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《扬州大学学报(农业与生命科学版)》2017,(2)
为确定安徽肥东某山羊场发生的疑似羊口疮(ORF)的病原,利用MDBK细胞从送检的病羊唇部痂皮中分离获得病毒,通过PCR鉴定确定病原为羊口疮病毒(ORFV),并将其命名为ORFV/AH-FD/2016/China株。然后对分离株的B2L基因和F1L基因进行克隆、测序,并与其他ORFV序列进行遗传进化分析。结果表明:ORFV/AH-FD/2016/China株的B2L基因长1 137bp,编码279个氨基酸,F1L基因长1 023bp,编码341个氨基酸。与GenBank中收录的其他ORFV流行株相比,B2L基因的核苷酸同源性为96.9%~99.5%,推导的氨基酸同源性为95.5%~98.9%;F1L基因的核苷酸同源性为95.3%~98.3%,推导的氨基酸同源性为94.9%~99.1%。利用软件构建系统进化树,根据B2L基因遗传进化分析结果表明,该分离株与甘肃分离株的亲缘关系最近;根据F1L基因遗传进化分析结果表明,该分离株与福建分离株亲缘关系最近。基于B2L基因和F1L基因的遗传进化分析,其分离得到的病毒株与国内不同地区分离毒株的遗传差异不大。该研究为ORFV的后续研究提供了临床试验材料和流行病学依据。 相似文献
2.
从河南省新郑市某肉鸡场分离到2株细菌,进行了显微镜检、菌落形态观察、16SrRNA基因序列比较分析。结果显示,2株分离株与奇异变形杆菌(Proteus mirabilis)参考株的相似性为99.4%~99.6%,且在进化树中位于同一分支;彭氏变形杆菌(Proteus penneri)NBRC 105705株与奇异变形杆菌在相对较近的一级分支,相似性为98.8%~99.3%,大于其与普通变形杆菌(Proteus vulgaris)和豪氏变形杆菌(Proteus hauseri)的相似性98.5%和98.7%。结果表明分离到的2株细菌为奇异变形杆菌,彭氏变形杆菌NBRC 105705株与奇异变形杆菌的亲缘关系最近。 相似文献
3.
《天津农学院学报》2016,(4)
利用大体病理剖检、病理组织学观察、病原分离、PCR检测等方法对长春郊区一例猪圆环病毒病进行了病理学和病原学诊断,证实造成病猪死亡的原因为猪圆环病毒2型(porcine circovirus2,PCV2)感染所致,并将该分离毒株命名为PCV2-JL/China/2015。参照Genbank已公布的PCV2基因序列,设计合成一对用于PCV2全基因序列扩增的特异性引物,成功获得PCV2-JL/China/2015毒株的全基因序列。序列测定结果显示,PCV2-JL/China/2015毒株基因组全长为1 767 bp;遗传进化树分析结果显示,该分离株与我国湖南长沙病毒株FJ594471-1C01分离株亲缘关系较近,处于同一进化分支上。 相似文献
4.
