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1.
家蚕质型多角体病毒(苏州株)S10片段的cDNA克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了探讨质型多角体病毒基因的遗传与变异,通过RT-PCR从家蚕(Bombyx mori)质型多角体病毒(Cytoplasmic Polyhedrosis Virus,CPV)苏州株(BmCPV-suzhou)的dsRNA中成功克隆了S10片段。该片段cDNA含有一个744bp的完整开放阅读框(ORF),编码由248个氨基酸残基组成的多角体蛋白,其分子量为28.46kD,等电点为7.12。比较不同宿主来源的CPV多角体蛋白基因氨基酸序列发现,同型CPV多角体蛋白基因高度相似,而不同型的CPV多角体蛋白之间几乎没有同源性;基于质型多角体蛋白基因的核苷酸序列和氨基酸序列的系统进化分析表明,BmCPV的不同株系与舞毒蛾(Lymantria dispar)CPV(LdCPV)和马尾松毛虫(Dendrolimus punctatus)CPV(DpCPV)聚为一类,表明三种CPV的亲缘关系较近。研究结果为深入探讨质型多角体病毒的变异与分子进化提供了新的参考。 相似文献
2.
为了解牛感染帕利亚姆亚群达圭勒病毒（D’Aguilar virus,DAGV）情况,本研究应用BHK21细胞对2019年云南省景洪市采集的健康黄牛血液样品进行盲传病毒分离,对出现细胞病变的样品进行形态学、基因组带型和分子生物学鉴定,对分离到的病毒进行S2、S3、S7基因序列测定和比对分析。结果显示,有5个血液样品可致BHK21细胞病变,电镜观察到完整病毒颗粒呈球形,直径约50 nm;琼脂糖凝胶电泳结果发现5株新分离病毒基因组为10节段,呈现3-3-4的电泳带型特征,其带型特征与2014年在云南分离到的DAGV V106/YN/2014毒株相似;5株病毒S2、S3、S7基因核苷酸、氨基酸序列相似性均为100%,S3、S7片段核苷酸和氨基酸序列与中国本土分离的帕利亚姆亚群病毒（Palyamserogroup virus,PALV）毒株相似性最高;S2片段氨基酸与核苷酸序列与日本分离的DAGV相似性最高。S2、S3、S7基因遗传进化分析结果显示,5株新分离毒株间基因相似度为100%;5个毒株的S7与S3基因序列均与中国本土分离的已知部分PALV毒株在同一分支,亲缘关系较近,提示这5株毒株为PALV;5株毒株S2片段核苷酸序列与日本分离的部分DAGV毒株位于同一分支上,亲缘关系较近,进一步证实这5株毒株为PALV DAGV。本研究成功分离到5株DAGV毒株,并进行了基因片段遗传进化分析,为进一步开展DAGV流行病学研究提供基础。 相似文献
3.
【目的】了解西南边境地区牛感染中山病病毒(Chuzan virus, CHUV)的情况。【方法】应用BHK21细胞对云南景洪、江城采集的312份健康黄牛血液样品盲传分离病毒,对出现细胞病变的毒株进行形态学、基因组带型和分子生物学鉴定,对分离到的病毒进行S7、S2基因序列测定和比对分析。【结果】4份血液样品可致BHK21细胞病变,电镜观察病毒颗粒呈球形,直径约50 nm;琼脂糖凝胶电泳发现,4株分离毒株基因组为10节段,带型为“3-3-4”,与2012年云南师宗分离的CHUV SZ187毒株相似;4株病毒S7、S2基因核苷酸序列相似性分别为98.7%～99.7%和97.9%～99.1%;S2基因片段核苷酸和氨基酸序列与中国本土分离的SZ187、GHN-GS-16等毒株相似性最高;S7基因片段核苷酸和氨基酸序列与日本分离的ON-1/E/18、ON-3/E/17及中国本土的SZ187、GHN-GS-16等毒株的相似性最高。S7、S2基因遗传进化分析结果显示,4株新分离毒株亲缘关系最近;4株毒株的S7基因序列与中国本土和日本分离的已知帕利亚姆血清群病毒(Palyam serogroup vir... 相似文献
4.
通过PCR克隆,从家蚕基因组中获得大小为975bp的DNA片段(登录号:EU352872),Blast搜寻结果显示,该片段DNA序列的52-449nt区域与野蚕mariner-like元件DNA(登录号:AB237562)的同源性达90%,推测为家蚕类mariner转座子相关序列,在乙酰胆碱酯酶基因的第5内含子、微卫星S1104-R序列、BmBRC-NZ3 mRNA终止码的下游序列、ErB·1基因的内含子均检测到家蚕类mariner元件相关序列的同源区,暗示家蚕类mariner元件在家蚕基因组中发生了多次转座,并在家蚕基因组的不同区域随着进化发生了歧化。 相似文献
5.
