猪戊型肝炎病毒荧光定量PCR检测方法的建立及其分子流行病学     

张晓峰  帅江冰  李爱云  方维焕  何永强  吴珊 《中国兽医学报》2011,31(6)

对已发表的戊型肝炎病毒(HEV)不同基因型毒株全序列进行分析,针对ORF3的保守区设计引物和探针优化建立了HEV荧光RT-PCR检测体系。分析表明该反应体系具有良好的扩增效率、特异性和稳定性,且检测灵敏度比普通RT-PCR方法高10～100倍。利用所建立的荧光定量PCR方法对采集自浙江及其周边上海、江苏等地区规模化猪场的样品以及HEV抗体阳性人血清样品进行了HEV核酸检测。其中,77份人血清样本仅有2份为HEV核酸阳性(2.6%)。而猪粪便样品阳性率则高达20.5%(56/273),且所调查的猪场均存在HEV感染。进一步的分子流行特征分析表明,浙江及周边地区的猪HEV毒株多为基因Ⅳ型,与其他地区的Ⅳ型HEV毒株同源性较高(83.4%～89.5%),但它们之间也存在较多的变异位点。猪源HEV毒株PJ-1则与多数Ⅲ型HEV毒株同源性较高(88%),进化分析也表明其为基因Ⅲ型。人血清样品中检测到的2份HEV毒株Human-1与Human-2与本地区Ⅳ型猪源毒株在分子进化关系上具有很高的亲源性,它们分布于同一分支内,而不构成独立分支。以上分析结果表明浙江及其周边地区猪HEV感染较为广泛,且以基因Ⅳ型毒株为主,但也存在...  相似文献   

东北边境地区野猪及放养杂交野猪戊型肝炎流行病学调查     

任照文  丁美明  彭鹏  蔡建秋  张必凯  涂长春  郭焕成 《中国兽医学报》2019,(4):695-701

为了解东北边境地区野猪及放养杂交野猪群体猪戊型肝炎病毒(HEV)感染情况,于2015—2018年在吉林省、黑龙江省的中朝、中俄边境和内蒙古自治区境内加格达奇周边地区采集6月龄以上杂交野猪血清、粪便或肛拭子样品共520份,采集野猪血清和粪便样品共248份。ELISA检测、RT-nPCR检测、全基因组测序、同源性及进化分析结果显示,杂交野猪和野猪感染HEV的血清抗体总阳性率为34.1%(136/399);核酸总阳性率为1.56%(12/771),12份核酸阳性样品均来自杂交野猪,病毒基因组ORF2部分核苷酸序列同源性为85.4%～100.0%,属于基因4型,4a、4b亚型。对4a亚型的1份阳性样品(LJG-18)进行病毒全基因组扩增测序,其核苷酸序列与日本的人源毒株JKO-ChiSai98C同源性最高,为94.9%,与吉林省猪源毒株Ch-S-1同源性为90.2%。结果表明:东北边境地区放养杂交野猪群具有较高的HEV血清抗体阳性率,HEV流行毒株以4a亚型为主。本试验针对我国野猪及放养杂交野猪群体开展猪戊型肝炎流行病学调查,为该病的流行情况提供了新的科学数据,对我国养猪业健康发展和公共卫生安全具有重要意义。  相似文献   

江西部分地区猪粪便戊型肝炎病毒核酸检测及序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

谢宝东  何后军  潘金发 《中国兽医杂志》2009,45(1)

采集江西省A猪场2～3月龄猪粪便40份,B猪场2～3月龄猪粪便40份,利用反转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)RNA,结果表明,A猪场7份样品为阳性,阳性率17.5%.B猪场10份样品为阳性,阳性率25.0%.总阳性率21.3%.对4份PCR扩增阳性产物进行纯化并测序,利用生物学软件进行序列分析和进化树绘制,4个分离株ORF2 348 bp同源性为92.1%～97.5%,为同一基因型,与HEV1、HEV2、HEV3同源性分别为70.7%～77.4%、72.5%~75.7%和71.6%～76.8%,与HEV4型的同源性79.2%～83.9%.4个分离株与HEV4型的代表株T1在同一分支上,属基因4型.与中国大陆6株猪源HEV比较,同源性为79.0%～87.3%,提示中国大陆猪源HEV的基因型比较一致,同属HEV 4型.  相似文献   

