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为探究江苏省内猪场猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行和遗传变异情况,采集江苏省13个地级市规模猪场和屠宰场健康猪群的鼻拭子和肛拭子样品,通过RT-PCR方法检测PEDV,并对部分阳性样品进行S基因序列扩增、测序及遗传进化分析。结果显示：259份猪鼻拭子样品中,PEDV阳性检出率为10.42%(27/259);178份猪肛拭子样品中,PEDV阳性检出率为9.55%(17/178)。选取的8株PEDV代表株的核苷酸序列同源性在99.2%～100%之间,氨基酸序列同源性在95.2%～97.1%之间,与国内流行毒株SD-M、JS2008的同源性最高,核苷酸序列同源性达到97%以上;遗传进化分析显示,8株PEDV代表株属于同一群,与经典毒株CV777、DR13亲缘关系较近。本研究初步明确了江苏地区健康猪群中猪流行性腹泻流行状况和PEDV遗传演化特点,为有效防控猪流行性腹泻提供参考。 相似文献
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为了解新疆地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况，于2020-2021年从新疆地区规模化猪场采集到326份临床仔猪腹泻病料和肠组织，利用RT-PCR方法对PEDV进行检测，选取部分PEDV阳性样品进行S基因全序列的克隆和测序，并对其序列、遗传进化和抗原表位进行分析。结果显示，326份样品中共有152份样品为PEDV阳性，阳性率为46.6%。选取的11份阳性样品中的PEDV S基因核苷酸(氨基酸)同源性为99.0%～100%(98.2%～99.9%),与GenBank中登录的PEDV参考毒株核苷酸(氨基酸)同源性为92.6%～98.0%(91.2%～97.7%),与经典株CV777核苷酸(氨基酸)同源性为93.1%～93.4%(92.3%～92.7%)。遗传进化分析显示，11份阳性样品均位于GIIa亚群，与中国疫苗株CV777处于不同的分群，说明新疆部分地区PEDV流行株与疫苗毒株CV777亲缘关系较远。序列比对结果显示，11份阳性样品中的PEDV S蛋白均存在氨基酸的插入和缺失，中和表位的COE区域变异较大，这可能会降低常规疫苗的免疫保护作用。结果表明，从分子水平明确了2020... 相似文献
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为探究贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传进化情况,对2017—2022年贵州省不同地区13份PEDV阳性腹泻样本进行ORF3全基因扩增、克隆、测序,使用DNAstar、MEGA 7.0软件,对所得序列核苷酸和氨基酸同源性以及突变和遗传进化情况进行分析。结果显示：13份PEDV阳性样品的ORF3基因序列全长均为675 bp,编码224个氨基酸;13条克隆序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.1%～100%和96.4%～100%;13条克隆序列与经典毒株CV777株ORF3基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.9%～97.3%和94.7%～96.4%,同源性较低;与经典毒株CV777株相比,13条克隆序列在G160A、C243T、C274T、G301A、C450T、A497G存在相同的核苷酸突变,存在4个相同的氨基酸位点突变(V21A、V54I、A101T、N166S);13条克隆序列所在毒株在遗传进化上全部属于GⅡ型,其中GZ220514、GZ342、GZ224、GZ219、GZ423隶属于GⅡb亚型,GZ210112、GZ210129、GZ210220、GZ210714、... 相似文献
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为初步调查河北省近年4种猪腹泻相关病毒的流行情况，本研究于2020年～2021年从河北省部分地区猪场采集244份腹泻猪粪便或肠组织样品，采用荧光定量PCR (qPCR)检测4种猪腹泻相关病毒[(猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪轮状病毒(PoRV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)]；采用RT-PCR扩增部分PEDV阳性样品S1和ORF3基因并测序，利用DNAStar软件分析这两个基因及其编码氨基酸序列与PEDV相应序列的同源性；采用MEGA 7.0软件构建这两个基因的进化树，分析PEDV的基因型及其遗传进化关系。采用DNAStar比对这两个基因编码的氨基酸序列，分析其氨基酸序列的变异情况。结果显示：病料样品中PEDV、PoRV、PDCoV和TGEV检出率分别为34.02%(83/244)、18.44%(45/244)、10.66%(26/244)和2.87%(7/244)。样品中两种病原混合感染较多，其中PEDV+PoRV和PEDV+PDCoV检出率最高，分别为8.61%(21/244)和2.46%(6/244)；仅2份样品为PEDV+PDCoV+PoRV... 相似文献
