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桑属几个种及品种细胞色素氧化酶同工酶的研究 总被引：4，自引：1，他引：3
用聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法,对四川桑属植物的6个种、两个品种及两个引进种的细胞色素氧化酶同工酶进行了研究。结果:(1)桑属内有共同的特征酶带;(2)桑属内各种、品种间的酶谱有显著差异,每个种都有不同的特征酶谱;(3)用组平均聚类法研究同工酶分类,在桑属植物分类上有一定的适用价值;(4)上述研究结果与过氧化物酶同工酶的排序法分类比较,除华桑有差异外,其它桑种、品种均表现规律性的一致倾向,为桑属植物分类提供了新的依据。 相似文献
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桑树种群遗传结构变异分析 总被引：6，自引：2，他引：4
基于探讨桑属植物种群间遗传变异规律 ,采用显性分子标记RAPD技术 ,对我国桑树现行分类的 15个种、4个变种及近缘属的 4 8份供试材料进行了桑属种群的遗传结构分析。结果表明 :桑树具有丰富的遗传多样性 ,多态位点百分率为 78 95 % ;Nei′s基因多样性指数 (h)与Shannon多样性指数 (I)具有相同的群体遗传多样性评价结果 ,即种群组成差异越大 ,h与I指数越大 ,桑属种群的h指数为 0 1893,I指数为 0 30 91;桑属种群总基因流值Nm<1(0 5 2 2 0 ) ,基因分化系数Gst为 0 4 75 3;AMOVA分析表明种群内的变异百分率为 72 6 5 % ,种群内的变异大于种群间 ;UPGMA聚类结果与基因流值、基因分化系数有密切的关系 相似文献
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云南光叶桑、钦州长果桑在形态分类学上均属同一桑种Morus macroura。通过PCR扩增2份地方品种资源材料的ITS序列并分析序列差异及构建系统进化树,阐明各自在桑属中的遗传分化关系。2份材料的ITS序列长度均为576 bp,其中:云南光叶桑的G+C含量为59.90%,碱基序列45位A变G,560位T变G,与昆明奶桑(Morus macroura)、荥经川桑(Morus notabilis)、云南毛叶奶桑(Morus macroura var.mawa)、云南长穗桑(Morus wittiorum)、云南奶桑(Morus macroura)、雅安华桑(Morus cathayana)同在第Ⅰ类群,有较近的亲缘关系;钦州长果桑的G+C含量为59.72%,碱基序列45位为A,560位T变G,与云南华桑(Morus cathayana)同在第Ⅱ类群,有较近的亲缘关系。应用松散分子钟方法估算云南光叶桑与荥经川桑、雅安华桑、云南长穗桑的分化时间为8.23 Ma,钦州长果桑与云南华桑的分化时间为9.67 Ma,二者起源的地质年代是新第三纪中新世与上新世之交,是为了抵御地球寒冷、旱化,向南、向山地迁移形成的物种。 相似文献
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家蚕地方品种线粒体基因组A+T丰富区的序列及分子进化分析 总被引：3，自引：2，他引：1
为了研究家蚕线粒体基因组A+T丰富区的结构和家蚕品种的进化,用PCR方法扩增了12个家蚕(Bombyxmori)地方品种线粒体基因组A+T丰富区及其侧翼序列,分离纯化后克隆到pMD18-T载体进行测序。序列分析表明,克隆片段长度约1.1 kb,基因排列顺序与C108线粒体相同,依次为12S rRNA基因3′端、A+T丰富区、tRNAMet、tRNAIle、tRNAGln和ND2基因5′端,在tRNAGln和ND2基因之间有47 bp的非编码区。以日本野桑蚕(Bombyxmandarina)为外群,用Phylip软件包构建了基于12个家蚕品种线粒体基因组A+T丰富区序列的NJ进化树。结果显示,甘肃种单独聚为一群,其进化早于其它11个品种聚成的类群,说明甘肃种是供试家蚕品种中进化最早的品种。这一结果在分子水平上为黄河流域是家蚕品种的发祥地之一提供了证据,也进一步支持了家蚕品种的中国起源说。对A+T丰富区及其侧翼基因的结构分析表明,家蚕线粒体12S rRNA和ND2基因都十分保守,14个品种统计只分别发生1个和2个碱基转换;A+T丰富区中(A+T)比例高达94.9%以上,第27 nt开始有1个T-串结构,长度为16~19 bp不等;同时还根据3个tRNA基因的核苷酸序列推定了其二级结构。 相似文献
