新城疫病毒长春株5种结构蛋白基因序列分析     

金扩世  陆承平  金宁一 《南京农业大学学报》2003,26(1):111-113

根据已发表的新城疫病毒 (NDV)的核苷酸序列设计了 5对引物 ,采用RT PCR技术 ,分别扩增新城疫病毒长春株基因组中的F、HN、M、P及NP基因 ,并克隆和测定序列。与新城疫弱毒LaSota株和V4株进行同源性比较 ,并对NDV长春株、LaSota株及F48E9株F蛋白分子结构的疏水性及抗原表位分析 ,表明NDV长春株具有新城疫病毒弱毒株的特性。  相似文献   

鸽源新城疫病毒陕西分离株P基因的克隆及序列分析     

韩青松  代鹏  杨增岐 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2010,38(6):7-12

【目的】对鸽源新城疫病毒(NDV)陕西分离株P基因进行克隆和序列分析,为研究P基因及V基因的功能奠定基础,并为防治新城疫提供科学依据。【方法】参考GenBank发表的NDV基因序列设计1对特异性引物,RT-PCR扩增NDV/Pigeon/ShX/China/2003P基因的全长片段,并进行克隆、序列测定和分析。【结果】NDV/Pigeon/ShX/China/2003P基因全长1 451 bp,其完整的ORF长度为1 188 bp,编码395个氨基酸。同源性比较可知,NDV/Pigeon/ShX/China/2003与其他分离株P基因的核苷酸序列同源性在63.6%~92.9%,推导的氨基酸序列同源性在67.7%~92.2%。系统发育进化树表明,NDV/Pigeon/ShX/China/2003与鸽源分离株P68亲缘关系最近,与F48E9和La Sota毒株处于进化树的不同分支。【结论】NDV/Pigeon/ShX/China/2003与国内外已报道的NDV毒株间存在较大变异。  相似文献   

3株鸽源新城疫病毒陕西分离株F基因的克隆与序列分析   总被引：2，自引：1，他引：1  

樊荣  张淑霞  杨增岐  党如意  张鹏  王波  韩青松 《西北农业学报》2009,18(6):47-51

对3株鸽源性新城疫病毒F基因进行扩增和序列分析,探讨分离毒株相互之间以及与疫苗毒之间的遗传进化关系.采集病料,通过非免疫鸡胚接毒传代分离病毒,HA及HI试验鉴定其为ND病毒;设计特异性引物,RT-PCR扩增分离ND病毒F 基因的重要功能区片段(1 395 bp),并对其进行克隆、测序及序列分析.结果表明:3株鸽源NDV陕西分离株相互之间F 基因核苷酸序列的同源性在98.0%～99.3%,氨基酸序列同源性为98.5%～99.1%;其F 基因裂解位点的氨基酸组成与NDV 强毒株的特征性结构(112 R-R-Q-K-R-F117 )一致.系统发育进化树表明,此3 株强毒株与某贵州分离株(登录号:EF589137) 高度同源,处于进化树的同一分支,属于基因Ⅵ型.分离到的3株鸽源NDV之间同源性较高,鸡胚病变和序列分析表明其为强毒,与传统的La Sota,B1等疫苗株同源性很低.  相似文献   

犬冠状病毒V1株纤突蛋白全基因克隆与序列分析     

乔军  夏咸柱  胡桂学  谢之景  闫芳  杨松涛  黄耕 《上海交通大学学报(农业科学版)》2004,22(3):266-271

首次对犬冠状病毒(CCV)V1株纤突蛋白(S)基因进行了克隆和测序。根据GenBank中报道的CCV V54株S基因序列，设计了一对特异性引物，对CCV V1野毒株S基因进行了RT-PCR扩增。将扩增得到的PCR产物纯化后克隆到pGEM-T中得到重组质粒pTS，用于序列测定。结果该基因全长4362bp，编码1453个氨基酸，N端前18个氨基酸为推测的信号肽序列，后1435个氨基酸构成成熟蛋白。将V1株S全基因与GenBank中已发表的6个CCV毒株S基因进行了比较，结果核苷酸序列同源性在91．0％～99．0％之间；推导的氨基酸序列同源性在93．0％～99．0％之间；同时发现CCV变异区主要集中在S基因前1／2处，其中350-370、439-478、1718-1818三个区域碱基变异较大，而1060-1700区碱基却十分保守。基于S全基因聚类分析结果表明，S基因分型结果与CCV毒力强弱并不一致；V1野毒株推导的S蛋白潜在的N-联糖基化位点与CCV V54强毒相同，均为34个，比Insavc-1弱毒多一个；其中第566-568位糖基化位点是多数强毒拥有而弱毒Insavc-1没有的。推导的V1株S蛋白疏水性及抗原表位与Insavc-1株有一定的差异，这些差别对病毒致病性和免疫原性等影响需进一步的研究。  相似文献   

