猪繁殖与呼吸综合征病毒缺失变异株的基因组特征   总被引：51，自引：1，他引：51  

高志强  郭鑫  杨汉春  陈艳红  查振林 《畜牧兽医学报》2005,36(6):578-584

对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB2(sh)／2002的全基因组序列进行了测定与分析。该毒株基因组全长为15373nt(不包括PolyA尾)，与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88．7％～95．1％之间。序列分析表明，该毒株是1个天然存在缺失的变异毒株，其ORFla的Nsp2存在编码12个氨基酸的连续36个核苷酸的缺失，ORF、3存在编码1个氨基酸的3个核苷酸的缺失。这是国内外首次发现PRRSV存在缺失变异现象，研究结果补充和丰富了PRRSV毒株的基因组信息数据，为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础。  相似文献   

福建省14株PRRSV-2全基因组特性分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

《中国预防兽医学报》2019,(9)

为了解福建省PRRSV的流行情况及分子特征,本研究选取14株不同年份不同谱系的PRRSV-2(lineage 3、lineage 8.7、lineage 5.1和lineage 1)进行全基因组扩增并测序分析。结果显示,福建省14株PRRSV-2基因组全长为15 016 bp～15 407 bp,与VR-2332、CH-1a、JXA1和NADC30的核苷酸序列同源性为82.9%～99.4%,14株PRRSV-2之间核苷酸序列同源性为82.1%～99.3%,差异较大。分离株FJCH、FJZH与JXA1-R疫苗株高度同源(99.5%～99.6%),且处于同一进化分支,推测其可能来源于疫苗株。重组分析显示14株PRRSV-2存在较高的重组概率(3/14),均发生在lineage 8.7和lineage 1之间。本研究为科学防控福建地区PRRS提供了参考数据。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒强毒株HUB2株全基因组序列分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

王斌  赵铁柱  张云霞  候丽丽  曹振  邓小雨  遇秀玲  孙明  陈西钊  田克恭 《中国兽医学报》2009,29(12)

从湖北省暴发猪"高热病"的猪场分离出1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV),并命名为HUB2株.根据GenBank上已发表的PRRSV全基因序列设计引物进行RTPCR扩增,获得PRRSV HUB2株全基因组cDNA序列.测序结果表明PRRSV HUB2株基因组全长15 320 bp(不包括PolyA尾).分析结果显示该毒株与PRRSV美洲型标准株(VR-2332)和欧洲型标准株(LV)全基因核苷酸同源性分别为89.6%和50.3%.说明HUB2属于美洲型毒株.与VR-2332相比,HUB2株非结构蛋白(Nsp2)存在2处不连续的缺失(共缺失30个氨基酸),其缺失位点位于推定氨基酸序列的第481位和532～560位.此次新出现的强毒株全基因组序列特性的揭示为科学防治猪高致病性蓝耳病奠定了理论基础.  相似文献   

1株重组类NADC34猪繁殖与呼吸综合征病毒分离鉴定与基因组特征分析     

刘野  李文忠  杨婧  程宁  杨程  王凯月  吴庆东  张乐  赵瑞利  孙英峰 《中国兽医学报》2023,(11):2212-2220

为分离天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)并分析其分子遗传进化关系,对来自该地区某猪场疑似PRRSV感染的样品进行RT-PCR检测,阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将出现细胞病变的PAMs进行有限稀释后进行间接免疫荧光鉴定,利用RT-PCR扩增分离纯化株全基因组序列并进行同源性及遗传进化分析,并对分离株进行重组分析和细胞嗜性试验。结果显示,分离获得1株PRRSV毒株(命名为TJbc2021),分离毒株不能感染Marc-145细胞;该毒株全基因组长为15 111 bp,与NADC34的核苷酸同源性最高,为95.2%,属于目前流行于中国的类NADC34 PRRSV,其Nsp2存在100个氨基酸缺失的分子特征;重组分析显示该毒株以谱系1.5毒株(NADC34-like)为主要亲本,以谱系1.8毒株(NADC30-like)为次要亲本,在14 082～14 635 nt(ORF6～ORF7)发生了基因重组。结果表明,分离并鉴定了1株重组类NADC34 PRRSV,可为该地区...  相似文献   

