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蜜蜂最近成为了第三种加入基因组测序俱乐部的昆虫。这让科学家得以一窥蜜蜂社会令人惊叹的秘密,并有助于揭开蜜蜂的身世之谜。自从人类基因组工程进入收尾阶段,随着测序技术的进步,越来越多的生物加入了基因组测序俱乐部。从病毒到杨树再到小鼠和黑猩猩,越来越多的基因组序列为科学家提供了珍贵的信息,这也让关于基因组测序的新闻变得不那么引人注目了。如果说人类基因组计划启动之初曾经被比作生物学的登月计划,那么今天一种生物基因组测序的完成可能不过是一次普通的太空旅行。但是,上个月科学家公布的一种生物的基因组序列似乎有着不同… 相似文献
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全基因组测序在畜禽中应用的研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
在基因组研究方面,目前全基因组测序已由第一代测序技术发展到第三代测序技术,全基因组测序与传统方法相比具有更加全面、精准、高效等优势。随着测序技术的发展和费用的降低,全基因组测序（whole genome sequencing,WGS）技术逐渐成为基因组研究应用最广泛的技术。全基因组测序已经在畜禽起源进化、重要经济性状基因挖掘、分子育种等方面取得了诸多成果。通过全基因组重测序,能够发现拷贝数变异（copy number variation,CNV）及单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）变异,丰富现有的CNV和SNP数据库,为抗病、生长、食欲、代谢调节、表型、环境适应机制及重要经济性状基因的分析提供重要数据。作者针对全基因组测序技术在主要畜禽上的研究进展,综述了全基因组测序在畜禽的品种遗传多样性、群体演变机制、功能基因挖掘等研究中的应用,并探讨了全基因组测序存在的问题,旨在为畜禽种质资源保护和分子育种实践提供参考。 相似文献
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猪具有独特的生物学特征,在畜牧业生产和医学研究中占有重要地位。全基因组测序即de novo测序和全基因组重测序为解释猪的生物学特性和促进猪的分子育种发挥了重要作用。本文重点阐述全基因组测序在猪基因组学研究中的应用,分析全基因组测序技术及其在猪的全基因组测序工作中的优势和不足,并对未来猪的分子遗传育种研究工作进行展望。 相似文献
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H5亚型禽流感为人兽共患病,可严重威胁人类和动物健康。直接对样品进行禽流感病毒靶向全基因组测序、系统进化分析,对于揭示禽流感病毒分子特征具有重要作用。本研究采用第三代靶向纳米孔测序技术,对1份禽流感病毒阳性拭子样品进行了全基因组测序。序列鉴定结果显示,病毒为H5N5亚型禽流感病毒,序列覆盖度达96.44%,仅PB1基因约480 bp的序列未被测出;HA蛋白裂解位点含有5个连续的碱性氨基酸,具备高致病性禽流感病毒分子特征,未发现向SAα2-6 Gal受体基因转变的氨基酸突变;HA基因进化分析结果显示,病毒为2.3.4谱系,NA基因为欧亚谱系。本研究采用靶向纳米孔测序技术,成功对灭活禽泄殖腔拭子中的禽流感病毒进行了基因组测序,证实该技术快速、便捷,可直接用于拭子样品的病毒全基因组测序,适用于动物流感病毒的快速分子鉴定与溯源。 相似文献
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中国李是重要的落叶果树之一,具有较高的经济价值与生态价值,但其全基因组信息尚未被解析,限制着相关研究的深入开展。本研究通过二代基因组Survey测序分析,对中国李品种‘秋姬’全基因组信息进行初步解析,质控后共获得22.9 Gb 高质量数据,经17-mer分析,预估其基因组大小为305.6 Mb,基因组杂合度为0.92%,属于高杂合中型基因组；采用SOAPdenovo软件进行组装,所得Contig N50为440 bp,Scaffold总长约为267 Mb,后续拟用第三代测序技术进行精细组装。 相似文献
