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利用生物信息学方法进行基于表达序列标签的玉
米单核苷酸多态性标记的开发 总被引：3，自引：0，他引：3
针对简单重复序列（SSR）标记密度不足、单核苷酸多态性（SNP）标记开发一般只基于2种基因型的序列差异,用以检测其他基因型的材料时多态性不高,不能满足玉米基因精细定位需要的现状,本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列标签（EST）,结合运用各种生物信息学软件,开发基于EST序列的高多态性SNP标记。通过对2018530条EST序列的比对分析,拼接发掘出遍布全基因组的80363个SNP位点。在SNP位点两侧保守序列上设计PCR引物,开发出12388 个SNP标记（www.sicau.edu.cn/web/yms/snp/snp.html）,包含34721个SNP位点。其中,6008个标记只含单一SNP位点,12762个位点的多态性信息含量（PIC）大于04,具有高度多态性。 相似文献
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插入/缺失（InDel）标记在植物基因组中广泛分布,然而谷子中InDel标记的数量十分有限。为挖掘InDel位点和开发分子标记,本研究基于衡谷12号和长农35号的深度重测序结果,分析其单核苷酸多态性（SNP）、InDel和结构变异（SV）。利用JoinMap 4软件构建连锁遗传图谱,利用WinQTLCart 2.5软件定位株高数量性状位点（QTL）,利用生物信息学、测序和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行候选基因分析。研究表明,3种变异类型数量由多到少排序为SNP>InDel>SV;获得1 392个在衡谷12号和长农35号中具有多态性的InDel标记,多态性率为35.14%,这些标记在谷子9条染色体上分布不均;获得一张包含467个InDel标记的谷子遗传连锁图谱,该图谱总图距448.45 cM,平均图距0.96 cM;利用F2群体定位了4个株高QTL(qPH5-1、qPH5-2、qPH9-1和qPH9-2),进一步利用重组自交系（RIL）群体对其中2个效应值较大的QTL(qPH5-1和qPH9-2)进行验证,结果重新检测到qPH9-2,似然比的自然对数（LOD）值为9... 相似文献
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致病疫霉(Phytophthora infestans)引起的马铃薯晚疫病是影响马铃薯生产的第一大真菌病害.通过致病疫霉基因组开发微卫星标记,旨为致病疫霉群体遗传结构研究提供更系统、有效的标记.利用软件SciRoKo和ClustalX对致病疫霉基因组中微卫星序列长度≥25 bp的适合标记开发的位点及两端序列进行筛选.然后在这些位点的两端序列上设计专一性PCR扩增引物,选择9株致病疫霉菌对引物的专一性和微卫星的多态性进行检测.最后利用40株不同年份和地理来源的致病疫霉菌株对可行性微卫星标记进行等位基因数的确定及其多态性评估,然后选取部分标记对40株致病疫霉群体进行遗传多样性分析.共获得了33个具多态性的微卫星标记,占开发总数的28.7％,其多态信息含量(PIC)值都在0.164～0.614之间,其中PIC≥0.5的标记有7个,0.25 ＜PIC＜0.5的标记有25个,PIC≤0.25的有1个.发现致病疫霉微卫星基因型与其交配型及地理来源有一定相关性,与甲霜灵敏感性不相关.本研究开发出一批具有多态性微卫星标记,为致病疫霉群体遗传学研究机理提供更多多态性高,稳定性强的分子标记. 相似文献
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改进的拟南芥CAPS标记方法 总被引：2，自引：0，他引：2
苑克俊 《农业生物技术学报》2005,13(5):580-586
在模式植物拟南芥（Ambidopsis thaliana）的一种生态型Columbia（Col）中，存在大多数CAPS（切割扩增的多态性序列）标记的标记酶识别位点；而用于分析的酶中，只有37．5％～47．5％的酶在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点，超过半数的酶在大多数CAPS标记的开发中无作用。因此，建立了一种改进的开发CAPS标记的方法。首先进行限制性内切酶分析，筛选出在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点的候选酶，然后再在候选酶中筛选CAPS标记酶；只有在候选酶中找不到CAPS标记酶时，才在其它酶中筛选。应用实验结果表明，即使不知道拟南芥的另两种生态型Landsberg erecta（Let）和Cape Verde Islands（Cvi）的基因组序列，也可利用Col基因组序列开发Let和Cvi的CAPS标记，可节约超过500／0酶的费用。这种基于基因组的CAPS（geCAPS）方法在其它植物如水稻（Oryza sativa）和茶叶（Camellia sinensis）中的应用进行了讨论。 相似文献
