新城疫病毒贵州分离株F基因的克隆和序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

伍祥龙  温贵兰  袁翠霞  周碧君  文明  李永明 《动物医学进展》2008,29(7)

根据GenBank中登录的新城疫病毒（NDV）F基因序列设计了一对引物,用RT-PCR方法扩增了8个NDV贵州分离株的F基因片段,并将其分别克隆到pMD-18T载体中。序列分析结果表明,上述分离株F基因长度为1662bp,编码553个氨基酸,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为84.0%～99.7%和87.5%～99.3%,但与LaSota、B1及F48E9等常见毒株的氨基酸同源性为87.2%～97.7%。F蛋白裂解位点的氨基酸序列分别为112R-R-Q-R/K-R-F^117（其中P1、H2、N98、DQ、FW、BY、GZ7株为强毒）和112G-R-Q-G-R-L^117（TN1株为弱毒）。利用MegAlign软件绘制NDV的系统发育进化树,结果表明,4个分离株（P1、H2、、N98、DQ）为基因Ⅶ型,2株（GZ、TN）为基因Ⅱ型,2株（FW、BY）为基因Ⅸ型。  相似文献   

新城疫病毒贵州不同鸡源分离株F基因的克隆与序列分析     

汪德生  伍祥龙  文明  周碧君  王文亮  温贵兰 《贵州畜牧兽医》2008,32(3)

应用PCR技术扩增NDV贵州不同鸡源分离株,包括肉鸡源P1株与BY株、蛋鸡源H2株与FW株、七彩山鸡源N98株和越南斗鸡源DQ株的F蛋白基因,将该基因片段分别进行克隆和测序,并与国内外NDV参考株的对应序列进行比较分析。结果表明:6株NDV贵州不同鸡源分离株的F基因长度均为1 662 bp,编码553个氨基酸;分离株间核苷酸同源性为86.9%~99.7%,氨基酸同源性为91.0%~99.3%;与国内外NDV代表株(LaSota株、B1株、F48E9株、CH2000株和TW 2000株)的核苷酸同源性为84.0%~98.9%,氨基酸同源性为87.2%~98.6%;经系统发育进化树分析,DQ株、N98株、P1株和H2株为基因VIId型,而BY株和FW株为基因IX型。这些结果提示贵州省不同鸡群间存在相同NDV毒株感染的可能性,不同年份间NDV毒株发生基因型改变,而近年来贵州省流行的ND疫情主要是由NDV基因VII型引起。  相似文献   

鸵鸟源新城疫病毒TN株F基因的克隆与序列分析     

文明  伍祥龙  唐源  温贵兰  汪德生  周碧君 《中国兽药杂志》2007,41(12):16-19

应用PCR技术对1株鸵鸟源新城疫病毒TN株融合蛋白基因(F基因)进行扩增,将其克隆到pMD18-T载体后进行序列测定,并与国内外NDV毒株对应序列进行比较分析.结果表明,TN株F基因的长度为1 662 bp,可编码553个氨基酸,其裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,为1株新城疫弱毒株;与贵州省其他禽源(包括肉鸡、蛋鸡、越南斗鸡、七彩山鸡和鸽子等)毒株间的核苷酸同源性为84.0%～89.6%,氨基酸同源性为87.5%～92.1%;与国内外NDV代表株(Lasota株、B1株、F48E9株、CH2000株和TW2000株)的核苷酸同源性为84.4%～98.6%,氨基酸同源性为88.3%～98.0%.经系统发生树分析,TN株与NDV弱毒株Lasota株和B1株在同一分支上,属于基因II型NDV.  相似文献   

不同动物来源的新城疫病毒F基因序列分析     

冯淑萍  石伟革  孙翔翔  潘杰  黄胜斌  曾咏芳  何奇松  杨可研  胡巧云  熊毅 《动物医学进展》2014,(12)

