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1.
《畜牧与兽医》2020,(9)
为了鉴定和分析五指山猪不同部位肌肉和脂肪组织中差异表达的微小RNA (miRNA),采用高通量测序和生物信息学方法对五指山猪肌肉和脂肪组织中的miRNA进行分析筛选,运用DESeq分别鉴定背最长肌和半腱肌、背部和腹部皮下脂肪组织间差异表达的miRNA,并对miRNA进行靶基因预测分析。结果:在五指山猪肌肉组织中共鉴定出344个miRNA,其中已知miRNA 256个、新预测miRNA 88个,肌肉组织中预测到靶基因9 712个;在五指山猪皮下脂肪组织中共鉴定出447个miRNA,其中已知miRNA 279个、新预测miRNA 168个,脂肪组织中预测到靶基因11 510个;五指山猪背最长肌与半腱肌间存在41个差异表达的miRNA,腹部皮下脂肪与背部皮下脂肪间存在83个差异表达的miRNA。本试验为进一步研究miRNA调控猪骨骼肌和皮下脂肪发育的分子机制提供科学依据。 相似文献
2.
《黑龙江畜牧兽医》2020,(7)
为了鉴定和分析五指山猪背最长肌和半腱肌中差异表达的lncRNA和mRNA,试验以6月龄五指山猪阉割公猪为试验动物,在无菌状态下逐头采集背最长肌和半腱肌样品,采用RNA-Seq文库和生物信息学方法对五指山猪肌肉组织中的lncRNA和mRNA进行分析筛选,运用DESeq软件鉴定背最长肌和半腱肌中差异表达的lncRNA和mRNA,并对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果表明:在五指山猪肌肉组织中共鉴定出4 086个lncRNA,其中正义型2 203个、反义型197个、内含子型130个、基因间型1 556个。对比测序获得的lncRNA和mRNA发现,lncRNA和mRNA的长度都主要分布在600～1 200 nt之间和3 000 nt以上。在背最长肌与半腱肌间,存在82个差异表达的mRNA,其中前10位分别为ZIC4、ZIC1、PITX1、SIM1、PVALB、SEC14L5、SERPINB11、PRXL2B、ZNF862、MYBPH;存在32个差异表达的lncRNA,其中2个仅在背最长肌中表达,1个仅在半腱肌中表达,29个在两种肌肉组织中共表达;获得差异表达的lncRNA靶基因共70个,包括顺式作用的靶基因和反式作用的靶基因。说明五指山猪背最长肌和半腱肌具有不同表达水平的lncRNA和mRNA,两种肌肉组织中均存在特异性表达的lncRNA。 相似文献
3.
脂肪沉积性状是养猪生产中的重要经济性状,也与生猪养殖的经济效益密切相关。课题组前期对3对具有极端背膘厚度的长白猪全同胞个体的背部皮下脂肪组织样本进行链特异性建库RNA测序和小RNA测序鉴定lncRNA和miRNA,通过差异表达分析,共得到220个lncRNA和18个miRNA在高、低背膘组间差异表达。本研究进一步分析它们的生物学功能,进行靶向关系预测和靶基因功能富集分析,并构建猪脂肪沉积的lncRNA和miRNA相关ceRNA调控网络。结果发现,差异表达lncRNA及miRNA靶基因能够显著富集到多个糖脂代谢相关的通路,如“脂肪细胞分化”、“糖酵解/糖异生”等。最终成功构建了一个与脂肪沉积过程密切相关的ceRNA调控网络,包含9个差异表达lncRNA,6个差异表达miRNA和25个靶基因。本研究结果为探究非编码RNA在猪脂肪沉积过程中的功能及其分子调控机制提供了新的思路。 相似文献
4.
