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旨在克隆猪丹毒杆菌表面保护性抗原A(surface protein A,SpaA)的编码基因,并预测该蛋白的二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨猪丹毒杆菌SpaA蛋白在免疫保护中所起的作用.首先对猪丹毒杆菌SpaA基因进行PCR扩增、克隆和测序,并进行同源性比较.应用生物信息学方法,对猪丹毒杆菌SpaA蛋白的二级结构和B细胞抗原表位进行预测.结果显示,猪丹毒杆菌SpaA基因全长1 881 bp,编码626个氨基酸,发育进化树结果表明分离的2株猪丹毒杆菌菌株与GenBank中其他菌株在进化树中关系较远,自成一个分支.二级结构的预测结果显示该蛋白主要以无规则卷曲、α螺旋和延伸链为主,只有少数的β转角；推测该蛋白有14个B细胞优势抗原表位区域、8个N-肉豆蔻酰化位点.该研究为进一步分析猪丹毒杆菌免疫机理、表位疫苗设计等奠定理论基础. 相似文献
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根据GenBank中肺炎克雷伯菌Ⅲ型菌毛结构基因A(MrkA)JF759921的序列设计1对引物,对8株毛皮动物肺炎克雷伯菌进行克隆测序,并应用生物信息学相关软件和方法,预测MrkA蛋白二级结构和B细胞抗原表位。PCR扩增出了609bp的目的基因片段,生物信息分析结果显示其开放阅读框架为609bp,编码202个氨基酸;二级结构以无规卷曲为主,有少量的α-螺旋和β-片层,少见β-转角,推测MrkA蛋白有8个B细胞优势抗原表位区域。结果表明,MrkA基因较稳定,其在进化过程中并未发生明显变异,为进一步分析肺炎克雷伯菌免疫机理、制备单克隆抗体和设计表位疫苗等奠定理论基础。 相似文献
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旨在预测和分析貉源阿留申病毒（RFAV） VP2和NS1蛋白的抗原表位特征，筛选阿留申病毒属较保守的B、T细胞抗原表位。本研究对RFAV的近全长基因组进行克隆及测序，对其VP2和NS1基因编码蛋白的理化性质、二级结构、翻译后修饰位点和抗原表位进行预测，并将预测的修饰位点、抗原表位与其他阿留申病毒种的序列进行比较分析，筛选相对保守的修饰位点和抗原表位。结果显示，获得的RFAV基因组长4 327 bp，编码VP2蛋白的636个氨基酸，编码NS1蛋白的641个氨基酸。VP2和NS1蛋白均为亲水性蛋白，二级结构以无规则卷曲为主。在阿留申病毒属内，VP2蛋白有3个保守的B细胞抗原表位，3个保守的T细胞表位，8个保守的翻译后修饰位点；NS1蛋白有1个保守的B细胞抗原表位，2个保守的T细胞抗原表位和7个保守的翻译后修饰位点。本研究成功克隆了RFAV近全长基因组序列，全面对RFAV的VP2、NS1蛋白抗原表位、翻译后修饰位点进行预测，并分析其在阿留申病毒属内的保守和变异特征，为阿留申病毒免疫研究提供参考。 相似文献
5.
