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1.
通过微卫星分子标记对来自安徽省4个草鱼养殖群体进行遗传分析。结果表明,7个微卫星位点均具有高度多态性(PIC=0.863～0.926),4个草鱼群体均显示出较高的遗传多样性(He=0.886 1～0.911 4)。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于草鱼群体内(97.6%),群体间的遗传变异仅为2.4%。遗传分化和遗传距离分析显示,4个群体整体分化水平较低(Fst0.05),怀远和滁州群体遗传分化最小(Fst=0.013 7),遗传距离最近(Dn=0.269 8),池州和无为群体遗传分化最大(Fst=0.042 5),遗传距离最远(Dn=0.591 6)。系统进化树显示,怀远和滁州群体亲缘关系最近,与池州最远。此外,4个养殖场内部草鱼均存在近亲繁殖现象。建议4个养殖场及时更新亲本,增加繁殖亲本的数量,避免近交衰退带来的风险。 相似文献
2.
四类东方田鼠的RAPD分析 总被引：7，自引：0，他引：7
应用随机扩增多态DNA(RAPD)技术分析了湖南、宁夏、黑龙江大体型东方田鼠以及黑龙江小体型东方田鼠4类东方田鼠的基因组DNA。结果发现:4类东方田鼠类群内个体间的相似性都较高,湖南、宁夏、黑龙江大体型东方田鼠以及黑龙江小体型东方田鼠的类群内平均带纹相似系数(ABS)分别为0.9287±0.0436、0.9223±0.0533、0.9515±0.0289、0.8900±0.0328;湖南、宁夏和黑龙江大体型东方田鼠3类鼠之间的遗传相似系数都达0.9以上,遗传距离都小于0.1,黑龙江小体型东方田鼠与其他3类鼠的相似性较低,遗传相似系数在0.6762～0.7203之间,遗传距离在0.3281～0.3913之间;UPMGA聚类分析图显示湖南、宁夏和黑龙江大体型东方田鼠聚为一类,黑龙江小体型东方田鼠单独为一类;引物S2022可以作为区分黑龙江小体型东方田鼠与其他3类东方田鼠的标记引物。 相似文献
3.
《上海农业学报》2017,(3)
设计16对引物,完成了我国6个地区东方田鼠样本线粒体全基因组的扩增和测序拼接。结果表明:东方田鼠的线粒体全基因组长度为16 303—16 312 bp。利用线粒体全基因组构建的系统进化树表明,在我国分布的东方田鼠分为3个主要的分支:广西样本、宁夏指名亚种为代表的北方样本(包括宁夏、黑龙江、吉林)、湖南长江亚种为代表的湖南福建样本。对中国6个地区84个东方田鼠野生样本的线粒体上的细胞色素b基因(cyt b)进行重测序,并与其他亚洲近缘田鼠的同源序列比对,共发现13个东方田鼠特有的SNP位点。在线粒体基因组的结构上发现南方样本(广西、湖南、福建)与北方样本(宁夏、黑龙江、吉林)在线粒体基因组轻链复制区(O_L区)的二级结构颈环上有一个3碱基(CCC→TTT)的突变。这些多态性位点可以作为今后东方田鼠样本鉴别、遗传多样性研究的重要分子遗传标记。 相似文献
4.
利用微卫星标记指导红鳍东方鲀亲本选配 总被引：1，自引：0，他引：1
为制定红鳍东方鲀家系配组方案提供可行性指导,利用微卫星标记辅助红鳍东方鲀Takifugu rubripes家系的建立,选择34个微卫星标记对红鳍东方鲀两个群体进行遗传评估。结果表明:A群体的平均等位基因数(Na)和Nei基因多样性指数(He)分别为6.647 0和0.711 5,B群体的相应值分别为4.647 1和0.646 1,且两个群体之间的遗传差异达到显著性水平(P0.05);群体间的遗传分化系数(GST)为0.050 7,基因流(Nm)为4.679 6,表明红鳍东方鲀群体间存在低程度的遗传分化和一定程度的基因交流;分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要存在于群体内,所占比例为78.49%,而群体之间仅占21.51%;根据群体间Nei氏遗传距离构建UPGMA系统树,群体内个体之间的遗传距离为0.11~0.82,依据遗传距离的远近将全部个体分成多个分支,不同分支内含有数个个体;各项遗传参数表明,试验群体具备一定程度的遗传变异,不同个体之间拥有相对较远的亲缘关系,可以根据个体之间遗传距离制定育种计划,建立家系进行选育研究。研究表明,利用微卫星标记信息构建红鳍东方鲀家系的方法是切实可行的。 相似文献
5.
