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应用RAPD分析川西北高原老芒麦自然居群的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
利用RAPD标记对来自青藏高原东南部川西北高原的8个老芒麦自然居群的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析和评价。从150个RAPD引物中筛选出25个能扩增出高度重复性条带的引物。这25个引物共扩增出370条可分辨的条带,其中291条(占78.65%) 具有多态性,表明供试居群在物种水平上存在较高水平的变异。同时各居群的多态性位点比率(PP)在46.49%到53.78%之间变化,表明群体水平的变异较低。居群的平均基因多样性(HE)为0.176(变幅为0.159~0.190),而物种水平的平均基因多样性达0.264。基于Nei’s基因多样性、Shannon指数和贝叶斯方法的群体分化系数分别为32.0%、33.7%和33.5%。AMOVA 分析表明居群内遗传达到总变异的59.9%,而居群间变异仅有40.1%,但二者均达到极显著水平(P < 0.001)。居群间每世代迁入个体数(Nm)达到0.503个。各居群间存在较高的Nei’s遗传一致度。本研究获得的老芒麦的遗传结构不同于已报导的大多数披碱草属物种。另外,基于聚类分析及AMOVA的结果均表明各居群间存在较为明显的地理分化,8个居群分化为采集地的南部和北部2个分支。总之,研究结果表明来自青藏高原东南部的老芒麦居群具有较高水平的遗传变异。在该地区应尽量选择遗传多样性高的老芒麦居群实施就地保护。 相似文献
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细鳞鱼三个野生种群的遗传多样性AFLP分析 总被引：2，自引：0，他引：2
细鳞鱼是我国一种珍贵的淡水经济鱼类,在人类和环境因素的影响下数量急剧下降。本文采用扩增片段长度多态性（Amplified Fragment Length Polymorphism, AFLP）技术对牡丹江（Mudanjiang River, MD）、鸭绿江（Yalujiang River, YL）和乌苏里江（Wusuli River, WSL）的三个细鳞鱼野生种群共72个个体进行了遗传多样性分析。结果显示,12对选择性扩增引物共扩增得到559个位点,其中多态性位点541个,多态性百分比为96.78％。文中对3个群体的Shannon多样性指数,Nei氏基因多样性等参数进行了分析。其总基因多样性Ht平均值为0.3512±0.0208;种群内基因多样性Hs平均值为0.2137±0.0152;群体间的基因多样性Dst为0.1375。基因分化系数Gst为0.3914,种群内的基因多样性占总群体的60.85%,种群间为39.15%,而基因流系数Nm 为0.7776。分子方差分析（AMOVA）表明：群体平均遗传分化系数Fst为0.55336,变异来源有44.84%来自群体间,55.16%来自群体内。三个群体中牡丹江群体的细鳞鱼种内多态性比例最高,而乌苏里江群体最低。 相似文献
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为阐明小尺度范围内濒危物种孑遗植物中华桫椤种群的遗传多样性,保护和恢复种质资源,本文采用ISSR分子标记技术对云南屏边大围山的大围山红旗水库和大围山山谷2个中华桫椤种群的遗传多样性进行分析。结果表明用从100个随机引物中筛选出的20个能高产稳定扩增的ISSR引物对2个群体共57个样品进行扩增,共获得132个可分析位点,其中大围山红旗水库的多态性位点83个,占62.87%,而大围山山谷的多态性位点97个,多态位点百分率（P）为73.48%,两者Nei＇s基因多样性分别为0.2614和0.2832,Shannon＇s信息指数分别为0.3762和0.4135,两个种群的遗传分化系数Gst为0.0701,分析结果表明中华桫椤种群内的遗传多样性较高,但两种群间的遗传分化不明显。本研究结果将对中华桫椤自然群体的保育和管理具有重要意义。 相似文献
