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1.
利用RT—PCR技术扩增出了4株NDV分离株(HeB—4—99，Hed—5—99、HeB—6—02和HLJ—10—02)F基因539bp的片段，将该片段克隆到pMD18-T载体上。经酶切分析、质粒PCR鉴定及核苷酸序列测定，成功获得了4株NDV分离株F基因部分片段的重组质粒。同源性分析显示，4株分离毒株的核苷酸序列具有95．9％～100％的同源性，与LaSota的核苷酸序列同源性为81．09／6～81．8％，与F48E9的核苷酸序列同源性达85．8％～89．3％。推导氨基酸序列分析表明，4个毒株F蛋白的裂解位点氨基酸组成为^112RRQKRF^117，具有强毒株裂解位点氨基酸组成特点，与ICPI和MDT测定结果相吻合。73株NDV毒株的系统发育进化树分析表明，HeB—4—99、HeB—5—99、HeB—6—02和HLJ—10—02均归属于基因Ⅶ型。 相似文献
2.
新城疫病毒广西分离株F基因的克隆和序列分析 总被引：4，自引：1，他引：4
根据GenBank中登录的新城疫病毒(NDV)F基因序列设计了2对引物，对从广西分离的10株NDV毒株的F基因进行了分段扩增和序列测定，其基因序列全长均为1662bp，编码553个氨基酸，均有6个潜在的糖基化位点。将其F基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与已发表的10株NDV参考株的F基因序列进行了比较。结果表明，核苷酸序列的同源性为82．6％～98．1％，氨基酸的同源性为87．7％～98．7％。这10株NDV广西分离株在裂解位点的氨基酸序列(^112R—R—Q—K／R—R—F^117)与NDV强毒株特征相符合。系统发育树、酶切位点分析和基因分型结果表明，10株NDV广西分离株中GX1／00、GX2／00、GX4／00、GX6／02、GX7／02、GX9／03、GX10／03和GX11／03为基因Ⅶd亚型，GX3／00和GX5／00为基因Ⅲ型。 相似文献
3.
将3株新城疫病毒(NDV)内蒙分离株纯化培养后,提取病毒RNA,经RT-PCR扩增F基因,并测定出F基因的全部核苷酸序列为1662bp,编码有554个氨基酸残基。与国内外发表的部分NDV的F基因核苷酸序列进行比较,结果表明这3株分离株核苷酸同源性分别为97.5%,97.9%和98.0%,与标准毒株F48E9的同源性分别为85.8%,86.4%和86.8%,与长春、河北、山东、广东、广西、浙江、韩国等地的NDV的同源性在96.3%~98.8%之间。并且这3株分离株F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112R-R-Q-K-R-F117,具有典型的强毒株裂解位点的特点。 相似文献
4.
免疫鸡群新城疫病毒的分离与分子鉴定 总被引：3，自引：1，他引：3
从免疫鸡群中分离到9株新城疫病毒（NDV），其中5株为强毒株，4株为中强毒株。用RT—PCR扩增F基因cDNA片段，并将其分别克隆到pGEM—Teasy载体中。序列分析结果表明，上述分离株F基因长度为1662bp，编码553个氨基酸，其F蛋白的氨基酸序列同源性为96．0％～99．8％；但与常见疫苗株的氨基酸同源性仅为87.6％～92.2％，F蛋白裂解位点序列为^112R-R-Q／R—K—R—FI—G^119,均属于基因Ⅶ型NDV。 相似文献
5.
