共查询到18条相似文献，搜索用时 203 毫秒
1.
为了解绵羊Toll样受体8(TLR8)蛋白的结构特征和进化关系。本试验采用Trizol法提取新吉细毛羊肝脏组织总RNA,设计ORF区两端兼并引物,RT-PCR方法克隆新吉细毛羊TLR8并进行了系统的生物信息学分析。RT-PCR结果显示,试验获得了大小为3 102bp的片段,包括完整的ORF区2 982bp,编码993个氨基酸(GenBank序列号为:GU936186和GU936187),含15.7%的亮氨酸。同源分析结果显示,TLR8在进化过程中具有高度保守性,与人、家牛、山羊、猪、梅花鹿和小鼠的氨基酸序列同源性分别为79.9%、96.3%、97.6%、84.7%、96.5%和74.2%。蛋白分子功能结构域预测显示,该分子由胞外区(781个氨基酸)、跨膜区(52个氨基酸)和胞内区(160个氨基酸)组成,其中胞外区具有LRR结构域,胞内区具有TIR结构域,且绵羊较人类多了LRR3和LRR12结构域。进化分析显示TLR8分子与不同物种间的进化关系符合真实物种间的进化顺序。试验结果表明新吉细毛羊TLR8分子具有病原分子模式识别作用,为其结构和功能的研究奠定了基础。 相似文献
2.
猪Toll样受体7 cDNA的克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究应用RT—PCR和RACE技术从肠系膜淋巴结组织总RNA中克隆出猪Toll样受体7（Toll—likere—ceptor7,TLR7）的cDNA序列。分析结果表明,克隆到的序列全长3834bp（GenBank登录号：EF469730）,其3150bp的开放阅读框编码1050个氨基酸残基的猪Toll样受体7蛋白。推导的氨基酸序列分析显示,在猪TLR7的胞外区,具有LRR-RI结构域,胞内具有TIR结构域,表现出典型的TLR家族结构特征,同源性分析结果显示,TLR7在进化过程中具有高度保守性,与牛、狗、人、猫和小鼠的氨基酸序列同源性分别为90．8％、87．4％、84．9％、86．7％和78．2％。 相似文献
3.
《畜牧与兽医》2017,(12):70-74
为了解水貂Toll样受体5(TLR5)蛋白的结构特征和遗传演化关系,采用RT-PCR方法从水貂肺脏组织总RNA中扩增出TLR5基因的片段,经拼接获得全长编码区序列。序列全长2 577 bp,编码858个氨基酸,含172%的亮氨酸,并有一段20个氨基酸的信号肽序列。蛋白预测结果表明,该分子具有亲水性,由胞外区(具有LRR结构域)、跨膜区和胞内区(具有TIR结构域)组成,表现出典型的TLR家族结构特征;同源性分析结果显示,与蒙眼貂同源性最高,达97%以上,与海象、大熊猫和北极熊同源性80%以上,与其他物种同源性大都在70%以上。水貂TLR5基因序列的成功克隆为进一步研究其在水貂机体免疫应答中的作用奠定了基础。 相似文献
4.
Trizol法提取梅花鹿肝脏总RNA,采用ORF两端兼并引物,RT-PCR方法克隆梅花鹿天然Toll样受体9基因（TLR9）并进行系统的生物信息学分析。RT-PCR结果显示,梅花鹿TLR9基因的mRNA长4 043bp,含有800bp左右的5’UTR,完整ORF编码1 081个氨基酸（GenBank序列号为：HQ260632）。同源性分析显示梅花鹿TLR9基因编码区与其他物种高度同源,但5’UTR区存在基因结构的变异。功能结构域分析显示不同物种间TLR9结构域相对保守但也存在细微差别,结构域的差别导致梅花鹿TLR9蛋白胞外区马蹄形弧顶内侧空间结构由人类TLR9蛋白的弧形改变为梅花鹿TLR9蛋白的三角形。进化分析显示TLR9基因分子进化关系与物种间真实进化相一致。 相似文献
5.
