贵州省新城疫分子流行病学研究     

《黑龙江畜牧兽医》2010,(17)

应用PCR技术对贵州省不同时期NDV分离株包括肉鸡源P1株与BY株、蛋鸡源H2株与FW株、七彩山鸡源N98株、越南斗鸡源DQ株、鸵鸟源TN株及鸽源GZ株进行F蛋白基因的扩增,并分别进行克隆和测序,然后与国内外NDV参考毒株的对应序列进行比较分析。结果表明:8株贵州省NDV分离株的F基因长度均为1 662 bp,可编码553个氨基酸;贵州省NDV分离株间的核苷酸同源性为84.0%～99.7%,氨基酸同源性为87.5%～99.3%;与国内外NDV参考毒株(La Sota株、B1株、F48E9株、CH2000株和TW2000株)的核苷酸同源性为84.2%～98.9%,氨基酸同源性为87.2%～98.6%;经系统发育进化树分析,DQ株、N98株、P1株和H2株为基因Ⅶ型(均为Ⅶd亚型),而BY株和FW株为基因Ⅸ型,GZ株和TN株为基因Ⅱ型。这些结果提示贵州省不同禽类间存在相同NDV毒株感染的可能性,不同时期NDV分离株发生了基因型改变,且近年来贵州省流行的新城疫(ND)疫情主要是由基因Ⅶ型NDV引起。  相似文献   

新城疫病毒贵州分离株F基因的克隆和序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

伍祥龙  温贵兰  袁翠霞  周碧君  文明  李永明 《动物医学进展》2008,29(7)

根据GenBank中登录的新城疫病毒（NDV）F基因序列设计了一对引物,用RT-PCR方法扩增了8个NDV贵州分离株的F基因片段,并将其分别克隆到pMD-18T载体中。序列分析结果表明,上述分离株F基因长度为1662bp,编码553个氨基酸,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为84.0%～99.7%和87.5%～99.3%,但与LaSota、B1及F48E9等常见毒株的氨基酸同源性为87.2%～97.7%。F蛋白裂解位点的氨基酸序列分别为112R-R-Q-R/K-R-F^117（其中P1、H2、N98、DQ、FW、BY、GZ7株为强毒）和112G-R-Q-G-R-L^117（TN1株为弱毒）。利用MegAlign软件绘制NDV的系统发育进化树,结果表明,4个分离株（P1、H2、、N98、DQ）为基因Ⅶ型,2株（GZ、TN）为基因Ⅱ型,2株（FW、BY）为基因Ⅸ型。  相似文献   

1株越南斗鸡新城疫病毒的分离和分子鉴定     

伍祥龙  伍明山  何骞  文明  李永明 《中国兽医学报》2008,28(12)

从一起新城疫暴发的病例中分离出1株新城疫病毒(NDV),命名为贵州分离株(DQ)。用RT-PCR方法扩增了贵州分离株的整个F基因片段,并将其克隆到pMD18-T载体中。序列分析结果表明,上述分离株F基因长度为1 662 bp,编码553个氨基酸。该毒株与国内2株分离株(CH2000、TW2000)之间的亲缘关系较近,其核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.7%~96.6%和96.6%~96.8%;但与LaSota、B1及F48E9等常见毒株的核苷酸和氨基酸同源性仅为84.0%~86.5%和87.2%~89.9%。DQ分离株在F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,与NDV强毒株特征相符,且具有101处的K(赖氨酸)和121处V(缬氨酸)2个特征性氨基酸,与NDV基因Ⅶ型的特性完全相符。利用MegAlign软件绘制NDV的系统发育进化树,结果表明,该分离株为基因Ⅶd亚型。  相似文献   

不同动物来源的新城疫病毒F基因序列分析     

冯淑萍  石伟革  孙翔翔  潘杰  黄胜斌  曾咏芳  何奇松  杨可研  胡巧云  熊毅 《动物医学进展》2014,(12)

为了解广西地区新城疫病毒（NDV）在不同动物宿主内的分布流行情况,对从广西地区鸡、野鸟、猪、鹅、马等5种不同动物体内分离到 NDV 毒株,进行了 F 基因的克隆扩增和序列分析。结果表明,5个NDV 分离株 F 基因的核苷酸序列同源性为85．2％～98．6％,推导氨基酸序列同源性为88．9％～98．6％,同源性差异较大;5个毒株的 F 基因与国内贵州、长春、福建等地的当前流行株同源性较高;以 F 基因前374 bp核甘酸同源性比较分型表明,鸡源、鹅源、马源毒株为当前流行的基因Ⅶ型,而猪源毒株和野鸟源毒株为传统的基因Ⅱ型。  相似文献   

