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1.
95份甘蔗栽培材料的SSR引物筛选及遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《西南农业学报》2018,(12)
【目的】筛选适用于甘蔗主产区种质资源的SSR核心引物,探究中国主要甘蔗材料的遗传多样性和群体结构,为甘蔗亲本材料的保存、利用、甘蔗分子标记辅助选择提供参考。【方法】利用从68对SSR引物中筛选获得的21对核心引物,对采集到的19个群体共95份甘蔗育种亲本材料进行遗传多样性分析。利用Powermarker V3. 25数据处理软件计算引物的多态性信息量(PIC)。根据SSR分子标记数据,计算19个群体的Nei72遗传距离矩阵。利用Powermarker V3. 25软件,对供试材料基于SSR标记的遗传距离矩阵进行相关性分析。根据遗传距离矩阵,利用Mega6. 06软件分别对19个群体进行基于分子标记的类平均法(unweighted pair group method with arithmetic mean,UPGMA)聚类分析。根据SSR分子标记数据,利用STRUCTURE 2. 4对19个群体的95份供试材料进行群体结构分析。【结果】从已公布的68对SSR引物中,筛选获得21对多态性高、稳定性好、综合表现良好的甘蔗SSR分析引物,21对引物中PIC值最大的是0. 9279,最小值为0. 7855,平均值为0. 8664。21对SSR引物共检测出440个甘蔗DNA条带,其中多态性条带数为422个,扩增的DNA条带范围集中在100～500 bp之间。19个群体的Nei72遗传距离最小的为0. 2024,最大的为0. 7262,平均遗传距离为0. 5779,根据UPGMA聚类图可将19个群体划分为4个亚群。群体结构分析表明,当K值等于6时,ΔK取得最大值,说明19个群体的95份材料可以划分为6个亚群,亚群Ⅰ含有4个群体分别为TZ01、GZ01、TZ02、TZ10,亚群Ⅱ含有2个群体为TZ07、TZ08,亚群Ⅲ为TZ11、GZ06、GZ08,亚群Ⅳ分别为GZ07、GZ03、GZ04、GZ05,亚群Ⅴ分别为TZ04、TZ06、TZ05、TZ03、TZ09,亚群Ⅵ只含有一个群体为GZ02。【结论】21对SSR引物能够很好的区分本研究的各个材料,同时供试材料基因组水平的遗传多样性较丰富,可为上述亲本资源的利用奠定良好的基础,并为今后研究中的亲本选择和组合等方面提供重要参考。 相似文献
2.
利用SSR标记划分微胚乳超高油玉米的杂种优势群 总被引：4，自引：0，他引：4
利用SSR分子标记研究了50份微胚乳超高油玉米自交系的遗传变异。从64对SSR引物中,选出扩增带型稳定的58对引物进行遗传多样性分析,共检测出207个多态性条带,涉及58个SSR位点,平均每个位点检测到的等位基因变异数为3.569个,变化范围2~7个;平均PIC值为0.560,变化范围从0.232到0.784。经遗传多样性和聚类分析把供试微胚乳超高油玉米自交系划分为4个类群(8个亚群)。聚类后的群内遗传相似系数大于群间遗传相似系数,这表明所选取的SSR引物可以有效地区分微胚乳超高油玉米自交系的遗传多样性,划分结果是客观合理的。 相似文献
3.
利用SSR标记研究96个玉米自交系的遗传多样性及其群体遗传结构 总被引：1，自引：0，他引：1
分析玉米自交系的遗传多样性,研究其种质群体的遗传结构,为配制优势杂交种提供理论依据。利用108对SSR标记引物,对96份玉米自交系进行遗传多样性分析。针对目标群体,使用STRUCTURE软件,进行群体遗传结构评估。设定亚群数目(K)为1～9,并假定标记位点都是独立的,利用△K(k)确定最适合的K值,进而生成Q-matrix。SSR分析表明,108对SSR引物共检测到472个等位片段。每对引物可以稳定检测到2～9个等位片段,平均每对引物检测到4.37个等位片段。群体结构评估表明,最合适的K=2,即目标群体中存在2个亚群。 相似文献
4.