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为探究塔什库尔干牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析塔什库尔干牦牛10个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明:塔什库尔干牦牛Cytb基因全序列长度为1 140bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为27.72%、33.21%、12.92%、26.15%;在10个个体中鉴定出3种单倍型,3个变异位点,全部为转换,单倍型的多样性(Hd)为0.378,核苷酸的多样性(Pi)为0.00 205;D-loop区序列全长在890～910bp之间,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为26.12%、34.22%、25.27%、14.39%,共统计出36个SNP位点,其中转换11个,颠换21个,缺失3个,其单倍型多样性(Hd)为0.778,核苷酸多样性(Pi)为0.00 839。在基于Cytb基因的系统进化树中,塔什库尔干牦牛首先与巴州牦牛、青海牦牛聚为一类,之后与西藏牦牛、野牦牛聚为一类;在D-loop区的系统进化分析中,塔什库尔干牦牛则先与麦洼牦牛、大通牦牛聚为一类,之后与西藏牦牛、野牦牛聚为一类,展示出丰富的遗传多样性,同时进一步支持了牦牛和野牦牛划为牛亚科牦牛属的观点。 相似文献
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应用PCR和序列分析技术,分析了测定西藏昌都地区8只阿旺绵羊和8只藏绵羊mtDNA控制区全序列,并结合GeneBank中绵羊mtDNA的两种变异类型A和B序列进行了比对和系统进化分析.结果表明阿旺绵羊mtDNA控制区长度为1180～1183 bp,而藏绵羊为1 180 bp,序列中A+T含量明显高于G+C含量.将两品种(类群)9种单倍型序列与mtDNA的两种变异类型A和B序列进行比对,共发现106个变异(突变)位点,占分析位点总数的8.945%.两品种(类群)核苷酸多样性和单倍型多样性分别为1.755%、0.928%和0.857±0.082、0.893±0.086;序列的分歧度为3.8%,Kimura 2-parameter距离为0.0344.系统发育NJ树表明藏绵羊和A类线粒体聚为一类,而阿旺绵羊mtDNA单倍型序列同B型线粒体聚为一枝,说明藏系绵羊mtDNA存在一定程度的分化. 相似文献
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对13份杧果食叶性象甲和5份杧果果核象甲mtDNA-COI序列进行序列特征及同源性分析，结果表明，杧果象甲mtDNA-COI基因序列长度611~658 bp，平均碱基组成为A 29.78%、T 35. 60%、G 15.93%、C 18.70%，碱基A+T含量显著高于G+C含量，表现出明显的A+T偏好性特点。NJ系统发育树将18只杧果象甲分为2大类群，象甲1-4、1-6与其他象甲亲缘关系较远，组成类群I，其余16只象甲组成类群II，其中象甲1-2与5只杧果果核象甲的遗传分歧最小，结合形态特征鉴定其为杧果切叶象甲，它们共同组成亚类群IIa，其余10只象甲之间亲缘关系相近聚为亚类群IIb，表明18只杧果象甲虫之间存在不同程度的遗传分歧。研究证实了mtDNA-COI基因多态性在一定程度上能够反映出杧果象甲之间的相似性和差异性，适用于杧果象甲物种鉴定和系统发育分析，可为进一步开展杧果象甲的分子生物学研究奠定基础。 相似文献
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《家畜生态学报》2017,(7)
为了解中甸牦牛的遗传多样性,使其遗传资源能够得到合理开发利用,本研究对中甸牦牛15个个体mtDNA ND6基因和COⅢ基因全序列进行测定,使用MEGA5.0、DNASP5.0、Clustal X1.83等软件分析了核苷酸多样性、单倍型多样性等遗传多样性指标。结果表明:(1)中甸牦牛ND6基因全序列长528bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均含量为20.8%、42.2%、7.6%、29.4%,存在一定的碱基组成偏倚性;COⅢ基因全序列长度为781bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例为29.2%、26.1%、15.2%、29.5%。(2)在15个中甸牦牛个体的ND6基因序列中均未发现单倍型及变异位点,表明中甸牦牛mtDNA ND6基因的遗传多样性较为贫乏;在COⅢ基因序列中发现了3个单倍型,4个变异位点,其中2个转换,2个颠换。(3)在构建的系统进化树中,中甸牦牛首先与麦洼牦牛等家牦牛聚为一类,说明其属于家牦牛,其次与野牦牛聚为一类,说明中甸牦牛与野牦牛亲缘关系较近;由遗传距离分析可知,中甸牦牛与野牦牛距离最小,与亚洲水牛距离最大。此结果进一步支持了将牦牛和野牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点。 相似文献