猪源和鼠源脑心肌炎病毒分离株基因组的比较分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

赵婷  张家龙  盖新娜  郭鑫  周磊  陈艳红  查振林  杨汉春 《畜牧兽医学报》2009,40(6)

为了分析猪源和鼠源脑心肌炎病毒(EMCV)基因组的差异,对分离自同一猪场猪临床样本和鼠组织样本的2株病毒(GX0601和GX0602)进行了全基因组序列测定和比较分析.结果显示,2个分离毒株的基因组全长(包含poly A)分别为7 729和7 725 nt,核苷酸和氨基酸同源性均在99.8%以上.与国外毒株及国内已报道的分离株的序列比较结果表明,2个毒株与BJC3和HBl的核苷酸同源性为98.18%～99.41%,推导的氨基酸序列同源性为99.5%～99.7%,与国外分离株的核苷酸序列和氨基睃序列的同源性分别介于80.53%～99.57%和93.1%～99.5%.基于基因组开放阅读框推导的氨基酸序列的系统进化分析表明,我国分离毒株与国外毒株PEC9、CBNU、BEL-2887A/91和EMCV-R的同源性较高,位于同一个亚群.研究结果提示,猪源与鼠源毒株的基因组具有很高的同源性,鼠是猪场EMCV感染的传染来源.  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒GX1001株和GX1002株全基因组分子特征分析     

林昌华  施开创  陶春爱  钟诚  莫胜兰  李刚 《中国畜牧兽医》2013,40(4):1-9

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况及分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增2010年PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株基因片段,经克隆、测序、拼接,获得2个分离株的全基因序列。结果显示,不包括Poly(A)尾,GX1001株、GX1002株基因组全长分别为15329和15318 bp。同源性分析结果表明,2个分离株间全基因组核苷酸序列同源性为99.3%,与国内外北美洲型代表毒株间的全基因组核苷酸序列同源性为84.9%~99.5%,与欧洲型代表毒株间的同源性为61.5%~61.9%。序列分析结果表明,2个分离株的NSP2编码区均存在第481和533-561位,共30个氨基酸的不连续缺失,具有PRRSV高致病性变异毒株(HP-PRRSV)的遗传特征,但分别在不同区域出现新的突变、缺失及插入等变异现象。遗传进化分析结果表明,所有美洲型毒株可分为4个亚群,GX1001株和GX1002株均属于以高致病性JXA1株为代表的第4亚群。上述结果表明,本研究获得的PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株均属于HP-PRRSV,但其基因组在不同区域发生了新的遗传变异现象。  相似文献   

猪繁殖与呼吸综合征病毒国内分离经典株与变异株的全基因组序列分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

王文成  BIAN Shao-guo  舒秀伟  LU Cheng-ping 《畜牧与兽医》2008,40(7)

通过分段设计引物,对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)LX、JX株基因组进行RT-PCR扩增,对各片段cDNA进行克隆和序列测定,拼接后获得全基因组序列。结果,PRRSV LX株全基因组序列长度为15 412 bp(不包括PolyA尾),PRRSV JX株全基因组序列长度为15 320 bp(不包括PolyA尾)。序列分析表明,JX株全基因组核苷酸序列与LX株、JXA1、VR2332、CH-1a、BJ-4、LV同源性分别为91.1%、98.6%、91.0%、94.6%、90.9%、61.7%;LX株全基因组核苷酸序列与JX株、JXA1、VR2332、CH-1a、BJ-4、LV同源性分别为91.1%、89.7%、99.7%、91.5%、99.7%、62.2%。对不同分离株的5′-UTR、Nsp2进行了序列比较,并根据5′-UTR、Nsp2、ORF5的基因序列和氨基酸序列,对国内外分离株进行了系统进化分析。根据5′-UTR核苷酸序列,可将PRRSV美洲型毒株分为4个亚群,LX株和JX株分别属于经典美洲型和"高热病"变异型。根据Nsp2氨基酸序列分析了不同分离株的分子进化关系,表明依据Nsp2序列美洲型分离株可初步划分为5个亚群,JX株独立于其他毒株,独自处于一个分支。依据ORF5序列也可将美洲型分离株划分为5个亚群。本研究为探讨PRRSV的分子进化奠定了基础。  相似文献   