鸡新城疫病毒分离株F基因的分子特性分析     

王学艳  王晶钰  刘红彦 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2008,36(10):1-6

【目的】对新城疫病毒(NDV)分离毒株进行分子特征分析,了解免疫鸡群发生新城疫的原因。【方法】用非免疫鸡胚从病鸡肺脏中分离新城疫病毒;参考GenBank上发表的NDV的F基因序列设计引物,应用RT-PCR方法对新城疫病毒分离株进行扩增,并构建克隆载体,对阳性质粒测序后进行F基因核苷酸及推导氨基酸序列分析。【结果】从发病鸡群中分离到6株NDV,分离毒株间的F基因核苷酸和F蛋白氨基酸同源性分别在99.6%~99.9%和99.1%~99.8%;分离毒株与参考毒株的F基因核苷酸和F蛋白氨基酸序列同源性分别在83.2%~87.3%和90.2%~93.8%;分离毒株F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株的分子特征;6个分离株均属NDV基因Ⅶ型。【结论】NDV分离株的F基因已经发生明显变异,与La Sota、Clone-30、V4等常用疫苗株在遗传进化上的亲缘关系较远,这可能是免疫鸡群发生新城疫的重要原因之一。  相似文献   

鸡新城疫病毒F48E9强毒株NP基因的序列分析     

陈珍  施少华  程龙飞  傅光华  陈红梅  万春和  林芳  林建生  黄瑜 《福建农业学报》2009,24(5):385-389

根据GenBank登录的鸡新城疫病毒NP基因序列设计引物,利用RT—PCR对F48E9强毒株NP基因进行扩增,将扩增产物经纯化后连入pMD18-T载体,通过PCR和酶切鉴定出阳性重组质粒,经测序后获得F48E9 NP基因序列。经分析发现该基因的ORF总长为1470bp,编码489aa,NP蛋白有4个高度保守的Cys位点,分别位于第55、78、139、213位,且在401～440位和461～481位区域变异较大。将F48E9株与19株参考毒株的相应序列进行比较得到核苷酸序列同源性为87．9％～92．3％,氨基酸序列同源性较高,为92．2％～98．0％,遗传进化分析表明F48E9株相对独立,与参考毒株的遗传距离较远。  相似文献   

H5N1亚型禽流感病毒核蛋白基因的克隆及分子进化分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

王振国  金宁一  马鸣潇  张洪勇  郑敏  尹革芬 《吉林农业大学学报》2004,26(3):326-329

用RT—PCR法,以1株H5N1。亚型禽流感病毒RNA为模板,扩增了NP全基因cDNA。将NP cDNA克隆于pMD18-T载体,并对其进行测序。测序结果表明：所克隆的NP基因全长1542bp,该核苷酸的片段包含了核蛋白完整阅读框架,其中编码区为1497个核苷酸,编码498个氨基酸。将其序列与6株A型流感病毒NP基因序列进行比较,各毒株之间NP基因核苷酸序列同源性为92．5％～95．9％,编码的氨基酸同源性为97．0％～98．4％。通过分子进化分析揭示了各毒株间的亲源关系。  相似文献   

藏鸡NDV的分离鉴定及F基因的遗传进化分析     

朱洪云  旦巴次仁 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2012,40(10):31-37

【目的】探讨藏鸡NDV的毒力和F基因的遗传进化特征。【方法】从采集的藏鸡病料中分离鉴定NDV,通过测定鸡胚平均致死时间（MDT）和1日龄雏鸡脑内接种致死指数（ICPI）来确定分离株的毒力。采用RTPCR方法克隆藏鸡NDV分离株F基因,测序后进行序列分析,并进行进化分析。【结果】共分离鉴定出F5、FX10、F20、F74、F75、F17、F72、FH2等8株NDV,其中F17、F72、FH2为强毒株,其余5株为弱毒株。8株病毒F基因ORF均为1 662 bp,编码553个氨基酸,强毒株ORF编码产物含有12个半胱氨酸残基,弱毒株有13个半胱氨酸残基,比强毒株在27位(强毒株C²⁷变为R²⁷)多了1个半胱氨酸残基;有6个潜在的糖基化位点。分离的8株NDV与GenBank中发表的20株NDV参考毒株比较结果表明,F蛋白氨基酸序列变异位点较多,主要集中在8-30,97-124,45,385-386,402-403,479-494,509-520位氨基酸处,强毒株AA替代较集中,而弱毒株保守区较多且AA替代较分散。分离NDV株之间F基因编码区核苷酸序列同源性为83.5%～99.9%,其中强毒株之间同源性为95.2%～99.4%,弱毒株之间同源性为99.4%～99.9%。分离NDV株之间F基因编码的氨基酸同源性为87.5%～99.5%,其中强毒株之间同源性为95.3%～98.2%,弱毒株之间同源性为98.6%～99.5%。进化分析显示,3株强毒株均为基因Ⅶ型,5株弱毒株均为基因Ⅱ型。【结论】分离了8株藏鸡NDV,其中3株为强毒株,属于基因Ⅶ型;5株为弱毒株,属于基因Ⅱ型。  相似文献   

