共查询到20条相似文献，搜索用时 15 毫秒
1.
试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因：FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。 相似文献
2.
试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因:FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。 相似文献
3.
为了探讨过表达卵泡抑素(follistatin,FST)基因对其通路上相关基因表达量的影响,本研究采用PCR方法扩增了民猪的FST基因,构建真核表达载体pcDNA3.1(+)-Dsig-FST,对转染了重组质粒的成纤维细胞进行了鉴定,并采用实时荧光定量PCR检测通路上相关基因表达量的变化。结果表明,本研究成功克隆了民猪的FST基因,并在猪胎儿成纤维细胞中显著过表达,结果导致了ActRⅡB和BMP4基因显著下调 (P<0.05),Smad4和Myostatin基因有下调趋势,ActRⅡA基因有上调趋势。由此可见,FST基因的表达变化对其通路上部分相关基因的表达有不同程度的抑制或促进作用。 相似文献
4.
民猪和大白猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释 总被引：1，自引：0，他引：1
为了筛选民猪和大白猪背最长肌中的差异表达基因,本研究采用高通量测序技术,构建了民猪(脂肪型)和大白猪(瘦肉型)背最长肌组织的数字基因表达谱,对差异表达的数字基因进行了筛选与注释,并进行了GO和通路的功能显著性富集分析.结果表明,民猪和大白猪分别获得5 000 000多条可用的标签数据(Clean tag),其中拷贝数大于100的标签所占比例最高,分别为88.62％和84.62％;完全比对到正义链上,且1个标签仅比对到1个基因的分别为2 351 788和2 388 175条.以大白猪为对照组,民猪与之相比,差异倍数在2倍以上的共有1 098个基因,其中44个上调表达,1 054个下调表达,有11个基因只在民猪中表达,256个基因只在大白猪中表达,差异表达基因中包括多个与肌内脂肪含量、脂类代谢、肉色、嫩度和肌肉生长发育相关的基因或转录子.民猪和大白猪分别预测到了23 853个和34 731个定位在猪基因组不同位置的新转录本,其中包含存在1个碱基错配的标签.民猪和大白猪之间的差异基因在细胞所处位置方面显著富集的条目有细胞质、膜旁细胞器、色素粒、水解性液泡、部分细胞内等共计18个;在基因分子功能方面显著富集的条目有蛋白结合和氧化还原酶活性2个;在参与的生物过程方面显著富集的条目有对压力的应答、对活性氧的应答和羧酸代谢过程等14个.显著富集的通路共计11个,按照P值从小到大的顺序,溶酶体、PPAR信号通路和胆汁酸合成通路为差异最显著的3个通路.本研究结果可为今后挖掘新基因和研究影响猪肉品质的遗传因素等提供理论依据. 相似文献
5.
为探究撒坝猪背脂中circRNAs的表达模式与背脂沉积的关系，本研究采用RNA-seq和生物信息学方法筛选撒坝猪和大白猪背部皮下脂肪组织差异表达circRNA，使用MiRanda预测circRNA与miRNA的靶向关系，TargetScan和miRDB预测miRNA的靶基因，对靶基因进行GO和KEGG富集分析，构建与脂质代谢相关的circRNA-miRNA-mRNA互作网络。结果显示：以|log2fold change|≥1且Padj<0.05筛选到27个差异表达circRNA，在撒坝猪中上调7个，下调20个；GO和KEGG富集分析显示，靶基因主要富集在PI3K-Akt信号通路等与脂质代谢相关的过程；circRNA-miRNA-mRNA互作网络显示，novel＿circ＿0003253上调，靶向miR-148a-3p和miR-182下调，靶基因ROCK1和SNAP23表达上调，促进脂肪生成相关基因表达，可能导致脂肪沉积速率增加，脂肪生成增多，脂滴和脂肪细胞直径增大；novel＿circ＿0002314下调，靶向miR-29b上调，靶基因SPARC下调，可能促进皮下脂肪细胞增殖。随... 相似文献
6.
