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1.
《中国兽医学报》2020,(6)
为分析河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)S基因的遗传变异情况,设计并合成能够扩增N基因和S基因的引物,利用RT-PCR方法对2017年1月至2018年5月河南省11个地区规模猪场的178份病料进行检测、克隆和测序,并在氨基酸水平上将本研究分离株的S基因与国内外流行毒株的S基因进行比对分析。结果显示,河南省11个地区的178份样品,PEDV阳性样品113份,阳性率63.5%(113/178)。选取29株PEDV代表株进行氨基酸序列比较,结果显示,29株分离株与经典株CV777同源性为88.4%～90.3%,与经典株CV777相比,29株代表株在S1区域存在碱基的插入、缺失和变异现象;基于S基因的遗传进化分析表明,本研究的29株分离株均属于G2群,而以CV777为代表的经典株属于G1群。通过与经典株CV777的S蛋白进行抗原表位比对分析,在5～190 aa存在较大差异。本研究结果明确了目前河南省PEDV的遗传变异情况,为河南省猪流行性腹泻(PED)的诊断和防控提供参考依据。 相似文献
2.
为探究河南省猪流行性腹泻病毒部分毒株的遗传进化情况,采用RT-PCR对2017年2月至2018年1月在河南省部分地区猪场收集到的25份PEDV阳性病料进行ORF3和N基因的扩增,并对其进行克隆、序列比对及遗传进化分析。结果显示,PEDV毒株的ORF3基因序列是由675个核苷酸组成的,与经典毒株CV777之间核苷酸及氨基酸同源性分别为95.2%~97.5%和95.1%~96.9%。N基因之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为96.2%~100%和93.8%~99.8%;与经典毒株CV777核苷酸与氨基酸的同源性分别为94.7%~95.8%和93.2%~96.8%。河南部分地区PEDV流行毒株与经典毒株CV777不在同一分支,说明猪场暴发猪流行性腹泻与免疫接种疫苗后依旧难以控制的原因,可能与大多数PEDV河南流行株发生变异有关。 相似文献
3.
《畜牧与兽医》2015,(6):1-6
临床分离获得1株猪流行性腹泻病毒(PEDV),对其纤突(S)基因5'端序列分析比较表明,该分离株(NB2011)与目前国内流行的猪流行性腹泻病毒毒株同源性为99%以上,与经典毒株(CV777)的同源性仅为82.6%。经氨基酸分析比较,PEDV纤突蛋白发生明显变异,在抗原位点35-55aa以及100-145aa区间存在很大差异。本试验对CV777株与临床分离的NB2011株的S基因N端差异较大的区段(CV777-S661,NB-S673)进行原核表达,分别获得经典株和流行株S基因N端表达蛋白。Western blotting结果表明,S661和S673重组蛋白均能与PEDV阳性血清产生特异性反应,且不与PEDV阴性血清反应。对两种蛋白进行交叉斑点试验,结果表明两者在反应原性上存在差异。研究结果为进一步阐明PEDV流行毒株抗原表位的变异及研究PEDV免疫保护机制打下基础。 相似文献
4.
《中国兽医学报》2017,(8)
为了解猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)河南株的起源和遗传变异,本试验对2014年8月—2015年5月,来自河南省16个规模猪场仔猪表现为严重腹泻、食欲下降和脱水等临床特征的22份病料样品,利用RT-PCR方法,扩增PEDVORF3基因,回收PCR产物克隆至pMD18-T载体,并进行测序分析。结果显示,22份病料样品均能扩增出PEDVORF3基因,其序列长度均为849bp,包含一个完整阅读框(675bp),编码224个氨基酸残基。22个河南株之间核苷酸同源性为95.9%~100%,与欧洲经典毒株CV777同源性介于97.1%~97.9%,存在8个位点发生相同的氨基酸置换,与Truncated CV777株同源性介于94.8%~95.4%。基因遗传进化树分析表明,PEDV毒株可分为2大群,河南株属于第Ⅱ群,整体独立成支,与河南往年流行株、国内分离株、日本、美国及韩国毒株亲缘关系较近,而与CV777株、Truncated CV777株亲缘关系较远。结果表明PEDV河南株ORF3基因存在变异,为PEDVORF3基因的蛋白功能研究和河南省PED的防控提供技术支持。 相似文献
5.
