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猪繁殖与呼吸综合征病毒nsp2基因缺失株RT-PCR检测方法的建立 总被引：3，自引：1，他引：2
为了快速检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) nsp2基因缺失流行株,在对不同PRRSV分离株nsp2基因核苷酸序列分析的基础上,设计了针对nsp2基因的1对兼并PCR引物和1条基因特异性反转录引物.RT-PCR试验结果表明,经典PRRSV S1毒株和高致病性nsp2缺失株SY0608毒株的PCR扩增片段的大小分别为768 bp和678 bp.特异性试验和敏感性试验证明,该检测方法特异性较好,但敏感性相对较低,可用于快速鉴别诊断PRRSV nsp2基因缺失毒株和经典PRRSV毒株. 相似文献
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【目的】建立一种以MGF360-13L基因为靶标的实时荧光定量PCR检测非洲猪瘟病毒（African swine fever virus, ASFV）的方法,为非洲猪瘟（African swine fever, ASF）的诊断、MGF360-13L基因缺失毒株鉴别、病毒分离鉴定、基因功能研究提供技术支持。【方法】首先,以ASFV中国流行毒株（GenBank: MK333180.1）的MGF360-13L基因序列为靶标设计并筛选了1对特异性引物和探针,建立其荧光定量PCR检测方法。设计引物13L-F/13L-R,扩增MGF360-13L,并将其克隆至pOK12载体,挑取阳性克隆并测序验证,构建重组质粒标准品。将重组质粒标准品连续10倍梯度稀释,以稀释后的各梯度质粒标准品为模板,配制反应体系和设置反应条件后进行荧光定量PCR检测,建立标准曲线,并对其敏感性和重复性进行评价;其次,以连续10倍梯度稀释的重组质粒标准品为模板,利用引物13L-F/13L-R进行常规PCR检测,以比较荧光定量PCR的敏感性。最后,运用本检测方法和本研究组已建立的针对ASFV p72的荧光定量PCR检测方法同时对黑龙江某猪场发生ASF时采集的30份临床样品进行检测,以比较两种检测方法的符合率。另外,应用该方法对感染原代巨噬细胞的ASFV野毒株和MGF基因缺失毒株进行鉴别检测。【结果】利用引物13L-F/13L-R可扩增出一条800 bp左右的特异性目的条带,而阴性对照无条带,成功构建出标准品。本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法在质粒标准品为1.56×101-1.56×108拷贝/μL时,呈现出良好的线性关系,线性回归方程为：y =-3.295 lg(x) + 45.995,线性相关系数R2为0.997,对ASFV核酸最低检测限为15.6拷贝/μL。在特异性检验中,除ASFV核酸外,猪瘟病毒、伪狂犬病病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2型等病毒核酸均未出现扩增曲线,表明该方法的特异性良好。与最低检测限为1.56×104拷贝/μL病毒核酸的常规PCR检测方法相比,本研究建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法高出其约3个数量级,具有较高的敏感性。在临床样品检测中,两种检测方法经过McNemar检验,P = 0.5>0.05,表明两种检测方法的结果无统计学差异;经过Kappa检验,Kappa = 0.867>0.75,P<0.001,提示两种检测方法符合率较好,能够有效区分ASFV野毒株和MGF360-13L基因缺失毒株。【结论】建立的TaqMan荧光定量PCR特异、敏感、重复性好,不仅丰富了ASFV现有检测靶标,也为后续MGF360-13L功能、MGF缺失毒株的鉴定及相应基因缺失疫苗株的鉴别诊断提供技术支持。 相似文献
3.