为了揭示民猪优良种质特性的遗传机理,解析其低温适应机制。本试验将6头6月龄体重相近的雌性民猪随机分成2组,每组3头个体。对照组个体置于温度控制在（18±2）℃的猪舍内,试验组个体置于室外的半敞篷舍内饲养,环境温度从第1天的5℃/-5℃降到最后1天的-15℃/-24℃,共处理了58 d。两组个体均保证自由采食和饮水,试验结束后,屠宰全部个体,取背最长肌进行RNA-seq。筛选民猪骨骼肌受低温诱导的基因和lncRNA,并对它们进行功能注释以及两者间调控关系的分析。RNA测序分析显示,民猪在经历58 d的低温胁迫后,骨骼肌内86个基因发生了显著上调,16个基因发生了显著下调;112个lncRNAs发生了显著上调,74个lncRNAs发生了显著下调。在发生显著上调的基因中,有4个与神经系统相关的基因NTSR2、ARC、FOSL1和RCAN1发生了显著上调,7个与基质转运相关的基因SLC2A4、SLC2A5、SLC4A10、SLC19A2、SLC20A1、SLC28A1和SLC38A2,6个与炎症和免疫相关的基因AREG、CISH、OTUD1、TRIB1、GPA33和ITPKC均发生了显著上调。而与昼夜节律相关的ARNTL基因和抑制细胞增殖的RASL11A基因等发生了显著下调。低温胁迫下,差异表达基因显著富集到细胞凋亡、直肠癌和癌症的转录误调节通路,说明细胞的增殖和凋亡受到影响。显著变化的lncRNA主要以反式调控作用于靶基因,且与靶基因间的互作关系复杂,它们调控的靶基因富集到单纯疱疹病毒1感染通路、MAPK信号通路和范可尼贫血通路。此外,再无其他通路受到影响。低温胁迫影响了民猪的神经和免疫系统,使细胞内的物质转运发生了变化,细胞的生长、分化也受到了影响,但由于基因发生变化的倍数较小（1～2倍为主）,且受影响的通路较少（仅3条）,因此推测低温胁迫并未对民猪的骨骼肌造成严重损伤。 相似文献
7.
8.
【目的】通过分析马身猪和大白猪背最长肌转录组测序数据,筛选肌内脂肪沉积相关基因,并对其表达特性进行分析。【方法】采集180日龄马身猪和大白猪背最长肌,采用RNA-Seq技术对其进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析;采用GeneCards在线查询基因功能,进一步筛选与肌内脂肪沉积相关的差异基因;采用实时荧光定量PCR技术检测差异基因在2个品种猪不同组织以及肌内脂肪细胞成脂分化过程中的表达变化。【结果】获得2个品种猪背最长肌差异表达基因共280个,其中128个表达显著上调,152个表达显著下调。GO功能富集分析注释到46个条目,其中生物过程24条,分子功能8条,细胞组分14条。KEGG通路分析显著富集到PPAR信号通路、MAPK信号通路和脂肪细胞因子信号等脂肪沉积相关通路。GeneCards功能查询获得TRAF2、DUSP1、ACOT4、NR4A1、SLC27A6、PLIN5共6个与脂肪沉积相关的基因。实时荧光定量PCR分析表明,马身猪和大白猪背最长肌中NR4A1、DUSP1、PLIN5基因表达量差异显著或极显著(P<0.05;P<0.01),T... 相似文献
9.
旨在筛选大型迪庆藏猪不同生长阶段、不同部位脂质代谢差异的关键基因。本研究选择胎次相同、出生日期相近、体重10 kg左右的大型迪庆藏猪36头,随机分为3组,相同条件育肥,分别在平均体重达40、80和120 kg时屠宰,测定胴体性能,每组采集3头猪的背脂和腹脂进行高通量转录组测序,测序数据经拼接、比对,筛选与脂质代谢相关的显著差异基因并进行GO、KEGG分析、基因互作网络分析。结果表明,40、80和120 kg大型迪庆藏猪腹脂vs.背脂分别筛到486、765和339个差异表达显著基因,随机挑选的EGR2、SOD3等5个差异表达显著基因的qPCR结果与转录组测序结果一致,差异表达显著基因主要富集在肌肉收缩、细胞黏附、间充质细胞增殖正调节等GO条目,心肌收缩、PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路等KEGG通路;40 kg组EGR2、RARRES2、TMOD4和SFRP2基因位于网络核心,EGR2、RARRES2、SFRP2在腹脂上调,TMOD4下调;80 kg组THBS1、PPARA、NRIP1和LPL基因位于网络核心,4个核心基因均在腹脂上调;120 kg组HTRA1、TSHR、LR... 相似文献
10.
