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试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据（raw reads）进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140~87 479 660个有效数据（clean data）,70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260~116 478个SNP位点（转换和颠换类型）,转换类型总数极显著高于颠换类型总数（P<0.01）。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。 相似文献
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本试验以高邮鸭为研究对象,选择双黄蛋高、低产组高邮鸭各6只,颈动脉放血致死后立即采集下丘脑、垂体、肝脏、输卵管及卵巢组织,将采集的卵巢组织通过组织切片、HE染色观察卵巢形态结构,并对双黄蛋高、低产组高邮鸭卵巢中等级卵泡进行统计对比;进行特异性标记蛋白卵泡刺激素受体（FSHR）免疫组化染色,观察两组高邮鸭卵巢阳性细胞表达情况及卵巢颗粒细胞分布;同时提取下丘脑、垂体、肝脏、输卵管及卵巢组织RNA,采用实时荧光定量PCR技术检测FSHR基因的表达。结果显示,双黄蛋高产和低产组高邮鸭卵巢在组织结构及卵泡发育上存在明显差异,高产组卵巢上的卵泡繁密且发育良好,密布着众多小黄卵泡、大白卵泡及小白卵泡,各级卵泡大小差异明显;而低产组卵巢上的卵泡稀疏且发育较为迟缓,小黄卵泡、大白卵泡及小白卵泡数量较少。实时荧光定量PCR检测结果表明,高产组高邮鸭下丘脑、垂体、肝脏及输卵管中的FSHR基因表达量极显著高于低产组（P<0.01）,而卵巢中FSHR基因表达量在两组中差异不显著（P>0.05）。本试验结果表明,双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢结构及卵泡发育存在显著差异,卵巢上的微环境可能是影响高邮鸭双黄蛋产蛋性能的影响因素。 相似文献
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高、低产双黄蛋高邮鸭卵巢组织差异分析 总被引：1，自引：1，他引：0
本试验以高邮鸭为研究对象,选择双黄蛋高、低产组高邮鸭各6只,颈动脉放血致死后立即采集下丘脑、垂体、肝脏、输卵管及卵巢组织,将采集的卵巢组织通过组织切片、HE染色观察卵巢形态结构,并对双黄蛋高、低产组高邮鸭卵巢中等级卵泡进行统计对比;进行特异性标记蛋白卵泡刺激素受体(FSHR)免疫组化染色,观察两组高邮鸭卵巢阳性细胞表达情况及卵巢颗粒细胞分布;同时提取下丘脑、垂体、肝脏、输卵管及卵巢组织RNA,采用实时荧光定量PCR技术检测FSHR基因的表达。结果显示,双黄蛋高产和低产组高邮鸭卵巢在组织结构及卵泡发育上存在明显差异,高产组卵巢上的卵泡繁密且发育良好,密布着众多小黄卵泡、大白卵泡及小白卵泡,各级卵泡大小差异明显;而低产组卵巢上的卵泡稀疏且发育较为迟缓,小黄卵泡、大白卵泡及小白卵泡数量较少。实时荧光定量PCR检测结果表明,高产组高邮鸭下丘脑、垂体、肝脏及输卵管中的FSHR基因表达量极显著高于低产组(P0.01),而卵巢中FSHR基因表达量在两组中差异不显著(P0.05)。本试验结果表明,双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢结构及卵泡发育存在显著差异,卵巢上的微环境可能是影响高邮鸭双黄蛋产蛋性能的影响因素。 相似文献
