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为了获得大通牦牛DQA2基因序列,并研究其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本研究采用DNA混合池扩增后直接测序的方法,通过DNAstar软件和在线服务器预测大通牦牛DQA2基因CDS区编码蛋白的理化性质、疏水性/亲水性、糖基化位点、信号肽、跨膜结构、二级结构以及三级结构。结果表明,大通牦牛DQA2基因CDS区长度为765bp,编码253个氨基酸。蛋白结构预测结果表明,该蛋白是一种混合型的可溶性蛋白质,具有4个潜在的N-糖基化位点,分别为Asn31、Asn96、Asn260、Asn369;在第1~23位氨基酸之间存在信号肽;存在1个典型的跨膜螺旋区,氨基酸序号为216-239;蛋白质功能显示该蛋白存在信号受体活性、催化活性、运载体、调节代谢过程、细胞定位及免疫系统过程的功能。本研究结果为进一步研究大通牦牛的遗传育种提供理论基础。 相似文献
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为研究牛的抗病能力,探究荷斯坦牛Nramp1基因所编码蛋白的结构与功能,本研究采用生物信息学分析的方法对荷斯坦牛Nramp1基因编码蛋白质的理化性质、疏水性/亲水性、信号肽跨膜区、跨膜结构域、N-糖基化位点和磷酸化位点、蛋白质二级结构、三级结构及蛋白质互作进行分析和预测.结果表明,荷斯坦牛Nramp1基因所编码蛋白全长... 相似文献
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《中国奶牛》2021,(5)
本研究采用生物信息学分析的方法对牛BoLA-DQA5基因编码蛋白的理化性质、疏水性/亲水性、糖基化位点、二级结构和三级结构进行预测分析。结果表明,牛BoLA-DQA5基因片段一共编码255个氨基酸,其中亮氨酸(Leu)最多,半胱氨酸(Cys)最少。整个编码产物中,亲水氨基酸占51.82%,疏水氨基酸占48.18%,平均分值为+0.075,编码产物不稳定指数大于40且呈现疏水性,因此牛BoLA-DQA5蛋白是一种不稳定的不可溶蛋白质。牛DQA5基因编码蛋白质具有2个潜在的N-糖基化位点,分别为Asn104和Asn144;蛋白质的二、三级结构预测结果显示,二级结构和三级结构均具有α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲。本研究结果可为牛BoLA-DQA5基因深入研究提供理论基础。 相似文献
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本研究以绵羊睾丸组织为材料,利用RT-PCR技术获得绵羊硫氧还蛋白类蛋白2(Thioredoxin like protein 2,Txl-2)基因的CDS区序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,克隆得到的绵羊Txl-2基因CDS区为795 bp,编码264个氨基酸。生物信息学分析结果表明,Txl-2编码的蛋白无跨膜区、信号肽和N-糖基化位点,存在多个磷酸化位点;预测出了Txl-2蛋白的二级结构和三级结构;Clustel W方法对比绵羊Txl-2与绵羊、山羊预测序列同源性最高。 相似文献
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为深入了解牛MBL-C蛋白的结构功能特点、作用机制及其结构基础，以中国荷斯坦牛的MBL-C蛋白序列为研究对象，使用多种软件工具对其进行生物信息学分析。结果表明，中国荷斯坦牛MBL-C蛋白由249aa构成，不稳定指数29.71，脂肪系数68.19，亲水性氨基酸占68.46%，疏水性氨基酸占31.54%，总平均亲水性-0.403，为亲水性稳定蛋白。含Sec/SPⅠ常规信号肽，无跨膜结构域，主要定位于胞外，为经典分泌蛋白。预测到23个磷酸化位点及其对应激酶，未预测到N-糖基化位点和O-糖基化位点。分别有27.71%、4.82%、51.41%、16.06%的氨基酸参与形成α-螺旋、β-转角、无规则卷曲、延伸链，获得了可信度和质量较高的三聚体三维立体结构模型。本研究可为牛MBL-C蛋白结构与功能、作用机制阐释乃至牛抗性遗传、分子育种等深入研究提供参考。 相似文献
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对牛卵形巴贝斯虫延边株的伴侣素CCTη基因进行分子克隆,并利用生物信息学软件对CCTη基因进行了同源性、系统进化树、编码蛋白等电点、信号肽、跨膜区、糖基化位点及疏水性分析。结果显示,克隆的CCTη基因由1 008个核苷酸组成,其中编码335个氨基酸。与GenBank上发表的牛卵形巴贝斯虫CCTη基因序列(AB367928.1)同源性100%。CCTη基因编码蛋白等电点为7.32,不存在信号肽结构、跨膜区及糖基化位点。疏水性最大值3.38,最小值-3.79。本研究从CCTη基因方面近一步证实了该分离株的分子分类。 相似文献
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8.
