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1.
《扬州大学学报(农业与生命科学版)》2015,(4)
通过设计1对fimA全基因通用引物,对已知不同人、动物源的17株大肠埃希菌菌株的Ⅰ型菌毛fimA基因进行PCR扩增、克隆和测序,并与GenBank中9株菌株序列进行同源性比较分析,探讨I型菌毛宿主嗜性。结果表明:17株菌株均能扩增出约549bp的预期大小目的片段。克隆和序列分析显示,26株不同来源的大肠埃希菌fimA基因的核苷酸同源性为88.7%~100%,推导氨基酸同源性为88%~100%,其中出现差异的31个易发生突变的位点多为中性氨基酸,其中10株菌的fimA序列于第26个氨基酸位置连续插入了脯氨酸和苏氨酸,且80%为猪源大肠埃希菌,因此提示I型菌毛在大肠埃希菌的进化过程中可能具备一定的宿主嗜性。 相似文献
2.
猪链球菌国内分离株毒力因子的分布特征 总被引：10，自引：1，他引：10
为了研究国内致病性猪链球菌(Streptococcus suis,SS)的毒力因子分布特征,本试验选取猪链球菌7种主要毒力因子—谷氨酸脱氢酶(gdh)、荚膜多糖(cps2J)、溶菌酶释放蛋白(mrp)、胞外因子(epf)、溶血素(sly)、纤连蛋白/血纤蛋白原结合蛋白(fpbs)和毒力相关序列orf2,设计并合成7对引物,用PCR方法进行检测。结果显示:25株猪链球菌2型(SS2)国内分离株,96%(24/25)表现为cps /gdh /epf /mrp /sly /fbps /orf2 ,仅1株表现为cps /gdh /epf-/mrp /sly /fbps /orf2 ;1株猪链球菌1型(SS1),表现为cps-/gdh /epf-/mrp-/sly /fbps-/orf2 ;1株猪链球菌7型(SS7)国内分离株,表现为cps-/gdh /epf-/mrp-/sly /fbps-/orf2 ;2株猪链球菌9型(SS9)国内分离株,均表现为cps-/gdh /epf-/mrp-/sly-/fbps-/orf2 ,可见国内SS2的毒力基因分布特征与欧美等国家明显不同,提示我国目前SS2的主要流行菌株是同时具有7种毒力因子的高致病菌株。 相似文献
3.
《江苏农业科学》2017,(7)
为了分析我国小反刍兽疫疫情的特点,从GenBank下载我国和其他国家小反刍兽疫病毒(PPRV)毒株H基因全序列,应用分子生物学软件DNAStar进行序列分析。结果显示,始于2007年的我国首次PPR疫情中,我国西藏地区PPRV各毒株间H基因核苷酸同源性介于99.6%~100.0%之间,我国西藏与其他国家PPRV毒株核苷酸同源性介于86.7%~98.3%之间;我国西藏地区PPRV毒株间氨基酸序列同源性介于99.7%~100.0%之间,我国西藏与其他国家PPRV毒株氨基酸序列同源性介于89.3%~98.4%之间。始于2013年年底的我国又一次PPR疫情中,我国PPRV毒株间核苷酸同源性介于99.7%~99.8%之间,我国与其他国家PPRV毒株核苷酸同源性介于87.2%~97.5%之间;我国PPRV毒株间氨基酸序列同源性介于99.2%~99.8%之间,我国与其他国家PPRV毒株氨基酸序列同源性介于89.0%~98.4%之间。H基因进化树分析结果显示,我国的9株PPRV划分为基因Ⅳ系。我国PPRV毒株与印度毒株及土耳其毒株同源性最高,可能由这2个国家传入我国。 相似文献
4.
