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为了研究高强度人工选育下杜洛克猪群的近交情况和鉴定与经济性状相关的基因,本研究采用“中芯一号”50K SNP芯片对96头杜洛克猪进行全基因组检测。利用全基因组单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)数据,计算多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC)、基于SNP分子信息的近交系数(FGRM);统计长纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH)长度、数量及分布,计算基于ROH的近交系数(FROH)、在高频ROH区域鉴定候选功能基因。结果显示：多态信息含量为0.27,最小等位基因频率(Minor Allele Frequency,MAF)为0.26,平均观察杂合度(Observed Heterozygosity,Ho)为0.35,平均期望杂合度(Expected Heterozygosity,He)为0.34,FHOM为0.023,FGRM为-0.023。共检测到ROH3151个,平均长度4.08Mb,FROH＿tatol为0.059。在... 相似文献
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旨在利用长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)信息评估不同绵羊群体的近交情况,并鉴定与绵羊经济性状相关的基因。本研究基于Illumina Ovine SNP50芯片对来自10个绵羊群体共440个个体进行全基因组ROH检测,统计ROH在不同绵羊群体中的数目、长度及频率,根据ROH计算基因组近交系数(F_(ROH)),并对高频ROH区域进行基因注释。结果,在10个绵羊群体中共检测到25 920个ROH片段,不同绵羊群体ROH的数目、长度、频率及分布存在明显差异。ROH平均数目的变化范围从10.17个(苏尼特羊)到95.99个(杜泊羊),平均长度的变化范围从2.04 Mb(四川藏羊)到4.71 Mb(罗布羊),平均F_(ROH)的变化范围从0.010(苏尼特羊)到0.172(杜泊羊)。引进品种的(杜泊羊和德美羊)平均F_(ROH)明显高于地方品种。在地方绵羊群体中,西藏藏羊(0.085)具有最高的平均F_(ROH)。在高频ROH区域鉴定到26个与绵羊经济性状相关的基因,如与生长发育相关的基因NCAPG、LCORL、PRKAA2、FAIM2和HYDIN,与脂肪代谢相关的基因LEPR、WNT10B和NCKAP5L,与肉质及胴体性状相关的基因CDIPT、CAPN3和FGF9。基于ROH评估的近交情况可为绵羊种群育种和保种提供参考依据,鉴定到的候选基因可以作为绵羊标记辅助选择重要的基因。 相似文献
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《家畜生态学报》2021,42(4)
该研究旨在检测与中国荷斯坦牛体型性状(肢蹄结构和乳房形态)相关的显著位点和候选基因。在300头中国荷斯坦牛群体中,利用GeneSeek Genomic Profiler Bovine 50 K SNP chip芯片进行基于混合线性模型全基因组关联分析。分析结果经过Bonferroni校正后,共检测到25个显著SNPs(P1/40501)位点,其中8个与肢蹄结构相关,17个与乳房形态相关。基于显著SNP位点寻找候选基因,鉴定到与乳腺癌相关候选基因ZMYND8、PTK2及与调节多种代谢通路相关的基因LEP、OSTF1等基因。该研究为解析中国荷斯坦牛肢蹄结构和乳房形态性状提供可能的候选基因,同时为奶牛的分子育种提供重要理论支持。 相似文献