野鸭源新城疫病毒的分离及其F基因的克隆与序列分析     

蔡丽娅  王桂军  秦爱建  陈建霞  崔平福  邵红霞  金文杰 《畜牧与兽医》2009,41(8)

用RT-PCR方法扩增从野鸭体内分离到的3株新城疫病毒(newcastle disease virus,NDV)(JS-1/06/wd、JS-2/06/wd和JS-3/06/wd)F基因,并对其序列进行了测定和分析。结果表明该分离株的F基因长1 662 bp,编码553个氨基酸;F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合NDV强毒株的特征。这些毒株间核苷酸同源性为99.8%~99.9%,与鹅源NDV QY971株和ZJ1株的核苷酸同源性也高达96.7%~97.5%;氨基酸同源性为96.8%~97.5%;而与我国标准强毒株F48E9及疫苗株LaSota的核苷酸同源性分别为86.9%和84.5%;氨基酸同源性分别为94.5%和87.0%。系统发育树分析结果表明,野鸭源NDV与鹅源NDV的遗传关系较近,同属于基因Ⅶ型。  相似文献   

鸵鸟源新城疫病毒TN株F基因的克隆与序列分析     

文明  伍祥龙  唐源  温贵兰  汪德生  周碧君 《中国兽药杂志》2007,41(12):16-19

应用PCR技术对1株鸵鸟源新城疫病毒TN株融合蛋白基因(F基因)进行扩增,将其克隆到pMD18-T载体后进行序列测定,并与国内外NDV毒株对应序列进行比较分析.结果表明,TN株F基因的长度为1 662 bp,可编码553个氨基酸,其裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,为1株新城疫弱毒株;与贵州省其他禽源(包括肉鸡、蛋鸡、越南斗鸡、七彩山鸡和鸽子等)毒株间的核苷酸同源性为84.0%～89.6%,氨基酸同源性为87.5%～92.1%;与国内外NDV代表株(Lasota株、B1株、F48E9株、CH2000株和TW2000株)的核苷酸同源性为84.4%～98.6%,氨基酸同源性为88.3%～98.0%.经系统发生树分析,TN株与NDV弱毒株Lasota株和B1株在同一分支上,属于基因II型NDV.  相似文献   

某规模场产蛋量下降鸡群新城疫病毒分离与鉴定     

《畜牧与兽医》2016,(5):100-104

对某规模场鸡群采集的23份鸡咽喉或泄殖腔棉拭子进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测,证实分离出17株新城疫病毒(NDV)。对F、HN基因经RT-PCR扩增、克隆并对其进行测序,选取具有代表性的4个毒株进行序列比对及遗传演化分析。系统发育分析结果表明,4株病毒均属于基因Ⅶe型,F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,具备NDV强毒株裂解位点氨基酸排列特征。其F基因与XZ-12-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性分别介于96.1%~96.7%、97.3%~98.0%;与P1株核苷酸和氨基酸的同源性分别介于95.0%~95.4%、96.2%~96.7%,其HN基因与XZ-12-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性介于96.2%~96.5%、95.3%~95.9%;与SN-5-08-Ch株核苷酸和氨基酸的同源性介于94.9%~95.3%、96.4%~96.8%。血清学交叉试验显示,NDV分离毒株为抗原测得的同批血清样品抗体效价存在显著差异。近年流行的新城疫疫情主要由基因Ⅶ型NDV引起的,该规模场产蛋量下降可能与F和HN基因的变异有关。  相似文献   

4株NDV分离株F基因的克隆与序列分析   总被引：6，自引：2，他引：4  

沈志强  管宇  刘吉山  李峰  吴信明  赵蕾  王艳  徐守振  鲍卫超  王辉暖 《动物医学进展》2005,26(4):78-83

对4 株具有一定代表性的NDV(新城疫病毒)分离株的F基因进行RT PCR(反转录聚合酶链反应)扩增和序列分析,根据基因裂解位点的氨基酸序列推测,其中1 株属于弱毒株,3 株属于强毒株;核苷酸序列及其推导的氨基酸序列比较结果表明,3株强毒株与Clone30 基因核苷酸序列的同源性在83.6%~84.0%之间,与F48 E9典型NDV强毒株同源性在86.5.6%~88.3%之间,推导的氨基酸序列同源性与Clone 30 株在85.9%~87.0%之间,与F48E9典型NDV强毒株在89.1%~91.3%之间;利用MegAlign软件绘制了NDV 的系统发育进化树,结果表明, 3株分离强毒株为Ⅶ基因型,弱毒株为基因Ⅱ型。  相似文献   