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大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)参考基因组序列的公布及测序成本的降低为大规模开发插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)标记提供了可能.本研究以性状差异明显的大白菜自交系He102与06-247为亲本,开展了全基因组重测序、标记开发和验证工作.二者测序深度分别为10×和8×,经筛选共获得330 218个InDels差异位点,出现频率为1.2个/kb,其中有11 238个差异位点位于编码区,包括5 184个差异基因,每个基因平均包含2.2个差异位点.分别以He102与06-247测序数据中筛选出的多态性InDels位点为参照,从10条染色体上随机选择933个位点进行了PCR扩增及电泳检测验证.结果表明,测序深度对假阳性率有直接影响,以测序较深的材料中筛选到的差异位点为参照,其验证结果的假阳性率亦较高,反之则较低.本研究中以He102与06-247为参照选择InDels位点验证的平均假阳性率分别是51.9％和22.5％.从933个位点中共筛选出593个在亲本之间实际表现为多态性的位点,这些差异位点中有375个位于编码区,是潜在的功能性标记.利用上述差异位点,检测了He102与06-247衍生的F7代重组自交系群体,明确了F7代各株系在593个位点的纯/杂合状态,为利用剩余杂合株系精细解析和精准定位大白菜耐抽薹、抗病毒、抗干烧心等重要农艺性状奠定了基础. 相似文献
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为探究酒用高粱籽粒酿造性状的遗传基础,本研究利用超级基因分型技术（Supper-GBS）技术对BTx623×红缨子的205个家系的重组自交系（RIL）群体开展基因分型,构建了包含1 910个单核苷酸多态性标记（SNP）,标记平均间距为0.47 cM的连锁图谱。结合两年4个环境的表型数据,利用完备区间作图法（ICIM）对籽粒总淀粉含量、支链淀粉含量、单宁含量、硬度和颜色等5个酿造性状进行了数量性状位点（QTL）定位。结果表明,在高粱的1～9号染色体上检测到9、7、11、5和3个QTL分别与总淀粉含量、支链淀粉含量、单宁含量、籽粒硬度和籽粒颜色相关,一共涉及到35个不同的QTL,其中15个QTL与前人定位结果一致。在多个性状和环境中检测到3个重要遗传区段,分别位于1号染色体（66.30～71.55 Mb）、4号染色体（54.00～62.3 Mb）以及6号染色体（54.59～57.57 Mb）,其中包括已知的Tan1和Y1基因,以及6个与淀粉和类黄酮合成途径相关的候选基因,如编码β-淀粉酶、黄烷酮3-羟化酶和bHLH转录因子等。本研究结果为酿造性状相关基因的进一步克隆奠定了基础,也为利用标记... 相似文献
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小麦RIL群体SSR标记偏分离的遗传分析 总被引：4，自引：0，他引：4
以普通小麦3338与斯卑尔脱小麦Altgold杂交得到的F6代重组近交系群体为材料，筛选出334个（271个SSR和63个EST-SSR标记）多态性标记，以此为基础构建了一个包含287个分子标记的遗传图谱。对这些多态性标记进行偏分离分析发现82个表现为偏分离（P＜0.05），其中70个可以定位到遗传连锁图谱中。这些偏分离标记中有33个标记位点偏向母本3338，占40.2%，49个标记位点偏向父本Altgold，占59.8%。这些偏分离标记在图谱上的分布有两种：成簇分布和孤立位点的偏分离。在5条不同染色体上发现6个偏分离热点区域，这些偏分离热点区域的形成可能与配子体选择有关。 相似文献
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小麦苗期耐盐相关性状的QTL分析 总被引：2，自引：2，他引：2
以小麦敏盐品种太空6号和耐盐品种德抗961杂交形成的F2和F2:3家系为试验材料,选取小麦8条染色体上的321对SSR引物进行亲本间多态性的筛选,在太空6号和德抗961之间表现多态性的SSR引物为52个,位点为54个,其中barc172和cfa2121两个引物分别有两个多态性位点。对这54个位点进行连锁分析,构建了包含42个SSR标记、覆盖小麦基因组8条染色体的遗传连锁图,共704.5cM,标记间平均间距为16.8 cM。采用复合区间法进行耐盐QTL分析。对于4个性状共定位到6个QTL,分别位于5A,5B,5D染色体。对于发芽率,检测到1个QTL,位于染色体5D上,在标记cfd40~gwm182之间,贡献率为7.68%,表现加性效应;对于苗高,检测到2个QTL,分别位于染色体5D和5A上,在标记gwm182~wmc215及barc141~wmc415之间,贡献率分别为9.3%和8.14%,分别表现为显性和部分显性;对于根长,检测到2个QTL,均位于染色体5B上,在标记gwm234与wmc326及barc140与barc142之间,贡献率分别为8.74%和8.40%,分别表现为部分显性和超显性;对于鲜重,检测到1个QTL,位于染色体5D上,在标记wmc215~cfd29之间,贡献率为12.60%,表现超显性。与所得的QTL位点距离较近的SSR标记,如barc141等,可望为耐盐小麦品种的分子标记辅助选择提供参考信息。 相似文献