利用微卫星分子标记对青蟹东海三门湾野生群体和浙江三门养殖群体的遗传多样性进行分析。6个微卫星位点在2个青蟹群体中共检测到66个等位基因,多态信息含量为0.746 ～ 0.895,均表现为高度多态性,可有效应用于青蟹遗传多样性的研究。青蟹野生群体与养殖群体的等位基因数分别为4 ～ 18,6 ～ 14,平均杂合度分别为0.577,0.561,平均多态信息含量分别为0.779,0.828;群体间遗传分化指数FST值为0.0317,遗传相似性指数为0.7930,遗传距离为0.2319。结果表明,青蟹野生与养殖群体的遗传多样性均较丰富,群体间存在一定的遗传分化。 相似文献
6.
4个暗纹东方鲀群体的遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用10对暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)和16对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)微卫星引物对4个暗纹东方鲀群体(1个长江常熟江段捕捞群体,1个江苏扬中放流群体和2个养殖群体)的遗传多样性进行分析。结果显示,20个微卫星位点能成功扩增出片段并且具有一定的多态性,在4个群体中共检测到113个等位基因。每个群体的平均等位基因数为4.95～5.50,平均观测杂合度为0.686 7～0.761 7,平均期望杂合度为0.653 0～0.700 0,平均多态信息含量为0.601 3～0.638 4。各个群体都有一些微卫星位点偏离Hardy-Wein-berg平衡(P<0.05),主要表现为杂合子不足。群体间遗传分化系数为0.040 6,基因流值为5.905 6,群体间遗传分化程度较小,群体间基因流水平较高。4个群体间的遗传相似系数为0.859 0～0.915 8,遗传距离为0.088 0～0.151 9,采用UPGMA法对4个群体进行聚类,可分2类:上海养殖群体单独为一类,扬中放流群体、常熟江段捕捞群体和南通养殖群体为另一类。 相似文献
7.
资源冷杉遗传多样性的ISSR分析 总被引：3，自引：0，他引：3
应用ISSR分子标记方法对采自湖南和广西的6个资源冷杉野生群体共243个个体进行了遗传多样性分析.8个ISSR引物共扩增到了108个位点,其中84个是多态性位点,总的多态位点百分率（PPL）为77.78%.Nei’s基因多样性指数（He）为0.234 4,Shannon信息指数（I）为0.376 4. 6个不同群体的遗传多样性水平差异较大,群体多态位点百分率在22.22%～70.37%之间,Nei’s基因多样性指数为0.092 0～0.219 5,Shannon信息指数为0.134 4～0.339 1.香菇棚群体和银竹老山群体的遗传多样性水平较高,舜皇山群体的遗传多样性最低.资源冷杉自然群体间的遗传分化系数Gst为0.377 7,说明自然群体间存在一定程度的遗传分化;群体间基因流Nm为0.411 9,相对较弱,可能对自然群体的遗传分化有一定影响.基于Nei’s遗传距离进行了UPGMA聚类分析,6个群体的个体按群体各自聚在一起. 相似文献
8.
秦溱 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2014,40(3)
利用AFLP分子标记方法对4个群体(福建连江野生、连江养殖、长乐养殖、广西野生)的泥东风螺进行遗传多样性分析。结果:用11对引物共扩增出908条有效片段,其中684条(75.33%)为多态性片段,224条片段(24.67%)为4个群体所共有;遗传多样性指数分析显示,4个群体的有效等位基因数、平均等位基因数、Shannon’s多样性指数和平均杂合度依次为1.500 6、1.974 0、0.464 7、0.303 4,Nei’s遗传距离为0.128 4~0.180 6,遗传相似系数为0.834 8~0.879 5,表明4个泥东风螺群体具有较为丰富的遗传多样性,且群体间具有较高的遗传相似性;分子方差分析(AMOVA)结果显示,4个群体中83.49%的变异来源于群体内,14.65%的变异来源于地区间,而群体间的遗传变异仅为1.86%,且4个群体间的遗传分化(GST)为0.195 4,基因流(NM)为2.058 6,说明群体间的基因交流水平较低;UPGMA聚类分析和主坐标(PCA)分析结果表明,长乐养殖群体和广西野生群体遗传距离最近,而连江野生群体与其他3个群体的遗传距离最远。 相似文献
9.