一株猪高致病性蓝耳病病毒的分离鉴定与遗传变异分析     

张维达  杨康  李自力 《中国兽药杂志》2020,54(2):7-15

为研究猪蓝耳病病毒(PRRSV)的遗传进化规律,于2018年从新疆某猪场采集的病猪血液中分离了一株PRRSV,命名为XJ-b。对临床样品采用RT-PCR扩增鉴定,将阳性样品过滤处理之后接种在Marc-145细胞系进行培养,将盲传3代之后出现病变(CPE)的Marc-145样品进行间接免疫荧光鉴定。通过噬斑纯化后,利用RT-PCR对分离株的全基因组进行扩增,使用SeqMan软件对测序结果进行拼接,并根据NCBI上已公布的PRRSV全基因组及Nsp2基因核苷酸序列进行遗传进化与同源性比对分析。结果表明,临床病料RT-PCR检测呈PRRSV核酸阳性,处理后的病料接种至Marc-145细胞72 h之后产生CPE,间接免疫荧光鉴定为PRRSV抗原阳性;序列拼接显示分离株全基因组开放阅读框大小为15119 bp;全基因组和Nsp2基因核苷酸序列分析和同源性比对显示该分离毒株属于中国的高致病性PRRSV亚群。研究结果可为近年来新疆地区PRRSV的毒株差异分析提供参考。  相似文献   

一株重组类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定及基因组分析     

杨康 《中国兽药杂志》2021,55(8):1-11

为分离上海地区猪繁殖与呼吸综征病毒（PRRSV）并分析其分子遗传进化关系,对来自该地区某猪场疑似PRRSV感染病猪的2份肺样进行RT-PCR检测,阳性样品接种猪肺泡巨噬细胞(PAMs),将盲传3代后出现细胞病变的PAMs经间接免疫荧光鉴定,通过RT-PCR扩增分离株全基因组序列,测序后与GenBank登录的参考株全基因组序列进行同源性及遗传进化分析,分析了分离株Nsp2、GP5氨基酸序列的遗传进化关系,并对分离株做了重组分析和细胞嗜性试验。结果显示,成功分离出1株PRRSV,命名为SH2019,其全基因组开放阅读框大小为14677 bp,分离株与NADC30的核苷酸同源性最高,属于目前流行于中国的类NADC30 PRRSV,其Nsp2存在131个氨基酸缺失的分子特征;分离株是以谱系1毒株为主要亲本,以谱系3、谱系5或谱系8毒株为次要亲本,在12601~12901 nt(ORF2~ORF4)发生了基因重组的重组毒株,分离株不能感染Marc-145细胞。本研究分离鉴定一株重组类NADC30 PRRSV,可为该地区猪繁殖与呼吸综合征的防控提供参考。  相似文献   

两株死胎源猪圆环病毒Ⅱ型的分离与序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

周庆丰  陈峰  吴德铭  苏润环  陈靳松  宋延华  毕英佐 《广东畜牧兽医科技》2008,33(2):36-39

将两猪场Ⅱ型猪圆环病毒(PCV2)核酸阳性的流产死胎病料,接种猪肾传代细胞PK15,成功分离到2株PCV2。利用1对PCV2特异性引物,成功扩增出这2株PCV2长约1700bp的全基因组序列,并与其他PCV2毒株序列进行相似性比较。结果表明:2个分离株全基因组长度均为1767bp,核苷酸序列相似性为99.9%;ORF2基因核苷酸相似性为99.85%,所编码的衣壳蛋白氨基酸序列相似性为100%;2个分离株与SD-3等国内分离株核苷酸序列的相似性较高,最高可达99.9%。  相似文献   

