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干旱胁迫下赖草抑制性消减文库的构建与分析 总被引：1，自引：1，他引：0
用根际水分胁迫对赖草（Leymus secalinus）植株进行干旱胁迫,利用抑制消减技术,以干旱胁迫处理为tester,正常生长对照组为driver,构建了包含576个克隆的赖草消减cDNA文库。通过斑点杂交筛选,得到16个EST序列,大小居于100~310 bp。Blast比较发现,这些序列与大麦（Hordeum vulgare）和小麦（Triticum aestivum）干旱诱导下表达的序列、甜菜碱醛脱氢酶核酸序列、植物热激蛋白hsp70核酸序列、1,5 二磷酸核酮糖羧化酶氨基酸序列、植物遍在蛋白缀合酶氨基酸序列、植物50S核糖体蛋白L20基因序列等相关抗旱基因具有较高的同源性。以上结果说明,本研究得到了部分赖草抗旱相关基因片段,可为赖草抗旱机理的研究以及抗逆基因的克隆奠定一定的基础。 相似文献
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成华猪淋巴细胞白细胞介素—4基因的克隆及序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
将猪外周淋巴细胞进行体外培养，在伴刀豆球蛋白A（ConA）的刺激下培养48h，提取培养的淋巴细胞总RNA，应用RT－PCR扩增猪淋巴细胞白细胞介素－4（IL－4）基因，并克隆到pMD-T载体测序。测序结果表明，IL－4基因的cDNA长度为413bp，开放阅读框为402bp，编码134个氨基酸，分子量15.0ku，等电点8．24；与人和小鼠的IL－4基因编码的氨基酸序列的同源性分别为60％和42％。 相似文献
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中国猪瘟兔化弱毒兔脾组织毒部分基因序列分析 总被引：7，自引：0，他引：7
利用反转录（ＲＴ）及套式ＰＣＲ（Ｎ－ＰＣＲ）方法,获得了中国猪瘟兔化弱毒（ＨＣＬＶ）兔脾组织毒５１１０个碱基（２２４０－７３５０）扩增片段,包括其结构蛋白基因ｇｐ５５和非结构蛋白基因ｐ５４及ｐ８０将其克隆也测序载体中,通过测序确定了这些基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列。 相似文献
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小球隐孢子虫子孢子表面蛋白CP15/60基因的克隆和序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
将小球隐孢子虫子孢子表面蛋白（CP15／60）编码区基因克隆及测序，并对其抗原决定簇进行分析。抽提牛源小球隐孢子虫孵囊基因组DNA，用聚合酶链反应（PCR）扩增编码CP15／60的基因，然后将其克隆到p MD18-T载体中，用双脱氧链末端终止法测DNA序列。结果，用PCR扩增获得了CP15／60的编码区基因，并测定了该基因编码区序列。与GebBank比较，核苷酸序列同源性为：98．9％；推导出的氨基酸序列同源性为：99．3％。 相似文献
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几株野生鸟类来源的Ⅰ型禽副粘病毒分子生物学特征的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
参考GenBank中Ⅰ型禽副粘病毒（Avian paramyxovirus,APMV-1）序列,在F基因的3’端相对保守区设计1对引物,利用RT-PCR方法对华南农业大学兽医学院禽病学教研室近两年来从广州和深圳两个地区分离的4种动物来源共10株Ⅰ型禽副粘病毒毒株的F基因进行扩增,其扩增长度约为450bp。测序结果表明：广州株与NDV的基因Ⅵ型有高度的同源性,1个深圳株与Ⅶ型有较高的同源性,其氨基酸序列均符合F蛋白裂解位点区（112-117）强毒株的氨基酸序列特征;其他4个深圳株均与基因Ⅰ型有很高的同源性,其氨基酸序列均符合F蛋白裂解位点区（112-117）弱毒株的氨基酸序列特征。 相似文献
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兔病毒性出血症病毒YL株衣壳蛋白(VP60)基因的克隆和生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