我国部分地区鸡新城疫病毒流行株遗传变异分析 总被引：3，自引：2，他引：1
将近年来从不同地区临床病例中分离鉴定的10株鸡新城疫病毒(NDV)流行株,用RT-PCR方法分别扩增出大小为535 bp的F基因重要功能区,并克隆到pGEM-T载体上,经酶切分析结合核苷酸序列测定而确诊。10株分离株核苷酸序列同源性达到81.9%～99.4%,其中8个分离株F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为:112R-R-Q/R-K/R/R/F117,为NDV强毒株,且具有基因Ⅶ型的典型特征,即在101位和121位氨基酸残基分别为K(赖氨酸)和V(缬氨酸);其余2株病毒F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为:112G-R-Q-G-R-L117,表明它们为NDV弱毒株,在13位和17位氨基酸分别为M(蛋氨酸)和I(异亮氨酸),属于基因Ⅱ型。根据上述测序结果并参照已发表NDV F基因序列绘制出遗传进化树,遗传进化树显示,上述8个强毒株和台湾95年分离株同源性较高,而2个弱毒株与La Sota株同源性较高。 相似文献
6.
从山东济南某非典型新城疫发病鸡群中分离到一株新城疫病毒株（ShD-5—06）,研究其生物学特性表明,该病毒具有新城疫强毒株的一些特征。从该分离株扩增出其F和HN基因,并与标准株进行同源性比较,为探讨NDV是否发生变异提供理论依据。本试验通过RT—PCR法特异性地扩增出F和HN基因全基因序列,并对其与已经发表的序列进行核苷酸序列测定和分析。结果表明,ShD-5—06株的F和HN基因开放性阅读框架（ORF）为1662bp和1716bp,分别编码489个和571个氨基酸。与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相应序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在84．1％～88．7％之间,氨基酸同源性在88．1％～93．3％之间;HN基因核苷酸序列的同源性在82．19,5～87．4％之间,氨基酸同源性在88．6％～90．9%之间;F蛋白裂解位点区（112～117）氨基酸组成与强毒株一致,说明NDV山东分离株（ShD-5—06）为新城疫强毒株。 相似文献
7.
从中国部分地区分离到9株新城疫病毒(NDV),采用RT-PCR方法扩增NDV F基因(535 bp),参照国内外已经发表的F基因构建系统进化树。结果:6株吉林分离株和2株山东分离株属于VIId基因型,氨基酸裂解位点序列为112R-R-Q-K-R-F117,为典型的强毒株特征。吉林分离株之间的核苷酸同源性为93.5%～99.1%,山东分离株之间的核苷酸同源性为99.3%,吉林和山东分离株之间的核苷酸同源性较高,约为93.5%～96.3%。1株安徽分离株属于Ⅰ基因型,氨基酸裂解位点序列为112G-K-Q-G-R-L117,为典型的弱毒株特征,与V4毒株核苷酸同源性为95.7%,与吉林、山东分离株存在一定差异。表明我国新城疫病毒主要以VIId基因型为主,也存在其他基因型的流行。 相似文献
8.
4株NDV分离株F基因的克隆与序列分析 总被引：6，自引：2，他引：4
对4 株具有一定代表性的NDV(新城疫病毒)分离株的F基因进行RT PCR(反转录聚合酶链反应)扩增和序列分析,根据基因裂解位点的氨基酸序列推测,其中1 株属于弱毒株,3 株属于强毒株;核苷酸序列及其推导的氨基酸序列比较结果表明,3株强毒株与Clone30 基因核苷酸序列的同源性在83.6%~84.0%之间,与F48 E9典型NDV强毒株同源性在86.5.6%~88.3%之间,推导的氨基酸序列同源性与Clone 30 株在85.9%~87.0%之间,与F48E9典型NDV强毒株在89.1%~91.3%之间;利用MegAlign软件绘制了NDV 的系统发育进化树,结果表明, 3株分离强毒株为Ⅶ基因型,弱毒株为基因Ⅱ型。 相似文献
9.