【目的】为研制针对猪伪狂犬病病毒流行毒株的疫苗提供候选毒株。【方法】构建针对猪伪狂犬病病毒流行毒株的gE/gI缺失重组转移质粒pMD-LA-RA及携带EGFP标记基因的重组转移质粒pMD-LA-EGFP-RA,将pMDLA-EGFP-RA与伪狂犬病病毒流行毒株PRV AH进行同源重组,利用EGFP为筛选标记,获得携带EGFP基因的gE/gI基因缺失突变株PRV AH gE~–/gI~–/EGFP~+,以此毒株与pMD-LA-RA进行第2次同源重组,筛选去除EGFP基因的gE/gI基因缺失突变株PRV AH gE~–/gI~–,并通过生长曲线、易感细胞连续传代和动物免疫评价其增殖能力、遗传稳定性及免疫原性。【结果】通过2次同源重组,结合荧光观察、空斑纯化和PCR检测,成功获得了PRV AH gE~–/gI~–,经PCR鉴定、荧光观察及测序鉴定,证实该毒株g E和g I基因被成功缺失,且不携带EGFP标记基因。生物学特性研究结果表明,该毒株增殖能力与亲本毒株相当,遗传稳定性及免疫原性良好。【结论】采用同源重组技术成功构建了免疫原性良好的猪伪狂犬病病毒流行毒株gE/gI基因缺失突变株,为研制针对流行毒株的基因缺失疫苗奠定了一定的基础。 相似文献
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1型鸭肝炎病毒R株全基因组分析与检测技术的研究 总被引：6，自引：0，他引：6
【目的】测定1型鸭肝炎病毒（DHV1）毒株R全基因组,建立鸭肝炎病毒1型巢式PCR与实时荧光定量RT-PCR。【方法】设计特异性引物测定DHV1毒株R全基因组,以3D为靶基因序列的引物P1和P2,P3 和P4进行巢式PCR,引物F和R进行实时荧光定量RT-PCR。【结果】序列分析发现该毒株与其它GenBank上发表的DHV1毒株基因组核苷酸序列同源性为94.2%～99.2%,编码聚合蛋白氨基酸序列同源性为98%～98.8%,表明DHV1-R株与其它DHV1毒株之间病毒基因组一级结构有较高的同源性。基因组结构5′UTR-VP0-VP3-VP1-2A1-2A2-2B-2C- 3A-3B-3C-3D-3′UTR在遗传进化关系上与副肠孤病毒属（Parechovirus）亲缘关系较近。参照鸭肝炎病毒1型基因序列设计特异性引物,分别进行巢式PCR和SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR 方法检测鸭肝炎病毒1型, 结果表明巢式PCR敏感性为6 pg•ml-1。实时荧光定量RT-PCR确定特异性产物的Tm值,同时做普通RT-PCR。试验结果表明,特异性产物的Tm值为85.6℃,最低能检测到含0.015 fg•μl-1 阳性质粒标准品。【结论】建立的巢式PCR与SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR 检测方法显示了较好的特异性、敏感性,为鸭肝炎病毒1型的临床检测和流行情况调查提供了新的技术手段。 相似文献
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6.
非洲猪瘟在临床上出现多种毒株,主要分为野毒株和基因变异毒株。因其在临床上造成不同程度的危害,有必要建立一种方法进行正确诊断和健康监测。为实现野毒株和基因变异毒株的鉴别诊断,研究根据GenBank中的ASFV中国流行株(登录号：MK333180.1)的P72、CD2v、MGF基因保守序列设计引物,建立一种可以同时检测上述三种基因的三重荧光定量PCR方法。三重荧光定量PCR方法对猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒2型(PRV)和猪圆环病毒(PCV2)检测均无交叉反应,表现出较强的特异性。敏感性检测显示针对P72、CD2v和MGF重组质粒标准品的最低检测下限为103～102 copies/mL。在重复性试验中,大部分组间变异系数均小于2%或接近2%,具有较好的重复性。试验表明,三重荧光定量PCR方法可用来鉴别野毒株和基因变异毒株。 相似文献
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《农业科学与技术》2019,(6)
【目的】探讨PCV2感染后血清和组织中病毒含量的动态变化以及不同PCV2毒株间的差异。【方法】建立了快速、敏感和特异的用于检测猪圆环病毒2型的SYBR Green I荧光定量PCR方法。以200μL 1×10~6TCID_(50)/mL的猪圆环病毒2型不同分离株攻毒Balb/c小鼠,于不同时间采集感染后血清和组织,利用SYBR Green I荧光定量PCR进行病毒含量的测定。【结果】结果表明,该Real-time PCR能够检测出PCV2,具有较高的特异性。利用该方法对不同毒株攻毒后的Balb/c小鼠进行检测,结果显示攻毒后14天均可以在小鼠的血清中检测到PCV2,2007HA株(PCV2c)最高,达1.21×10~8拷贝/mL;21天时均降低;攻毒后28天又有上升趋势,2010NJ(PCV2b)最高。肺脏和脾脏的检测结果表明,2010NJ和2009ZJ两株PCV2b分离株的脏器病毒含量最高。【结论】PCV2不同分离株在Balb/c小鼠中增殖效率是不同的,且2009ZJ株在脏器中的增殖率明显高于血清,其他毒株则不明显,这也为分析PCV2不同毒株的体内增殖特性和致病性奠定基础。 相似文献
8.