为了解河南地区鸡传染性法氏囊病毒(IBDV)的流行特征,研究了分离于河南新乡地区某发病鸡场的1株IBDV(XX511毒株)VP2基因的分子流行病学特征。根据Gen Bank公布的IBDV基因组序列信息,设计合成特异性引物,应用RT-PCR方法对分离于新乡某发病鸡场的IBDV野毒株XX511的VP2高变区进行克隆及分析,并将XX511毒株的VP2高变区中与毒力相关的2个亲水区及七肽区与国内外其他参考毒株进行序列比对,绘制进化树。结果显示,XX511毒株与超强毒株D49706、AJ878898的VP2基因高变区氨基酸序列的同源性均为96.8%,与广东地区JQ911703毒株具有100%的同源性。与参照的经典毒株相比,XX511毒株在第一亲水区发生了1个氨基酸位点的突变。通过与国内外(包括河南地区)其他流行毒株的比对及进化分析发现,XX511毒株与2012年广东流行JQ911703毒株处于同一分支。 相似文献
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为调查青岛地区空肠弯曲菌(C.jejuni)的流行状况,采集青岛地区不同分离地点的鸡盲肠棉拭子及内容物98份,经分离鉴定得到23株C.jejuni,分离率达到23.47％.应用C.jejuni的马尿酸酶(Jej)基因作为分子标记,对分离到的23株C.jejuni分离株和4株C.jejuni上海分离株进行分析,并与8株已知的C.jejuni序列进行相似性比较,构建系统进化树,对其系统进化关系进行分析.结果表明,分离菌株及已知菌株均能扩增出774 bp的Jej基因片段,得到11个不同的序列,有11个核苷酸变异位点,变异率为0.13％～1.42％;基于Jej基因构建的进化树表明,分离株分为2个分支,其中4株分离株与C.J-NCTC11168和C.J-IA3902亲缘关系近,1株与C.J-RM1221、C.J-S3亲缘关系近,2株与上海分离株亲缘关系比较近;2株与C.J-81116、C.J-M1组成另外一个分支. 相似文献
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《沈阳农业大学学报》2020,(3)
红斑丹毒丝菌(Erysipelothrix rhusiopathiae)是引起急性、热性猪丹毒的病原菌,是人兽共患病的病原。猪丹毒临床症状和病理变化与非洲猪瘟的症状和病理变化极为相似,容易混淆。从病死猪的肝脏和肺脏中分离到两株革兰氏阳性短杆菌,进行生化试验和药敏试验,并扩增16S rDNA和主要表面保护性抗原(spaA)基因并测序。将纯化后的细菌接种小鼠,测定分离菌的致病性。以国内外已发表的32条spaA基因序列为参考,用DNAstar软件分析分离菌spaA基因的遗传进化关系。登录生物信息学网站在线预测spaA蛋白三级结构。结果表明:两株分离株16S rDNA基因序列与GenBank中丹毒丝菌序列同源性达90%以上,确定为丹毒丝菌,分别命名为LN201801和LN201802。分离菌株均能分解葡萄糖、果糖、乳糖,不分解蔗糖、甘露醇和山梨醇,MR试验和VP试验均为阴性。LN201801和LN201802对青霉素和头孢噻肟高度敏感,对杆菌肽、恩诺沙星、阿奇霉素耐药。分离菌株spaA基因长1881bp,与已知强毒株Fujisawa序列同源性为99.9%。系统进化树分析表明,LN201801、LN201802与合肥分离株、安徽分离株、湖南分离株、湖北分离株位于同一分支上,提示该病可能存在跨地区传播。蛋白质在线预测结果显示,spaA蛋白分子量为72.294ku,分子式为C3260H5104N854O956S23,为脂溶性蛋白,性质稳定。该蛋白有337个B细胞表位,两个主要结构域(domain)。本研究为猪丹毒的诊断和治疗提供了方法,为该病的防控和开发亚单位疫苗提供候选菌株。 相似文献