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叶绿体是植物能量转化和光合作用的重要细胞器,也是母本遗传信息的重要载体。叶绿体基因组信息在揭示物种进化、杂交、演变,以及物种鉴定等方面具有重要价值。在其他植物叶绿体基因组研究迅速发展的同时,牧草叶绿体基因组的研究也紧随其后,但针对部分牧草的研究并未深入进行,仅仅是完成了叶绿体基因组全序列的测定。鉴于牧草叶绿体基因组研究的重要性,本文收集整理了近年来的有关资料,从叶绿体DNA的分离、提纯、测序以及牧草叶绿体基因组的研究进展等几个方面归纳了此领域的最新研究成果,旨在使人们进一步了解叶绿体DNA的提纯以及牧草叶绿体基因组的研究现状、今后的发展趋势和应用前景。 相似文献
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国内外猪基因组与分子育种研究进展 总被引：3，自引：1，他引：2
1 猪基因组计划研究进展 随着人类基因组测序的完成也推动了农业动物基因组研究工作,继2004年先后完成了鸡和牛的基因组测序后,美国农业部(IJSDA)展开了二大研究:一是在肉畜研究中心开展的大规模基因定位计划;二是国家动物基因组研究计划. 相似文献
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禾本科沙鞭属仅包含沙鞭一个种。沙鞭具有根茎繁殖、克隆整合等典型沙生植物特征,是我国内蒙古高原非固定沙地的建群种。本研究采用流式细胞术和K-mer分析方法测定沙鞭基因组大小,建立和优化以芨芨草为内参物种、青海固沙草和方穗山羊草为外参物种的二倍体植物DNA含量(DNA C值)测定体系。研究结果表明:1)沙鞭流式细胞峰值荧光是青海固沙草的2。54倍,是芨芨草的1。35倍,峰值信号远小于方穗山羊草,推测沙鞭基因组大小约为1580。10±5。02 Mb;2)K-mer分析结果表明,沙鞭基因组大小为1563。54 Mb,杂合率1。15%,重复序列比例为66。27%,基因组GC含量为43。4%,属于高杂合、高重复的复杂基因组;3)沙鞭基因组可使用PacBio平台CLR或HiFi模式进行三代测序,测序深度应不低于20×。沙鞭基因组大小的准确测定不仅补充了禾本科针茅族植物的DNA含量数据,同时也为沙鞭基因组测序、进化基因组研究、种质资源开发和利用以及遗传资源保护提供了数据参考,可为针茅族近缘物种基因组大小测定提供借鉴。 相似文献
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目的:通过对武昌鱼、鲫鱼、草鱼和鲢鱼4种鱼类线粒体atp6基因序列的差异性开展研究和分析,为鲤科鱼类的系统发育关系、遗传特异性、遗传资源的保护研究提供参考。方法:通过常规的酚-氯仿抽提法提取4种鲤科鱼基因组DNA,以基因库中的草鱼(HQ891005)线粒体基因组序列为模板设计引物,对4种鱼的线粒体atp6基因序列进行PCR扩增和测序,将测序结果与GenBank上公布的17种鱼类(其中鲤科鱼类8种、鲭科鱼类3种、鲑科鱼类2种、鳅科、慈鲷科、近魟科、狗母鱼科鱼类各1种)线粒体基因组序列进行比对,构建系统进化树。结果:4种实验鲤科鱼类与GenBank上下载的8种鲤科鱼进行比对,通过分析这12种鲤科鱼类的线粒体atp6基因(436bp)的核苷酸序列中T、C、A和G平均含量分别为29%、28%、30%和13%,在建立的系统进化树中,12种鲤形目鱼被分成两部分,一部分中是11种鲤形目鱼,它们的亲缘关系为45;剩余一目的胭脂鱼和灯笼鱼目的杂斑狗母鱼被分为第二部分,亲缘关系为52。4种鲤科鱼类的亲缘关系,与同属间较近,与不同属的较远。 相似文献
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虹鳟鱼传染性造血器官坏死病（IHN）是一种死亡率高、危害性极大的鲑科鱼类病毒性传染病。于2009年侵入甘肃省，对甘肃省虹鳟鱼产业造成毁灭性打击，使永登、永昌等地虹鳟鱼养殖场被迫停产。本试验使用兰州市威特森生物科技有限公司和兰州市渔业技术推广中心联合研制的一种IHN基因工程疫苗开展虹鳟鱼注射免疫和浸泡免疫试验，同时将免疫完成后的苗种投放到疫区开展攻毒试验。结果表明，虹鳟鱼传染性造血器官坏死病疫苗接种，采用浸泡接种的方法较注射接种更适合在生产实践中推广应用；且适宜采用二次浸泡接种的方法，第一次浸泡免疫的苗种规格为4g，第二次浸泡免疫的苗种规格为10g；该基因工程苗采用1‰浓度进行免疫效果最佳，免疫虹鳟鱼苗种成活率可达80%以上。 相似文献
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全基因组重测序及其在动物育种的研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