为了探索FASN基因在保山猪肝脏、背肌及背脂中的表达量与背肌营养物质含量的相关性，实验采用实时荧光定量PCR技术检测FASN基因在保山猪背肌、背脂、肝脏中的相对表达量，并与保山猪背肌营养物质含量进行关联分析。结果表明，FASN基因在保山猪3个组织中的表达趋势为：背脂>肝脏>背肌，各组织间的表达量均呈差异极显著；保山猪3个组织中FASN基因的表达量与背肌中氨基酸含量均呈不显著相关。保山猪在肝脏中FASN基因表达量与背肌中饱和脂肪酸含量呈极显著负相关，与不饱和脂肪酸含量呈极显著正相关，与棕榈酸呈显著负相关，与二十碳三烯酸、花生四烯酸和二十四烷酸均呈显著正相关。保山猪FASN基因的表达量对保山猪氨基酸含量的形成没有调控作用，对不饱和脂肪酸含量的形成具有调控作用，可作为影响保山猪不饱和脂肪酸含量的候选基因。 相似文献
11.
为探究保山猪LPL基因相对表达量对生长性能、胴体性能的影响,本实验采用实时荧光定量PCR技术测定LPL基因在保山猪背最长肌、背脂和肝脏3个组织中的相对表达量,并分析LPL基因表达量与保山猪生长性能、胴体性能的关联性。结果显示,LPL基因在3个组织中的相对表达量从高到低依次为：背脂、背最长肌、肝脏;LPL基因在保山猪背最长肌中的相对表达量与皮比率呈极显著负相关;在背脂中的相对表达量与眼肌面积呈显著负相关,与脂比率呈显著正相关;在肝脏中的相对表达量与生长及胴体性能无显著相关性。研究说明LPL基因对保山猪的生长及胴体性能有一定影响,对保山猪的脂肪沉积有调控作用,可作为调控保山猪脂肪沉积的候选基因。 相似文献
12.
本试验旨在研究限饲对妊娠中期母羊血液生化指标、内脏脂肪组织(VAT)脂肪酸组成及脂肪代谢相关基因表达的影响。选取妊娠湘东黑山羊16只,妊娠(45±3)d,体重(29.86±3.07)kg,随机分配至对照组(C组,100%妊娠营养需求)和限饲组(R组,60%妊娠营养需求),每组8只,试验期为妊娠45~100 d。妊娠101 d时,检测血液生化指标以及瘤胃网膜、肠系膜和肾周脂肪组织中脂肪酸组成、脂肪代谢和能量感知相关基因的表达。结果表明,R组与C组相比:1)血液胰高血糖素、游离脂肪酸含量显著升高(P0.05),血液瘦素、脂联素和高密度脂蛋白胆固醇含量显著降低(P0.05)。2)网膜脂花生四烯酸、棕榈油酸、亚油酸、二十碳三烯酸和多不饱和脂肪酸含量显著降低(P0.05);系膜脂豆蔻酸含量显著降低(P0.05);肾周脂亚油酸、花生四烯酸、二十碳三烯酸和多不饱和脂肪酸含量显著降低(P0.05)。3)网膜脂腺苷酸活化蛋白激酶的催化亚基α2(AMPKα2)基因表达有上调的趋势(0.05≤P≤0.10);系膜脂脂肪酸合成酶(FASN)、硬脂酰辅酶A脱氢酶1(SCD1)、解偶联蛋白2(UCP2)基因表达有下调的趋势(0.05≤P≤0.10),过氧化物酶体增殖激活受体γ(PPARγ)基因表达有上调的趋势(0.05≤P≤0.10);肾周脂FASN、UCP2基因表达显著下调(P0.05),腺苷酸活化蛋白激酶的非催化亚基β1(AMPKβ1)基因表达显著上调(P0.05),肉碱脂酰转移酶1A(CPT1A)基因表达有上调的趋势(0.05≤P≤0.10)。综上所述,妊娠中期限饲导致母羊血液中脂肪代谢调控因子(瘦素和脂联素)含量下降,脂肪代谢产物(游离脂肪酸)含量上升,导致VAT的脂肪酸组成(PUFA含量下降),并经下调脂肪合成基因(FASN和SCD1)、上调脂肪动员基因(CPT1A)及下调基础能量代谢基因(UCP2)表达的途径,使母体VAT脂肪合成作用减弱、脂质分解作用增强来调节机体能量稳态。 相似文献
13.
