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《黑龙江畜牧兽医》2015,(9)
为了解剪接因子在棘腹蛙发育过程中的功能,首先基于棘腹蛙转录组数据库的组装结果设计特异性引物,利用RT-PCR方法克隆到棘腹蛙体内编码丝氨酸/精氨酸富集剪接因子2(Serine/Arginine-rich splicing factor 2,SRSF2)的完整开放读码框(ORF),其ORF长度为642 bp,编码213个氨基酸残基,利用数字表达谱和半定量RT-PCR的方法验证了SRSF2在不同温度下的表达图谱,对克隆到的SRSF2基因进行了内含子分析。结果表明:SRSF2在不同生长温度(15,21,27,30℃)下的表达量存在显著差异,在21℃环境下的表达量最高,而在15,27,30℃生长环境下的表达量都较低。说明棘腹蛙来源的SRSF2基因ORF序列内包含个1内含子和2个外显子。 相似文献
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旨在克隆鸭胆固醇7α羟化酶1(CYP7α1)基因,并进一步探讨该基因的结构与功能,揭示其组织特异性表达规律。本研究以樱桃谷鸭为材料,运用同源序列克隆结合RACE技术,对鸭CYP7α1基因的cDNA全长进行克隆,并对其进行生物信息学分析及组织表达的研究。结果表明:鸭CYP7α1基因cDNA全长2 351bp,最大开放阅读框(ORF)1 539bp(114～1 652bp),共编码512个氨基酸;鸭CYP7α1氨基酸与鹅的同源性最高(97.5%),其次是鸡(92.8%)、人(67.3%)、猪(66.5%)、兔(65.7%)、大鼠(65.5%)、小鼠(65.5%)和牛(65.1%);经预测鸭CYP7α1蛋白可能含有1个P450超家族结构域;鸭CYP7α1基因在肝脏中呈高丰度表达,在其他9个组织中均未检测到或检测到少量表达,表明该基因的表达具有组织特异性。 相似文献
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本试验旨在克隆棘腹蛙来源Japonicin-pb,了解该抗菌肽在不同生长温度及组织下的表达规律,为Japonicin-pb的开发提供线索。基于本实验室构建的棘腹蛙皮肤转录组数据库,利用反转录PCR从棘腹蛙皮肤组织中克隆Japonicin-pb前体序列,通过结构域比对的方法分析其结构。利用Real-time PCR检测3种Japonicin-pb在不同生长温度(15、18、21、24、27和30℃)及组织(血液、肌肉、肝脏和皮肤)的表达图谱。结果表明,本试验克隆到3种Japonicin-pb前体序列,结构域比对表明,三者拥有相同的N端信号肽和中间间隔区,长度分别为19、20和12个氨基酸残基的肽序列,命名为Japonicin-1apb、Japonicin-1bpb和Japonicin-3pb。Japonicin-1apb主要在皮肤组织中表达,且表达量随着生长温度的升高而逐渐增加;Japonicin-1bpb在不同组织或生长温度下的表达量差异均不明显;Japonicin-3pb主要在肝脏中表达,且生长温度对其影响不大。这些结果为棘腹蛙源3种Japonicin-pb后续功能研究以及开发应用提供了重要的序列及表达谱信息。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2015,(23)
为了克隆水牛ATG5、LC3基因序列,并分析自噬相关基因在水牛各组织中的表达情况,试验采用RT-PCR技术克隆了水牛自噬相关基因ATG5、LC3序列,并对其CDS序列进行了生物学信息分析,同时利用QRT-PCR方法,对ATG3、ATG5、ATG6、ATG7、ATG12、LC3、BECN1 7个基因在胎水牛心脏、肝脏和肌肉等9种组织、成年水牛卵巢中的mRNA表达水平进行了分析。结果表明:克隆得到水牛ATG5基因序列980 bp,其中包括CDS序列828 bp,预计编码275个氨基酸;水牛LC3基因mRNA序列全长499 bp,包括CDS序列378 bp,预计编码125个氨基酸;所分析的7个自噬相关基因在10种水牛组织中均有不同程度的表达。 相似文献
