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1.
鸭生长激素(GH)基因编码区及调控区多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据鸭生长激素基因编码区及调控区的序列设计8对引物,利用PCR-SSCP方法对北京鸭、西湖野鸭、樱桃谷鸭、金定鸭、山麻鸭、荆江鸭、绍兴鸭、缙云麻鸭等8个鸭种进行单核苷酸多态性分析。结果共发现3个突变位点,分别为230处（C→G）、244处（C→A）和3 701处（C→T）。前两处突变位于5′调控区,3 701处突变位于编码区第4外显子,但该编码区的突变是沉默突变,3′调控区表现了高度的保守性。统计结果发现：⑴在5′调控区基因座上,金定鸭的等位基因B频率显著高于其他品种;⑵在外显子4基因座上,基因型频率的分布与品种有关,且肉用型鸭的CC基因型频率显著高于蛋用型。可以推测,本研究所检测到的基因座可能与生产性能相关。 相似文献
2.
本试验采用RCR-SSCP及测序的方法检测了58头糯谷猪母猪卵泡刺激素(follicle-stimulating hormone,FSH) β基因编码区3个外显子的多态性,并分析了不同基因型与繁殖性能的关联性,结果发现,在外显子1和外显子3中未发现多态位点,外显子2中发现了2个新的多态位点,共检测出3个等位基因,5个基因型,未检测到BB基因型。其中A等位基因在6699位点发生了C→T突变,B等位基因在6708位点发生了T→C突变,C等位基因与公布序列一致,A、B、C等位基因频率分别为0.288、0.119、0.593。2个突变均为同义突变,各基因型间的繁殖性能差异不显著。 相似文献
3.
作者根据生长激素基因5’-UTR和3’-UTR的序列设计5对引物,用PCR-SSCP的方法对北京鸭、西湖野鸭、樱桃谷鸭、金定鸭、山麻鸭、荆江鸭、绍兴鸭、缙云麻鸭等8个品种共436个样本进行了单核苷酸多态性分析,并在第1对引物中检测到了多态性。对2种类型的片段纯化测序,结果发现在5’-UTR第230位和244位碱基发生了突变,分别由C突变为G、由C突变为A。但只在金定鸭、荆江鸭、绍兴鸭中发现多态，统计分析结果显示金定鸭的AB基因型频率显著高于荆江鸭和绍兴鸭，且金定鸭A等位基因的频率也显著高于荆江鸭和绍兴鸭。 相似文献
4.
采用PCR-SSCP方法检测了96只荆江麻鸭生长激素基因第4外显子序列多态性,并分析了基因多态性与屠体性状间的关系.结果发现,在荆江麻鸭生长激素基因第4外显子中检测到1个突变位点,为3701 nt处C→T碱基转换,产生AA、BB和AB3种基因型,其中野生基因型BB为优势基因型(54.17%).卡方检验结果表明,群体该位点处于遗传平衡状态(P＞0.05).最小二乘分析结果表明,AA基因型个体全净膛率显著高于BB基因型(P＜0.05).初步推断,GH基因可作为影响荆江麻鸭部分屠体性状的候选基因(标记),其中突变基因型AA为有利基因型. 相似文献
5.
5个鸭品种MyoD基因外显子1的多态性及其与屠宰性状的关联分析 总被引：2，自引：0，他引：2
本实验采用PCR-SSCP方法研究了5个鸭品种(奥白星分割型肉鸭、北京鸭、金丽鸭、樱桃谷鸭SM3型、奥白星76型肉鸭)共148个个体MyoD基因外显子1的多态性,并分析基因位点多态性与鸭屠宰性状的相关性。结果表明:有1对引物检测到多态,在外显子1编码区内检测到1个突变位点C 201G,该位点C→G的突变引起组氨酸/谷氨酰胺的改变;检测到M M、M N 2种基因型,M M型为优势基因型,但5个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态;不同基因型对鸭的腿肌率性状的影响差异极显著(P<0.01),5个品种鸭M N型个体的腿肌生长速度相对M M型个体更为迅速,表明M N基因型可作为腿肌选择的分子标记。 相似文献
6.
