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1.
山东蚕区桑黄化型萎缩病病原物的分子鉴定 总被引：3，自引：1，他引：2
以采自山东省宁阳市桑园的桑黄化型萎缩病发病植株叶脉组织为材料,通过PCR扩增植原体16S rRNA基因及延伸因子基因(tuf)和核糖体蛋白基因(rp),分别得到大小约为1.4、0.8和1.2 kb的目的片段并测定序列。以该病原物的16S rRNA基因与GanBank中相关的植原体16S rRNA基因序列构建系统发育树并进行RFLP分析,结果显示该病原物属于翠菊黄化组的16SⅠr-B亚组,与翠菊黄化组16SⅠr-B亚组典型成员的同源性为99.9%。进一步对延伸因子基因和核糖体蛋白基因构建系统发育树并做RFLP分析,结果显示该病原物与翠菊黄化组的tuⅠf-B亚组典型成员和rpⅠ-B亚组典型成员的同源性分别达到99.6%、99.9%。由此在3个基因水平确定该植原体的分类地位属于16SrⅠ-B、tuⅠf-B和rpⅠ-B亚组。 相似文献
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桑黄化型萎缩病病原体16S rRNA基因的序列分析 总被引：9，自引：4，他引：5
用PCR法克隆了中国桑黄化型萎缩病病原植原体的 16SrRNA基因 ,并进行了序列分析。结果表明 :克隆的基因大小为 1372bp ,与日本桑萎缩病病原植原体 16SrRNA的同源性高达 99 85 % ,只存在个别碱基的突变。Blastj检索结果显示与中国桑黄化型萎缩病病原体 16SrRNA的基因同源性高达 99%的有来源于玉米、洋葱、土豆等5 0多种其它植物的植原体 16SrRNA基因 ,表明植物萎缩病病原体 16SrRNA基因具高度保守性。 相似文献
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IBRV内蒙古分离株NM06gE基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
参考GenBank发表的牛疱疹病毒Ⅰ型全基因序列设计gE基因PCR扩增引物,以牛传染性鼻气管炎病毒内蒙古分离株NM06提取的DNA为模板,运用PCR的方法扩增gE基因,扩增产物经克隆、序列测定和拼接,结果表明:测定序列全长为2086 bp,包含gE基因1793 bp,其中有1728 bp组成的完整开放阅读框,编码576个氨基酸.将NM06株gE基因序列与GenBank发表的参考毒株核苷酸序列相比,与4株BHV-1病毒的同源性在99.3%～99.9%;与2株BHV-1.1型分离株同源性高达99.5%、99.6%;与BHV-1.2型分离株同源性为93.4%.从进化树中也可以看出:NM06株与BHV-1.1型分离株属于同一个进化分支,而BHV-1.2 BH83株属于另一个进化分支,可以推测IBRV NM06分离株属于BHV-1.1型.NM06株与牛疱疹病毒5型N569病毒的同源性为82.9%,与鹿疱疹病毒2型Norway4病毒的同源性为72.6%. 相似文献
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橡实象虫(Curculio arakawai)是象甲科中危害柞树种子和嫩芽的重要害虫。为探讨利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确识别橡实象虫的可行性,克隆了3个橡实象虫线粒体COⅠ基因5'端长度约556 bp的片段(GenBank登录号:JN258957,JN258958,JN258959),并与鞘翅目、鳞翅目、双翅目共24种昆虫的同源片段进行碱基组成多样性和系统进化分析。序列分析结果显示:橡实象虫与其它24种昆虫的COⅠ基因序列呈现丰富的遗传多样性,碱基位点的变异率为48.2%,序列平均差异为19.7%;COⅠ基因序列的AT含量(69.9%)明显高于GC含量(30.1%),存在显著的AT使用倾向性;碱基替换模式颠换大于转换,碱基替换数与物种两两遗传距离呈明显的线性关系;COⅠ基因序列的碱基变异速率较快的位点主要集中在序列中间区域的210～390 bp。基于COⅠ基因序列构建的NJ、ME和MP系统进化树均显示橡实象虫与鞘翅目象甲科(Curculionidae)昆虫的进化关系最近,聚在一起形成一个分支,鳞翅目等其它昆虫聚在一起形成另外一个分支;橡实象虫与鞘翅目象甲科Kyklioacalles属昆虫间遗传距离最小,与鳞翅目丝角蝶科Macrosoma sp.属昆虫间的遗传距离最大。根据COⅠ基因序列的多样性,能将橡实象虫明显地与其它昆虫区分开。 相似文献
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6.