为分析羊口疮病毒(ORFV/QD/2015株)B2L基因的分子特征,预测其编码蛋白的生物学功能,对其B2L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,应用生物信息学相关软件及方法,对扩增所得的基因进行序列分析,并对其编码蛋白的二级结构、细胞抗原表位、三级结构、跨膜结构域和信号肽等进行预测和分析。结果显示:ORFV/QD/2015株B2L基因序列长1 137 bp,编码379个氨基酸;该毒株与其他12株羊口疮病毒参考株的B2L基因核苷酸序列同源性为96.8%~99.7%,氨基酸序列同源性为96.8%~99.2%。系统进化分析显示,ORFV/QD/2015株与2015年分离到的ORFV/Shaan Xi/2015/China株亲缘关系最近;B2L基因编码蛋白二级结构以α-螺旋区域和β-折叠区域所占比例较大,预测此蛋白可能存在7个细胞优势抗原表位,无跨膜区域,无信号肽区域;三级结构呈弯曲状螺旋结构。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2016,(11)
研究旨在运用DNAStar生物软件及Garnier-Robson、Chou-Fasman等方法分析禽呼肠孤病毒(avian reovirus,ARV)标准毒株S1133重要结构蛋白σB和σC的二级结构及其T细胞和B细胞抗原表位。通过分析其亲水性、柔韧性、表面可及性和抗原指数等特性,对σB和σC蛋白的B细胞抗原表位进行预测;以Rothbard-Taylor和AMPHI方法预测σB和σC蛋白的T细胞抗原表位。结果显示,σB和σC蛋白形成α-螺旋结构的能力较差,但与σB蛋白相比,σC蛋白含有较多的β-折叠结构、转角及无规则卷曲等二级结构,因而σC蛋白二级结构较复杂。分析结果还表明σB和σC蛋白均含有潜在B细胞和T细胞抗原表位,尤其是σC蛋白具有较多的B细胞和T细胞抗原表位。本试验为深入研究σB和σC蛋白的免疫学特性及研发ARV新型疫苗和药物靶标奠定基础。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2020,(6)
旨在预测和分析貉源阿留申病毒(RFAV)VP2和NS1蛋白的抗原表位特征,筛选阿留申病毒属较保守的B、T细胞抗原表位。本研究对RFAV的近全长基因组进行克隆及测序,对其VP2和NS1基因编码蛋白的理化性质、二级结构、翻译后修饰位点和抗原表位进行预测,并将预测的修饰位点、抗原表位与其他阿留申病毒种的序列进行比较分析,筛选相对保守的修饰位点和抗原表位。结果显示,获得的RFAV基因组长4 327 bp,编码VP2蛋白的636个氨基酸,编码NS1蛋白的641个氨基酸。VP2和NS1蛋白均为亲水性蛋白,二级结构以无规则卷曲为主。在阿留申病毒属内,VP2蛋白有3个保守的B细胞抗原表位,3个保守的T细胞表位,8个保守的翻译后修饰位点;NS1蛋白有1个保守的B细胞抗原表位,2个保守的T细胞抗原表位和7个保守的翻译后修饰位点。本研究成功克隆了RFAV近全长基因组序列,全面对RFAV的VP2、NS1蛋白抗原表位、翻译后修饰位点进行预测,并分析其在阿留申病毒属内的保守和变异特征,为阿留申病毒免疫研究提供参考。 相似文献
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参照GenBank中羊传染性脓疱病毒（Orf virus,ORFV）的毒力因子趋化因子结合蛋白（chemokine-binding protein,CBP）基因的核苷酸序列设计合成1对特异性引物,以羊传染性脓疱病毒湖北分离毒株的DNA为模板,提取总DNA。采用PCR方法特异扩增该基因片段,得到CBP基因序列。通过网络平台的SOPMA服务器和DNAStar软件预测ORFV CBP蛋白的二级结构;综合利用DNAStar软件、二级结构预测及ABCpred方案预测羊ORFV CBP蛋白的B细胞表位;分别采用人工神经网络法（ANNA）和在线程序预测ORFV CBP蛋白的细胞毒性T细胞和辅助T细胞的抗原表位。结果显示,ORFV CBP蛋白的二级结构主要包括α-螺旋、β-转角、无规则卷曲和β-片层4种类型,分别为α-螺旋占24.64%、β-片层占22.14%、β-转角占3.39%、无规则卷曲占49.29%;有7个优势B细胞表位,7个细胞毒性T细胞表位和3个辅助T细胞表位。本研究为ORFV诊断方法的建立、单克隆抗体的制备及表位疫苗的研制提供了理论依据。 相似文献
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为了阐明华支睾吸虫副肌球蛋白(paramyosin,Pmy)的生物学特性,试验对其功能区的C段(PmyC)基因进行克隆、序列分析及B细胞抗原表位预测,采用TRIzol法提取华支睾吸虫成虫的总RNA,将其反转录成cDNA,再利用PCR方法对PmyC基因进行扩增,将其连接到pMD 18-T载体上进行克隆、测序,并利用DNAStar软件进行序列分析,同时利用生物学软件DNAStar 5. 0对B细胞抗原表位进行预测。结果表明:该虫体PmyC序列长度为903 bp,A+T含量为52. 6%,与NCBI上的华支睾吸虫囊虫幼、麝后睾吸虫、卫氏并殖吸虫和日本血吸虫核苷酸序列的同源性分别为99. 4%、94. 0%、75. 0%和71. 1%。蛋白二级结构预测显示,PmyC蛋白主要由8个α-螺旋、2个β-折叠和3个β-转角构成。B细胞抗原表位预测显示,在该蛋白中有2个B细胞抗原表位。说明华支睾吸虫副肌球蛋白(CsPmy)具有成为抗原分子的潜能。 相似文献
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研究旨在运用DNAStar生物软件及Garnier-Robson、Chou-Fasman等方法分析禽呼肠孤病毒（avian reovirus,ARV）标准毒株S1133重要结构蛋白σB和σC的二级结构及其T细胞和B细胞抗原表位。通过分析其亲水性、柔韧性、表面可及性和抗原指数等特性,对σB和σC蛋白的B细胞抗原表位进行预测;以Rothbard-Taylor和AMPHI方法预测σB和σC蛋白的T细胞抗原表位。结果显示,σB和σC蛋白形成α-螺旋结构的能力较差,但与σB蛋白相比,σC蛋白含有较多的β-折叠结构、转角及无规则卷曲等二级结构,因而σC蛋白二级结构较复杂。分析结果还表明σB和σC蛋白均含有潜在B细胞和T细胞抗原表位,尤其是σC蛋白具有较多的B细胞和T细胞抗原表位。本试验为深入研究σB和σC蛋白的免疫学特性及研发ARV新型疫苗和药物靶标奠定基础。 相似文献
