜区,二级结构由37.6%α-螺旋、13.2%β-折叠、9.2%β-转角和40%无规则卷曲组成,三维构象与豌豆APX的非常相似。  相似文献   

16.
白羽王鸽泛素(UB)基因的生物信息学分析   总被引：1，自引：0，他引：1  
张青峰  高鹏飞  王钦德 《安徽农业科学》2009,37(26):12545-12546
[目的]对白羽王鸽泛素基因的cDNA序列进行相关分析。[方法]运用相关生物信息学软件对该基因eDNA序列进行分析和预测,编码蛋白的理化性质及二级结构。[结果]生物信息学分析结果表明,白羽王鸽泛素基因编码区长度为1037bp,编码的多肽由76个氨基酸残基组成,相对分子质量为34．368kD,理论等电点为6．94,二级结构中α-螺旋占24．6％,无规则卷曲占43．3％。B延伸链占32．1％。[结论]通过白羽王鸽泛素基因相关生物学信息分析,为进一步研究泛素基因在白羽王鸽机体内的作用奠定了基础。  相似文献   

17.
采用生物信息学分析方法对 GenBank 中来源于茶树、可可、山茶等植物咖啡碱合成酶的氨基酸序列进行比对分析,就等电点、亚细胞定位、信号肽、跨膜螺旋、保守性功能结构域及基序、二级结构与三级结构等重要参数进行预测与分析。结果表明,植物咖啡碱合成酶主要定位于胞质和胞核中,含有磷酸化、酰基化和糖基化修饰位点,基于基因序列与保守结构域可被分成3种类型,其中 I 型与 II 型酶蛋白均属全α型水溶性酶蛋白,III 型酶蛋白除二级结构富含无规卷曲构件,还极有可能存在信号肽序列,但3类酶蛋白均无跨膜螺旋,三级结构预测显示,I 型、II 型酶蛋白极为相似,由α螺旋和横向β-折叠片层组成,III 型则α螺旋位于横向两端,中间由纵向β-折叠片层连接。  相似文献   

18.
【目的】研究pH对鸡肉肌原纤维蛋白热诱导凝胶非共价键作用力和结构的影响,揭示凝胶非共价键作用力与结构之间的关系。【方法】活AA鸡宰杀,提取鸡胸肉肌原纤维蛋白,配制不同pH(5.0、5.5、6.0、6.5、7.0)的肌原纤维蛋白溶液并制成热诱导凝胶,运用Zeta电位仪测定肌原纤维蛋白凝胶分子表面的电位值来表征静电相互作用;利用拉曼光谱仪测定肌原纤维蛋白凝胶I760/I1003反映疏水相互作用变化,I850/I830反映凝胶氢键变化,并通过分析酰胺带I最大峰的波数计算蛋白和凝胶的二级结构含量;用粒度仪测定肌原纤维蛋白粒径大小和分布情况;用扫描电镜观察凝胶微观结构。【结果】pH由7.0降至5.0,肌原纤维蛋白热诱导凝胶的Zeta电位值从-17.87显著变化到-0.263(P0.05),表明肌原纤维蛋白凝胶分子表面所带负电荷急剧减少,静电斥力显著减弱;归一化强度I760/I1003比值由0.86逐渐增大到0.927,表明肌原纤维蛋白中色氨酸包埋程度增加,凝胶分子间的疏水相互作用增强;归一化强度I850/I830比值从1.039减小至0.987,表明肌原纤维蛋白酪氨酸残基苯环上-OH与水分子生成的氢键逐渐减少、与蛋白质上其他基团生成的氢键逐渐增加,即蛋白分子间的氢键作用增强,蛋白与水的作用减弱。pH由7.0降至6.5,肌原纤维蛋白热诱导凝胶的α-螺旋含量从59.96%降低到55.24%(P0.05),β-折叠含量从15.83%显著增加到19.44%(P0.05),β-转角和无规则卷曲含量都显著增加(P0.05);pH在6.5—6.0时,各种结构含量变化都不显著(P0.05);pH在6.0—5.0时,肌原纤维蛋白热诱导凝胶的α-螺旋含量从51.61%降低到16.76%(P0.05),β-折叠含量从22.23%显著增加到48.93%(P0.05),β-转角和无规则卷曲含量都显著增加(P0.05)。随着pH降低,肌原纤维蛋白α-螺旋的含量逐渐降低,而β-折叠、β-转角和无规则卷曲含量都显著增加(P0.05)。pH在7.0—5.0时,肌原纤维蛋白粒径大小逐渐增大,D_(10)从13.4μm上升到48.4μm,D_(50)从38μm上升到253μm,D_(90)从236μm上升到805μm。pH 7.0时形成的凝胶微观结构有序,孔径最大;随着pH减小,凝胶微观结构有序程度降低,孔径变小;pH 5.0时形成的凝胶微观结构无序、孔径最小。pH与凝胶静电相互作用、疏水相互作用极显著负相关(P0.01),与氢键、α-螺旋含量显著正相关(P0.05),与β-折叠含量显著负相关(P0.05),这表明pH显著影响静电斥力、疏水相互作用、分子间氢键和二级结构含量。静电相互作用、疏水相互作用、氢键与蛋白凝胶二级结构都显著相关(P0.05),表明非共价键作用力显著影响二级结构。【结论】肌原纤维蛋白凝胶非共价键作用力、二级结构和微观结构与pH密切相关;pH从7.0降到5.0,静电斥力减小、疏水相互作用增大、分子间氢键增大,是α-螺旋含量减小、β-折叠含量增多以及凝胶微观结构变得无序、孔径减小的原因。  相似文献   

19.
柴达木盆地梭梭CMO基因的克隆及其蛋白结构预测   总被引：1，自引：0，他引：1  
对柴达木盆地梭梭的CMO基因进行扩增,并利用生物软件对CMO基因序列进行分析、对蛋白结构进行预测。结果表明,柴达木盆地梭梭CMO基因长度为1 341 bp,编码447个氨基酸。CMO蛋白亲水性、二级结构、亚细胞定位、信号肽、跨膜螺旋区、三级结构预测结果显示柴达木盆地梭梭CMO蛋白亚细胞定位于叶绿体,无信号肽,蛋白二级结构主要为无规则卷曲。CMO蛋白具有多个多种类型的功能位点,为蛋白功能的实现提供了保障。此外CMO蛋白的亲水性较强,无跨膜螺旋区。柴达木盆地梭梭CMO蛋白三维结构预测结果显示CMO蛋白三维结构由α螺旋、β折叠和无规则卷曲互相盘绕而成。  相似文献   

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