为了解国内禽多杀性巴氏杆菌流行株（Pasteurella multocida,Pm）OmpA基因的变异情况,参考GenBank中已发表的多杀性巴氏杆菌序列设计一对特异性引物,采用PCR方法对11个禽Pm菌株和3个荚膜型参考株（A,B,D）的OmpA基因进行扩增,将各菌株纯化回收的扩增产物与pMD18-T载体连接,筛选阳性克隆进行测序。结果表明：14个菌株的OmpA基因开放阅读框在1 047～1 077 bp之间,其中长度为1 062 bp的有9个菌株;Signal IP 4.0预测表明,信号肽均为N端21个氨基酸残基,成熟蛋白氨基酸残基数量在327～332之间,推测的分子量为35.19～36.35 kD。与GenBank中12个菌株OmpA基因核苷酸序列比对及遗传进化分析发现,核苷酸同源性为85.3%～100%;氨基酸同源性为83.1%～100%;其中C48-1,1010,9003,890920,921012,xj等6个国内禽Pm分离株OmpA序列同源性为100%。由此可见国内禽Pm菌株OmpA基因非常保守。 相似文献
5.
《福建农业学报》2015,(6)
为了解2012-2014年福建省流行PEDV毒株E和M基因的变异情况,对19株PEDV的E基因和18株PEDV的M基因进行克隆和序列分析。结果表明:与CV777标准毒株相比较,福建流行PEDV毒株的E和M基因存在编码的部分氨基酸变异。19株PEDV E基因的核苷酸之间的同源性为97.4%~100.0%,与attenuated DR13弱毒株和CV777标准株同源性分别为97.4%~100.0%和97.0%~99.6%。18株PEDV M基因的核苷酸之间的同源性为97.4%~100.0%,与attenuated DR13弱毒株和CV777标准株同源性分别为97.2%~99.6%和97.5%~98.4%。核苷酸遗传进化树表明福建流行PEDV毒株的E基因与CV777亲缘关系较近,而M基因与2008年泰国流行的KU05CB08毒株亲缘关系较近,是个新的基因型,可能源于泰国。 相似文献
6.
鸭疫里默氏杆菌中国分离株的外膜蛋白A基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了对鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)中国分离株的外膜蛋白A(OmpA)基因的序列进行分析,根据GenBank中已发表的鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)的外膜蛋白A(Om-pA)基因序列,在其高度保守区设计一对特异性引物,应用PCR技术,分别扩增从中国广东、福建和山东等地分离的8株鸭疫里默氏杆菌中国分离株的OmpA基因,克隆测序后与GenBank中已发表的26株鸭疫里默氏杆菌进行序列比较,结果表明:所有菌株的OmpA基因均为由1164个碱基组成的ORF,编码387个氨基酸组成的蛋白质,起始密码子均为ATG,终止密码子均为TAA,其核苷酸序列非常保守,同源性高达88.2%~100%,氨基酸同源性达到88.9%~100%。试验表明,OmpA基因具有种内相对保守性,其核苷酸与氨基酸同源性与鸭疫里默氏杆菌的血清型、分离时间和地点之间无必然联系。 相似文献
7.
8.
设计并合成一对扩增2型猪链球菌CPS基因的特异性引物,以猪2型链球菌福建株DNA为模板,筛选最佳反应条件,建立检测CPS2J基因的PCR方法,并对PCR扩增产物进行序列测定和同源性比较分析。结果如下：应用该方法对猪2型链球菌福建株和标准阳性株进行扩增,均获得与预期大小一致的675bp特异性目的片段,而对8株非2型猪链球菌的扩增结果均呈阴性;敏感性测定最低可检出100cfu细菌量或50pg 细菌DNA;SS2PFJ06CPS2J 基因部分核苷酸及其推导的氨基酸序列与猪链球菌2型不同菌株的同源性分别达98.7%-100%和97.8%~100%。上述结果表明建立并优化的猪2型链球菌CPS2J基因的PCR检测方法敏感性好、特异性高,能用于2型猪链球菌的分子流行病学调查和快速检测; 序列分析表明猪2型链球菌福建株与国内外8株标准株之间同源性高、亲缘关系密切。 相似文献
9.
