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1.
乳头瘤病毒(Papillomaviruses, PVs)是一类入侵上皮细胞的病原体，可感染人、马等多种动物，已鉴定的马乳头瘤病毒(Equus caballus papillomavirus, EcPV)有9种，包括EcPV-1～9型，国内仅报道马携带EcPV-1。为调查EcPV在北疆地区纯血马中的流行情况，对北疆3个不同地区采集的242份纯血马鼻拭子和精液样品进行PCR检测，结果显示，在3份马匹精液样品中检出EcPV-7,阳性率为1.2%(3/242),提示该病毒可通过垂直传播。利用特异性引物PCR扩增得到其中1份阳性样品中EcPV-7的全基因组序列，并将该样品中的相应毒株命名为XJ-ZS1。同源性分析结果显示，鉴定的XJ-ZS1与瑞士EcPV-7参考株(登录号JX035935)全基因组中不同基因核苷酸序列同源性在98.9%～100%之间，氨基酸序列同源性在98.2%～100%之间，其中XJ-ZS1 L1基因与EcPV-7参考株L1基因核苷酸同源性为98.2%～98.9%,表明XJ-ZS1为EcPV-7新变异株。遗传进化分析结果表明，鉴定的XJ-ZS1与瑞士EcPV-7亲缘关系较近，处... 相似文献
2.
为了解牛乳头瘤病毒1型（bovine papillomavirus genotype 1,BPV-1）广西GX01株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况,同时了解该毒株引起宿主产生的病理组织学变化情况,本研究选取广西贺州市患病牛皮肤肿瘤样物制作石蜡切片后镜检观察,提取病料DNA,以乳头瘤病毒L1基因的简并引物FAP59/FAP64进行PCR扩增以确定此病毒的基因型,根据GenBank中BPV参考株设计嵌套引物,对GX01株进行全基因组扩增、克隆测序及序列分析。病理组织学检查结果显示,可在病变部位发现表皮细胞增生、肿胀,角质过度及挖空细胞等乳头瘤病毒感染的特征性病变。序列分析结果表明,GX01株为BPV-1,其全基因组长为7 945 bp,包含E1、E2、E4、E5、E6、E7、L1、L2 8个开放阅读框,符合BPV-1型基因组的结构特征;GX01与BPV-1参考株全基因组核苷酸序列同源性为98.6%~99.6%,与BPV-2型参考株（M20219.1）、BPV-13型参考株（JQ798171.1）同源性分别为86.9%和87.2%。GX01株为广西地区首次经检测确认并测定全基因组序列的牛乳头瘤病毒。本研究为广西地区乃至全国的牛乳头状瘤的病原鉴定、流行规律、遗传变异、疫源追溯及科学防控提供了基础数据。 相似文献
3.
《中国预防兽医学报》2021,(1)
猪乳头瘤(SsP)是由猪乳头瘤病毒(SsPV)引起的一种猪传染性肿瘤。为了解SsPV中国流行株基因组信息,本研究对采集自广西的56份猪皮肤组织样品进行PCR检测,对检测为阳性的样品进行SsPV全基因组的克隆及序列分析。结果显示,56份广西猪皮肤组织样品中共检测出1份阳性样品,属于SsPV1,克隆序列拼接获得1株SsPV1全基因组序列,命名为SsPV1/GX12(MT078972)。SsPV1/GX12基因组全长为7 260 bp,编码7个主要开放阅读框。序列分析显示,SsPV1/GX12与参考株SsPV1a(EF395818)、SsPV1b(EF395819)、SsPV2(KY817993)核苷酸同源性分别为99.9%、99.2%、66.1%,与其他哺乳动物乳头瘤病毒核苷酸同源性为62.9%～69.5%。进化分析表明GX12属于SsPV1型。本研究首次获得中国SsPV分离株的全基因组信息,为开展SsP病原生物学、流行病学以及防控技术研究提供科学依据。 相似文献
4.