牛TRAF6基因位于15号染色体上,含有七个外显子,共编码902个氨基酸,是生长发育相关的候选基因。本研究旨在分析陕西地区秦川牛TRAF6基因多态及其与体尺性状之间的关系。本研究针对秦川牛TRAF6基因外显子及部分非编码序列设计引物,利用DNA池做为模板扩增测序,在第六内含子17 628bp处发现1个SNP。通过运用PCRRELP方法对该位点多态进行分析,结果发现存在2种基因型,分为TT和TC。TT的基因型频率为0.9574,TC的基因型频率0.0426;等位基因T的频率为0.9787,等位基因C的频率为0.0213,TT的基因型频率显著高于基因型TC,为优势基因型,TT基因型个体各体尺性状数据普遍高于TC基因型个体。本研究首次对陕西地区秦川牛的TRAF6基因进行了多态性分析,在第六内含子处发现了基因突变位点,且该突变位点与秦川牛体尺和体重等重要生长性状有关,可以作为分子标记辅助选择的参考。 相似文献
7.
利用分子生物学手段研究MyoD基因遗传多态性与阿勒泰羊产肉量的关系,旨在为今后用分子标记辅助育种方法提高阿勒泰羊产肉性能提供科学依据。本试验以120只阿勒泰羊周岁公羊为研究对象,选取MyoD基因的5'调控区和外显子1的部分片段,采用PCR-SSCP技术检测其遗传多态性,并与周岁体重进行关联分析,研究MyoD基因的多态性与阿勒泰羊产肉性能的关系。结果表明,MyoD-P1基因座(MyoD基因5'调控区)无多态性;MyoD-P2基因座(外显子1)有多态性,存在3种基因型:AA、AB和BB,测序结果显示该处发生了碱基突变A→G,为错义突变,该突变导致其编码的氨基酸由组氨酸变为丙氨酸,经关联分析发现,该突变对阿勒泰羊产肉性能有显著影响(P<0.05)。阿勒泰羊MyoD基因外显子1上的点突变可能是影响阿勒泰羊产肉性能的重要位点,MyoD基因可望作为阿勒泰羊产肉性能的候选基因。 相似文献
8.
Six1基因是调控肌肉形成过程中的重要基因。为研究Six1作为肉鸭生长发育候选基因的可行性,本实验以42日龄大型肉鸭为研究对象,采用PCR-SSCP技术检测肉鸭Six1基因第2外显子的多态性,并对所检测到的多位点组成的基因型与肉鸭屠体性状进行关联性分析。结果表明:在鸭Six1基因的编码区第729 bp处存在C→T突变,属同义突变,该突变位点在大型肉鸭群体中表现为AA与AB 2种基因型。肉鸭AA和AB基因型间,胸肌重、腿肌重和其他屠体性状差异不显著(P>0.05)。以上结果表明,鸭Six1基因第2外显子区没有适用于遗传标记的多态位点。 相似文献
9.
对鸡OBR基因的单链构象多态性进行检测，在第20外显子发现了1个新的单核苷酸多态位点。克隆测序了2种纯合子片段，在第20外显子编码区的860位碱基确认了1个由T变为C的突变，编码的氨基酸由缬氨酸突变为丙氨酸。在1个地方鸡杂交群体中检验这一多态位点与脂肪性状的相关，建立固定效应模型进行最小二乘分析，对脂肪性状的不同基因型效应进行差异显著性检验。结果表明：试验群体中AA、AB、BB基因型频率分别为0．641、0．292和0．067。 相似文献
10.