旨在分析去势对猪背最长肌基因表达的影响,探讨去势对肉质性状的分子调控机制。本研究将6头健康公猪分为两组,去势组和非去势组(对照组),在体重达到130 kg时(大约300～315日龄)采集背最长肌样品,利用Illumina HiSeq 2000高通量RNA-seq测序技术对两组猪背最长肌进行转录组测序,使用DESeq软件筛选差异表达基因,并在GO和KEGG数据库中对这些差异表达基因进行功能注释和富集分析。结果显示,去势和非去势淮南公猪分别获得83 613 018和83 746 508条可用读段,与猪参考基因组(Sscrofa10.2)的比对率分别为73.78%和74.09%。与非去势组相比,去势后共有差异表达基因935个,其中上调基因503个,下调基因432个(P0.05且|log_2(Fold Change)|0.8)。其中与肌肉发育相关上/下调最显著的基因分别是胶原蛋白XI型α1(COL11A1)和血管紧张素Ⅱ1型受体(AGTR1),而与脂肪代谢相关上/下调最显著的基因分别是硬脂酰辅酶A去饱和酶1(SCD-1)和脂肪特异性磷脂酶A2(PLA2G16)。GO和KEGG通路分析发现,两组差异表达基因显著富集于胰岛素、脂解、脂肪酸延长等脂质代谢相关通路,以及肾上腺素能、心肌收缩、磷酸腺苷活化的蛋白激酶等肌肉发育相关通路。本研究表明,去势后公猪脂肪沉积能力增强,肌肉发育改变,肉质性状随之改变。SCD-1、激素敏感脂酶(HSL)、葡萄糖转运体4(GLUT4)、丝氨酸/苏氨酸激酶(AKT)、促分裂原活化蛋白激酶(MEK)等12个差异表达基因能同时或部分参与激素分泌、脂肪沉积和肌肉发育的调控,这些基因与去势后肉质性状的改变显著相关,值得进行进一步的功能验证。 相似文献
15.
旨在探究民猪脂肪细胞分化过程中产热基因和米色脂肪标记基因的表达变化规律，为进一步研究民猪脂肪细胞向米色脂肪细胞分化的分子机制提供依据。本研究采集1月龄民猪的背部脂肪组织，分离前体脂肪细胞进行培养及成脂诱导，观察分化过程中细胞形态并进行油红O染色鉴定；检测产热基因UCP3、PGC-1α、PPARα和米色脂肪标记基因EBF2、CD81、PDGFRα在诱导分化第0、2、4、6、8天的表达量。结果表明，随着诱导分化的时间增加，细胞中的脂滴逐渐增多，在分化第8天时进行油红O染色，多数细胞达到成熟脂肪细胞阶段。以第0天为对照，PGC-1α、EBF2、PDGFRα在第2天时表达量极显著升高（P<0.01），且达到最高，第4、6、8天呈下降趋势。UCP3在第4、6、8天表达量极显著升高（P<0.01），第8天有所下降。PPARα和CD81在第2天时表达量极显著升高（P<0.01），且在第4和6天表达量与第2天相比变化不大。综上表明，本研究成功进行了民猪前体脂肪细胞的成脂诱导分化，揭示了分化过程中产热和米色脂肪标记基因的表达规律，为进一步研究民猪前体脂肪细胞向米色脂肪细胞分化的分子机制和民猪抗寒能力奠定基础。 相似文献
16.
藏猪和大约克猪ACADM基因表达量与脂肪沉积性状的相关性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探究中链酰基辅酶A脱氢酶(ACADM)基因在不同品种猪组织中的表达水平,并分析其与猪脂肪沉积性状的相关性,采用Sanger测序法对藏猪(58头)和大约克猪(60头)ACADM基因起始密码子上游1 kb区域进行了单核苷酸多态性(SNPs)筛选与基因分型,选取180日龄藏猪和大约克猪各10头屠宰后分别采集肝脏、背脂、心脏和背最长肌组织,利用RT-qPCR技术检测了ACADM基因的表达水平,同时测定其背膘厚和背最长肌组织中肌内脂肪含量。结果显示:在ACADM基因起始密码子上游1 kb区域,存在C-101G和C-569G这2个突变位点,藏猪与大约克猪等位基因频率呈极显著差异(P<0.01);在藏猪与大约克猪的肝脏、背脂、背最长肌和心脏组织中ACADM基因表达趋势完全一致,藏猪极显著高于大约克猪(P<0.01);经ACADM基因表达量与背膘厚、肌内脂肪含量相关性分析发现,ACADM基因mRNA相对表达量与背膘厚和肌内脂肪含量呈显著正相关(P<0.05)。通过以上结果推测这2个突变位点可能是调控ACADM基因表达的重要功能位点,从而导致猪脂肪沉积性状的差异。本研究为进一步开展ACADM基因对猪脂肪沉积的调控机制研究提供了重要支撑。 相似文献
17.
