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刘永刚;熊远著;左波;蒋思文;邓昌彦;李家连;李凤娥;郑嵘 《农业生物技术学报》2006,14(3):323-328
为了揭示猪杂种优势的分子机理，利用mRNA差异显示技术研究梅山猪，大白猪和梅大杂交猪背最长肌中基因表达的差异, 分离14条在杂种与纯种背最长肌中差异表达的表达序列标签(EST), 并用半定量RT-PCR鉴定。核苷酸序列分析表明, 这14个EST与已知的基因或表达序列标签没有明显的同源性，随后这14条EST 被提交到GenBank数据库。组织表达谱分析揭示了这些EST在心、脾、 肝、肾 、 小肠、 卵巢、 肺等绝大多数组织中表达, 说明这些基因对生命过程很重要。这些研究结果表明梅山×大白杂交组合的杂种与纯种之间的不同基因差异表达的方向存在巨大差异，猪杂种优势可能是在一定阶段有诸多不同的必不可少的基因向各种方向差异表达共同作用的结果。 相似文献
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梅山猪、大白猪和梅大杂交猪背最长肌中差异表达的14个表达序列标签的分离、鉴定及组织表达分析 总被引：2，自引：1，他引：2
为了揭示猪杂种优势的分子机理,利用mRNA差异显示技术研究梅山猪,大白猪和梅大杂交猪背最长肌中基因表达的差异,分离14条在杂种与纯种背最长肌中差异表达的表达序列标签(EST),并用半定量RT-PCR鉴定.核苷酸序列分析表明,这14个EST与已知的基因或表达序列标签没有明显的同源性,随后这14条EST被提交到GenBank数据库.组织表达谱分析揭示了这些EST在心、脾、肝、肾、小肠、卵巢、肺等绝大多数组织中表达,说明这些基因对生命过程很重要.这些研究结果表明梅山×大白杂交组合的杂种与纯种之间的不同基因差异表达的方向存在巨大差异,猪杂种优势可能是在一定阶段有诸多不同的必不可少的基因向各种方向差异表达共同作用的结果. 相似文献
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用过氧化物酶同工酶和SSR标记鉴定中油杂12种子纯度 总被引：1，自引：0，他引：1
杂交种的纯度鉴定是油菜种子生产的重要环节。对甘蓝型油菜（BrassicanapusL.）杂交品种中油杂12及其父母本的过氧化物酶同工酶分析结果显示,父本和杂种F1比母本多一条迁移率（Rf）为0.41的条带,该特征条带可用来进行粗放杂种纯度鉴定,但是难以鉴定出父本杂株。选用173对SSR引物对中油杂12的亲本进行扩增,筛选出了6对扩增效果好的引物,其扩增条带清晰且亲本间的差异能够重复,其中P052、P130、P131和P154这4对SSR引物在杂种F1中可分别扩增出父母本的特征条带。在同一反应体系中同时加入P131和P154两对引物,发现扩增产物带型是单独采用这两对引物分别扩增时产物带型的叠加。对于混杂程度较高的种子,采用P131＋P154引物组合可以在工作量不变的条件下提高检测外来花粉的灵敏度,从而更加准确地鉴定中油杂12的种子纯度。对100份大田制种的中油杂12单株DNA分别用引物P131、P154以及引物组合P131＋P154进行SSR分析,鉴定结果完全一致,并且与田间鉴定结果非常接近。 相似文献
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为了明确菠菜EST序列中SSR的总体特点,开发菠菜EST-SSR引物;为利用EST-SSR引物进行菠菜性别相关特异序列的克隆奠定基础,本文从NCBI上获得1093条EST,利用在线软件SSRIT检测所含SSR序列,并进行分析。共检索出68条SSR序列,分布于64条EST中,检出率为6.22%,包括22种重复基元。其中二核苷酸重复基元的EST-SSR占主导地位,占总SSR数目的32.3%。利用在线引物设计软件Primer3.0设计了7对EST-SSR引物,在适合的PCR反应体系下,分别以雌、雄菠菜DNA基因组为模板,对设计的EST-SSR引物进行筛选,结果显示以EST序列HS097148设计的一对引物从菠菜雌雄基因组中扩增出一条雄性特异的条带,表明通过菠菜EST-SSR引物获得菠菜性别相关特异序列是可行的。 相似文献
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玉米幼苗胚根和胚芽基因表达的差异及差异条带的克隆 总被引：2，自引：0，他引：2