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旨在利用重测序技术分析狮头鹅基因Indel差异并探讨其产蛋调控通路。本研究选用产蛋量有差异的成年狮头鹅和吉林白鹅母鹅各5只,采用全基因组重测序方法,对两个品种基因组水平的插入缺失突变情况进行比较分析。结果表明,测序共得到350.35 Gb数据,其中Q20与Q30平均值分别为96.74%、92.19%;通过注释分析发现了748 821.2个Indel变异位点。10只试验鹅的Indel位点在编码区（CDS）的分布趋势和数量与参考基因组相似,其中有11 737个Indel位点导致了插入或删除;在此基础上,进一步分析筛选产蛋相关通路,发现在GnRH信号通路、雌激素信号通路、催产素信号通路、催乳素信号通路以及孕酮介导的卵母细胞成熟通路中分别有15、1、1、1、18个变异基因参与狮头鹅产蛋调控。结果显示,通过Indel位点分析表明,GnRH信号通路、雌激素信号通路、催产素信号通路、催乳素信号通路和孕酮介导的卵母细胞成熟通路均与狮头鹅产蛋有关,并进一步筛选出可能的产蛋相关基因。这些数据将为我们研究狮头鹅繁殖性能提供有效基础和依据。 相似文献
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为了探究GNRHR基因在双黄蛋形成过程中的作用,本研究以高邮鸭为试验素材,应用克隆测序技术获得了高邮鸭促性腺激素释放激素(GNRHR)基因的全序列,并分析该基因的结构;采用荧光定量技术检测258日龄和330日龄高、低产双黄蛋鸭卵巢组织GNRHR基因mRNA的表达量,并分析了两者之间的差异。结果表明,鸭GNRHR基因序列全长为1 944 bp,共有3个外显子和2个内含子;258日龄和330日龄,高产双黄蛋鸭卵巢GNRHR基因mRNA的表达量高于低产双黄蛋鸭的表达量(P0.05)。 相似文献
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鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成,但由于注释方法的局限性,还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法,该研究利用高通量测序技术对8只（高产组4只、低产组4只）300日龄体重一致、饲养条件相同、产蛋数存在差异的京海黄鸡的卵巢组织所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,通过分析RNA-Seq获得的京海黄鸡卵巢组织转录组数据,共发现4 431个新转录本,并将所有新转录本与GO、NR、Swiss-Prot、KEGG数据库进行比对和分析,发现了很多潜在的新基因并进行功能注释,为鸡基因组的进一步完善及功能基因的挖掘提供了数据基础。 相似文献
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本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,8个样品共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09 Gb。筛选出1 445 264个京海黄鸡品种内SNP位点,其中位于基因区的SNP位点916 108个,位于基因间区的SNP位点552 168个。8个样品中平均新预测的可变剪接12 883个,并对7 481个基因结构进行了优化。与所选的参考基因组序列对比分析,共发掘4 431个新基因,通过与各数据库进行序列对比,1 809个新基因得到功能注释。本研究通过转录组测序技术检测了京海黄鸡卵巢组织的基因结构,为进一步完善京海黄鸡的基因结构信息及发掘潜在的新基因提供分子水平的依据。 相似文献
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【目的】 通过高通量混池重测序和选择清除分析比较鸭不同产蛋量组间基因组显著差异区域内的SNP和基因差异,以筛选和鉴定出鸭产蛋量相关的遗传变异位点和功能基因,为通过分子遗传育种手段提高鸭产蛋性能提供依据。【方法】 根据金定鸭群体开产后150 d内个体产蛋量情况,选择2种极端表型,分为高产蛋组（CH）和低产蛋组（CL）。基于混池全基因组重测序和选择清除分析技术筛选不同鸭产蛋量组间基因组显著差异区域内的SNP及相关功能基因,通过单个样本PCR扩增子测序对筛选的产蛋量相关SNP进行验证,对筛选的候选基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,确定候选基因参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径,并分析不同基因型间产蛋量高低差异。