新城疫病毒河北分离株F基因的克隆与序列分析     

王爱华  周静  杜冬华 《河北农业大学学报》2010,33(1)

通过RT-PCR技术扩增和克隆2003—2007年由河北省分离到的、具有一定代表性的鸡新城疫病毒分离株F基因,与GeneBank中已发表的NDV不同基因型代表株F基因相应核苷酸片段及其氨基酸序列进行比较,构建系统发育进化树并确定分离株的毒力强弱及所属基因型。结果显示,分离株在该区段没有碱基缺失和插入,但有多处点突变分散存在。分离株F基因核苷酸序列与国内外已发表毒株相应序列核苷酸同源性为80.5%~98.5%,推导的氨基酸序列同源性为77.5%~97.7%。表明目前河北新城疫的流行以基因Ⅶ型为主,同时兼有传统的基因Ⅵ型和基因Ⅱ型。  相似文献   

新城疫病毒HN09-69株P基因的克隆、序列分析及表达     

陈礼朋  王忠田  岳旭龙 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2012,40(2):20-26

【目的】对新城疫病毒(NDV)HN09-69株P基因进行克隆、序列分析和表达鉴定,为研究P和V蛋白的功能,及NDV新流行毒株的免疫预防提供理论依据。【方法】以HN09-69株NDV为研究对象,根据GenBank上发布的相关P基因参考序列设计引物,进行RT-PCR扩增、克隆和序列测定分析,将P基因的核苷酸序列与相关参考株的P基因序列进行比对分析并构建进化树。将P基因克隆到原核表达载体PET28a(+)中,得到重组质粒rPET28a(+)-P,将重组表达质粒转化到BL21（DE3）中诱导表达,用SDS-PAGE电泳和Western blotting检测表达情况。【结果】扩增出了HN09-69株P基因的ORF,序列长度为1 188 bp。NDV HN09-69株核苷酸与弱毒株La Sota、clone-30同源性分别为82.5%和82.4%,与强毒株F48E8同源性为84.9%,与鸭源,鹅源NDV核苷酸同源性分别为97.9%～98.4%和96.0%～98.0%。SDS-PAGE电泳和Western blotting检测结果表明,重组P蛋白分子质量约为54 ku,符合预期结果,在大肠杆菌中主要以可溶性的形式表达。【结论】NDV HN09-69株与SDWF-02和SD-09鸭源强毒分离株同源性高,亲缘关系近。重组P蛋白在大肠杆菌中得到了高效表达。  相似文献   

法氏囊炎病毒VP2基因高变区片段的克隆与鉴定     

周丽莎  余为一  程帮照 《安徽农业科学》2008,36(21)

[目的]研究法氏囊病毒VP2蛋白的抗原表位在机体免疫应答中的作用和特点。[方法]以接种传染性法氏囊病毒(IBDV)的鸡胚尿囊液为模板,根据Genbank中登录的IBDV的VP2蛋白基因的全序列设计引物,通过RT-PCR扩增获得VP2高变区部分片段,将其克隆到原核表达质粒PGEX-4T-1中,经酶切鉴定后,转化大肠杆菌Rosetta(DE3)BL21,筛选阳性克隆并对其进行测序鉴定。[结果]通过PCR扩增获得一个504bp的扩增片段,序列分析结果表明它与GenBank中登录的IBDV的VP2蛋白基因的核苷酸序列同源性达99.8%,其氨基酸序列的同源性为99.4%,说明各毒株间高变区基因序列保守性很高。[结论]法氏囊炎病毒毒株在两个大小亲水区内的氨基酸都非常保守。  相似文献   

云南省烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因克隆及序列分析   总被引：3，自引：0，他引：3       下载免费PDF全文

李凡周雪平  陈海如李德葆 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》2000,26(3):261-265

以从云南省主要烟区烟草上分离到的烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus, TMV）和黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus, CMV）的RNA为模板,采用RT-PCR技术,对TMV云南分离物（TMV-YN）的外壳蛋白（Coat protein,CP）基因及3’端非编码区和CMV云南分离物（CMV-YNa）的CP基因进行了cDNA克隆和序列测定。结果表明,TMV-YN的cDNA全长684个碱基（EMBL登录号为AJ239099）,通过GenBank进行同源性比较发现：其5'端的480个碱基为CP基因,编码159个氨基酸;3'端的204个氨基酸为非编码区;此CP基因与TMV-U1株系和TMV韩国普通株系核苷酸同源性均为100%。CMV-YNa的CP基因全长657个碱基（EMBL登录号为AJ239098）,编码218个氨基酸;此CP基因与CMV亚组 I 的CMV-RB株系、CMV-117F株系和CMV-Y株系的核苷酸同源性分别为96%、93%和92%。  相似文献   