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基于抗病功能基因标记的中国三系杂交水稻骨干亲本遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为探究实现水稻广谱持久抗性育种,以及水稻病害的有效防治,本研究利用文献中报道的与抗稻瘟病及白叶枯病相关的43个功能基因相关标记,研究了76个中国籼型(Oryza sativa ssp.indica)三系杂交水稻骨干亲本的遗传多样性。结果显示,36个标记具有多态性,多态性位点百分率(P)81.81%,共检测到87个等位基因位点;其中有效等位基因(Ne)61.96个,占71.22%,Nei’s遗传多样性指数(He)变幅为0.358~0.974,平均值0.629。76份材料间的遗传相似系数(Gs)变幅为0.341~0.925,平均值0.550。采用UPGMA法进行聚类分析,在遗传相似系数0.624处分为保持系和恢复系两类。保持系和恢复系间的遗传分化系数(Fst)为0.158,呈高度遗传分化,Nei遗传距离(D)0.201。结果显示,功能基因相关标记具有较高的DNA多态性检测效率,用于类群划分和种质资源的多样性分析等方面更具准确性和可靠性;中国三系杂交稻骨干亲本在43个功能基因位点的亲缘关系较近,遗传基础狭窄,同源性较高。但保持系群和恢复群系间在这些功能基因位点的遗传差异较大,遗传分化程度较高。研究结果提示,所研究材料在DNA水平存在丰富的杂种优势利用空间,特别随着更多更细的功能基因位点的发掘,为水稻分子辅助抗性选育以及病害防治提供了有效的实现途径。 相似文献
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宁波地区野生换锦花遗传多样性的ISSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了解宁波地区野生换锦花的生存状况及对目前环境的适应能力,本研究采用ISSR分子标记对6个野生居群的遗传多样性水平和遗传结构进行分析。结果表明,10条ISSR引物共扩增出74个条带,其中多态性条带67个,多态性位点百分比(PPL)为90.54%。宁波地区野生换锦花在物种水平上的遗传多样性较高,PPL为90.54%,Nei’s基因多样性(He)为0.2700,Shannon’s指数(Ho)为0.4144;但在居群水平上遗传多样性较低,PPL平均值为76.35%,He平均值为0.2517,Ho平均值为0.3800。基因分化系数(Gst)为0.0679,基因流(Nm)为6.8654。AMOVA分子变异分析结果表明,在总的遗传变异中,有95.85%的变异发生在居群内,仅有4.15%的变异发生在居群间。UPGMA聚类结果显示6个居群间的亲缘关系较近,其可分为两大类群,其中北仑、慈溪和象山3个居群组成一类;奉化、镇海和舟山3个居群组成一类。Mantel检验的结果表明,居群间的地理距离和遗传距离之间无显著相关性。本研究结果为宁波地区野生换锦花种质资源的保护及合理开发利用提供了理论依据。 相似文献
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我国部分地区小麦叶锈菌遗传多样性的SSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
小麦叶锈菌(Puccinia triticina)引起的小麦叶锈病是小麦上的重要病害。为了解小麦叶锈菌遗传多样性及其亲缘关系,本研究利用简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记技术对2009年采自河北、河南、山东、四川4省的小麦叶锈菌株进行SSR分析。小麦叶锈菌的观察等位基因数(Na)为1.75,有效等位基因数(Ne)为1.40,Shannon信息指数(I)为0.35,Nei’s基因多样性指数(H)为0.23,多态性百分率为75.29%,其中河北、河南和山东的叶锈菌群体遗传多样性水平高于四川群体。聚类分析表明,在相似系数0.96处4个群体聚为2组,河南、山东及四川群体聚为一组,河北群体自成一组,其中河南和山东群体亲缘关系最近。小麦叶锈菌具有一定的遗传变异,群体间遗传变异占总变异的8.93%,群体内遗传变异占总变异的91.07%。小麦叶锈菌群体间每代迁移数Nm为6.10。小麦叶锈菌遗传多样性丰富,群体间遗传相似性较高,亲缘关系与地理分布具有一定相关性。群体内遗传变异是群体遗传变异的主要来源。本研究说明群体间存在广泛的菌源交流,为明确小麦叶锈病流行区系和叶锈菌传播路线提供了基础资料。 相似文献