为了研究肌肉生长抑制素(MSTN)基因在鸭群体中的遗传变异情况,试验以莆田黑鸭、连城白鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、建昌鸭、高邮鸭及北京鸭为材料,采用连接酶检测反应(LDR)的方法对MSTN基因5’-调控区第1 024位点单核苷酸多态性(SNP)进行基因分析,并统计该位点在群体中的基因型频率、等位基因频率和Hardy-Weinberg平衡情况。结果表明:在7个品种鸭中,检测MSTN基因第1 024位点均含CC、CG和GG 3种基因型。在连城白鸭、攸县麻鸭和高邮鸭中,CC基因型占优势,且以连城白鸭最高(0.72);在高邮鸭和建昌鸭中,CG基因型占优势;在北京鸭中,GG基因型占优势;在绍兴鸭中,CC基因型、CG基因型出现的频率相同。建昌鸭和北京鸭等位基因G的频率高于等位基因C的频率,其他品种鸭均为等位基因C的频率大于等位基因G的频率。莆田黑鸭、连城白鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、北京鸭和高邮鸭MSTN基因在第1 024位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),仅有建昌鸭不符合Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。 相似文献
11.
《中国家禽》2015,(16)
研究探讨了脂肪分化相关蛋白(Adipocyte differentiation-related protein,ADFP)基因SNPs与屠体性状的相关性。运用PCR-SSCP技术进行多态性分析,结果表明:在三穗鸭ADFP基因外显子1的248 bp处发现1个单链构象多态,为T→C突变,得到三种基因型(CC、TT、CT),且在此位点的优势等位基因型为TT基因型,T为优势等位基因,在外显子2、外显子3、外显子4、外显子5、外显子7并未发现突变位点。三穗鸭屠体性状显示,公母鸭之间的全净膛重差异极显著(P0.01);屠体重、腿重、翅膀重有显著差异(0.01P0.05)。通过关联性分析,公鸭CC基因型的个体半净膛重显著大于TT和CT基因型个体(P0.05),母鸭TT基因型个体胸肌重显著高于CC和CT基因型个体(P0.05);其它屠体性状无显著差异(P0.05)。 相似文献
12.
为探讨不同遗传背景猪黏病毒耐药蛋白1（myxovirus resistance,Mx1）基因的遗传多态性,本试验采用RT-PCR方法扩增克隆出猪Mx1基因并进行生物信息学分析,采用高分辨率熔解曲线法（HRM）对民猪、长白山野猪与民猪杂交猪（简称野杂猪）和大白猪3个群体Mx1基因外显子2区多态性进行分析。结果显示,从民猪及野杂猪中成功克隆出4条Mx1基因mRNA序列。该序列含有1个1 992 bp的完整开放阅读框（ORF）,编码663个氨基酸。比较发现4条Mx1基因序列中共含有30个SNPs位点,其中17个SNPs位点引起了氨基酸序列的变异。功能结构域分析发现,大部分氨基酸突变位点位于Mx1基因功能结构域两侧。HRM多态性分析显示,Mx1基因外显子2区DD基因型作为优势基因型在3个群体中具有最高的基因型频率,其中大白猪中DD基因型频率为100%,野杂猪为62.5%,民猪为56.2%。基因多态性分析还发现该区域存在更多的核苷酸及氨基酸突变位点,表明民猪和野杂猪Mx1基因存在更丰富的基因多态性。 相似文献
13.