《中国畜牧杂志》2017,(4)
本研究应用RT-PCR、5'-RACE、TA克隆技术获得绵羊Lpin2基因CDS区,并进行相关生物信息学分析,为其遗传特性及编码蛋白功能机制的研究提供基础数据。结果获得绵羊Lpin2基因2 754 bp,包括84 bp的5'UTR和2 670 bp的CDS区,编码889个氨基酸。生物信息学分析编码蛋白lipin2属不稳定的中性亲水脂溶性蛋白,存在跨膜域、2个O-糖基化位点和89个磷酸化位点,没有信号肽,定位于细胞质或细胞器中。存在由细胞质活性氧(ROS)主导的氧化还原机制形成的二硫键。二级结构包含高比例的环(80.54%)。蛋白N-末端和C-末端分别含有保守结构域Lipin_N和LSN2。绵羊与山羊、家牛、羊驼、猪、家犬、灵长类与啮齿类动物以及原鸡lipin2氨基酸序列同源,系统进化与其亲缘关系远近一致,Lpin2基因编码区进化保守。绵羊lipin2与lipin1氨基酸序列相似性相对较低(66%),可能与其有差异的功能活性有关。 相似文献
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【目的】 克隆郏县红牛DNA聚合酶β（DNA polymerase beta,POLB）基因,并对其进行生物信息学分析。【方法】 以郏县红牛肌肉组织cDNA为模板,通过PCR方法克隆POLB基因完整CDS区序列;利用在线软件进行遗传距离分析并构建系统进化树,分析POLB蛋白的理化性质、疏水性、磷酸化位点、跨膜结构、信号肽、二级结构、三级结构和互作蛋白。【结果】 郏县红牛POLB基因CDS区序列全长1 008 bp,编码335个氨基酸。系统进化树分析表明,郏县红牛POLB基因氨基酸序列与绵羊等反刍动物的亲缘关系最近,与其他哺乳类动物和禽类次之,与斑马鱼（鱼类）最远。郏县红牛POLB蛋白分子质量为38.26 ku,理论等电点（pI）为9.10,半衰期为30 h,不稳定系数为31.06,总平均亲水系数为－0.659,属于稳定的亲水性蛋白;磷酸化位点预测分析发现,郏县红牛POLB蛋白包含17个丝氨酸磷酸化位点、12个苏氨酸磷酸化位点和4个酪氨酸磷酸化位点;跨膜区和信号肽预测结果显示,郏县红牛POLB蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白;二级结构和三级结构预测发现,其主要包含α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲4种结构;在线软件预测结果表明,POLB蛋白与XRCC1、FEN1、PARP1和LIG3等为互作蛋白。【结论】 本研究成功克隆了郏县红牛POLB基因CDS序列,其与绵羊亲缘关系最近;POLB蛋白为无跨膜结构、无信号肽的亲水性蛋白,与XRCC1蛋白互作程度最高,结果可为进一步探究POLB基因生物学功能提供参考。 相似文献
10.
根据GenBank中发表的牛TLR2基因序列设计引物,通过PCR方法对南阳黄牛的TLR2基因进行分段扩增并测序,拼接后得到包含TLR2完整编码区以及5′端和3′端非编码区的2399bp的全序列。序列分析结果表明,南阳黄牛TLR2基因开放阅读框全长2 355bp,共编码784个氨基酸。南阳黄牛的TLR2基因编码区与荷斯坦牛的相比发生了16个碱基突变,其中9个发生在胞外区,2个发生在跨膜区,5个发生在胞内区,没有引起氨基酸的改变。与GenBank已发表的其他动物TLR2基因参考序列进行比较,结果显示南阳黄牛与荷斯坦牛、野牛、水牛、山羊、绵羊、猪、大猩猩和人的同源性分别为99.3%、99.3%、98.0%、96.3%、95.5%、85.4%、83.2%和83.1%。TLR2N末端存在信号肽且可能在21位氨基酸处存在裂解位点,蛋白分子结构预测TLR2蛋白含1个跨膜结构域。 相似文献
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调查四川省一些实验动物养殖场的实验动物中金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)携带情况,找出传播途径和进化规律,分析其污染原因,为保障实验动物质量提供技术支撑。按照GB/T 14926.14-2001《实验动物金黄色葡萄球菌检测方法》对2011年-2017年四川省部分实验动物中SA进行检测,对分离的SA菌株进行PCR耐药基因mecA检测,并应用金黄色葡萄球菌A蛋白(Staphylococcus protein A,SPA)和脉冲场电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)进行分子分型。结果显示,2011年-2017年共从7家实验动物养殖场采集并完成370只实验动物中SA的检测,共检出SA 31株,总分离率为12.16%,且均从SPF大鼠中分离所得。31株SA的mecA基因均为阴性。SPA可分成5个型别,其中T2360为优势型别,PFGE型别有10个带型。四川省养殖实验动物中仅SPF大鼠携带SA,不同年份检出SA基因型别基本不同,不同养殖场同一年检出的SA具有相同基因型,说明不同养殖场中的SA可能来自同一污染源,应加强SPF大鼠监控,以确保实验动物的质量。 相似文献
12.