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湖南典型茶树地理种群遗传多样性 总被引：2，自引：0，他引：2
利用RAPD分子标记技术,对湖南典型茶树安化云台山种(Camellia sinensis var.sinensis)、城步峒茶(C.sinensis var.assamica cv.Duntsa)、汝城白毛茶(C.ptilophylla)和江华苦茶(C.sinensis var.assamica cv.Jianghua)4个地理种群的240个单株的遗传多样性、种群内和种群间的遗传变异进行了研究。结果表明,21个10碱基随机引物共检测到226条谱带,其中多态性谱带为201条,占88.9%。遗传多样性分析结果显示:Shannon's多样性指数为0.43,种群内变异占74.7%,而种群间变异占25.3%;Nei's指数群体总基因多样性(HT)为0.37,群体内平均基因多样性(HS)为0.28,群体间的基因多样性(HST)为0.09,群体Nei's基因分化系数(GST)为0.23,说明76.7%的变异存在于种群间,群体内的变异占了总变异的23.3%,与Shannon's多样性指数相比基本一致,均表明种群内有较丰富的遗传变异;种群间的基因流(Nm)为0.74,显示种群间的基因交流有限。 相似文献
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中国主要棉花栽培群体的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用ISSR分子标记对我国棉花栽培品种中的38个陆地棉(Gossypium hirsutum)和6个海岛棉(Gossypium bar-badense)共44个品种(按来源划分为6个品种群,6个海岛棉品种均属于新疆品种群体)进行遗传多样性分析表明,筛选出的11个引物在所有品种中共扩增出90条带,其中70条为多态性条带,多态性条带百分率(PPB)达77.78%,Popgene32软件分析结果表明,新疆品种群的遗传多样性水平最高[PPB=91.43%,H(基因多样性指数)=0.3769,I(信息指数)=0.5464],其次是中棉所品种群,河南品种群排位第三,而河北、山东和山西3个品种群体的遗传多样性水平相差较小,其中山西品种群遗传多样性水平最低(PPB=58.57%,H=0.2484,J=0.3587).6个地方棉花栽培群体在总的遗传变异中有82.42%存在于群体内,群体间的遗传变异仅占总变异的17.58%,群体间分化系数Gst=0.1759,群体间总的基因流的估算值.Nn=2.34.聚类分析结果表明,山西、山东和河北品种群体的亲缘关系最近,先聚合在一起,然后依次与河南和中棉所品种群体聚类,最后与亲缘关系最远的新疆品种群体聚合. 相似文献
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利用微卫星DNA分子标记分析中华绒螯蟹养殖群体遗传分化 总被引：6，自引：0，他引：6
养殖河蟹苗种来自各繁育场,经过繁育场多年封闭或半封闭繁育后河蟹多样性是否降低?本研究以长江水系天然群体为对照,利用微卫星分子标记分析中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)江苏兴化、安徽宣城、辽宁盘锦养殖群体遗传分化。结果表明,4个群体平均有效等位基因数(Ne)分别为9.03、8.77和6.94、8.71;平均观测杂合度(Ho)为0.70～0.75;平均期望杂合度(He)为0.87～0.90;微卫星位点平均多态信息含量(PIC)介于0.84～0.87之间,呈现高度多态性;长江水系天然群体遗传多样性水平高于养殖群体。遗传分化系数F-统计量(FST)介于0.0123～0.0207(FST<0.05);分子方差分析(AMOVA)显示,大部分遗传变异(为98.64%)存在于个体间,少部分变异(为1.36%)存在于群体间。群体间FST和AMOVA分析说明,4个群体处于低等遗传分化水平,除安徽宣城群体与辽宁盘锦养殖群体间遗传分化不显著(P>0.05),其他群体间遗传分化极显著(P<0.01)。基于DA遗传距离构建NJ聚类发现安徽宣城养殖群体与辽宁盘锦养殖群体聚为一支,江苏兴化养殖群体与长江水系天然群体聚为另一支。结构分析107份参试中华绒螯蟹样本被分为二个种群,江苏兴化养殖群体与长江水系天然群体属同一种群,安徽宣城养殖群体与辽宁盘锦养殖群体为另一种群。研究显示,中华绒螯蟹养殖群体具有较高的遗传多样性水平,遗传分化水平低,具有新品种选育的利用价值。 相似文献
