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1.
采自福建省规模化猪场的疑似病料进行PRRSV分离鉴定,采用RT-PCR方法扩增PRRSV ORF5全基因并进行序列测定分析。从采集的病料中成功分离2株PRRSV,2株分离毒株ORF5与Gen Bank中选择的参考毒株比较发现,其核苷酸同源性为82.5%~90.6%,氨基酸同源性为80.6%~91.5%。通过序列进行系统进化分析均显示分离毒株属于欧洲型PRRSV,ORF5基因与LV相比变异较大,应加大对欧洲型PRRSV的监控。 相似文献
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分析一株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV) ORF5基因遗传变异情况及与国内外其他毒株比较为指导当地生产提供一定依据,通过常规病毒检测和分离方法,从2008年山东无名高热病猪送检样品肺部组织中检测并分离PRRSV.根据PRRSV美洲经典株VR-2332的ORF5基因设计特异引物,利用RT-PCR和基因克隆ORF5基因,分析其与国内外PRRSV毒株差异.经过细胞病变和间接免疫荧光检测证明所分离到的PRRSV是一山东地方流行毒株,命名为SD-4.通过分析ORF5基因序列及与其它毒株的比较,将北美洲株分为Ⅰ亚群和Ⅱ亚群.SD-4的核苷酸与Ⅰ亚群和Ⅱ亚群及欧洲毒株相比同源性分别为87.4 %～89.9 %,92.7 %～99.2 %和63.7 %～63.8 %.其氨基酸序列的同源性相比分别为85.1 %～91.0 %,90.5 %～99.5 %和56.7 %～57.7 %.进化树分析结果表明SD-4与高致病性毒株JXA1,HUB1,HEB1和SY0608的亲缘关系很近.PRRSV山东分离株SD-4属于美洲经典毒株,可能为高致病性PRRSV毒株. 相似文献
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为了从分子水平了解猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5和ORF7基因的特征,并为PRRSV的遗传进化和分子变异研究提供资料。对宁夏地区流行的PRRSV进行采样分析,运用RT-PCR技术分别扩增了PRRSV NX-1/2008毒株囊膜蛋白基因ORF5与衣壳蛋白基因ORF7,并对其进行了克隆,随后利用DNAS-TAR生物软件进行了同源性比对和进化分析。结果显示,PRRSV NX-1/2008毒株的ORF5,ORF7基因均与JXa-1/2007等高致病性毒株高度同源,ORF7的氨基酸同源性则达到了100%。与空间距离较远的JXa-1/2007毒株相比,NX-1株的ORF5基因在中和抗体决定区196位上发生突变,而与相距较近的HUB-1/2006,CH-1 a/2001等毒株相比较,则无此突变;与CH-1 a/2001毒株相比,GP5蛋白的免疫原性核心位点B 39位的F→I,在诱导中和抗体起重要作用的33位糖基化位点N→S,同时,诱骗位点A(30~38氨基酸)的32,33和35位氨基酸都发生了突变。NX-1株的ORF7基因与国内CH-1 a/2001等低致病性毒株间的突变有69%位于抗原决定区,而其中有56%是高致病性毒株的主动突变。研究表明,分离的PRRSV高致病性毒株与低致病性毒株的抗原性在基因组上有较大范围的变异,且这种变异可能还主要位于免疫决定区。 相似文献
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采用RT-PCR技术,分别对PRRSV新疆分离株XJ-a,XJ-b,XJ-c的ORF5片段的ORF5基因进行扩增,获得长度为603 bp的特异性目片段.ORF5片段序列分析表明,新疆3个分离株的ORF5基因与欧洲型PRRSV毒株序列核苷酸的同源性为56.1%～56.4%,与标准美洲型PRRSV毒株序列的核苷酸同源性达到86.6%～87.2%,与国内部分省市流行株的同源性在96.0%～99.2%.PRRSV新疆分离株属于北美洲型PRRSV的变异毒株,属同一亚型,毒株间也存在一定的差异,具有高度致病性的生物学特征. 相似文献
5.