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本研究从贵州发病鸭中分离到1株致病菌,经生化试验、16S rRNA序列分析、血清学试验和动物回归试验,鉴定为1型鸭疫里氏杆菌(RA),药敏试验结果表明,其对头孢拉定、头孢曲松钠、头孢噻肟和氟苯尼考高度敏感;同时根据GenBank中鸭疫里氏杆菌ompA基因序列,设计1对引物,成功克隆出鸭疫里氏杆菌ompA基因,扩增产物大小为1149 bp。采用DNAStar Protean程序,综合运用二级结构、亲水性、可塑性和抗原性指数等参数,对鸭疫里氏杆菌ompA基因的氨基酸序列进行了B细胞表位预测,为进一步研究鸭疫里氏杆菌表位疫苗和分子诊断技术的建立奠定基础。 相似文献
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为建立同时检测禽波氏杆菌(Bordetella avium)、沙门氏茵(Salmonella)、大肠杆菌(Escherichia coli)和绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa)4种导致鸡胚死亡病原菌的多重PCR方法,本研究根据B.aviun的ompA基因、Salmonella的invA基因、E.coli的phoA基因和P.aeruginosa的toxR基因序列,各设计一对特异性引物进行多重PCR反应,并对反应体系和条件进行优化.结果显示,4对引物分别扩增出597bp、724bp、372bp和278bp的目的条带;并且特异性强不与其他非目的茵发生反应.经优化B.aviun、P.aeruginosa和E.coli多重PCR检测灵敏度达到104cfu/mL,而Salmonella为103cfu/mL.本研究建立的多重PCR方法为相关病原茵的快速检测提供方法. 相似文献
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A Chlamydophila psittaci species-specific real-time PCR targeting the rDNA ribosomal spacer was developed as well as a genotype-specific real-time PCR targeting the Cp. psittaci outer membrane protein A (ompA) gene. The SYBR Green-based species-specific real-time PCR detected Cp. psittaci genotypes A to F, and the recently discovered E/B genotype. The genotype-specific real-time PCR could easily distinguish genotypes C, D, F by use of TaqMan probes. Genotypes A, B and E could not be distinguished from each other by simply using TaqMan probes. For this purpose, non-fluorescent competitor oligonucleotides, had to be used next to the TaqMan probes. Genotype E/B could only be detected by use of a minor groove binder (MGB) probe. Both real-time PCR assays allowed reproducible, sensitive (10 rDNA or ompA copies/microL DNA extract) and specific detection of Cp. psittaci DNA. The genotype-specific real-time PCR was compared to ompA sequencing and ompA restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis using five Cp. psittaci field isolates (99, 61/8, 7344/2, 8615/1 and 7778B15) each consisting of two different genotypes. The currently developed real-time PCR assays were used in a case study on a veterinary school and a turkey farm. In the veterinary school, Cp. psittaci genotypes D, E/B and F infection were detected in all five groups of turkeys, and one veterinarian who was taking care of all these turkeys. On the turkey farm, the presence of two Cp. psittaci genotype B infection waves was demonstrated in one randomly selected turkey, the first wave at the age of 6 weeks, and the second at the age of 12 weeks. 相似文献
