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本试验旨在扩增延边黄牛白细胞介素18(IL-18)全长cDNA,并对其序列进行进化分析。根据GenBank中已公布的牛IL-18 cDNA序列设计1对引物,利用RT-PCR从刀豆蛋白(ConA)和植物分裂素(PHA)双重刺激36 h活化的延边黄牛脾淋巴细胞中扩增出牛IL-18全长cDNA,进行PCR、酶切和测序鉴定,并做进化分析及二级结构预测。扩增出延边黄牛IL-18全长cDNA,大小为760 bp,其中有两个氨基酸突变。进化分析结果显示,延边黄牛IL-18与牛、山羊、绵羊、马和猪的同源性较高,均大于90%,与同种群牛的同源性最高,而与原鸡的同源性最低,为51.1%。本研究确定了IL-18的种群差异,并预测了二级结构特性,为进一步研究延边黄牛IL-18的基因表达、生物活性及其作为佐剂的应用奠定了基础。 相似文献
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[目的]为了对大额牛与其他物种间分子系统进化研究以及为大额牛群体遗传资源评价、保护与开发利用提供理论依据.[方法]本研究依据普通牛溶菌酶(lysozyme, LYZ)基因已知序列设计引物,用PCR的方法扩增并测定了大额牛LYZ基因的编码区核苷酸序列(444 bp),并与GenBank 上8个物种相应基因编码区核苷酸序列进行比对分析.[结果]大额牛与普通牛、人、猪、家鼠、沟鼠、猊猴、鸡、斑马鱼各物种在LYZ基因编码区核苷酸序列上同源性大小分别为99.3%、76.6%、 79.4%、81.8%、71.3%、68.2%、58.9%、50.5%,并分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了大额牛与其他物种间分子进化树,并得到了基本一致的拓扑结构.系统发育分析发现大额牛与普通牛首先聚为一类,再与其他物种聚为一类.该系统聚类结果与动物学分类一致,表明LYZ基因适合于构建不同物种间系统进化树.[结论]本研究为进一步探索大额牛与近缘物种间分子进化,阐明大额牛的真正起源奠定一定实验基础. 相似文献
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β3肾上腺素能受体(ADRB3)是G蛋白耦联受体超家族的成员之一,主要作用于脂肪组织,参与调节脂肪分解和能量代谢。本文基于NCBI上已经发表的14个物种的ADRB3基因mRNA和蛋白质序列,利用网络信息资源和生物学软件,对绵羊等14个物种进行分子进化分析,为进一步研究其表达调控奠定基础。结果表明:该蛋白包含1段50个氨基酸组成的信号肽,是一种具有7个跨膜区结构的不稳定的疏水性膜蛋白。二级结构由α螺旋(23.95%)、β延伸链(20.49%)和无规则卷曲(55.56%)构成;分子进化分析结果显示,14个物种被分成2支,绵羊、山羊、牛、猪、马、狗、猫、豚鼠、大鼠、小鼠、猕猴、黑猩猩和人聚为一支,虹鳟鱼单独为一支,该聚类结果和公认的动物分类及进化关系吻合;非同义替换率与同义替换率的比值ω为3.756,说明ADRB3基因发生了正向选择,即受自然选择的作用较大。 相似文献
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本研究旨在了解宁夏地区肉牛病毒性腹泻病原感染现状及流行特点，为牛腹泻病的防控工作提供科学依据。本研究采用RT-PCR方法对宁夏地区293份肉牛拭子样本进行牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛轮状病毒(BRV)、牛诺瓦病毒(BNoV)、牛星状病毒(BAstV)检测，并对其进行遗传进化分析。研究表明，该地区肉牛普遍存在腹泻病毒的感染及混合感染；散养模式下肉牛腹泻病毒的感染及混合感染情况较规模化养殖严重；病毒性腹泻在不同地区、不同病毒差异明显；遗传进化分析发现宁夏地区BVDV流行株为1e亚型，BRV流行株为G1亚型，BNoV流行株为GⅢ.2亚型，BCoV流行株与法国株遗传进化关系较近。结果显示，宁夏地区肉牛普遍存在腹泻相关病毒的感染，不同养殖模式、不同地区、不同病毒之间存在差异，且混合感染严重。 相似文献
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为了检测荷斯坦牛二酰基甘油酰基转移酶1(diacylglycerol acyltransferase 1,DGAT1)基因外显子8的单核苷酸多态性(SNPs)位点,预测分析碱基突变对蛋白质结构和功能的影响,并讨论不同物种间DGAT1的进化关系。本研究利用PCR-SSCP综合测序方法检测DGAT1基因外显子8的SNPs位点,用生物信息学方法分析DGAT1蛋白的基本性质和结构功能,并分析不同物种间DGAT1氨基酸同源性及构建其进化树。PCR-SSCP分析结果显示,DGAT1基因外显子8存在1个双突变位点,即M694和M695;蛋白质结构和功能预测结果显示,该双突变不影响蛋白质的理化性质和结构,但能引起蛋白质功能域组成发生改变;进化分析结果显示,荷斯坦牛DGAT1氨基酸序列与绵羊同源性最高(99.1%),与黑猩猩同源性最低(65.3%)。 相似文献