江苏地区猪流行性腹泻流行病学调查及病原S基因序列分析     

李云锋  段滢  梁淳  李昱辰  姜瑜琦  李建达  刘朋  王文骞  杨诚洁  杨倩 《畜牧与兽医》2022,(5):90-97

为探究江苏省内猪场猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行和遗传变异情况,采集江苏省13个地级市规模猪场和屠宰场健康猪群的鼻拭子和肛拭子样品,通过RT-PCR方法检测PEDV,并对部分阳性样品进行S基因序列扩增、测序及遗传进化分析。结果显示：259份猪鼻拭子样品中,PEDV阳性检出率为10.42%(27/259);178份猪肛拭子样品中,PEDV阳性检出率为9.55%(17/178)。选取的8株PEDV代表株的核苷酸序列同源性在99.2%～100%之间,氨基酸序列同源性在95.2%～97.1%之间,与国内流行毒株SD-M、JS2008的同源性最高,核苷酸序列同源性达到97%以上;遗传进化分析显示,8株PEDV代表株属于同一群,与经典毒株CV777、DR13亲缘关系较近。本研究初步明确了江苏地区健康猪群中猪流行性腹泻流行状况和PEDV遗传演化特点,为有效防控猪流行性腹泻提供参考。  相似文献   

四川地区猪源戊型肝炎病毒感染的分子流行病学调查     

《畜牧与兽医》2021,(6)

为了解四川地区猪源戊型肝炎病毒(hepatitis E virus, HEV)的感染情况,采集四川13个地区屠宰场的358份生猪组织样品,采用荧光RT-PCR进行HEV检测,对阳性样品进行开放阅读框(open reading frame, ORF)两部分序列测序、同源性及系统进化分析。结果显示:猪感染HEV的阳性率为4.75%,17个毒株ORF2部分序列之间同源率为85.4%～99.4%,均属于基因4型,其中4a亚型8株、4b亚型3株、4d亚型6株。与人、猪等不同宿主的HEV参考毒株比较,四川猪源HEV与我国主要流行的人源HEV遗传关系密切,其中10株与人源毒株同源率超过95%。结果表明:四川地区生猪HEV流行毒株以基因4型为主,具有较大的人畜共患风险,应有针对性、系统性地对其进行预防和控制。  相似文献   

四川省甘孜州藏猪戊型肝炎病毒分子流行病学调查     

杨丹娇  张敏  何宗伟  杨珊  陈亭宇  王艳琼  叶忠明  汤承 《中国兽医杂志》2022,(2):6-11

为了解甘孜州藏猪戊型肝炎病毒(HEV)的感染情况，分析其相似性和遗传进化关系。本试验用反转录套式聚合酶链反应(RT-nPCR)方法对采集于2018—2019年甘孜藏族自治州藏猪主要养殖区域4个县10个藏猪养殖场的229份藏猪粪便样本进行核酸检测，并对全部阳性样本进行ORF2基因部分片段扩增测序，遗传进化分析。结果显示：猪粪便HEV核酸阳性率为16.59%(38/229,95%CI=12.00%～22.10%),猪场HEV阳性率为70%(7/10,95%CI=34.8%～93.3%);38个ORF2基因片段彼此之间核苷酸序列相似性为76.1%～100.0%,推导的氨基酸序列相似性为79.6%～100.0%,系统进化树分析显示所有阳性毒株均为基因4型，且与人源HEV毒株亲缘关系近。结果表明甘孜州藏猪中存在一定程度的HEV感染，与人源HEV毒株遗传关系近，相关部门采取防控措施以降低HEV感染的公共卫生风险。  相似文献   

云南省楚雄地区猪伪狂犬病病毒野毒株的血清学调查     

陈冈  高洪  严玉霖  赵汝  蒋欢  黄慧  杨培昌 《黑龙江畜牧兽医》2014,(5):106-108

为了调查云南楚雄地区猪伪狂犬病病毒(PRV)野毒株感染的阳性率,从楚雄地区3个规模化养殖场以及18个散养户随机采集360份血清,采用间接ELISA方法对血清样本进行PRVgE抗体的检测。结果表明:360份猪血清中抗PRV抗体阳性率为35.00%。规模化猪场的196份样品中,阳性47份,阳性率为23.98%;散养户共164份样品,阳性79份,阳性率为48.17%。说明楚雄地区散养户饲养猪只PRV阳性率较规模化猪场高。  相似文献   

