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为了获取高质量、较完整的肠道菌群基因组DNA,试验采用常规的饱和苯酚/氯仿法(方法一)、牛瘤胃DNA的提取法(方法二)和对上述两种方法进行优化后得到的肠道微生物DNA的提取法(方法三)对鹌鹑肠道微生物总DNA进行了提取,并对结果进行了比较。结果表明:应用方法一和方法二提取的DNA浓度比较低,电泳显示样品DNA条带没有方法三明亮;以方法三提取的肠道总DNA为模板,采用细菌通用引物,对其16S rDNA V3可变区进行PCR扩增,得到较清晰的图谱,条带整齐。说明采用方法三提取鹌鹑肠道微生物DNA较完整,可用于后续的分子生物学试验研究。 相似文献
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本试验采集蒙古马新鲜粪便样品,采用酚－氯仿抽提法和2种细菌基因组DNA提取试剂盒法进行样品中细菌基因组DNA的提取。通过DNA浓度和纯度的测定,并将其作为模板扩增细菌16S rDNA V3区特异性片段对提取效果进行比较,从而找出更适合蒙古马粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果显示,3种提取方法得到的基因组DNA均能用于PCR扩增的模板,其中B试剂盒法提取的DNA数量较多,且纯度高,更适合用于提取蒙古马肠道微生物细菌基因组DNA及后续的蒙古马肠道微生物多样性等分子生物学试验。 相似文献
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肠道微生物被称为动物的“隐藏免疫器官”,不仅能参与宿主代谢还能影响宿主的免疫系统,对维持机体健康至关重要。作者主要介绍了培养组学的发展历程及其对动物肠道微生物研究的重要意义、传统微生物培养方法和分子生物学方法在研究微生物时各自的优、缺点。培养组学是基于传统微生物培养方法同时采用多种培养条件进行微生物培养,再辅以基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)和16S rRNA基因测序技术建立的一种新型微生物分离、鉴定方法,该方法将传统微生物培养技术与分子生物学技术的优点融为一体。该方法在挖掘“新微生物”的研究中,具有发现、找到并获得的优势;在微生物的研究中可定制分离目标菌株进行验证,并能通过丰富注释清楚地了解肠道微生物组。此外,分析了培养组学分别在家禽肠道、猪肠道、反刍动物肠道等动物肠道的研究应用现状,提出了环境条件对肠道微生物的影响,如人类接触对肠道菌群的影响、同物种不同性别肠道菌群的差异,以期为培养组学在动物肠道微生物的研究运用中提供参考。 相似文献
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绵羊瘤胃微生物基因组DNA提取方法的探讨 总被引：3，自引：0，他引：3
本研究针对瘤胃内容物成分复杂、微生物种类繁多,且难于培养和分离这一特点,本着为采用免培养技术研究瘤胃微生物提供前期样本这一目的,对现在常用的五种基因组DNA提取方法进行了比较。试验结果得出应用珠磨-SDS/CTAB/PVP法所提瘤胃微生物基因组DNA质量及纯度较好,总DNA长度大于20kb,OD260/OD280在1.7以上。同时对所提的DNA应用PCR方法进行了检测,可以成功扩增出瘤胃中的古细菌、真细菌和真菌16/18SrDNA片断,进一步证明了此方法的优越性及可行性,为后续一些分子生物学试验提供质量较高的DNA模板。 相似文献
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奶牛瘤胃微生物DNA提取法的研究与优化 总被引：1，自引：0，他引：1
试验通过对提取瘤胃微生物DNA常用的方法进行比较,优化出一种可以获得完整瘤胃微生物总DNA片段的方法,使其能进一步满足PCR的扩增要求以及后续的分子生物学研究。试验的瘤胃液样本取自3只装有瘘管的荷斯坦奶牛,将方法适当改进。结果表明:珠磨-CTAB法提取的总DNA片段长度大于20 kb,OD260/OD280在1.8以上,DNA的提取效果最稳定。同时对所提的DNA样本应用PCR方法进行了检测,成功扩增出长度分别为1 500 bp、1 000 bp左右的瘤胃细菌和古细菌的16S rDNA序列。结果证明了该方法所提取的瘤胃微生物DNA可以应用到后续的试验研究工作中。 相似文献
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仔猪肠道生理特点特殊,肠道微生态环境极其复杂,研究仔猪肠道微生态环境对指导生产极其重要.本文从仔猪肠道微生态环境的生态学理论及肠道微生物区系的组成及变化、调控因素、研究方法及技术等研究进展进行综述. 相似文献