[目的]了解我国部分地区猪圆环病毒2型（PCV2）的遗传变异特性。[方法]使用细胞传代的方法对 PCR检测为猪圆环病毒2型阳性的病料进行病毒分离,并通过 PCR、IFA进行初步鉴定,并特异性扩增出该分离病毒的全基因组,并进行同源性和系统进化树分析。[结果]该研究成功分离出1株 PCV2毒株,并命名为201105ZJ株;该分离株能在 PK15细胞上增殖,特异性 PCR检测可扩增出特异性片段,经 PCV2阳性血清作用后,呈现特异性免疫荧光,其 TCID50偏低,为102.67;基因组全长1768bp,与13株参考毒株的序列同源性介于94.1%～96.8%;与 AF055392PCV2a的同源性最高,为96.8%;分离株201105ZJ 和AF055392属于基因型 PCV2a,与 PCV2c基因型亲缘关系较远。[结论]该研究中201105ZJ分离株的遗传变异特征对于疫苗的研发、PCV2致病机理的研究和华东地区 PCVAD的防控提供了理论依据。 相似文献
9.
《上海农业学报》2015,(1)
在流行病学调查中分离到的1株伪狂犬病毒,命名为猪伪狂犬病毒C株,并对其进行鉴定、纯化。在gE和gI基因段上设计特异性引物进行PCR检测,闽A株在5 000 bp处出现目的条带,该毒株在1 500 bp附近出现目的条带,对目的条带测序,扩增产物大小为1 538 bp,在第989—4 468位基因缺失,缺失片段大小为3 570 bp,该缺失片段包含了伪狂犬病病毒的主要毒力基因(gE基因),除此缺失片段外,分别在第873、4 665、4 666、4 950位发生了碱基突变,同猪伪狂犬病病毒Bartha K61同源性为95.0%—96.0%,与PRV Bartha K61不是同一个毒株。用该毒株对部分省市分离到的伪狂犬毒株和标准毒株闽A株进行中和试验,中和指数为708—6 761,该毒株可完全中和临床分离的伪狂犬病毒株,故可用作候选疫苗毒株。 相似文献
10.
《农业科学与技术》2014,(11)
[目的]了解我国部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异特性。[方法]使用细胞传代的方法对PCR检测为猪圆环病毒2型阳性的病料进行病毒分离,并通过PCR、IFA进行初步鉴定,并特异性扩增出该分离病毒的全基因组,并进行同源性和系统进化树分析。[结果]该研究成功分离出1株PCV2毒株,并命名为201105ZJ株;该分离株能在PK15细胞上增殖,特异性PCR检测可扩增出特异性片段,经PCV2阳性血清作用后,呈现特异性免疫荧光,其TCID50偏低,为102.67;基因组全长1768bp,与13株参考毒株的序列同源性介于94.1%~96.8%;与AF055392PCV2a的同源性最高,为96.8%;分离株201105ZJ和AF055392属于基因型PCV2a,与PCV2c基因型亲缘关系较远。[结论]该研究中201105ZJ分离株的遗传变异特征对于疫苗的研发、PCV2致病机理的研究和华东地区PCVAD的防控提供了理论依据。 相似文献
11.
《江苏农业学报》2018,(6)
为建立一种快速鉴别猪伪狂犬病毒野毒株与疫苗株的方法,根据猪伪狂犬病毒(PRV)全基因序列,并参照SA215、Bartha-K61疫苗株基因缺失位点特征,在单一检测野毒株与疫苗株的基础上,针对g E、g B和TK基因设计引物,首次建立了同时检测猪伪狂犬病毒野毒株与疫苗株的多重PCR检测方法。通过一次PCR检测能区分感染野毒株、疫苗株SA215和Bartha-K61,且与猪圆环Ⅱ型病毒(PCV-2)、细小病毒(PPV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)无交叉反应。多次试验证明该方法简单、可靠且敏感度高,可用于科学研究和临床诊断等方面。 相似文献
12.
高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒TJ株的分离与鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
从某猪场发生高热死亡的仔猪病料中分离到1株病毒,该病毒在Marc-145细胞上增殖致细胞病变。经RT—PCR检测证明该分离株为美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）。该毒株回归易感动物可产生明显的临床症状,并引起死亡,将其命名为PRRSV TJ毒株。对其Nsp2序列进行扩增测序,结果表明：与美洲标准毒株VR-2332相比,TJ株Nsp2序列缺失第481位和第532～560位氨基酸,二者核苷酸同源性为83．7％,其编码的氨基酸同源性为77．9％。本试验结果表明,该分离株为发生了变异的PRILSV,对猪具有高致病性。 相似文献
13.