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利用微卫星标记分析6个山羊品种遗传多样性 总被引：17，自引：0，他引：17
利用微卫星标记技术,分析了山西黎城大青羊、吕梁黑山羊、阳城白山羊、新疆南疆山羊、新疆北疆山羊以及宁夏中卫山羊6个地方山羊品种的分子水平上的遗传多样性,结果表明:19个微卫星位点均为中度和高度多态位点,平均多态信息含量(PIC)达0.6859"0.7083;6个品种平均位点杂合度在0.3832"0.4277之间。遗传分化系数表明:BM203、BM023、BMS6526和BM8754个位点的遗传分化系数(GST)估算值较大,分别为0.0475、0.0491、0.0107和0.0262,BM3033值最小,为0,表明前4个位点在不同品种间的基因分化占总群杂合度的4.75#、4.91#、1.07#和2.6#;其它位点遗传分化系数(GST)值不高,遗传变异主要存在于各个品种内,品种间遗传变异不大。以Nei氏标准遗传距离的UPGMA和N-J聚类结果表明,吕梁黑山羊与阳城白山羊具有较近的亲缘关系,黎城大青羊与新疆南疆山羊具有较近的亲缘关系;以共祖距离的UPGMA和N-J聚类结果,阳城白山羊与新疆南疆山羊亲缘关系较近,山西地方山羊与新疆山羊有可能存在一定的基因交流。 相似文献
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本研究利用20对微卫星引物对鳜（Sinipelrca chuatsi）原种群体和养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,在鳜原种群体中检测到多态性位点14个,养殖群体11个。在两个群体中共检测到等位基因数96个,其中原种群体检测到等位基因数53个,每个位点的等位基因数在1～7之间,平均有效等位基因数为2．7390;养殖群体检测到等位基因数43个,每个位点的等位基因数在1-6之间,平均有效等位基因数为2．1284。原种群体的平均观察杂合度0．5708,Nei氏期望杂合度0．5295,平均多态信息含量PIC0．5353;养殖群体的平均观察杂合度0．3839,Nei氏期望杂合度0．4011,平均多态信息含量PIC0．5043。因此,与养殖群体相比,鳜原种群体仍有丰富的遗传多样性。本研究可为鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子水平上的数据。 相似文献
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本文利用RAPD分子标记技术，对4个湖南典型茶树地理种群的240个单株的遗传多样性、种群内和种群间的遗传变异进行研究，结果表明：21个10碱基随机引物共检测到226条谱带，其中多态性谱带为201条，占88.9%。遗传多样性分析结果显示：Shannon's多样性指数为0.43，74.7%的变异分布于群体内，而种群间变异占了25.3%；Nei's指数群体总基因多样度(HT)为0.37，群体内平均基因多样度(HS)0.28，群体间的基因多样度(HST)0.09，群体Nei's基因分化系数（GST）为0.23，说明76.7%的变异存在于种群间，群体内的变异占了总变异的23.3%，与Shannon's多样性指数相比基本一致，均表明种群内有较丰富的遗传变异；种群间的基因流（Nm）为0.74，显示种群间的基因交流有限。 相似文献