为了解广西地区新城疫病毒（NDV）在不同动物宿主内的分布流行情况,对从广西地区鸡、野鸟、猪、鹅、马等5种不同动物体内分离到 NDV 毒株,进行了 F 基因的克隆扩增和序列分析。结果表明,5个NDV 分离株 F 基因的核苷酸序列同源性为85．2％～98．6％,推导氨基酸序列同源性为88．9％～98．6％,同源性差异较大;5个毒株的 F 基因与国内贵州、长春、福建等地的当前流行株同源性较高;以 F 基因前374 bp核甘酸同源性比较分型表明,鸡源、鹅源、马源毒株为当前流行的基因Ⅶ型,而猪源毒株和野鸟源毒株为传统的基因Ⅱ型。  相似文献   

1株越南斗鸡新城疫病毒的分离和分子鉴定     

伍祥龙  伍明山  何骞  文明  李永明 《中国兽医学报》2008,28(12)

从一起新城疫暴发的病例中分离出1株新城疫病毒(NDV),命名为贵州分离株(DQ)。用RT-PCR方法扩增了贵州分离株的整个F基因片段,并将其克隆到pMD18-T载体中。序列分析结果表明,上述分离株F基因长度为1 662 bp,编码553个氨基酸。该毒株与国内2株分离株(CH2000、TW2000)之间的亲缘关系较近,其核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.7%~96.6%和96.6%~96.8%;但与LaSota、B1及F48E9等常见毒株的核苷酸和氨基酸同源性仅为84.0%~86.5%和87.2%~89.9%。DQ分离株在F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,与NDV强毒株特征相符,且具有101处的K(赖氨酸)和121处V(缬氨酸)2个特征性氨基酸,与NDV基因Ⅶ型的特性完全相符。利用MegAlign软件绘制NDV的系统发育进化树,结果表明,该分离株为基因Ⅶd亚型。  相似文献   

野鸭源新城疫病毒的分离及其F基因的克隆与序列分析     

蔡丽娅  王桂军  秦爱建  陈建霞  崔平福  邵红霞  金文杰 《畜牧与兽医》2009,41(8)

用RT-PCR方法扩增从野鸭体内分离到的3株新城疫病毒(newcastle disease virus,NDV)(JS-1/06/wd、JS-2/06/wd和JS-3/06/wd)F基因,并对其序列进行了测定和分析。结果表明该分离株的F基因长1 662 bp,编码553个氨基酸;F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合NDV强毒株的特征。这些毒株间核苷酸同源性为99.8%~99.9%,与鹅源NDV QY971株和ZJ1株的核苷酸同源性也高达96.7%~97.5%;氨基酸同源性为96.8%~97.5%;而与我国标准强毒株F48E9及疫苗株LaSota的核苷酸同源性分别为86.9%和84.5%;氨基酸同源性分别为94.5%和87.0%。系统发育树分析结果表明,野鸭源NDV与鹅源NDV的遗传关系较近,同属于基因Ⅶ型。  相似文献   

鸡新城疫地方强毒SC01株HN基因片段的克隆与分析     

杨泽林  岳华  罗薇  汤明 《四川畜牧兽医》2006,33(7):29-30

用设计的1对特异性引物，对一株从成都地区分离的鸡源性NDV强毒SC01株的HN基因的526bp片段进行克隆与分析。分析结果表明，SC01株HN基因与相比较的12株鸡源性毒株的HN基因的核苷酸同源性为81．4％-94．6％，核苷酸所推导的氨基酸同源性为88．0％～94．8％。对SC01株和CH185、F02、GD／1／98／goose、YG97、JS／3／98／goose、JS／5／01／goose、JS／2／98／goose等毒株的HN基因进行聚类分析，证明它们属同一亚群，SC01株属于NDV基因Ⅶ型毒株，证明了基因Ⅶ型NDV毒株在四川地区存在。  相似文献   