《浙江农业学报》2015,(10)
从江苏某发病猪场采集的母猪流产胎儿脑组织样本中成功分离到一株猪源乙型脑炎病毒(JEV)毒株,并对该毒株的相关生物学特性进行了鉴定。利用BHK-21细胞传代和脑内接种小鼠方法,对疑似阳性病料做病毒分离。通过RT-PCR,CPE和IFA等方法对JEV分离株进行鉴定,并测定其TCID50。结果成功分离获得一株JEV毒株(JEV JS01株),该毒株能够在BHK-21细胞上增殖并产生细胞病变,TCID50为每1 m L107.0,免疫荧光检测可观察到JEV特异性荧光。RT-PCR扩增E基因并测序分析表明,与Gen Bank中登录的JEV毒株序列具有较高的同源性,属基因Ⅲ型。小鼠致病力试验表明该分离株对易感动物具有较高致病性。本研究为进一步开展乙脑病毒流行病学与疫苗免疫研究奠定了基础。 相似文献
14.
白斑综合征病毒广西株缺失区基因的比较分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解广西养殖凡纳滨对虾中白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的感染流行情况,并探讨WSSV广西株缺失区ORF23/24基因的遗传进化差异及其与各地WSSV毒株间的遗传进化关系,2010年5月至2013年9月在广西凡纳滨对虾主产区北海、钦州和防城港共采集306份患病虾样品,应用世界动物卫生组织(OIE)推荐的套式聚合酶链式反应(nested-PCR)方法进行WSSV检测;选取第一轮PCR为阳性的53份样品进行缺失区ORF23/24基因的PCR扩增,并将12份阳性PCR产物进行克隆、序列测定与比较分析。结果显示:306份患病虾样品中有82份为WSSV感染阳性,阳性率为26.8%;12株WSSV广西株缺失区ORF23/24基因大小均为2 096 bp,相对于此区域最为完整的WSSV-TW株,广西株均在中间缺失了10 970 bp;12株WSSV广西株的缺失区ORF23/24基因差异小,核苷酸同源性均在99.6%以上,仅存在少数碱基的替换,没有缺失和插入,其中BH-3、QZ-1、FCG-1和FCG-2的核苷酸序列完全一致;基于缺失区构建的系统发育进化树显示,WSSV广西地方株在遗传上相距较近,全部与印度株IN-05-Ⅰ聚在一个大的分支,而与台湾株、中国株及韩国株在遗传上相距较远。研究表明,WSSV感染在广西凡纳滨对虾主要养殖地区存在一定程度的流行;广西WSSV毒株缺失区ORF23/24基因的变异类型为中间大片段缺失,各毒株间无明显的地域和时间差异;WSSV广西株与印度株IN-05-Ⅰ的遗传进化关系最近。 相似文献
15.
[目的]分离一株近期流行的猪繁殖与呼吸综合征病毒并解析其基因变异情况.[方法]适当处理猪繁殖与呼吸综合征病毒阳性临床样品,接种非洲绿猴胚胎肾细胞进行病毒分离,间接免疫荧光试验对所分离病毒进行鉴定;同时用RT-PCR技术扩增其全基因组,并进行序列测定与分析.[结果]分离培养物可引起非洲绿猴胚胎肾细胞出现稳定的细胞病变,间接免疫荧光试验显示有许多特异性荧光,分离培养物中存在猪繁殖与呼吸综合征病毒.病毒全基因组大小15 323个核苷酸,在非结构蛋白2基因有30个氨基酸缺失的典型标记;其与高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株JXA1株、HUN4株和SD-CXA/2008株之间的核苷酸同源性较高,达到98.9％以上;该毒株与高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒SD-CXA/2008株在同一分支上.[结论]分离出一株典型的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株. 相似文献
16.