对云南省2个发病鸡场的组织病料进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测,证明分离毒株为新城疫病毒（Newcastle disease virus, NDV）。采用特异性引物经RT-PCR扩增F基因,纯化后克隆至pMD18-T载体,并对其进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,分离获得的云南省2株 NDV毒株F基因核苷酸与La Sota株的核苷酸同源性为99.4%～99.6%,与国内外分离的流行毒株SP13和NDV027344核苷酸同源性均为99.7%～99.8%,与F48E9株的核苷酸同源性为89.0%～89.1%;F蛋白氨基酸与La Sota株的氨基酸同源性为99.3%～99.5%,与流行毒株SP13和NDV027344的氨基酸同源性均为99.5%～99.6%,与F48E9株的氨基酸同源性为91.8%～92.0%。系统发育分析结果表明,2株病毒均属于基因Ⅱ型,裂解位点氨基酸为G-R-Q-G-R-L,属于弱毒株裂解位点氨基酸排列特征。 相似文献
10.
NDV 江苏分离株F基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为比较NDV江苏分离株的遗传变异特征,应用RT-PCR扩增出新城疫病毒（NDV）江苏徐州株（JSXZ）、江苏宿州株（JSSZ）、江苏连云港株（JSLYG）和江苏淮安株（JSHA）的融合蛋白F基因的全长核苷酸,将其分别克隆至pMD18-T载体中。将获得的阳性重组质粒进行序列测定后,推导出其氨基酸序列,进行分析和比较。结果表明,所获得的4个分离株F基因完整的开放阅读框长度为1662bp,共编码F蛋白的553个氨基酸;4个毒株与常用疫苗株之间核苷酸序列同源性只有69．3％～80．8％。JSXZ株和JSSZ株F基因的裂解位点为112-RRQK／RRF-117,符合强毒株裂解区氨基酸组成的特征。以lbp～374bp的核苷酸序列绘制系统发育树分析表明,JSXZ和JSSZ株NDV为基因Ⅷ型,JSLYG和JSHA株NDV为基因Ⅸ型。 相似文献
11.
《畜牧与兽医》2014,(12):91-94
为调查山西省鸡源新城疫病毒(NDV)的流行现状,2012—2013年从山西省部分地区的发病鸡群分离、鉴定出5株NDV,并对这5株NDV的分子生物学特性进行了研究。对各分离株F基因序列的分析表明:其中的4株病毒在基因型分类上属于基因Ⅱ亚型,并与标准弱毒疫苗La Sota株高度同源,为99.2%99.4%。氨基酸序列同源性为100%,且裂解位点氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,符合弱毒株裂解位点特征。另一分离毒株在基因型分类上与JS/5/01/Go同属基因Ⅶd亚型,两者基因序列同源性为95.6%,氨基酸序列同源性为97.5%。其裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,为强毒株裂解位点特征。 相似文献
12.
2007年在广东某发病鸽群中分离到一株鸽禽Ⅰ型副黏病毒（GM01）．经测定,其鸡胚平均死亡时间（MDT）为76h,鸡脑内接种致病指数（ICPI）为1．3,在鸡和鸡胚上为中等毒力病毒。应用RT—PCR对F基因片段进行扩增并测序,结果表明该F蛋白裂解位点处氨基酸序列为112R—R—Q—K—R—F 117,是典型的强毒株序列。用DNASTAR软件对GM01株F基因片段与国内外相关的NDV参考株进行比较,结果表明GM01株与Chicken／Gx／14／2005株的核苷酸和氨基酸相似性分别为98．6％和98．4％;与Pigeon-Gxp40毒株核苷酸和氨基酸相似性分别为98．5％和98．7％,在遗传进化树中位于同一个分支,同属于基因Ⅶ型;与国内代表性弱毒疫苗株LaSota毒株和NDV强毒株F48E9的核苷酸及氨基酸相似性分别为84．1％和86．5％及86．3％和88．0％。 相似文献
13.
运用一步法RT-PCR扩增两株高致病力NDV分离株的F基因重要功能区,并进行序列测定。序列分析表明其在F蛋白裂解位点氨基酸顺序均为112R-R-Q-K-R-F117,与NDV的强毒株特征相符,且具有101位的K(赖氨酸)和121位V(缬氨酸)两个特征性氨基酸,与基因Ⅶ型NDV的特征完全相符[1]。与疫苗株lasota进行序列比较,并构建了系统发育树,结果表明两株病毒核苷酸同源性达96.6%,与lasota同源性为63.7%,从分子水平揭示了这两个毒株抗原性与常用疫苗株Lasota差异较大的原因。 相似文献
14.