华南地区新城疫病毒WS_(99)株HN基因片断的克隆和序列分析     

贺东生  秦智锋  刘福安 《华南农业大学学报》2001,22(4)

用RT -PCR一步法扩增了华南地区野毒NDVWS99株的HN基因 890bp片断 ,并对其进行克隆、核苷酸测序及同源性分析 结果表明 :WS99株的HN基因与其他 2 9株NDV的核苷酸同源性在 88.0 %～ 99.8%之间 ,氨基酸同源性在 90 %～ 97%之间 鸡源NDVWS99株与鹅源副粘病毒GPMV株有极高的同源性 ,高达 99.8% 该毒株与TEX/ 48和B1/ 47一样 ,在HN基因 130 1bp处由G突变为A ,对应氨基酸由V突变为I,但其半胱氨酸位点和个数没有改变 ,且所克隆的目的片段中含有HN基因上 5个凝血抗原位点其中的 4个  相似文献   

牦牛FMDV持续感染分离株非结构蛋白P2的克隆及基因特征分析     

魏小娟  常惠芸  张继瑜  丛国政  唐江山 《甘肃农业大学学报》2007,42(5):16-19

以FMDV持续感染模型动物牦牛的食道/咽部分离物(O/P液)为反转录模板,用1对特异性引物扩增目的cDNA,然后与pMD18-T载体连接并转化JM109菌株,再经重组质粒电泳、PCR和EcoRⅠ酶切鉴定.序列测定和分析结果表明,分离株与China/99的同源性最高达93.4%,而与Akesu/58序列的同源性为90.3%;推导的氨基酸序列同源性分别为97.8%、96.7%.  相似文献   

一株H3N2犬源猫流感病毒NP 基因的遗传变异性分析     

涂黎晴  袁子国  李陆涛  贾坤  李华涛  赵明喜  邹雨妃  李守军 《广东农业科学》2013,40(5):146-148

从被感染猫体内分离出流感病毒,利用RT-PCR扩增NP基因,分析其遗传变异性.与NCBI上的14株流感病毒的NP全基因序列进行比对分析,发现其与参考毒株的NP基因序列的相似性为79.3％～99.7％,其中与感染株A/canine/Guangdong/1/2007(H3N2)的NP基因序列的相似性最高,为99.7％.基因序列比对发现,编码区存在5处突变:A33G、A81G、C235T、G345A、A567G;氨基酸仅存在1处变异:I189M.研究结果表明,犬流感病毒在犬和猫之间存在跨中间传播,虽然变异系数不高,但是567位碱基突变所造成的氨基酸突变为NP基因的遗传性和种间特异性的研究提供了参考.  相似文献   

黄瓜花叶病毒西番莲分离物RNA3 的cDNA全长克隆和序列分析     

王海河  谢联辉  林奇英 《福建农林大学学报(自然科学版)》2001,30(2):191-198

采用RT-PCR方法克隆了黄瓜花叶病毒西番莲致死分离物（CMV-PE）全长RNA3.经核苷酸序列测定，明确PE分离物 RNA3全长2216 nt，含有2个开放阅读框（ORF），其中5'端的ORF（121-963 nt）编码279 aa的3a蛋白，3'端ORF（1260-1916 nt ）编码218 aa的CP蛋白.5'端非编码区（NR）长120 nt,基因间隔区（IR）长296 nt，3'端NR区含301个碱基.PE分离物编码的3a蛋白中最明显的特征是在136-141位有一个独特的VWCLSS区域.将CMV-PE的RNA3的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列与同属CMV亚组I的其它分离物进行比较，发现症状相似的CMV分离物的非编码区具有很高的序列同源性，说明非编码区序列与症状有关.  相似文献   

口蹄疫病毒Akesu/58持续感染分离株P1基因的克隆及序列分析   总被引：2，自引：2，他引：2  

魏小娟  常惠芸  薛慧文  马金铃 《甘肃农业大学学报》2004,39(2):113-116

以持续感染模型动物牦牛的食道/咽部分离物(O/P液)为材料,采用RT-PCR法,扩增和克隆了P1结构蛋白基因的全序列。序列测定和分析结果表明,持续感染分离株的序列与Akesu/58参考毒株的序列相比,其同源性为86.5 %,而与china/99的同源性高达89.4 %。氨基酸差异分析表明,氨基酸相应的密码子中T-C或A-G互变频率较高,这可能是导致氨基酸改变的主要因素。  相似文献