牛乳头瘤病毒基因1型广西GX01流行株全基因组克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解牛乳头瘤病毒1型(bovine papillomavirus genotype 1,BPV-1)广西GX01株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况,同时了解该毒株引起宿主产生的病理组织学变化情况,本研究选取广西贺州市患病牛皮肤肿瘤样物制作石蜡切片后镜检观察,提取病料DNA,以乳头瘤病毒L1基因的简并引物FAP59/FAP64进行PCR扩增以确定此病毒的基因型,根据GenBank中BPV参考株设计嵌套引物,对GX01株进行全基因组扩增、克隆测序及序列分析。病理组织学检查结果显示,可在病变部位发现表皮细胞增生、肿胀,角质过度及挖空细胞等乳头瘤病毒感染的特征性病变。序列分析结果表明,GX01株为BPV-1,其全基因组长为7 945bp,包含E1、E2、E4、E5、E6、E7、L1、L2 8个开放阅读框,符合BPV-1型基因组的结构特征;GX01与BPV-1参考株全基因组核苷酸序列同源性为98.6%~99.6%,与BPV-2型参考株(M20219.1)、BPV-13型参考株(JQ798171.1)同源性分别为86.9%和87.2%。GX01株为广西地区首次经检测确认并测定全基因组序列的牛乳头瘤病毒。本研究为广西地区乃至全国的牛乳头状瘤的病原鉴定、流行规律、遗传变异、疫源追溯及科学防控提供了基础数据。 相似文献
5.
《中国预防兽医学报》2020,(3)
为了解新疆地区马携带病毒的多样性,本研究采集新疆昌吉市和伊宁市30匹纯血马,147匹本土马粪便、鼻拭子和血清样品,采用高通量测序检测马携带病毒多样性。结果显示马粪便携带人乳头瘤病毒18型(HPV18)。根据GenBank中HPV18参考株E6基因序列,设计特异性引物,对样品进行PCR检测。结果显示20%(6/30)纯血马粪便样品携带HPV18,与其同场饲养的本土马粪便样品HPV18阳性率为12.7%(7/55),非同场饲养的本土马粪便样品HPV18阴性(0/92),表明马源HPV18可能是由纯血马携带的病毒。此外,马鼻拭子和血清样品中未检测到HPV18,表明该病毒可能仅存在于马肠道中,这也是本研究首次在动物肠道中检测到HPV18。马源HPV18 E6基因核苷酸和氨基酸序列与国外HPV18 E6基因与氨基酸序列同源性为99.6%～100%、100%,与我国HPV18 E6基因与氨基酸序列同源性为94.6%～97.3%、91.8%～96.8%,与马乳头瘤病毒E6基因与氨基酸序列同源性为35.8%～40.1%、14.6%～24.6%。遗传进化分析显示马源HPV18与国外HPV18亲缘关系较近,而与马乳头瘤病毒处于不同分支,表明马源HPV18可能是由纯血马携带的外来病毒。本研究首次鉴定了马源HPV18并对其E6氨基酸进行遗传进化分析,为HPV18的流行病学研究提供了参考依据。 相似文献
6.
为了解广东地区鹅星状病毒(GoAstV)的流行和变异情况，本研究于2019年～2021年从广东清远、广州、江门和汕尾4个地区采集83份疑似患痛风雏鹅的肝脏和肾脏病料样品。制备的组织病理切片结果显示，痛风雏鹅肝脏和肾脏组织出现大量的炎性细胞浸润和细胞坏死，经RT-PCR检测鉴定到其中72份样品为Go AstV阳性。从4个地区各选1份阳性样品对鉴定到的Go Ast V进行全基因组的PCR扩增，结果显示获得4株长度均为7 033 bp的Go AstV全基因组序列。采用Meg Align分析的核苷酸同源性结果显示，4株Go Ast V全基因组序列的同源性为98.4%～99.4%，与报道的Go AstV-2参考株全基因组序列的同源性为97.1%～99.7%，而与Go AstV-1全基因组序列的同源性仅为57.3%～57.7%。与其他禽星状病毒相比，Go AstV与火鸡星状病毒2型(TAstV-2)的同源性最高，其全基因组序列同源性约为65.0%～65.3%。Cap蛋白的氨基酸序列分子特征分析结果显示，4个鉴定株Cap蛋白的氨基酸序列均发生了Y36H突变，其中Go Ast V/Guangdong/... 相似文献
7.