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为了进一步研究牛ATGL基因的结构与功能,揭示该基因的组织特异性表达规律。本研究以秦川牛的脂肪组织为材料,运用同源序列克隆技术结合RT-PCR,对牛的脂肪甘油三酯脂肪酶(ATGL)基因的cDNA进行克隆,并对其进行了生物信息学分析及组织表达研究。结果表明:牛ATGL基因编码区全长为1 461 bp,共编码486个氨基酸;牛ATGL基因与猪同源性最高(87.5%),其次是人(87.3%)、狗(86.8%)、小鼠(84.7%)和大鼠(82.4%);ATGL蛋白含有1个Patatin结构域;牛ATGL基因在脂肪和瘤胃中高丰度表达,在睾丸中没有检测到。ATGL基因在动物进化中比较保守,具有相似的生物学功能,该基因的表达具有组织特异性。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2014,(19)
为了研究不同物种支原体在进化关系、结构组成以及致病因子三方面所存在的异同,试验采用比较基因组学的方法,分析了不同物种来源的21株支原体的进化关系,并以肺炎支原体为例,对来自三个不同物种(猪、牛、羊)的代表株在基因组的组成结构以及整体相似程度方面进行了横向比较分析,并进一步利用相似性比较对这三个物种代表株进行潜在的毒力因子挖掘。结果表明:三个不同物种的肺炎支原体差异较大;猪肺炎支原体内毒力因子的保守性和特异性都较高,牛支原体和山羊支原体中存在较多相似的毒力因子。说明以不同宿主寄生的致病型支原体结构组成上变异较大,但羊与牛的肺炎支原体在致病机理上可能更为相近。 相似文献
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以内蒙古白绒山羊DNA为模板,参照牛的角蛋白14(keratin 14,K14)基因序列设计引物,PCR扩增获得长度为2834 bp(GenBank登录号:JQ063036)的片段,包括山羊K14基因启动子区2631 bp和结构基因第1外显子区203 bp。序列比对山羊K14基因启动子序列及其多态性分析结果发现,山羊K14基因启动子结构与人K14基因启动子不同,只含有Sox-5、GATA-1、GATA-1/2结合位点等3个共同的转录因子结合位点。但与牛K14基因启动子有较高的相似性,含有Sox-5、SRY、CdxA、MyoD、MZF1、GATA-1/3、Nkx-2结合位点等7个共同的转录因子结合位点;并发现山羊K14基因启动子区存在deltaE、GATA-2、GATA-1、Sp-1、AML-1a等5处独有的转录因子结合位点。此外,对山羊K14基因启动子进行多态性分析,发现4处单核苷酸多态位点,其中2处SNPs位于Nkx-2(-2004--1996 bp)转录因子结合位点或Nkx-2(-1590--1583 bp)临近几个碱基内。 相似文献
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牛鹂(Molothrus属,拟鹂科)是一个单起源的类群,包括现存的5种寄生性繁殖鸟类。啸声牛鹂(M.rufoaxillaris)、巨牛鹂(M.oryzivorus)和紫辉牛鹂(M.bonariensis)主要分布在南美。其中,啸声牛鹂与紫辉牛鹂分别代表较古老和最近进化的两个支系,因此有着各自不同的与宿主协同进化的历史。本文研究了紫辉牛鹂的宿主莺鹪鹩(Troglodytes aedon)的拒卵行为,同时综述了以上3种牛鹂的不同宿主的反寄生防御行为。3种牛鹂的宿主均能识别和拒绝非模拟的寄生卵,其中巨牛鹂和紫辉牛鹂的大部分宿主用嘴叼卵,而啸声牛鹂的主要宿主栗翅牛鹂(Agelaioides badius)则用脚扔掉寄生卵。比紫辉牛鹂小的宿主,在遭遇寄生时则不扔卵,也不弃巢。有些宿主比另一些宿主种类对寄生的牛鹂更具有攻击行为。啸声牛鹂的宿主还能够识别非模拟的寄生雏鸟。我们的结果说明,尽管与牛鹂协同进化的历史不同,大部分牛鹂的宿主已经进化出不同类型的反寄生防御对策。 相似文献
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利用Lasergene、Protscale、SOPMA、Mega、ScanProsite等生物信息学软件对猪输卵管特异性糖蛋白(oviduct-specific glycoprotein,OGP)进行物理性质、结构及系统进化分析。结果表明,猪OGP cDNA包含1个1581 bp的开放阅读框,编码527个氨基酸,有信号肽,属于分泌蛋白,无明显疏水区;猪OGP蛋白二级结构主要是α-螺旋和不规则卷曲。系统进化分析结果表明,猪OGP蛋白与绵羊OGP亲缘关系最近,与牛OGP的亲缘关系较远。提示,OGP蛋白属于糖苷水解酶18(glycosyl hydrdase 18 family,GH18)家族,牛OGP的GH18结构与猪的差别较大。 相似文献