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军曹鱼MHC-Ⅱα基因全长cDNA的克隆及其组织表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究根据其他鱼类MHC-Ⅱα基因的保守序列设计兼并引物,运用同源克隆和末端快速扩增方法扩增了军曹鱼MHC-Ⅱα基因的全长cDNA序列,并对cDNA及其氨基酸序列进行了分析,比较了军曹鱼和其他物种的MHC-Ⅱα氨基酸序列的差异,分析了军曹鱼MHC-Ⅱα基因的组织分布及经LPS刺激后头肾组织中MHC-Ⅱα基因的表达变化。结果表明,军曹鱼MHC-ⅡαcDNA全长998 bp,包括53 bp的5′末端非编码区(5′UTR)、234 bp的3′末端非编码区(3′UTR)及711 bp的开放阅读框(ORF),编码236个氮基酸,其蛋白质分子质量约为25.94 ku,等电点为4.39;军曹鱼MHC-Ⅱα蛋白质序列具有一些重要的特征,包括前导肽、α1、α2、CP/TM/CYT区和保守的半胱氨酸等;军曹鱼MHC-Ⅱα与鼠、人及其它鱼类的氨基酸同源性在25.0%~69.5%之间。Real-ti me PCR检测结果显示,MHC-Ⅱα基因在正常军曹鱼组织中均有表达,但其表达量在各种组织中存在差异,其中较强表达于头肾、鳃,中等程度表达于脾脏、肠,在心脏、脑、肌肉中表达较弱;经LPS刺激后,头肾中MHC-Ⅱα基因表达下调。 相似文献
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本研究根据其他鱼类MHC-Ⅱα基因的保守序列设计兼并引物,运用同源克隆和末端快速扩增方法扩增了军曹鱼MHC-Ⅱα基因的全长cDNA序列,并对cDNA及其氨基酸序列进行了分析,比较了军曹鱼和其他物种的MHC-Ⅱα氨基酸序列的差异,分析了军曹鱼MHC-Ⅱα基因的组织分布及经LPS刺激后头肾组织中MHC-Ⅱα基因的表达变化。结果表明,军曹鱼MHC-Ⅱα cDNA全长998 bp,包括53 bp的5′末端非编码区（5′UTR）、234 bp的3′末端非编码区（3′UTR）及711 bp的开放阅读框（ORF）,编码236个氮基酸,其蛋白质分子质量约为25.94 ku,等电点为4.39;军曹鱼MHC-Ⅱα蛋白质序列具有一些重要的特征,包括前导肽、α1、α2、CP/TM/CYT区和保守的半胱氨酸等;军曹鱼MHC-Ⅱα与鼠、人及其它鱼类的氨基酸同源性在25.0%～69.5%之间。Real-time PCR检测结果显示,MHC-Ⅱα基因在正常军曹鱼组织中均有表达,但其表达量在各种组织中存在差异,其中较强表达于头肾、鳃,中等程度表达于脾脏、肠,在心脏、脑、肌肉中表达较弱;经LPS刺激后,头肾中MHC-Ⅱα基因表达下调。 相似文献
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《中国兽医杂志》2017,(4)
干扰素(IFN)具有抗病毒、抗肿瘤和免疫调节功能,具备较好的临床应用前景。为了解棘腹蛙干扰素的基因信息,本试验明确了棘腹蛙Ⅰ型IFN基因ORF编码长度为561 bp,编码的蛋白质含有1个信号肽和103aa的保守功能结构域。遗传进化分析显示,棘腹蛙Ⅰ型IFN进化相对保守;其蛋白质结构主要由α螺旋构成,细胞表面受体结合能力相对保守。将目的片段装入原核表达载体pET32a并转化BL21(DE3)进行蛋白表达与纯化,获得了预期蛋白。本研究证实了棘腹蛙Ⅰ型IFN属于相对保守的典型Ⅰ型干扰素;为后期深入挖掘棘腹蛙IFN的生物学功能、促进广谱抗病毒生物制剂研发提供了参考。 相似文献
9.
