6株猪圆环病毒2型流行毒株全基因组克隆及序列分析   总被引：4，自引：0，他引：4  

黄伟坚  连慧香  尹业师  屈素洁  李军  余克伦  罗廷荣  陆芹章  刘芳 《动物医学进展》2006,27(7):66-73

参考GenBank发表的PCV-2全基因组序列,设计1对引物,通过反向PCR技术扩增出6株PCV-2流行株的全基因,并进行了序列测定分析。结果表明,6个分离株基因组全长为1 768 bp或1 767 bp,同源性比较发现,分离株之间的核苷酸同源性为95.5%~100%,与GenBank上已发表的PCV-2分离株之间的同源性为93.0%~100%,与法国分离株同源性最高。6株分离株的ORF2核苷酸及其所推导的氨基酸序列同源性分别为92.9%~100%和92.3%~100%,存在较大的变异。  相似文献   

猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析     

王利丽  郑丽  路超  任卫科  张莉  李富强  鄢明华 《中国畜牧兽医》2018,45(5):1331-1340

为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型（porcine circovirus 2,PCV2）的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767 bp,10株为1 768 bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株（10084F4、R14040及R14086）的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。  相似文献   

猪圆环病毒2型天津及周边地区分离株的遗传演化分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

王利丽  郑丽  路超  任卫科  张莉  李富强  鄢明华 《中国畜牧兽医》2018,(5)

为了解天津及周边地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV2)的流行毒株遗传变异情况,本研究应用基因克隆技术和生物信息学分析软件对24株PCV2分离株全基因及ORF2基因分别进行克隆、测序、同源性比对和遗传进化分析。全基因组序列分析结果显示,24株PCV2分离株全基因组序列有14株为1 767bp,10株为1 768bp。用DNAStar软件对全基因组序列同源性比对表明,24株PCV2分离株与NCBI上的PCV2参考株的全基因序列同源性为93.6%~99.8%,24株分离株之间的全基因组序列差异很小,同源性为94.0%~99.9%。同时,用DNAStar对PCV2分离株的ORF2基因序列同源性分析表明,其与NCBI上的PCV2 ORF2基因参考序列的核苷酸序列同源性为87.3%~99.3%,24株分离株ORF2基因核苷酸序列同源性为89.0%~100.0%,3株分离株(10084F4、R14040及R14086)的核苷酸序列同源性为100.0%。对全基因和ORF2基因的遗传进化分析表明,24株分离株的系统进化树被分为2个大分支,其中23株分离毒株属于PCV2b亚型,1株属于PCV2a亚型,未分离出PCV2c亚型。综上所述,天津及周边地区PCV2的流行模式仍以PCV 2b亚型为主,本研究为该地区PCV2的流行变异情况研究提供了一定的理论依据。  相似文献   

猪圆环病毒2型的全基因克隆和序列分析     

杨顺利  尹双辉  杨亚民  刘湘涛 《动物医学进展》2010,31(10)

参考GenBank中发表的猪圆环病毒2型(PCV-2)全基因序列,设计一对PCR引物,从病料中扩增获得4株PCV-2的全基因组序列,分别命名为SDNY-PCV-2、ShD-PCV-2、HBbd-PCV-2、GSLN-PCV-2,经测序确定长度均为1 767 bp。应用DNA Star序列分析表明,4个PCV-2分离株与国外部分分离株的核苷酸序列同源性达95.5%~99.8%,与PCV-1毒株的序列同源性为76.2%~77.6%。与国内外部分分离毒株序列进化树分析表明,4个PCV-2分离毒株处于不同分支中,存在一定差异。  相似文献   

