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1.
为了探讨小麦NIP蛋白的结构特征和性质差异,本研究通过生物信息学手段,鉴定了两条新的小麦NIP蛋白,并和两条已知的小麦NIP蛋白一起,进行了蛋白质氨基酸序列比对、基序、二级结构、跨膜结构以及亚细胞定位等相关分析。发现两条新的小麦NIP蛋白TaNIP1-2、TaNIP4-1,与已知的TaNIP2-1-LIKE、TaNIP2-2一样,均为脂溶性蛋白,且都具有6个跨膜结构域、N-末端和C-末端位于膜内等MIP蛋白结构共性。亚细胞定位分析结果表明,除TaNIP4-1定位于质膜外,其他3个小麦NIP蛋白均定位于内质网。Motif分析结果显示,除都含有MIP基序外,TaNIP1-2还含有BCHF基序和DUF 2 157基序。磷酸化位点预测分析结果显示,4个小麦NIP蛋白都未预测到磷酸化位点。本研究可为小麦NIP蛋白亚家族的研究和利用提供理论参考及分析依据。 相似文献
2.
WRKY转录因子是植物抗逆应答过程中最为常见的蛋白家族。为了挖掘金银花抗寒相关的WRKY基因,本研究基于已有的转录组数据,利用植物转录因子数据库和BioEdit对WRKY进行筛选及保守结构域分析,对筛选出的WRKY转录因子利用ExPASy进行理化性质分析,利用PSORT进行亚细胞定位预测,NetPhos进行磷酸化位点分析并且利用MEME数据库对WRKY基因的氨基酸进行序列分析,运用MEGA软件对筛选的金银花WRKY转录因子基因和21个已知抗寒的WRKY基因进行序列同源比对,并构建系统进化树。结果表明:金银花中筛选的30个WRKY基因的蛋白为85～721个氨基酸,理论等电点的范围为4.85到9.76。所有LjWRKY基因编码的蛋白中只有LjWRKY6为稳定蛋白,其余均属于不稳定蛋白,所有蛋白均属于亲水性蛋白。亚细胞定位预测结果,LjWRKY所有蛋白定位于细胞核。除LjWRKY23不具有Try磷酸化位点,其它所有氨基酸均具有Ser、Thr和Try磷酸化位点。LjWRKY蛋白比较保守,WRKYGQK没有发生任何变异,且包含三类WRKY转录因子。系统进化树发现,有12个WRKY基因与已知抗寒基因有同源性,推测其参与了金银花低温逆境下的反应。研究结果可以通过筛选的WRKY基因,进行进一步的转基因验证,进而为植物抗寒分子育种提供分子基础。 相似文献
3.
玉米热激蛋白基因ZmHSP90-1的克隆及表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
HSP90是普遍存在于原核和真核细胞中的一种高度保守的分子伴侣。本研究从玉米中克隆了一个HSP90同源基因, 命名为ZmHSP90-1基因, 并对其进行了初步的序列分析。该基因cDNA序列全长2 371 bp, 开放阅读框2 094 bp, 编码697个氨基酸, 蛋白质分子量约79.98 kD。蛋白结构预测及同源比对分析表明, ZmHSP90-1基因编码蛋白含ATPase位点和HSP90保守结构域, 并与拟南芥、水稻等多种物种的热激蛋白高度同源; 进化树分析表明ZmHSP90-1与拟南芥AtHSP90.1基因关系较近, 蛋白序列相似性达88.3%。目的蛋白亚细胞定位显示, ZmHSP90-1蛋白在细胞质中表达。实时荧光定量PCR分析表明, ZmHSP90-1对非生物胁迫高温、高盐、ABA、低温、干旱均具有明显的应答反应。推测ZmHSP90-1是玉米的一个胁迫相关基因。 相似文献
4.
转录因子在转录水平上调控基因表达,广泛参与植物生长发育、器官形态建成、逆境胁迫和激素信号应答。为进一步研究杂交兰(Hybrid Cymbidium)叶色相关NAC、MYB和bHLH转录因子,本研究利用生物信息学方法对杂交兰NAC、MYB和bHLH基因编码蛋白的理化性质、分布、蛋白结构、磷酸化位点及系统进化关系进行了分析。结果表明,NAC、MYB和bHLH家族基因编码的蛋白既有酸性蛋白也有碱性蛋白,所有蛋白均为亲水性蛋白;亚细胞定位均定位在细胞核;各转录因子家族蛋白具有较高的保守性;编码蛋白序列都包含丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点。本研究为杂交兰叶色相关NAC、MYB和bHLH基因家族的功能分析奠定基础。 相似文献
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查尔酮合酶(CHS)是黄酮类化合物合成过程中的关键酶。为了进一步探索CHS基因家族在调控黄酮类物质合成中的功能,本研究对12个漆树CHS基因编码蛋白的理化性质、亚细胞定位、蛋白二级结构以及系统进化等方面进行初步生物信息学分析。保守结构域分析发现12个TvCHS基因均含有CHS-Like保守序列;12个TvCHS基因除了TvCHS10在叶中不表达和TvCHS11在根中不表达,其余10个基因在漆树根茎叶都有表达;12个CHS蛋白中有4个疏水蛋白、8个亲水蛋白。在系统进化分析中,漆树CHS基因家族12个基因被划分为两个组。信号肽预测分析发现12个TvCHS基因均为非分泌蛋白;磷酸化位点预测分析发现丝氨酸和苏氨酸磷酸化位点数量最多,络氨酸最少。本研究对漆树CHS基因家族进行鉴定和分析,为进一步研究漆树CHS基因家族的功能提供了一定的参考和依据。 相似文献
6.