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为了获得与小麦(Triticum aestivum L.)抗叶锈基因Lr45更多的分子标记,建立更丰富的遗传连锁图谱,本研究利用表达序列标签-酶切扩增多态性(EST-CAPS)标记技术,选择小麦2A染色体短臂的26对EST引物与4种限制性内切酶共104对组合,对小麦抗叶锈近等基因系(near-isogenic line,NILs)TcLr45和感病对照Thatcher进行了多态性分析.EST引物BE426158与BE442876的PCR产物在亲本间存在差异,多态性检出率为7.7％; 104个引物/酶切组合中,CD454036/Msp Ⅰ、CD454036/HaeⅢ、BE406923/Msp Ⅰ和BE425962/RsaⅠ共4组在Thatcher和TcLr45之间呈现多态性,多态性检出率为3.8％.将BE426158标记成功转化为一个更稳定的序列标签位点(sequence tagged site,STS)标记,命名为LR45-1,经在TcLr45×ThatcherF2群体、抗叶锈近等基因系及黑麦品种中验证,LR45-1与Lr45连锁,遗传距离为8.2 cM.研究结果提示,EST-CAPS技术可应用于小麦抗叶锈病基因的多态性分析及分子标记的开发. 相似文献
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决定绿壳蛋鸡壳色的Oocyan(O)基因座位位于一号染色体。绿色蛋壳的色素主要有原卟啉、胆绿素以及胆绿素的锌络合物，将上述色素代谢途径中的酶对应的基因在家鸡基因组序列中进行比对，没有发现与O基因座位相符的位点。基于ALEV1周围微卫星标记较少，在家鸡一号染色体基因组序列上选取距离ALEV1上游3.5 cM的位点设计引物进行PCR-SSCP分析，寻找与绿壳基因座位紧密连锁的SNP标记位点，并且分析标记位点基因型与O位点不同基因型之间的相关性。结果表明,一个标记与绿壳基因位点紧密连锁，该标记上发生2个点突变，分别是家鸡Chr1:61754089T->A与Chr1:61754175A->T上的颠换。在纯合绿壳蛋鸡群体中，81%的个体在2个位点均发生突变，标为AA型，杂合绿壳群体中AB型为89%，粉壳蛋鸡群体中93%的个体与红色原鸡序列一致，标为BB型。在绿壳蛋鸡育种中，建议以AA型作为分子标记提高绿壳蛋鸡育种工作的效率。 相似文献
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Black et al．（1992）利用RAPD（random amplified polymorphic DNA）技术对四种蚜虫进行了鉴别比较；Kambhampiti et al．（1992）将RAPD技术用于鉴定和区别蚊子的种和种群：Heckel et al．（1995）对小菜蛾抗Bt品系和敏感品系的基因组DNA进行了RAPD标记研究，获得了118条抗性品系特有的扩增带。目前有关应用RAPD对阿维菌素抗性小菜蛾进行标记研究未见文献报道。本研究拟采用RAPD技术寻找阿维菌素抗性小菜蛾特异性片段，并将其转化为更稳定的SCAR（Sequence-charactcrized amplified region）检测标记，旨在为建立实用的阿维菌素抗性小菜蛾分子检测技术提供基本资料。 相似文献
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苹果着色问题是影响我国许多产区苹果质量的重要因素,本研究利用苹果着色相关基因MdMYB1（GenBank登录号：DQ886414）设计引物进行PCR扩增,开发出一个酶切位点为HaeⅢ的CAPS标记Mb2,该标记可用于区分杂交亲本‘富士’和‘嘎拉’苹果及分析其杂交后代植株。进一步利用Mb2标记对该杂交组合的后代植株进行遗传分析,结果表明,可将77个后代植株分为2组,一组42个后代植株含有来自‘嘎拉’亲本的非红色性状等位基因以及来自‘富士’亲本的非红色性状等位基因或者红色性状等位基因,其果实颜色预测为非红色与红色或者非红色与桔红色;另一组35个后代植株含有来自‘嘎拉’亲本的红色性状等位基因以及来自‘富士’亲本的非红色性状等位基因或者红色性状等位基因,其果实颜色预测为桔红色与红色或者只有红色。本研究结果将为选育优质苹果新品种提供依据和方法参考。 相似文献
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微卫星标记对杂种优势研究杂交猪群的遗传评价 总被引：1，自引：0，他引：1