旨在探究影响肌纤维性状的候选基因和信号通路。本研究以马身猪和大白猪为研究对象,采用HE染色法分析6月龄马身猪和大白猪背最长肌肌纤维直径和密度,利用RNA-Seq分析马身猪和大白猪背最长肌组织中基因表达情况,并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,再通过qRT-PCR验证RNA-Seq结果的准确性。结果显示,马身猪背最长肌肌纤维直径极显著低于大白猪(P<0.01),而肌纤维密度极显著高于大白猪(P<0.01)。转录组测序结果显示,在6月龄马身猪和大白猪背最长肌中,差异倍数在2倍以上的基因共105个,其中,马身猪相对于大白猪上调的基因有55个,下调的基因有50个。GO富集分析表明,差异表达基因主要富集在与线粒体相关的细胞组分和骨骼肌分化有关的生物学过程中;KEGG分析结果显示,这些差异表达基因主要参与到与氧化磷酸化有关的信号途径。qRT-PCR和RNA-Seq对6个DEGs表达情况的检测结果表明它们的表达趋势相同,说明RNA-Seq结果准确可靠。结合差异基因表达丰度、GO和KEGG富集分析结果,本研究发现,MYL3、MYH3、MYH6基因通过影响肌纤维的组成而影响肌纤维特性,ND6基因通过参与线粒体氧化磷酸化过程影响肌纤维类型,MICU2基因通过维持线粒体Ca2+浓度的稳态影响细胞功能,编码转录因子的EGR1和FOS基因通过调节细胞增殖、分化和凋亡等过程影响肌肉生长发育。本研究初步揭示了造成马身猪和大白猪肌纤维性状差异的主要原因,为猪肉品质的改善提供了相应的理论依据。 相似文献
18.
《中国畜牧杂志》2020,(9)
本研究通过RNA-seq技术对3个长白山野杂猪与3个东北民猪背最长肌样本进行了mRNA测序和差异分析,从而为筛选长白山野杂猪肉质性状功能基因奠定基础。结果显示:在长白山野杂猪与东北民猪中均有100%以上的序列能完全比对到猪的基因组上,而所转录的基因占总基因的比例在3头长白山野杂猪中平均为59.67%,3头东北民猪为58.73%,而在不同个体间SNP位点数为14 299～19 671;在2个品种猪背最长肌中共表达基因有15 842个,仅在长白山野杂猪中表达的基因有619个,仅在东北民猪中表达的基因有710个;在2个品种猪背最长肌中共获得显著差异表达的基因153个,其中在长白山野杂猪中上调表达的基因有55个,下调表达的基因有98个;GO分析显示,153个差异表达基因被注释到33条GO条目中,其中11条被注释到生物学过程中,11条被注释到细胞组分,11条被注释到分子功能;KEGG分析显示,这些差异表达基因被富集到130条通路中,其中主要与脂肪代谢相关的信号通路有关。结果表明,长白山野杂猪与东北民猪背最长肌中mRNA表达存在差异,这些差异表达基因将是将来研究2个品种猪间肉质差异的主要靶标之一。 相似文献
19.
《畜牧与兽医》2017,(3):62-66
探讨低表达丝切蛋白CFL2基因对小鼠成肌细胞C2C12信号通路关键成分的影响。采用RNAi技术,将猪CFL2基因真核表达shRNA重组体稳定转染至小鼠成肌细胞C2C12后提取其总RNA和总蛋白质,采用Real-time PCR和Western blot检测CFL2基因低表达后成肌细胞C2C12信号通路关键成分(MEF2C、sk MLCK、Rho A、AMPKα2、p38和Ca M)的表达情况。结果表明:在3个稳转细胞株中MEF2C、Ca M、p38和AMPKα2的mRNA表达均为极显著下调(P0.01),sk MLCK的mRNA表达为极显著上调(P0.01),其它成分不显著;MEF2C和Ca M的蛋白表达在3个稳转细胞株中均为显著或极显著下调(P0.05或P0.01),其他4种成分(p38、Rho A、AMPKα2和sk MLCK)均差异不显著(P0.05),说明CFL2低表达显著下调信号通路关键成分MEF2C和Ca M的表达,CFL2与Ca M和sk MLCK分别呈显著正相关和负相关。 相似文献