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为了筛选出与白三叶(Trifolium repens)共生匹配效果优异的根瘤菌菌株,从四川野外采集到80余份白三叶根瘤样品并从中成功分离出了72株。经菌落形态观察,革兰氏染色镜检初步检验后,对所分离的菌株进行水培法和砂培法结瘤试验筛选高效菌株。结果表明,接种根瘤菌显著提高了白三叶的结瘤数、株高、鲜重、干重、叶绿素和全氮含量(P< 0.05),其中以菌株YA1121和CD1105为最佳。同时,采用16S rDNA序列鉴定菌株YA1121和CD1105,属于三叶草根瘤菌,为四川白三叶根瘤菌遗传多样性及系统发育研究奠定了基础。 相似文献
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为阐明西北部分地区三叶草属(Trifolium L.)根瘤菌遗传多样性及系统发育地位,于2007年12月采用16S rDNA PCR-RFLP与16S rDNA全序列分析,对50株分离自新疆和陕西地区的三叶草属根瘤菌进行系统研究。结果表明:所有供试菌株产生了5种16S rDNA基因型,归属于根瘤菌属(Rhizobium)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、叶杆菌属(Phyllobacterium)3个系统发育分支,表现出较为丰富的共生固氮体系多态性。其中,CCNWXJ0140在系统发育树中与三叶草叶杆菌模式菌株P.trifolii PETP02关系较近,序列相似性为98.9%,也扩大了可与三叶草形成共生关系的根瘤菌种类的范围。通过不同地区同一寄主的三叶草根瘤菌的比较,发现其共生关系因地理分布不同而具有多样性,因此,对于丰富三叶草根瘤菌资源及其开发利用具有重要意义。 相似文献
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百脉根根际分离出根瘤菌2株(LC15、LC20)与白三叶根际中分离出根瘤菌RW183基因组DNA经PCR扩增16S rDNA序列、阳性克隆检测、质粒提取测序,并与GenBank中已知序列比对,结果表明,菌株LC15与LC20的16S rDNA序列与多株克雷氏菌属(Klebsiella sp.)的16S rDNA核苷酸序列的同源性均超过99.00%,RW18与勒克氏菌属中的Leclercia adecarboxylata (HQ242722)核苷酸序列同源性为99.79%,结合各菌株的主要生理生化特征,将菌株LC15与LC20初步鉴定为Klebsiella sp.,将菌株RW18鉴定为Leclercia sp.。 相似文献
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四川白三叶根瘤菌SRAP遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《中国草地学报》2016,(6)
利用SRAP分子标记对来自四川省雅安、康定、泸定、西昌、成都和乐山6个地区的71份白三叶根瘤菌株的遗传多样性和遗传关系进行分析,结果表明:(1)23对引物组合共扩增出292条带,其中多态性条带279条,多态位点百分率95.55%;(2)单引物组合平均多态信息量(PIC)为0.341,条带信息指数(BI)为0.429,分辨力(RP)为6.226,标记指数(MI)为4.507;(3)供试菌株间遗传相似系数(GS)值介于0.493~0.962之间,平均为0.673;(4)采用UPGMA聚类方法,在GS=0.59时71份供试根瘤菌株可划分为3个组,地理来源相同或相似的菌株聚类结果相对集中;(5)方差分析(AMOVA)显示,在总的遗传变异中有85.05%发生在地理类群内,14.95%发生在地理类群间,均表现为极显著(P0.001)。表明SRAP标记对白三叶根瘤菌遗传变异的鉴别能力具有一定的可行性,是分析其遗传多样性的有效手段;供试白三叶根瘤菌株具有丰富的遗传多样性,且在分子水平上具有较远的亲缘关系;同时也揭示了不同地理环境根瘤菌株的遗传变异与其地域分布具有一定的相关性。 相似文献
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苦马豆(Sphaerophysa salsula)是西北荒漠区重要的豆科植物。本研究采用16SrDNA PCR-RFLP和16SrDNA全序列分析方法,对西北部分地区苦马豆根瘤中内生细菌的遗传多样性及系统发育进行分析。结果显示,115株供试菌株产生了28种遗传图谱类型,对每种图谱类型的代表性菌株进行了16SrDNA全序列分析,其中的根瘤菌分别归属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)、中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium);其余的内生菌分别归属于副球菌属(Paracoccus)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、固氮螺菌属(Inquilinus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、沙雷氏菌属(Serratia)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、诺卡氏菌属(Nocardia)、链霉菌属(Streptomyces)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、短短芽孢杆菌属(Brevibacillus)、Lysinibacillus、葡萄球菌属(Staphylococcus)和芽孢杆菌属(Bacillus),这表明苦马豆根瘤中内生细菌具有丰富的多样性。 相似文献
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从猪粪便中分离得到一株新饲用乳杆菌,对其16S rDNA基因进行了测序,该段基因序列已提交GenBank,登录号为HQ641209。将该菌株16S rDNA基因序列进行在线BLAST比对并与其他乳杆菌属菌株的16S rDNA序列建立系统发育树,结果显示该菌16S rDNA序列与NCBI公布的约氏乳杆菌Lactobacillus johnsonii (AB295648)的同源性为99.7%,因此该菌鉴定为约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii),将其命名为"Lactobacillus johnsonii Sun001"。经测试,该菌株对E.coli K88、K99菌株的生长有抑制作用,在pH为2.5的模拟胃液中处理3 h存活率为68.8%,在0.3%胆盐浓度的模拟肠液中处理3 h存活率为21.4%。 相似文献