从GenBank中读取鸡、鸭、鹌鹑、火鸡等的胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因序列进行分析并设计引物,运用RT-PCR法从五龙鹅的总RNA中克隆了IGF-Ⅰ基因的完整编码区序列(GenBank登录号为DQ662932)。运用生物信息学技术对序列进行分析,结果显示:五龙鹅IGF-Ⅰ基因的编码区长462bp,与鸭和鸡基因序列同源性分别为99.6%和98.1%;分子进化树进一步揭示了五龙鹅与鸭、鸡及其他动物的进化关系;同源建模分析发现该基因有3个α-螺旋组成。克隆鹅IGF-Ⅰ基因表达序列,然后连接到pET-32a载体上进行原核表达。经SDS-PAGE分析发现原核表达产物约为28ku的融合蛋白,Western杂交分析表明,重组蛋白为目的蛋白。 相似文献
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8.
《上海畜牧兽医通讯》2016,(5)
根据已发表的新城疫病毒基因组序列,设计并合成了扩增F基因和HN基因的2对引物,利用RT-PCR扩增了3个广西分离株的F基因和HN基因片段,并将其分别克隆到pMDl8-T载体中。结果表明:上述分离株F基因序列全长为1 662bp,编码553个氨基酸;HN基因序列全长为1 716bp或1 734bp,编码571或577个氨基酸。与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相同序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在83.8%~99.9%之间,氨基酸序列的同源性在88.4%~99.3%之间;HN基因核苷酸序列的同源性在80.9%~98.8%之间,氨基酸序列的同源性在86.9%~98.6%之间。系统进化树分析表明,GX21株NDV为基因Ⅰ型,GX215株NDV为基因Ⅱ型,GX117株NDV为基因Ⅶ型。 相似文献
9.
对鸡群中感染的Ⅰ群禽腺病毒hexon基因进行分型与序列分析,以期明确Ⅰ群禽腺病毒基因型的分布和hexon基因变异情况。参考GenBank上FAdV基因序列,设计2对引物,采用套式PCR技术扩增临床病料中Ⅰ群禽腺病毒hexon基因,测序后获得了8株FAdV hexon基因片段。结果表明,构建系统进化树发现,其中HM、SXFS、LQQD、HXGB、GSPL、DYQY和FP共7株属于FAdV-4型,而GS株属于FAdV-1型。7株FAdV-4型毒株核苷酸同源性在99.9%～100%之间,推导的氨基酸序列同源性均为100%,提示这7株FAdV-4型流行毒株高度同源。FAdV-1型的GS与CELO株核苷酸、推导的氨基酸序列同源性均为99.2%,提示GS与CELO株亲缘关系较近。在鸡群中发现存在FAdV-1型和FAdV-4型Ⅰ群禽腺病毒,各血清型毒株之间高度同源,毒株遗传稳定性高。 相似文献
10.
《中国兽医杂志》2015,(12)
为了弄清双翅目昆虫西方角蝇(Haematobia.irritans)和截脉角蝇(Haematobia.titillans)18S rDNA基因序列及其分子进化。本研究测定了两种角蝇的18S rDNA基因序列,将其在NCBI中Blast,并将序列与GenBank中已知9种双翅目昆虫的18S rDNA基因序列进行比较分析,找出它们的同源区和多变区,利用全序列和最保守同源区分别构建系统发育树。结果表明,西方角蝇和截脉角蝇18S rDNA基因序列长度均为1 984 bp,二者同源性为96.4%,存在73个识别位点。两种角蝇与GenBank中已登陆西方角蝇的同源性分别为99.1%和95.7%。11种双翅目昆虫18S rDNA基因序列中均有三段保守程度较高的同源区,分别相当于西方角蝇18S rDNA基因序列中320 bp~693 bp,848 bp~1 181 bp和1 606 bp~1 849 bp,其中第一段同源区最为保守。本文在国内外首次报道截脉角蝇18S rDNA基因序列,并证明了西方角蝇18S rDNA基因序列高度保守。利用18S rDNA基因序列中最保守同源区构建的系统发育树,对11种双翅目昆虫分类更符合传统形态学分类结果。 相似文献
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2011年猪流行性腹泻病毒的遗传变异分析 总被引：8，自引：0，他引：8
为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本研究设计合成2对扩增S1基因的引物,利用套式RT-PCR方法,对2011年分离的17个PEDV S1基因进行扩增、克隆和序列测定;并将其进行比对和遗传演化分析。结果表明:17个PEDV S1基因序列与参考病毒株S1基因核苷酸序列同源性为90.54%～99.96%,与经典病毒株CV777相比,其中有6个S1基因在453 bp～454 bp处存在3个核苷酸的缺失;一个在453 bp～454 bp处缺失6个核苷酸;其它10个S1基因在173 bp～186 bp之间存在12个核苷酸的插入,413 bp～417 bp之间有3个核苷酸的插入,467 bp～468 bp处缺失6个核苷酸,插入和缺失位点与韩国病毒株KNU-0901、KNU-0905、KNU-0801相似。S1基因系统进化树分析表明,PEDV S1基因分为3群,其中7个S1基因属于PEDVⅠ群,另外10个属于PEDVⅢ群。 相似文献
12.