利用微卫星标记分析云南省6个东方蜜蜂(Apis cerena)群体遗传多样性及遗传分化 总被引：2，自引：0，他引：2
利用21对微卫星标记对来自于腾冲、无量山、迪庆、武定、泸水、西双版纳6个云南东方蜜蜂Apis cerana群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各东方蜜蜂群体遗传多样性和各群体间遗传分化.各座位的等位基因数为4(AP313)至18(AT003).除迪庆群体外,其余群体均显示较高水平的期望杂合度,其中,武定群体最高,为0.696;迪庆群体最低,为0.367.各东方蜜蜂群体间存在极显著的遗传分化,平均分化系数Fst为0.264.云南6个东方蜜蜂群体的遗传分化显著,除迪庆群体外,其余5个群体遗传多样性较高;分析遗传分化与地理距离的关系发现,云南6个东方蜜蜂群体间的遗传分化与地理距离不存在显著相关. 相似文献
10.
长江中下游二倍体泥鳅4个种群的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
利用12对微卫星引物对长江中下游4个二倍体泥鳅野生种群的遗传多样性进行了分析.结果表明:12个微卫星位点在武汉、洞庭湖、鄱阳湖和太湖4个种群中总共检测到64个等位基因,每个位点的等位基因数为2～11,平均等位基因数为5.3.每个种群的平均等位基因丰度(AR)为3.502～4.615,平均观测杂合度(HO)为0.395～0.517,平均期望杂合度(HE)为0.360-～0.515,平均多态信息含量(PIC)为0.332～0.465,说明4个种群表现出中度的遗传多样性.在12个位点中有4个偏离Hardy-Weinberg平衡(HWE),每个种群均不同程度偏离HWE,表现为杂合子不足.种群间遗传分化系数(Gsr)为0.118,15.74%遗传变异源于种群间差异,表明种群间存在中度遗传分化.种群间遗传距离(D)为0.067～0.206,太湖与鄱阳湖种群间遗传距离最大.聚类分析表明,洞庭湖与鄱阳湖种群聚为一支、亲缘关系较近,武汉种群与太湖种群聚为另一支. 相似文献
11.
利用SSR和ISSR两种分子标记技术,对菊黄东方鲀的人工选育群体(SH)和野生群体(YS)的遗传变异和遗传结构进行了联合分析。SSR分析的结果显示,14个微卫星位点总共获得了146个等位基因,选育和野生群体的平均期望杂合度(He)分别为0.730 0和0.832 3,平均多态信息含量(PIC)分别为0.705 1和0.813 6;ISSR结果显示,选育和野生群体的平均Nei’s基因多样性指数(H)分别为0.267 2和0.282 3,平均Shannon信息指数(I)为0.407 2和0.425 6,表明菊黄东方鲀选育群体的遗传变异程度低于野生群体。此外,两种分子标记遗传分化的结果显示,两个群体的遗传分化指数分别为0.061 9(SSR)和0.061 5(ISSR),表明两个群体已经产生了中等程度的遗传分化。综上,本单位菊黄东方鲀的人工选育群体仍然具有相对较丰富的遗传变异以供进一步的遗传改良。 相似文献
12.
《山东农业科学》2019,(5):129-134
为了解近年来山东省对济宁青山羊品种资源保护效果,采用微卫星DNA标记技术,对山东省境内的4个济宁青山羊群体进行了遗传多样性和遗传分化分析。结果显示:24个微卫星位点在4个群体135个个体中共检测到159个等位基因,平均每个位点6.6个;4个群体的PIC在0.6016～0.6653之间,群体的He在0.6750～0.7559之间,但是群体的Ho均低于He,LWQ最低(0.5375),JXQ最高(0.6260);群体分化系数(Fst)为0.0774,基因流(Nm)分析表明每世代4个群体间有效迁移个体数为1.8905;遗传距离和遗传相似性指数分析表明,SXQ、HHQ和JXQ群体间具有较近的亲缘关系,而与LWQ群体间遗传距离相对较远。结果表明:济宁青山羊群体遗传多样性丰富,群体间存在一定的基因交流,遗传分化水平较低,但4个群体都存在不同程度的近交,SXQ和LWQ群体的近交程度较高,所以在实际工作中,应注意扩大群体数量,避免近交衰退。 相似文献
13.