为了挖掘雌性鸡胚性腺不对称发育中的重要长链非编码RNA(lncRNA)及其靶基因，试验以采集的胚胎孵化第9天(E9阶段)的雌性鸡胚两侧性腺为研究对象，采用转录组测序(RNA-seq)技术和生物信息学方法对雌性鸡胚左右两侧性腺进行转录组分析预测lncRNA,运用DESeq2 v1.30.1软件鉴定两侧性腺间差异表达的mRNA和lncRNA,预测差异表达lncRNA的顺式和反式靶基因，对靶基因进行GO功能注释和KEGG信号通路分析；通过实时荧光定量PCR扩增验证重要靶基因的表达。结果表明：转录组分析预测出653个基因间lncRNA,467个内含子lncRNA,1 339个反义lncRNA。雌性鸡胚左右两侧性腺间有1 856个差异表达mRNA和443个差异表达lncRNA。GRIA1、DIO3、FSHR、LHX9、CYP17A1和TOX3等229个基因为差异表达lncRNA的靶基因。两侧性腺差异表达lncRNA的靶基因主要富集到了类固醇代谢过程、细胞内雌激素受体信号通路的正向调节、代谢通路等过程。实时荧光定量PCR扩增验证重要靶基因的表达结果与RNA-seq结果基本一致。说明雌性鸡胚左右两侧... 相似文献
5.
《中国预防兽医学报》2021,(9)
为探究牛疱疹病毒1型(BHV-1)感染MDBK细胞的长链非编码RNA(lncRNA)表达谱系变化及lncRNA与m RNA的关联性,本研究将BHV-1感染MDBK细胞,以未感染BHV-1的MDBK细胞作为对照,于感染后采用Illumina HiSeqTM4000测序,测序数据基于stringtie进行转录本重构,得到7 935个lncRNA转录本,再用CPC和CNCI两个软件进行新转录本编码能力的预测,获得681个新产生的lncRNA转录本。利用DESeq2软件对差异表达的lncRNA进行分析,结果显示,实验组共获得839个差异表达的lncRNA转录本,其中表达上调转录本508个,表达下调转录本331个。利用RNA plex软件对反义lncRNA与mRNA进行关联性分析,得到lncRNAmRNA相互作用的靶基因对1 227个,其中差异表达的lncRNA-mRNA相互作用靶基因对42个;顺式作用lncRNA与m RNA关联分析,获得lncRNA-mRNA靶基因对3 793个,差异表达的lncRNA-mRNA靶基因对149个;反式作用lncRNA与mRNA关联分析,获得lncRNA-mRNA靶基因对268 409个。通过基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析进一步对与lncRNA关联mRNA的功能和途径进行分析,结果显示,关联的mRNA在细胞进程、单组织代谢过程、代谢过程及生物学调节等过程显著富集。随机选取10个差异表达的lncRNA,利用qRT-PCR方法进行验证,结果显示,其表达变化趋势与高通量测序数据趋势一致。本研究为进一步研究lncRNA在病毒感染中的作用奠定了基础,同时为进一步阐述BHV-1的发病机制、致病机理提供参考。 相似文献
6.
为了研究海南黑山羊与其F1代杂交羊(努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交)皮下脂肪组织的遗传差异,本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对2种山羊皮下脂肪组织进行转录组测序分析,运用DESeq鉴定2种山羊皮下脂肪组织间差异表达的mRNAs和lncRNAs,对差异表达的mRNAs进行GO功能、KEGG通路富集分析,同时对差异表达的lncRNAs进行靶基因预测分析。结果显示：海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪间存在330个差异表达的mRNAs,其中4个基因在F1代杂交羊皮下脂肪中特异表达、1个基因在海南黑山羊皮下脂肪中特异表达,在330个差异表达的mRNAs中,根据差异倍数大小,排名前10位的基因分别是PLXDC1、AOC1、SHROOM3、NTS、SPATS2、LOC102181165、BDKRB2、GSDMA、ETNK2、EPOR;存在138个差异表达的lncRNAs,其中9个在F1代杂交羊皮下脂肪中特异表达、5个在海南黑山羊皮下脂肪中特异表达。此外,本研究共获得143个差异表达lncRNAs顺式作用靶基因和135个差异表达lncRNAs反式作用靶基因。本研究为进一步研究山羊皮下脂... 相似文献
7.