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我国部分省份猪流行性腹泻病毒M基因的克隆测序及遗传进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解我国部分省份猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传进化情况,试验采用RT-PCR方法对2014—2017年采集的源自河南、河北、山西、山东、甘肃、湖北、江西等地区不同猪场的98份腹泻样品进行了PEDV检测,并对25份PEDV阳性样品进行M基因的克隆与测序和遗传进化分析。结果表明:25株M基因序列长度均为618 bp;25株M基因序列间核苷酸同源性为98.2%~100%,其编码的氨基酸序列同源性为97.8%~99.6%,与经典毒株CV777及国内外流行毒株核苷酸同源性为97.7%~98.6%,氨基酸序列的同源性分别为97.8%~98.7%;25株M基因序列与国内外早期分离株(如CV777、CH/S等代表毒株)不在一个进化分支上,与近年来分离株处在一个进化分支上。说明PEDV M基因一直处于变异进化过程中。 相似文献
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本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株（ZJ16NB6）与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献
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本试验应用RT-PCR方法对2011年1月—2014年4月采自广西南宁、玉林等14个地区的331份仔猪腹泻粪便样品进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测。结果显示331份样品中有210份为PEDV阳性,阳性率为63.44%。对其中25份阳性样品的PEDV M基因进行克隆和测序,将测序结果与GenBank中PEDV参考毒株的M基因序列进行同源性比对分析并构建系统进化树。25个PEDV M基因序列与51个参考毒株M基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.0%~99.9%、94.3%~99.6%。PEDV M基因遗传变异分析结果表明,广西2013年—2014年的PEDV流行毒株与北京、安徽、武汉、河北、广东等地2010年—2013年的流行毒株亲缘关系较近,而与中国早期分离株CH/S(GenBank登录号:JN547228)、疫苗株CV777(GenBank登录号:AF353511)和Attenuated DR13(GenBank登录号:JQ023162)的遗传距离较远。提示广西现流行的PEDV与早期毒株相比已发生较为明显的变异。 相似文献
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《中国预防兽医学报》2020,(9)
为确定2019年河南焦作某猪场哺乳仔猪发生腹泻的病因,本研究采用RT-PCR方法对该发病猪场送检的5份仔猪肠内容物样品进行仔猪腹泻相关病毒检测,对检测的猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性样品进行病毒分离,对分离的PEDV S基因和ORF3基因进行PCR扩增,并分析这两个基因与GenBank中的PEDV参考株相应基因的同源性及遗传进化分析。结果显示,送检的5份猪肠道内容物样品PEDV检测结果均为阳性,而猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)的检测结果均为阴性;将随机选取的1份PEDV阳性样品接种Vero细胞并经传代培养,对培养5代的病毒经PCR检测表明分离到一株PEDV,并将其命名为jiaozuo1012/2019株;基于S基因同源性分析结果显示,该分离株与河南分离的PEDV CH/HNLH/2015株同源性最高,为99.3%,与近期河南分离株的同源性为96.4%～99.0%,与经典PEDV CV777株的同源性较低为93.4%。分离株S基因编码的氨基酸在aa59～aa62位存在4个氨基酸(~(59)QGVN~(62))的插入,在aa140和aa163～aa164分别存在1个和2个氨基酸的缺失(~(140)N和~(163)NI~(164));ORF3基因的同源性分析结果显示,分离的PEDV与江苏分离的PEDV JSCZ1601株的同源性最高,为99.7%,与近年来河南分离株的同源性为98.5%～99.6%,与经典株CV777的同源性较低为96.6%;S基因与ORF3基因的进化树结果显示,该分离株与目前国内流行株遗传关系最近。上述结果表明,本研究分离的PEDV具有近年来新流行PEDV株的序列特征,与经典PEDV株具有相对较远的遗传进化关系。本研究为进一步探究PEDV在河南地区的变异规律提供了参考依据。 相似文献
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为探究河南省猪流行性腹泻病毒部分毒株的遗传进化情况,采用RT-PCR对2017年2月至2018年1月在河南省部分地区猪场收集到的25份PEDV阳性病料进行ORF3和N基因的扩增,并对其进行克隆、序列比对及遗传进化分析。结果显示,PEDV毒株的ORF3基因序列是由675个核苷酸组成的,与经典毒株CV777之间核苷酸及氨基酸同源性分别为95.2%~97.5%和95.1%~96.9%。N基因之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为96.2%~100%和93.8%~99.8%;与经典毒株CV777核苷酸与氨基酸的同源性分别为94.7%~95.8%和93.2%~96.8%。河南部分地区PEDV流行毒株与经典毒株CV777不在同一分支,说明猪场暴发猪流行性腹泻与免疫接种疫苗后依旧难以控制的原因,可能与大多数PEDV河南流行株发生变异有关。 相似文献
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《中国兽医杂志》2017,(8)