本实验以１２个３’锚锭引物和１０个５’随机引物构成引物组合，运用ｍＲＮＡ差异显示方法比较玉米品种“农大３１３８”萌发４８ｈ胚芽和胚根的基因表达差异。结果表明，在１２０个引物组合中有４０个引物组合可以扩增出差异条带，其中以ＡＧ、ＧＡ、ＧＧ、ＡＴ结尾的锚锭引物扩增效果较好。对经反向Ｎｏｒｔｈｅｒｎ验证的６个片段克隆测序，并在Ｇｅｎｅｂａｎｋ中进行同源性比较，发现２个在胚芽和胚根中表达量都很高的ｃＤＮＡ 相似文献
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根据本实验室已获得的荔枝果皮cDNA文库EST序列,通过SSRIT在线检索,从3391条EST序列中,发现305条含有SSR,占整个文库EST的8.99%。利用SSR-ESTs序列共设计100对EST-SSR引物,其中62对在荔枝上有扩增产物,50对有扩增多态性,即具有一定的通用性。接着从96份荔枝种质中选取12个品种的基因组DNA,开展核心引物筛选,共筛选出多态性较好的EST-SSR分子标记30个;这30个EST-SSR分子标记在96份资源共扩出284条带,不同引物的扩增条带在3～18条之间,平均9.47条,其中有282条为多态性带,多态率高达99.30%,每对引物的Nei＇s基因多样度范围为0.186～0.396,香农信息指数范围为0.318～0.558;此外,系统聚类分析结果表明,在相似系数0.5525处,可将96份荔枝种质资源分成了8大类群,该8大类群基本与其生态类型和植物学性状特征相符。在此基础上,还对荔枝的主栽品种和特殊种质进行鉴别,结果表明,该30个EST-SSR分子标记在不同品种间可产生较清晰可辨的多态性差异,为荔枝品种以及种质资源鉴别和鉴定的分子指纹的构建奠定了良好基础。 相似文献
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甜瓜化感自毒作用响应基因的cDNA-AFLP分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究以甜瓜种质"新银辉"为试验材料,利用浓度为0.03 g.mL 1的新鲜甜瓜植株水浸提液处理甜瓜幼苗,通过cDNA-AFLP技术分析甜瓜化感自毒作用相关基因及其表达情况。试验中利用82对引物进行扩增,共获得3 600多条差异表达转录衍生片段(TDFs),平均每个引物组合可扩增出30~50条条带,片段大小集中在50~800 bp之间,根据条带强弱和有无的变化,其表达模式可以分为持续表达、瞬时表达、上调表达和下调表达4种情况。选取其中103条TDFs进行回收、测序,共获得75条有效序列,其中上调表达39条,下调表达21条,瞬时表达15条。BLAST结果分析显示其中55条与已知功能基因具有较高的同源性,选取其中10条TDFs,以甜瓜Actin基因为内参照,对其在不同胁迫处理时间的表达情况进行半定量RT-PCR验证,分析结果与cDNA-AFLP结果基本吻合,表明cDNA-AFLP技术是研究甜瓜化感自毒作用相关基因差异表达的有效方法。55条TDFs的BLAST结果显示,甜瓜自毒作用涉及到的基因表达情况较为复杂,与信号转导、能量代谢、蛋白合成、离子运输、逆境响应和转录调控等过程均有关系,这一结果为探讨甜瓜化感自毒作用的分子机理和相关基因的克隆提供了理论依据。 相似文献
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竹类植物EST-SSRs分布特征及应用 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究利用毛竹已有的EST序列,开发竹类植物EST-SSR标记,旨在对竹子的分子分类进行研究。通过对3087条毛竹(Phyllostachys pubescens)EST序列进行筛选,获得了408条含有SSR的毛竹EST,在所有的EST-SSR中,三核苷酸重复类型(49.75%)最多,其次是二核苷酸重复类型(43.14%)、五核苷酸重复类型(4.41%)、四核苷酸重复类型(1.72%)和六核苷酸重复类型(0.98%)。不同基序类型中,GAG/CTC基序和AG基序分别是三核苷酸重复类型和二核苷酸重复类型中含量最高的重复基序,分别占18.72%和71.02%。当SSR长度等于18bp时,所检测到的SSR数量最多,达140条。随着SSR长度的增加,所检测到的SSR数量呈下降的趋势。根据搜索出的EST序列,共设计出25对引物,对12个竹类植物进行了扩增效率、多态性及通用性检测。其中18对引物能够扩增出稳定且清晰的条带,16对引物扩增具有多态性,扩增片段长度主要集中在100～500bp,引物有效率达64%。依据扩增结果进行遗传相似性分析,12种竹类植物可分为两大类群:丛生竹类群(clump bamboos)和散生竹类群... 相似文献