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为研究2015年重庆市荣昌部分腹泻猪场是否有猪流行性腹泻病毒的感染与流行,对猪流行性腹泻病毒ORF3(Open reading flame 3)基因进行克隆及序列分析研究。通过从疑似流行性腹泻病毒感染的猪场采集小肠组织,采用RT-PCR方法对猪流行性腹泻病毒的ORF3基因进行克隆。结果表明,所获得的ORF3基因ORF长675bp,编码223个氨基酸。通过DNAMAN软件分析,表明本研究中克隆的ORF3基因与CV777标准株(AF353511)的ORF3基因相似性为96.45%,与中国的NJ(KJ642645)的相似性最高,为99.41%,与attenuated DR13疫苗株(EU054930)相似性90.52%,而与CV777疫苗株(GU372744)相似性仅79.07%。系统进化树分析表明,该基因与中国毒株、韩国毒株以及美国分离株USA/Illinois 201/2014(KR265795)处于同一进化分支上,而attenuated DR13疫苗株、CV777 truncated疫苗株和欧洲的CV777标准株处于另一个进化分支上,说明该基因与中国毒株、韩国毒株的遗传距离最近。通过B细胞抗原表位预测分析,发现其氨基酸第65~68、114~116、137~140和150~154区域可能有潜在的优势抗原表位。成功克隆了猪流行性腹泻病毒ORF3基因,说明2015年重庆市荣昌部分腹泻猪场存在猪流行性腹泻病毒的感染。 相似文献
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【目的】前期笔者课题组对北京地区蜂群进行了常见病毒感染情况的调查,发现蜜蜂慢性麻痹病毒（Chronic bee paralysis virus,CBPV）在病蜂群中的检出率显著高于在健康蜂群中的检出率,据此推测可借助病蜂群对CBPV进行研究。鉴于目前国内CBPV流行病学数据的匮乏,论文旨在了解中国主要养蜂区病蜂群中CBPV的分布及遗传变异情况,以期为该病的防控提供依据。【方法】2014-2015年间从四川、安徽、浙江、河南、山东、山西、黑龙江、北京8个主要养蜂省（市）共采集到136份病蜂样品,采用RT-PCR法检测CBPV的感染情况。每份样品随机选取10只蜜蜂,取其头部,利用Trizol法提取样品的总RNA;通过凝胶电泳及NanodropND-2000对总RNA的质量进行定性与定量检测。以样品总RNA为模板合成cDNA第一条链,而后以cDNA为模板扩增CBPV的特异性片段。所有扩增片段均进行琼脂糖凝胶电泳,对部分阳性样品进行测序与序列分析;通过扩增片段与阳性片段的比对确定每份样品中CBPV的检出情况。为研究CBPV中国分离株的系统发育特性,以样品cDNA为模板,扩增全部阳性样品的RdRP基因（RNA-dependent RNA polymerase）特异性片段,而后进行测序与序列分析。将序列提交至GenBank获取基因登录号。对获得的分离株的RdRP基因与GenBank上发表的相应序列进行比较分析,利用CLUSTAL W软件对全部参考序列及本研究获得的分离株的对应序列进行同源性比对,应用软件MEGA 6.0 中邻接法（neighbor-joining）对所有序列绘制系统进化树。【结果】蜜蜂头部总RNA质量检测结果显示,所有样品的总RNA相对完整,且浓度处于（980.5±37.1）ng·L-1范围内,A260/A280 在1.92-2.24。CBPV感染率检测结果显示,136份病蜂样本中共检出120份CBPV阳性样品,阳性率高达88.2%。全部阳性样品的电泳结果可见与预期大小一致的特异性片段,其序列与靶序列同源性达到99%以上。RdRp基因特异性片段的序列分析表明,本研究共获得8个CBPV中国分离株,其序列与多种其他地区的CBPV的相应序列同源性达到97%以上。中国分离株GenBank登录号分别为KT374042-KT374049。对其系统进化树分析后可知,世界流行的CBPV分离株可分为5个进化分支：两个欧洲分支（European clade 1、 European clade 2）,两个中日混合分支（Chinese -Japanese clade 1、Chinese-Japanese clade 2）和一个美国分支（US clade）。获得的8个中国分离株均存在于同一进化分支上,且与之前得到的6个江苏分离株以及4个日本分离株共同形成两个混合分支。【结论】进一步证实了中国病蜂群中普遍存在CBPV感染;系统进化关系表明,目前国内CBPV分离株之间的遗传关系无明显地域性特征,与日本分离株亲缘关系较近。有关CBPV的监测工作亟需加强,且其预警作用需引起重视。 相似文献