《畜牧与兽医》2017,(11):145-148
随着生物科学技术的发展以及基因研究的深入,越来越多地使用全基因组测序和高通量测序技术,以期在全基因组水平上找到与疾病或动植物复杂性状有关的遗传变异,分析个体或群体之间的基因序列差异或结构差异,检测范围广、效率高、准确度高。本文就全基因组重测序的主要内容和研究进展加以综述。 相似文献
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《中国兽医杂志》2019,(4)
为进一步对西藏牦牛巴氏杆菌病基因组学研究提供理论基础,从西藏林芝某地病死牦牛肺脏中分离鉴定出1株荚膜A型牦牛巴氏杆菌,并通过SMRT法对该菌株进行全基因组序列测定,对测序数据组装后基因组组分及比较基因组学进行分析。结果显示,获得大小为2.3 Mb基因组,GC含量40.30%。同时预测2 096个编码基因数量,编码基因序列总长度2 047 410 bp。预测出总长度为4 739 bp的重复序列,重复序列含量0.21%。预测非编码rRNA数量为19、tRNA数量为59。假基因数量为3,假基因总长度为736 bp。此外,对测序的1株菌株和2株参考菌株(Mannheimia haeemolytica、Pasteurella multocica)进行基因组共线性分析,显示测序菌株与参考菌株之间共线性良好。对测序的1株菌株和2株参考菌株进行家族分类,共得到2 105个基因族,其中,3株菌共有的基因族类(核心基因族)有1 483个,占总基因组的70.45%。进化分析研究显示,测序菌株与参考菌株Mannheimia haeemolytica较远。表明本研究对西藏牦牛巴氏杆菌分离菌株进行全基因测序,同时进行基因组组分及比较基因组学分析,为牦牛巴氏杆菌病的进一步研究提供数据支持。 相似文献
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秦岭细鳞鲑属鲑形目，鲑科，细鳞鲑属，俗称花鱼、梅花鱼、金板鱼、闾花鱼、五色鱼、闾鱼，是我国独有的珍稀冷水性鱼类，属国家Ⅱ级保护野生动物，由于秦岭细鳞鲑是在地理上分布最南的两种鲑科鱼类之一（另一种为川陕哲罗鲑），为冰期自北方南移的残留种，李思忠（1966）将其定为细鳞鲑的地方亚种。 相似文献
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7 猪重要性状相关基因与QTL研究 7.1 猪的基因组测序 中国科学院北京基因组研究所和丹麦猪育种与生产委员会(DCPBP)的科研人员从2001年起合作进行首次大规模猪基因组测序项目--Sino-Danish Pig Genome Project. 相似文献
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叶绿体基因组的结构和组成较为保守且其序列片段的变异速率适中,适合用于研究植物的系统进化。以我国主要栽培桑种广东桑(Morus atropurpurea)的品种一串红为实验材料,利用Illumina高通量测序平台进行广东桑叶绿体全基因组测序,分析基因组结构,并且与已报道近缘物种的叶绿体基因组进行比较。广东桑叶绿体基因组长159 113 bp,2个反向重复区(IRa和IRb)长度均为25 707 bp,被大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)分隔开,LSC和SSC大小分别为87 824 bp、19 875bp;叶绿体基因组共有130个基因,包含85个蛋白质的编码基因、37个t RNA基因和8个r RNA基因,其中含有内含子的基因数量是24个,有22个基因只含有1个内含子,2个基因(ycf3和clp P)含有2个内含子。广东桑叶绿体基因组的基因数目、种类以及CG含量与其它桑属植物的叶绿体基因组类似。通过生物信息学分析在广东桑叶绿体基因组得到83个简单重复序列(SSR)位点,单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复基序的数量分别是60、8、3、10、2个,未发现六核苷酸重复序列,大多数位点都偏向A或T组成。用MEGA 6.0软件通过最大似然法和邻近法基于叶绿体全基因组序列对包括4个桑种在内的14个物种进行聚类分析,其中广东桑和蒙桑(Morus mongolica)聚在一起,印度桑(Morus indica)和川桑(Morus notabilis)聚在一起。研究结果对于叶绿体基因组工程研究以及桑属种间的分子标记开发和优良品种培育具有一定参考价值。 相似文献