为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本试验从四川省11个市19个不同地区发生仔猪腹泻疾病的猪场采集的病料中分别扩增到8个PEDV(SC-8)ORF3和部分S基因序列,将其进行比对和遗传演化分析。结果显示,SC-8的ORF3基因包含674~676个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的国内外地方流行株的核苷酸序列同源性为95.7%~99.9%,氨基酸序列同源性为98.2%~100%,与标准毒株CV777相比,核苷酸序列和氨基酸序列除存在点突变现象外,部分序列还存在核苷酸的插入和缺失性突变;部分S基因扩增长度为981bp,编码327个氨基酸,与国内外参考毒株的核苷酸序列同源性为93.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为93.5%~100%,与标准毒株CV777相比,四川-绵阳(SCMY)分离株在92~93nt之间存在1个核苷酸插入,在2~29aa之间也有18个氨基酸发生了突变;系统进化树分析表明,8株PEDV ORF3基因均与野毒株亲缘关系较近,而与弱毒疫苗株亲缘关系较远;SC-8的部分S基因均与国内地方流行毒株亲缘关系较近,而与国外分离株的亲缘关系较远。 相似文献
6.
我国部分省份猪流行性腹泻病毒M基因的克隆测序及遗传进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解我国部分省份猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传进化情况,试验采用RT-PCR方法对2014—2017年采集的源自河南、河北、山西、山东、甘肃、湖北、江西等地区不同猪场的98份腹泻样品进行了PEDV检测,并对25份PEDV阳性样品进行M基因的克隆与测序和遗传进化分析。结果表明:25株M基因序列长度均为618 bp;25株M基因序列间核苷酸同源性为98.2%~100%,其编码的氨基酸序列同源性为97.8%~99.6%,与经典毒株CV777及国内外流行毒株核苷酸同源性为97.7%~98.6%,氨基酸序列的同源性分别为97.8%~98.7%;25株M基因序列与国内外早期分离株(如CV777、CH/S等代表毒株)不在一个进化分支上,与近年来分离株处在一个进化分支上。说明PEDV M基因一直处于变异进化过程中。 相似文献
7.
《畜牧与兽医》2015,(3):34-38
为了确定猪流行性腹泻病毒的流行特点及变异规律,本研究对我国华东地区分离到的14株PEDV的ORF3基因进行了克隆和序列测定,并与国内外代表毒株的ORF3基因进行了比较分析。结果表明:我国华东地区检测的PEDV流行毒株的ORF3基因之间的同源性为92.4%~100%,与经典毒株CV777同源性为92.0%~96.4%,与PEDV变异株的同源性为95.1%~100%。根据ORF3基因的遗传进化分析,分离的14个PEDV毒株与CV777的遗传进化距离较远,与PEDV变异株的遗传进化距离较近,表明我国PEDV流行毒株以变异株为主,较以往的疫苗株CV777发生了较大的变异,因此需要开发新的疫苗,制定更具针对性的防控措施。 相似文献
8.
为了解新疆地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况，于2020-2021年从新疆地区规模化猪场采集到326份临床仔猪腹泻病料和肠组织，利用RT-PCR方法对PEDV进行检测，选取部分PEDV阳性样品进行S基因全序列的克隆和测序，并对其序列、遗传进化和抗原表位进行分析。结果显示，326份样品中共有152份样品为PEDV阳性，阳性率为46.6%。选取的11份阳性样品中的PEDV S基因核苷酸(氨基酸)同源性为99.0%～100%(98.2%～99.9%),与GenBank中登录的PEDV参考毒株核苷酸(氨基酸)同源性为92.6%～98.0%(91.2%～97.7%),与经典株CV777核苷酸(氨基酸)同源性为93.1%～93.4%(92.3%～92.7%)。遗传进化分析显示，11份阳性样品均位于GIIa亚群，与中国疫苗株CV777处于不同的分群，说明新疆部分地区PEDV流行株与疫苗毒株CV777亲缘关系较远。序列比对结果显示，11份阳性样品中的PEDV S蛋白均存在氨基酸的插入和缺失，中和表位的COE区域变异较大，这可能会降低常规疫苗的免疫保护作用。结果表明，从分子水平明确了2020... 相似文献
9.