应用RT-PCR方法从兔出血症病毒（RHDV）西北分离株YL株中克隆出衣壳蛋白VP60基因并测序,YL株是中国西北地区首株被测序的RHDV,测序结果显示VP60基因全长1 740 bp,编码579个氨基酸,测序结果在GenBank中注册（登录号为DQ530363）。从GenBank下载全部已发表的40株RHDV序列,运用生物信息学软件分析,构建系统进化树和氨基酸序列同源性表,结果表明,世界不同地区RHDV分离株基因序列虽然非常保守,达到90%以上,但可以分为5个基因群,并且基因型和地域性没有必然联系,中国的分离株除了WX84株外,其它均处于第V基因群,该基因群内近年分离出的中国4个不同大地区（西北、华东、东北、西南）的RHDV毒株与NJ85株遗传距离很近,很可能都来自同一毒株NJ85。同时,对4个不同大地区的近年的4个代表性分离株的二级结构、抗原性进行了预测分析,结果显示二级结构有一定差异,但抗原性相同,这与RHDV只有一个血清型的看法相一致。 相似文献
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根据GenBank登录的猫细小病毒（CU-4）VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。 相似文献
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兔出血症病毒衣壳蛋白VP60基因克隆与序列分析 总被引：15，自引：2，他引：13
自感染RHDV致死的兔肝脏组织中提纯病毒，提取病毒总RNA，以RT－PCR方法扩增得到RHDV VP60基因全长片段，克隆到T载体中，经酶切分析及PCR鉴定后进行序列测定。同一毒株不同克隆产物进行3次测序，测序结果已输送到GeenBank中（注册号为AF453761）。将测得序列与GeneBank中记录的RHDV不同分离株进行比较。比较结果表明：各毒株间核苷酸的同源性为91％－98％，氨基酸同源性为94％－99％，氨基酸变异多发生在高变区，进一步证明了毒株的高度保守性，为明确我国RHDV地方株VP60蛋白的分子特征、分子诊断试剂及新型疫苗的研制奠定了基础。 相似文献
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从牛瓣胃上皮提取RNA,根据已知的人、鼠、兔、羊PepT1序列设计引物,PCR扩增目的片段cDNA,扩增产物经纯化、克隆后测序。克隆测序片段为1 566 bp（DQ309694）,与其它动物已知PepT1序列比对,发现该片段位于第3~10跨膜结构域之间。牛测定序列与人、鼠、兔、羊、狗、鸡和猪PepT1相应片段核苷酸序列同源性分别为82.89%、80.14%、78.93%、96.04%、83.08%、63.90%和85.66%,相应片段氨基酸序列同源性分别为81.45%、79.62%、76.25%、94.06%、81.49%、61.41%和83.56%。对8种动物（牛、人、鼠、兔、羊、狗、鸡、猪）测序片段内氨基酸序列同源性分析表明,PepT1是高度保守的蛋白,其中跨膜结构域的氨基酸序列保守性高于膜外环。8种动物PepT1测序片段内各跨膜结构域的氨基酸序列同源性均在90%以上,第3、4、5、6、7、8、9和10跨膜结构域的氨基酸序列同源性分别为90.97%、91.07%、97.62%、93.45%、94.05%、91.67%、91.45%和95.83%。8种动物测序片段内膜外环的氨基酸序列同源性在70%~99%之间,以第4-5跨膜结构域之间膜外环的同源性最高,9-10跨膜结构域之间膜外环的同源性最低,3-4、4-5、5-6、6-7、7-8、8-9、9-10跨膜结构域之间膜外环的氨基酸序列同源性分别为77.63%、98.86%、86.72%、90.13%、91.25%、88.33%和71.74%。9-10结构域之间是1个位于细胞外的大膜外环,可能对底物的识别有重要作用,牛在此区域与鸡相同区域的氨基酸序列同源性仅为29.3%,与大鼠、狗、人、兔、猪和羊相应序列的同源性依次为65.17%、71.64%、67.16%、60.20%、73.13%和88.56%。对测序BPepT1片段编码蛋白的糖基化和磷酸化位点分析表明,测序片段编码蛋白共有6个N-糖基化位点和3个蛋白激酶C依赖性（PKC）磷酸化位点。 相似文献