根据GenBank中已发表的传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因,设计并合成了1对引物,采用RT-PCR技术扩增鸡传染性支气管炎病毒河南分离株(HN0501)S1基因,并进行克隆和测序.结果表明,所克隆的片段大小为1739 bp,包含S1基因和部分S2基因,S蛋白切割识别位点序列为RRSRR.序列比较分析发现,IBV HN0501株S1基因与澳大利亚N1株、吉林JAAS株S1基因核苷酸同源性分别为99.6%,99.8%,氨基酸同源性均为99.3%,而与其它支气管炎病毒株核苷酸同源性为66.4%~85.2%.通过IBV S1基因系统进化分析,结果发现HN0501株与N1株、JAAS株的亲缘关系近,而与其它支气管炎病毒株的亲缘关系均较远.进一步证实IBVHN0501株为IBV肾型株. 相似文献
10.
通过RT-PCR技术扩增和克隆2003—2007年由河北省分离到的、具有一定代表性的鸡新城疫病毒分离株F基因,与GeneBank中已发表的NDV不同基因型代表株F基因相应核苷酸片段及其氨基酸序列进行比较,构建系统发育进化树并确定分离株的毒力强弱及所属基因型。结果显示,分离株在该区段没有碱基缺失和插入,但有多处点突变分散存在。分离株F基因核苷酸序列与国内外已发表毒株相应序列核苷酸同源性为80.5%~98.5%,推导的氨基酸序列同源性为77.5%~97.7%。表明目前河北新城疫的流行以基因Ⅶ型为主,同时兼有传统的基因Ⅵ型和基因Ⅱ型。 相似文献
11.
2014年03月至08月期间,对来自浦东地区患关节炎的150份病猪和死猪内脏器官及关节液进行细菌分离,对分离细菌进行革兰氏染色、PCR鉴定、药敏实验和多重PCR检测链球菌毒力因子分布(荚膜多糖cps、溶菌酶释放蛋白基因mrp、胞外因子ef、溶血素sly、毒力相关基因orf2、谷氨酸脱氢酶基因gdh、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因gapdh),并对链球菌2型cps基因序列进行进化树分析。结果,从分离到的120株细菌中检测到21株链球菌,分离率为17.5%,2型链球菌分离率为11.67%;链球菌的毒力型呈-/+cps2J-/+mrp-ef-sly-gdh-/+gadph-/+orf2;分离株呈多重耐药性,耐药性为:大环内酯类硝基呋喃类、氯霉素类、多肽类、氨基糖苷类、四环素类青霉素类、头孢菌素类、亏诺酮类林可胺类、磺胺类;cps基因与GenBank上已公布的链球菌2型荚膜多糖基因的核苷酸同源性达94%~99%。 相似文献
12.
利用反转录 ( RT)和 PCR技术完成了 5株近期 ( 1 997～ 1 998年 )猪瘟流行毒和 1株猪瘟 C-株弱毒疫苗毒 (兰州 ) Erns(或称 E0 )基因的核酸序列测定。通过序列分析发现 ,这 5株流行毒与 C-株疫苗毒的核酸序列同源性为 83%～ 84%;推导的氨基酸序列同源性为 88%～ 91 %,我国 50～ 60年代流行的中国石门株 ( SM)的核酸序列同源性为 85%;氨基酸序列同源性为 89%～ 91 %。而 5株流行毒间的核酸序列同源性为 91 %～ 98%;氨基酸序列同源性为 94%～ 98%。 相似文献
13.
根据传染性喉气管炎病毒TK基因的核苷酸序列设计并合成一对引物,利用该对引物PCR扩增出鸡传染性喉气管炎病毒河南株ILTV-CGI、LTV-XY及以色列疫苗株TK全长片段,并进行克隆、测序。结果显示3株ILTV的TK基因全长均为1 183 bp,包含一个开放性阅读框(1 092 bp),编码363个氨基酸的多肽;3株ILTV TK基因核苷酸序列完全一致,并与GenBank收录的ILTV美国632强毒株、北京E2株TK基因完全一致,而与山东烟台株、英国Thorne强毒株和英国216株TK基因核苷酸同源性均为99.5%,与其他疱疹病毒TK基因核苷酸同源性在19.1%～27.2%之间。分子进化分析揭示了各毒株间的亲缘关系。 相似文献
14.