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【目的】探究中国荷斯坦奶牛牛嘴宽度的群体规律,并估计其遗传参数。【方法】2021年7月至2021年8月分别在2个规模化奶牛场测定了628头泌乳期荷斯坦奶牛的牛嘴宽度及臀高、体高、体斜长和胸围等体尺性状,同时利用体斜长和胸围估计试验牛体重。利用SPSS 26.0软件分析了牧场、月龄和泌乳阶段等因素对牛嘴宽度的影响,以及牛嘴宽度与各体尺性状之间的相关关系;基于DMU软件采用单性状动物模型估计了牛嘴宽度的方差组分及遗传力。【结果】荷斯坦奶牛牛嘴宽度的群体平均值为17.28 cm,变异系数为5%,变异相对较小;牧场和月龄对牛嘴宽度均有极显著影响(P<0.01),泌乳阶段对牛嘴宽度有显著影响(P<0.05),牛嘴宽度随母牛月龄的增加呈逐渐增加的趋势,泌乳初期牛嘴宽度显著小于其他泌乳阶段(P<0.05);牛嘴宽度与各体尺性状之间存在极显著正相关(P<0.01);荷斯坦奶牛牛嘴宽度的遗传力估计值为0.28,为中高遗传力性状。【结论】牧场和月龄对奶牛牛嘴宽度影响极显著,泌乳阶段对奶牛牛嘴宽度影响显著,牛嘴宽度与臀高呈较弱相关。荷斯坦奶牛牛嘴宽度是一个具有中高遗传力的体尺性状。 相似文献
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试验旨在快速有效地检测泌乳奶牛的二酰甘油转酰基酶1（diacylgycerol acyltransferase 1,DGAT1）乳脂量性状的优势等位基因K232A单核苷酸多态性,确定DGAT1基因型进而确定泌乳性状,为中国荷斯坦奶牛分子标记辅助选择提供技术支持。选取6头泌乳初期（3头为高乳产量牛,3头为低乳产量牛）中国北方荷斯坦奶牛为研究对象,提取乳腺组织基因组DNA,分别设计1对外引物和1对内引物,建立一种四引物ARMS-PCR体系快速检测奶牛乳腺组织DGAT1基因单核苷酸多态性。结果发现,外引物扩增片段长度为512 bp,为PCR反应的阳性对照,基因型为232K扩增片段长度为369 bp,基因型为232A扩增片段长度为181 bp。PCR结果显示,6头牛的乳腺组织样本均由外部引物扩增出长度为512 bp的片段,泌乳期高乳产量奶牛和泌乳期低乳产量奶牛乳腺组织的特异性扩增片段长度均为181 bp。表明本研究选取的6头奶牛样本DGAT1基因K232A多态性均为232A型。提示该PCR鉴定方法能够快速有效地鉴定奶牛DGAT1基因型,可用于中国荷斯坦奶牛分子标记辅助选择。 相似文献
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中国荷斯坦牛初产日龄遗传评估及全基因组关联分析 总被引：2，自引：0，他引：2
基于高通量SNPs测序的全基因组关联分析为奶牛繁殖性状相关基因的探索提供了契机。本研究基于课题组前期中国荷斯坦牛基因组测序芯片的结果,通过DMU(v 6.0)采用AI-REML结合EM算法的动物模型对北京地区2001-2011年10年间19 111头中国荷斯坦母牛初产日龄记录进行遗传参数估计,并应用PLINK(v 1.07)将大群估计的2 172头中国荷斯坦母牛初产日龄性状的育种值(EBV)作为表型值,进行基于无关群体设计的全基因组关联分析。通过全基因组水平的Bonferroni校正,共检测到1 700个SNPs与初产日龄显著相关。选取P值达到10-15的43个SNPs进行初步分析,其中12个位于X染色体上。显著SNPs上下游200kb范围内存在KLHL4、TRAM1、TRAM2、ZNF438、MATK等繁殖障碍疾病相关基因。7号染色体1 Mb(20.42~21.52 Mb)区域内多个SNPs位点与初产日龄显著相关。这些基因和区域可以作为影响初产日龄性状的重要候选基因和区域,为揭示奶牛繁殖性状的分子遗传基础积累了素材。 相似文献
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不同来源大白猪总产仔数近交衰退评估 总被引：2，自引：2，他引：0