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为了解重庆市山羊博尔纳病隐性带毒情况，分析博尔纳病病毒（BDV）的种系来源。采用巢式逆转录酶PCR结合荧光定量PCR（FQ—nRT—PCR）技术对重庆市60只山羊外周血单核细胞（PBMCs）及脑组织中的BDVP24基因片段进行了检测，将阳性产物测序，并与国外BDV毒株进行了比较。结果，山羊外周血检测阳性率为8．3％（5／60），脑组织检测阳性率为10％（6／60）。该BDVP24片段核苷酸序列与马源BDVH1766株同源性最高，达96．519／6，与标准株Strain V和He／80同源性为95．35％，并且编码的氨基酸序列也相同。表明，重庆市山羊中存在动物源性博尔纳病隐性带毒，该BDVP24核苷酸序列与Strain V和He／80株具有高度同源性。 相似文献
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新城疫病毒（青岛株）F蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：7，自引：1，他引：6
参考新城疫病毒（NDV）长春株的F基因序列设计了1以特异性引物，应用RT－PCR对NDV青岛株（野毒）的F基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序，扩出的F基因核苷酸长度为792bp，编码261个氨基酸，包括完整的F2片段和部分F1片段，裂解位点区（112－117aa）氨基酸序列为Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe，与国外发表的强毒株序列相符，正明青岛株为强毒株，根据该基因推导的所基酸序列，与国内外发表的NDVF蛋白氨基酸序列相比，同源性为88．1％－94．3％。 相似文献
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为探讨小反刍兽疫病毒（peste des petits ruminants virus,PPRV）贵州流行株N基因分子特征和分群,试验设计了1对特异性引物,应用RT-PCR技术对小反刍兽疫（peste des petits ruminants,PPR）临床样本进行N基因扩增,克隆至pMD19-T载体,对阳性重组质粒进行测序,应用DANStar软件对测序序列和参考序列进行核苷酸同源性、氨基酸同源性、变异位点及系统进化树分析。结果显示：PPRV贵州流行株N基因扩增长度为1 578 bp,其相互间核苷酸、氨基酸同源性分别为99.6%~100.0%及99.2%~100.0%,与国内参考株N基因的核苷酸序列（97.7%~99.9%）及氨基酸序列（98.3%~100.0%）同源性较国外参考株（88.5%~97.7%和92.2%~98.5%）高;PPRV贵州流行株N基因编码的氨基酸同疫苗株Nigeria 75-1相比存在26个位点突变,但没有氨基酸的缺失或增加;基于N基因系统进化分析显示,PPRV贵州流行株同国内参考株处于同一个进化分支,但与国外参考株处于不同进化分支;其属于病毒进化的Ⅳ基因群,与国内参考株处于同一系统分群,但与疫苗株Nigeria 75-1（Ⅰ基因群）处于不同基因群。 相似文献
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提取湘东黑山羊基因组总DNA，用所设计的3对引物以聚合酶链式反应扩增山羊ADD1（Adipocyte Determination and Differentiation factor-1）基因，并进行克隆测序。序列分析表明所克隆的山羊ADD1基因包含exon 2～8、intron 2～7序列，将序列提交GenBank，获2个登录号：DQ480338、DQ487874；对编码序列（exon 2～8）与牛、人同区域进行Blast对比，同源性分别达到了96．14％和83．82％，所翻译氨基酸序列与牛属同源性更高达97．9％；此外，通过不同引物的测序结果比较，分别在exon6的第42处和intron6的第82处发现了一个碱基突变（C→T）和碱基插入／缺失（G／-），前者属于沉默突变，未引起氨基酸的变化。 相似文献