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旨在明确内蒙古地区猪传染性胃肠炎流行毒株S基因遗传进化关系,为该病的防控提供依据。对内蒙古赤峰市采集的腹泻样品进行TGEV分离鉴定,成功分离到1株TGEV,将其命名为TGEV-CF(NMG)株。对TGEV-CF(NMG)株进行S基因的克隆、测序并与国内外已报道的25条基因序列进行比对和遗传进化分析。遗传进化分析结果表明,TGEV-CF(NMG)株与中国的attenuated H株和H16株亲缘关系最近,位于同一分支上。核苷酸序列比对结果显示,TGEV-CF(NMG)株与其他25株TGEV的同源性在95.1%～99.2%之间,其中与中国H16株同源性最高,为99.2%。表明分离株TGEV-CF(NMG)的S基因保守性较高,可作为制备TGEV疫苗的重要候选毒株。 相似文献
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在东北林业大学校园内的山楂叶悬钩子(Rubus crataegifolius Bge.)上发现了1种枯枝病,对其病原菌进行分离纯化,通过PDA菌丝体对健康的山楂叶悬钩子进行柯赫氏证病法验证,20 d后烧伤处理接种病原菌的山楂叶悬钩子枝条上出现典型症状;结合形态学鉴定以及rDNA-ITS、26S rDNA D1/D2、EF-1a序列的比对分析,确认引起山楂叶悬钩子枯枝病的病原菌为火炬树暗葡腔菌(Phaeobotryon rhois),该病害为山楂叶悬钩子的国内新病害。 相似文献
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【目的】明确福建省政和县云烟87上新发生的一种细菌性病害的病原菌,为进一步探讨其发病规律并制定有效的防控措施提供理论依据。【方法】采用平板划线分离法对采自福建省政和县的罹病云烟87烟叶进行病原菌分离纯化,对分离获得的细菌菌株通过柯赫氏法则验证其致病性,并采用生物学特征、生理生化反应及特异性引物检测、16S rDNA序列分析等明确其分类地位。【结果】从病叶上分离纯化获得15株细菌,经柯赫氏法则证明15株细菌菌株均为该病害的致病菌,且致病力无明显差异。分离菌株在NA培养基上培养1~2 d后,菌落为白色隆起,边缘不规则且黏稠,菌体短杆状,极生4根鞭毛,革兰氏染色反应阴性;经8项关键性生理生化特性测定、Biolog 94种表型测试、烟草野火病菌特异性引物检测及16S rDNA基因序列分析,将15株细菌菌株鉴定为扁桃假单胞菌烟草致病变种（Pseudomonas amygdali pv.tabaci）。【结论】引发福建省政和县烤烟叶部细菌性病害的致病菌为扁桃假单胞菌烟草致病变种。 相似文献
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对福建省建宁县中华猕猴桃（Actinidiachinensis）的几个栽培果园的细菌性花腐病进行了调查．结果表明,该病害的主要症状是花或花苞褐色腐烂,叶呈现角状枯斑．该病的发生、流行与开花期的温、湿度和花的生态位有关．分离、接种、鉴定的结果认为该病的病原属于萨氏假单胞菌（Pseudomonassavastanoi）遗传种． 相似文献
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福建坛紫菜赤腐病的病程及病原鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