产蛋下降鸭群强毒新城疫病毒的分离鉴定与分子特征     

胡北侠  王艳  杨少华  许传田  黄艳艳  张秀美 《中国兽医杂志》2012,48(4):10-12

从产蛋下降鸭群分离到两株新城疫病毒(NDV)(命名为Duck/China/SD6/2008和Duck/China/SD7/2009),经蚀斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间为77.6h,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-RRQKRF-117,符合强毒NDV的特征。根据F基因(374bp)对2个NDV分离株和30个NDV参考株进行基因分型结果表明,2个分离株均属于基因Ⅶ型。F基因和HN基因核苷酸序列同源性比较显示,2个鸭分离株与基因Ⅶ型NDV分离株同源性为94.1%～99.7%和94.4%～97.1%,与同期分离的鸡源NDV强毒株Chicken/China/SD4/2008同源性最高,分别为99.3%～99.5%和99.5%～99.7%,表明这两个鸭NDV毒株可能来源于感染NDV的鸡群。  相似文献   

云南省新城疫病毒分离株F基因和HN基因克隆与序列分析     

李师师  赵焕云  张文东  张武林  吕粤  岳亮  张应国  胡述光  张富强 《动物医学进展》2012,33(6):21-26

为了确定云南NDV毒株F基因和HN基因的结构特征及其与已知毒株的遗传相关性,应用RT-PCR技术对云南省部分地州养殖场采集的鸡或鸭喉气管组织样品4 700份进行新城疫病毒(NDV)检测,共检出阳性样品25份。对其中8份阳性样品进行NDV F基因与HN基因扩增后,克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外代表性毒株和当前流行疫苗毒株进行比对及系统发育分析。结果表明,云南省NDV毒株F基因与国内代表性毒株核苷酸序列同源性介于93.0%～99.2%之间,氨基酸同源性介于90.7%～99.1%之间;与疫苗毒株的核苷酸同源性在83.3%～86.9%之间,氨基酸同源性在86.0%～88.7%之间。HN基因与国内代表性毒株核苷酸同源性介于96.4%～99.1%之间,氨基酸同源性介于95.6%～99.3%之间;而与当前疫苗毒株相比,同源性较低,核苷酸同源性介于81.3%～82.0%之间,氨基酸同源性介于87.6%～88.8%之间。系统进化分析表明,云南NDV F基因有2株属于基因Ⅱ型,其余6株均属于基因Ⅶe型。云南NDV HN基因则均属于基因Ⅶ型。  相似文献   

云南2株基因Ⅱ型新城疫病毒F基因变异特性分析     

张文东  宋建领  赵焕云  刘庆亮  胡媛媛  曾伟  张富强 《中国畜牧兽医》2014,41(7):54-59

对云南省2个发病鸡场的组织病料进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测,证明分离毒株为新城疫病毒（Newcastle disease virus, NDV）。采用特异性引物经RT-PCR扩增F基因,纯化后克隆至pMD18-T载体,并对其进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,分离获得的云南省2株 NDV毒株F基因核苷酸与La Sota株的核苷酸同源性为99.4%～99.6%,与国内外分离的流行毒株SP13和NDV027344核苷酸同源性均为99.7%～99.8%,与F48E9株的核苷酸同源性为89.0%～89.1%;F蛋白氨基酸与La Sota株的氨基酸同源性为99.3%～99.5%,与流行毒株SP13和NDV027344的氨基酸同源性均为99.5%～99.6%,与F48E9株的氨基酸同源性为91.8%～92.0%。系统发育分析结果表明,2株病毒均属于基因Ⅱ型,裂解位点氨基酸为G-R-Q-G-R-L,属于弱毒株裂解位点氨基酸排列特征。  相似文献   

从种蛋中分离的新城疫病毒抗原性及其F和HN基因的分析     

陈浩  王景艳  王林  崔治中 《中国兽医学报》2010,30(9)