《畜牧与兽医》2017,(10):74-80
为了解广东地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行现状,对广东地区猪场进行了PEDV流行株的分离,分离得到1株猪流行性腹泻病毒,对分离毒株的S、N、M及ORF3基因进行遗传演化分析。结果表明:检测的PEDV毒株GD/JMEP与经典的CV777毒株亲缘关系较远,与近几年广东地区流行的PEDV毒株处于一个群,亲缘关系较近;通过ORF3序列分析发现,未有核苷酸的缺失;N、M基因核苷酸和氨基酸同源性分析发现,GD/JMEP与EAS1等经典毒株的同源性相对较低,与2013—2015年中国、美国、韩国等流行毒株的同源性较高;相比于经典传统毒株CV777,GD/JMEP的N基因存在9个氨基酸的差异,M基因存在11个核苷酸位点的变异和3个氨基酸的改变S基因存在几个位点核苷酸的缺失或者插入;与目前流行毒株比较,M、N基因存在核苷酸位点的改变,S基因在406位点存在新的突变;通过氨基酸比对分析,GD/JMEP发生了6个新的氨基酸位点突变,表明本试验所检测的PEDV为目前广东流行毒株。 相似文献
10.
浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析 总被引：2，自引：2，他引：0
本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献
11.
本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株（ZJ16NB6）与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献
12.
为调查乳仔猪腹泻引起疫情的病原,本研究自2011年2月至2012年3月收集华东地区47个规模猪场共153份腹泻病料样品,采用RT-PCR检测猪流行性腹泻病毒(PEDV),并进行ORF3基因序列分析.结果显示:26个猪场的88份样品为PEDV阳性,猪场阳性率达到55.32％,病料阳性率达到57.52％.ORF3基因测序分析显示:11个流行病毒株ORF3全基因序列大小均为675bp,编码224个氨基酸.11个流行株ORF3基因同源性为95.9％～99.9％,编码氨基酸同源性为96.4％～100％.与欧洲代表性强毒株CV777基因同源性为96.3％～97.0％,编码氨基酸同源性为95.1％～96.4％,与CV777弱毒疫苗株基因同源性为96.8％～97.6％,编码氨基酸同源性为92.3 ％～93.4％,并且无疫苗病毒株ORF3基因的49个碱基缺失.与韩国病毒株比较,其基因同源性为95.0 ％～98.5％,编码氨基酸同源性为95.5％～99.6％.基因遗传进化树分析表明,国内外PEDV株可分为4群.我国主要流行病毒株属于第1群,与韩国病毒袜亲缘关系较近,而与我国疫苗病毒株存在较大差异.该研究表明,PEDV可能是目前我国仔猪腹泻的主要病原之一,我国PEDV流行病毒株存在明显基因变异. 相似文献
13.
《中国预防兽医学报》2020,(4)
为阐明闽西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传进化和重组事件。本研究从福建龙岩感染PEDV仔猪送检样品中鉴定出1株PEDV(闽西FILY1703株),采用PCR方法扩增其N、E、M以及S基因序列并测序。N、E、M以及S基因同源性及进化分析显示,FJLY1703株与CV777等早期经典株同源性较低且亲缘关系较远,而与2010年后国内分离株的同源性较高且进化关系较近。S基因编码的氨基酸序列与疫苗株CV777 S蛋白的氨基酸序列相比,FJLY1703株S蛋白抗原表位COE中存在8个突变,这些变化与2010年后中国PEDV分离株相似;且FJLY1703株E、M以及N基因编码的氨基酸序列中分别存在1个、3个和12个突变位点,均与我国当前流行株突变位点相似。S基因的重组分析表明,FJLY1703株是一株以CV777株为代表的早期经典株与2010年后PEDV变异株的重组流行株,上述研究结果提示在闽西地区需要研制针对PEDV流行株的疫苗来控制PEDV的感染。本研究为闽西地区PEDV流行病学研究提供参考依据。 相似文献
14.