为了解猫传染性腹膜炎病毒（FIPV）的基因组特征和遗传变异情况。本试验利用RT-PCR方法从患病猫组织中鉴定出1株Ⅰ型FIPV病毒,通过RT-PCR扩增18个片段的目的基因,连接到p CE-TA克隆载体后测序,对测序结果进行拼接获得FIPV NJ-20-a株的全基因序列,对获得的全基因序列和编码区序列以往毒株进行同源性分析,并构建S基因系统进化树。结果显示NJ-20-a株与以往毒株同源性较低,新分离毒株基因组变异较大,通过编码区序列同源性分析发现S基因和3a、3b、3c基因是变异的主要区域,S基因系统进化树发现NJ-20-a株处于Ⅰ型FIPV分支内的单独分支,与以往毒株进化差异较大,表明猫冠状病毒在不同地域遗传进化过程中差异较大。本研究通过对FIPV NJ-20-a毒株进行全基因测序和分析,为猫冠状病毒的分子生物学研究和流行性学的调查提供了一定基础。 相似文献
6.
应用分段RTPCR方法和分子克隆技术从家蚕质型多角体病毒(Bombyxmoricytoplasmicpolyhedrosisvirus,BmCPV)中国株的dsRNA中成功地分3段克隆了RDRP基因(RNAdependentRNApolymerase),大小分别为1442、827、1675bp,进行了基因全序列拼接,获得37kb的全长RDRP基因(GenBank序列号为AY496445)。通过在线blast分析,与BmCPV1、DpCPV1、LdCPV1、LdCPV14、TnCPV15核苷酸同源性分别为89%、81%、81%、541%和509%,氨基酸同源性分别为965%、931%、929%、411%和335%。根据核苷酸同源性与氨基酸同源性构建的进化树具有较好的一致性。通过ClustalX软件分析,定位了该病毒RDRP基因的3个保守区域(酸性区,核苷酸结合的核心区和催化功能核心区)。 相似文献
7.
为研究牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的分子特征,本研究参考GenBank中登录的BVDV基因Ⅱ型病毒株全基因组序列,设计多对引物,通过RT-PCR方法,对一株分离自某商品化血清中的BVDV分离株HLJ-10全基因组进行分段克隆及序列测定,获得了该分离株的全基因组序列。生物信息学分析表明,该分离株为BVDV基因Ⅱ型,全长12 284 nt,编码区为11 694 nt,共编码3 897个氨基酸,5’和3’非编码区分别为385 nt和205 nt。与其它BVDV参考株序列比对分析表明,HLJ-10与SH-28和KZ91CP进化关系较密切,预测该分离株含有22个潜在糖基化位点,氨基酸差异性分析表明E2蛋白的氨基酸序列在瘟病毒属中变异性较大。 相似文献
8.
《蚕业科学》2017,(2)
从浙江省蚕区的桑园内采集表现桑黄化型萎缩病症状的植株叶片,并提取叶脉总DNA,通过巢式PCR和常规PCR方法对桑黄化型萎缩病植原体分离物(MYD-ZJ)的16S r DNA、延伸因子基因tuf和核糖体蛋白基因rp进行扩增及克隆,分别得到大小为1 239 bp、842 bp和1 240 bp的序列。对这些基因片段序列进行系统进化分析,结果表明,MYD-ZJ的16S r DNA序列与来自山东、安徽等省感病桑树分离桑黄化型萎缩病植原体的同源序列的相似度为98%,在进化树中位于同一进化支;MYD-ZJ的tuf基因序列与来自山东省的桑黄化型萎缩病植原体的同源序列的相似度为89%~100%,并与该同源序列以及同样来自山东省的枣疯病植原体、苦楝丛枝病植原体等聚为一支;MYD-ZJ的rp基因序列与来自山东省、安徽省的桑黄化型萎缩病植原体的同源序列的相似度为100%,在进化树中位于同一进化支。研究结果明确了MYD-ZJ属于翠菊黄化植原体组的16SrⅠ-B亚组、tufⅠ-B亚组及rpⅠ-B亚组。 相似文献
9.