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利用PCR-DGGE技术分析桑天牛成虫肠道菌群结构及优势菌群,获取桑天牛肠道微生物的多样性信息。从桑天牛成虫肠道中提取细菌基因组DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物27F/1495R和27F/519r+GC进行V3可变区PCR扩增,将长约500 bp的扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离后,进行优势条带分析、DNA回收、克隆、测序等,初步得到分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、埃希氏菌属(Escherichia)、志贺菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、柠檬酸菌属(Shigella)、泛菌属(Pantoea)和沙雷氏菌属(Serratia)的8个细菌菌株,其中优势细菌为克雷伯氏菌属的细菌菌株,其次是沙雷氏菌属的细菌菌株。将获取的细菌16S rDNA序列在GenBank数据库中进行BLAST比对分析,相似度在97%以上的有6个菌株,其中有5个菌株与传统方法分离菌株的鉴定结果一致,表明基于16S rDNA的PCR-DGGE技术可用于桑天牛肠道菌群多样性研究。 相似文献
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本试验旨在鉴定一株从肉鸡体内分离的广谱耐药菌,并从分子生物学角度对该株细菌的耐药机理进行探讨。根据《常见细菌系统鉴定手册》标准对该菌进行培养特性、生化试验鉴定,设计1对16S rDNA通用引物扩增其16S rDNA并测序鉴定;根据该菌的药物敏感性试验结果设计了12对引物扩增其基因组上耐药基因。细菌培养特性和生化试验结果显示该菌为一株肠球菌,PCR扩增出大小为1465 bp的目的片段,药敏试验显示该株细菌耐受多种抗生素,PCR扩增其耐药基因发现存在ant(6)-iv、OXA-10、tetM、CTX-M-1、TEM基因。最终鉴定该株细菌为一株肠球菌,耐药基因的存在是其产生耐药性的原因之一。 相似文献
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分析河南、陕西分离的14株鸡杆菌(Gallibacterium)之间的进化关系,及gyrB基因序列比较在该菌进化分析中的作用。PCR扩增鸡杆菌分离株的gyrB、16SrRNA和rpoB3个看家基因,PCR产物纯化后直接测序。将鸡杆菌分离株、国外参考株的3个看家基因序列进行比较分析,用Phylip 3.67软件构建进化树。结果表明,14株鸡杆菌与鸭源鸡杆菌(Gallibacterium anatis)模式株间的相似性为96.3%～98.0%(gyrB)、97.7%～99.6%(16SrRNA)和97.7%～99.0%(rpoB);14株鸡杆菌与鸡杆菌复合群1(Gallibacterium genomosp.1)参考株间的相似性为88.8%～89.9%(gyrB)、96.2%～97.5%(16SrRNA)和92.6%～93.6%(rpoB)。基于3个看家基因序列的进化分析,均显示14株鸡杆菌和鸭源鸡杆菌模式株形成单独的一个群。14株鸡杆菌分离株均属于鸭源鸡杆菌种;在3个看家基因位点,鸡杆菌河南株与陕西株之间、鸡杆菌输卵管炎病鸡分离株与健康鸡分离株之间均无明显遗传上的差异;gyrB基因序列分析可用于鸡杆菌分离株的种类鉴定,且对14株鸡杆菌与复合群1参考株的区别能力优于另外2个看家基因。 相似文献
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Conventional serological methods for the identification of canine mycoplasma isolates depend on the availability of a panel of species-specific diagnostic antisera and are not always reliable in terms of specificity. To enable simultaneous identification of field isolates, PCR-RFLP analysis of the 16S-23S rRNA intergenic spacer region was used to characterize the type strains of the 12 currently described canine mycoplasmas of the Genus Mycoplasma which represent the "classic" non-hemotropic species. The use of 16S-23S rDNA PCR in the first step of this analysis revealed specific size differences of amplicons which allowed to classify these 12 canine Mycoplasma species into three groups. Depending on the length of the amplicon, subsequent RFLP analysis of PCR products using two restriction endonucleases in a single digest (ApoI/DdeI or TaqI/VspI) generated unique banding patterns. For further evaluation of the 16S-23S rDNA PCR-RFLP assay system as identification and differentiation tool, a total of 262 field isolates collected from the canine genital tract were tested. PCR-RFLP results for 251 field isolates correlated with traditional serological test results. The remaining 11 isolates had an RFLP pattern distinct from the type strains included in this study and were identified by 16S rDNA sequencing as closely related to M. sp. HRC689. The PCR-RFLP assay established in this study enabled a rapid, accurate and easily performed identification and differentiation of all 12 currently described non-hemotropic canine Mycoplasma species. 相似文献