《中国兽医学报》2020,(1):1-8
为了解河南省引起仔猪腹泻的猪肠道冠状病毒的感染和流行情况,我们对2017年度发生仔猪腹泻的河南省25家养殖场送检的94份仔猪肠道或粪便样品开展了相关检测。结果显示猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhoea virus,PEDV)的样品检出率为68.1%(64/94),猪场阳性率为76.0%(19/25),但未检测到猪传染性胃肠炎病毒(porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDcoV)和猪急性腹泻综合征冠状病毒(swine acute diarrhoea syndrome coronavirus,SADS-CoV)。为进一步分析PEDV的遗传变异情况,利用RT-PCR和基因克隆测序技术,我们成功获得了8株PEDV的S1基因片段的核苷酸序列。分子进化树分析显示,我国流行毒株可以分为G1a(疫苗及其衍生株)、G1b(经典毒株)、G2a(2011-2013年变异株)、G2b(2016-2017年变异株)和G2c(重组毒株)5个进化分支,本研究获得的S1基因序列均处于G2b进化分支,且与2016-2017年间的流行毒株遗传距离更近。同源性分析显示,8株分离株彼此之间S1基因片段的核苷酸同源性为97.3%～99.5%,与变异毒株AJ1102的同源性为97.2%～98.0%,而与经典毒株CV777、CH/S的同源性仅为91.0%～92.3%。氨基酸序列比对分析显示,与CV777和CH/S等经典毒株相比,分离株S1基因片段除了多个氨基酸位点发生变异外,在~(58)NQGV~(61)、~(140)N、~(157)H这3个位置有氨基酸的插入,在~(163)NI~(164 )有2个氨基酸的缺失,这与之前关于PEDV变异株的研究报道相一致。此外,与其他变异株相比,本研究发现分离株HeNPDS/2017在491位有1个新的丝氨酸(Ser)缺失位点,其生物学意义有待进一步研究。本研究丰富了PEDV的分子流行病学数据,有助于了解河南省PEDV流行和遗传变异的最新情况,为该地区猪流行性腹泻病的防控提供一定的参考。 相似文献
15.
《动物医学进展》2020,(7)
对临床分离鉴定的3株猪流行性腹泻病毒(PEDV)的S基因进行克隆及序列分析,对丰富我国PEDV的遗传衍化特征具有重要意义。S基因序列分析发现,JX18毒株与CV777亲缘关系较近,核苷酸同源性为99.71%,氨基酸同源性95.7%,属于G1-b进化分支。JX18毒株与CV777经典毒株S蛋白氨基酸序列相比较,不存在氨基酸的插入或缺失,在中和表位区及已鉴定抗原表位区仅有一处氨基酸突变。SD18、JingTai18与PEDV CV777亲缘关系较远,核苷酸同源性分别为93.64%和92.64%,S蛋白氨基酸序列同源性分别为93%和93.5%。SD18和JingTai18位于G2-b进化分支。SD18与JingTai18株与CV777经典毒株相比,S蛋白氨基酸序列中存在插入缺失及多位点的氨基酸突变。研究结果为进一步了解我国PEDV流行及变异情况提供了数据支持。 相似文献
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为探究贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传进化情况,对2017—2022年贵州省不同地区13份PEDV阳性腹泻样本进行ORF3全基因扩增、克隆、测序,使用DNAstar、MEGA 7.0软件,对所得序列核苷酸和氨基酸同源性以及突变和遗传进化情况进行分析。结果显示：13份PEDV阳性样品的ORF3基因序列全长均为675 bp,编码224个氨基酸;13条克隆序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.1%～100%和96.4%～100%;13条克隆序列与经典毒株CV777株ORF3基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.9%～97.3%和94.7%～96.4%,同源性较低;与经典毒株CV777株相比,13条克隆序列在G160A、C243T、C274T、G301A、C450T、A497G存在相同的核苷酸突变,存在4个相同的氨基酸位点突变(V21A、V54I、A101T、N166S);13条克隆序列所在毒株在遗传进化上全部属于GⅡ型,其中GZ220514、GZ342、GZ224、GZ219、GZ423隶属于GⅡb亚型,GZ210112、GZ210129、GZ210220、GZ210714、... 相似文献