旨在评估两个不同来源大白猪群体经过近8个世代的选育后总产仔数（total number of piglets born，TNB）近交衰退的程度。本研究对1 937头大白猪使用GeneSeek GGP Porcine HD芯片进行分型，其中1 039头来自加系大白猪和898头来自法系大白猪，且两品系均有表型记录和系谱记录，系谱共由3 086头大白猪组成。分别使用系谱、SNP和ROH进行个体近交系数估计，并将近交系数作为协变量利用动物模型对总产仔数进行近交衰退评估。为了精准定位导致总产仔数衰退的基因组片段，又进一步对每条染色体以及显著染色体分段计算近交系数并估计其效应，检测是否能引起总产仔数发生近交衰退现象。对于加系群体，FROH、FGRM和FPED估计的近交系数均值分别为0.124、0.042和0.013，其中FROH和FPED相关最高，相关系数为0.358；对于法系群体，FROH、FGRM和FPED均值分别为0.123、0.052和0.007，其中FROH和FGRM相关最高，相关系数为0.371。利用3种不同计算方法所得近交系数用于估计近交衰退时，加系群体的总产仔数均检测到显著的近交衰退，而且当FROH、FGRM和FPED每增加10%时，总产仔数分别减少0.571、0.341和0.823头；但法系群体仅有FROH估计的总产仔数检测到显著近交衰退，FROH每增加10%时，总产仔数减少0.690头。为了锁定相关的染色体和基因组区段，首先利用ROH估计每条染色体近交系数并进行近交衰退分析发现，加系群体中检测到第6、7、8和13号染色体产生了显著近的总产仔数交衰退，而法系群体未检测到与近交衰退相关的染色体。然后，又将与加系总产仔数近交衰退显著相关的4条染色体平均分为2、4、6、8个片段进行近交衰退检测，其中平均分成8段后的染色片段的长度范围为15.1~25.8 Mb。在第6、7和8号染色体分别检测到1、2和3个与总产仔数相关的近交衰退染色体片段。这些区域注释到了CUL7、MAPK14和PPARD基因与胎盘发育相关，AREG和EREG基因与卵母细胞成熟有关。本研究利用3种近交系数计算方法对两个不同来源的大白猪总产仔数进行近交衰退评估，在加系大白猪中3种估计方法都能检测到近交衰退的现象，而法系群体中只有FROH才能检测到。而且通过ROH方法进一步确定了能引起加系大白猪总产仔数衰退的4条染色体和6个特定的染色体区段，还注释到了与繁殖相关的候选基因。这为揭示近交衰退的遗传机制提供了新的研究手段，也为基因组选种选配提供了参考依据。 相似文献
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作者所在团队前期通过奶牛乳腺上皮组织转录组测序及荷斯坦公牛全基因组重测序研究发现RPL23A和ACACB基因是奶牛乳蛋白和乳脂性状的候选功能基因,本研究旨在探究这两个基因是否对奶牛产奶性状具有显著遗传效应。以北京地区7个牧场的1059头中国荷斯坦母牛为试验群体,采集尾根静脉血并提取基因组DNA,通过飞行时间质谱方法检测SNP位点基因型,利用SAS9.4软件的MIXED过程进行关联分析。结果表明,RPL23A基因的SNP位点g.20146771C>T与第1泌乳期5个产奶性状达到显著或极显著关联(P=0.0001~0.0416),其优势等位基因为T;ACACB基因的g.63878254T>C位点与第1泌乳期产奶量、乳脂量和乳蛋白量呈极显著关联(P<0.01),其优势等位基因为C;g.63962768G>A位点与第1泌乳期产奶量、乳脂量、乳脂率和乳蛋白率关联显著或极显著(P=0.0001~0.0391),其优势等位基因为A。综上,RPL23A基因主要影响中国荷斯坦牛产奶量和乳蛋白,ACACB基因对产奶量和乳脂具有显著遗传效应,3个SNP位点可考虑作为遗传标记用于标记辅助选择培育奶牛高乳蛋白乳脂新品系和选育提高。 相似文献