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Chiers K Deschaght P De Baere T Dabrowski S Kotlowski R De Clercq D Ducatelle R Vaneechoutte M 《Comparative immunology, microbiology and infectious diseases》2012,35(4):303-307
Routine cultivation methods are able to distinguish between isolates of the Mycobacterium avium and the Mycobacterium tuberculosis complex. However, molecular tools are needed to further identify the several subspecies in the M. avium complex, especially for the subspecies avium and silvaticum. A rapid technique using HhaI restriction digestion of a 349 bp amplification product of the 85B antigen (α-antigen) gene was used for the identification of M. avium subsp. silvaticum in a three-year-old gelding presenting with caseous, necrotizing, granulomatous lesions. The result was confirmed by sequencing of the 85B antigen gene. 相似文献
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为明确山羊口疮病毒（ORFV）四川分离株F1L基因分子特征并预测抗原表位,本试验利用生物信息学软件分析四川分离株ORFV F1L基因,并预测其编码蛋白的二、三级结构和B细胞表位。将F1L基因克隆转化后测序,用Mega 7.0软件比对分析该基因与其他地区来源的ORFV F1L基因的变异情况,利用SOPMA服务器预测F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件预测其亲水性、表面可及性、柔韧性及抗原性,以ABCpred方案作为验证并输出B细胞表位,在SWISS-MODEL服务器预测三级结构后,进一步在建模区域再验证抗原表位,最终回归蛋白质序列比对。结果显示,四川分离株ORFV F1L基因大小为1 029 bp,编码342个氨基酸,基因及其编码蛋白较其他地区来源毒株有一定变异;F1L蛋白预测分析存在9个可能B细胞表位,综合三级结构预测,其122-137肽段为最优表位;所预测的四川分离株ORFV F1L蛋白优势抗原表位较其他地区具有一定特异性,较多地区在124、131、137位氨基酸出现不同。本研究结果为四川地区ORFV基因工程疫苗及特异性检测方法的研究提供了理论依据。 相似文献
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Pili of Bordetella avium: expression, characterization, and role in in vitro adherence 总被引：2，自引：0，他引：2
Electron microscopy revealed pili on all isolates of Bordetella avium and B. avium-like bacteria examined. Trypticase soy broth (TSB) and 2% peptone agar were the best media for promoting pilus expression. Cultures grown at 37 or 42 C had similar pilus production, whereas cultures grown at 18 C produced few or no pili. Pilus expression of the Art Vax strain was best when that strain was grown in TSB, but the strain yielded fewer pili than B. avium and B. avium-like isolates grown under the same cultural conditions. B. avium pili had a diameter of 2.0 nm, ranged in length from 370 nm to 1500 nm, and had a protein subunit molecular mass of about 13,100 daltons. Purified pili from B. avium did not hemagglutinate guinea pig erythrocytes, and a 1:20 dilution of hyperimmune antisera against B. avium pili did not block the hemagglutinating activity of whole-cell preparations of B. avium. In the indirect immunofluorescence test, B. avium isolates and the Art Vax strain adhered to the tracheal explants