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基于GenBank中已公布的家犬(Canis familiaris)、赤狐(Vulpes vulpes)、北极狐(Alopex lagopus)和貉(Nyctereutes procyonoides)黑素皮质激素受体1(MC1R)基因序列,利用BioEdit 7.0等生物信息软件,对4种犬科动物MC1R基因进行序列比对和遗传进化分析。结果表明,家犬、赤狐、北极狐及貉MC1R基因为单一外显子,编码区序列长度均为954 bp,碱基组成表现为C＞G＞T＞A,且G+C百分含量高于A+T;编码区碱基序列中共检测到20个突变位点,包括16个单一突变和4个简约突变,转换类型多于颠换,核苷酸和氨基酸序列同源性较高;赤狐与北极狐间的遗传距离最短,邻近法(NJ)、最小进化法(ME)和非对组算数平均法(UPGMA)3种方法构建的进化树基本一致,赤狐与北极狐首先聚为一簇,貉比家犬、赤狐和北极狐分化时间更早。 相似文献
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利用RAD-seq对中国桑属15个种进行了高通量测序,总共得到36.72Gb clean data,总Tags数2 788 927(reads),平均每个种原始数据都在10M以上,Tags都在20万条以上,质量值Q30都在90%以上。用Stacks软件对15个种进行比对,获得68904个SNPs位点。用最大似然法建树,分支图首先将白桑、广东桑分出,接着是山桑、鲁桑、瑞穗桑,再次分出的是鸡桑、细齿桑、蒙桑和鬼桑,最后分出的是黑桑、川桑、华桑、滇桑、长穗桑、奶桑。分支图能将栽培种和野生种完全分开;可以将蒙桑和鬼桑、鸡桑、华桑、川桑、奶桑分开。认为白桑、广东桑属原始类型,长穗桑、奶桑属进化类型;山桑、鲁桑、瑞穗桑这三个种被分在一个分支,自检支持率99%,黑桑、川桑这两个种被分在一个分支,自检支持率56%,长穗桑、奶桑这两个种被分在一个分支,自检支持率100%,说明这些种之间有较近的亲缘关系,桑属RAD-seq测序能大规模筛查SNPs位点,系统发育分析的准确性就更加可靠。 相似文献
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32份广东桑类型桑树种质资源亲缘关系的SRAP标记分析 总被引：1，自引：0，他引：1
广东桑类型是由分布在广西壮族自治区和广东省的广东桑种形成的桑树栽培类型。利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对两广地区的部分广东桑类型桑树种质资源的亲缘关系进行分析,为地方桑树种质资源的遗传多样性保护和利用提供依据。选用22对SRAP引物组合在32份桑树种质材料中共扩增出144条带,其中有44条多态性带,多态性比率30.56%,平均每对引物组合扩增出2条多态性带。32份桑树种质材料间的遗传相似系数值变化范围为0.826 4～1.000 0,平均值0.894 4,说明供试广东桑类型桑树种质材料间存在较高遗传变异。采用UPGMA法进行聚类分析,将32份桑树种质材料划分成3类:第Ⅰ类包括了20份来自广西的地方品种资源,第Ⅱ类包括了3份来自广东的选育品种资源和7份来自广西的选育品种资源,第Ⅲ类的2份种质资源分别来自广西和广东。同一类群的各亚类群又多以同一地理来源的品种或亲本有相近、相同血缘的品种聚集。研究结果说明SRAP标记能很好地揭示同一桑种不同种质材料间的遗传多样性和亲缘关系,广东桑类型桑树种质资源的遗传多样性与地理来源有密切关系。 相似文献
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研究为分离获得荷斯坦奶牛瘤胃内容物中的细菌,建立系统进化树,获取有益菌种。采用培养组学技术和16S rDNA分子鉴定方法相结合,对3头健康荷斯坦奶牛瘤胃内容物中细菌进行分离培养。共分离得到105株细菌,包括肠球菌属(Enterococcus)共15株14.29%,芽孢杆菌属(bacillus)共11株10.48%,不动杆菌属(Acinetobacter)共14株13.33%,葡萄球菌属(Staphylococcus)共22株20.95%,梭菌属(Clostridium)共1株0.95%,狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)共2株1.90%,短杆菌科(Brevibacteriaceae)共2株1.90%,链球菌属(Streptococcus)共11株10.48%,气球菌属(Aerococcus)共4株3.81%,柠檬酸杆菌属(Citrobacter)共14株13.33%,杆菌属(Brachybacterium)共1株0.95%,克雷伯氏菌属(Klebsiella)共1株0.95%,普罗维登斯菌属(Providencia)共3株2.86%,沙雷氏菌属(Serratia)共4株3.81%。结果中所占比例最高的菌属是葡萄球菌属;系统进化树分析和GenBank中的同源性比对结果发现,从细菌门、纲、目、科、属、种分析,分支明确;26个菌种同源性都在95.01%~100%之间。分离纯化出11株芽孢杆菌属(Bacillus)细菌具有潜在益生菌活性。可作为饲料添加剂饲喂荷斯坦奶牛。 相似文献