3株新城疫病毒广西分离株F基因和HN基因序列分析     

《上海畜牧兽医通讯》2016,(5)

根据已发表的新城疫病毒基因组序列,设计并合成了扩增F基因和HN基因的2对引物,利用RT-PCR扩增了3个广西分离株的F基因和HN基因片段,并将其分别克隆到pMDl8-T载体中。结果表明:上述分离株F基因序列全长为1 662bp,编码553个氨基酸;HN基因序列全长为1 716bp或1 734bp,编码571或577个氨基酸。与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相同序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在83.8%~99.9%之间,氨基酸序列的同源性在88.4%~99.3%之间;HN基因核苷酸序列的同源性在80.9%~98.8%之间,氨基酸序列的同源性在86.9%~98.6%之间。系统进化树分析表明,GX21株NDV为基因Ⅰ型,GX215株NDV为基因Ⅱ型,GX117株NDV为基因Ⅶ型。  相似文献   

6株鸽源新城疫病毒广西分离株F基因的遗传演化分析     

《畜牧与兽医》2016,(4):79-84

应用RT-PCR方法对分离自广西不同鸽场的6株鸽源新城疫病毒F基因进行扩增、序列测定和分析。结果显示:只有1株分离株F基因的ORF全长为1 659 bp,编码552个氨基酸,其他5株分离株F基因的ORF全长均为1 662 bp,编码553个氨基酸,6株分离株的F0蛋白裂解位点的序列均为112RRQKRF117,符合强毒株的序列结构特性;核苷酸同源性比较显示,6株分离株与NDV基因Ⅵ型中的Ⅵb亚型同源性最高,为91.3%~99.3%(与比利时分离株11(JX901124)的同源性最高),与其他基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ型毒株的同源性在81.3%~89.2%。与经典强毒株F48E9相比,核苷酸序列同源性为83.6%~84.8%,氨基酸序列同源性为89.2%~92.4%;与Ⅰ型疫苗株V4、I-2相比,核苷酸同源性分别为83.6%~85.1%和82.6%~84.2%,氨基酸序列同源性分别为88.1%~91.3%和87.7%~90.8%;与Ⅱ型疫苗株La Sota和B1相比,核苷酸同源性分别为81.7%~83.9%和82.0%~83.9%,氨基酸序列同源性分别为86.6%~89.9%和86.6%~89.9%。遗传进化分析显示,6株广西鸽源分离株与2011年比利时分离株11(JX901124)和中国毒株SDS、LLN713、BJP13、LJL404、P4的遗传关系最为接近,位于同一进化树分支上,属于基因Ⅵb亚型。  相似文献   

鹅源禽副粘病毒NA-1株HN蛋白基因的遗传变异研究     

王学理  武迎红  陈丽艳  高志刚  丁壮 《中国预防兽医学报》2006,28(5):530-534

鹅副粘病毒分离株NA-1株经11日龄鸡胚增殖后纯化。提取病毒的基因组RNA，采用RT-PCR扩增出与预期设计的1．7kb大小相符合的特异条带。将扩增产物提纯后克隆入pMD18-T载体，经纯化、筛选及酶切鉴定后，初步获得了含鹅副粘病毒HN基因的阳性克隆，并对阳性克隆进行了测序。测序后拼接得出HN基因的全序列长度为1740bp，该基因的ORF总长为1716bp，编码571个氨基酸。与GenBank下载的15株参考毒株比较HN基因编码区全核苷酸序列，发现所测NA-1株与国内标准强毒株F48E9核苷酸的同源性为84．5％，氨基酸的同源性为89．5％；与传统的疫苗株La Sota核苷酸的同源性为82．2％，氨基酸的同源性为88．5％；与鹅源禽副粘病毒SF02株核苷酸的同源性为97．1％，氨基酸的同源性为97．4％；与鹅源禽副粘病毒YG97株核苷酸的同源性为97．3％，氨基酸的同源性97．4％。说明NA-1株和SF02株、YG97株亲缘关系较近，它们三者可能有着共同的来源。根据基因树分析，NA-1株应属于基因VII型新城疫病毒。由此更进一步证实新城疫可以感染水禽，且对鹅具有高度的致死性。  相似文献   