of turkeys, but B. avium-like isolates did not. Purified pili from B. avium adhered to the surface of the mucosal lining of the tracheal explants, and hyperimmune antisera against B. avium pili blocked the in vitro adherence of whole-cell preparations of B. avium. It was concluded that pili of B. avium are involved in the in vitro attachment of that bacterium to the mucosal surface of turkey tracheal explants. 相似文献
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选择B亚型禽白血病病毒（ALV-B）感染雏鸡造成免疫机能低下,建立免疫抑制模型,以探索免疫抑制条件下共感染禽波氏杆菌后对雏鸡致病性的影响。设计了ALV-B单独感染组,B.avium单独感染组,ALV-B和B.avium共感染组,空白对照组,并且比较相互之间的差异。通过对雏鸡免疫学指标、生长性能及病毒血症和排毒状况的检测,对二者混合感染雏鸡的影响进行了研究。结果显示,ALV-B和B.avium共感染能引起雏鸡的免疫力低下,表现为免疫器官的发育、抗体的产生、淋巴细胞的转化、IL-2和IFN-γ的合成和分泌等受到明显抑制;混合感染组延长了B.avium的病程,增强其对雏鸡的致病性;同时机体出现明显的生长迟滞现象,尤其是第5周龄,共感染组平均体质量仅相当于对照组的40%。结果表明,ALV-B和B.avium在雏鸡体内的增殖方面起协同作用,从而促进了病原在鸡群间的散播;而B.avium对ALV-B导致的病毒血症有一定的抑制作用。在ALV-B免疫抑制作用下,B.avium对雏鸡的致病性显著增强。 相似文献
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为表达并纯化禽分枝杆菌副结核亚种主要抗原基因的串联重组蛋白r22-ag85B,期望研制出一种新型副结核病疫苗,以禽分枝杆菌副结核亚种参考株P18的基因组DNA为模板,扩增了22KD基因和ag85B基因。采用重叠延伸剪接PCR技术（SOE-PCR）获得了融合基因22-agS5B,将基因连接于表达载体pET32a（＋）,构建了重组质粒pET22-ag85B。将其转化到大肠杆菌感受态细胞BL21（DE3）中,以IPTG（终浓度1mmol／L）诱导后对表达产物进行Western blot检测。检测结果显示,成功表达并纯化了重组蛋白r22-ag85B,其分子质量约为65ku。Western blot检测表明此蛋白具有良好的免疫学活性。禽分枝杆菌副结核亚种22-ag85B重组蛋白的成功表达及纯化为副结核病疫苗的研究工作奠定了基础。 相似文献
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An enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) for detection of Bordetella avium infection in turkey poults was developed. One-week-old poults challenged intratracheally with 10(12) colony-forming units of B. avium had detectable titers (greater than or equal to 11), with an average of 13.6% positive samples when the birds were 6 to 11 weeks old. The method was sensitive enough to detect maternal antibodies to B. avium in poults up to 3 weeks of age. The same poults challenged at 1 week of age had 100% tracheal infection up to 3 weeks of age, which dropped to 0% by 6 weeks. The method resulted in no false-positive samples (titer = 0) from birds not infected with B. avium and tested weekly between 4 and 11 weeks of age. Antibodies in turkey flocks infected with Newcastle disease virus, hemorrhagic enteritis virus, and Mycoplasma meleagridis, and birds infected with Escherichia coli had no apparent cross-reactivity to the B. avium antigens used in the ELISA. The percentages of B. avium-positive serum samples collected from different turkey flocks did not significantly differ (P greater than 0.05) when samples were tested by the developed ELISA at different times, an indication of the reproducibility of the method. 相似文献