《西南农业学报》2016,(2)
研究以树龄3200年的香竹箐茶树王为基础,应用27对引物对包括香竹箐茶树王在内的22份古茶树资源、44份野生茶树资源和18份栽培品种茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系的分析。结果表明,27对引物共扩增出190个基因型,91个等位基因,Shannon平均值为0.92。观测杂合度平均值0.52,期望杂合度平均值0.54,均大于0.50。PIC值在0.10~0.73,平均0.54,大于0.50。说明供试材料遗传差异大。香竹箐茶树王与古茶树、野生茶树和栽培型茶树中遗传相似性系数低于0.50的资源在每个群体分别占9.1%、29.6%和44.4%,说明香竹箐茶树王与野生茶树和栽培型茶树品种之间的遗传关系较远。聚类分析表明,84份材料按亲缘关系和地理来源分成了17个组,亲缘关系树状图在分子水平上显示了香竹箐茶树王与其他供试茶树资源之间的亲缘关系,为今后对香竹箐茶树王等宝贵茶树资源的保护、研究和开发提供有效的理论依据。 相似文献
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美洲红点鲑、白斑红点鲑及杂交后代遗传分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以美洲红点鲑和白斑红点鲑双列杂交F1及其自交形成的4个群体为试验材料,利用7对微卫星引物分析遗传结构。结果表明,7对引物均表现良好多态性,可作4个群体遗传结构分析;各组合PIC平均值0.5079~0.6467,属高度多态性;有效等位基因数4.3688~5.5764;平均观测杂合度0.6857~0.7143,平均期望观测杂合度0.6290~0.8234,杂交组中杂合度高于双亲,均显示子代高遗传变异水平;4个群体中,美洲红点鲑纯繁群体(AA)和美白杂交群体(AB)间遗传距离最大(0.757343),最小遗传距离(0.366335)。UPGMA系统树显示,美白杂交群体(AB)和白美杂交群体(BA)亲缘关系最近,与白斑红点鲑纯繁群体(BB)聚为一类,达到改良目的,为分子标记辅助选育奠定基础。 相似文献
7.
利用54对欧榛SSR引物,对榛属12个种、平欧杂交榛及平平欧杂交榛共64份榛属资源进行了遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明,欧榛遗传变异丰富,64份榛属资源18对SSR引物在欧榛10个样本中共检测到95个等位基因,每个位点的等位基因数2～10个,观测杂合度值(Ho)和期望杂合度值(He)的变化范围分别为0.214～0.816和0.348～0.800。聚类分析结果显示,64份榛属种质可划分为6组,平榛与欧榛亲缘关系最近。由此可知,欧榛SSR标记是榛属植物资源遗传分析的有力工具,为平榛资源的遗传改良在分子水平上提供了理论依据和基础。 相似文献
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9.
《江西农业学报》2017,(1)
从250对引物中筛选出64对SSR引物,分析了81份烟草种质资源的遗传多样性。结果表明:64对SSR引物在81份烟草种质材料中共扩增出269个基因位点,观测杂合度(Ho)平均值为0.3545,预期杂合度(He)的平均值为0.5425,Shannon’s信息指数(I=0.997)和Nei’s多样性指数(H=0.5391)较高,遗传分化系数(Fst=0.1454)较高,基因流(Nm=1.4699)较小,遗传相似系数较小(0.53~0.90)。说明81份烟草种质的遗传多样性较高,居群间的遗传分化水平较高,大部分位点表现出偏离Hardy-Weinberg平衡,杂合度不足,居群间有较小的基因流。 相似文献
10.