利用PCR技术从甘南牦牛基因组DNA中扩增获得了含乳铁蛋白素（lactoferricin,Lfcin）基因的DNA序列,将该DNA序列连接于pGEM-Teasy载体并测序,将甘南牦牛含Lfcin基因的DNA序列与奶牛相应序列进行比对,同时对牦牛、人、小鼠等物种的Lfcin蛋白进行序列分析和进化树分析。结果：试验首次克隆获得了含甘南牦牛乳铁蛋白（lactoferrin,LF）第二外显子的DNA序列（在Gen-Bank中获得登陆号EU247256）,共778 bp,其中LF基因第二外显子长165 bp,编码55个氨基酸,Lf-cin蛋白占25个氨基酸;序列分析结果显示,克隆获得的牦牛DNA序列与奶牛相应序列存在3个碱基的变异;牦牛和奶牛的Lfcin蛋白质序列完全相同;各物种Lfcin蛋白具有较高的同源性,Lfcin蛋白进化树符合物种进化规律。 相似文献
13.
溶血素为细菌分泌的能够使细胞溶解的毒素,是病原菌重要的毒力因子。利用同源克隆技术得到桑树黄化型萎缩病植原体溶血素全长基因,命名为MDPH(GenBank登录号:HQ891118)。MDPH全长717 bp,编码238个氨基酸,预测蛋白质分子质量为27.3 kD,等电点为9.29,氨基酸序列与其它植原体中已分离的溶血素有很高的同源性。蛋白质序列结构预测表明:MDPH的二级结构中富含α-螺旋,其次为β-折叠和无规卷曲,而β-转角仅占5.46%。对蛋白质序列的理化特征预测表明:MDPH有多个亲水和疏水区域,且疏水性强于亲水性;易形成跨膜螺旋,具有7个显著跨膜结构区;蛋白的抗原性较强,不含有明显的信号肽序列,为非经典分泌蛋白。将MDPH的编码区插入原核表达载体pET30a(+),并转化到E.coli BL21中,经过IPTG诱导,MDPH在BL21菌株中成功表达。研究结果为深入探讨MDPH的功能及植原体的致病机制奠定了基础。 相似文献
14.
根据禽流感病毒的HA基因,设计特异性的引物,而后从尿囊液提取病毒的RNA,应用RT-PCR技术扩增该流感病毒的HA全基因序列,将该基因克隆到pMD-18T载体,并进行鉴定和测序,应用生物学分析软件进行同源性比对和绘制HA基因的进化树,并推导其氨基酸序列。结果表明：HA基因全长1701 bp,共编码567个氨基酸,与Genbank中选择的27株禽流感病毒基因的HA基因序列相比较,核苷酸序列和氨基酸序列同源性均在92%以上。通过对HA基因的同源性比对,可以明确毒株间的进化关系,从而为禽流感的遗传进化研究提供参考。 相似文献
15.
《中国兽医杂志》2020,(2)
为了掌握牛乳头瘤病毒基因1型(BPV-1)全长基因序列特征,提取已鉴定为牛乳头状瘤病毒基因1型病料的病毒基因组DNA,参照GenBank中参考序列设计扩增引物、测序引物,扩增各片段,纯化回收后送样测序,对得到序列进行全长序列分析。结果显示,新疆南疆SY-12株为BPV-1基因型,其全基因组长度为7 946 bp,具有BPV-1基因型的结构特征,与GenBank中的BPV-1基因型参考株核苷酸同源性高达99.4%。与BPV-2、BPV-13基因型参考株的进化关系最近,同为Delta属。表明新疆南疆BPV-1基因型SY-12株为Delta属牛乳头瘤病毒。 相似文献
16.