稻瘟病菌基因组测序的完成有助于全新效应蛋白的挖掘和功能鉴定,而未知功能的蛋白生物信息学预测为这些蛋白的生物学功能鉴定提供了重要的理论参考。本研究利用生物信息学分析对蛋白理化性质分析及其二级结构等进行预测,并构建这四个基因与绿色荧光蛋白(GFP)融合的过表达载体。从稻瘟病数据库中下载MoS4、MoS74、MoS997、MoS1460基因序列,通过分析得到MoS4、MoS74、MoS997和MoS1460基因的ORF分别为281 bp、251 bp、267 bp和240 bp;预测MoS997蛋白属于稳定性较好的亲水蛋白,MoS4、MoS74属于不稳定的疏水蛋白,且MoS74还是一个跨膜蛋白,而MoS1460蛋白则属于不稳定的亲水性蛋白,并且获得了四个基因与绿色荧光蛋白(GFP)融合的过表达载体,并经过测序验证。研究结果为进一步探究稻瘟病菌效应蛋白基因的功能及亚细胞定位等提供科学依据。 相似文献
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为了弄清稻瘟病菌数据库中可能的几丁质结合蛋白的分布及其结构特点,从而为进一步进行编码基因的功能研究打下良好基础。通过生物信息学技术对稻瘟病菌基因组中假定的几丁质结合蛋白的结构域、亚细胞定位及EST等进行分析,同时构建了系统发育树并预测了这些蛋白在不同发育时期和不同组织中的表达特点。结果共得到了23个可能的几丁质结合蛋白,它们在7条染色体上的分布并不均匀;绝大多数的几丁质结合蛋白都定位在胞外。稻瘟病菌几丁质结合蛋白在不同发育时期和不同组织中的表达也各不相同;不同真菌间的几丁质结合蛋白相互交错,它们之间的进化关系十分复杂。 相似文献
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为了探究盐胁迫下超氧化物歧化酶在绿豆中的作用,本研究对鉴定到的8个绿豆SOD基因进行生物信息学分析,并探究了盐胁迫下绿豆SOD基因的表达模式,结果表明,绿豆SOD蛋白都含有磷酸化位点,但磷酸化位点在数量和种类上都存在差异,说明它们可能被特定的蛋白激酶磷酸化;绿豆SOD蛋白大多定位在叶绿体中,部分存在于细胞质、过氧化物酶体、线粒体,说明它们主要在这些细胞器中清除活性氧;通过对SOD蛋白三级结构预测发现不同蛋白之间三级结构存在差异;通过系统进化分析,将SOD基因分为三个组;通过序列比对发现8个SOD基因可以分为Cu/Zn-SOD、Mn-SOD和Fe-SOD三种类型;研究发现绿豆8条SOD蛋白都可以响应盐胁迫,VrSOD2、VrSOD5、VrSOD6、VrSOD8在胁迫的各时间点表达都明显高于对照。本研究可以为盐胁迫下绿豆SOD基因功能研究提供参考。 相似文献
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为研究药用植物DXS酶的性质及其结构功能,利用生物信息学方法对GenBank中青蒿、砂仁、铁皮石斛等10种药用植物DXS编码氨基酸序列的理化特性、系统发育进化、亲/疏水性、亚细胞定位、磷酸化位点、二级结构、信号肽、跨膜结构、功能域等进行分析和预测。结果表明：不同植物DXS酶氨基酸序列的理化性质基本一致;在进化关系上可划分为2类;DXS酶蛋白主要表现为亲水性蛋白;大多数定位于叶绿体,少数定位于线粒体;丝氨酸磷酸化位点占据主导地位;α -螺旋是DXS多肽链中大量的结构元件,散布于整个肽链中;除了铁皮石斛具有1个信号肽,其余DXS氨基酸序列不具有信号肽,可推测出DXS可能不是分泌性蛋白;没有跨膜结构域;具有3个功能域分别为TPP_superfamily、Transket_pyr_ superfamily和Transketolase_C superfamily。研究结果将为DXS的酶学特性及萜类生物合成的分子机理研究提供理论参考。 相似文献
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羟基肉桂酰辅酶A奎尼羟基肉桂转移酶(hydroxycinnamoyl Co A quinate hydroxycinnamoyl transferase,HQT)是金银花绿原酸合成过程中的关键酶,本研究利用生物信息学的分析方法,对金银花HQT氨基酸序列与其它植物间相应片段进行同源比对和系统进化分析,并对该基因编码蛋白的理化性质,亚细胞定位、跨膜结构、二级结构和三级结构等方面进行了预测和分析。结果表明,LjHQT编码的蛋白含424个氨基酸,是一种亲水性蛋白,蛋白磷酸化位点有7个,其中丝氨酸位点6个,酪氨酸1个;目的蛋白中不存在信号肽,没有跨膜结构域,LjHQT可能定位于叶绿体或其它细胞器;其编码的氨基酸序列与中果咖啡的同源关系较近,具有较高的保守性与乌梅、葡萄的同源关系较远。二三级结构分析表明,LjHQT编码的蛋白主要由无规则卷曲和α螺旋组成,空间结构主要是螺旋和转角。本研究为LjHQT功能分析提供了重要研究基础。 相似文献