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【目的】试验旨在对肃南牦牛进行群体遗传结构、选择信号分析和连续纯合片段(ROH)检测,挖掘肃南牦牛的种质特性相关基因。【方法】选择肃南牦牛、巴州牦牛、斯布牦牛、九龙牦牛和天祝白牦牛5个牦牛品种共计48头牦牛进行全基因组重测序,采用基因组变异检测流程(GATK)获得高质量的单核苷酸多态性(SNP)标记进行下游分析;对5个牦牛品种的基因型数据进行主成分分析、祖先成分分析和系统进化树分析以确定其群体结构;对5个牦牛群体进行ROH检测以及近交系数计算;采用综合单倍型评分(iHS)方法筛选共有高频ROH区域内受选择位点。【结果】5个牦牛品种共鉴定出15 092 883个SNPs,主要分布于内含子区域。亲缘关系计算结果显示,所有个体均不存在三代以内亲缘关系,满足后续分析要求。主成分分析表明,5个牦牛品种可以显著地分为5个类群,其中肃南牦牛群体内遗传变异较小。群体结构分析显示,肃南牦牛包含其他4种牦牛祖先成分,其中天祝白牦牛祖先成分所占的比例最大。ROH分析显示,5个牦牛品种共检测到8 426个ROHs片段,其中高频ROH区域421个。相比于其他4个牦牛品种,肃南牦牛的ROH片段总长度和数目最多,具有较高的连锁程度,其近交系数远大于其他牦牛群体。在肃南牦牛高频ROH区域上注释得到465个候选基因,主要富集到与机体发育、大脑形态形成、脂肪氧化相关的通路,包括胚胎骨骼系统形态发生、前后模式规范、甲状腺发育通路和Hippo通路,其中与胚胎发育及组织分化过程相关的基因有同源框A3(HOXA3)、HOXA5、HOXD3,与肉品质相关的基因有花生四烯酸12B (ALOX12B)、ALOX15B、ALOXE3,与中脑发育相关的基因为成纤维细胞生长因子8(FGF8)。在7号染色体1个高频ROH区域中(Chr7:12 661 870-13 045 935)鉴定到3个共享基因(核内不均一性核糖核蛋白K (HNRNPK)、驱动蛋白27(KIF27)、G激酶锚定蛋白1(GKAP1))与牦牛共有的高原适应性有关。对共有高频ROH区域内的位点进行iHS分析,鉴定到的受选择基因主要与抗病性、内质网分泌蛋白加工及细胞周期调节相关,包括N-α乙酰转移酶25(NAA25)、内质网分子伴侣29(ERP29)、跨膜蛋白16(TMEM116)、TRAF型锌指结构域蛋白1(TRAFD1)、HECT结构域E3泛素连接酶4(HECTD4)基因。【结论】本研究从全基因组水平系统评估肃南牦牛的遗传多样性和遗传背景,鉴定了肃南牦牛ROH区域内与表型相关的基因,并重点挖掘了与其他牦牛品种共享高频ROH区域内的受选择基因,为肃南牦牛种质资源开发、利用提供了重要理论依据。 相似文献
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旨在利用覆盖全基因组和性状的特异性SNPs标记预测和牛、西门塔尔牛与荷斯坦牛杂种优势,为牛杂种优势利用和选种选配提供参考依据。本研究分别利用牛Illumina Bovine HD 770 K和GGP Bovine 100 K芯片对464头和牛、1 222头西门塔尔牛和43头荷斯坦牛3个亲本群体进行基因型分型,并通过牛QTLs数据库筛选与目的性状对应的QTLs,对比牛参考基因组映射得到与初生重、周岁重、胴体重性状相关的特异性SNPs;然后构建覆盖全基因组和性状特异性SNPs两种标记状态同源矩阵,通过计算杂交组合亲本间的遗传距离来预测品种间杂种优势,并利用配合力分析验证较优组合的实际杂交效果。结果表明,基于全基因组和性状特异性SNPs计算的各杂交组合遗传距离差异不显著。在全基因组水平上,西门塔尔牛♂×荷斯坦牛♀（S×H）与和牛♂×荷斯坦牛♀（W×H）亲本间杂交组合遗传距离分别为0.346 1和0.338 9;在初生重、周岁重和胴体重性状上,S×H亲本间遗传距离分别为0.343 1、0.348 7和0.336 7,而W×H遗传距离分别为0.337 6、0.340 7和0.329 2;两种SNPs标记计算的遗传距离均为S×H较大,W×H次之。因此,在初生重、周岁重、胴体重性状上,S×H为较优杂交组合。通过分析德系西门塔尔牛♂×荷斯坦牛♀实际杂交群体的配合力,发现10个父系在初生重性状上一般配合力和特殊配合力均为正效应,最高效应值分别达到3.760 9和8.931 2。西门塔尔牛与荷斯坦牛杂交可在初生重、周岁重和胴体重获得较高的杂种优势。 相似文献