为解决体外成熟的猪卵母细胞受精后形成原核率低、多精入卵率高及体外成熟的卵母细胞囊胚率低等问题,本实验以猪卵母细胞为材料,采用转录组学的方法探讨卵母细胞成熟过程中mRNA/lncRNA的表达差异,筛选出影响猪卵母细胞成熟的关键mRNA/lncRNA。结果表明:本研究构建了2个时期的RNA文库,2组文库一共检测到已知的mRNA 1753030个,其中共表达mRNA16469个,2486个mRNA差异显著,其中上调基因752个,下调基因1734个;此次转录组测序共鉴定出lncRNA 22811个,2个时期差异表达已知lncRNA 15个,通过随机挑选10个测序所得到的mRNA转录本和12个lncRNA转录本进行QRT-PCR验证,基本与高通量测序保持一致,说明此次转录组测序结果符合要求,数据准确可靠,可以用于后续分析研究。 相似文献
8.
《中国畜牧杂志》2017,(7)
本研究旨在探析IGF2、H-FABP和RPL9基因在猪不同组织和两种猪间的表达差异。选用体重70 kg左右的杜×长×大三元杂交猪和豫南黑猪,分别采集其心、肝、脾、肺、肾、腹部脂肪和背部皮下脂肪,进行总RNA提取及不同基因的荧光定量PCR实验。结果表明:在豫南黑猪心脏、肝脏和脾脏组织中IGF2基因的转录水平约为三元杂交猪的225.0倍(P0.05);豫南黑猪心脏、脾脏和皮下组织中H-FABP基因的转录水平高于三元杂交猪,其中脾脏组织H-FABP的表达量约为三元杂交猪的6.8倍(P0.05),而三元杂交猪肺脏和腹部脂肪H-FABP表达量约为豫南黑猪的2.7倍(P0.05);RPL9基因在豫南黑猪心、肝、肺和肾组织中表达量高于三元杂交猪,在脾脏、皮下脂肪和腹部脂肪中表达量低于三元杂交猪内表达量,其中皮脂中的表达量差异最大,三元杂交猪约为豫南黑猪的4.9倍(P0.05)。综上可知,两种猪不同组织间IGF2、H-FABP和RPL9基因的表达差异显著。 相似文献
9.
为了鉴定和分析海南黑山羊与其F1代杂交羊(努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交)背最长肌中差异表达的mRNA和lncRNA,试验以6月龄海南黑山羊及其F1代杂交羊公羊为试验动物,逐头采集背最长肌样品,采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对两种山羊背最长肌进行转录组测序分析,运用DESeq软件鉴定两种山羊背最长肌组织间差异表达的mRNA和lncRNA,对差异表达基因进行GO功能注释、KEGG信号通路富集分析,同时对差异表达的lncRNA进行靶基因预测分析。结果表明：海南黑山羊及其F1代杂交羊背最长肌间存在276个差异表达的mRNA,其中1个mRNA只在海南黑山羊背最长肌中表达,2个mRNA只在F1代杂交羊背最长肌中表达;在273个共同表达的mRNA中,根据差异倍数大小,排名前10位的分别是NDUFB5、TMEM237、LOC102170968、TXLNB、GPR63、OSBPL1A、KERA、LOC108638040、BMF、HSP70.1。存在145个差异表达的lncRNA,其中16个只在海南黑山羊背最长肌中表达,7个只在F1代杂交羊背最长肌中表达。276个差异表达基因共富集在50个G... 相似文献
10.