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豌豆蚜是我国苜蓿上危害最为严重的害虫之一。利用微卫星标记研究了我国绿色型豌豆蚜10个地理种群的遗传相似性、基因分化、遗传距离与地理距离和海拔之间的关系及其基因结构。选取15对引物扩增300个个体,共检测到41个多态性条带,多态性条带百分率(PPB)为100%。10个豌豆蚜地理种群观测等位基因数(Na)为1.592 7,有效等位基因数(Ne)为1.356 9,Nei’s基因多样性指数为0.206 6,Shannon-Wiener指数(I)为0.307 6。新疆维吾尔自治区、陕西省、河南省种群的遗传多样性较高,内蒙古自治区、山东省、青海省种群相对较低。然而,10个地理种群豌豆蚜(绿色型)的遗传分化较高(Gst=0.399 6)。种群聚类分析结果显示,全部豌豆蚜种群明显聚为两大类群,山东省、河南省种群为一大类群,其余为另一大类群。Mentel检测表明,遗传分化与地理距离、海拔无显著相关性。我国豌豆蚜种群具有非常丰富的遗传多样性,应加强豌豆蚜的监测和治理。 相似文献
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运用ISSR标记对来自深圳、北海和防城港的三个细基江蓠繁枝变种群体进行遗传多样性检测,筛选出的16条ISSR引物共扩增出111条带,引物平均多态位点比例为54.95%。三个群体的多态位点比例深圳群体最高为23.42%,北海群体最低为4.50%;群体平均多态位点比例为11.12%,平均基因多样性（Hs）为0.051 3,表明细基江蓠繁枝变种群体遗传多样性较低。群体遗传分化指数为0.756 5,说明遗传变异主要存在于群体间且群体间的遗传分化水平较高。Mantel检验发现遗传距离与地理距离无关。适应生态环境选择无性繁殖模式可能是细基江蓠繁枝变种群体遗传多样性较低、群体间遗传分化大的重要因素。 相似文献
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用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对泰国产方斑东风螺养殖群体的遗传多样性进行检测,从100个随机引物中筛选出21个引物对方斑东风螺的DNA进行扩增,结果表明:21个引物共检测到222条清晰且重复性好的条带,每个引物可扩增出4~16条带,分子量在200~2200bp之间,其中多态位点为156个,占70.27%;群体的Shannon多样性指数为0.2818,Nei基因多样性指数为0.2491;个体间最大遗传距离为0.291,最小遗传距离为0.066。通过与其他贝类遗传多样性的研究结果比较,可初步判断泰国产方斑东风螺养殖群体的遗传多样性比较丰富。 相似文献
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利用ISSR分析栗疫病菌群体遗传多样性 总被引：4，自引：0，他引：4
本研究利用ISSR分子标记技术,对中国、日本、意大利及美国等四个栗疫病菌群体的遗传多样性和遗传分化进行了分析。自53个ISSR引物中筛选出11个引物,对以上四个群体的栗疫病菌11个子群体的220个菌株进行扩增,共检测到177个位点,其中多态位点为174个,多态位点百分率（P）为98.31%。11个栗疫病菌子群体的P平均值为20.43%;群体水平的Shannon信息指数（I）和Nei指数（h）分别为0.1769和0.7386;各个子群体I的平均值为0.0943,h的平均值为0.0614。比较表明,中、日、意、美栗疫病菌群体间具有较高的遗传多样性。栗疫病菌群体间的基因分化系数（Gst）为0.7386,其基因流（Nm）为0.1769,11个子群体间的遗传距离平均为0.2289。利用算术平均数的非加权成组配对法（UPGMA）对栗疫病菌11个子群体进行聚类,结果可分为3大类群。 相似文献
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江西野生毛花猕猴桃群体SSR遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为分析江西野生毛花猕猴桃群体遗传多样性,以江西省境内的5个野生毛花猕猴桃雄性群体(72个个体)为试验材料,采用SSR分子标记技术,选取15对多态性引物,利用聚丙烯酰胺电泳对PCR产物进行检测。结果表明,15对SSR引物共检测到86个位点,多态性位点百分率为100.0%;观察到的平均等位基因数为5.733,有效等位基因数为3.002,Shannon信息指数为1.046。表观杂合度介于0.111~0.819之间,预期杂合度介于0.041~0.876之间,遗传分化系数为2.01,野生毛花猕猴桃雄性群体间存在较大的遗传分化。5个毛花猕猴桃雄性群体遗传距离范围为0.102~0.409,遗传相似度范围为0.665~0.903,群体间遗传距离与地理距离无相关性。群体的遗传多样性丰富度依次为庐山>井冈山>南源山>武功山>麻姑山,江西地区供试的野生毛花猕猴桃雄性群体在分子水平上具有丰富的多态性。本研究结果为毛花猕猴桃雄性品种选育、种质创新与利用提供了一定的理论基础。 相似文献