本文旨在研究鲈鱼视黄酸受体α(RARα)和视黄酸受体γ(RARγ)的结构及其基因的组织表达特点.采用反转录PCR和cDNA末端快速克隆(RACE)技术,从鲈鱼肝脏中克隆得到RARα和RARγ全长cDNA序列.检测鲈鱼肝脏、肌肉、心脏、眼、肠、肾脏、脂肪、脾脏、鳃和大脑10个组织中RARα和RARγ基因的表达情况.结果表明:1)鲈鱼RARα cDNA全长2 094 bp,5 ′端和3 ′端的非翻译区分别为124和608 bp,开放阅读框为1 362 bp,推测编码453个氨基酸,分子质量为50.64 ku,理论等电点为8.20.2)RARγcDNA全长1 671 bp,其中包括36 bp的5′端非翻译区、129 bp的3′端的非翻译区和1 506 bp的开放阅读框,共编码501个氨基酸,分子质量为56.20 ku,理论等电点为4.96.3)鲈鱼RARα和RARγ都具有典型的核受体结构,两者氨基酸序列同源性高达63.1％.鲈鱼的RARα和RARγ与红鳍东方鲀有较高的同源性,分别为96.9％和95.2％.4)RARα和RARγ基因在所有检测组织中均有表达,其中RARα基因在心脏和大脑中表达较少,在眼、鳃和肠中表达较高,而RARγ基因仅在鳃和脾脏中有较高表达.总之,本试验成功克隆了鲈鱼RARα和RARγ的全长cDNA;鲈鱼RARα和RARγ有着典型的核受体结构,在各组织中广泛分布. 相似文献
10.
试验旨在克隆鸡Smad4基因，并对其进行生物信息学和组织表达分析。以苏禽3号优质黄羽肉鸡为试验对象，使用RACE技术扩增并克隆了鸡Smad4基因全长序列，对其进行生物信息学分析，构建系统进化树，并利用实时荧光定量PCR检测了Smad4基因在鸡各组织中的表达情况。结果显示，鸡Smad4基因全长序列包含17 bp的5'UTR、1 842 bp的开放阅读框和466 bp的3'UTR，有11个外显子和10个内含子，mRNA序列全长2 325 bp，可编码613个氨基酸。系统进化树显示，鸡Smad4与其他鸟类聚为一类。生物信息学分析显示，Smad4蛋白分子质量为65.43 ku，理论等电点为10.04，为亲水蛋白；含有2个保守结构域：MH1和MH2；二级结构由α-螺旋（18.11%）、延伸链（17.29%）和无规则卷曲（64.60%）组成。组织表达分析表明，Smad4基因在鸡的心脏、肝脏、空肠、卵巢中均有较高表达，而在胸肌中不表达。本试验成功获得了鸡Smad4基因全长序列，并初步研究了其组织表达规律，为进一步研究Smad4基因在鸡繁殖活动中的分子机制提供了理论依据。 相似文献
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本研究通过对前期研究得到的候选鸟类卵巢特异表达基因LOC100857982进行克隆测序和表达分析,检验该基因是否在成年母鸡卵巢高度特异表达并对其功能进行初步分析,为进一步揭示卵巢的生长发育和成熟机制奠定理论基础。本研究采用RACE方法克隆出LOC100857982的cDNA全长,并进一步分析了该基因的序列,利用qRT-PCR方法对该基因进行表达分析。结果表明:LOC100857982的cDNA全长为1 306 bp;比对序列分析发现该基因是鸡SGOL2基因;系统进化树分析表明该基因与非洲爪蛙的遗传距离最近,符合基本的进化规律。qPCR结果显示该基因在25周龄白来航母鸡的卵巢中过表达。本研究表明鸡SGOL2基因是卵巢组织的特异表达基因。结合序列分析和表达分析,本研究推测该基因对母鸡的开产具有重要的作用。本研究还表明了实际克隆测序全长cDNA对基因功能研究的重要性,即使在高质量的鸡基因组中,Ensembl预测基因仍然有很多缺陷,从而导致以此为基础的一些生物学推断发生错误。 相似文献
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猪MyD88基因的克隆及组织表达谱分析 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究旨在克隆猪MyD88的基因序列,并研究其在不同组织中的表达差异.利用RT-PCR技术从猪肠系膜淋巴结组织总RNA中克隆出猪MyD88的cDNA序列,用相关软件进行了基因结构和功能预测,并利用Real-time PCR技术对MyD88基因的组织表达谱进行了分析.序列分析结果表明克隆到的序列全长为897 bp(EF198416),其882 bp的开放阅读框编码的293个氨基酸残基组成猪髓样分化因子88(MyD88);推导的氨基酸序列分析显示:猪MyD88蛋白具有典型的死亡结构域和TIR结构域,相似性分析结果显示,MyD88在进化过程中具有高度保守性,与人、牛、褐鼠和小鼠的氨基酸序列相似性分别为88.4%、85.7%、78.8%和78.2%;Real-time PCR结果表明:MyD88在11个组织中的相对表达水平存在差异,其在派伊氏小体和肠系膜淋巴结中表达量相对较高,在心脏和肌肉组织中表达量较低.猪MyD88基因的克隆和表达研究为进一步研究其生物学功能奠定了基础. 相似文献