猪流行性腹泻是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种严重的病毒性传染病。本试验于2013 2014年在黑龙江省6个地级市的10个规模化猪场采集新生哺乳仔猪临床表现为腹泻症状的粪便与小肠,进行RT-PCR检测,表明PEDV检出率为56%,PEDV+TGEV检出率为6%,PRV检出率为10%,TGEV检出率为10%,结果表明,引起黑龙江省规模化猪场新生仔猪腹泻的主要病原是PEDV,同时也存在与其他腹泻病毒的混合感染。针对阳性病料扩增出的6株PEDV的M基因序列进行遗传进化分析,6株PEDV-M基因序列之间的核苷酸同源性为98.2%~99%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为97.6%~98.2%。利用MEGA 6.0构建遗传进化树,结果显示,扩增出的6条PEDV-M基因的遗传进化树分为两大系,大部分遗传距离较近,处于同一分支。其中LJJHD-M-13和LJJQ-M-14与泰国KU06RB08、泰国KU07RB08的亲缘关系较近,LJJC-M-14、LJJJ-M-14、LJJH-M-13、LJMM-M-14这4株毒株与韩国M1595、韩国CPF259的亲缘关系较近。同时扩增出的6条PEDV-M基因与CV777毒株非一系,与其亲缘关系较远,说明这些地区的PEDV流行毒株已经发生变异,形成了独特的流行进化分支。因此,本试验通过对变异毒株基因序列进行分析,以期为研制新的疫苗和预防控制该病提供实验数据和理论基础。 相似文献
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为了解2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况，试验从多个地区的51家猪场采集340份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子，提取病毒核酸后采用RT-PCR方法扩增S1、M和ORF3基因并测序，与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析，利用生物信息学软件构建遗传进化树，分析核苷酸序列同源性及氨基酸序列。结果表明：共获得57份PEDV阳性样品，来源于14家猪场，猪场阳性率为27.5%,并对从阳性猪场获得的14株毒株进行命名。与经典毒株CV777相比，14株PEDV毒株的S1、M和ORF3基因均出现不同程度的氨基酸突变。在14株毒株的S1基因中，Heyuan2021-7毒株位于G1-2分支，其余13株位于G2分支，14株毒株与参考毒株GD-A核苷酸序列的相似性较高，为89.3%～99.9%,存在多处氨基酸的缺失和插入。在M基因中，14株毒株位于G2分支且与参考毒株FR-001核苷酸序列的相似性为98.1%～99.7%,只存在氨基酸突变。在ORF3基因中，FC2021-1、GD... 相似文献
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四川部分地区猪流行性腹泻的分子流行病学调查 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究对四川猪流行性腹泻病毒(PEDV)开展了分子流行病学调查。参照毒株CV777的M基因序列,设计1对特异性引物(预期扩增大小为392bp),建立了快速检测PEDV的RT-PCR技术,对四川9个地区规模化猪场的75份仔猪腹泻病料进行检测与分析。再根据S基因的变异区域设计1对引物(扩增大小为947bp),选择扩增了四川9个地区的代表样品的S基因序列,并进行了进化与变异分析。结果显示,建立了检测PEDV的M基因的RT-PCR技术,并确定了最佳反应条件和反应体系,用该方法检测了四川75份腹泻病料,检出64份PEDV阳性,PEDV阳性检出率为86.67%,结果显示PEDV在四川地区发病季节除冬春季外,近年夏季也呈高发趋势。四川9株PEDV的S基因的核苷酸同源性为95.9%~100%,氨基酸同源性为95.1%~100%,四川毒株与14个国内外参考毒株的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为84.6%~99.5%和84.2%~99.5%;四川流行毒株的S基因(S蛋白)存在碱基(氨基酸)缺失和插入现象。结果表明,本研究从分子流行病学角度证实了四川部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导该地区PEDV科学防控提供了依据。 相似文献
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《中国兽医学报》2015,(9):1404-1408
采用RT-PCR方法对2012-2014年收集的7份四川规模化猪场送检猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的阳性临床样品中病毒M基因进行扩增,纯化回收目的片段后连接到pMD19-T载体,经序列测定与GenBank收录的30条PEDV参考毒株的序列进行核苷酸和氨基酸同源性分析、构建系统进化树。结果显示,7株PEDV四川株间核苷酸以及氨基酸同源性分别高达98.4%~99.9%和97.4%~99.1%,与参考株之间的核苷酸以及氨基酸同源性分别是95.7%~99.9%和95.2%~99.6%,PEDV四川株与国内外近3年的PEDV毒株均在系统进化树上的同一分支,亲缘关系较近,而经典毒株CV777与国内早期PEDV株处于另外一个分支。表明目前流行的PEDV M基因与往年相比出现一定的变异,但是仍相对稳定。 相似文献