对3株首次从种蛋中分离到的NDV进行交叉HI试验表明,这3株分离毒的交叉HI同源性为98.1%～100%。对这3株病毒及另1株从输卵管分离到的NDV的F与HN完整基因进行扩增并克隆测序,序列结果登陆GenBank(FJ011441～FJ011448)。氨基酸同源性分析表明:这4个毒株的F与HN基因同源性分别为99.5%～99.8%和99.6%～100%,远高于其与Lasota、F48E8株以及目前国内流行的其他基因Ⅶ型毒株的同源性。分离株F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特征,根据绘制的遗传进化树分析,属于基因Ⅶ型。研究结果显示这4个不同来源毒株其2个基因的同步高度同源性可能与它们均是与生殖道感染有关。  相似文献   

4株NDV分离株F基因的克隆与序列分析   总被引：6，自引：2，他引：4  

沈志强  管宇  刘吉山  李峰  吴信明  赵蕾  王艳  徐守振  鲍卫超  王辉暖 《动物医学进展》2005,26(4):78-83

对4 株具有一定代表性的NDV(新城疫病毒)分离株的F基因进行RT PCR(反转录聚合酶链反应)扩增和序列分析,根据基因裂解位点的氨基酸序列推测,其中1 株属于弱毒株,3 株属于强毒株;核苷酸序列及其推导的氨基酸序列比较结果表明,3株强毒株与Clone30 基因核苷酸序列的同源性在83.6%~84.0%之间,与F48 E9典型NDV强毒株同源性在86.5.6%~88.3%之间,推导的氨基酸序列同源性与Clone 30 株在85.9%~87.0%之间,与F48E9典型NDV强毒株在89.1%~91.3%之间;利用MegAlign软件绘制了NDV 的系统发育进化树,结果表明, 3株分离强毒株为Ⅶ基因型,弱毒株为基因Ⅱ型。  相似文献   

蛋鸡输卵管积液中新城疫强毒的分离鉴定与分子特征   总被引：1，自引：1，他引：0  

胡北侠  黄艳艳  姜宁朋  张伟  张秀美 《中国兽医杂志》2009,45(4)

从病鸡输卵管积液中分离了一株新城疫病毒(命名为SHY06),经蚀斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间和1日龄雏鸡脑内致病指数分别为52 h和2.0,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-RRQKRF-117,符合强毒NDV的特征.根据F基因(1-374 bp)对SHY06和19个NDV参考毒株进行基因分型结果表明SHY06属于基因Ⅶ型.F基因氨基酸序列同源性比较显示SHY06与基因Ⅶ型NDV分离株同源性为97.5%～99.5%,与基因Ⅸ型NDV(F48E9等)同源性为91.7%～92.4%,与基因Ⅱ型(疫苗株LaSota等)同源性为89.2%. HN基因氨基酸序列同源性比较显示SHY06与近年来分离株同源性较高,为92.1%～99.7%,与疫苗株(LaSota)和标准强毒株(F48E9)同源性较低,分别为87.6%和89.9%.  相似文献   

某规模场产蛋量下降鸡群新城疫病毒分离与鉴定     

《畜牧与兽医》2016,(5):100-104

对某规模场鸡群采集的23份鸡咽喉或泄殖腔棉拭子进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测,证实分离出17株新城疫病毒(NDV)。对F、HN基因经RT-PCR扩增、克隆并对其进行测序,选取具有代表性的4个毒株进行序列比对及遗传演化分析。系统发育分析结果表明,4株病毒均属于基因Ⅶe型,F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,具备NDV强毒株裂解位点氨基酸排列特征。其F基因与XZ-12-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性分别介于96.1%~96.7%、97.3%~98.0%;与P1株核苷酸和氨基酸的同源性分别介于95.0%~95.4%、96.2%~96.7%,其HN基因与XZ-12-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性介于96.2%~96.5%、95.3%~95.9%;与SN-5-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性介于94.9%~95.3%、96.4%~96.8%。血清学交叉试验显示,NDV分离毒株为抗原测得的同批血清样品抗体效价存在显著差异。近年流行的新城疫疫情主要由基因Ⅶ型NDV引起的,该规模场产蛋量下降可能与F和HN基因的变异有关。  相似文献   