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本文采用AFLP技术对黑龙江野鲤、黄河鲤、建鲤和荷包红鲤4个鲤鱼种群共96个个体进行了遗传多样性分析。结果显示,8对选择性扩增引物共扩增得到502个位点,其中多态性位点273个,多态性比率为54．38％。同时对4个种群的Shannon多样性指数,Nei’s基因多样性等参数进行了分析,结果表明,4个种群的Shannon多样性指数分别为0．2114±0．2705,0．1825±0．2694,0．1888±0．2587和0．1600±0．2426,Nei’s基因多样性指数分别为0．1398±0．1872,0．1225±0．1863,0．1235±0．1774和0．1036±0．1636;总基因多样性（H4）平均值为0．1721±0．0350;种群内基因多样性（Hs）平均值为0．1224±0．0190;基因分化系数（Gst）为0．2892,种群内的基因多样性占总群体的71．08％,种群间为28．92％,而基因流系数（Nm）为1．2291。另一方面,分子方差分析（AMOVA）结果表明,种群平均近交系数（Fst）为0-31191,变异31．19％来自种群间,68．81％来自种群内。4个种群中黑龙江野鲤的种内多态性比例最高,而荷包红鲤种群最低,并且4个鲤鱼种群当前的种质资源良好,具有一定的种群稳定性;建鲤已经开始分化,与亲本荷包红鲤亲缘关系逐渐分化,逐步形成自己稳定的遗传结构。本研究为探讨鲤鱼种群的遗传特性和遗传分化提供参考,也为其种质资源的保护及合理利用提供科学依据。 相似文献
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采用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE) 对采集自青藏高原的54份野生老芒麦（Elymus sibiricus L.）种质进行遗传多样性分析,获得下述结果:（1）供试材料共分离出42条带纹,多态率达92.86%。4个电泳分区（α、β、γ、ω）的平均Shannon指数为0.4627,Nei-Li遗传相似系数（GS）变异范围为0.2424~0.9767,平均值为0.5822。说明供试野生老芒麦材料具有较为丰富的醇溶蛋白遗传多样性。（2）对所有材料的聚类分析和主成分分析发现,在GS值为0.562的水平上供试材料可聚成4个大类,绝大部分来自于相同或相似生态地理环境的材料聚成一类,主成分分析显示了相似的结果,即醇溶蛋白图谱类型与材料的生态地理环境具有一定的相关性。（3）基于Shannon 多样性指数估算了5个老芒麦地理类群内和类群间的遗传分化,发现类群内遗传变异占总变异的68.17%,而类群间的遗传变异占总变异的31.83 %。（4）对各地理类群基于Nei氏无偏估计的遗传一致度的聚类分析表明,各地理类群间的遗传分化与其所处的地理生态环境具有较高的相关性。 相似文献
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为了解竹黄地理居群间的遗传分化,本研究采用随机引物扩增多态性DNA分子标记技术对江苏、安徽和浙江3省的8个居群共32个竹黄样本进行了遗传多样性分析。从50个RAPD引物中筛选得到了5个随机引物,对供试材料的DNA进行扩增,共检测出77个位点,其中多态性位点52个,多态性位点比率为67.53%。UPGMA聚类分析结果表明,这8个居群分为三类：安吉居群、临安居群、宜兴居群、广德居群和泾县居群聚为一类;宁国居群和休宁居群聚为一类;淳安居群单独为一类。遗传多样性分析表明8个竹黄居群中,淳安居群的遗传多样性水平最高,安吉居群的遗传多样性水平最低。Nei＇s基因多样性指数和Shannon信息指数均表明竹黄物种水平的遗传多样性高于居群水平。 相似文献