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为探究江苏省内猪场猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行和遗传变异情况,采集江苏省13个地级市规模猪场和屠宰场健康猪群的鼻拭子和肛拭子样品,通过RT-PCR方法检测PEDV,并对部分阳性样品进行S基因序列扩增、测序及遗传进化分析。结果显示：259份猪鼻拭子样品中,PEDV阳性检出率为10.42%(27/259);178份猪肛拭子样品中,PEDV阳性检出率为9.55%(17/178)。选取的8株PEDV代表株的核苷酸序列同源性在99.2%～100%之间,氨基酸序列同源性在95.2%～97.1%之间,与国内流行毒株SD-M、JS2008的同源性最高,核苷酸序列同源性达到97%以上;遗传进化分析显示,8株PEDV代表株属于同一群,与经典毒株CV777、DR13亲缘关系较近。本研究初步明确了江苏地区健康猪群中猪流行性腹泻流行状况和PEDV遗传演化特点,为有效防控猪流行性腹泻提供参考。 相似文献
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《中国兽医杂志》2016,(3)
为研究广东省猪流行性腹泻病毒S1基因的变异情况,于2012-2013年间从广东省不同地区猪场采集56份腹泻病仔猪样本。通过PCR方法扩增到12个样本的PEDV的S1基因序列,并进行序列比对及遗传分析。结果 12个样本PEDV的S1基因序列之间的核苷酸同源性为91.1%~99.6%,氨基酸的同源性为88.5%~99.1%。12个样本PEDV的S1基因序列与国内参考毒株核苷酸的同源性为91.0%~99.9%,氨基酸的同源性为88.5%~99.7%。与国外参考毒株核苷酸的同源性为89.0%~99.7%,氨基酸的同源性为86.5%~99.4%。与经典毒株CV777的核苷酸同源性为91.0%~100.0%,氨基酸的同源性为88.3%~99.9%。其中,仅GD-HY的S1基因与CV777的同源性达100.0%,其他同源性较低。表明近年广东省的PEDV流行毒株以变异株为主,与疫苗株(CV777)的亲缘关系较远。 相似文献
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为了解猪流行腹泻病毒(PEDV)的遗传变异,试验对来自安徽省不同地区8个猪场病料样品,利用RT-PCR方法,扩增PEDV ORF3基因,测序并进行序列分析。结果显示,8份样品均扩增出包含ORF3基因全长(675 bp)的目的片段,核苷酸序列同源性为98.5%~100%;它们与疫苗株(attenuated DR13、CH-BJ-2011 truncated)及CV777株和LZC株的同源性较低(95.1%~98.1%),与2011年后的中国及美国分离株存在较高同源性(98.2%~100%)。提示8个PEDV分离株均为强毒株。 相似文献
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《养殖与饲料．饲料世界》2020,(3)
猪流行性腹泻在我国的发病率和死亡率居高不下,给养猪业造成了重大损失。为进一步了解我国猪流行性腹泻流行毒株的遗传变异规律,试验对河南、江西、福建、辽宁、浙江、湖北6个省份的19个PEDV地方流行株的S基因进行了RT-PCR扩增,并对其进行了序列比对和遗传演化分析,旨在为疫病的防治和疫苗株的选择提供参考和依据。试验设计了3对引物,对采集自6个省份13个疑似PEDV发病猪场的19份仔猪小肠及其内容物样品进行了RT-PCR扩增,通过产物回收、转化和测序,经生物软件拼接,成功获得其S基因全序列。它们的S基因全长由4 158~4 161 nt组成,其中仅JX1、JX2毒株的长度为4 158 nt,其余毒株的长度均为4 161 nt。通过与GenBank中已发表的国内外毒株CV777、DR13等61株PEDV S基因序列进行比对发现,19个毒株与经典株CV777的同源性为93.8%~94.1%,其彼此之间的同源性为97.7%~100%。基因推导的氨基酸序列分析表明,试验所获得的19株流行毒株中,仅JX1和JX2两个毒株由1 386 aa构成,而其他毒株均由1 387 aa组成,19个毒株S蛋白氨基酸与经典株CV777的同源性为92.8%~93.4%,其彼此之间的同源性为97.7%~99.9%,且均存在点突变、氨基酸插入和缺失现象。S基因进化树分析表明,PEDV毒株被分成了2个大群,试验获得的19个毒株均处于G1群中,但与我国其他分离株处于G1大群中的不同分支中,且与处在G2群中的经典株CV777、韩国弱毒株DR13和日本弱毒株83P-5等毒株的亲缘关系较远。说明PEDV S基因一直处于变异进化过程中。 相似文献