于2011年10月-2012年2月,对福建省福鼎市、霞浦县、泉州市和晋江市等海区发生的坛紫菜腐烂病害进行了研究.通过观察发病特征以及镜检,详细记录了该病害的侵染过程,并在发病组织中观察到双鞭毛游动孢子以及孢子囊、雄器和藏卵器等重要结构特征,病菌形态与条斑紫菜上的紫菜腐霉相似;利用半海水玉米琼脂培养基分离提纯该病菌,命名为FM1.经感染试验证实,FM1引起的发病症状与自然海区患病紫菜的症状一致,说明FM1为致病菌.通过扩增该菌核糖体DNA ITS序列,并构建基于ITS+5.8S序列的N-J系统发育树,结果显示FM1菌株与紫菜腐霉的ITS区相似度很高,达到99%.综合形态学及ITS序列分析确定,紫菜腐霉是导致此次病烂的主要病原菌,该病原菌引起的病害称为"赤腐病". 相似文献
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【目的】 研究甜菜黄萎病病原及病名,为有效防治该病害奠定基础。【方法】 采用常规组织分离法对病株叶柄组织进行分离、纯化;通过牙签接种法对纯培养菌株进行致病性测定;结合形态学特征与多基因序列分析方法对病原菌进行鉴定。【结果】 分离菌株的菌落形态、分生孢子梗、分生孢子以及厚垣孢子的形态与变黑轮枝菌(Gibellulopsis nigrescens)基本一致; 基于ITS、LSU及ACT基因构建的系统进化树显示,菌株BV4均与经G. nigrescens 聚为一支,且同源性分别为99%、99%、100%。【结论】 G. nigrescens可侵染甜菜并引起甜菜黄萎症状,所致病害可定名为甜菜黄萎病。 相似文献
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【目的】了解引起广西仔猪腹泻的主要病毒病原及其分子流行病学特点,为其防控提供理论依据。【方法】采用RT-PCR对2011年至2012年7月从广西11个城市的养猪场采集的232份病料进行猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪轮状病毒（PoRV）检测和流行病学调查;对部分PEDV阳性病料的M基因进行克隆,并与国内部分省（市）及国外的一些M基因序列进行比对和遗传进化分析。【结果】广西11个城市采集的232份病料中PEDV、PoRV的阳性率分别为37.50%和0.03%,而TGEV均为阴性。对部分PEDV阳性病料进行M基因扩增,获得14条M基因,其核苷酸同源性及推导氨基酸序列同源性分别为97.4%~100.0%和96.0%~100.0%。将扩增获得的14条PEDV M基因与GenBank上发表的40条国内外PEDV M基因进行比对分析,发现有13条同位于一大支上（G1）,其中9条与我国2011年分离获得的广东、四川、江苏参考株及泰国2008年分离获得的5条参考株、韩国2007年分离获得的两条参考株同位于G1-1上,4条与我国2011年分离获得的江西、江苏、广东、福建毒株及江苏2004年分离株JS-2004-2 同位于G1-2上。另外一条PEDV M基因（NNA-11）却与其余13条相距较远,位于G2上。【结论】从2011年至今致使广西仔猪腹泻的病毒主要是PEDV,各市均有不同程度感染,且感染全年存在;大部分广西流行毒株与2011年以来我国广东、福建、江苏、江西四省流行毒株的亲缘性较高,与2007年以来泰国、韩国的流行毒株亲缘关系也非常密切,但与我国2006年前分离获得的北方毒株、经典疫苗株、韩国疫苗株相距较远。 相似文献
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为筛选适宜在温热地区栽培的芦笋品种,笔者观察测定了‘新王朝F1’、‘达宝利F1’、‘格兰德F1’、‘Thielim F1’、‘Gijnlim F1’、‘UC157 F2’、‘井冈701’、‘井冈红’和‘京绿芦1号’等9个芦笋品种的成株期农艺性状、抗病性和耐寒性的差异。结果表明：‘格兰德F1’株高、茎秆数、茎秆直径、第一分支高度分别为127.0 cm、8.2根、9.2 mm和37.8 cm,笋尖较紧密、长势较强、抗病能力较强、耐寒性好最适宜在福建地区栽培种植;‘Gijnlim F1’、‘京绿芦1号’、‘达宝利F1’、‘新王朝(New Dynasty)F1’笋尖较紧密、长势较强,株高、茎杆数、茎秆直径和第一分支高度等农艺性状较好,抗病能力较强,耐寒性较好,较适宜在福建地区栽培生产;‘井冈红’为紫色四倍体,茎秆粗壮,但其茎秆数偏低,可以作为特色品种种植。 相似文献