3株猪Ⅱ型圆环病毒的分离及基因组序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘业兵  孙跃辉  张磊  薛青红  宁宜宝  黄金海 《中国预防兽医学报》2010,32(8)

为了解混合感染中猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)毒株的遗传变异特性,本研究对2009年与高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒混合感染的病料中分离的3株PCV2通过PCR、免疫荧光等进行初步鉴定,并扩增病毒全基因组,用DNAStar对序列进行拼接和分析。结果表明:分离得到的HUN-09株(GQ449670)、HUB-09株(GQ449671)和SD-09株(GQ449669)3个PCV2毒株其全基因组长度均为1768bp,与国内外参考毒株核苷酸序列同源性为95%～99.7%,3个分离株之间的核苷酸序列同源性为97.6%～98.5%,与PCV1分离株核苷酸序列同源性为69%～70%。进化分析表明,本研究2009年分离的3株PCV2属于基因型PCV-2a。  相似文献   

PRRSV新亚型毒株JL580的基因组变异特征研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

常晓博  安同庆 《中国兽药杂志》2015,49(5):12-16

为了解猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)新分离株JL580遗传变异特征,研究扩增得到了该病毒的全基因组序列,并对GP5和NSP2序列进行了比对分析。结果表明:JL580株属于美洲株,且不同于中国现流行的其他毒株,与中国代表毒株CH-1a的核苷酸同源性是84.9%,与HP-PRRSV代表株JXA1、HuN4、TJ的核苷酸同源性分别是84.8%、84.9%、85%。对基因组的进一步分析表明,JL580株GP5蛋白与CH-1a、VR-2332、HuN4相比,R13→Q13,V27→A27,H38→N38,R151→K151;且NSP2存在3处缺失,与HP-PRRSV的30个氨基酸的缺失有明显的不同。JL580分离株的出现表明中国出现了新的PRRSV亚型,这对于PRRSV的防治和新疫苗的研制提供了科学依据。  相似文献   

猪圆环病毒2型山东株全基因组的克隆与序列分析     

刘方娜  刁有祥  高晓伟  孟凡磊  王妮  王辉 《中国兽医学报》2008,28(5):501-505

根据GenBank已发表的猪圆环病毒2型（PCV-2）全基因组序列,设计2对特异性引物,对山东省不同地区规模化猪场采集的疑似断奶仔猪多系统消耗综合征（PMWS）组织病料进行了PCV-2全基因组克隆和序列分析。结果表明,PCV-2核苷酸序列较稳定,不同地区8个PCV-2毒株全基因组序列均由1 767 bp组成,彼此间核苷酸序列同源性达97.3%～99.8%,亲缘关系密切;与GenBank已发表的PCV-2参考毒株的同源性介于95.6%～99.8%。而ORF2的核苷酸序列同源性只有91.6%～99.9%。  相似文献   

陕西省部分地区猪圆环病毒2型全基因组的遗传变异分析     

徐丽美  付明哲  何亚鹏  许信刚  于三科  张琪 《动物医学进展》2017,38(3)