《中国兽医杂志》2020,(2)
为了掌握牛乳头瘤病毒基因1型(BPV-1)全长基因序列特征,提取已鉴定为牛乳头状瘤病毒基因1型病料的病毒基因组DNA,参照GenBank中参考序列设计扩增引物、测序引物,扩增各片段,纯化回收后送样测序,对得到序列进行全长序列分析。结果显示,新疆南疆SY-12株为BPV-1基因型,其全基因组长度为7 946 bp,具有BPV-1基因型的结构特征,与GenBank中的BPV-1基因型参考株核苷酸同源性高达99.4%。与BPV-2、BPV-13基因型参考株的进化关系最近,同为Delta属。表明新疆南疆BPV-1基因型SY-12株为Delta属牛乳头瘤病毒。 相似文献
8.
《中国兽医学报》2020,(3)
采集2017年中国广西壮族自治区部分地区猪组织样品,并对PPV7的流行情况进行调查分析。采集健康猪和患病猪样品的PPV7感染率分别为66.7%和84%。此外健康猪和患病猪PCV2共感染率分别为51.74%和77.33%。二者的高感染率表明PPV7可能与PCV2感染存在一定关系。随机选取3份PPV7阳性样品进行主要结构基因测序,并进行系统进化分析。结果显示,3份样品中全基因组序列同源性为94.1%～99.6%,NS1基因核苷酸序列同源性为96.0%～100%。cap基因核苷酸序列同源性为93.9%～97.6%。与PPV7参考株相比,NS1基因同源性为94.2%～97.6%,cap同源性为87.4%～95.0%。在3株PPV7全长基因组,其cap基因分别编码474,470及469个氨基酸,而作为参考的PPV7 42株则编码469个氨基酸,cap基因序列变异导致cap编码区域氨基酸序列的增加。 相似文献
9.
为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus 2,PCV2）的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767 bp,10株为1 768 bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株（10084F4、R14040及R14086）的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
10.
为探明2014年-2015年在福建省流行的羊传染性脓疱病毒(ORFV)遗传变异情况,对10株ORFV流行毒株的F1L、B2L和VIR基因进行克隆、测序及分析。结果表明,10株ORFV F1L基因之间的核苷酸序列同源性为97.6%~100%,与国内株的核苷酸序列同源性为96.8%~99.7%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为96.3%~97.1%;同NZ2参考株比较,FJ-YT2014缺失2个氨基酸;10株ORFV B2L基因之间核苷酸序列同源性为97.5%~99.9%,与国内株的核苷酸序列同源性为96.7%~99.5%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为96.7%~97.7%;10株ORFV VIR基因之间的核苷酸序列同源性为95.8%~99.5%,与国内株的核苷酸序列同源性为94.6%~99.6%,与NZ2参考株的核苷酸序列同源性为94.6%~96.4%。基于基因核苷酸序列的遗传进化分析表明,10株ORFV F1L基因与福建省分离株、山西株和新疆株亲缘关系较近;10株ORFV B2L基因与新疆、山西、德国毒株亲缘关系较近;10株ORFV VIR基因与台湾、新疆株亲缘关系较近。结果提示,当前福建省流行的ORFV F1L、B2L和VIR基因尚未出现明显变异,但是其F1L、B2L和VIR基因核苷酸序列之间普遍存在异质性。 相似文献
11.
《中国兽医杂志》2014,(8)
为了解山东地区犬细小病毒的流行及其变异情况,应用F81细胞从山东地区送检的发病犬粪便中分离出4株细小病毒,根据PCR和电镜技术对其进行鉴定,并对分离株的全基因组进行克隆测序与序列分析。结果表明:所分离到的4株病毒均能在F81细胞上产生明显的细胞病变,经PCR及电镜观察鉴定为犬细小病毒,分别命名为QN1/QN2/QN3/QN4株。全基因组分析结果显示,除QN3株的基因组全长为4 756 nt外,其余3株均为4 757 nt;4个分离株之间全序列核苷酸同源性为99.31%,与GenBank登录的10株具有代表性的CPV核苷酸序列比对,同源性为98.2%99.9%;VP2基因的核苷酸序列同源性为98.5%99.9%;VP2基因的核苷酸序列同源性为98.5%99.9%,氨基酸序列同源性为98.1%99.9%,氨基酸序列同源性为98.1%100%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,同属于NewCPV-2a亚型。 相似文献
12.