参照GenBank上已发表的次黄嘌呤核甘酸脱氢酶（IMPDH）基因序列,设计引物,对34个猪链球菌不同血清型（缺12型）国际标准株进行了IMPDH基因的PCR检测及序列分析。结果表明：除17型、24型、32型、33型和34型外,其他29个血清型都为阳性,其核苷酸序列的同源性为88．3％～100．0％,所推导的蛋白质序列的同源性为94．7％～100．0％。为进一步研究IMPDH的生物学特性和功能奠定了基础。 相似文献
15.
[目的]对1株疑似猪链球菌菌株进行鉴定,为进一步研究猪链球菌的毒力提供理论基础。[方法]采用革兰氏染色镜检、形态观察和16S rDNA测序后NCBI数据库Blast比对鉴定菌株;另外选取猪链球菌7种主要毒力因子设计引物,利用PCR方法检测其毒力基因分布情况。[结果]显微镜下该疑似菌株为革兰氏阳性菌,多数呈链状,少见单个排列。16S rDNA测序结果与猪链球菌2型同源性达到99%。毒力因子检测均含有7种毒力因子。[结论]该疑似菌株为猪链球菌2型,其毒力基因型为：gdh＋/ef＋/mrp＋/sly＋/fbps＋/orf2＋/cps2J＋/。 相似文献
16.
用RT -PCR一步法扩增了华南地区野毒NDVWS99株的HN基因 890bp片断 ,并对其进行克隆、核苷酸测序及同源性分析 结果表明 :WS99株的HN基因与其他 2 9株NDV的核苷酸同源性在 88.0 %～ 99.8%之间 ,氨基酸同源性在 90 %～ 97%之间 鸡源NDVWS99株与鹅源副粘病毒GPMV株有极高的同源性 ,高达 99.8% 该毒株与TEX/ 48和B1/ 47一样 ,在HN基因 130 1bp处由G突变为A ,对应氨基酸由V突变为I,但其半胱氨酸位点和个数没有改变 ,且所克隆的目的片段中含有HN基因上 5个凝血抗原位点其中的 4个 相似文献
17.
以鸭肠炎病毒(DEV)SD-01株DNA为模板,根据GenBank上已发表的基因序列设计一对引物,利用PCR技术扩增出US2全基因,将目的条带连入pGM-T载体,得到的阳性重组质粒命名为pGM-US2并进行序列测定。将测序结果与疫苗株、鸭瘟鸡胚化弱毒疫苗(C-KCE)株和单纯疱疹病毒-1型(HSV-1)、马立克氏病病毒(MDV)、伪狂犬病病毒(PRV)的US2基因同源性进行比较,发现核苷酸和氨基酸的序列同源性分别为100%~25.8%和100%~28%。结果表明,US2基因在DEV中是完全保守的,但与其它疱疹病毒相比同源性较低。 相似文献
18.
[目的]防治鸡传染性喉气管炎,减少该病对养鸡业造成的损失。[方法]参考GenBank收录的传染性喉气管炎病毒gE基因序列设计并合成1对引物,以ILTV河南长葛株DNA为模板,PCR扩增出一条1 550 bp的特异性条带,并克隆至pGEM-T载体上。经PCR扩增、酶切鉴定,得到含gE基因重组质粒,并对重组阳性质粒进行序列测定。[结果]与GenBank收录的传染性喉气管炎病毒gE基因和其他部分疱疹病毒gE基因序列进行比较,发现传染性喉气管炎病毒间的核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.9%、99.8%;与其他动物疱疹病(MDV、CHV、PRV、EHV的gE基因)毒核苷酸的同源性分别为25.6%、23.9%、28.3%、26.1%。[结论]不同ILTV毒株之间gE基因差异甚小,gE基因比较保守,但与其他动物疱疹病(MDV、CHV、PRV、EHV的gE基因)毒核苷酸的同源性较低。该研究为gE基因的功能研究提供了依据。 相似文献
19.
参照GenBank上登录的猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)美洲型AF494042株ORF5基因序列,设计1对特异性引物,应用RT-PCR扩增出PRRSV河南09分离株(HN-09)的ORF5基因,经与pGEM-T Easy载体连接后,筛选出阳性重组质粒进行序列测定,并利用DNASTAR软件对序列进行分析.结果表... 相似文献