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牛中华泰勒虫新种(梨形虫亚目:泰勒虫科)2.分子分类学研究 总被引：6，自引：0，他引：6
分离自我国甘肃中部地区土种黄牛的一种形态特异的泰勒虫，采用传统分类学研究鉴定为新种，被定名为中华泰勒虫（Theileria sinensis sp.nov）。又利用对泰勒虫属特异的PCR引物（92/93）对该种基因组DNA扩增，结果表明该种属泰勒虫属原虫确定无疑，并对代表虫种进化和分类的18S rRNA基因序列进行了测定，对已测出该基因1067bp长片断序列与基因库中9种巴贝斯虫，7种已知牛泰勒虫的相应序列进行比较、分，建立起系统发生树。树图表明，瑟氏泰勒虫和水牛泰勒虫的亲缘关系非常近， 中华泰勒虫与这两个种的亲缘关系较近，与附膜泰勒虫、小泰勒虫、环形泰勒虫、斑羚泰勒虫、突变泰勒虫差异较大。 相似文献
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桑叶次生代谢产物分析 总被引：7，自引：1，他引：6
通过色谱分离与波谱鉴定,对桑叶次生代谢产物进行了研究。分离并鉴定了10个化合物:5,7-二羟基香豆素-7-O-β-D-吡喃葡萄糖苷(5,7-d ihydroxycoum arin-7-O--βD-glucopyranoside,1);5,2,′4′-三羟基黄酮-7-O-β-D-吡喃葡萄糖苷(5,2,′4-′trihydroxyflavone-7-O--βD-glucopyranoside,2);东莨菪苷(scopolin,3);丁二酸(butaned ioic,4);3,4-二羟基苯甲酸(3,4-d ihydroxybenzoic ac id,5);山柰酚-3-O-(6″-O-2-丁烯酰)-β-D-吡喃葡萄糖苷[kaempferol-3-O-(6″-O-2-butenoyl)--βD-glucopyranoside,6];山柰酚-3,7-二-O-β-D-吡喃葡萄糖苷(kaempferol-3,7-d i-O--βD-glucopyr-anoside,7);尿嘧啶(urid ine,8);胸腺嘧啶(thym ine,9);D-半乳糖醇(D-galactitol,10)。其中化合物5-10为首次从桑属植物中分离得到;化合物2为新天然产物;化合物1为新化合物。 相似文献
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四川白三叶根瘤菌遗传多样性及系统发育研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为阐明四川部分地区野生白三叶根瘤菌的遗传多样性及系统发育地位,对分离自四川雅安、康定、泸定、西昌、成都和乐山6个地区白三叶根瘤的69株菌进行系统研究。采用16S rDNA限制性片段长度多态性分析(restriction fragment length polymorphism, RFLP)和16S rDNA基因、持家基因(recA、atpD、glnII)、结瘤基因(nodC)、固氮基因(nifH)系统发育分析的方法进行了研究。结果表明,16S rDNA PCR-RFLP中所有供试菌株产生了4种酶切图谱类型,表现出较为丰富的遗传多样性。持家基因与16S rDNA基因系统发育分析结果基本一致,9株代表菌株主要分布在α-变形菌纲(Alpha-Proteobacteria)的根瘤菌属(Rhizobium),并与豌豆根瘤菌三叶草生物型(R. leguminosarum bv. trifolii) ATCC 14480T的亲缘关系较近。PCR可扩增出nodC和nifH基因片段,但从属于土壤杆菌属(Agrobacterium)的菌株LS1105中则扩增不出这两个基因。所有供试菌株被鉴定到了种的水平,证实了68株为白三叶根瘤菌,并通过不同采样地点菌株之间的比较,发现白三叶与根瘤菌的共生关系因地理分布不同而具有多样性,对于丰富白三叶根瘤菌资源及其开发利用具有重要意义。 相似文献
