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鸡毒霉形体HS株pMGA多基因族序列分析 总被引：3，自引：1，他引：2
用限制性核酸内切酶对鸡毒霉形体(MG)HS株基因文库中经初步估测可能含有的4个鸡毒霉形体粘附蛋白(protein of Mycoplasma gallisepticum adhesin,pMGA)基因的MgW17重组质粒进行了不同组合的酶消化,根据消化片段的大小及酶切位点绘制了7.5kb外源片段的物理图谱;然后根据所得的物理图谱,选用Pst I和EcoR I将MgW17外源片段酶解成1.3、2.0、4.2 kb 3个部分,将它们分别亚克隆到SK(十)质粒上,得到了3个亚克隆子SGp100、SGp200、SGp300.使用核酸外切酶Ⅲ缺失法构建缺失子系列,经序列分析后得到MgW17外源片段的全部序列.序列全长7 434 bp,中间含有2个完整的pMGA基因和另2个不完整的pMGA基因的首部和尾部,分别将它们顺次命名为H-pMGA1.1、H-pMGA1.2、H-pMGA1.3和H pMGA1.4.2个完整的pMGA基因的阅读框长度分别为1 967 bp(1.2)和2039 bp(1.3);H-pMGA1.1首部不完整的阅读框的长度为720 bp,尾部不完整的H-pMGA1.4的长度为1 752 bp.将H-pMGA基因与已报道的MG.S6株、F株的pMGA基因进行了比较,探讨了pMGA基因在不同MG菌株中的相似性、基因启动子结构的差异、间隔区内GAA重复序列对转录调控的影响等. 相似文献
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鸡毒霉形体HS株pMGA多基因族的研究 总被引：2，自引：1，他引：1
鸡毒霉形体（Mycoplasma gallisekpticum,GM)基因组中存在着编码细胞表面血凝粘附素蛋白（protein of Mycoplasma gallisepticum adhesin,pMGA)相关基因组的多基因族。为筛选出含有完整的pMGA基因片段，并估算出鸡毒霉形体HS株基因组中pMGA多基因族的基因数，本试验以pUC18为载体，用EcoR I限制性内切酶构建了鸡毒霉形体HS株的基因组文库。根据pMGA基因引导序列的保守区和pMGA基因间隔区的序列，人工合成了2个寡核苷酸探针（探针I、探针Ⅱ），经标记后，双筛选所建的基因文库，从600个转化子中共得到的38个含有pMGA基因的阳性克隆子，选其中1个7．5kb的片段（17号阳性克隆子，W17），用4种限制性内切酶（EcoR I,Hind Ⅲ，Pst I,Bgl Ⅱ）酶切消化，绘制了该片段的物理图谱。该片段酶切产物经电泳、转膜后与探针I和探针Ⅱ杂交，发现2个探针杂交图谱基本相同，根据杂交带及放射信号的强度值，估测出该片段含有4个pMGA基因，以这个片段所含的pMGA基因数为标准，估算出鸡毒霉形体HS株含有39个pMGA基因。 相似文献
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鹅细小病毒主要结构蛋白VP3基因的克隆与序列分析 总被引：6，自引：1，他引：5
将GPV H2分离株接种于13日龄非免疫鸭胚，收集接毒后3－7日死亡鸭胚的尿囊液。纯化病毒，通过PCR技术，从病毒基因组DNA中扩增出病毒衣壳蛋白VP3完整基因片段，经酶切鉴定后直接与pMD 18-T质粒载体连接，转化感受态大肠杆菌TG1。提取重组质粒经PCR鉴定和酶切鉴定后，对插入片段进行序列测定及分析。结果表明；鹅细小病毒H1分离株VP3基因全长1605bp,编码534个氨基酸，与国外已发表的鹅细小病毒B株核苷酸序列同源性为98．5％，氨基酸序列同源性为98．3％，表明这二个毒株亲缘关系相近。 相似文献
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参考GenBank中伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的序列设计了1对引物，对PRVMin—A株进行了PCR扩增，扩增产物克隆于pGEM—TEasy载体。对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序，证实了克隆片段的可靠性。测序结果表明，目的片段包含1个1740bp的开放性阅读框(ORF)，编码由579个氨基酸组成的多肽。同源性分析表明，PRVMin—A株与PRVEa株、SH株PE基因的核菩酸同源性分别为99．2％、98．7％；推导氨基酸的同源性分别为98．6％、97．2％。 相似文献