对广西猪源I型副粘病毒F基因测序分析，为今后开展猪源副粘病毒的相关研究提供参考，也为有效防控副粘病毒感染奠定基础。参考GenBank发表的相关禽副粘病毒I型（Avian paramyxovirus serotypeI，APMVx）基因组序列，设计了1对特异性引物，用RT—PCR法分别扩增出病毒各F基因片段，并将目的基因片段回收纯化。测定得F基因的序列结果表明，从猪组织中分离获得1株猪源禽I型副粘病毒，分离株F基因112～117住裂解住点的氨基酸组成为R—R—Q－R—R-F，与强毒株DQ417113、AF458012的裂解位点一致。同源性分析结果表明，分离株与标准强毒株的核苷酸同源性分别为87．5％和87．4％。猪源禽I型副粘病毒分离株为强毒株，属于基因I型是传统型毒株，广西地区禽I型副粘病毒宿主范围呈不断扩大趋势。 相似文献
15.
三株鸽新城疫病毒新疆分离株F基因序列分析及遗传起源探讨 总被引：4，自引：0，他引：4
用RT-PCR方法从3株鸽新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)新疆分离株中扩增出F基因裂解位点前后482 bp片段,将其克隆至pGEM-T Easy载体并进行核苷酸序列测定。用DNAStar软件对分离株的F基因片段与国内外相关的NDV参考株进行比较,结果表明3个分离株之间核苷酸及氨基酸序列同源性分别为99.6%～99.8%和99.4%～100.0%,与其它鸽源NDV F基因相应部分核苷酸及氨基酸序列同源性分别为89.4%～98.1%和90.6%～98.1%,而与国内代表性弱毒疫苗株LaSota毒株和NDV强毒株F48E9的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为86.3%和87.6%及90.0%和92.5%。遗传发育进化树分析表明3个分离株属NDV基因型Ⅵ,与法国株(Pigeon-France-99)、意大利株(Pigeon-Italy-00)形成同一细分支,其核苷酸同源性为97.9%～98.1%,F基因的裂解位点氨基酸序列都为112R-R-Q-K-R-F117,是典型的强毒株共有序列,新疆鸽流行株与欧洲鸽流行株有很近的遗传亲缘关系,为同一基因亚型。对疫病流行时间、新疆独特的地理位置和病毒基因遗传衍化关系等方面进行综合考虑与分析,2000年开始在新疆地区流行的鸽NDV和欧洲国家上述流行株具有共同的遗传起源,推测通过从国外引种或者候鸟迁移等途径传播的可能性较大。 相似文献
16.
从规模化养殖场鸭群气管和泄殖腔试子分离到新城疫病毒(NDV)27株,用2株针对NDV HN单抗进行抗原表位分析,并选择4个分离株进行F基因高变区(374bp)和HN基因全长序列分析。抗原表位分析结果显示,27个鸭分离株均能与其中一株单抗C3-B7反应,而与另外一株单抗1E5反应为阴性。F基因(374bp)序列分析结果显示,4个鸭分离株均属于NDV ClassⅠ分支,分离株之间核苷酸同源性为99.2%～100%;分离株与NDV ClassⅡ毒株遗传距离为0.9%～9.9%,与NDV ClassⅠ毒株遗传距离为38.5%～41.7%。根据核苷酸序列推导的氨基酸序列表明,4个鸭NDV分离株F蛋白裂解位点氨基酸模式为:112-EROERL-117。HN基因序列分析结果显示,4个鸭NDV分离株HN基因全长1851bp,编码585个氨基酸;同源性比较发现4个鸭NDV分离株之间核苷酸同源性为99.7%～99.8%,与NDV ClassⅡ毒株核苷酸同源性为68.4%～70.5%,与NDV ClassⅠ毒株核苷酸同源性为95.8%～98.0%。本研究结果显示,鸭分离毒均属于NDV ClassⅠ弱毒,在抗原表位和基因序列上与广泛应用的NDV弱毒疫苗株(LaSota)不同,这些毒株的来源有待进一步深入研究。 相似文献
17.