参考鸡Toll样受体2(TLR2)基因序列设计6对特异引物,采用PC R方法从鸭基因组中扩增得到鸭TLR2基因全序列。结果表明:克隆的鸭TLR2基因编码区全长2 382 bp,由1个开放阅读框组成,编码793个氨基酸,其中亮氨酸为14.2%,含有24个氨基酸的信号肽序列,属于I型跨膜受体,具有富含亮氨酸的重复序列(LR R)和Toll/IL-1R(TIR)同源区结构域;与鸡、人、猪、鼠和牛TLR2基因的同源性依次为80.0%、63.5%、61.4%、60.0%和58.4%,表明该基因是一个比较保守的基因。 相似文献
6.
《动物医学进展》2015,(7)
为研究鸭Toll样受体3(TLR3)的结构及功能,根据GenBank中已公布的番鸭TLR3(JQ910167.1)基因设计引物,采用RT-PCR从北京鸭外周血单个核细胞中克隆出北京鸭TLR3,命名为duTLR3。利用生物信息学技术预测其结构及功能,研究表明,duTLR3基因开放阅读框为2 688bp,编码895个氨基酸,富含17.0%亮氨酸;该分子属于Ⅰ型跨膜受体,由胞外区(1-695aa)、跨膜区(696-718aa)和胞内区(719-895aa)3部分组成,N端含有一个信号肽序列,胞外富含18个亮氨酸重复序列(LRR),胞内含有Toll/IL-1R同源区结构域。核苷酸序列同源性分析显示,duTLR3与金定鸭TLR3亲缘关系最接近达到99.6%;与番鸭、鹅、原鸡、斑胸草雀的亲缘关系次之,并同属于禽类分支上;与番鸭、鹅、原鸡、斑胸草雀、人、猕猴、狒狒、小鼠、大鼠、猪、牛、羊、猫亲缘关系渐远;与草鱼和鲤鱼亲缘关系最远。北京鸭体内组织分布结果显示,duTLR3为组成性表达。本研究成功克隆了北京鸭TLR3基因,预测分析并证实了duTLR3具有典型的TLR家族结构特征,为后期探究TLR3如何识别病毒的RNA及引起下游信号级联反应奠定了基础。 相似文献
7.
本研究应用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增技术,从猪脾脏淋巴细胞中,克隆了猪Toll样受体9基因(pTLR9).基因序列分析表明,克隆的pTLR9基因ORF为3 093 bp,编码1 030个氨基酸,含18.5%的亮氨酸,含有24个氨基酸的信号肤序列,属于Ⅰ型跨膜受体,具有富含亮氨酸的重复序列(LRR)和Toll/IL-1R同源区结构域;与GenBank上登载的pTLR9参考序列(AY859728)的同源性为99.3%,与牛、马、羊和人的同源性较高,与家鼠、褐鼠的次之,TLR9的演化关系与亲缘关系密切. 相似文献
8.
9.
本研究利用RT-PCR方法分段克隆水牛TLR4 cDNA后拼接成全长,并克隆于pMD20-T载体中,同时运用生物信息学软件对其核苷酸序列及编码蛋白质的结构进行分析和预测。结果表明,克隆的TLR4 cDNA ORF全长2526 bp,共编码841个氨基酸,N端具有由25个氨基酸组成的信号肽,该蛋白预测的分子质量为95.98 ku,等电点为6.37;水牛TLR4与GenBank中登录的水牛TLR4(DQ857349)核苷酸序列同源性达99.01%,与黄牛、绵羊、野猪、马、人和黑猩猩的同源性超过80%,与小鼠和狗的同源性次之,分别为72.17%和61.30%,与鸡的最低,仅为53.94%;该蛋白是由胞外区(1-634位氨基酸)、跨膜区(635-657位氨基酸)和胞内区(658-841位氨基酸)3部分构成的跨膜蛋白,胞外区含有12个LRR串联重复结构域、胞内区具有TIR结构域。本试验成功克隆了水牛TLR4 cDNA全长,并获得了核苷酸及其蛋白质的生物信息学分析数据,为进一步研究其功能奠定了基础。 相似文献
10.