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为了探究烟台黑猪SLA-DRA基因多态性,预测其蛋白质的结构并分析功能特征,采用PCR-SSCP、克隆测序和生物信息学等方法对SLA-DRA基因4个外显子的多态性、蛋白质的理化性质、结构域、蛋白质的空间结构和功能进行了预测和分析。结果显示:SLA-DRA基因exon 1、exon 2和exon 4共检测到11个SNPs,导致7个氨基酸发生变异,exon 3没有突变产生,exon 4的多态性最丰富。SLA-DRA基因编码区759 bp核苷酸共编码252个氨基酸和1个终止子。SLA-DRA基因蛋白质是一种偏酸性、不稳定、亲水性蛋白质,其二级结构是混合型,其中无规则卷曲最多。该蛋白质含有2个免疫球蛋白结合域、2个N-糖基化位点和10个磷酸化位点。功能分析显示:SLA-DRA基因蛋白质在信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答、生长因子等方面的几率均较高。研究结果可为猪的抗病分子育种候选基因筛选提供理论依据。 相似文献
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鸟苷酸交换因子（GEF）促使小G蛋白从GDP结合态转换为GTP结合态,从而激活G蛋白调控的信号途径,是一类重要的G蛋白活性调控因子。根据基因组注释结果,稻瘟病菌基因位点Mgg_11178.6编码一个假定的Rho族小G蛋白鸟苷酸交换因子（MoRGF1）。系统进化分析表明,MoRGF1与其它真菌同源的RhoGEF有较为紧密的亲缘关系。进一步运用同源重组的方法,获得了该基因敲除的突变体。与对照菌株比较,突变体表现为生长速度减慢,产孢量明显减少,但是致病力没有变化。说明MoRGF1可能参与稻瘟病菌营养生长与产孢过程的调控。 相似文献
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稻瘟病菌一假定α-甘露糖苷酶多克隆抗体的制备及应用 总被引：1，自引：1，他引：0
摘要：【研究目的】为检测α-甘露糖苷酶的表达及其可能的功能,制备了稻瘟病菌一假定α-甘露糖苷酶多克隆抗体,并探索其可能应用。【方法】将与-His标签融合的过量表达一假定α-甘露糖苷酶蛋白的稻瘟病菌转化子,在液体完全培养基中培养,收集其上清液,经Ni2+-NTA亲和柱纯化后,得到可溶的融合蛋白α-甘露糖苷酶-His。【结果】纯化后的融合蛋白免疫新西兰兔,得到抗α-甘露糖苷酶蛋白的多克隆抗体,ELISA检测结果表明抗体效价达1：51200,特异性高。利用该多克隆抗体以ELISA方法检测并Western验证分析稻瘟病菌30个田间菌株培养液α-甘露糖苷酶的表达量。【结论】不同菌株α-甘露糖苷酶表达量有明显差异。进一步分析表明,菌株70-15接种水稻后,不同时期α-甘露糖苷酶的表达量差异明显。菌株间致病型等生物学和生理学差异可能与α-甘露糖苷酶表达的差异有关。 相似文献
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WRKY转录因子在植物中广泛存在,参与了生长发育和逆境等多种生物学过程。利用生物信息学方法对葡萄VvWRKY71转录因子的理化性质、二级结构、保守结构域、亚细胞定位、功能和系统进化等方面进行了预测和分析。结果表明：该蛋白由311个氨基酸组成,分子量为34.8KDa,属于亲水性不稳定蛋白;蛋白质二级结构主要由无规则卷曲和α-螺旋组成;其C端具有高度保守的WRKY结构域,亚细胞定位结果表明该蛋白位于细胞核,功能预测结果显示其主要参与了转录和转录调控过程。 相似文献