《中国兽医学报》2016,(7)
目前在我省许多地区猪群中是否存在TTSuV感染尚未见相关报道,为更好的了解猪细环病毒1型和2型在猪群中进化情况以及进一步研究其遗传变异,根据NCBI已发表的猪细环病毒两种基因型全基因组序列,在序列保守区域用设计特异性引物,采用聚合酶链反应(PCR)进行该病毒的检测及全基因的扩增。通过将扩增产物胶回收后进行T-A克隆,然后进行序列测定和同源性与系统进化分析。本试验检测出猪群TTSuV1型和TTSuV2型在猪群中的感染情况,全基因测序得到的序列确定为TTSuV1和TTSuV2全基因序列。对测得序列进行同源性分析与遗传进化分析,分析结果表明,分离株(JX TTSuV)与国内外不同地域TTSuV全基因组序列之间差异较大,同源性为67.8%~97.2%;进化分析表明,JX TTSuV与其他株TTSuV参考株亲缘关系远近各不相同,与日本分离株(AB076001)和巴西分离株(AY823991)亲缘关系较近。 相似文献
10.
一株源于商品胎牛血清的BVDV-2型的分离鉴定及基因组序列分析 总被引：2，自引：2，他引：0
牛病毒性腹泻病毒（BVDV）是引起牛病毒性腹泻/黏膜病的重要病原,也是牛血清及其制品污染中的常见病原体。本研究从商品化胎牛血清中分离到一株致细胞病变（CP）型BVDV（GS2018株）,利用电镜观察、免疫荧光检测、分子鉴定、基因组测序及遗传进化分析对其进行鉴定。结果表明,GS2018株接种MDBK细胞后可见明显的细胞病变（CPE）,培养第4天病毒滴度达1×106.2·0.1 mL-1。病毒粒子呈圆形,直径为50~60 nm,间接免疫荧光检测为阳性;其5'UTR扩增片段与BVDV-2相应序列高度相似,病毒基因组包含12 235个核苷酸（nt）。5'UTR、Npro及E2基因系统进化分析发现,GS2018株与美国BVDV-2 USMARC-60764分离株核苷酸一致性达98%,证明其属于CP型BVDV-2a亚型。但GS2018株在NS2/3区无核酸片段插入,这与大多数CP型BVDV-2明显不同,说明BVDV致细胞病变可能涉及更复杂的机制。 相似文献
11.
《畜牧兽医学报》2020,(2)
牛病毒性腹泻病毒(BVDV)是引起牛病毒性腹泻/黏膜病的重要病原,也是牛血清及其制品污染中的常见病原体。本研究从商品化胎牛血清中分离到一株致细胞病变(CP)型BVDV(GS2018株),利用电镜观察、免疫荧光检测、分子鉴定、基因组测序及遗传进化分析对其进行鉴定。结果表明,GS2018株接种MDBK细胞后可见明显的细胞病变(CPE),培养第4天病毒滴度达1×10~(6.2)·0.1 mL~(-1)。病毒粒子呈圆形,直径为50～60 nm,间接免疫荧光检测为阳性;其5′UTR扩增片段与BVDV-2相应序列高度相似,病毒基因组包含12 235个核苷酸(nt)。5′UTR、N~(pro)及E2基因系统进化分析发现,GS2018株与美国BVDV-2 USMARC-60764分离株核苷酸一致性达98%,证明其属于CP型BVDV-2a亚型。但GS2018株在NS2/3区无核酸片段插入,这与大多数CP型BVDV-2明显不同,说明BVDV致细胞病变可能涉及更复杂的机制。 相似文献
12.
对鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)肾型毒株BJQ、BJS、BJY、SDW和HBN的S1全基因进行了扩增、克隆和序列测定,并将所分离毒株的S1基因序列与5个参考毒株进行了比较.结果表明,IBV分离株S1基因间核苷酸同源性在76.7%～92.1%之间,氨基酸同源性在73.9%～89.5%之间.氨基酸序列特征分析表明,S1基因多处存在突变、缺失和插入现象,其中在氨基酸69～81和142～150位点区出现较高的变异.系统进化树分析表明,除SDW株与Gray属于相同的进化分支外,其他国内肾型分离株属于同一个进化分支,而韩国、日本等亚洲分离株和美洲分离株分别属于其他不同的进化分支,说明IBV病毒的发生和流行与地域及所致病型有一定的相关性. 相似文献
13.
为分离鉴定流行于重庆某猪场的猪圆环病毒2型,本研究从断奶仔猪多系统衰竭综合征猪的淋巴结病料中进行病毒学检测,病毒利用PK-15细胞增殖,其基因组序列经克隆、测序、拼接获得,并完成对全序列的生物信息学分析鉴定。结果获得了1株猪圆环病毒2型(命名PCV-2CQ1),该毒株的全序列大小为1 767bp,同源性分析发现该病毒与国内公布的PCV-2毒株同源性超过了90%,尤其与广西分离株同源性达100%;系统进化分析本分离病毒与浙江株(EU257511)、黑龙江株(HM038032)聚类到一起,形成一个进化分支,同属于PCV-2b型;对编码的衣壳蛋白分析发现,PCV-2CQ1Cap氨基酸发生了较大变异,与强毒株同源性较高,考虑到本病毒源自PMWS病猪,推测该毒株属于强毒株。 相似文献
14.