为了解陕西省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,根据GenBank登录的PCV2全基因组序列,设计1对引物,从陕西省部分地区规模化猪场疑似PCV2感染的病猪采集病料9份,应用PCR扩增PCV2的全基因,其中6份为阳性,并对扩增的6个PCV2全基因组序列进行测序和序列分析。基因测序表明,PCV2基因组全长为1 767bp;对6株病毒序列进行同源性比较,6个毒株全基因之间核苷酸同源性为98.3%~100%,与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组比较,同源性为96.3%~97.8%;与近几年陕西株比较发现基因变异程度不稳定,与2013年分离株(KX352154.1)同源性最高,2015年分离株(KX352159.1)次之,反而与2014年分离株(KX068219.1)最低;对6个毒株的ORF1和ORF2基因进行同源性比较,6个毒株的ORF1和ORF2基因的核苷酸同源性分别为98.1%~100%和98.2%~100%,与GenBank上已发表的国内外参考株ORF1和ORF2基因进行同源性比较,同源性分别为97.6%~99.8%和91.5~96.0%。陕西省流行的PCV2基因组较为保守,变异不大,同源性很高。  相似文献   

2株猪繁殖与呼吸综合征病毒全基因序列分析     

张民泽  闫明菲  谢杰雄  黄震  曹宗喜  吴欣伟  郭泗虎  张桂红 《中国畜牧兽医》2012,39(10):49-52

利用RT-PCR分段扩增的方法,扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)中山分离株(ZS-GD株)、珠海分离株(ZH-GD株)覆盖全长基因组的10个片段,分别克隆入pMD18-T载体进行序列测定,获得了PRRSV ZS-GD株和ZH-GD株基因组全长15320 bp的核苷酸序列。利用生物信息学软件对PRRSV ZS-GD株和ZH-GD株全基因组序列进行了遗传进化分析,结果显示PRRSV ZS-GD株和ZH-GD株与美洲型参考株的核苷酸序列相似性分别为88.1%~97.8%和88.4%~98.0%;与欧洲型参考株(Lelystad)的核苷酸序列相似性分别为60.6%和60.4%,且在2株毒的Nsp2蛋白上有30个aa的缺失,表明PRRSV ZS-GD株和ZH-GD株均为美洲型分离株的缺失变异株。  相似文献   

湖南省4株猪繁殖与呼吸综合征病毒全基因组序列测定与分析     

胡忆文  唐连飞  谭建锡  禹思宇 《中国动物检疫》2020,37(2):66-70

为了解湖南省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况,对湖南省2016—2019年分离的4株PRRSV(Hunan/2016/075、Hunan/2017/085、Hunan/2018/123、Hunan/2019/055)进行全基因组测序,对其ORF5、NSP2基因以及全基因组核苷酸序列进行分析。结果显示,分离的4株病毒株均为美洲型,全基因组同源性为83.1%～98.7%,其中3株属于高致病型,1株为属于类NADC30型。Hunan/2016/075、Hunan/2017/085毒株全长序列与谱系5中亚系5.1的代表性毒株BJ-4亲缘关系相近,聚为一簇;Hunan/2018/123毒株与谱系8.7中的tjnh1501毒株聚为一簇;Hunan/2019/055毒株独立成一簇,与谱系1亲缘关系相近。本研究掌握了湖南省PRRSV的遗传变异情况,从而为制定有效的防控策略提供了依据。  相似文献   

1株重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的基因组特征     

谭祥梅  吴瑕  陈鹏飞  赵雄伟  周书亭  虞凌雪  童武  高飞  姜一峰  于海  童光志  周艳君 《畜牧兽医学报》2020,51(12):3181-3186

猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）不断发生变异,其防控难度也逐渐增加。为了及时监测PRRSV在自然感染背景下的遗传进化特点,本研究从上海某发病猪场的临床样品中分离获得1株PRRSV毒株,命名为SHpd1/2018株,并对其生物学特性和基因组序列进行分析。结果表明,该毒株基因组全长为15 018 bp（不含poly A）,不能被针对HP-PRRSV强毒HuN4株的Nsp2的单抗所识别,但其增殖特性与强毒HuN4株相似。序列分析表明,SHpd1/2018株与HP-PRRSV强毒株的相似性最高（与HuN4相似性为94.3%）。重组分析结果显示,SHpd1/2018株是以HP-PRRSV-like为主要亲本毒株,NADC30-like为次要亲本毒株的重组病毒,两个重组断点nt 2002和nt 3205均位于Nsp2基因的高变区。研究证实SHpd1/2018株是1株发生变异重组的PRRSV分离株,该毒株是上海某猪场保育猪发病的主要原因。  相似文献   