从猪的4、6、7、8和13号染色体上选取了39个微卫星位点,在大白(Y,n=34)、长白(L,n=46)、梅山(M,n=55)、大白×长白(YL,n=32)、长白×大白(LY,n=36)、大白×梅山(YM,n=82)和梅山×大白(MY,n=47)7个实验猪群中,评定了猪群的分子遗传特征,分析了标记位点对3个性状(初生重,BWT;平均日增重,ADG;料肉比,FMR)杂种优势的遗传效应。结果表明,观察到的等位基因数范围是2￣6个,平均是4.13个;观察杂合度在0.39(Y)和0.58(YM MY)之间;平均有效信息含量(PIC)在0.33(Y)到0.5(YM)之间。在大白和长白中,有两个位点(sw2155andsw1037)的等位基因呈固定状态,而在梅山中,有3个位点(sw2409,sw2454andsw1691)的等位基因呈固定状态。杂合度和亲缘关系分析结果,揭示了7个群的内在遗传关系。标记位点对杂种优势的遗传效应分析结果表明,在F1代两种不同杂交组合中,存在若干个对3种性状杂种优势有显著意义的标记位点(P≤0.01),如对BWT有s0161,swr1130和sw1856;对ADG有sw1856和swr2036;对FMR有sw1302和swr2036。这些有意义标记位点,蕴含与杂种优势有深刻的遗传关系。 相似文献
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为了建立一套基于DNA分子标记技术快速鉴定榆黄蘑菌株的有效方法,本研究通过对生产上常用的16个榆黄蘑菌株进行SRAP多态性分析,从榆黄蘑2号菌株中扩增获得了一个片段长为537bp的特异片段,将其克隆、测序并设计引物,成功转化为稳定的SCAR标记。试验结果表明,利用该特异SCAR标记,能在1d时间内准确鉴定出榆黄蘑2号菌株。由此可见,SCAR分子标记是一种快速、稳定、准确鉴定榆黄蘑菌株的新方法。 相似文献
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人参EST-SSR标记的建立 总被引：3，自引：0，他引：3
从7055条人参EST序列中共搜索出791个SSR。根据引物设计标准,设计了68对EST-SSR引物。在合适的PCR反应体系下,分别以人参品种集安长脖、抚松二马牙的DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,发现有43对EST-SSR引物能扩增出产物。在9个人参品种、2个西洋参品种和2个刺五加品种中进一步对这些可扩增的引物对进行多态性检测,发现有26对引物显示多态性,占可扩增引物的60.47%,占设计引物总数的38.23%。本研究结果表明,根据人参EST建立EST-SSR标记是一种行而有效的的方法。 相似文献
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油菜是世界上重要的油料作物之一,为了提高油菜的产量,各国都致力于油菜的育种工作。随着分子生物学的迅速发展,分子标记技术广泛地应用油菜育种。本文从遗传和物理图谱构建、基因的定位与克隆、数量性状位点的遗传分析、遗传多样性的评估、分子标记辅助选择等方面,综述了分子标记在油菜育种中的应用。 相似文献
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分子标记技术在杉木研究中的应用 总被引：2，自引：0，他引：2
综述了分子标记技术在杉木种质资源鉴定、群体遗传多样性研究、遗传连锁图谱构建和数量性状位点(QTL)定位及分子标记辅助选择育种等方面的应用进展,指出目前该方面研究存在的问题,并展望了分子标记技术在杉木研究中的应用前景 相似文献
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竹类植物EST-SSRs分布特征及应用 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究利用毛竹已有的EST序列,开发竹类植物EST-SSR标记,旨在对竹子的分子分类进行研究。通过对3087条毛竹(Phyllostachys pubescens)EST序列进行筛选,获得了408条含有SSR的毛竹EST,在所有的EST-SSR中,三核苷酸重复类型(49.75%)最多,其次是二核苷酸重复类型(43.14%)、五核苷酸重复类型(4.41%)、四核苷酸重复类型(1.72%)和六核苷酸重复类型(0.98%)。不同基序类型中,GAG/CTC基序和AG基序分别是三核苷酸重复类型和二核苷酸重复类型中含量最高的重复基序,分别占18.72%和71.02%。当SSR长度等于18bp时,所检测到的SSR数量最多,达140条。随着SSR长度的增加,所检测到的SSR数量呈下降的趋势。根据搜索出的EST序列,共设计出25对引物,对12个竹类植物进行了扩增效率、多态性及通用性检测。其中18对引物能够扩增出稳定且清晰的条带,16对引物扩增具有多态性,扩增片段长度主要集中在100～500bp,引物有效率达64%。依据扩增结果进行遗传相似性分析,12种竹类植物可分为两大类群:丛生竹类群(clump bamboos)和散生竹类群... 相似文献
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消除转基因植物中选择标记的研究进展 总被引：3，自引：0，他引：3
从 5个方面归纳了转基因植物中的选择标记可能产生的不利影响 ,总结分析了近年来有关去除转基因植物中选择标记的方法与原理、研究进展及存在的问题 ,指出建立不依赖选择标记的转基因技术更为重要 ,并提出具体策略 相似文献