云南省临沧市猪戊型肝炎病毒流行株遗传进化分析          下载免费PDF全文

杨国琴  王国君  宋春莲  蔡懿琳  武鑫  柴俊  李文贵  朱培英 《中国动物检疫》2023,(8):28-33

猪是人兽共患病病原戊型肝炎病毒（HEV）Ⅲ、IV基因型的重要贮存宿主。为了解云南省临沧市猪HEV的遗传进化情况，从规模猪场、猪散养户以及猪屠宰场，随机采集粪便153份、肝脏36份和胆汁54份，采用巢氏PCR进行HEV ORF2基因片段扩增、克隆、测序和生物信息学分析。结果显示：在243份样品中，检出137 bp目标片段阳性61份，阳性率为25.1%(61/243)；对检出的阳性样品进行ORF2部分序列扩增，得到6份348 bp目标片段。6份348 bp目标片段间的核苷酸同源性为86.0%～95.6%，均为基因IV型；与HEVI—VⅢ型代表株的同源性分别为75.0%～81.7%、72.7%～77.0%、72.7%～79.3%、80.5%～94.1%、75.7%～80.7%、75.0%～81.0%、73.3%～80.3%和71.3%～76.1%，与我国人源代表毒株AJ272108BeijingHuman的同源性为81.3%～87.7%；基因亚型分析显示，6份348 bp目标片段中，除1份是4b亚型外，其他5份都属于4a亚型。结果表明，临沧市猪群中存在人兽共患病病原HEV基因Ⅳ型流行，且有通...  相似文献   

四川地区藏猪戊型肝炎病毒的检测和遗传演化分析     

曹慧  杨丹娇  张敏  李平  张朝辉  汤承  张斌 《畜牧兽医学报》2021,52(9):2599-2608

旨在调查四川地区藏猪戊型肝炎病毒（hepatitis E virus,HEV）的流行情况和遗传演化,作者用RT-PCR法对2018—2020年采集自四川省甘孜藏族自治州和阿坝藏族自治州的22个藏猪场332份藏猪粪便样本进行HEV检测,并对阳性样本进行基因分型。RT-PCR检测结果表明HEV核酸阳性率为20.48%（68/332,95% CI=16.3%~25.2%）,22个规模藏猪场中HEV猪场阳性率为77.27%（17/22,95% CI=54.6%~92.2%）,健康样本阳性率为2.86%（3/105,95% CI=0.6%~8.1%）,腹泻样本阳性率为28.63%（65/227,95% CI=22.8%~35.0%）,系统进化分析显示所有阳性株均为G4型。为了进一步研究该地区流行毒株的演化过程,以贝叶斯进化分析软件进行分歧时间估算,结果表明,藏猪流行毒株的分歧时间最早为1999年,最晚为2016年。并分别从每年的样本中挑选1份阳性样本得到全基因组序列,核酸序列相似性为89.5%~93.1%。通过对3条全基因组重组分析发现SWU/301/2019存在重组现象,SWU/301/2019重组区域位于ORF1的3 746—4 655 bp。本研究首次对四川地区藏猪源HEV进行调查,结果表明四川藏猪中存在一定程度的HEV感染,为四川地区对藏猪感染HEV的防治以及深入研究四川藏猪源HEV遗传变异及生物学特性提供了参考依据。  相似文献   

南充地区部分规模化猪场猪伪狂犬抗体血清学监测     

《中国动物保健》2021,(4)

为了解南充地区规模化猪场中猪伪狂犬免疫抗体及野毒株感染抗体情况,应用伪狂犬病病毒抗体检测试剂盒对4家不同规模化猪场内随机的800份血清样品进行了PRV gB和PRV g E抗体水平检测。结果显示:4家不同规模猪场的800份血清样品中,gB阳性样品数量为624份,阳性率为78%;gE阳性样品数量为136份,阳性率为17%;在所抽检的不同猪群中,种猪和产房仔猪gB阳性率高于保育猪和育肥猪;保育猪和育肥猪gE阳性率高于种猪和产房仔猪,说明所选猪场猪群中保育猪和育肥猪猪伪狂犬病病毒感染状况仍然比较严重,猪伪狂犬病的控制和净化形势依然严峻,猪伪狂犬病会造成巨大的经济损失,严重影响生猪产业的健康快速发展。  相似文献