为探究脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FAS)基因在猪不同组织中的发育性表达规律,本研究采用实时荧光定量PCR技术检测马身猪和大白猪7个阶段(初生、30、60、90、120、150和180日龄)肝脏、背最长肌和背部皮下脂肪3种组织中FAS基因mRNA的相对表达量。结果表明,品种间比较,FAS基因mRNA在马身猪和大白猪肝脏、背最长肌和背部皮下脂肪组织各生长发育阶段中的表达差异均达到显著或极显著(除肝脏组织初生阶段和背部皮下脂肪组织120日龄阶段)(P<0.05;P<0.01)。FAS基因mRNA在大白猪组织间的表达差异与生长发育相关,150和180日龄阶段,背部皮下脂肪组织中表达量极显著高于肝脏和背最长肌组织(P<0.01),初生、30日龄和90日龄阶段,背最长肌中的表达量极显著高于肝脏和背部皮下脂肪组织(初生阶段无脂肪组织样)(P<0.01);而马身猪整个发育过程中,背最长肌组织表现为优势组织,极显著高于其他2种组织(除120日龄阶段外)(P<0.01),脂肪组织表达量次之,肝脏组织中表达量较少。品种、日龄、组织及品种与日龄、组织与日龄的互作效应对FAS基因mRNA的相对表达量均有极显著影响(P<0.01)。FAS基因直接参与脂肪酸的合成,对猪肉质性状的遗传改良具有重要意义。 相似文献
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【目的】 通过分析马身猪和大白猪背最长肌转录组测序数据,筛选肌内脂肪沉积相关基因,并对其表达特性进行分析。【方法】 采集180日龄马身猪和大白猪背最长肌,采用RNA-Seq技术对其进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析;采用GeneCards在线查询基因功能,进一步筛选与肌内脂肪沉积相关的差异基因;采用实时荧光定量PCR技术检测差异基因在2个品种猪不同组织以及肌内脂肪细胞成脂分化过程中的表达变化。【结果】 获得2个品种猪背最长肌差异表达基因共280个,其中128个表达显著上调,152个表达显著下调。GO功能富集分析注释到46个条目,其中生物过程24条,分子功能8条,细胞组分14条。KEGG通路分析显著富集到PPAR信号通路、MAPK信号通路和脂肪细胞因子信号等脂肪沉积相关通路。GeneCards功能查询获得TRAF2、DUSP1、ACOT4、NR4A1、SLC27A6、PLIN5共6个与脂肪沉积相关的基因。实时荧光定量PCR分析表明,马身猪和大白猪背最长肌中NR4A1、DUSP1、PLIN5基因表达量差异显著或极显著(P<0.05;P<0.01),TRAF2、ACOT4和SLC27A6基因表达量差异不显著(P>0.05),但表达变化趋势与测序结果一致;马身猪腹部皮下脂肪组织中NR4A1和PLIN5基因表达量极显著高于背部皮下脂肪组织(P<0.01),而大白猪背部皮下脂肪组织中NR4A1和DUSP1基因表达量极显著高于腹部皮下脂肪组织(P<0.01),PLIN5基因表达量显著高于腹部皮下脂肪组织(P<0.05)。在背部皮下脂肪组织中,NR4A1、DUSP1和PLIN5基因在大白猪中的表达量极显著高于马身猪(P<0.01);在腹部皮下脂肪组织中,NR4A1和DUSP1基因在大白猪中的表达量显著高于马身猪(P<0.05),PLIN5基因表达量在2个品种间无显著差异(P>0.05)。体外培养的猪肌内脂肪细胞分析表明,随着成脂天数的增加,NR4A1基因表达量呈下降趋势,DUSP1和PLIN5基因表达量均呈上升趋势。【结论】 本研究获得了NR4A1、DUSP1、PLIN5 3个与猪肌内脂肪沉积相关的候选基因,可为后续进一步探讨猪肌内脂肪沉积调控机制提供一定的参考。 相似文献