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地高辛标记伪狂犬病病毒（PRV）Ea株短区段蛋白激酶（PK）基因3′端0．4kb片段，Southern杂交确定短区段PK基因定位在基因组DNA BamH Ⅰ 4．0kb片段中。将该片段克隆获得重组质粒pSB304，对pSB304亚克隆，构建了仅含完整PK基因约1．3kb片段的重组质粒pSB305，并进行了序列测定。结果表明，PK基因存在2种可能的同框编码方式，分别编码388或334个氨基酸残基，并具有真核细胞蛋白激酶催化结构域序列。同国外PRV NIA-3、Ka株相比，氨基酸同源性分别为98．8％和97．3％，有意义的是Ea株、Ka株均较NIA-3株在同一位置缺失2个氨基酸（Asp，Gly）。进一步对pSB305和含gG全基因以及部分gD基因的质粒pUSK进行酶切拼接，将PK基因大部分编码区、gG基因5′端部分编码区进行缺失，构建成两端同源侧翼分别为3．1kb和1．6kb的PK、gG双缺失转移载体pLR001。上述结果为深入研究PK基因功能及研制更安全的TK^-／PK^-／gG^-三缺失基因工程疫苗奠定了基础。 相似文献
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新城疫病毒V4株L基因的克隆与序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
设计了2对引物V4L1、V4L2和V4L3、V4L4，用RT-PCR法对新城疫病毒(NDV)V4克隆株的L基因进行了分段克隆。用V4L1、V4L2扩增出约4．1kb的V4LA片段，用V4L3、V4L4扩增出约3．5kb的V4LB片段，分别对克隆出的2个片段进行序列测定，并用DNAsis软件比较分析后进行拼接，得到长约7．2kb、包含有NDVV4克隆株L基因全长的核苷酸序列。NDVV4克隆株L基因mRNA全长为6704bp，拥有1个6615bp的开放阅读框，推测其编码的氨基酸数为2204个。氨基酸同源性分析表明：V4克隆株与HB92 V4株L基因的同源性为99．0％，与LaSota、B1、B1T(美国Takaaki分离株)、Beaudette C、Clone30、F48E9、SF02和ZJ1株的同源性为94．1％～96．5％。 相似文献
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根据GenBank的核酸序列，设计6对引物自TGEV SCY株中分别扩增了长为1．5kb、2．0kb、1．1kb、1．4kb、1．4kb、1．3kb的6个片段，经克隆测序拼接后获得8495bp的TGEV部分序列。根据与其他TGEV和冠状病毒的序列和结构特征比较表明，该段序列克隆了除TGEV聚合酶基因以外的S、M、N、E、NSP3a、NSP3b、ORF7共7个基因的核酸序列；根据S、M、N基因的序列构建了系统进化树，分析表明TGEV-SCY株与TS、HN2002、TO14、pudue等毒株亲缘关系较近；密码子偏爱性分析结果认为TGEV在对密码子的使用上存在轻微的偏向性，个别氨基酸偏向于选择以A和T结尾的密码子。 相似文献
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本试验采用RT-PCR方法对NDV Lasota株的全长F基因进行了扩增与克隆，并对其进行测序。扩出的F基因核苷酸长度为1664bp，单一的开放阅读框编码553个氨基酸的长肽，序列中有6个糖基化位点，13个半胱氨酸残基，包括完整的F1片段和完整的F2片段。裂解位点区(112-117aa)氨基酸序列为Gly-Arg-Gin-Gly-Arg-Leu，与所有弱毒株在这一区域的序列(Gy-Arg／Lys-Gin-Gly／Ser-Arg-Leu)相符。同源性分析表明，Lasota株F基因与已发表的其它NDVF基因相比，核苷酸序列同源性在88％-99％之间，推导的氨基酸序列同源性在90％～99％之间。 相似文献
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鹅细小病毒NS2基因的克隆和序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
本研究参考CerBank发表的GPV B株全基因序列，设计并合成一对引物，通过PCR技术扩增出GPV H1株NS2基因，目的片段长约1．4kb，将目的片段克隆到pMD18-T载体后进行序列测定和分析，结果表明：GPV H1株NS2基因全长1356bP，编码451个氨基酸，与国外已发表的GPV B株相比核苷酸序列同源性为98．75％，推导氨基酸序列同源性为98．67％。 相似文献
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设计4对引物，利用RT—PCR技术分别扩增出新城疫病毒（NDV）V4株长约4.2、4.1、4.1、3.5kb的4个互相重叠的核苷酸片段，并分别进行了克隆和序列测定。将这4个片段的核苷酸序列拼接后，得到长为15 061 bp的核苷酸序列。该序列包含有NDVv4株结构基因NP的全部编码区和5’端非编码序列，结构基因P、M、F、HN及L基因的全部编码区和非编码区序列，各结构基因之间的间隔序列以及基因组5’端部分尾巴序列（108bp）。序列比较分析表明，NDVv4株F蛋白裂解位点序列为^112GKQGRL^117，HN基因编码616个氨基酸，符合无毒株的特征；NDVv4株同基因组长度为15 192 bp的毒株一样，在基因组的1647～1648bp间比基因组长为15192bp的毒株少了6个碱基。 相似文献
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鹅细小病毒NS1基因的克隆及原核表达 总被引：4，自引：0，他引：4