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为诊断疑似牛狂犬病病例、分析其病原分子特征,本研究以疑似牛狂犬病脑组织为研究对象,运用内基氏小体染色观察、荧光抗体试验、特异性目的基因(N基因)RT-PCR扩增和序列测定等方法进行病毒鉴定,使用DNAStar、Mega4.0软件分析N基因的遗传进化关系。内基氏小体检测、荧光抗体试验、乳鼠脑内接种试验和特异性目的基因扩增结果显示狂犬病毒阳性,建立了基于狂犬病毒N基因的遗传进化关系树。结合临床症状确诊该病例为牛狂犬病,遗传进化分析表明本研究鉴定的狂犬病毒和2006年及2007年国内狗源狂犬病毒(DQ666306、DQ866121)、猪源狂犬病毒(DQ496219)及人源狂犬病毒(EF556197)的遗传关系较近。本文为研究牛狂犬病毒分子流行病学积累了资料。 相似文献
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【目的】查明并掌握辽宁地区牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus, BVDV)的流行特性及生物学特点,为BVDV的防治提供理论基础和技术支持。【方法】采集辽宁省某养牛场疑似发生BVDV感染的病死牛脾脏组织,用牛传染性鼻气管炎病毒(Infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV)、牛呼吸道合胞体病毒(Bovine respiratory syncytial virus, BRSV)、牛副流感病毒3型(Bovine parainfluenza virus type 3,BPIV3)及BVDV基因特异性引物进行RT-PCR鉴定,将组织液接种MDBK细胞分离病毒。对细胞进行细胞病变效应(CPE)观察后再通过电镜观察、间接免疫荧光试验(IFA)鉴定病毒,PCR扩增病毒全基因组序列并对其进行遗传进化分析。【结果】BVDV特异性引物RT-PCR鉴定结果为阳性,在280 bp处有条带,与预期条带大小相符,其余病原特异性引物未扩增出条带,证明未感染其他病原;分离得到的毒株在MDBK细胞中培养未出现明显细胞病变效应;病毒纯化后,... 相似文献
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通过PCR克隆测序首次测定了黑白花奶牛干扰素-τ成熟蛋白的完整基因序列(GenBank登录号:DQ680846、DQ680847),其CDS长度为519 bp,编码含有172个氨基酸的牛干扰素-τ成熟蛋白。对所有牛干扰素-τ序列进行聚类分析,可将其聚为4类,发现了一类新的牛干扰素-τ(τ4)和6种新亚型(τ1e、τ3f、τ3g、τ3h、τ4a、τ4b)。DQ680846属于τ4类的一种亚型,标记为τ4a;DQ680847属于τ3类的一种亚型,标记为τ3f。各牛干扰素-τ基因核苷酸序列间的同源性在92.7%~99.8%之间,推导氨基酸序列间的同源性在88.5%~99.4%之间;τ4a、τ3f与其他牛干扰素-τ基因核苷酸序列间的同源性分别在94.0%~97.1%、92.9%~99.6%之间,推导氨基酸序列间的同源性分别在91.4%~96.0%、88.5%~99.4%之间。这一结果反应了牛干扰素-τ基因在进化过程中的高度保守性。二级结构预测发现牛干扰素-τ成熟蛋白是以5个α-螺旋(A-E螺旋)为基础构成的。Asn78、Cys1、Cys29、Cys99、Cys139I、le143、Lys160和C-末端的11个氨基酸为高度保守区,它们是维持牛干扰素-τ的结构和功能所必需的。 相似文献
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为分析牦牛与其他家牛属动物SRY基因多态性及其父系进化关系,从5个麦洼牦牛个体基因组DNA扩增克隆SRY基因,同时从GenBank检索家牛属物种及野牛的SRY基因序列,分析家牛属物种在SRY基因的多态性及其SRY蛋白中HMG-box区域基因序列的变异特征,并基于SRY基因序列构建家牛属物种间的父系系统进化树及其网络中介图,分析进化关系。家牛属物种编码SRY蛋白N、C两端氨基酸(HMG-box侧翼)基因序列的错义突变率(0.57)显著低于编码HMG-box区域基因序列的错义突变率(0.69),推测家牛属物种间在SRY基因进化过程中的正选择同时作用于编码HMG-box及其侧翼区的基因序列;相对水牛和牦牛,欧洲野牛与黄牛的亲缘关系更近,此结果从父系侧面支持现存的黄牛牛种由已经灭绝的野牛或原牛驯化而来的观点;牦牛可能有2个或多个父系祖先;非洲水牛和江河水牛与其他牛种之间在SRY基因存在较多变异导致明显的分歧进化,也支持可划分为沼泽型和江河型2个亚种的论断。所以,家牛属物种间在SRY基因具有特殊的变异特征,物种间的父系进化关系分析结果支持前人论断。 相似文献