【结果】 在低产蛋量组和高产蛋量组分别获得192 071 438和229 836 820条的clean reads,共定位到的SNP差异极显著区间为1 368个,受选择候选基因为214个,而且这些区间和基因主要位于Z号染色体,主要包括KDM4C、LURAP1L、PTCH1、PRUNE2、TRPM3和VPS13AD等基因。验证结果表明重测序结果准确。GO功能分析表明,受选择基因在分子功能、细胞组分和生物过程3个本体中均有富集。KEGG通路富集分析表明,受选择基因主要富集到代谢途径、肌动蛋白骨架调节、真核生物核糖体发生等信号通路。鉴定出候选基因KDM4C上Z-28286537、Z-28286879、Z-28288421、Z-28434122和Z-28436368位点,LURAP1L基因上Z-30802227位点、TRPM3基因上Z-36500134、Z-36503668、Z-36534782、Z-36684262、Z-36710928和Z-36732487位点,VPS13A基因上Z-37498270和Z-37513004位点,PTCH1基因上Z-41510597位点显著影响鸭的产蛋量（P<0.05）。【结论】 鸭Z号染色体上存在多个与鸭产蛋量显著相关的SNPs位点及相关基因,本研究结果为通过分子遗传育种手段提高蛋鸭产蛋性能提供了依据。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2021,(8)
本研究旨在探究高、低产蛋量新疆伊犁鹅性腺轴组织的转录组差异表达基因,为完善新疆伊犁鹅基因结构和发掘新基因提供参考。实验选取健康状况良好、饲养条件一致的3岁龄高、低产蛋量新疆伊犁鹅各4只,利用高通量测序技术对高、低产蛋量新疆伊犁鹅性腺轴组织进行单核苷酸多态性(SNP)的查找、可变剪切筛查、基因结构优化和新转录本预测。结果显示:在高、低产蛋量新疆伊犁鹅性腺轴中共筛选出1 048 575个SNP位点,64 209个可变剪切,优化了11 383个基因。在高、低产蛋量新疆伊犁鹅性腺轴组织中共筛选到3 119个新基因,获得注释的基因902个;差异表达新基因64个,其中49个差异新基因表达上调,15差异新基因表达下调,通过比对发现这些基因分别与核苷酸切除修复、VEGF信号通路、泛素介导的蛋白水解、RNA转运、氨基酸的生物合成以及粘着斑等信号通路相关。本结果为伊犁鹅基因组信息的进一步完善及基因功能的挖掘提供了一定的数据基础,为全面解析伊犁鹅产蛋量的分子机制提供了参考依据。 相似文献
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转化生长因子β1(transforming growth factor beta1,TGF-β1)基因是本课题组前期在高产和低产雷州黑鸭群体中通过转录组学测序分析筛选出的可能对雷州黑鸭繁殖性能有重要调控作用的候选基因。为进一步探究TGF-β1基因的遗传多态性，分析其产蛋性能的相关的遗传分子标记，本试验采用PCR扩增技术和直接测序法，检测100只雷州黑鸭群体中的TGF-β1基因的SNP位点，使用SPSS 26.0软件分析TGF-β1基因的遗传多态性位点基因型与雷州黑鸭产蛋性能的相关性。结果显示，在TGF-β1基因的第6个内含子中发现3个SNPs位点与雷州黑鸭的开产蛋重显著相关，分别为I6-2188 C>T、I6-2220 T>C和I6-2235 A>C;I6-2188 C>T位点与开产日龄显著相关；使用Haploview软件对SNPs位点进行连锁分析发现，H1H1单倍型的开产蛋重显著高于H2H2单倍型。综上所述，TGF-β1基因的3个SNPs位点可作为雷州黑鸭繁殖性能的遗传标记。 相似文献
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高邮鸭体尺、屠宰性能和肉品质的测定及相关性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