《中国预防兽医学报》2020,(9)
为了解我国两广地区猪非典型瘟病毒(APPV)的流行及变异情况,本研究于2017年～2018年从该地区的两个规模化养殖场采集了10份患先天性震颤仔猪的各组织病料样品,利用RT-PCR进行APPV检测,挑选3份阳性样品进行该病毒的开放阅读框(ORF)基因序列的RT-PCR扩增、测序,并对ORF基因、该基因包含的E2和P7基因进行核苷酸和氨基酸序列同源性分析及该3种基因的遗传进化分析。结果显示,10份病料样品均为APPV阳性,采用RT-PCR分段扩增获得3株APPV的ORF基因全长序列。ORF基因序列分析显示,3株APPV之间的核苷酸同源性为81.6%～99.8%,与41株中国株的同源性为80.8%～99.3%,与19株国外参考株的同源性为81.3%～91.1%;E2和P7基因的同源性分析结果与ORF基因同源性分析结果一致。ORF、E2和P7基因的遗传进化树显示,广西猪场分离的GX-GL1株和GX-GL67株属于基因1型,而广东猪场分离的GD-CT4株属于基因3型。上述结果表明3株APPV与中国株的亲缘关系更近,两广地区的APPV基因型呈现地域差异性,本研究有助于了解APPV在中国的流行情况。 相似文献
13.
鹅副粘病毒F基因的克隆测序及核苷酸序列分析 总被引：18，自引：1，他引：17
以鹅副粘病毒 (GPV) SF0 2株的基因组 RNA为模板 ,通过 RT- PCR的方法扩增出 F基因片段 ,然后将其克隆至 T载体中。经 PCR鉴定后 ,对阳性克隆进行测序。测序后拼接得出 F基因的全序列。与 Gen Bank下载的 9株参考毒株比较 F基因编码区全核苷酸序列 ,发现所测 GPV- SF0 2毒株与参考毒株 L Z- NDV核苷酸序列同源性为 96 %,与F48E9同源性为 92 .5 %,与 L a Sota为 88%。 相似文献
14.
为了了解2018—2020年福建地区猪瘟病毒流行及遗传变异情况,收集福建省不同地区临床发病猪的血液和肺脏、脾脏、淋巴结等组织样本1464份,采用RT-nPCR的方法对样品进行CSFV检测,对部分CSFV阳性样品E0基因进行克隆测序。结果显示,CSFV总体阳性率为1.9%(29/1464),并获得13株CSFV E0基因序列。同源性分析发现所得13株CSFV E0基因之间的同源性在82.2%-99.7%,其中11株CSFV E0基因与1.1亚型代表毒株HCLV的核苷酸同源性为99.0%～99.9%,与Shimen株的核苷酸同源性94.1%～95.0%;1株与2.1c型参考毒株HNSD-2012核苷酸同源性为98.2%;1株与2.1d亚型毒株CSFV/JPN/2018核苷酸同源性为99.6%。遗传进化分析发现,10株CSFV与HCLV、C-ZJ-2008、Shimen和Brescia处于同一分支,属于1.1亚型;1株CSFV与HNSD-2012等位于同一分支,属于2.1c亚亚型;1株与CSFV/JPN/2018等位于同一分支,属于2.1d亚亚型。氨基酸序列分析发现,13株毒株与HCLV等代... 相似文献
15.
从陕西省户县某猪场患流感样症状病死仔猪肺脏分离得到1株副黏病毒,命名为猪源副黏病毒（PPMV）HX01株,对分离毒株鉴定后进行部分生物学特性研究和全基因测序分析。参考PPMV JL-1株基因组序列设计10对引物,对PPMV HX01株分段扩增并测序,将测序成功的各序列依次拼接得到全基因序列并进行序列比对。该病毒MDT为91.2h,ICPI和IVPI为0,EID50为10-10.25/mL,表明该毒株属于新城疫弱毒株。序列分析结果表明,PPMV HX01株（全基因序列GenBank登录号：JF795531）与NDV参考毒株全基因核苷酸同源性83.3%～99.8%,该病毒与基因Ⅱ型我国传统弱毒疫苗株La Sota全基因水平和各个基因编码开放阅读框的同源性均在99.5%以上,而与基因Ⅸ型国家标准强毒株F48E9和目前流行的基因Ⅶ型毒株亲缘关系较远。 相似文献
16.