从产蛋下降鸭群分离到两株新城疫病毒(NDV)(命名为Duck/China/SD6/2008和Duck/China/SD7/2009),经蚀斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间为77.6h,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-RRQKRF-117,符合强毒NDV的特征。根据F基因(374bp)对2个NDV分离株和30个NDV参考株进行基因分型结果表明,2个分离株均属于基因Ⅶ型。F基因和HN基因核苷酸序列同源性比较显示,2个鸭分离株与基因Ⅶ型NDV分离株同源性为94.1%～99.7%和94.4%～97.1%,与同期分离的鸡源NDV强毒株Chicken/China/SD4/2008同源性最高,分别为99.3%～99.5%和99.5%～99.7%,表明这两个鸭NDV毒株可能来源于感染NDV的鸡群。 相似文献
18.
对3株首次从种蛋中分离到的NDV进行交叉HI试验表明,这3株分离毒的交叉HI同源性为98.1%～100%。对这3株病毒及另1株从输卵管分离到的NDV的F与HN完整基因进行扩增并克隆测序,序列结果登陆GenBank(FJ011441～FJ011448)。氨基酸同源性分析表明:这4个毒株的F与HN基因同源性分别为99.5%～99.8%和99.6%～100%,远高于其与Lasota、F48E8株以及目前国内流行的其他基因Ⅶ型毒株的同源性。分离株F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特征,根据绘制的遗传进化树分析,属于基因Ⅶ型。研究结果显示这4个不同来源毒株其2个基因的同步高度同源性可能与它们均是与生殖道感染有关。 相似文献
19.
用RT-PCR方法扩增从野鸭体内分离到的3株新城疫病毒(newcastle disease virus,NDV)(JS-1/06/wd、JS-2/06/wd和JS-3/06/wd)F基因,并对其序列进行了测定和分析。结果表明该分离株的F基因长1 662 bp,编码553个氨基酸;F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合NDV强毒株的特征。这些毒株间核苷酸同源性为99.8%~99.9%,与鹅源NDV QY971株和ZJ1株的核苷酸同源性也高达96.7%~97.5%;氨基酸同源性为96.8%~97.5%;而与我国标准强毒株F48E9及疫苗株LaSota的核苷酸同源性分别为86.9%和84.5%;氨基酸同源性分别为94.5%和87.0%。系统发育树分析结果表明,野鸭源NDV与鹅源NDV的遗传关系较近,同属于基因Ⅶ型。 相似文献
20.
从山东地区疑似新城疫病毒(NDV)感染鸽群中分离到两株新城疫病毒分别命名为pigeon/China/bz12和pigeon/China/bz11,经蚀斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间(MDT)分别为76.6 h、78.8 h,1日龄雏鸡脑内致病指数(ICPI)分别为1.98、1.95,符合NDV强毒特征.设计NDV F基因特异性引物,使用RT-PCR从纯化后鸡胚尿囊液中扩增获得了约1 662 bp基因条带,序列测定确认为NDV F基因,其氨基酸一级结构包含553位氨基酸残基,F0蛋白裂解位点含112-RQKRF-117氨基酸序列,具有NDV强毒株分子特性.依据yellow基因序列同源性对获得2株NDV分离株和42株NDV参考毒株基因型分型,结果显示,2株鸽源NDV分离株都属于基因Ⅶ型,其与基因Ⅶ型NDV不同分离株同源性达93.5％～99.8％,与鸡源强毒NDV分离株Chicken/China/SD8/2010同源性高达99.8％,表明这两株鸽源分离毒株可能来源于感染的鸡群. 相似文献