为了了解云南猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）流行毒株的遗传变异情况及其与猪繁殖与呼吸综合征的分子流行病学关系,对2010年分离到的10个云南PRRSV流行毒株进行了ORF5基因序列的测定与分析。结果显示云南分离株与中国大陆首次分离株CH1a,北美代表株VR2332和欧洲型代表株LV之间的核苷酸同源性分别为93.2%-94.2%,87.4%-89.6%和62.5%-64.0%;氨基酸同源性为90.0-91.5%,87.1-88.6%和51.7-57.7%。遗传进化分析显示,云南10株分离株属于美洲型,并分为两个基因亚型。与传统毒株相比,云南分离株ORF5基因及其推导的氨基酸的变异主要以点突变为主,但关键氨基酸位点未见明显改变,表明目前云南省所流行的PRRSV仍以经典毒株为主。研究结果为云南猪繁殖与呼吸综合征的控制提供了依据。 相似文献
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为分析研究天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）的分子遗传进化关系,对2019—2022年收集的20份天津地区PRRSV阳性样品进行ORF5克隆测序,以开展遗传变异研究和系统发育分析。遗传进化结果显示,20株毒株有11株属于谱系1.8,3株属于谱系1.5,5株属于谱系8,1株为谱系5,表明该地区PRRSV毒株流行呈现多样性。ORF5基因及推导氨基酸同源性和位点进行分析,其中11株谱系1.8毒株与NADC30毒株核苷酸同源性为91.2%～93.0%,氨基酸同源性为89.6%～93.5%;3株1.5谱系毒株与NADC34毒株核苷酸同源性为93.4%～96.5%,氨基酸同源性为92.5%～95.5%;4株分离株与HP-PRRSV毒株同源性最高,核苷酸同源性为90.0%～95.5%,氨基酸同源性为86.6%～91.0%;1株分离株与经典毒株CH-1a同源性最高,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.0%和89.1%,1株谱系5毒株与VR2332毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为97.8%和96.... 相似文献
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河南地区NADC30-like PRRSV毒株的增殖特性与遗传进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究河南地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行特点和遗传变异情况,采集河南省滑县地区猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场中的病料,经研磨、稀释、离心处理后将悬液上清接种于原代猪肺泡巨噬细胞,进行病毒分离培养,结果显示,PAM出现典型细胞病变效应,将得到的分离株命名为HNhx。应用PRRSV N蛋白的特异抗体进行间接免疫荧光(IFA)试验,结果表明,接种HNhx分离株的PAM出现特异性荧光,证明该分离株为PRRSV。应用RT-PCR技术对Nsp2区进行扩增分析,根据扩增目的产物大小推测HNhx分离株为NADC30-like毒株。遗传分析发现,与其他参考毒株相比,HNhx毒株的ORF3、ORF4和ORF5基因与NADC30毒株的同源性最高。基于ORF3、ORF4和ORF5序列构建进化树,系统进化分析的结果表明,HNhx归于NADC30-like亚群。 相似文献
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为监测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况,采集了2014—2016年间广东地区46个猪场317份疑患PRRS的临床样品进行检测,并对阳性样品的GP5基因进行了RT-PCR扩增、克隆和测序,选出21株PRRSV GP5基因进行序列比对和遗传进化分析。结果表明:所分离的PRRSV均属于美洲株,21株PRRSV GP5基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为82.4%~98.7%和78.6%~98.5%,其中2株与美国NADC30分离株同属亚群Ⅲ,10株与近几年广东省内分离的PRRSV毒株QYYZ和GM2同属于亚群Ⅳ。PRRSV GP5基因的遗传进化分析结果表明,亚群Ⅲ和亚群Ⅳ是近几年在广东省内流行的新兴亚群,研究结果将为PRRSV疫苗的选择以及防控方案的制定提供参考。 相似文献