本研究旨在探讨鸭脂肪型脂肪酸结合蛋白(Adipocyte Fatty Acid-Binding Protein,A-FABP)基因部分序列多态与鸭肌内脂肪和血清甘油三酯含量关系。根据鸭A-FABPmRNA序列和鸡A-FABP基因组序列设计1对引物扩增鸭A-FABP基因内含子1序列。同时根据扩增产物设计4对引物,利用PCR-SSCP对鸭A-FABP基因部分序列进行多态性研究并探究序列多态性与鸭肌内脂肪和血清甘油三酯含量的关系。结果表明:克隆序列包含鸭A-FABP基因外显子1、2部分序列和完整的内含子1序列,与鸡A-FABP基因内含子1同源性为75.1%;经SS-CP检测,发现引物P1扩增片段有3处碱基突变,引物P3有6处碱基突变,这些突变分别产生了3种和8种基因型。在P1位点樱桃谷鸭和苏牧麻鸭偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01),金定鸭基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),在P3位点3个群体均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。同时,这些基因型在不同群体中分布存在显著或极显著差异(P0.05或P0.01)。最小二乘分析显示,肌内脂肪和血清甘油三酯含量在各群体中有显著差异(P0.05),P1和P3位点各基因型对肌内脂肪含量无显著影响(P0.05),仅在P3位点CD基因型个体血清甘油三酯含量显著高于其他基因型个体(P0.05)。结果提示,鸭A-FABP基因内含子1多态对血清甘油三酯含量有一定影响,但是否影响鸭肌内脂肪沉积,还需进一步研究。 相似文献
14.
根据GenBank发布的绵羊促性腺激素释放激素受体(gonadotropin releasing hormone receptor,GnRHR)基因序列设计2对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术分析GnRHR基因外显子2和3在甘肃肉羊新品种选育群中的单核苷酸多态性,并与产羔性状进行关联分析。结果表明,在甘肃肉羊新品种选育群GnRHR基因外显子2检测到GG、GH、HH基因型,基因型频率分别为0.784(160)、0.206(42)0、.010(2),序列测序结果发现在编码区第198位碱基发生突变G→C,导致G变成R(甘氨酸→精氨酸)变化;GnRHR基因外显子3检测到MM、MN基因型,基因型频率分别为0.882(180)0、.118(24),序列测序结果发现在第257位碱基发生突变A→G,导致Q变成R(谷氨酰胺→精氨酸)。GnRHR基因外显子2突变对新品种群羊繁殖力高低影响极显著,突变纯合基因型(HH)绵羊平均产羔数比野生纯合型(GG)多0.981只(P=0.006<0.01);外显子3突变对新品种群羊繁殖力高低也有显著影响,MN基因型羊平均产羔数比MM基因型多0.688只(P=0.029<0.05)。由此可推测GnRHR基因可能是控制新品种群羊产羔性能的一个主效基因或是与之存在紧密连锁的一个遗传标记。 相似文献
15.
鸭甲状腺激素应答基因(THRSPα)比较基因组学研究 总被引：2，自引：0，他引：2
为从比较基因组学角度研究鸭、鸡甲状腺激素应答Spot14alpha（THRSPα）基因突变的异同,根据对鸭THRSPα基因克隆和表达的研究结果,采用多样本PCR产物测序方法筛查鸭THRSPα基因编码区和部分内含子区的核苷酸变异,并与已知的鸡THRSPα基因编码区多态进行比较分析。结果表明：鸭THRSPα基因突变频率远高于鸡,编码区平均突变频率为每1000个碱基有23个碱基发生突变,内含子区平均每1000个碱基有28个碱基发生突变。编码区16个突变有3个为错义突变,其余均为同义突变。并且THRSPα蛋白靠近亮氨酸拉链结构域N端的第81位天冬氨酸（Asp81）,在鸭中错义替换为缬氨酸（Val）,在鸡中发生插入或缺失。提示鸭在进化过程中所受选择程度低于鸡,使其THRSPα基因碱基替换频率和分布均匀度均高于鸡,二者在脂肪性状相关的Asp81位点处均发生缺失或突变。 相似文献
16.
本试验主要研究鱼腥味基因(FMO3)T329S突变位点在安徽省4个地方鸡种和2个地方鸭种中的等位基因频率及基因型频率分布情况。采用PCR-RFLP方法对黄山黑鸡、淮南麻黄鸡、皖南三黄鸡、五华鸡和巢湖鸭、枞阳媒鸭等地方群体进行了检测。结果表明4个安徽地方鸡种均存在鱼腥味综合征易感基因型(SS)个体,其中皖南三黄鸡SS基因型频率最高,为6.6%,淮南麻黄鸡次之,为4.4%,黄山黑鸡和五华鸡最低,为1.6%,该基因型频率不高,可以通过分子辅助选择技术予以剔除。对2个安徽地方鸭种的研究表明鸭FMO3基因序列与鸡非常相似,SS基因型频率较低,巢湖鸭和枞阳媒鸭分别为4.3%和7.1%,其余为TS型,未检测到TT型。该突变位点对鸭蛋风味的影响需要进一步深入研究。 相似文献
17.