为了解北京地区猪圆环病毒2型(PCV2)毒株的遗传变异特性,本研究对2010年病料中分离的2株PCV2通过PCR、IPMA进行初步鉴定,并扩增病毒全基因组,用DNAStar进行序列分析,用MEGA5进行PCV2ORF2序列比对,构建系统进化树。结果表明,分离得到的BJ2010LC株(登录号为JQ002671)、BJ2010PG株(登录号为JQ002672)2个PCV2毒株其全基因组长度均为1 767bp,与国内外参考毒株核苷酸序列同源性为94.2%～99.5%,2个分离株之间的核苷酸序列同源性为96.6%。BJ2010LC株属于基因型PCV2d,BJ2010PG株属于基因型PCV2b。 相似文献
17.
为了解目前我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株基因组特征，本实验室于2020年从山东某养殖集团不同场区采集7份疑似感染PRRSV的组织样品，进行RT-PCR检测，将阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAM)分离病毒，利用间接免疫荧光试验(IFA)对分离病毒进行鉴定，经PCR对分离株全基因组序列分段扩增，采用生物信息学软件对分离株的ORF5基因及全基因组序列的同源性、NSP2氨基酸序列缺失特征和ORF5氨基酸变异位点及糖基化位点、ORF5基因与全因因组遗传演化关系分析以及全基因组的重组分析。结果显示：7份组织样品均呈PRRSV阳性，其中有6份阳性样品接种猪原代肺泡巨噬细胞(PAM)后产生细胞病变，且通过荧光显微镜可观察到特异性绿色荧光，表明分离到6株PRRSV；对6株PRRSV的全基因组序列扩增、测序、拼接，通过全基因组序列同源性对比发现6株PRRSV全基因序列之间的同源性约99.4%～100%，表明6株PRRSV是同一来源，选择其中1株(SDlz0720株)进行后续分析。序列分析结果显示：SDlz0720株NSP2氨基酸序列均具有“111+1+19aa”的缺失特征，与NADC30-... 相似文献
18.
为了解陕西省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,根据GenBank登录的PCV2全基因组序列,设计1对引物,从陕西省部分地区规模化猪场疑似PCV2感染的病猪采集病料9份,应用PCR扩增PCV2的全基因,其中6份为阳性,并对扩增的6个PCV2全基因组序列进行测序和序列分析。基因测序表明,PCV2基因组全长为1 767bp;对6株病毒序列进行同源性比较,6个毒株全基因之间核苷酸同源性为98.3%~100%,与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组比较,同源性为96.3%~97.8%;与近几年陕西株比较发现基因变异程度不稳定,与2013年分离株(KX352154.1)同源性最高,2015年分离株(KX352159.1)次之,反而与2014年分离株(KX068219.1)最低;对6个毒株的ORF1和ORF2基因进行同源性比较,6个毒株的ORF1和ORF2基因的核苷酸同源性分别为98.1%~100%和98.2%~100%,与GenBank上已发表的国内外参考株ORF1和ORF2基因进行同源性比较,同源性分别为97.6%~99.8%和91.5~96.0%。陕西省流行的PCV2基因组较为保守,变异不大,同源性很高。 相似文献
19.
《畜牧与兽医》2015,(11):99-103
为探究新疆南疆某奶牛场疑似感染牛乳头状瘤病及病毒基因型,本试验采取牛皮肤病变肿瘤样组织,进行组织病理学检查,并提取病料DNA,以乳头状瘤病毒(bovine papillomavirus,BPV)L1基因简并引物和通用引物(FAP59/FAP64和MY11/MY09)进行PCR扩增、测序、序列分析及遗传进化树构建。测序结果表明:新疆南疆Aks-01株与Gen Bank收录的BPV-2基因型参考株核苷酸序列比较,核苷酸同源性可达95%,为BPV-2基因型;与BPV-1、BPV-13基因型参考株遗传进化关系最近,同属Delta属。结合临床症状、组织病理学检查,确定该奶牛场牛乳头瘤由BPV-2基因型感染引起。 相似文献