[目的]用17对SSR引物对68份柚类种质资源进行遗传背景研究,推演其亲缘关系,为更好地利用这68份材料提供参考.[方法]17对SSR引物进行PCR扩增;用Power Marker V3.25软件计算观测等位变异数(Na)、有效等位变异数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农多样性指数(I)和引物多态信息含量(PIC);用Ntsys2.0计算材料间的遗传距离并进行聚类;用Structure2.3.4推导群体遗传结构.[结果]17对引物扩增出62条多态性条带,平均为3.6470条.计算得出这62个多态性标记位点的平均等位变异数Na为3.4706,平均有效等位变异数Ne为2.1523,平均观测杂合度Ho为0.4542.平均期望杂合度He和香农多样性指数I分别为0.4810和0.8482,多态信息含量(PIC)平均值为0.4198.在遗传距离0.36处将材料分成5个类群,结构分析中将材料分成4个组群,聚类分析和结构分析结果基本一致.[结论]所选材料具有丰富的遗传多样性,聚类和结构分析的结果能直观地了解这68份材料的亲缘关系,并对其中可能的同物异名品种进行筛选. 相似文献
11.
利用NCBI公共数据库下载获得的3 306条茶树EST,去除其中低质量和冗余的序列,得到全长为635.46 kb的1 335条无冗余EST,在这些序列中共发现216个SSR,分布于185个EST中,出现的频率为16.18%,平均每2.94 kb的表达序列中有1个SSR。茶树的EST-SSR类型丰富,其中二核苷酸重复出现的频率最高,占主导地位。利用Primer 5.0软件从185条含有SSR的EST中设计引物100对,从中随机选取60对引物检测EST-SSR在云南茶树资源中的多态性。结果表明,有30对引物在供试的63份茶树资源中得到有效扩增,并具有多态性;共检测到等位基因数71个,每对引物检测出的等位基因数2~8个,平均4.9个;多态信息量(PIC)变幅为0~0.731,平均为0.499;观察杂合度变幅为0~0.970,平均0.392。EST-SSR标记分析表明云南茶树资源具有较高的遗传多样性。 相似文献
12.
《西南农业学报》2017,(7)
【目的】通过对云南84个玉米杂交种的遗传多样性进行分析,为云南玉米育种提供参考依据,提高育种效率。【方法】利用SSR分子标记技术和UPMGA方法对试验材料进行分析。【结果】筛选出均匀分布在玉米10条染色体上的61对SSR标记引物对供试材料进行SSR标记,共检测到622个等位基因变异,每对引物2~22个等位变异位点,平均为10.23个;每对引物的多态信息量(PIC)在0.324~0.920,平均为0.779,相似系数在0.662~0.918;以0.745为界,将84份供试杂交种划分为5大类群,以0.753为界,将类群Ⅰ划分为4个亚群,84.5%的杂交种均聚在类群Ⅰ。【结论】试验表明云南玉米杂交种遗传基础较狭窄,杂交种间具有同质化趋势。 相似文献
13.
为四川大邑移栽野生大茶树种质资源的综合利用与科学保护提供参考,采用GPS定位对四川移栽野生大茶树种质资源进行编号与拍照,并对其相关性状进行调查和叶芽采集,利用9对SSR核心引物对41份野生大茶树种质资源进行全基因组基因分型及遗传多样性和亲缘关系聚类分析。结果表明:9对SSR引物在41份野生大茶树种质资源中共检测到41个等位基因和75种基因型,每对引物检测到3~7个等位基因,平均4.6个,4~18种基因型,平均8.33种。PCR扩增条带的基因多样性指数、扩增位点的多态性信息指数和杂合度分别为0.501 7~0.713 0、0.443 1~0.761 0和0.561 0~0.731 7,平均分别为0.624 9、0.571 6和0.577 2。在遗传距离为0.28处,UPGMA聚类方法将41份移栽野生大茶树种质资源分为4类。Ⅰ类包含CDDY5和CDDY9,Ⅱ类包含CDDY24和CDDY32,Ⅰ类和Ⅱ类均占群体样本总数的4.8%;Ⅲ类包含CDDY40、CDDY37、CDDY38、CDDY35和CDDY8,占群体样本总数的12.1%;Ⅳ类包含CDDY14、CDDY15和CDDY28等32个材料,占群体样本总数的78%。移栽野生大茶树具有丰富的遗传多样性,建议筛选具有当地特色的部分野生大茶树进行驯化栽培,并对其进行合理科学利用与保护。 相似文献
14.