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本研究旨在分析miR-199a-5p对猪肌内脂肪细胞脂质生成的影响及作用机制。采集淮南猪不同育肥时期（育肥前期、中期和后期）的背最长肌和皮下脂肪组织,通过实时荧光定量PCR分析其表达变化趋势;合成miR-199a-5p的mimics,转染猪原代肌内脂肪细胞,诱导分化后通过油红O染色观察过表达miR-199a-5p对脂质生成的影响;结合之前筛选到的脂肪型和瘦肉型猪差异表达mRNAs、lncRNAs和circRNAs,使用miRanda软件筛选miR-199a-5p的靶分子,并用GO和KEGG富集分析法对这些mRNAs、lncRNAs的共表达基因和circRNAs的来源基因进行功能分析。结果显示,随着育肥进程,miR-199a-5p在背最长肌中表达量持续上调,而在皮下脂肪组织中表达量先下调后上调;过表达miR-199a-5p可抑制肌内脂肪细胞的脂质生成。共筛选到9个mRNAs、5个lncRNAs和1 258个circRNAs包含miR-199a-5p结合位点,GO分析主要富集于内质网和肌动蛋白结合,KEGG分析发现主要富集于糖、脂质和蛋白质代谢。提示miR-199a-5p可能通过与lncRNAs和circRNAs互作间接调控靶基因,参与调控肌肉发育、脂质生成和代谢,可作为影响肉质性状的候选miRNA。 相似文献
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冷应激后民猪背脂中差异lncRNA的筛选与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在分析冷应激对猪脂肪组织内lncRNA表达的影响,探讨冷应激下lncRNA与靶基因的改变对脂肪代谢及机体的影响。本研究以6头6月龄雌性民猪为试验材料,随机分为2组,一组置于正常舍内饲养,温度控制在（18±2）℃,设为对照组;另一组置于室外半敞篷舍内饲养,温度控制在（-18±5）℃,设为试验组。处理24 h后,屠宰,取背部皮下脂肪为试验材料,通过转录组测序筛选出受低温诱导的lncRNA及其靶基因,并对差异基因开展生物学功能分析,构建两者间的调控网络。结果发现,166个差异表达lncRNAs和269个基因受到冷应激诱导,其中仅有2个为已知的lncRNAs。差异基因中有多个与机体免疫相关,如干扰素刺激基因、DHX58、PTX3和OASL等,与呼吸、氧化应激和血液循环相关的基因有KCNK3、CCDC38、GAS2L2、KNDC1、LIPG和C1QL3等,与脂类代谢相关的基因有ANGPTL4、KLF11、NUPR1和HERC5,它们均发生了显著上调。而与神经系统相关的基因,如SLIT1、MAP6、TREM2和IRFN2等则发生了显著下调。差异基因参与的生物学过程主要包括防御反应、对生物刺激的反应以及病毒的反应等。通过相关系数分析发现,144个lncRNA与208个靶基因共表达,并以反式调控为主,两者间存在着复杂的调控关系,所筛选出的靶基因显著富集到真核生物的核糖体生物发生和基底细胞癌通路。据此推测,冷应激下机体的先天免疫系统、呼吸、氧化应激、血液循环和神经系统的敏感性等生理过程均受到影响,脂类代谢发生了改变。 相似文献
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本研究旨在分析miR-199a-5p对猪肌内脂肪细胞脂质生成的影响及作用机制。采集淮南猪不同育肥时期(育肥前期、中期和后期)的背最长肌和皮下脂肪组织,通过实时荧光定量PCR分析其表达变化趋势;合成miR-199a-5p的mimics,转染猪原代肌内脂肪细胞,诱导分化后通过油红O染色观察过表达miR-199a-5p对脂质生成的影响;结合之前筛选到的脂肪型和瘦肉型猪差异表达mRNAs、lncRNAs和circRNAs,使用miRanda软件筛选miR-199a-5p的靶分子,并用GO和KEGG富集分析法对这些mRNAs、lncRNAs的共表达基因和circRNAs的来源基因进行功能分析。结果显示,随着育肥进程,miR-199a-5p在背最长肌中表达量持续上调,而在皮下脂肪组织中表达量先下调后上调;过表达miR-199a-5p可抑制肌内脂肪细胞的脂质生成。共筛选到9个mRNAs、5个lncRNAs和1258个circRNAs包含miR-199a-5p结合位点,GO分析主要富集于内质网和肌动蛋白结合,KEGG分析发现主要富集于糖、脂质和蛋白质代谢。提示miR-199a-5p可能通过与lncRNAs和circRNAs互作间接调控靶基因,参与调控肌肉发育、脂质生成和代谢,可作为影响肉质性状的候选miRNA。 相似文献