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丹参遗传多样性的SRAP标记分析 总被引：8，自引：1，他引：7
相关序列扩增多态性(SRAP)是一种新发展起来的分子标记。试验通过建立优化的丹参SRAP反应体系,从88对引物组合中筛选得到36对多态性引物组合,对生长在四川中江、陕西商洛、山东临沂、安徽亳州和安徽凤阳5个丹参主产区的6个丹参种群进行了遗传多样性分析。结果表明:36对多态性引物组合共产生782条多态性条带,平均每个引物组合产生21.7条多态性条带,显示了较高的多态性。应用NTSYS软件聚类分析36对引物组合的扩增结果,供试材料分为两大类,Jaccard’s遗传相似系数在0.6774~0.8225之间,说明SRAP技术可有效地应用于丹参的遗传多样性及亲缘关系的研究。 相似文献
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利用36个RAPD引物和7对ILP引物分别分析30份抗寒性差异的橡胶树种质DNA的多态性。结果显示7个RAPD引物扩增产物中出现9种多态性片段,回收并测序多态性片段,Blast比对结果表明其中6种片段为未知序列,其余3种片段HbR4PF、HbR6PF和HbR1＋4PF分别与烟草冷胁迫cDNA文库差异表达基因、反转录转座子和橡胶树contig1323727序列同源。采用半定量RT-PCR分析HbR6PF表达模式,结果表明低温能调控HbR6PF基因的表达。在7对ILP引物中,只有抗坏血酸抗氧化物酶ILP引物扩增产物出现多态性条带,但该条带在抗寒和不抗寒种质中同时出现,说明该ILP标记不能用于区分抗寒和不抗寒种质。 相似文献
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大梅组合中亲子代甲基化差异及其与生产性状的关系 总被引：2，自引：1，他引：2
为了探讨DNA甲基化对杂种优势的影响,采用了甲基化敏感随机扩增PCR技术(methylation-sensitiveAP-PCR,MS-AP-PCR),利用40条随机引物对大梅组合亲子代基因组DNA进行了扩增.结果在RsaⅠ+HpaⅡ酶切扩增片段中,有19个位点在亲子代出现差异;在RsaⅠ+HpaⅡ酶切扩增片段中,有14个位点在亲子代出现差异.亲子代间甲基化状况可归纳为4种类型(1)亲子代甲基化水平相同;(2)单亲与F1代甲基化水平相同;(3)同亲代相比,F1代发生甲基化;(4)同亲代相比,F1代去甲基化.5个甲基化变化位点对7个生产性状产生显著的影响(P＜0.05).通过对生产性状产生显著影响的片段序列分析发现,这些序列在GenBank中有同源序列(同源性高于87%);3个片段G+C%大于50;所有片段CpG岛观测值/期望值都大于0.6;而且,有一个片段含有G/C盒.表明基因启动子区域CpG岛甲基化在亲子代出现差异;不同甲基化位点对杂种生产性状的作用方向不同,说明杂种优势的表现既与有些基因的表达有关,也与有些基因的表达抑制有关. 相似文献
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松墨天牛（Monlchamus alternatus Hope）是林业重大害虫。本研究运用SMART技术构建了松墨天牛幼虫cDNA文库,库容量为1.09×10^6,文库滴度为5.45×10^6 pfu/mL,重组率为97.8%,平均插入片段大小约为1 000 bp,构建的文库质量较好。随机选取1 022个克隆进行测序,获得了1 012条表达序列标签（ESTs）,序列在GenBank中登录号为JZ143720～JZ144731。EST序列经过聚类拼接得到411条非重复单一序列,其中216条序列有功能注释。在216条有功能注释的序列中,有181条（83.80%）参与＂分子功能＂,122条（56.48%）参与＂细胞成分＂,168条参与＂分子生物学过程＂（77.78%）。研究结果为克隆和分析松墨天牛新的功能基因奠定了基础。 相似文献