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根据GenBank中牛干扰素-α(IFN-α)基因序列(A00145),设计并合成了一对引物,以梅花鹿肝脏组织DNA为模板,采用PCR技术扩增梅花鹿IFN-α全基因,并克隆、测序。结果表明,梅花鹿IFN-α基因全长570bp,编码189个氨基酸,含有6个与二硫键形成有关的半胱氨酸;序列比较分析发现,梅花鹿IFN-α基因序列与GenBank发表的17种IFN-α基因核苷酸序列同源性为29.6%～93.7%,氨基酸序列同源性为18.4%～91.1%;梅花鹿与其他17种动物的IFN-α基因序列分析和系统进化树分析表明,IFN-α基因存在种属特异性,亲缘关系越近,同源性越高。梅花鹿INF-α基因的成功克隆,为进一步研究梅花鹿INF-α基因表达、生物学活性和应用奠定了基础。 相似文献
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在对家蚕蛹cDNA文库的测序中发现了脂多糖诱导肿瘤坏死因子α的转录激活因子(lipopolysaccharide-induced tumor necrosis factor-α factor,LITAF)的EST序列(GenBank登录号AADK01016184)。经过比对发现BmLI-TAF全长为981 bp,由97 bp的5′端非翻译区序列(5′UTR)、390 bp的开放读码框(ORF)和494 bp的3′端非翻译区序列(3′UTR)组成。用电子克隆方法对BmLITAF进行基因结构分析发现,此基因由3个外显子和2个内含子组成,编码129个氨基酸。对BmLITAF蛋白进行疏水性、跨膜结构和信号肽分析的结果显示,BmLITAF具有跨膜结构域。根据BmLITAF的电子克隆序列由家蚕基因组PCR扩增获得BmLITAF基因,将其克隆到pGEM-T-easy载体中,测序验证与电子克隆结果一致。 相似文献
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本研究旨在对山羊溶酶体α-甘露糖苷酶(α-AMA)基因进行组织表达谱和生物信息学分析。参考牛α-AMA基因序列设计引物,采用PCR技术克隆山羊α-AMA基因序列,并利用荧光定量RT-PCR进行组织表达谱分析以及进行生物信息学预测。首次获得了山羊α-AMA基因,含有完整CDS编码区3 000bp,编码999个氨基酸,其中前50个氨基酸为信号肽序列。其编码区的核苷酸序列和预测氨基酸序列与牛的α-AMA相似性最高,分别为95.93%和94.79%。组织表达谱分析表明α-AMA在山羊各组织均不同程度的表达,其中在肺脏、肝脏、小脑表达量较高。生物信息学预测发现,α-AMA蛋白属于糖苷水解酶38家族成员,有2个保守的结构域,存在9个N-糖基化位点。SWISS-MODEL同源建模山羊α-AMA具有良好的可信度。本研究为探讨酶的作用机理及疯草解毒剂的研制提供了理论依据。 相似文献
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《草业学报》2020,(4)
为研究胡麻异质型乙酰辅酶A羧化酶BCCP、BC、α-CT和β-CT四个亚基基因的生物学功能,采用基因克隆、生物信息学和RT-PCR技术分别对胡麻accA、accB、accC和accD 4个基因进行分析。结果发现陇亚10号accA基因编码α-CT亚基,CDS序列全长为2364 bp,编码787个氨基酸;accB基因编码BCCP亚基,CDS序列全长为1173 bp,编码275个氨基酸;accC基因编码BC亚基,CDS序列全长为1574 bp,编码527个氨基酸;accD基因编码β-CT亚基,CDS序列全长为1137 bp,编码378个氨基酸,且4个基因编码的蛋白都是脂肪酸系数较高的亲水性蛋白。RT-PCR结果表明,胡麻accA、accB、accC和accD 4个基因在3个胡麻品种(高含油量的张亚2号、中含油量的陇亚10号和低含油量的R2-17)的不同时期不同组织的表达模式不同,accA、accB、accC和accD四个基因在R2-17、陇亚10号和张亚2号3个胡麻品种所有时期的不同组织中均有表达,但在种子中的表达量均明显高于其他组织,尤其在种子发育10～25 d油脂快速积累时期,4个基因的表达量都迅速增加并达到最高峰。研究表明异质型乙酰辅酶A羧化酶基因可能调控胡麻种子发育前期油脂的合成积累。 相似文献