河北省猪星状病毒4型全基因组测定及遗传进化分析     

王晶  陈少杰  张帅  刘莹  赵云环  王传文  李妍  左玉柱  范京惠 《中国兽医学报》2023,(1):10-15

为了解河北省流行的猪星状病毒(PAstV)遗传特性和重组现象,设计了7对特异性扩增引物,利用RT-PCR方法进行全基因组序列扩增;应用DNAStar软件和MEGA 7.0软件对扩增得到的序列进行拼接和核苷酸同源性分析,并建立基于全基因组和ORF2基因的系统进化树;利用生物学分析软件对全基因组序列结构特点和重组现象进行分析。结果显示,成功扩增得到1株PAstV4 HB-SJZ全基因组序列;全基因组遗传分析显示,HB-SJZ株与PAstV4参考毒株同源性显著高于其他基因型毒株,为74.2%～81.0%,与匈牙利4型毒株WBAstV-1同源性最高(81.0%);基于ORF2基因分析显示,HB-SJZ株与PAstV4参考毒株同源性为64.8%～68.9%,与日本毒株PoAstV-VIRES-GX03-C3遗传关系最近(68.9%);重组分析显示,HB-SJZ株的ORF1基因与JPN Bu5 2014株和JPN Mol2-3 2015株存在重组现象。这一研究提示河北省流行的PAstV4是同物种重组毒株,为该病的流行病学调查提供科学依据,也为该病的防控提供理论基础。  相似文献   

猪圆环病毒Ⅱ型全基因组的克隆和序列分析     

毋艳萍 《国外畜牧学(猪与禽)》2014,(5):50-53

根据Genbank已发表的猪圆环病毒Ⅱ型(PCV-2)全基因组序列,设计两对特异性引物,建立了PCV-2全基因组的克隆和序列分析方法,并对甘肃省两个规模化养猪场采集的疑似PMWS病料进行了全基因克隆和序列分析,确定了PCV-2毒株基因序列的变异情况。结果表明,PCV-2核苷酸序列稳定,1株标准株与2株分离株全基因序列均由1 768 bp组成,彼此间序列的同源性达94.0%~99.8%,2个分离株之间同源性达94.2%~99.8%;分离株与标准株和Genbank已发表的23株PCV-2毒株参考毒株同源性达92.6%~100%。  相似文献   

一株高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒变异毒株的基因组特征   总被引：1，自引：0，他引：1  

杨小蓉  荫硕焱  潘梦  周磊  盖新娜  陈艳红  郭鑫  杨汉春 《畜牧兽医学报》2012,43(2):263-269

为了监测我国近年来流行的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况,采用RT-PCR分段扩增,对2009年从山东发病猪场分离到的1株PRRSV SD0901的全基因组进行了序列测定和分析.结果表明,不包括Poly(A)尾,该毒株的基因组全长为15 320 nt;与高致病性PRRSV毒株间的全基因组核苷酸相似性为98.6％～98.7％;该毒株基因组的Nsp2编码区除存在与高致病性毒株相同的30个氨基酸的不连续缺失外,还存在468位的氨基酸缺失和在585-586位间插入1个氨基酸,同时,该毒株的结构蛋白GP2、GP3、GP4和M编码区分别存在1个氨基酸的突变.演化分析表明,该毒株尽管与高致病性毒株属于同一亚群,但形成一个独立的小分支.由此表明,该毒株为高致病性PRRSV的变异毒株,说明我国的高致病性PRRSV在流行过程中已出现变异.笔者的研究结果为监测和分析我国的高致病性PRRSV的变异与演化提供了有价值的基因组信息数据.  相似文献