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为初步调查河北省邢台市及周边地区猪流行性腹泻(PED)分子流行病学情况，试验于2022年1月—12月从河北省邢台市及周边县(市、区)采集疑似感染PED猪肠道病料或新鲜粪便共206份，采用荧光定量PCR技术检测样品猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性率；同时采用RT-PCR法扩增部分PEDV阳性病料S1基因序列，根据S1基因序列特征分析毒株基因型和变异情况。结果显示：共47份样品为PEDV核酸阳性，平均阳性率为22.82%,其中腹泻仔猪、育肥猪和母猪样品PEDV检出率分别为27.05%、15.15%和20.83%;采用RT-PCR法共扩增6份PEDV阳性样品S1基因部分序列，进一步序列分析发现5个毒株属于PEDV变异株，1个毒株属于PEDV经典株。研究结果表明，河北省邢台市及周边地区PED流行情况较严重，且同时流行PEDV经典株和变异株，但PEDV变异株为优势基因型。 相似文献
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浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析 总被引：2，自引：2，他引：0
本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献
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为了解当前猪流行性腹泻流行情况,对4个地区疑似PEDV S1、ORF3基因进行RT-PCR扩增,并对5株PEDV流行株进行核苷酸同源性及遗传进化分析。S1基因核苷酸同源性比较与进化分析显示,5株PEDV流行株与意大利Italy/69979-25株、美国OH851株、我国主要变异株W-pintung-52株、AH2012、JXGZ2013等位于同一进化分支,其核苷酸同源性达98%以上。ORF3基因核苷酸同源性比较与进化分析发现,5株PEDV流行株均属于野毒株,与Tottori/JPN/2014变异株亲缘关系较近,其核苷酸同源性高达98.8%～100%。提示当前猪流行性腹泻病毒仍以变异株为主。 相似文献
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为探明2011年我国猪群仔猪腹泻的病因,采用巢式RT-PCR方法对河南和辽宁省2个规模猪场采集43份出现腹泻的粪便进行猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）和轮状病毒（PRoV）的检测,结果表明：43份腹泻样品均为PEDV,没有检测出TGEV和PRoV。对扩增的PEDV进行测序和分析显示,这些PEDV流行毒株均属于基因G2.3亚型,彼此之间的同源性高达99.2%～100%,与2011年韩国和2008年泰国流行的PEDV毒株同属于一个进化分支。将其中3份病料在Vero细胞传代后接种2日龄仔猪,结果发现接种后13～57h内仔猪全部死亡,接种仔猪呈现典型的腹泻症状和病理变化特征,提示了这些PEDV流行毒株具有较强的致病性。 相似文献
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我国部分省份猪流行性腹泻的流行病学监测 总被引：2，自引：0，他引：2
[目的]为摸清我国猪群流行性腹泻的感染状况,[方法]从2011年底到2014年3月,对云南、广西等29个省份开展了猪群腹泻疫情流行病学调查,采集、收集了发生腹泻症状的发病猪群样品（新鲜粪便、肠道组织等）,进行了猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）等多种病原检测。[结果]在7021个调查猪场中,出现腹泻的阳性猪场4060个（57.83%）。在收集的1383份腹泻样品中,利用RT-PCR方法检测到PEDV阳性样本686份（49.58%）,其中腹泻发病猪样品中PEDV的检出率为67.82%,675份组织样品共检测出PEDV阳性样本86份（12.75%）。[结论]这表明我国猪场PEDV的感染十分普遍。对S基因进行分子流行病学分析发现,我国PEDV流行毒株与已有PEDV毒株可以分为2个完全不同的进化分支G1和G2,G1以CV777和DR13等疫苗株和早期毒株为主,G2则以2011-2013年流行毒株为主,流行毒株之间的同源性为97.8%-100%,与疫苗株CV777之间的同源性为94.3%-94.5%。 相似文献
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《中国兽医杂志》2020,(1)
本试验通过对22株采集于2015-2018年广东省内猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株的M基因进行克隆和测序,并将测序结果与NCBI中PEDV参考株M基因进行同源性分析和构建系统进化树,从而了解广东省PEDV流行株的近年来遗传变异情况。结果显示,22株PEDV流行株间核苷酸序列同源性为97.5%～100.0%,与华南地区参考株M基因核苷酸序列同源性为97.7%～99.9%,与国内较早分离株CH/S和经典毒株CV777同源性较低,分别为97.5%～98.1%、97.7%～98.2%。PEDV M基因遗传进化分析显示,22株广东PEDV流行株的同源性较高,亲缘关系紧密,此外,22株广东PEDV流行株与大部分代表性毒株、疫苗株亲缘关系较远,如国内早期分离株CH/S、经典毒株CV777、韩国株KRPEDV-9-Vaccine、泰国株M_NIAH100541_08、日本株JMe2、英国株Brl/87等。试验结果表明,广东省当前的PEDV流行毒株存在基因变异并形成独特进化分支。 相似文献