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通过对杏鲍菇单核菌丝显微观察、拮抗、ISSR分子标记分析,研究单核体菌株的合理选配及杂种优势。结果显示,2个亲本的8个不同交配类型可以分为两类,一类为亲本ZAASPe003的单核体菌株T1、T2、T3、T4,另一类为亲本ZAASPe007的单核体菌株T5、T6、T7、T8。通过对8个交配类型单核体单×单杂交,经镜检后获得12个杂交组合。通过亲本菌株及其杂交后代菌丝体生长速度与生长势比较,发现杂交后代菌丝体他T6菌株平均生长速度最快,达到0．443cm／d;应用ISSR分子标记技术,其中7个引物能扩增出条带清晰且具多态性的带谱,共扩增单核体DNA片段61条,杂种双核体DNA片段71条。根据ISSR分子标记分析比较亲本和杂交新组合图谱,发现杂交新组合图谱出现“互补型条带”。 相似文献
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为研究应用PCR技术进行家蚕核型多角体病毒广东株的敏感性检验以及探讨不同地理株系的基因水平的相互关系,本文通过对家蚕核型多角体病毒BmNPV广东株的人工繁殖与纯化,引用了一对根据多角体蛋白基因设计的引物phy35／phy36,对BmNPV的基因组模板DNA进行了PCR扩增,并对其产物进行测序分析。结果显示,PCR技术均可扩增检测出3×10^8个／mL至3×10^2个／mL不同浓度的BmNPV模板DNA,特异目标片段大小约为680bp,且扩增带的亮度随着病毒液浓度的降低而减弱,说明应用引物phy35／Dhy36进行PCR方法可以有效地应用于检测BmNPV病毒感染的家蚕。同时,测序获得了BmNPV广东株多角体蛋白pof佩edrin基因674bp大小的片段,GC含量为46．4％。经过BLAST比对分析,与BmNPV泰国株的相似性为99％,暗示家蚕BmNPV广东株与泰国株的BmNPV（登录号AY779044）亲缘关系非常相近,两者可能属于BmNPV的不同地理株系。通过系统发育树的进一步分析发现,家蚕核型多角体病毒广东株polyhedrin基因部分序列与家蚕NPV分离株s9多角体蛋白基因（DQ231336）关系很近。 相似文献
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甘薯茎线虫诱导抑制差减杂交cDNA文库的构建及表达序列标签分析 总被引：2，自引：0，他引：2
以甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)抗茎线虫病品种鲁薯3号为材料,利用抑制差减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,构建了甘薯茎线虫诱导的甘薯块根cDNA文库.从中筛选出1379个阳性克隆进行测序,用CAP3软件聚类拼接,得到185个unique EST.Blast2Go比对ESTs,并进行GO功能分类,结果发现151条非重复序列与已知基因同源性很高,占全部非重复序列的81.6%.已知功能的EST涉及植物的能量代谢、信号转导、抗病防卫、蛋白质合成等多方面.通过对已知功能的基因进行分析,推测促分裂原活化蛋白激酶、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶、过氧化氢酶、几丁质酶、葡聚糖酶等可能参与甘薯接种茎线虫后相关的抗性反应.实时荧光定量PCR分析结果表明,与抗茎线虫病相关的4个基因在甘薯接种线虫后不同时间点具有不同的表达模式. 相似文献
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采用比较基因组学和RT-PCR方法，根据人和小鼠SMAF1基因的保守序列，设计简并引物，克隆了猪SMAF1基因的cDNA序列。所克隆片断全长256bp（GeneBank登录号 DQ191892），包括一个编码了81个氨基酸的完整编码区，该序列与人和小鼠的SMAF1基因的相似性分别为86%和78％，预测的氨基酸序列与人、小鼠、大鼠和牛的相似性分别为81％、67％、70%和84%。猪SMAF1基因在脂肪组织中高丰度表达，在4月龄瘦肉型猪（大白猪）脂肪组织中的表达量显著低于脂肪型猪（梅山猪）（P＜0.05）。本研究结果表明，猪SMAF1基因可能具有和其它物种SMAF1基因相似的功能，推测其在脂肪细胞发生和/或脂肪细胞功能中具有重要的调控作用。 相似文献