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本研究旨在从长白猪肝脏组织中克隆与脂质存储相关的CIDEB基因编码区全长序列,并进行生物信息学分析,为研究其结构和功能奠定基础。根据NCBI中的猪CIDEB基因mRNA序列(登录号:NM001112688.1)设计特异性引物,采集长白猪新鲜的肝脏组织,提取RNA并反转录合成cDNA,以cDNA为模板进行PCR扩增,将PCR产物与pcDNA3.1+载体连接,转入大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆后进行生物信息学分析。结果显示:长白猪CIDEB基因编码区序列全长为660 bp,编码了219个氨基酸,与人同源性最高,为92.2%。对长白猪CIDEB蛋白进行生物信息学分析表明,CIDEB蛋白属于亲水性蛋白,不存在跨膜结构,属于CIDE-N家族成员之一,不同物种的CIDEB蛋白具有很高的保守性,其二级结构α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲分别占44.29%、18.26%、8.22%、29.22%。本实验成功构建了CIDEB基因的全长真核表达载体,并对其核苷酸、氨基酸进行序列分析,为进一步研究和揭示长白猪CIDEB蛋白的结构与功能提供了基础材料。 相似文献
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本研究克隆了水牛转录抑制因子CTCF基因序列,并运用生物信息学方法对其核苷酸序列的保守性和氨基酸的理化性质、蛋白质结构进行了系统分析,此外还对CTCF基因在水牛不同组织中的表达差异进行了检测。结果表明,应用RT-PCR技术克隆获得了长2239bp水牛CTCF基因序列,其中编码区全长2184bp,编码727个氨基酸,理论蛋白质分子质量82.7ku,等电点为6.57。多重序列比较分析显示,水牛CTCF核苷酸序列与牛、猪、马、人和小鼠相应序列的相似性分别为99%、96%、96%、94%和92%,结合系统进化树分析结果推测,CTCF基因在不同物种及进化的过程中具有高度的保守性。对水牛CTCF蛋白的二级和三级结构分析结果发现,其存在连续11个锌指C2H2结构,预测其为重要的DNA结合蛋白。定量表达分析结果显示,CTCF在水牛肝脏组织中相对表达量最高,大脑、肌肉和肾脏次之,卵巢和皮肤表达量较低。 相似文献
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本研究旨在克隆细粒棘球蚴Smad蛋白家族基因EgSmadA,鉴定其结构及表达部位,并建立酵母双杂交体系.利用生物信息学方法,克隆及分析EgSmadA基因的DNA全长序列,采用免疫组化技术鉴定EgSmadA蛋白的表达及分布,并构建该基因酵母双杂交载体.结果表明,成功扩增出EgSmadA基因组序列全长4 069 bp,包含4个外显子和3个内含子,开放阅读框为957 bp,编码318个氨基酸,该蛋白C端含有Smad蛋白家族进化高度保守的典型结构域MH2 (Mad homology),并成功构建该基因及其MH2结构域的酵母双杂交载体.免疫组化定位该蛋白主要表达于原头蚴被膜及囊泡生发层.研究结果为进一步研究EgSmadA在细粒棘球蚴生长发育中的作用奠定了基础. 相似文献
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为克隆版纳微型猪近交系血管内皮生长因子(VEGF)基因并检测该基因在各组织中的转录水平,本研究提取版纳微型猪近交系18种组织RNA,利用RT-PCR方法扩增VEGF基因编码区全长序列,进行克隆测序。利用VEGF基因序列的推导氨基酸序列与牛等8个物种的VEGF氨基酸序列构建物种系统进化树,同时采用半定量RT-PCR方法分析VEGF基因在版纳微型猪近交系18种组织中的转录水平。结果显示,版纳微型猪近交系VEGF基因编码区全长573 bp,编码190个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明,与牛等8个物种具有90%以上的相似性,分子系统进化表明其序列与人的关系最近,其次为牛、羊和兔。多组织半定量RT-PCR研究表明VEGF mRNA在版纳微型猪近交系的18个组织中均有转录水平的表达,其中在卵巢、脾脏、心脏、肺脏及皮肤中表达量较高,其他组织中表达量略低。 相似文献