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获得香蕉海藻糖-6-磷酸合成酶基因MaTPS2全长序列并初步探讨MaTPS2基因在植物逆境中的作用。在获得MaTPS2基因全长序列的基础上,采用同源序列比对、聚类分析、实时定量PCR等技术初步探讨香蕉MaTPS2基因的功能。从香蕉A基因组中获得一条3277bp MaTPS2全长序列,包含一个完整的开放阅读框1344bp,编码蛋白含447个氨基酸。其氨基酸理化性质分析表明,MaTPS2蛋白属于不稳定疏水性蛋白,具有一个结构域GT1-TPS。通过与已知植物的TPS氨基酸同源序列比对,同源性达77.95%。系统发育树进化关系分析表明MaTPS2编码的氨基酸序列与银杏TPS氨基酸序列（AAX16014.1）邻近,说明二者的亲缘关系较近。器官特异性分析表明MaTPS2在香蕉植株的根、球茎、假茎、叶、花各器官中均有表达,其中在球茎、假茎和叶中表达量较多,在果实中表达量较低。在ABA、干旱、盐害和枯萎病胁迫处理下MaTPS2表达量升高,在ACC胁迫处理下,MaTPS2表达量显著下降,而低温胁迫条件下,MaTPS2表达不响应。由此推导,MaTPS2可能参与调控香蕉抗旱、抗病机制。激素ACC和ABA胁迫处理说明MaTPS2的表达可能受激素蛋白间接调控。 相似文献
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根据已报道的哺乳动物朊病毒基因序列设计引物，采用PCR方法扩增了25只东北虎的朊病毒基因，克隆、测序及序列分析表明，所得到的东北虎朊病毒基因片段为402bp，编码134个氨基酸的前体蛋白，核苷酸序列同源性为99．67％。共发现了4个核苷酸多态性（T423C，A501G，C511A，A610G），其中C511A和A610G的碱基突变导致K171Q和A204T氨基酸的变异。与已报道的猫、貂、绵羊、鼠和犬等哺乳动物的氨基酸序列比较，结果与猫（AF003087，97．3％）和绵羊（97．3％）的氨基酸同源性最高。 相似文献
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利用PCR技术从甘南牦牛基因组DNA中扩增获得了含乳铁蛋白素（lactoferricin,Lfcin）基因的DNA序列,将该DNA序列连接于pGEM-Teasy载体并测序,将甘南牦牛含Lfcin基因的DNA序列与奶牛相应序列进行比对,同时对牦牛、人、小鼠等物种的Lfcin蛋白进行序列分析和进化树分析。结果：试验首次克隆获得了含甘南牦牛乳铁蛋白（lactoferrin,LF）第二外显子的DNA序列（在Gen-Bank中获得登陆号EU247256）,共778 bp,其中LF基因第二外显子长165 bp,编码55个氨基酸,Lf-cin蛋白占25个氨基酸;序列分析结果显示,克隆获得的牦牛DNA序列与奶牛相应序列存在3个碱基的变异;牦牛和奶牛的Lfcin蛋白质序列完全相同;各物种Lfcin蛋白具有较高的同源性,Lfcin蛋白进化树符合物种进化规律。 相似文献
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肉桂醇脱氢酶( CAD ) 是木质素生物合成过程中的一个关键酶。本研究分别提取了‘砀山酥梨’及‘幸水’梨果肉总RNA,并通过RT-PCR、克隆和测序,成功获得了2个CAD的大小约为689bp的cDNA片段,并分别命名为PB-CAD（登录号：FJ478151）和PP-CAD（登录号：FJ478152）。在核苷酸水平上,这两个基因片段只有4个碱基的差异,编码相似性达99.6%的两个氨基酸序列,该序列由229个残基组成。通过蛋白质序列比较,发现梨果实CAD与其他植物中CAD氨基酸序列极为相似,与苹果Malus domestica （AAC06319）、梅Prunus mume （BAE48658）、枇杷Eriobotrya japonica （ABV44810）和葡萄Vitis vinifera （CAO21890）的相似性分别达到97.8%、95%、92.6%和83.4%。 相似文献
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新城疫病毒昌黎株与国外毒株HN蛋白基因核苷酸及氨基酸差异性 … 总被引：1，自引：0，他引：1
参考国外发表的新城疫病毒（ＮＤＶ）的ＨＮ基因序列设计了１对特异性引物，应用ＲＴ－ＰＣＲ对ＮＤＶ昌黎株（野毒）的ＨＮ基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序。扩增出的ＨＮ基因核苷酸长度为１ ７４２ｂｐ，编码５７１个氨基酸，序列中有６个糖基化位点，１３个半胱氨酸残基，与国外发表的强毒株序列相符。核苷酸同源怀在８８．５％～９２．９％，推导的氨基酸序列同源性在９０．０％～９４．２％之间。 相似文献