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动物园野生动物支气管败血波氏杆菌的分离鉴定与系统发育树的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
采用Biolog和16SrRNA基因序列分析法对分离自北京动物园的8株支气管败血波氏杆菌进行了鉴定。菌株经纯化培养,用Biolog微生物鉴定系统进行了鉴定,结果表明,8株菌株为支气管败血波氏杆菌。菌株经纯化培养,采用菌落PCR方法进行16SrRNA基因序列扩增,扩增产物纯化后直接进行测序。序列经人工校对后用ClustalX1.83软件进行比对分析,最后用Mega3.1软件构建系统发育树,系统发育分析结果表明,8株菌株与支气管败血波氏杆菌DSM10303的同源性达到了99.9%,并在同一个分支内。 相似文献
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家蚕肠道细菌种群结构分析 总被引：5，自引：1，他引：4
用普通培养基和稀释培养基从家蚕4龄幼虫肠道中分离到109株细菌,通过16S rDNA-RFLP分析后,得到14个不同类群。从各个类群中随机选取代表菌株进行16S rDNA序列测定和系统发育分析,结果表明,家蚕肠道细菌主要分布在芽孢杆菌属(Bacillus)、节杆菌属(Arthrobacter)、肠杆菌属(Enterobacter)、微杆菌属(Microbacteri-um)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、短杆菌属(Brevibacterium)、纤维微杆菌属(Cellulosimicrobium)、肠球菌属(Entero-coccus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、棒状杆菌属(Corynebacterium)10个已知细菌属和另外1个分支中,揭示了家蚕肠道细菌种群的多样性。 相似文献
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采用16S rDNA序列分析及ERIC-PCR对从贵州修文贵长猕猴桃枝条、叶片、花蕾分离到的35株猕猴桃溃疡病菌进行遗传多样性分析。通过16S rDNA序列分析,鉴定所分离的病原菌为Pseudomonas syringae pv.actinidiae,并运用ERIC-PCR分析病菌群体的遗传多样性分析,相似系数为0.808时,35株菌株分为4个类群,85.7%的菌株属于第一个类群,且菌株无明显的采集地、采集部位的聚类;表明修文猕猴桃溃疡病菌具有丰富的遗传多样性;此研究为溃疡病的检测、防治提供科学依据。 相似文献
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为了解牦牛瘤胃中产纤维素酶的芽孢杆菌种类,无菌采集10份成年麦洼牦牛瘤胃内容物样本,经80 ℃高温水浴20 min后分离得到耐高温芽孢菌.将分离菌株点种至羧甲基纤维素钠培养基上,使用刚果红染液染色筛选产纤维素酶菌株,扩增产酶菌株16S rRNA序列并测序,进行同源性比对和系统进化分析.结果显示:从10份样本中分离到64株菌,从中筛选出产纤维素酶芽孢杆菌共23株,其中蜡样芽孢杆菌16株,苏云金芽孢杆菌7株.系统进化分析结果显示,蜡样芽孢杆菌共分为两大支,有一株菌单独聚为一支,另外15株菌聚为一支,其中这一支又分为五小支,具有一定的遗传多样性;7株苏云金芽孢杆菌分布在一个大支上.该结果为了解牦牛瘤胃产纤维素酶芽孢杆菌的种类和开发牦牛专用微生态制剂奠定了试验基础. 相似文献
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To investigate the species of cellulase-producing Bacillus in yak rumen,10 samples of rumen content were aseptically collected from 10 adult Maiwa yaks to isolate the heat-resistant Bacillus by water bath at 80 ℃ for 20 min.The cellulase-producing strains were screened using the CMC-Na medium and Congo red staining.The 16S rRNA gene sequence of those cellulose-producing strains were amplified and sequenced.The results showed that 64 strains were isolated from the 10 samples.Total 23 strains were identified as cellulase-producing bacillus,including 16 strains of Bacillus cereus,7 strains of Bacillus thuringiensis.Furthermore,phylogenetic analysis showed that the 16 Bacillus cereus strains were clustered into two branches:One isolate was clustered into a branch alone,the other 15 isolates were clustered into a branch which clustered into 5 small branches,showing that there was certain genetic diversity in the isolates of Bacillus cereus.And all 7 Bacillus thuringiensis strains were clustered into a branch.Hence,the results layed the foundation of investigating the species of cellulase-producing Bacillus in yak rumen and developing probiotics special for yak. 相似文献