本研究采用PCR-SSCP和DNA直接测序技术相结合来检测兴义鸭CYP7A1基因外显子3的SNP位点,分析其与血清生化指标的关联性。结果表明,检测到3种基因型AA、AB和BB,2个等位基因A和B,AA和A分别为优势基因型和等位基因,频率分别为0.882和0.921,序列比对发现5个SNP位点G744A、G783A、T858C、C951G和G960A,均为同义突变。关联分析显示,BB基因型个体的血清白蛋白、球蛋白和总蛋白显著高于AA基因型(P0.05),AA基因型白球比值显著高于AB型(P0.05),推测CYP7A1基因外显子3的多态可能对兴义鸭血清蛋白有一定影响,BB基因型可能是血清蛋白组成的有利基因型,等位基因B可能是有利等位基因。 相似文献
18.
《畜牧与兽医》2015,(6):73-77
采用PCR-SSCP技术分析GnRHR基因外显子1、外显子2和外显子3部分序列在建昌黑山羊、努比亚山羊2个山羊品种中的多态性。结果表明,外显子2、3的扩增片段中,2个山羊品种都无多态性。而在外显子1的扩增片段中,2个山羊品种均检测到CC、CD基因型;建昌黑山羊的CC、CD基因型频率分别为0.62和0.38,努比亚山羊CC、CD基因型频率分别为0.64和0.36。多态片段测序分析表明,GnRHR基因c DNA序列的第85处碱基发生C→A的突变,突变导致编码的氨基酸由亮氨酸(Leu)→异亮氨酸(IIe);第156处碱基发生A→G的突变,该突变没有导致氨基酸的突变,为沉默突变。 相似文献
19.
根据鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）基因序列设计1对引物对鸭基因组进行PCR扩增，将扩增出的475bp片段进行克隆和测序，序列分析表明该基因片段包含部分外显子2、3和完整的内含子2序列，与鸡、鹅、猪的A-FABP基因分别有84％、94％和77％的同源性。在此基础上又设计3对引物利用PCR—SSCP方法对获得的序列进行多态性研究。结果引物P3在樱桃谷鸭、山麻鸭等品种中发现4处单碱基突变，分别为：241处“A～T”突变；243处的“T—C”突变；258处的“T—C”突变；299处的“C—T”突变。这些点突变共产生了3种基因型，且基因型分布在各鸭品种间有显著差异。 相似文献
20.
《畜牧兽医学报》2017,(3)
本研究旨在获得四川麻鸭线粒体DNA基因组全序列(mtDNA),为该遗传资源的保护与利用提供参考。研究参照近缘物种线粒体基因组序列,用Primer 6.0设计引物16对,采用PCR克隆测序技术获得四川麻鸭mtDNA基因组序列。结果表明,四川麻鸭mtDNA基因组全长16 604bp,碱基组成为A(29.19%)、C(32.82%)、G(15.79%)、T(22.20%),包含22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区(Dloop区)。使用在线软件tRNAscan-SE1.21和RNA structure5.6分析发现,22个tRNA基因是标准的4个恒定臂的三叶草二级结构。对四川麻鸭mtDNA基因组D-loop区序列分析发现含有Poly(c)、TAS、E-box、F-box、D-box、Bird-similarity box及CXB1保守框。用MEGA6.0,采用N-J法基于线粒体D-loop区和全序列做进化树,发现四川麻鸭与隆盛鸭血缘关系最近。 相似文献