利用筛选出的16对多态性简单重复序列(SSR)标记对36份产油量较好、观赏性较佳的牡丹材料进行多态性扫描,在分析其遗传多样性和群体结构的基础上,采用TASSEL软件的一般线性模型(GLM)进行标记与25个性状的关联分析。结果表明:16对多态性引物共检测到65条条带,每对引物所扩增出的条带变幅为2.00到8.00不等,平均每一个标记条带数为4.06;多态性信息含量(P_(I,C))为0.19～0.73,平均值为0.50;群体结构分析将供试材料划分为3个亚群,分别包含9、15和12份试验材料;通过关联分析,发现3个SSR位点与单株种子产量、聚合蓇葖果数等9个性状极显著关联(P0.01)。研究表明:所选的36份牡丹种质资源群体的群体结构简单、具有较高的遗传多样性,适用于牡丹目标性状的关联分析。关联分析能够有效地找到与油用牡丹表型性状紧密连锁的SSR标记,用于分子标记辅助育种。 相似文献
15.
【目的】 研究玉米杂种优势类群划分高多态SSR引物筛选。【方法】 遴选均匀分布在玉米10个连锁群上160对SSR引物,在104份玉米自交系DNA中扩增,根据引物的染色体分布和PIC值,分别取40、30、20和10对高多态引物建立4套新引物体系,检测104份自交系的分类效果。【结果】 (1)160对引物中的63对引物带型稳定,多态性高,最高PIC值0.762 3,高于过去常用核心SSR引物,63对引物中过去常用核心SSR引物仅保留40%左右;(2)4套引物体系中,40和30对引物体系的分类结果与已知自交系类群高度吻合,20对体系与40对体系比较具90.5%一致性,10对体系与40对体系比较的一致性81.0%;(3)40对体系分类104份材料为5大类群,分别是瑞德、改良瑞德、兰卡斯特、黄改和和旅大红骨,与目前国内利用的优势群划分结果一致,也能鉴别出每个群中亲缘关系最远的亚群是相近群间二环系来源的混合基因型;(4) 各群的代表自交系是单一遗传结构成分,亚群是多遗传结构成分。【结论】 部分SSR引物的多态性在新自交系中会出现下降,建立的新的40对引物体系有精确的分类功能,可应用于类群划分,20对体系的分类精确性稍低,但检测工作量减半,在批量材料分类中有利用价值。 相似文献
16.
广东仁化白毛茶优异株系遗传多样性的EST-SSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以13份白毛茶茶树资源为供试材料,应用32对EST-SSR引物进行遗传多样性研究。结果表明,供试茶树品种均表现出多态性,共检测到71个等位位点,平均每对引物可检测到2.3个。等位位点的观测杂合度平均值为0.30,期望杂合度平均值为0.34,引物扩增位点的多态性信息量平均为0.39,基因多样性指数为0.43。从UPGMA聚类图中可以看出,13份白毛茶单株系可分为3个类群,大叶青、大叶黄独自聚为第Ⅰ类群;丹霞4号、特白、丹霞7号、丹霞2号、丹霞11号、丹霞13号和丹霞14号聚为第Ⅱ大类群,丹霞1号、丹霞5号、丹霞6号和丹霞8号聚为第Ⅲ类群。 相似文献
17.