为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
15.
为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus 2,PCV2）的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767 bp,10株为1 768 bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株（10084F4、R14040及R14086）的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。 相似文献
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家蚕质型多角体病毒研究的若干新进展 总被引：2，自引：0，他引：2
家蚕质型多角体病毒(BmCPV)分为9个株系,可使20种昆虫感染发病。本文阐述了近年来BmCPV在交叉感染、结构、基因组、结合蛋白与功能等方面的一些研究新进展。据报道BmCPV-1的两个毒株(H株与I株)的基因组全序列已被测定公布,由10个节段的双链RNA构成;众多研究认为BmCPV具有5种结构蛋白(VP1-5),推测VP1为依赖于RNA的RNA聚合酶,VP2、VP5分别为核衣壳蛋白、外壳蛋白,VP3、VP4各为三磷酸核苷酸结合蛋白、非特异性的核酸结合的关键蛋白,5种结构蛋白在BmCPV病毒复制包装过程中发挥着不同的功能。 相似文献
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5种家蚕病毒的密码子及密码对使用模式分析 总被引：1，自引：1，他引：0
通过分析5种家蚕病毒基因组密码子和密码对使用模式,初步探讨5种家蚕病毒的基因组进化和对宿主的适应策略。采用生物信息学方法对碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、密码对(codon-pair)等进行统计分析的结果表明:5种家蚕病毒的密码子偏好性均较低,病毒间的碱基组成及ENc值差异较小,碱基组成对密码子使用模式影响较小;不同病毒选择不同的偏好性密码子,不同病毒的密码对偏好性程度不同,其中,家蚕类葡萄斑点病毒(Bombyx mori macula-like virus,BmMLV)密码对偏好性最强,家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cypovirus,BmCPV)和家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)密码对偏好性最弱。聚类分析表明BmCPV和家蚕浓核病毒(Bombyx mori densovirus,BmDNV)的密码子使用模式相似,BmNPV和家蚕传染性软化病病毒(Bombyx mori infec-tious flacherie virus,BmIFV)的密码子使用模式相似;BmMLV、BmNPV和BmDNV的密码对使用模式相似,BmIFV和BmCPV的密码对使用模式相似。5种病毒的偏好性密码子和偏好性密码对不同,显示不同病毒的密码子和密码对的进化路径不同,对宿主的适应策略不同。 相似文献
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本研究2012年底从辽宁省某屠宰场猪鼻咽拭子样品中分离到1株流感病毒,经HA—HI试验和RT—PCR鉴定为H1N1亚型猪流感病毒株,命名为A／swine/Liaoning／01／2012（H1N1）,通过对病毒的8个基因片段克隆并测序,并利用分子生物学软件进行遗传演化分析。结果表明,分离株HA基因裂解位点附近的氨基酸序列为IPSIQSRjG,符合低致病力流感病毒的分子特征。全基因组进化树结果表明,分离株的8个基因片段与A／swine／Jiangsu／40／2011（H1N1）株核苷酸同源性最高,分离株处在类禽型H1N1亚型遗传进化分支上;由于类禽型H1N1猪流感病毒具有潜在感染人的潜力,在国外和国内均有感染人的报道,因此,辽宁省首次分离到该型猪流感病毒对全省养猪业和公共卫生安全具有重要意义,值得深入研究。 相似文献
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野桑蚕线粒体ND5基因及其两端侧翼tRNA基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
应用PCR技术,对中国山东青州野桑蚕mtDNA的ND5基因及其两端侧翼区域进行了克隆和序列分析。结果表明,在所测定的2．2kb左右的片段中,含有ND5基因的完整序列及Phe-tRNA(UUC)、Ser-tRNA(AGC)、Glu- tRNA(GAA)、His-tRNA(CAC)等4个tRNA基因,该片段的基因组结构与家蚕及其它地域来源野桑蚕的基因组结构基本一致,显示蚕类线粒体基因排列的保守性。ND5结构基因在不同家蚕及野桑蚕之间的比对分析表明,它们在核苷酸水平、氨基酸水平的同源性很高,相似性达96%以上。4个tRNA基因的碱基错配率较高,TψC环缺乏相对保守的T-ψ-C-Pu-A序列,各臂的碱基配对数、各环碱基数目变化较大。以ND5基因的核苷酸序列及氨基酸残基序列进行了家蚕及野桑蚕的分子进化分析,进一步证明家蚕起源于中国野桑蚕。 相似文献