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近年来,随着分子生物学技术的发展,非损伤性取样逐渐成为野生动物分子生物学研究中获取试验材料的主要方法.文章主要通过介绍当前非损伤取样提取动物DNA的方法,比较各种方法的优缺点和局限性,并分析了各种方法的研究特点和应用前景,以期对下一步研究提供有价值的参考. 相似文献
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野生动物粪便在濒危物种遗传结构研究中的应用 总被引：3，自引：0，他引：3
粪便DNA提取的质量与动物的取食、样品采集地的环境温度、粪便的保存方法有着密切的关系。对于含纤维素较高的食物通过动物的肠道时会有较多的肠道细胞脱落，因此可以提高样品中DNA的含量；当样品采集地的环境温度较高时容易使粪样中的DNA降解，将会降低样品中DNA的含量；然而生活在不同生境类型内的动物，应采取不同的粪便保存方法，这样可以提高样品的质量。在粪便DNA提取方法中，常规法是一种简单、省时、经济的方法。随着粪便DNA分析技术的发展，这项技术在将来的濒危物种遗传结构的研究中会得到广泛的应用。 相似文献
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基于分子对接并辅以生物学验证探讨郁金散治疗大肠湿热证HPA轴损伤的机制。采用高效液相色谱法(High Performance Liquid Chromatography,HPLC)检测郁金散的主要活性成份,用分子对接观察其活性成分与HPA轴相关激素、蛋白之间的结合力,通过网络药理学分析构建药物靶标网络,预测郁金散活性成分作用的主要靶标,并建立大肠湿热证大鼠模型,进行生物学验证。计算各组大鼠肾上腺指数,观察肾上腺组织变化特征,检测关键靶标及其下游激素的表达量。分子对接与网络分析可以推测CRH可能是调控HPA轴亢进的潜在蛋白,盐酸小檗碱、没食子酸、大黄素可能是郁金散调节HPA轴亢进的活性成分。生物学验证实验结果表明,与空白对照组相比,模型组和自愈组大鼠肾上腺指数及血清中CRH、ACTH、CORT的含量显著或极显著升高(P<0.05或P<0.01),模型组大鼠肾上腺出现一定的病理变化。经郁金散治疗后,以上各指标及病理变化均有所改善,其中以郁金散高剂量组治疗效果最佳,验证了分子对接的部分预测结果。研究证实郁金散可能是通过下调CRH的水平调节大肠湿热证大鼠HPA轴功能亢进,为进一步开展郁金散治疗HPA轴亢进的机制研究提供了新思路和新方法。 相似文献
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长链非编码RNA（long noncoding RNA,LncRNA）是一类转录本长度超过200 nt的RNA分子,不具有编码蛋白质的能力,主要参与脂肪代谢、肌肉发育、胚胎发育、性别决定与分化等多种生物过程和疾病的调控。在LncRNA研究中,研究方法的建立和应用起着至关重要的作用。作者简述了LncRNA的生物学特性和生物学功能,重点介绍了LncRNA的主要研究方法：基因芯片、RNA-seq、Northern blotting、荧光原位杂交（FISH）、实时荧光定量PCR、RNA结构平行分析（PARS）、快速预测RNA和蛋白质相互作用（CatRAPID）等,同时介绍了LncRNA与DNA、RNA及蛋白质的相互作用的方法：RNA-pulldown、RNA结合蛋白免疫沉淀（RIP）、光活性增强的核糖核苷交联和免疫共沉淀（PAR-CLIP）、RNA反义纯化（RAP）、RNA纯化的染色质分离（CHIRP）及RNA靶标的捕获杂交分析（CHART）、交联,连接以及混合测序（CLASH）,为畜禽动物中LncRNA的研究提供借鉴。 相似文献
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通过DNA测序不仅可以更好地认识生命的本质,了解生物的差异性、进化及发展史,而且为重组DNA的研究提供了方向,在疾病诊断及基因分型方面具有非常重要的实用价值。首先从发现DNA是遗传物质开始,简要回顾了第一、二和三代测序技术的整个发展历程,以及各自的优缺点和主要测序技术或平台;其次,重点介绍了由PacBio公司开发的第三代测序典型技术--单分子实时测序技术（SMRT）和ONT纳米孔测序技术的原理、方法和技术流程,并总结了第三代测序技术的应用领域,包括基因组重测序、do novo测序、转录组研究、甲基化检测、与疾病相关的结构变异检测,以及流行病学中病毒准种分析等应用;再次,比较了三代测序技术在转录组测序和表观遗传学研究中的技术优势,第三代测序技术在基因组重复区域或结构变异等研究领域具有非常明显的优势,对多种疾病的研究意义重大,已成为未来重要的精准诊断工具,此外,凭借对重要经济物种遗传信息的解析,育种工作者通过建立基因与性状的关联,对持有优良性状基因的个体进行人工选育,大大缩短了育种年限;最后,对第三代测序技术在医疗、农业、环境等领域的应用前景进行了展望。 相似文献