高邮鸭又称高邮麻鸭,是江苏省里下河地区经长期选育而成的一种大型蛋肉兼用麻鸭,是我国优秀的水禽品种资源.高邮鸭因蛋肉品质优异、善产双黄蛋而驰名中外,以独特的适应性和品质优良而备受欢迎[1].高邮鸭经过多年选育,体型外貌一致,生产性能、肉用性能、繁殖性能稳定,育种指标稳中有升,种群规模不断扩大,高邮鸭的饲养量逐年上升[2].高邮鸭肉质鲜美,营养丰富,可作为培育肉用鸭的原始制料,但目前关于高邮鸭的研究主要集中在蛋用型、营养学及遗传育种等方面,对高邮鸭肉用性能方面的研究较少. 相似文献
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【目的】构建产蛋前后各期伊犁鹅卵巢转录组文库,结合生物信息学分析揭示不同产蛋期伊犁鹅卵巢组织差异表达基因,并鉴定出影响鹅卵巢发育的关键基因,为伊犁鹅的繁殖调控提供理论参考。【方法】选择处于开产期（KL组）、产蛋期（CL组）及休产期（XL组）的伊犁鹅各4只,屠宰后取其卵巢组织,用于构建卵巢转录组文库。通过新基因挖掘、基因差异表达、基因注释以及蛋白互作网络分析筛选出与鹅卵泡发育相关的候选基因;随机挑选8个差异表达基因,应用实时荧光定量PCR验证其表达情况。【结果】伊犁鹅卵巢组织学结果表明,在开产期时,伊犁鹅卵巢表面有大量初级卵泡,而产蛋期卵巢则显示出卵泡的层级性,在休产期卵巢中可观察到卵泡出现向内凹陷、闭锁的现象。通过转录组测序（RNA-Seq）,从构建的12个伊犁鹅卵巢cDNA文库中获得有效读数57 811 186~85 328 377条,Q30值均>93.38%,每个样品所产的测序读数于鹅参考基因组上的比对率在82.79%~89.24%。在卵巢中注释的新基因共有1 112个,单核苷酸多态性（SNP）位点总数为1 642 273~2 425 069个;SNP和插入缺失（InDel）均主要注释于内含子区域;各时期的可变剪切类型主要集中为最后1个外显子可变剪切（TSS）及第1个外显子可变剪切（TTS）。在KL vs CL、XL vs CL及XL vs KL组中分别有337、1 136和525个差异表达基因,共有差异表达基因为α2A肾上腺素能受体（ADRA2A）、表皮蛋白（CP）、非转移性黑色素瘤糖蛋白B （GPNMB）及α-1-抗胰蛋白酶样（LOC106033756）。GO功能富集分析发现,差异表达基因主要富集在肽基酪氨酸磷酸化的正调控、细胞黏附及质膜外侧等过程。KEGG通路富集分析发现,差异表达基因主要显著富集于神经活性配体-受体相互作用、ECM-受体相互作用及类固醇生物合成等。结合蛋白互作网络分析,筛选到与鹅卵巢发育相关的潜在调控因子Bruton’s酪氨酸激酶（BTK）、血小板源性生长因子受体α（PDGFRA）、整合素β3（ITGB3）等。实时荧光定量PCR结果显示,RNA-Seq结果准确可靠。【结论】本研究揭示了产蛋前后各期伊犁鹅卵巢组织中的基因表达差异,筛选到影响伊犁鹅卵巢发育的神经活性配体-受体相互作用、ECM-受体相互作用、类固醇生物合成等重要通路与BTK、PDGFRA和ITGB3等关键候选基因,为了解鹅卵巢组织调控产蛋性能的分子机制提供了理论支撑。 相似文献
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【目的】利用选择信号分析方法在伊犁鹅和霍尔多巴吉鹅中筛选与产蛋性状相关的候选基因。【方法】选取健康状况良好、饲养管理水平一致的2岁伊犁鹅母鹅和霍尔多巴吉鹅母鹅各24只,采集血液样本,提取基因组DNA,利用全基因组重测序技术进行选择信号检测分析,筛选出受到选择的候选区域,针对注释基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选出与鹅产蛋性状相关的候选基因。【结果】全基因组重测序的平均测序深度为15.28×,与参考基因组比对率在97.31%以上。通过群体分化指数(Fst)对伊犁鹅和霍尔多巴吉鹅2个群体进行分析,共筛选到1 231个候选区域。与核苷酸多样性(Pi)进行联合分析后,伊犁鹅群体共筛选出10个候选区域,得到5个注释基因;霍尔多巴吉鹅群体中共筛选出353个候选区域,得到263个注释基因。GO功能和KEGG通路富集分析发现,初步筛选出6个可能与鹅产蛋性状相关的候选基因(BMP2、BMP6、MIS、ENO1、LIF、EP300),还发现了IL-18基因可能与禽类的免疫有关。【结论】本研究筛选出6个可能与鹅产蛋性状相关的候选基因,为揭示鹅产蛋性状的分子调控机制提供了参考。 相似文献