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旨在探索多浪羊（D组）与小尾寒羊（X组）皮下脂肪组织中的特异性表达基因,并研究其潜在的作用,为理解绵羊脂肪组织发育规律以及对脂代谢相关疾病的预防和治疗研究提供依据。本研究选取脂肪沉积能力存在差异、健康无病、体况良好、种内个体体重相近（约50 kg）的雌性成年多浪羊和小尾寒羊为试验材料,分为D组（试验组）和X组（对照组）,每组3个重复,采集位于背最长肌的皮下脂肪组织,应用RNA-Seq技术和生物信息学方法进行转录组测序并对结果进行分析。以|Fold change|≥2,P adjust≤0.05为标准筛选差异表达基因,通过对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,得到与脂肪沉积和脂代谢有关的差异基因。为了验证测序数据的可靠性,本研究随机选取了6个差异表达基因进行qRT-PCR验证。结果显示,在6个样本中共检测到38 672个已知的mRNAs,新的mRNAs为1 606个,在两组中共有839个差异表达基因,其中有320个差异基因在多浪羊组中上调表达,有519个差异基因在多浪羊组中下调表达。通过GO功能注释分析发现,差异表达基因主要参与脂质分解代谢过程、脂质生物合成过程、脂质分解代谢负调控过程、MAPK级联反应调控、对甘油三酯的反应等生物学过程。KEGG通路富集结果显示,差异表达基因显著富集到了PI3K-Akt、MAPK、胰岛素以及PPAR等信号通路中。qRT-PCR结果与测序结果一致,表明测序结果可靠。通过对多浪羊和小尾寒羊皮下脂肪组织进行转录组测序以及生物信息学分析,筛选到与脂肪沉积和脂代谢相关的差异表达基因,这些基因主要参与脂质生物合成、脂质代谢等过程,其中COL1A1、AKT2、SCD、LPL、PCK1与PPP2R5A可能在多浪羊与小尾寒羊的皮下脂肪组织的沉积与代谢中发挥重要作用。 相似文献
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旨在挖掘影响松辽黑猪脂肪沉积的关键基因及脂肪、肝和肌肉在体内的功能。本研究选择体重100 kg左右健康且背膘厚差异显著的6头(高、低各3头)松辽黑猪为试验动物,利用高通量转录组测序技术检测其脂肪、肝和背最长肌组织中基因的表达水平,鉴定不同脂肪沉积猪和不同组织中的差异表达基因,并分析差异表达基因的生物学功能。结果表明,在不同分组的猪中发现135个差异表达基因,其中部分参与了PPAR信号通路、AMPK信号通路、代谢通路、脂肪酸代谢和甘油代谢等通路。经生物学功能分析发现,EHHADH、ME1、SCD、OLR1、PHGDH、ACLY、LEP和CYP超家族基因等基因为影响猪脂肪沉积的关键基因。在不同组织的差异表达表达基因中,脂肪组织中高表达的基因显著富集在胰岛素信号通路、MAPK信号通路、三羧酸循环、氧化磷酸化等通路;肝中高表达基因显著富集在多种物质的代谢、脂肪酸的降解、氨基酸的合成等通路;背最长肌中高表达的基因主要参与了蛋白质的降解、PI3K-Akt信号通路、氧化磷酸化通路、Wnt信号通路、磷脂酰肌醇信号通路等通路。不同组间差异表达基因分析结果提示,EHHADH、ME1、SCD、OLR1、PHGDH、ACLY、LEP和CYP超家族基因等基因是影响脂肪沉积的关键基因;不同组织间差异表达基因表明,脂肪组织是脂肪合成的主要部位,而肝和肌肉组织主要涉及脂肪酸的降解。本研究结果对脂肪性状的遗传改良、机理解析有一定意义。 相似文献