猪乙型脑炎病毒RT-PCR检测方法的建立 总被引：1，自引：1，他引：1
根据猪乙型脑炎病毒(JEV)基因序列,设计合成了一对引物,以JEV疫苗株为模板,建立了检测JEV的RT PCR方法。应用该方法对JEV疫苗株RNA进行扩增,获得与预期大小相符,长度为430 bp的特异性目的片段;RT PCR产物测序结果与文献报道的JEV不同毒株的序列同源性达到98%~100%;敏感性测定该RT PCR可扩增到10 pg的JEV-RNA。结果表明,建立的RT PCR方法对JEV的检测敏感性高、特异性强。 相似文献
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【目的】检测广东两猪场新发的鼻镜与蹄冠水疱病病原,获得新发塞内卡病毒（Senecavirus A,
SVA）流行株,为后续研究提供材料。【方法】应用 SVA RT-PCR、荧光 PCR 等方法对采集的病料进行初步筛
查,再将水泡皮进行处理接种于 ST 细胞、BHK-21 细胞上,用 SVA 特异性引物对细胞上清液进行扩增,测序
并分析序列,采用蔗糖浓度梯度方法纯化病毒进行电子显微镜形态观察,并对病毒分离株的 TCID50 进行测定。
【结果】 经 SVA RT-PCR 与荧光 PCR 方法初步诊断该猪群为 SVA 感染;细胞接毒培养发现,自第 6 代起,
细胞出现典型 CPE,电镜观察可见 25 nm 左右的病毒颗粒,扩增序列提交 NCBI Blastn 比对鉴定为 SVA;测得
毒株 SVA CH-GDBL1-2016 的 TCID50 为 106.8,毒株 SVA CH-GDBL2-2016 的 TCID50 为 106.7。【结论】SVA
CH-GDBL1-2016 和 SVA CH-GDBL2-2016 可为后续塞内卡病毒病的诊断和疫苗研制提供材料基础。 相似文献
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为建立一种快捷高效的非洲猪瘟病毒(ASFV)的检测方法，本研究根据GenBank中登录的ASFV B646L基因保守区序列设计引物和探针，通过优化PCR反应体系和反应条件，建立了非洲猪瘟Taqman荧光定量(ASFV-qPCR)检测方法，验证其特异性、灵敏性和重复性。结果显示：本研究所建立的检测方法特异性强，与猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒(PCV)、猪细小病毒(PPV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)均无交叉反应；灵敏度高，能检出10拷贝阳性质粒DNA;重复性好，组内和组间重复试验变异系数均小于1.5%。本研究为非洲猪瘟快速诊断提供了有力技术支撑，为进一步开发ASFV多重荧光PCR检测技术奠定了坚实的基础。 相似文献
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【目的】建立特异性好、灵敏度高的非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)环介导等温扩增(Loop-Mediated Isothermal Amplification, LAMP)快速检测方法，为非洲猪瘟的实时实地快速检测提供参考。【方法】通过对非洲猪瘟病毒多种基因型66个毒株的E165R基因多序列比对，选取相对保守区域设计LAMP引物，并对反应条件及反应体系进行优化。在获得的最优反应条件及体系下考察方法的检测特异性和灵敏性。【结果】选取的LAMP检测靶标235 bp(29～264 bp)在不同基因型ASFV毒株中保守性较好，序列相似度达94.46%～100%;LAMP反应的最佳温度为64℃、时间为35 min、Mg2+浓度为8 mmol/L、内外引物比为8︰1、Bst DNA聚合酶量为16 U。建立的ASFV环介导等温扩增检测方法最低检测限为50 copies/μL,较常规PCR检测提高1个数量级，且35 min即可完成扩增反应。LAMP检测方法与猪圆环病毒2型(PCV2)、伪狂犬病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸道综合症病毒(PR... 相似文献
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目的 建立1种特异、灵敏、高效的检测IBRV gE基因的荧光定量PCR方法,并为鉴别IBRV野毒株和gE基因缺失疫苗株的感染提供技术手段.方法 根据IBRV gE基因保守序列,设计一对引物,建立荧光定量PCR反应体系和反应条件,利用10倍梯度稀释病毒DNA进行荧光定量PCR扩增,以检测本试验建立的荧光定量PCR的灵敏度.用IBRV、牛病毒性腹泻病毒、牛轮状病毒、MDBK细胞、牛血清等进行特异性检测.用模拟样品进行临床应用试验.结果 本试验建立的荧光定量PCR方法,其灵敏度约为70 DNA拷贝/μL,除了IBRV从其他病毒和样品未扩增出曲线,临床模拟样品检测结果为0.03TCID50.结论 本试验建立的荧光定量PCR方法具有特异性强、灵敏性高、快速,低污染等优点,因此临床上可以用于IBRV的检测和病原学调查. 相似文献