狭胸(narrow breast,nb)是家蚕少数几个体型突变种之一,其表型为胸部狭小,位于19号染色体的31.2位点,该突变为自然隐性突变。到目前为止,其突变基因还未被分离克隆,突变机理未知。为了分离克隆nb的突变基因,阐释其突变机理,本研究首先对nb蚕的突变性状进行观察。发现3龄时,nb狭胸表型开始明显,并维持到蛹期。5龄期的nb与野生型的体重没有明显差异,但nb体长明显的比正常表型短。5龄5d解剖观察发现nb和野生型个体前肠存在差异,nb前肠在食道处收缩,而正常个体是逐渐变大且呈漏斗状。同时,本研究还采用大造和nb为亲本构建BC_1群体,通过筛选合适的SNP标记对nb突变基因进行了精细定位,其结果为:利用10 SNP个标记和92个BC_1代个体进行连锁分析,将nb突变相关基因位于标记3和8之间的区域内,遗传距离为7.8cM,物理距离约为1.7Mb。利用13个可用于定位的标记和1794个BC_1代个体,nb突变基因位于标记31和38之间区域内,该区域物理跨度约为1Mb,基因预测结果显示定位区域内含有44个基因。本研究为nb突变基因的定位及机理的阐释提供了参考信息。 相似文献
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对10个青贮玉米品种自然发病情况进行调查,并采用病级分类方法对抗病性分类。结果表明:对锈病表现抗性和中抗的品种有3个和5个,分别占供试品种的30%和50%;对大斑病表现抗性和中抗的品种有4个和5个,分别占供试品种的40%和50%;对褐斑病表现抗性和中抗的品种有6个和3个,分别占供试品种的60%和30%;对小斑病表现抗性和中抗的品种有6个和3个,分别占供试品种的60%和30%。多数品种对青贮玉米4种病害抗性表现较好,可从青贮玉米供试材料中选用优良抗病材料用于四川地区种植。 相似文献
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为了满足我国现阶段猪伪狂犬病病毒(PRV)高频突变引发新疫情诊断的需求,本实验通过生物信息学分析比较,设计合成了针对PRV g B糖蛋白高度保守的抗原优势表位区肽段,命名为g B872。以此肽段为包被抗原,经条件优化建立了新型的PRV-g B间接ELISA抗体检测方法。该ELISA方法检测结果显示,其仅对PRV血清检测为阳性,而与猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、口蹄疫病毒(O型)、猪细小病毒、猪圆环病毒2型等主要猪源病毒阳性血清均无交叉反应,表明该方法具有较强的特异性;最低检测下限血清稀释度为1∶128,高于IDEXX PRV/ADV g B抗体检测试剂盒检测下限稀释度(1∶4),表明该方法敏感性高;批内、批间重复性试验结果显示,变异系数均低于10%,重复性良好。利用该方法与Bio Chek PRV-g B抗体检测试剂盒检测90份临床血清样品,对比结果分析显示,两者阳性符合率为100%,阴性符合率为97.67%,总体符合率为97.78%;同时,采用该方法与IDEXX-g I(gE)和IDEXX-g B试剂盒分别对野毒感染血清和疫苗免疫血清同时检测,该方法可以准确识别野毒阳性血清和疫苗免疫阳性血清,与IDEXX两种试剂盒的结果一致。本研究建立的间接ELISA检测方法对PRV疫苗免疫效果评价、流行病学调查及防控提供了可靠的方法。 相似文献
15.