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为了探明研究新疆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)NADC30-like病毒株XJTK的遗传变异特征,本试验分离病毒株后对该病毒的Nsp2和ORF5基因进行克隆和测序,其片段大小分别为648 bp和603 bp,其中Nsp2基因存在3处不连续共393个核苷酸的缺失,分别缺失333,57和3个核苷酸,完全符合NADC30-like毒株的基因特征;将病毒株XJTK与已知北美型PRRSV代表株VR2332,高致病性PRRSV国内代表株JXA1、TJ,美国分离株NADC30,及NADC30-like国内代表株HENAN-HEB、CHsx1401进行序列比对表明,XJTK株Nsp2和ORF5基因核苷酸序列与参考株同源率分别为36.4%～90.3%和83.7%～93.0%,进一步遗传进化分析表明,其与PRRSV毒株VR2332、JXA1和TJ株亲缘关系较远,与美国分离株NADC30及国内NADC30-like代表株CHsx1401和HENAN-HEB亲缘关系较近,同属于NADC30-like亚群,但仍属于相对独立的分支。本研究是新疆首次证实猪群中存在NADC30-like PRRSV,可为该地区猪繁殖与呼吸综合征的防制提供参考依据。 相似文献
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【目的】研究2014年新疆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）遗传变异情况,监测PRRSV在新疆流行情况,为新疆的PRRSV血清学检测提供帮助。【方法】采用RT－PCR方法对分离自新疆地区的PRRS疑似病料进行ORF7基因扩增和测序,分析PRRSV ORF7基因变异情况。【结果】检测到18株PRRSV毒株具有ORF7碱基突变,均属北美洲型,与国外的参考毒株和国内的参考毒株有着不同的亲缘关系。其中,XJzx4、XJzx12与国外的参考毒株01NP1.2、PA8、VR－2332、LMY亲缘关系较近。除XJzx1、XJzx14外,其余毒株与内地毒株BJsy06、GD、HB－1 sh2002、HuN、JXA1、LN、NX06、SX2009亲缘关系较近,推断由内地毒株演化而来。【结论】新疆本地流行猪繁殖与呼吸综合征毒株是来自国内外不同地区毒株,ORF7基因在新疆具有不同的遗传变异类型。没有检测到新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因有缺失型突变。 相似文献
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猪繁殖与呼吸综合征流行株ORF5基因遗传变异分析 总被引：5，自引：0，他引：5
[目的]分析猪繁殖与呼吸综合症（PRRS）发病原因、流行趋势,为预防和控制PRRSV提供理论依据。[方法]根据GenBank上的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）ATCCVR-2332的全基因序列,设计并合成引物,采用RT—PCR技术扩增了7株流行株（HIJ10,HL148,HLJ64,HLJ76,HL177,HLJ85,HLJ87）中的ORF5基因序列。应用DNAStar软件分析所测序列,并与ATCCVR-2332、CH-1a、BJ-4、LV及疫苗株MLV进行序列比较。同时用系统进化树分析了分离株之间的亲缘关系。[结果]核苷酸序列分析表明这7株流行株中ORF5基因与VR-2332、CH—1a、BJ-4等代表株的同源性分别为88．1％～98．8％,89．9％～95．2％,85．6％～98．7％;与LV的同源性为54．7％～56．9％。氨基酸序列分析表明这7株流行株与VR-2332、CH-1a、BJ4等代表株的同源性分别为88．1％～96．8％,88．1％～94．5％,86．1％～96．5％;与LV的同源性为54．7％～56．2％。通过系统发育进化树分析可知HLJ48、HL164、HLU6、HLJ77、HLJ85与CH-1株亲缘关系密切,同属一亚群,表明所获得的毒株与参考株CH．1亲缘关系较近,可能由CH-1演化而来。HLJ10、HU87与疫苗株MLV关系较近,而且HLJ10、HLJ87的同源性高达100％,可能由于使用疫苗而感染,说明黑龙江省存在疫苗毒的隐性感染。[结论]流行株在ORF,基因区域的变异较大,同一地域分离株间ORF,基因序列同源性较高且亲缘关系较近,不同地域则较远。 相似文献
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豫西地区PRRSV新近流行株ORF5基因变异及Nsp2基因特征分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为研究豫西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)新近流行株ORF5基因的变异情况及Nsp2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了26份近期采自豫西地区猪场疑似PRRS猪肺脏样品中的ORF5全序列和Nsp2部分序列,并对其生物信息学和结构进行了分析。