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【目的】阐明晋南牛的遗传结构特征，通过选择信号检测挖掘与晋南牛经济性状相关的候选基因，探究其在进化过程中的受选择情况。【方法】对晋南牛和红安格斯牛全基因组测序数据进行分析，鉴定2个群体的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)标记，分析其在基因组的位置及其结构特征，基于SNP信息进行主成分分析(PCA)、构建状态同源矩阵(IBS);采用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(θπ)方法联合筛选晋南牛基因组受到强烈选择的区域，并对筛选到的受选择基因进行数量性状基因座(QTL)定位、GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】晋南牛群体SNPs位点主要分布于基因间区域，其次位于内含子区域。PCA和IBS分析结果表明，晋南牛和红安格斯牛2个群体间不存在杂交现象，且晋南牛群体中个体间遗传距离较远。通过Fst和θπ联合分析共筛选到188个潜在受选择区域。QTL分析结果表明晋南牛的选择信号多与生长、肉质及抗病性状相关。GO功能和KEGG通路富集分析显示，筛选到晋南牛强受选择的与经济性状相关的候选基因11个... 相似文献
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牛型结核分支杆菌PPD皮内变态反应试验,是当前国际国内普遍使用的牛结核病诊断方法.我国农业部《牛结核病防治技术规范》将牛型结核分支杆菌PPD皮内变态反应试验规定为牛结核病确诊方法之一.GB/T 18645-2002(《动物结核病诊断技术》)规定,用牛型结核分支杆菌PPD皮内变态反应试验检出的结核病可疑牛,应立即在对侧颈部用同一批号试剂再进行一次试验.在实际生产中,因为检出结核病阳性牛必须扑杀,为慎重,除可疑牛外,多数情况下阳性牛也同时进行了再次试验(复检)以再次确认.根据往年检测结果,我们发现这种短期内复检通常都可弱化首次试验结果.为研究这种变化发生的原因及评价其对检测结果判定的影响,2012年我们对新疆南疆阿克苏地区的4个奶牛场和北疆昌吉地区的1个奶牛场使用该方法进行结核病检测的情况进行了观察分析. 相似文献
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《中国奶牛》2021,(3)
采用DNA混合池扩增后直接测序的方法,对务川黑牛TLR2基因的单核苷酸多态性(SNP)位点进行筛查,并利用生物信息学软件预测各SNP位点对TLR2基因mRNA和蛋白质结构的影响。结果表明,务川黑牛TLR2基因共有18个SNP位点,其中有9个位点是错义突变,分别导致相应的氨基酸发生改变。生物信息学分析发现,T~(978)A、G~(1010)A和G~(1688)A位点导致mRNA自由能升高,降低了mRNA二级结构稳定性,其余位点均导致自由能降低,增加了mRNA二级结构稳定性。预测结果显示,务川黑牛TLR2基因各SNP位点的蛋白质二级结构和三级结构也相应发生了改变。研究结果可为务川黑牛TLR2基因的深入研究提供基础资料,为务川黑牛抗病分子标记筛选提供理论基础。 相似文献
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本研究克隆了水牛缝隙连接蛋白43(connexin 43,Cx43)基因序列,并运用生物信息学方法对其核苷酸序列的保守性和氨基酸的理化性质、蛋白质结构进行了系统分析,对Cx43基因在水牛不同组织和不同发育阶段卵泡中的表达差异进行了检测。结果表明,应用RT-PCR技术克隆获得了水牛Cx43基因序列,其中编码区全长1152 bp,编码383个氨基酸,蛋白质理论分子质量43.13 ku,等电点为8.88。多重序列比对结果显示,水牛Cx43核苷酸序列与牛、羊、猪、马和人相应序列的同源性分别为99%、98%、94%、93%和92%,系统进化树分析结果推测,Cx43基因在不同物种进化过程中具有高度保守性;对水牛Cx43蛋白的二级和三级结构分析发现,其具有缝隙连接蛋白的特有结构。定量RT-PCR结果显示,Cx43在水牛卵巢组织中相对表达量最高,睾丸、肾脏、心脏和皮肤次之,肝脏和大脑表达量较低。免疫组化结果发现,Cx43蛋白表达随卵泡发育时期的不同而变化,Cx43蛋白随卵泡发育表达逐渐增强。 相似文献