为建立一种高效的猪链球菌(Streptococcus suis)基因缺失方法,本研究利用信息肽诱导DNA片段转化和Cre/LoxP系统去除抗性基因这两种技术,通过在S.suis 05ZYH33的ssu05_1921基因上、下游片段和壮观霉素抗性基因(spc)片段之间引入LoxP位点,采用信息肽GE9诱导构建的DNA片段转化S.suis并发生重组,经抗性筛选快速获得spc替代ssu05_1921基因的缺失株;进一步引入pSET6s/PtufA-cre质粒表达Cre重组酶作用于LoxP位点,去除spc基因,产生无痕ssu05_1921基因缺失株,经测序和RT-PCR验证缺失正确。本研究建立的该方法简单、快捷、阳性率高,为构建S.suis基因缺失株、研究S.suis致病机制提供了新的选择。 相似文献
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Ⅲ型干扰素(IFN-λ)是一种新发现的抗病毒因子,在天然免疫和获得性免疫应答方面具有多重功能;猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染后造成猪的免疫抑制状态,Ⅰ型和Ⅱ型干扰素的应答受到抑制,IFN-λ的应答情况还不清楚。为揭示PRRSV感染猪后IFN-λ的应答情况与调控机制,以期进一步揭示PRRSV抑制宿主抗病毒免疫应答的分子机理。利用PRRSV强毒与弱毒株感染猪肺泡巨噬细胞(PAM),通过实时荧光定量PCR(real-time PCR)和Western blot检测IFN-λ在mRNA与蛋白水平的差异,并检测了不同非结构蛋白(NSP)对IFN-λ的调控作用。结果发现PRRSV感染PAM细胞后均在mRNA水平上诱导IFN-λ1和IFN-λ3表达上调,且IFN-λ3比IFN-λ1上调更明显;然而在蛋白水平上二者均为表达下调。人源IFN-λ3比IFN-λ1显示出更强的抑制PRRSV复制的作用,且对强毒株GSWW/15的抑制效果更明显。PRRSV NSP7b和NSP9转染PK-15细胞后能使IFN-λ3的mRNA上调表达,但蛋白水平无变化;而NSP7a对IFN-λ3的mRNA和蛋白水平均无影响,提示NSP7b和NSP9可能通过某种机制抑制IFN-λ3的应答。 相似文献
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为了高效利用玉米秸秆各部位,采用近红外漫反射光谱法,以整株玉米秸秆作为对照,对玉米秸秆不同部位(茎髓、茎皮、苞叶和叶片)的营养成分,干物质(DM)和中性洗涤纤维(NDF) 30、48 h体外消化率、有效能和吨干物质产奶量等进行了测定。结果显示:粗脂肪、粗蛋白在叶片中含量最高,茎皮中最低;苞叶中的淀粉、总可消化养分和非纤维性碳水化合物含量最高;茎皮中的酸性洗涤纤维、木质素的含量最高,苞叶和叶片中含量较低;苞叶的DM (48 h)和NDF (30,48 h)的体外消化率最高,显著高于叶片、茎髓、整株秸秆、茎皮(P<0. 05);苞叶的有效能和吨干物质产奶量显著高于其叶片(P<0. 05),叶片显著高于茎髓、整株秸秆、茎皮(P<0. 05)。综合以上指标比较,玉米秸秆各部位的综合营养价值存在差异,从高到低的顺序为苞叶>叶片>茎髓>整株秸秆>茎皮。 相似文献
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民猪是具有抗寒特性的地方猪种,研究民猪对环境温度的适应机制对于理解其抗寒特性具有重要意义。本试验通过检测4个季节民猪外周血单核细胞中含CSD结构域的E1蛋白(cold shock domain-containing protein E1,CSDE1)、miR-1和miR-331-3p表达情况,并通过在PK15细胞中过表达CSDE1基因,检测细胞中7种干扰小RNA和8种基因,研究CSDE1在民猪环境温度适应中的作用和分子调控网络。结果表明,CSDE1在春、秋季表达量较低,而在夏、冬季表达量较高,而RNA miR-1和miR-133-3p的表达规律则相反;过表达CSDE1后细胞中小RNA miR-1、miR-101、miR-1307和基因HDAC3、BTF3、HSF2、TCEA1 mRNA的相对表达量明显上升,miR-143-3p和CHD7mRNA的相对表达量明显下降,各试验组差异显著(P<0.05)。结果表明,CSDE1的表达受到民猪所处环境温度的影响,可以被干扰小RNA调节,并进一步影响其他基因的表达。 相似文献