【目的】分析我国不同省(区)的薄皮甜瓜种质资源遗传多样性,为今后薄皮甜瓜的种质资源收集及遗传改良和高效利用提供理论依据。【方法】以来自我国不同省(区)的133份薄皮甜瓜种质为材料,从98对SSR引物中筛选得到12对多态性较高的引物,利用TP-M13-SSR分子标记技术对133份薄皮甜瓜种质材料进行遗传多样性分析,并根据Nei’s遗传距离(D)进行聚类分析,以Structure软件的混合模型聚类法分析其群体遗传结构。【结果】利用12对引物从133份薄皮甜瓜种质材料中共扩增出的等位基因数(Na)为54个,平均每对引物4.5个,有效等位基因数(Ne)为1.120~2.234,平均为1.533;观测杂合度(Ho)为0.023~0.466,平均为0.217;期望杂合度(He)为0.107~0.552,平均为0.319,香农信息指数(I)范围为0.267~1.237,平均为0.642;各位点的多态性信息含量(PIC)为0.104~0.531,平均为0.295,大多数位点表现为中度多态性。聚类分析结果显示,133份薄皮甜瓜种质材料被分为两大类群,第Ⅰ类群为4份厚薄皮甜瓜材料,第Ⅱ类群为129份薄皮甜瓜材料。群体遗传结构分析结果显示,当K=4时,△K出现明显的峰值,说明133份薄皮甜瓜种质材料分为4个组群较合适;133份材料中大部分材料的Q值大于0.6。【结论】供试的12对SSR引物表现为中度多态性,需要用更多的分子标记才能有效鉴别薄皮甜瓜材料。133份薄皮甜瓜种质材料遗传结构较为单一,遗传多样性较低,可能存在同物异名的材料,今后应加强对遗传背景差异大、亲缘关系远的种质资源的发掘利用。 相似文献
18.
《江西农业学报》2022,(1)
从250对引物中筛选出64对SSR引物,分析了81份烟草种质资源的遗传多样性。结果表明:64对SSR引物在81份烟草种质材料中共扩增出269个基因位点,观测杂合度(Ho)平均值为0.3545,预期杂合度(He)的平均值为0.5425,Shannon’s信息指数(I=0.997)和Nei’s多样性指数(H=0.5391)较高,遗传分化系数(Fst=0.1454)较高,基因流(Nm=1.4699)较小,遗传相似系数较小(0.530.90)。说明81份烟草种质的遗传多样性较高,居群间的遗传分化水平较高,大部分位点表现出偏离Hardy-Weinberg平衡,杂合度不足,居群间有较小的基因流。 相似文献
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《云南农业大学学报(自然科学版)》2020,(1)
【目的】了解和利用雷波野生茶树资源,并探究其演化地位。【方法】采用SSR荧光标记引物,结合毛细管电泳检测技术,首次系统分析雷波野生茶树群体的遗传多样性及其与其他5个野生茶树群体的亲缘关系。【结果】15对SSR标记在108份供试材料中共检测到89条等位基因和221种基因型,其中50份雷波茶树材料中共检测到76条等位基因、29条特有等位基因和143种基因型。以群体为单位比较时,雷波野生茶树群体的等位基因数(A)、平均单个标记基因型数、基因多样性(H)和多态性信息含量(PIC)在7个茶树群体中均为最高,分别为76、9.533 3、0.597 6和0.545 5,杂合度处于较低水平(He)为0.451 1。不同野生茶树群体间的遗传距离为0.081 8～0.255 2,雷波野生茶树群体与四川大邑野生茶树群体遗传距离最小,其次是荥经野生茶树群体,与云南凤庆野生茶树群体遗传距离最大。108份材料个体聚类分析表明:大部分来自雷波的材料聚在一起,但也有少量单株分散在四川5个野生茶树群体中;栽培型茶树品种与野生型茶树整体亲缘关系较远。【结论】雷波野生茶树群体具有丰富的遗传多样性,本研究结果为进一步开发利用该资源奠定了基础。 相似文献
20.
SSR标记用于玉米自交系类群划分的研究 总被引：6，自引：3，他引：6
利用SSR标记研究了 10个玉米自交系的遗传变异 ,初步进行了杂种优势群划分。 10对SSR引物在供试材料中共检测出 4 0个等位基因变异 ,每对引物检测出等位基因 2～ 5个 ,平均检出4个 ,平均多态信息含量值为 0 .6 5,10个自交系间平均遗传相似系数为 0 .2 7。聚类分析结果表明 ,供试自交系可归为两个类群 ,每个类群又分别由两个亚群组成。利用SSR标记可以对玉米自交系的遗传变异进行初步分析 ,并可用于杂种优势群划分。 相似文献