本研究根据GenBank发表的GPVB株全基因核苷酸序列，设计了1对用以扩增GPV主要非结构蛋白NS1基因的引物。通过PCR技术，扩增出NS1完整基因片段1．9kb。将PCR产物克隆到pMD18-T载体后进行序列测定及分析，结果表明：GPV H1株NS1基因全长1884bp，编码627个氨基酸，与国外已发表的B株核苷酸序列同源性为98．15％。同时将该目的基因正向插入到GST融合蛋白原核表达载体PGEX-6P-1的BamH1多克隆位点，构建了GPV NS1的原核表达载体，成功的表达了约97KD的NS1融合蛋白。 相似文献
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新城疫病毒（青岛株）F蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：7，自引：1，他引：6
参考新城疫病毒（NDV）长春株的F基因序列设计了1以特异性引物，应用RT－PCR对NDV青岛株（野毒）的F基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序，扩出的F基因核苷酸长度为792bp，编码261个氨基酸，包括完整的F2片段和部分F1片段，裂解位点区（112－117aa）氨基酸序列为Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe，与国外发表的强毒株序列相符，正明青岛株为强毒株，根据该基因推导的所基酸序列，与国内外发表的NDVF蛋白氨基酸序列相比，同源性为88．1％－94．3％。 相似文献
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采用RT—PCR技术对鹅副黏病毒辽宁分离株DG-01的HN基因进行了扩增，获得了1条1．8kb的特异性条带。将此扩增产物克隆至pGEM—T载体，重组克隆质粒经鉴定后进行DNA序列测定。测序结果表明，所克隆的基因片段长度为1810bp，含有1个1716bp的开放性阅读框架，编码571个氨基酸。核苷酸同源性分析表明：DG-01株与我国其他9株鹅副黏病毒的同源性为89．9％～95．1％；与国内外NDVHN基因的同源性为82．1％～95．2％，与国内标准强毒F48E9的同源性为84．79／6，与Taiwan95和NL／96株的同源性分别为94．1％和95．2％。 相似文献
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3株致病性鸡大肠杆菌P型菌毛结构基因的克隆、序列测定及同源性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
用鸡致病性大肠杆菌分离株O1、O2和O78的基因组DNA做为模板，PCR分别扩增出了0．55kb的P型菌毛结构基因(papA)。将扩增得到的3个papA基因片段分别克隆进pGEM—T栽体中，转化至受体菌JM109中，用Amp／IPTG／X-gal琼脂平板蓝白菌落筛选法，得到含阳性重组子的菌株，提取质粒后用BamH Ⅰ和Sal Ⅰ双酶切进行鉴定。所得阳性重组子进行DNA序列测定，测序结果经DNA Star核酸分析软件包分析比较，结果表明，所构建的克隆质粒中均含有相应完整papA基因，其开放式阅读框架大小为549bp，编码182个氨基酸。此3株菌的P型菌毛结构基因的同源性为98.9％～100％，其中O1株和O78株的P型菌毛基因的ORF序列100％相同，O2株有2个碱基与前两者不同。 相似文献
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聚合酶链反应检测鉴别鸡毒霉形体强毒株和弱毒疫苗株的研究 总被引：3，自引：0，他引：3
根据鸡毒霉形体(MG)强毒株和弱毒疫苗株基因组结构特点，分别设计合成2对引物XZ1、XZ2和XZ45、XZ16，建立了可检测MG强、弱毒株的PCR方法。以引物XZ1、XZ2对MG强毒株和弱毒株进行的PCR，均可扩增出732bp的特异性片段；而以另1对引物XZ45、XZ46对MG弱毒株进行PCR，可扩增出524bp的特异性片段，但对鸡毒霉形体标准强毒株和野毒株的PCR，则扩增不出任何条带。特异性试验表明，这2对引物对其他种类鸡毒霉形体及其他对照禽病病原核酸模板的扩增均为阴性。敏感性试验结果显示，2对引物PCR均能检出100fg的MGDNA。研究结果表明，通过上述2对引物的2次PCR扩增，在数小时内即可鉴别出MG毒株是强毒株还是弱毒疫苗株。 相似文献
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鹅细小病毒不同毒株VP3基因的序列分析比较 总被引：7，自引：0，他引：7
分别将GPV4个分离株通过PCR技术，从病毒基因组DNA中扩增出病毒衣壳蛋白VP3完整基因片段，并与PMD18-T质粒载体连接，转化到感受态大肠秆菌TG1中，提取重组质粒经PCR鉴定和酶切鉴定后，对插入片段进行序列测定及分析。结果表明：VP3基因全长1605bp，编码534个氨基酸。不同毒株主要结构蛋白VP3基因同源性较高(95．64％—99．81％)。但强弱毒株间也存在一定差异。 相似文献