鸡新城疫病毒河北分离株F基因的分子特性分析     

马增军  芮萍  秦卓明  李佩国  左小磊  韩东  杨宗泽  张艳英 《兽医大学学报》2012,(5):650-653

通过毒力测定、RT-PCR及F基因的序列测定与遗传进化分析,对2005-2008年从河北省部分地区的发病鸡群中分离到的10株新城疫病毒（NDV）进行了研究。各分离株经典毒力测定结果显示：MDT在37.6～54.4h之间,ICPI在1.71～2.0之间,IVPI值在2.16～2.8之间,均为新城疫病毒强毒株特征。F基因的序列测定表明,分离株之间的核苷酸序列具有77.4%～98.0%的同源性,与疫苗株Lasota的同源性为87.0%～98.9%,与国内标准强毒株F48E9同源性为89.7%～98.9%。推导其氨基酸序列分析表明,8个分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112 R-R-Q-K-R-F117,具有NDV强毒株特征,与毒力测定结果相符,2个分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112 G-R-Q-G-R-L117,与弱毒株特征相符。F基因分型和同源性比较显示：目前河北新城疫的流行以基因Ⅶ型为主（占70%）,同时兼有基因Ⅱ型（占20%）和基因Ⅸ型（占10%）。  相似文献   

鸭Ⅰ型禽副粘病毒YH99V株HN基因的克隆和序列分析     

云涛  何永强  刘光清  梁华丽  倪征  华炯钢  李双茂 《中国预防兽医学报》2006,28(6):663-667

在浙江地区进行鸭病病因的调查过程中，从患病鸭群中分离到一株引起鸭产蛋锐减而不死亡的病毒，经鉴定该病毒属于禽副粘病毒Ⅰ型，命名为YH99V株。以YH99V株的基因组RNA为模板，通过RT—PCR一步法扩增出其HN基因的cDNA片段，然后将其克隆至pMD18-T载体中，对其进行序列测定。测序后拼接出HN基因的序列长度为1785bp，该基因的ORF总长为1734bp，编码577个氨基酸。将YH99V株HN基因序列和推导的氨基酸序列与新城疫毒株的HN基因相应序列比较后发现，它们的核苷酸序列同源性分别在82．1％～99．7％，氨基酸序列同源性为87．2％～99．5％。在同源性比较的基础上，进一步绘制了Ⅰ型禽副粘病毒株HN基因的系统发育树。这对于Ⅰ型禽副粘病毒毒力基因的功能分析和该病的分子流行病调查有着重要的意义。  相似文献   

新城疫病毒ShD-5-04株F基因和HN基因序列分析     

刘栋  朱剑英  王化宝  王娟  莫贞峰  赫静  岳楚昕 《水禽世界》2007,(11):10-13

从山东潍坊某非典型新城疫发病鸡群中分离到一株新城疫病毒(暂命名:ShD-5-04),其生物学特性表明该病毒具有新城疫强毒株的一些特征。通过RT-PCR特异性地扩增出F和HN基因序列,并对其进行核苷酸序列测定和分析,结果表明ShD-5-04株的F和HN基因开放性阅读框架(ORF)为1662bp和1716bp,分别编码489个和571个氨基酸,与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相应序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在84.1%～88.7%之间,氨基酸同源性在88.1%～93.3%之间;HN基因核苷酸序列的同源性在82.1%～87.4%之间,氨基酸同源性在88.6%～90.9%之间;F蛋白裂解位点区(112-117)氨基酸组成与强毒株一致,说明NDV山东分离株(ShD-5-04)为新城疫强毒株。  相似文献   

Phylogenetic Analysis of HN Gene of Eight Pigeon NDV Isolates in Guangxi     

Lu Bingxia  Liang Jiaxing  Duan Qunpeng  Chen Zhongwei  Jiang Dongfu  Lu Jingzhuan  Zhou Yingning  Bi Bingfen  He Ying  Qin Yibin  Li Bin  Su Qianlian  Zhao Wu 《畜牧与饲料科学》2018,(2)

[Objective] The paper was to provide a basis for scientific prevention and control of pigeon Newcastle disease(ND).[Method] The HN gene of eight pigeon NDV strains isolated from different pigeon farms in Guangxi were amplified by RT-PCR,sequenced and analyzed.The molecular evolution characteristics of HN gene of pigeon NDV isolates in Guangxi was discussed.[Result] The nucleotide sequence length of HN gene of the eight NDV isolates was 1 716 bp,encoding 571 amino acids.They belonged to virulent group C,and the gene length characteristic of HN gene accorded with virulent strain.Analysis of nucleotide homologies indicated that the eight NDV isolates shared higher homology with genotype VIb,ranging from 90.4% to 99.5%.Phylogenetic tree analysis demonstrated that the genetic relationship between the eight NDV strains in Gangxi and the NDV isolates from Guangxi,Guangdong,Jilin,Liaoning,Yunnan and Heilongjiang during 2011 and 2013 was close.They were located in the same cladogram branch.[Conclusion] We assume that the eight pigeon NDV isolates in Guangxi all belong to the gene class II genotype VI b NDV.  相似文献   