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鸡蛋是人类重要的蛋白质来源，产蛋性状是鸡重要的经济性状，鉴定鸡产蛋性状相关的重要功能位点对于蛋鸡育种意义重大。本研究采集了1 100只太行鸡样本，记录其产蛋数和开产日龄2个表型，使用目前在农业动物中广泛应用的低深度重测序技术对全部样本进行基因分型。本研究共鉴定到覆盖全基因组的680万个单核苷酸多态性位点。针对产蛋数性状和开产日龄性状分别进行方差组分估计和全基因组关联分析，遗传力估计结果显示2个性状的遗传力均较低，其中开产日龄估计遗传力为0.155，产蛋数估计遗传力为0.102。在全基因组关联分析中发现了影响开产日龄的4个候选主效基因CPD、ENSGALG00000007646、ENSGALG00000007656和CDX4，以及16个SNP标记。通过功能富集分析鉴定到了细胞黏附和细胞膜相关通路、质膜钙信号通路以及磷脂酰肌醇信号通路等在产蛋数性状中发挥的重要作用。本研究为太行鸡产蛋相关性状选育提供了重要的分子标记，为下一步的保种育种工作奠定了基础。 相似文献
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为提高武定鸡生产性能,探索繁殖相关差异基因,对270日龄产蛋和停产一周以上的武定鸡卵巢组织进行转录组测序,将获得的数据进行SNP检测,利用GO富集和KEGG富集分析SNP所在基因。结果显示:产蛋武定鸡特有的SNP有116235个,停产武定鸡特有的SNP有156020个,两者共有的SNP有276467个;GO富集分析发现,SNP所在基因大量富集在生物进程中;KEGG富集分析发现,SNP所在基因显著富集在代谢途径、剪接、细胞周期、细胞凋亡、基础转录因子等通路;对GnRH信号通路中的5个基因SNP分析发现,有9个SNP位于外显子区,其中有4个SNP位于编码区并引起了氨基酸的改变。研究结果为武定鸡繁殖性能的相关研究提供了理论依据。 相似文献
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绒山羊产绒量主要由遗传决定,产绒量低是制约绒山羊产业化发展的瓶颈。在同一群体中选择高产绒量(>1 000 g)和低产绒量(<480 g)的山羊母羊各3只,其年龄均为3周岁,体重约34 kg;每只实验羊全基因组测序深度为30×,每个样本大约测得8×106 SNP。对比高产组和低产组,利用选择性消除区域基因分析方法筛选出18个基因组区域可能与产绒量相关,从这些区域中筛选出选择信号较强的4个羊绒产量性状相关候选基因,分别是CUL1、FBXL3、YY1、EZH2,这些基因参与昼夜节律信号通路、Wnt/β-catenin信号通路和TGF-β信号通路,而这3个信号通路正是参与绒山羊次级毛囊发育的重要信号通路。研究结果表明,以上4个基因和相应的SNP可以作为高产绒量绒山羊的基因组辅助育种标记,有助于缩短高产绒量绒山羊品种选育进程。 相似文献
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为探讨鸭昼夜节律相关基因RORB(视黄醇相关孤儿受体B)与鸭蛋重性状的相关性，采用Illumina测序的方法对90只金定鸭RORB基因序列进行测序，以分析RORB基因上3个SNP位点在不同蛋重鸭个体的差异，并与300日龄和450日龄蛋重进行相关性分析；荧光定量PCR的方法检测RORB及相关基因CLOCK、BMAL1和PER2 mRNA在不同蛋重鸭卵巢组中的表达差异。结果表明，RORB基因上Z-35251072和Z-35256947位点的SNP突变与鸭450日龄的蛋重呈显著负相关，Z-35278196位点的SNP突变与鸭300日龄和450日龄蛋重呈显著负相关；RORB和PER2在低蛋重组中的表达显著高于在中蛋重和高蛋重组的表达(P<0.05),而CLOCK和BMAL1在高蛋重组中的表达显著高于中蛋重和低蛋重组的表达(P<0.05)。结果提示，RORB在鸭的蛋重性能中可能发挥重要作用，且可能与昼夜节律相关基因间的相互调节有关，该结果为研究鸭的蛋重性能调控奠定理论基础。 相似文献