为了研究鹅Toll样受体3(gTLR3)基因选择性剪切体在抗感染免疫中的作用,根据鸡、人和小鼠TLR3基因序列设计引物,利用RT-PCR和SMART RACE技术,首次克隆了鹅TLR3基因的选择性剪切体。所得基因序列提交GeneBank,登录号:KC292271。结果表明:核酸序列分析表明,鹅TLR3基因选择性剪切体开放阅读框长2283 bp,编码761个氨基酸,该蛋白等电点7.56,分子量为86.29 kD;与鹅、鸡、小鼠、猪、鱼、牛、羊和人的同源性分别为84.71%、74.40%、48.63%、50.38%、40.09%、50.16%、50.71%和50.98%。推导的氨基酸序列分析显示,在其胞外具有LRRs结构域,跨膜区和不完整的TIR结构域,N末端存在信号肽,且可能在26～27位氨基酸处存在裂解位点。胞外区有14个明显的LRR和15个N连接的糖基化位点。文章首次证实鹅TLR3选择性剪切体的存在,为进一步研究该基因的功能和蛋白质的特性奠定了基础。 相似文献
11.
12.
本研究旨在对猪发动蛋白2（dynamin-2,DNM2）基因进行克隆和生物信息学分析,并探讨DNM2基因在猪不同组织中的表达情况。利用RT-PCR结合RACE方法克隆猪DNM2基因cDNA部分序列,与猪表达序列标签进行拼接,获得猪DNM2基因cDNA全长,并对其进行生物信息学分析,同时采用实时荧光定量PCR检测DNM2基因在猪不同组织中的表达情况。结果表明,猪DNM2基因的开放阅读框（open reading fram,ORF）为2 616 bp,共编码871个氨基酸。DNM2相对分子质量为98 071.30,等电点（pI）为7.04;无信号肽和跨膜结构域,即该蛋白不属于分泌蛋白;DNM2蛋白的二级结构预测发现,构成α-螺旋、β转角、无规则卷曲、延展链的氨基酸数量分别为361、53、335和122个。多重分析结果显示,猪DNM2基因与牛、人、小鼠、大鼠的序列同源性分别为92.6%、91.8%、88.6%和89.3%;进化树分析表明,DNM2基因在物种间具有较高的保守性,不同物种间DNM2基因序列的差异符合物种间的进化性。实时荧光定量PCR结果显示,DNM2基因在脾脏中表达量较高,在乳腺、腿肌、输卵管、卵巢和子宫中表达量均较低。本研究结果为今后深入研究DNM2基因的生物学功能奠定了基础。 相似文献
13.
This study was aimed to clone porcine dynamin-2(DNM2) gene and analyze the gene structure using bioinformatics methods, the DNM2 gene mRNA level in different tissues was also investigated. We got the DNM2 gene cDNA sequence through stitching the expressed sequence tags (EST) and partial cloned sequence of DNM2 gene using RT-PCR and RACE methods. The mRNA level of porcine DNM2 gene in different tissues were detected with Real-time quantitative PCR. The results showed that DNM2 gene included an 2 616 bp whole length open reading frame (encoding 871 amino acids). DNM2 had a relative molecular mass of 98 071.30 and an isoelectric point (pI) of 7.04,and there was no signal peptide and transmembrane domain, therefore, it did not belong to the secretory protein. The DNM2 second structure contained α-helix (361 amino acids), β-sheet (53 amino acids), random coil (335 amino acids) and extended chain (122 amino acids). The sequence multi-aligned results showed that porcine DNM2 gene shared 92.6%, 91.8%, 88.6% and 89.3% of similar nucleotide sequence with that of cattle, human, mouse and rat, respectively. The phylogenetic analysis showed that DNM2 gene was highly conserved among species. Real-time quantitative PCR results indicated that the expression level of DNM2 gene was relatively higher in spleen while that was relatively lower in breast, leg muscle, fallopian tube, ovary and uterus. This research could provide the basis for the further study of the biological function of DNM2 gene. 相似文献
14.
为研究猪肺巨噬细胞FcγR Ⅲ的生物学功能,本研究应用RT-PCR技术从猪肺巨噬细胞总RNA中克隆出猪FcγR Ⅲ的cDNA序列,并对其进行了分析。结果表明,克隆到的序列长820 bp,包含有1个771 bp完整开放阅读框(ORF),与GenBank中登录的猪FcγR Ⅲ序列(AF237453)的核苷酸同源性为99.9％;与人、牛、马、绵羊、猕猴、狗、猫、小鼠氨基酸同源性分别为61.6%、62.9%、55.3%、62.2%、63.0%、59.0%、61.8%和53.2%;蛋白质分子结构预测结果表明,该分子由信号肽（20个氨基酸）、胞外区(185个氨基酸)、跨膜区(23个氨基酸)和胞内区(28个氨基酸)组成,在胞外区存在2个Ig样结构域。猪肺巨噬细胞FcγR Ⅲ基因的成功克隆,为进一步研究其结构与功能奠定基础。 相似文献
15.