2008-2009年部分地区新城疫病毒分离株的进化分析     

尤永君  王延树  梁武  杨保收  李建丽  邹立宏  王和平  乔健 《中国畜牧兽医》2011,38(8):85-89

本研究旨在从分子水平上掌握中国新城疫病毒的变异情况和新城疫的流行规律,对2008-2009年从中国部分省市养殖场分离的9株新城疫病毒毒株,采用RT-PCR方法扩增其F和HN基因,经克隆和测序,对所得序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,9株分离株有8株为基因Ⅶ型,1株为基因Ⅱ型,F基因开放性阅读框架(ORF)为1662 bp,强毒株同La Sota的核苷酸同源性为83.5%~84.2%。HN基因开放性阅读框架(ORF)为1716或1734 bp,强毒株在538位缺失1个糖基化位点。结果表明,近年流行的ND疫情主要是由基因Ⅶ型NDV引起,F和HN基因的变异可能与频繁的疫苗免疫选择压力有关。  相似文献   

1株基因Ⅶ型新城疫病毒的生物学特性研究及全基因组序列分析     

孙化露  毕云英  于泽坤  李思菲  刘阳  李明义  崔现兰 《中国畜牧兽医》2018,45(10):2840-2848

为研究当前流行的新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）基因型、致病性及其与传统新城疫病毒疫苗株（La Sota等）的核苷酸差异,试验从某发病鸡场病死鸡体内分离到1株疑似NDV毒株,经红细胞凝集试验（HA）和红细胞凝集抑制试验（HI）初步确定为鸡源NDV。参照GenBank公布的NDV F基因部分片段（登录号：JF950510.1）设计1对引物,通过RT-PCR技术扩增分离株的F基因并克隆、测序,测序结果与NCBI中NDV F基因序列进行比对,构建系统进化树并分析其基因型;通过测定鸡胚平均致死时间（MDT）、1日龄鸡脑内致病指数（ICPI）和6周龄鸡静脉致病指数（IVPI）判断病毒致病性;参照GenBank公布的NDV全基因组序列（登录号：JF950510.1）设计9对引物对分离株进行全基因组序列测定,并分析其基因组结构。结果表明,RT-PCR扩增得到F基因长约500 bp,基于F基因构建的系统进化树显示分离株为基因Ⅶ型NDV;MDT、ICPI和IVPI分别为52.8 h、1.675和2.46,表明分离株属于强毒株。全基因组序列分析显示,分离株全基因组全长15 192 bp,与传统La Sota株基因组相比,序列多出6个碱基,核苷酸序列同源性82.8%。本研究成功分离到1株基因Ⅶ型NDV强毒株,且与传统疫苗毒株La Sota的核苷酸序列同源性差异较大。  相似文献   

10株新城疫病毒广西分离株HN蛋白基因的克隆与序列分析   总被引：4，自引：2，他引：4  

刘加波  谢芝勋  唐小飞  庞耀珊  邓显文 《畜牧与兽医》2005,37(7):6-10

根据基因库(GenBank)新城疫病毒(NDV)的HN基因序列设计了2对特异性引物,应用RT-PCR技术对广西在2000~2003年暴发新城疫的鸡群中分离的10株NDV毒株的HN基因进行了扩增,扩增产物克隆并测序,拼接出10个NDV广西分离株的HN基因全序列,其序列全长均为1 713 bp,编码571个氨基酸,均有13个半胱氨酸残基。其中GX8/03有6个糖基化位点,而GX2/00、GX6/02、GX7/02和GX5/00有5个糖基化位点,GX1/00、GX3/00、GX4/00和GX9/03有4个糖基化位点。除GX5/00和GX10/03分离株外,其他8个NDV分离株在HN基因抗原位点Ⅰ发生变异,即347位由谷氨酸(E)被甘氨酸(G)替代,GX8/03分离株在HN基因抗原位点Ⅱ的495位由赖氨酸(K)替代谷氨酸(E)。与11株已发表的NDV HN基因全序列相比较,其核苷酸同源性在79.6%~97.9%之间,推导的氨基酸同源性在87.2%~98.1%之间。  相似文献