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对牦牛心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因进行了克隆测序，并与GenBank中9个物种相应基因编码区核苷酸序列进行了比对分析，在此基础上采用邻接法、最大简约法和最小进化法构建了牦牛与其它物种间分子系统进化树。结果表明，牦牛H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成，外显子1、外显子2、外显子3和外显子4大小分别为73、173、102和54bp，内含子1、内含子2和内含子3大小分别为3460、1892和1495bp。CDS序列全长为402bp，前体氨基酸数为133个。不同物种间在该基因核苷酸序列上有较高的保守性。牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上同源性大小分别为99．8％、97．8％、97．0％、92．8％、88．8％、83．3％、83．1％、76．4％、68．7％。通过邻接法、最大简约法和最小进化法用H-FABP基因编码区核苷酸序列构建的物种间分子系统进化树，结果表明，3种方法构建的物种间分子系统进化树基本一致。系统树总体分为两支，斑马鱼为独立的一支，而牦牛与其它物种为另一大分支。牦牛与普通牛、绵羊与山羊先分别聚在一起，然后再聚为一类；后与猪、人依次聚为一类。小鼠和大鼠先聚为一类，再与人和其它物种聚类，然后再与鸡聚为一类。该系统聚类结果与动物学分类一致，表明H-FABP基因适合于构建不同物种间的系统进化树。 相似文献
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A commercially available microbiological identification system and DNA:DNA hybridization were used to determine relationships between and within serovars 1-13 of Pasteurella haemolytica, and between P haemolytica and P multocida and 4 species of Actinobacillus. All serovars of P haemolytica that belonged to biovar A were related with mean DNA homology of 78%, whereas all serovars of P haemolytica that belonged to biovar T were related to each other with mean DNA homology of 90%. The DNA:DNA hybridization between strains of biovars A and T ranged from 3 to 13%, indicating little or no genetic relationship between the 2 biovars of P haemolytica. The DNA homology between all serovars of P haemolytica and other species of non-P haemolytica bacteria tested (P multocida and actinobacilli) was less than 14%, suggestive of essentially no genetic relationship of P haemolytica with the ATCC reference strains of the genus Pasteurella or the genus Actinobacillus. Enzymatic differences were observed between P haemolytica and the other non-P haemolytica bacteria tested; however, the microbiological identification system that uses enzymatic reactions could not distinguish among biovars of P haemolytica. Results of this research support other data that suggest that biovars A and T of P haemolytica should be classified as separate species, but do not support the inclusion of either biovar A or T within the genus Actinobacillus. 相似文献