1株鸡新城疫强毒株的分离鉴定及致病性     

孙静  刁有祥  刘霞  孙杰  李建侠 《兽医大学学报》2012,(5):658-661,709

从山东省一发病率、死亡率高的肉鸡群中分离到1株病毒,经HA、HI试验和动物回归试验确定所分离的毒株为新城疫病毒,命名为新城疫LVCX株。按常规方法测得LVCX株的MDT、ICPI和IVPI分别为47.4h、1.975和2.85,鸡胚半数致死量LD50为10-9.8。F基因分析表明分离株LVCX为基因Ⅶ型,其多肽裂解位点为112-RRQKRF-117,表明LVCX株为新城疫病毒强毒株。该毒株F基因核苷酸同源性与近几年分离的基因Ⅶ型鸡源毒株同源性在93.5%～98.3%之间;与经典强毒株F48E9和Lasota株的核苷酸和氨基酸同源性分别为85.8%、91.3%和83.3%、88.4%;且与近几年分离的几株鹅源、鸭源核苷酸同源性也较高,在95.2%～96.5%之间。  相似文献   

5株禽新城疫病毒新疆分离株F基因序列测定与遗传进化分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

李红  成进  夏俊  汪萍  沙依兰古丽  陆桂丽 《中国畜牧兽医》2009,36(7):93-98

从新疆乌鲁木齐市郊区养禽场发病禽群中分离到4株鸡源新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）和1株鸽源 NDV。经血凝HA试验鉴定,NDV分离株均具有血凝性,5个毒株的血凝特性均可被NDV阳性血清所抑制,而不能被禽流感病毒(H5亚型与H9亚型)阳性血清抑制。本试验通过RT-PCR扩增了5株NDV全长F基因并进行了序列测定。序列分析表明,5 株 NDV 的核苷酸序列分别为1662、1589、1676、1589和1662 bp,均含有1个开放阅读框,分別编码 553、528、553、520 和 553个氨基酸;根据基因裂解位点的氨基酸序列分析表明,鸡源XJ/10/08株属于强毒株, XJ/3/07株、XJ/7/07株、XJ/9/08株和XJ/11/08株属于弱毒株;同源性分析表明,5 个 NDV新疆分离株与 La Sota 疫苗株的核苷酸同源性在 83.7%～99.8% 之间,与 TaiWan95 株核苷酸同源性在 84.7%～93.3% 之间;遗传发育进化树分析表明, 分离到的4个弱毒株与LaSota、Clone30、B1、BEA-45在同一亚群,属基因Ⅱ型,强毒分离株与TaiWan95、广东株(GD-1-98)、江苏株(JS-5-1)在同一进化分支内,属基因Ⅶ型。  相似文献   

3株新城疫病毒广西分离株F基因和HN基因序列分析     

《上海畜牧兽医通讯》2016,(5)

根据已发表的新城疫病毒基因组序列,设计并合成了扩增F基因和HN基因的2对引物,利用RT-PCR扩增了3个广西分离株的F基因和HN基因片段,并将其分别克隆到pMDl8-T载体中。结果表明:上述分离株F基因序列全长为1 662bp,编码553个氨基酸;HN基因序列全长为1 716bp或1 734bp,编码571或577个氨基酸。与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相同序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在83.8%~99.9%之间,氨基酸序列的同源性在88.4%~99.3%之间;HN基因核苷酸序列的同源性在80.9%~98.8%之间,氨基酸序列的同源性在86.9%~98.6%之间。系统进化树分析表明,GX21株NDV为基因Ⅰ型,GX215株NDV为基因Ⅱ型,GX117株NDV为基因Ⅶ型。  相似文献   

10株广西野鸟源新城疫病毒HN基因的遗传进化分析     

《中国兽医杂志》2019,(10)