利用微卫星分子标记分析长江、赣江和鄱阳湖鲢群体遗传结构 总被引：1，自引：0，他引：1
利用10个高度多态的微卫星标记对采自长江、赣江、鄱阳湖湖口和都昌水域的4个鲢野生群体遗传结构进行分析.检测到148个等位基因,每个微卫星位点的等位基因数5～24,有效等位基因数6.4～7.1,平均观测杂合度H.为0.802～0.821,平均期望杂合度He为0.817～0.839,表明这4个鲢群体遗传多样性较高.鲢群体间的遗传相似系数为0.922 2～0.944 1,遗传距离为0.057 6～0.081 0,固定系数Fst值为-0.012 35～0.005 28,表明这4个鲢群体间遗传一致性高,遗传距离小,群体遗传分化不显著.AMOVA结果显示遗传变异主要来自群体内,基因流分析认为长江、赣江、鄱阳湖鲢群体存在频繁的基因交流. 相似文献
14.
中国蒙系6个绵羊品种的遗传分化和基因流 总被引：1，自引：2，他引：1
利用7对微卫星引物对中国蒙系6个绵羊品种(同羊、小尾寒羊、湖羊、滩羊、乌珠穆沁羊和巴音布鲁克羊)的遗传分化、基因流、遗传分化程度与地理距离间的关系进行分析,并利用遗传距离构建系统树。结果表明:6个绵羊群体中,总群体近交系数Fit最高的位点为OarAE101(0.1670),最低的为MAF33(0.0440);群体间分化系数Fst最高的位点为OarAE101(0.1000),最低的为OarFCB48(0.0220);群体内近交系数Fis最高的位点为OarFCB304(0.0890),最低的为MAF33(0.0050)。Fst平均为3.9%,即由各群体内个体间的差异引起的遗传变异是96.1%,说明遗传变异绝大部分存在于品种内,品种间的遗传分化水平很低。6个绵羊群体每世代两群体间有效迁移个体数为2.7369(滩羊和巴音布鲁克羊)~44.3928(同羊和湖羊),平均为11.2521,均反映出品种间的基因流通畅。品种间的遗传差异与地理距离呈显著相关。初步推断我国蒙系绵羊品种间的遗传分化主要是自然选择(生境异质性)作用的结果。 相似文献
15.
利用16对多态性微卫星标记对新疆额尔齐斯河干流北湾河段、支流哈巴河以及乌伦古湖拟鲤(Rutilus rutilus)3个地理群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,16个微卫星位点的平均多态信息含量PIC、期望杂合度He和等位基因数AN分别为0.902 9、0.916 8和18.937 5,遗传参数均反映出3个群体较高的遗传多样性水平。乌伦古湖群体的遗传多样性水平略低于哈巴河和北湾群体。主成分分析表明,影响乌伦古湖群体与哈巴河和北湾群体间遗传多样性差异的主要因素可能为盐度。遗传分化指数和UPGMA聚类分析显示3个群体间均未发生种群遗传分化。分子变异分析(AMOVA)显示个体间的变异贡献率为88.47%,仅少部分变异来源于群体间(1.83%),表明拟鲤3个群体间的遗传变异水平较低。 相似文献
16.
17.
利用12个微卫星分子标记对长江下游4个放流鲢群体进行了遗传多样性分析。在12个基因座位中,共检测到56个等位基因,每个座位检测到的等位基因数为1～7个,其中有10个基因座位具有多态性,多态位点百分率为83.33%,4个群体的平均等位基因数A为3.98,平均有效等位基因数Ne为2.384 0,观测杂合度Ho平均值为0.467 6,期望杂合度He平均为0.490 6,多态信息含量平均值为0.381 2。4个鲢群体的遗传多样性较丰富,与文献报道的下游野生群体大致相当,但明显低于上游野生群体;放流鲢群体的平均观测杂合度均低于各自相对应的平均期望杂合度,表现出一定程度的近交现象。4个放流鲢群体间遗传相似系数为0.937 1～0.971 8,遗传距离为0.028 2～0.062 8,基因分化系数Fst为0.027 5～0.050 6,表明群体间的遗传分化程度较弱。 相似文献
18.