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对克隆获得的梨几丁质酶基因Lchi1进行生物信息学分析,从而为该基因的功能鉴定提供理论基础,以期为梨的抗病育种提供基因来源。根据Genbank中已克隆得到的几丁质酶基因保守区,在梨基因组数据库中进行Blast比对,调取DNA序列,从而设计引物,以高抗腐烂病品种‘小香水’(Pyrus ussuriensis cv. Xiaoxiangshui)为研究材料,克隆获得梨几丁质酶Lchi1基因cDNA全长,并对其进行初步的生物信息学分析。梨基因组数据库中调取的DNA序列2535 bp,含有3个外显子区、2个内含子区。Lchi1基因全长1300 bp,编码322个氨基酸,其蛋白的分子式为C1607H2407N415O468S17,分子量为35573.3 Da,理论等电点为7.10。二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,三级结构具有高度保守性。Lchi1编码蛋白为可溶性胞外蛋白,存在少量的潜在磷酸化位点,属于糖苷水解酶19家族,含有N-端信号肽,但是缺乏几丁质结合区。Lchi1基因属于CLASSⅡ几丁质酶基因,与其它科属植物的几丁质酶基因相似性均较高。 相似文献
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本研究以砂藓(Racomitrium canescens)为材料,从砂藓干旱处理转录组数据库中筛选获得小G结合蛋白基因Rab的mRNA序列,通过RT-PCR法扩增,得到RcRab基因的CDS序列,并对其进行了生物信息学分析。结果表明,该基因c DNA全长为1171 bp,包含636 bp的开放阅读框,编码211个氨基酸。预测该基因有Rab家族的保守结构域-G结构域。RcRab蛋白分子质量为23.29 kD,理论等电点为5.76,具有亲水性,不属于跨膜蛋白且不存在信号肽。进化树分析表明,RcRab蛋白质与小立碗藓(Physcomitrella patens)Rab蛋白质亲缘关系最近。本研究可为进一步探索RcRab基因在苔藓植物中的抗旱机制提供数据基础。 相似文献
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植物咖啡酸-O-甲基转移酶(caffeic acid O-methyltransferase,COMT)基因对木质素的合成具有重要的调控作用。本研究采用生物信息学方法对芍药等8种植物COMT基因编码的氨基酸序列进行比对,进而对其蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构域、磷酸化位点、亚细胞定位、二级结构与三级结构进行了预测与分析。结果表明,芍药等8种植物COMT基因编码氨基酸的一致性可达65.91%,平均相对分子量为39437.79 Da,带有酸性等电点,含量最丰富的氨基酸为亮氨酸(Leu)和丙氨酸(Ala),无信号肽,无跨膜结构域,磷酸化位点数量最多的为丝氨酸和苏氨酸,定位于细胞骨架和细胞质中可能性最大,二级结构则以α-螺旋和无规则卷曲为主,三维结构具有一定的相似性。这一结果为今后深入开展植物COMT基因功能研究提供了科学依据。 相似文献
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为探索红枣GSTU类基因在红枣抗逆中的分子作用机制,本研究以狗头枣枣树叶片的DNA为模板,根据枣GSTU基因的序列(HM345954.1)设计引物,采用PCR方法获得GSTU基因序列,并利用生物信息学手段对其所对应蛋白的结构域、功能域、理化特性、跨膜区、二级结构及亚细胞定位等进行分析。结果表明:克隆到的DNA序列全长838 bp,具有2个外显子和1个内含子,内含子在292~460 bp碱基处,该序列与GenBank中枣的GSTU核苷酸序列和氨基酸序列的同源性分别为99.85%和100%,表明成功的克隆了狗头枣的GSTU基因。该序列编码222个氨基酸,分子量为25.268 kD,理论等电点(pI)为6.10;亲水性的平均数为-0.242,表明该蛋白是亲水性蛋白。二级结构主要以α-螺旋为主,其次是无规则卷曲,不存在信号肽,表明该蛋白可能为非分泌性蛋白,该蛋白可能位于内质网(膜)和质膜上。本研究获得的狗头枣GSTU基因在基因结构上含有1个内含子,在核酸序列及氨基酸序列上与GenBank中枣的GSTU基因同源性高,并对其理化性质、结构等进行了预测与分析,为进一步研究红枣抗逆分子机制提供理论基础,同时为红枣品种的选育提供理论支持。 相似文献