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中国荷斯坦奶牛催乳素基因多态性与泌乳性能关联性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】为了了解中国荷斯坦奶牛催乳基因多态性与泌乳性能的关联性,【方法】采用PCR-RFLP技术对新疆地区357头中国荷斯坦奶牛催乳素(PRL)基因多态性进行了分析。【结果】表明,检测到三种基因型(AA、AB、BB)的基因型频率分别为0.6466、0.2461、0.1073。【结论】催乳素基因在此中国荷斯坦奶牛群体中处于Hardy-Weinberg不平衡状态。催乳素基因的杂合度为0.1008,有效等位基因数为0.8943,多态信息含量为0.1001,属于低度多态。同时对所发现的多态位点与奶牛产奶性状的关系进行了分析,探讨了催乳素基因作为影响中国荷斯坦牛产奶性状候选基因的可能性。 相似文献
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为研究近交对中国荷斯坦牛泌乳性能影响，收集2008年5月至2022年2月河南37家奶牛场67 150头中国荷斯坦牛1～5胎次共128 282条泌乳性能记录数据，筛选后用于分析的数据共23 933头奶牛40 737条数据。个体近交系数Fped是基于系谱信息采用R(v4.1.2)nadiv包计算，将奶牛按照近交系数分为无近交组(Fped=0)、低近交组(Fped≤6.25%)和高近交组(Fped>6.25%)3个组。采用R(v4.1.2)方差分析(aov)函数，分析不同近交系数分组对泌乳性能指标的影响。采用DMU软件(v6)和动物模型按照总数据和分胎次对泌乳性能进行近交衰退评估，在评估模型中近交系数作为协变量，近交系数回归系数即为近交衰退效应值，并进行显著性检验。结果表明：近交对奶牛305 d产奶量、305 d乳脂量和305 d乳蛋白量有极显著影响；近交系数每增加1%,305 d产奶量、305 d乳脂量和305 d乳蛋白量分别减少8.55 kg(P<0.01)、0.22 kg(P<0.... 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2017,(11)
为了分析脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FASN)基因的多态性及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的相关性,试验选取230头荷斯坦奶牛,采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(Restriction fragment length polymorphism-polymerase chain reaction,RFLP-PCR),对FASN基因3'-UTR区和外显子部分片段的多态性进行检测,并对突变位点与奶牛产奶性状的相关性进行分析。结果表明:在所分析的片段中,检测到3'-UTR区存在一个C→T碱基的置换突变(g.51403203CT);该突变位点为Bam HⅠ酶的自然酶切位点,酶切后存在CC、TC、TT三种基因型,TT基因型的乳脂率和脂蛋白比显著高于TC基因型、CC基因型(P0.05),而三种基因型间乳蛋白率和305 d产奶量差异不显著(P0.05)。 相似文献
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前期研究通过荷斯坦公牛全基因组重测序鉴定到17个奶牛产奶性状候选功能基因,其中,肽基脯氨酸顺反异构酶基因(PIN1)参与甘油三酯代谢、甘油磷脂代谢以及mTOR信号通路,且位于产奶量和乳蛋白量性状QTL区间。为进一步系统分析PIN1基因是否对奶牛产奶性状具有遗传效应,本实验基于40头公牛的基因组DNA混池,采用PCR产物直接测序法对PIN1基因的全部编码区以及上下游调控区2000 bp进行扫描,在内含子2检测到1个SNP位点7:g.14432394G>A,A、G等位基因频率分别为0.4797和0.5203。