《西南农业学报》2016,(6)
为了解广西7个地方猪种的遗传多样性、遗传关系和群体的遗传结构,利用4对微卫星引物(SW2415、SW2623、SW742、SW1118)对7个广西地方猪种群体的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了检测研究。4个微卫星位点在广西7个地方猪群中共检测出49个等位基因,每个位点平均等位基因数12.25个,观测杂合度范围为0.5473~0.7039,预期杂合度范围为0.6294~0.7754,群体内近交系数Fis0,这表明种群处于杂合度缺失状态。F统计量的3个固定指数Fis为0.1142,Fit为0.2042,Fst为0.1016,总群体属中度分化,总群体近交系数平均值为20.42%,10.16%的遗传变异是由群体间的遗传变异引起,而89.84%的遗传变异是由于种群内个体间的差异引起。基于Nei氏标准遗传距离构建了UPGMA和NJ系统发生树,将7个广西地方猪种群体分为两大类,第Ⅰ大类是陆川猪、隆林猪和东山猪聚为一小类,再与桂中花猪和徳保猪聚成一个大类,第Ⅱ类是环江香猪和巴马香猪聚为一大类。Structure分析进一步验证了系统发生树的构建结果。 相似文献
19.
【目的】明确不同凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）养殖群体间的遗传信息丰富度和遗传分化程度,为构建适应上海独特气候对虾品种繁育计划中的交配系谱分析提供参考依据。【方法】选用13对微卫星引物对来自厄瓜多尔恒兴对虾养殖公司2个养殖场（Pesquera和San Alfonso）共9个凡纳滨对虾养殖群体进行遗传多样性分析,探究不同群体间的遗传信息丰富度和遗传分化程度。【结果】13个微卫星位点在9个凡纳滨对虾养殖群体中检测到的等位基因数（Na）为2～6个,共有37个等位基因,多态信息含量（PIC）为0.1292～0.6799,平均为0.3326。在13个微卫星位点中,仅有1个微卫星位点（TUMXLV9.116）呈高度多态性,有4个微卫星位点（TUMXLV10.147、TUMXLV5.45c、TUMXLV10.191c和TUMXLV10.96）呈低度多态性,其余8个微卫星位点呈中度多态性。9个凡纳滨对虾养殖群体的观测杂合度（Ho）为0.2225～0.3662,平均为0. 2915;期望杂合度（He）为0.3317～0.4539,平均为0. 3974;Hardy-Weinberg平衡指数（D）为0.0214～0.4214,其中San Alfonso P23群体和Pesquera P23群体的D相对更接近于0,其基因型分布接近于Hardy-Weinberg平衡状态。9个凡纳滨对虾养殖群体的Fst平均值为0.1259,说明有12.59%的遗传分化来源于群体间,而87.41%的遗传分化来自群体内部;群体间的平均基因流（Nm）为1.7356,表明遗传漂变未能主导种群遗传结构的变化。在9个凡纳滨对虾养殖群体间,以Pesquera 29群体与Pesquera 15群体的遗传距离最大（0.2426）,San Alfonso 23群体与Pesquera 23群体的遗传距离最小（0.0215）;基于遗传距离的UPGMA聚类分析结果表明,9个凡纳滨对虾养殖群体可分为两大类,其中Pesquera 29群体和San Alfonso 12群体独立聚为一类。【结论】在9个凡纳滨对虾养殖群体中存在观测等位基因丢失现象,且遗传多样性较低,群体间分化程度为中等水平。因此,可通过引进不同地区拥有不同遗传背景且亲缘关系较远的群体作为亲本,以丰富子代群体的遗传多样性。 相似文献
20.
为了评估天津地区日本沼虾(Macrobrachium nipponense)野生种质资源遗传背景,采用9对微卫星分子标记(Mn33、Mn37、Mni04、Mni01、Mni06、Mni76、Mni13、Mni40、Mni58)对日本沼虾4个野生群体(YDXH、DLJH、XQLH和YQSK)进行了遗传多样性研究。结果表明,9对微卫星引物在日本沼虾4个群体中的等位基因数(Na)为3～12,有效等位基因数(Ne)为1.976 9～10.816 5,观测杂合度(Ho)为0.285 7～0.975 0,期望杂合度(He)为0.494 2～0.896 7,多态信息含量(PIC)为0.474 9～0.888 0,说明日本沼虾群体的遗传多样性水平较高;分子方差分析(AMOVA)显示,群体中仅有2.04%(P0.01)的遗传变异来源于群体间,97.96%(P0.01)的变异来源于群体内,表明遗传差变异主要存在于个体间;群体间遗传分化指数(Fst)为0.010 4～0.037 7,说明群体间的遗传分化程度并不明显;基于群体间Nei’s遗传距离采用UPGMA法对4个群体进行聚类树构建,永定新河(YDXH)与独流减河(DLJH)首先聚为一支,其次与西七里海(XQLH)聚为一支,最后与于桥水库(YQSK)聚为一支。 相似文献