对分离自广西4种鸟类的10株新城疫病毒(NDV)分离株,进行HN基因的RT-PCR扩增、序列测定和分析,旨在探讨广西野鸟源NDV HN基因的分子进化特征,为科学防控新城疫提供依据。结果显示,10株广西野鸟源NDV分离株HN基因的ORF全长均为1 716 bp,编码571个氨基酸,符合强毒株的基因长度特征。核苷酸同源性比较显示,2株鹧鸪源NDV分离株与NDV基因XII型同源性高达98.0%～98.1%, 5株斑鸠源和3株鸽子源NDV病毒与NDV基因VI型的同源性高达90.0%～91.9%。遗传进化分析显示,10株广西野鸟NDV分离株与我国经典强毒株F48E9、弱毒疫苗株LaSota和基因VII型NDV(我国目前应用最广的疫苗株基因型)遗传距离较远。  相似文献   

广东地区8株鹅源基因Ⅻ型新城疫病毒F蛋白基因遗传进化分析     

《中国预防兽医学报》2020,(6)

为了解当前广东地区鹅群新城疫病毒(NDV)遗传进化情况,本研究从广东养殖病死鹅组织样品中分离鉴定获得8株NDV,对分离株的F蛋白基因进行核苷酸及氨基酸序列分析。8株分离病毒之间F蛋白基因同源性较高,为96.3%-99.9%,但与当前国内NDV优势流行株及疫苗株同源性均较低。遗传进化分析结果显示所有新分离株均属于Ⅻ型NDVⅫb亚型分支,而当前国内NDV的优势流行株及常用疫苗株均属于Ⅶd亚型分支。氨基酸序列分析结果显示,本研究分离株F蛋白裂解位点氨基酸序列均为~(112)K/RRQKR/F~(117),符合强毒株分子特征;与基因Ⅶ型代表株NDV/ZJ1相比,新分离株F蛋白B细胞中和抗原表位均出现D~(170)N变异;而与2010年～2011年报道的广东Ⅻb亚型分离株相比,新分离株F蛋白疏水区、七肽重复序列等区域均出现氨基酸的变异。综上所述,本研究分离鉴定的8株鹅源NDV的F基因均属于Ⅻb亚型,与Ⅶd亚型流行株及常用疫苗株F基因同源性较低,且其多个氨基酸关键位点存在变异。本研究在国内首次从病死鹅体内分离到基因Ⅻ型NDV,为进一步了解基因Ⅻ型NDV在广东地区水禽中的流行、病原进化以及疫苗株更新提供参考。  相似文献   

鸭源新城疫病毒SS1株全基因序列测定及遗传进化分析     

《中国家禽》2016,(12)

对从贵州省某三穗鸭养殖场病死鸭体内分离的1株新城疫病毒(NDV)Sheldrakeduck/China/Guizhou/SS1/2014(简称SS1株)进行部分生物学特性测定及全基因测序与分析。结果表明:SS1株的MDT、ICPI和IVPI分别为52 h、1.89和2.80,F基因编码蛋白的裂解位点序列为~(112)R-R-Q-K-R-F~(117),HN基因编码571个氨基酸,均符合NDV强毒株特征;SS1株基因组全长为15 192 bp,各基因片段核苷酸序列与代表性基因Ⅶ型毒株ZJ1、NA-1、SF02和FP1/02相似性最高,达96.3%~98.7%,而与疫苗株V4、La Sota和Mukteswar同源性最低,为82.8%~85.4%;根据F基因序列绘制的系统进化树显示SS1株属于ClassⅡ基因Ⅶd亚型。F和HN蛋白氨基酸序列分析发现,SS1株F蛋白中和抗原位点第170位氨基酸、HN蛋白抗原区及其邻近氨基酸位点与国内当前流行的基因Ⅶd亚型NDV毒株一致,而与疫苗株有较大的差异。此外,交叉血凝抑制试验结果表明,SS1株与传统疫苗株La Sota的抗原同源性为84.5%,而与新型基因Ⅶ型疫苗株A-Ⅶ的抗原同源性为100%,表明分离株与疫苗株存在一定的抗原差异。  相似文献