为明确猪博卡病毒福建株非结构蛋白NP1的特征,本研究根据GenBank中登录的非结构蛋白NP1的基因特征,设计特异性引物从一份患有断奶仔猪多系统衰竭综合征的仔猪肺脏和淋巴结基因组DNA中扩增到猪博卡病毒非结构蛋白NP1的全长基因序列。测序结果显示,本试验克隆的猪博卡病毒非结构蛋白NP1的基因全长为675bp,编码有224个氨基酸,其与美国株猪博卡病毒(OH110株)核苷酸同源性最高,达97.3%,但与美国株猪博卡病毒(IN109-1株)核苷酸同源性仅为81.8%;与英国北爱尔兰野猪博卡病毒(F41株和64-1株)同源性均不高,分别为82.5%和80.9%;与猪博卡病毒(H18株)核苷酸同源性最低,仅为43.8%。通过对猪博卡病毒代表株进行核苷酸同源性比对分析发现,猪博卡病毒存在3个主要的基因群,不同基因群非结构蛋白NP1的核苷酸同源性均低于50.0%。结果提示需对猪博卡病毒进行明确的划分,不同来源的猪博卡病毒可细分为3个明显的代表种。 相似文献
16.
根据GenBank中已公布牛Toll样受体5（toll-like receptors 5,TLR5）基因序列,设计全长引物,并对所得序列进行生物信息学分析和预测。基因序列分析结果表明,克隆得到牦牛TLR5基因全长2582 bp,开放阅读框2577 bp,编码氨基酸858个,N端含有21个氨基酸组成的信号肽,分子质量为97.981 ku,理论等电点为4.85;蛋白预测结果表明,TLR5编码蛋白整体表现为亲水性;同源性分析结果表明,牦牛与野牦牛、黄牛、绵羊、山羊等物种具有较高的同源性,在系统发育树中距离最近,说明TLR5基因序列具有较高的保守性。牦牛TLR5基因序列的成功克隆为今后深入研究牦牛及高原动物抗病及免疫机制提供非常重要的理论基础。 相似文献
17.
旨在获得猪NAP1L5基因的序列特征、组织表达及生物学功能等相关信息.本试验通过RT-PCR克隆了猪NAP1L5基因,并运用生物信息学方法分析了不同物种序列进化关系,运用荧光定量PCR技术检测了NAP1L5在梅山猪不同妊娠时期胎盘中的表达.序列分析结果表明,猪NAP1 L5基因CDS全长579 bp,编码193个氨基酸.其核苷酸序列与牛的相似性为89％,其中氨基酸序列包含一段保守的核小体组装蛋白(Nucleosome assembly protein,NAP)特征序列.荧光定量结果表明NAP1L5基因随着妊娠时期的增长呈上升表达,在26和50 d之间表达量差异极显著(P＜0.01).以上结果支持了NAP1L5基因可能与猪胎儿营养获取及早期发育有关,为进一步研究猪NAP1 L5基因的功能奠定了基础. 相似文献
18.
A群猪轮状病毒JS株vp7基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据已发表的猪轮状病毒OSU毒株vp7基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计一对特异引物,以猪轮状病毒JS毒株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1000 bp目的片段。将其进行T-A克隆、序列测定和分析。结果表明,vp7基因全长1062 bp,含有一个981 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸。与已知的15个毒株vp7全长基因的核苷酸及推导的氨基酸序列比较,同源性分别为74.5%～78.5%和75.2%～83.1%,核苷酸系统发育进化树结果表明,JS毒株与轮状病毒G9型参考毒株ICB2185、O-1亲缘关系较近,分为一个群,表明JS毒株血清型为G9型。目前,我国尚未见猪及其它动物轮状病毒G9型流行株的报道。 相似文献