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试验旨在分析不同时期牛肌肉组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNAs)的表达谱,并筛选出可能参与肌肉发育过程的相关的lncRNAs。采集3月龄胚胎、6月龄胚胎和9月龄出生个体的肌肉组织RNA样品进行高通量测序,通过生物信息学方法对鉴定到的lncRNAs进行分析筛选,对lncRNAs靶基因和3个时期差异mRNAs进行Veen分析,并对Veen结果进行GO和KEGG富集分析,筛选与肌肉发育相关的lncRNAs及靶标mRNA。结果显示,高通量测序共鉴定到212 851条新的未注释的lncRNAs,其中在不同时期差异表达的有9 913条,分属于基因间型、正义链型、反义链型和双向型4种类型,在各染色体上均有分布,其中正义链型lncRNAs在各个染色体上分布数量最多,分布范围最广。分析其结构发现这些lncRNAs具有开放阅读框短、表达水平低、编码能力弱、分布广、数量大等特征。通过GO和KEGG富集分析,最终筛选出3月龄胚胎、6月龄胚胎和9月龄出生个体肌肉中差异表达并与肌生成有密切关系的55条lncRNAs和38条候选靶标mRNA。本研究不仅提供了3个时期牛肌肉组织中lncRNAs的表达模式,而且通过预测lncRNAs与mRNA的相互作用关系极大地缩小了与牛肌肉发育相关的lncRNAs的研究范围,为揭示牛肌肉发育的功能提供了重要的靶点。 相似文献
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旨在分析高、低繁殖力川中黑山羊卵巢组织中长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）的表达谱,探讨lncRNA与山羊生殖调控的关系,为解释lncRNA在山羊繁殖调控中的分子机制提供理论依据。本研究选择3胎以上的10头健康川中母羊（3.5~4.5岁）,将其分为高繁组和低繁组。高繁组为每胎产羔数在2头以上的母羊（n=6）,低繁组为每胎产羔数为1头的母羊（n=4）。同期发情后,采集高繁和低繁山羊的卵巢样品,并从中提取总RNA构建测序文库,通过HigSeq X ten平台进行测序,筛选出差异lncRNAs,通过对差异显著的lncRNAs与mRNAs位置关系以及结合能的判定预测顺式作用的靶基因,并对其进行GO和KEGG通路分析。最后,随机抽取6个差异lncRNAs进行实时荧光定量验证。结果表明,本研究共鉴定出168个差异表达lncRNAs,其中,163个lncRNAs在高繁组卵巢显著上调,5个lncRNAs在低繁组卵巢显著上调。筛选出的差异表达lncRNAs可能为调控山羊繁殖力的候选lncRNAs,包括ENSCHIG00000001479、ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622等。这些候选lncRNAs的靶基因（MYC、CDH2、FGF9、PPARGC1A等）主要富集于Jak-STAT、细胞黏附分子及AMPK等信号通路,ENSCHIG00000001479的靶基因MYC参与了Jak-STAT、TGF-β和MAPK通路;ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622的靶基因CDH2参与了细胞黏附分子通路。通过qRT-PCR验证发现,定量结果与测序结果基本一致。研究结果推断,ENSCHIG00000001479、ENSCHIG00000002617和ENSCHIG00000002622等lncRNAs可能对山羊生殖发育过程中的卵巢发育及排卵等进程具有重要的调控作用,认为鉴定出的差异表达lncRNAs与山羊产羔数有关。本研究利用RNA-Seq技术筛选高、低繁殖力山羊的差异表达lncRNAs,并对其进行GO和KEGG功能分析,为探讨山羊产羔数的繁殖机制提供更完善的转录组数据。 相似文献