基于线粒体ND4基因的鼢鼠系统进化关系 总被引：2，自引：1，他引：1
为探讨甘肃境内鼢鼠的系统进化关系,采用PCR技术对采集的4种鼢鼠线粒体DNA ND4序列进行扩增,经序列测定后用Clustal X1.83对比,获得了17条长度为425~438 bp不等的同源序列。通过DAN SP4.0比较分析,共检出160个多态信息位点,定义了15种单倍型,单倍型多样度为(Hd):0.980±0.024。采用MEGA4.0中的NJ法、MP法构建的分子进化树表明:高原鼢鼠两群体聚在一起后再与斯氏鼢鼠聚在一起,处于较进化的位置,后与秦岭鼢鼠聚在一起形成一进化枝,再与甘肃鼢鼠群体聚在一起,甘肃鼢鼠最先分化出来,且单独成一进化枝。 相似文献
17.
根据GenBank中收录的三种猪Ⅰ型干扰素（porcine interferon,pIFN）基因序列,设计了3对特异性引物。运用RT—PCR技术从长白猪外周血淋巴细胞总RNA中扩增得到了三种猪干扰素基因,并将其克隆至pGEM-T Easy载体上。序列测定结果显示,获得的猪干扰素α1基因序列全长570bp,编码189个氨基酸,获得的猪干扰素α2基因序列全长540bp,编码179个氨基酸,获得的猪干扰素β基因序列全长563bp,编码186个氨基酸。三种猪Ⅰ型干扰素基因与已知猪Ⅰ型干扰素核苷酸序列和氨基酸序列的相似性最高可达99％～100％。 相似文献
18.
为了鉴定来自斗牛犬体内的类圆线虫种类,试验提取了虫体的总DNA,对核糖体内转录间隔区(ITS)和线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)部分序列进行扩增、克隆、同源性分析及构建系统进化树。结果表明:rDNA ITS序列全长为580 bp,其中ITS1序列长度为216 bp;得到的cox1序列长度为961 bp;ITS1和cox1序列均与粪类圆线虫同源性最高,分别为99.5%和99.8%;基于ITS1和cox1序列与Gen Bank中相关线虫进行遗传进化分析,类圆属线虫处在一个大的进化分支上,亲缘关系最近。说明采自病犬体内的线虫为粪类圆线虫。 相似文献
19.
鹅IGF-I基因cDNA的克隆、分析与原核表达 总被引：1，自引：0，他引：1
从GenBank中读取鸡、鸭、鹌鹑、火鸡等的胰岛素样生长因子-I(IGF-I)基因序列进行分析并设计引物,运用RT-PCR法从五龙鹅的总RNA中克隆了IGF-I基因的完整编码区序列(GenBank登录号为DQ662932).运用生物信息学技术对序列进行分析,结果显示:五龙鹅JGF-I基因的编码区长462 bp,与鸭和鸡基因序列同源性分别为99.6%和98.1%;分子进化树进一步揭示了五龙鹅与鸭、鸡及其他动物的进化关系;同源建模分析发现该基因有3个α-螺旋组成.克隆鹅IGF-I基因表达序列,然后连接到pET-32a载体上进行原核表达.经SDS-PAGE分析发现原核表达产物约为28 ku的融合蛋白,Western杂交分析表明,重组蛋白为目的蛋白. 相似文献
20.
<正> 宁阳县是山东省桑蚕基地县之一,桑园面积和蚕茧产量曾居全省第二位。但由于桑黄化型萎缩病急剧蔓延,桑园面积由1985年的16238亩,下降到1988年的8262亩,蚕茧产量由1050吨下降到620吨,1988年亩产茧仅有75公斤。近几年,采取综合防治和快速更新相结合的措施,桑黄化型萎缩病得到有效的控制,蚕桑生产出现了反降为升的势头。全县桑园面积1991年达到22000亩,产茧1100吨,成龄桑园平均亩产茧增加到15公斤。一、桑黄化型萎缩病的发生情况宁阳县自六十年代开始引进桑苗建园,主要品种是湖桑32。八十年代初期,在城南 相似文献