采用靶向测序基因型技术对北京地区987头中国荷斯坦母牛进行个体基因型检测,对SNP位点7:g.14432394G>A与5个产奶性状进行关联分析。结果表明:在第1泌乳期,SNP 7:g.14432394G>A与产奶量、乳脂量、乳蛋白量和乳蛋白率呈显著或极显著关联(P=0.0001~0.0493);在第2泌乳期,SNP与产奶量、乳脂量、乳脂率和乳蛋白量呈显著或极显著关联(P=0.0001~0.0104);SNP位点7:g.14432394G>A对产奶量、乳脂量、乳蛋白量和乳蛋白率的加性效应或等位基因替代效应均达到显著或极显著。综上,PIN1基因对中国荷斯坦牛的产奶量和乳蛋白、乳脂性状具有显著遗传效应,可作为遗传标记用于基因组选择,以加快遗传进展。 相似文献
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荷斯坦牛和娟珊牛作为目前分布广泛的主要奶牛品种,其泌乳性能各有优势。为了比较二者泌乳性能的差异,收集了江苏某大型牧场2015年9月至2016年12月间共25489条DHI记录,用多因素方差法分析不同胎次、泌乳阶段和产犊季节娟珊牛与荷斯坦牛泌乳性能的差异。结果表明:娟珊牛与荷斯坦牛泌乳性状之间存在极显著差异,娟珊牛乳脂率和蛋白率极显著高于荷斯坦牛,而荷斯坦牛产奶量相关性状(日产奶量、校正奶量、高峰奶量、305天奶量以及成年当量)极显著高于娟珊牛(P0.01)。不同胎次、泌乳阶段和产犊季节娟珊牛和荷斯坦牛的泌乳性能比较结果总体上也符合上述趋势,但头胎娟珊牛校正奶量极显著高于头胎荷斯坦牛(P0.01),三胎娟珊牛的高峰日极显著大于荷斯坦牛(P0.01)。该结果表明娟珊牛和荷斯坦牛泌乳性能各有优势。 相似文献
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为了克服荷斯坦奶牛近交系数不断增高带来的适应性下降、繁殖力低和利用年限少等问题,试验以引进的三个品种乳肉兼用牛(即纯种西门塔尔、蒙贝利亚和弗莱威赫牛)为父本,与中国荷斯坦牛进行杂交,研究杂交一代在繁殖性能和产奶性能方面的改良效果。结果表明:蒙贝利亚杂交一代与中国荷斯坦牛的妊娠期长度差异极显著(P0.01)。弗莱威赫杂交一代的胎次对305 d产奶量有极显著影响(P0.01),蒙贝利亚杂交一代的配种次数和空怀天数对305 d产奶量有显著影响(P0.05),蒙贝利亚杂交一代与中国荷斯坦奶牛间总产奶量差异显著(P0.05)。综合各繁殖性状和对305 d产奶量的影响因素,蒙贝利亚杂交一代的繁殖性状优于其他两个品种。 相似文献
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本文介绍了目前荷斯坦奶牛健康性状的基因组评估在国外的发展情况,并对未来通过提高奶牛健康性状基因选择来增加奶牛养殖效益提出设想。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2021,(6)
为筛选中国荷斯坦牛热应激耐受力相关遗传标记,本研究从细胞水平探究了HSPB8基因的表达变化及其多态与热应激反应性状的相关性。奶牛外周血单核细胞和牛肾细胞经42℃热处理后,HSPB8基因的表达水平极显著上调;采用DNA混池测序在1 665头中国荷斯坦牛中筛查到HSPB8基因的2个SNPs,通过竞争性等位基因特异性PCR对这2个位点进行分型,与3个热应激反应性状(直肠温度、呼吸评分和流涎指数)的估计育种值(EBVs)进行关联分析,并对2个位点的连锁不平衡情况进行分析。结果显示:位于内含子2的位点g.58406728GA与流涎指数显著相关,其中AA型和AG型个体的EBVs显著低于GG型;而位于3’UTR区的位点g.58406042AG则与直肠温度显著相关,AA型个体的EBVs极显著低于GG型。此外,2个位点具有较紧密的连锁关系,选取优势单倍型组合(H1H1、H1H2、H2H2)与各性状EBVs进行关联分析,3种单倍型组合与各性状EBVs均无显著相关。本研究证明了奶牛HSPB8基因的表达受热应激诱导,g.58406728GA和g.58406042AG位点可作为重要的遗传标记用于中国荷斯坦牛耐热性能的选育。 相似文献