结果表明:成功扩增出的21株PRRSV流行株间ORF5全基因同源性为96.6%～100%,氨基酸同源性为97.5%～100%;与参考毒株JXA1、MLV、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为96.6%～98.9%、88.4%～89.2%、88.0%～89.5%和66.8%～67.3%;对阳性病料进行了部分Nsp2基因的扩增,测序结果显示,所有流行株的Nsp 2基因与已报道的美洲株VR-2332相比,不存在核苷酸的插入或突变,但存在2个位点共90个碱基的缺失;遗传衍化分析表明,流行毒株属于美洲型。研究结果揭示了豫西地区新近流行的PRRSV ORF5基因的变异情况及Nsp 2基因的特征,为该地区的PRRS防控工作提供了理论依据。 相似文献
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目的 研究2017年福建地区中小规模猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）毒株的分子流行情况。方法 从福建地区中小规模猪场收集83份疑似蓝耳阳性病料,对编码GP5蛋白的ORF5基因进行了RT-PCR检测和遗传进化分析。结果 采集的83份疑似蓝耳病料中阳性率为73%,测得的序列之间ORF5的核苷酸相似性达80.3%~100.0%,其中所测的各个分支毒株与其所属分支的代表毒株NADC30、GM2和JXA1的核苷酸相似性分别为92.6%~93.9%、89.8%~93.0%和93.4%~99.3%,检测到新分支中新出现的毒株与JXA1的核苷酸相似性为91.0~93.0%。GP5氨基酸比对结果显示不同亚群GP5信号肽区、诱导表位、主要中和表位及高变区等功能区发生了显著变异。结论 福建地区出现了PRRSV新分支,使福建PRRSV变异种类更加多样化,建议加强PRRSV流行及变异的监测。 相似文献
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猪繁殖与呼吸综合征病毒YA株ORF5基因的克隆与序列分析 总被引：6，自引：0，他引：6
以猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）YA株为材料，采用RT－PCR扩增其ORF5基因全长cDNA并进行序列测定和比较分析。结果YA株ORF5基因cDNA编码区长603bp，可编码200个氨基酸残基。与欧洲型代表株LV株、美洲型代表株VR－2332株在氨基酸水平上的同尖性分别为58％和90％，与国内首株分离株(CH－1a)的同源性高达95％，推测YA株属于美洲型。根据YA株ORF5基因编码的氨基酸序列，与具有代表性的12株美洲型毒株和2株欧洲型毒株绘制进化系统树，结果也显示YA株与美洲型分离毒株的遗传关系较近，而与欧洲毒株的遗传关系较远。进一步采用序列分析软件对推导的氨基酸进行比较分析，发现YA株ORF5编码的E蛋白存在5个潜在的N－糖基化位点，6个抗原位点，其糖基化位点的数目及抗原位点的分布与其它美洲毒株均存在一定程度的差异，但3个最主要的抗原表位相对保守。 相似文献
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2008-2010年中国华东地区PRRSV ORF5基因遗传变异分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】对来自2008-2010年中国华东地区7个不同省市的疑似猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）发病猪场送检的病料进行PRRSV检测,并对其ORF5基因进行测序,确定当前PRRSV在中国华东地区的分子流行病学特征,并分析PRRSV在中国的遗传演化规律。【方法】利用RT-PCR方法对采集的样品进行PRRSV检测,并对PRRSV检测呈阳性的36份病料进行ORF5基因的序列测定和分析。【结果】260份病料中共检测到118份PRRSV阳性样品,阳性率为45.4%。ORF5序列分析和系统进化树分析结果表明,本试验所获得的36株PRRSV毒株序列均属于北美型,与GenBank中高致病性PRRSV（HP-PRRSV）参考毒株的氨基酸同源性为94.6%-100%,并可分为5个亚群,亚群III与HP-PRRSV同源性最高,几乎所有的亚群中和表位（primary neutralizing epitope,PNE）都存在变异,亚群III和IV相对于其它亚群具有更多的糖基化位点。由于36个毒株是于2008-2010年间采集自安徽、江苏、上海等7省,进化树分析结果表明,病毒的分型并没有呈现明显的地域性。【结论】2008-2010年间中国华东地区普遍存在PRRSV感染,PRRSV流行株为HP-PRRSV,其遗传演化相对稳定,但也具有不同的遗传特征。来源于不同省市的PRRSV毒株的遗传关系存在交叉,虽然亚群IV和V只出现在部分省市,但PRRSV的分布没有呈现明显的地域特征。 相似文献
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根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)VR-2332毒株基因序列设计合成了6对引物,应用RT-PCR方法对PRRSVGS株部分片段进行基因的扩增、克隆和测序,将测序结果应用Blast和DNAStar软件进行拼接,并与国内外分离毒株进行核苷酸以及推导氨基酸序列同源性比较.结果发现PRRSVGS毒株结构蛋白基因全长3819bp,包括ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7共6个阅读框,分别编码GP2、GP3、GP4、GP5、M和N蛋白;与BJ-4、CH-1a、HB-2(sh)/2002和VR-2332美洲株等核苷酸的同源性在87.9%～97.1%,推导的氨基酸同源性在88.3%～97.1%;而与LV和Euro毒株的同源性差异显著,核苷酸同源性在56.0%～70.0%,氨基酸同源性在54.9%～77.6%.构建的系统发育树证明该毒株在基因型上属于美洲型. 相似文献
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根据GenBank公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCC VR-2332株的NSP2,ORF5-7基因的核苷酸序列,设计合成5对特异性引物,用RT-PCR方法扩增出10株PRRSV河南地方株的NSP2和ORF5-7片段,将扩增片段克隆到pMD-18T载体并进行测序。应用DNAStar序列分析软件对分离株的NSP2和ORF5-7基因和其推导的氨基酸序列与不同来源的PRRS毒株进行了同源性比较,结果表明PRRSV河南分离株的NSP2和ORF5-7基因与不同来源美洲型毒株之间的同源性分别为89.1%-98.1%和81.4%-96.1%,而与欧洲型毒株之间的同源性仅为46.7%-61.7%和44.7%-45.9%;同时将PRRSV河南分离株NSP2和ORF5-7基因的推导氨基酸序列与其他美洲型PRRSV毒株进行变异分析比较,证实了PRRSV河南分离株NSP2和ORF5-7基因发生了变异。 相似文献
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中国部分地区2005－2007年猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株ORF5基因和Nsp2基因遗传变异分析 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】为分析2005－2007年间中国部分省区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）流行毒株的分子生物学特征,了解其遗传演化规律,查明中国目前PRRSV流行毒株现状。【方法】应用病毒分离方法从中国4个省份在2005－2007年间采集的81份疑似蓝耳病病料中分离到36株猪繁殖与呼吸综合征病毒,应用RT-PCR方法对36株PRRSV现地分离株的ORF5基因和Nsp2基因进行扩增和序列分析。【结果】36株现地分离株均属于美洲型 PRRSV,ORF5基因全长均为603 bp,未发现有基因缺失或插入,编码约200个氨基酸,分离株推导氨基酸序列变异主要发生在9～39位;36个分离株中有15株PRRSV Nsp2基因全长为2 940 bp,21株PRRSV Nsp2基因全长为2 850 bp;发生Nsp2缺失的PRRSV在Nsp2基因第481位、532～560位发生了不连续缺失,共缺失30个氨基酸。与GeneBank中收录的14个PRRSV ORF5、Nsp2基因进行核苷酸及氨基酸序列比较和分析,系统进化关系显示,除B02-2005株可能与疫苗株有关外,多数现地分离株与Ch-1a株遗传距离较近,不同年份分离到的毒株与早期PRRSV分离株的同源性逐年降低。【结论】根据氨基酸变异情况对PRRSV现地分离株进行亚群聚类分析,发现36株现地分离株分别归属于以VR-2332为代表的4亚群,以BJ-4为代表的1亚群和以Ch-1a为代表的２亚群。进化关系表明PRRSV ORF5、Nsp2基因及其推导的氨基酸序列均发生了较大变异,不同地区PRRSV分离株的遗传关系存在交叉现象,地域特征不明显。 相似文献
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以辽宁地区某猪场猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)病料为材料,采用RT-PCR方法特异性扩增编码猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)GP3蛋白的ORF3基因全长cDNA,结果该分离株ORF3基因cDNA编码区长765bp,可编码254个氨基酸残基,与美洲型代表株VR-2332和欧洲型代表株LV进行同源性比较,氨基酸同源性分别为87.8%和54.5%,因此推测辽宁分离株属于美洲型。 相似文献