猪圆环病毒2型山东株全基因组的克隆与序列分析     

刘方娜  刁有祥  高晓伟  孟凡磊  王妮  王辉 《中国兽医学报》2008,28(5):501-505

根据GenBank已发表的猪圆环病毒2型（PCV-2）全基因组序列,设计2对特异性引物,对山东省不同地区规模化猪场采集的疑似断奶仔猪多系统消耗综合征（PMWS）组织病料进行了PCV-2全基因组克隆和序列分析。结果表明,PCV-2核苷酸序列较稳定,不同地区8个PCV-2毒株全基因组序列均由1 767 bp组成,彼此间核苷酸序列同源性达97.3%～99.8%,亲缘关系密切;与GenBank已发表的PCV-2参考毒株的同源性介于95.6%～99.8%。而ORF2的核苷酸序列同源性只有91.6%～99.9%。  相似文献   

猪圆环病毒2型广西流行株序列比较分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

张宁  谢丽华  何苹萍  秦毅斌  陈云霞  兰家暖  廖承球  黄伟坚 《动物医学进展》2009,30(3)

参考GenBank发表的猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)全基因组序列,设计引物,通过反向PCR技术,从广西部分市区疑似"高热病"病猪的组织中,扩增9株PCV-2流行株的全基因,并进行了序列测定分析.结果表明,9个PCV-2分离株基因组全长为1 767 bp或1 768 bp.同源性比较发现,9个分离株之间的核苷酸同源性为94.6%～99.9%,与GenBank上已发表的国外分离株比较,同源性为94.4%～100%;9个分离株ORF2之间的核苷酸及其所推导的氨基酸序列同源性分别为93.7%～99.4%和93.6%～99.1%;系统发育树显示,其中7个分离株与法国株、新西兰株关系较近,与美国株和加拿大株关系较远;另外2个分离株与澳大利亚株、美国株亲缘关系较近.  相似文献   

猪圆环病毒2型山西分离株的遗传变异多样性分析     

《中国兽医学报》2017,(8):1442-1450

为了进一步研究山西猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异多样性情况,对山西2013—2016年间分离的9株猪圆环病毒流行株(SXQX、SXCZ、SXJC、SXJX、SXLL、SXPY、SXPG、SXXY、SXTY2株)的全基因组进行了扩增、克隆和测序,已收录入GenBank中。并将其全基因序列、ORF2序列和推导出的Cap蛋白氨基酸序列与不同国家和地区的28株主要流行株进行了遗传变异多样性分析,结果显示:9株PCV2山西流行株全基因组核酸序列全长SXJX、SXXY、SXJC株为1 768bp,其余均为1 767bp,分别约占33%和67%。9株PCV2流行株之间核苷酸同源性为94.7%~99.8%,与国内外28株参考株同源性为93.9%~99.9%,与国产疫苗株同源性(LG、DBN-SXO7-2、SH株)为95.1%~99.8%;PCV2全基因组序列的进化分析表明:本试验分离的SXJX、SXJC、SXXY株属于PCV2a亚型的2D亚群,SXLL、SXPY、SXCZ株属于PCV2b亚型的1C亚群,SXTY14、SXQX、SXPG株属于PCV2b亚型的1A/1B亚群,可见近几年,山西PCV2流行株以PCV-2b亚型为主。分离的9株PCV2的ORF2之间核苷酸和Cap蛋白氨基酸同源性分别为90.0%~100.0%和87.1%~100.0%,与28株参考株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为87.6%~100.0%和84.1%~100.0%,与国产疫苗株核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为91.0%~100.0%和89.3%~100.0%,同源性都较高。9株分离株中,有6株分离株(SXQX、SXTY14、SXPG、SXXY、SXJC、SXJX)Cap蛋白氨基酸为233个,其中SXQX、SXTY14、SXPG株的ORF2位于1 033~1 734bp,SXXY、SXJC、SXJX株的ORF2位于1 034~1 735bp,3株分离株(SXCZ、SXLL、SXPY)Cap蛋白氨基酸为234个,其ORF2位于1 030~1 734bp,而与其他基因组序列为1 767bp分离株的ORF2相比,1 030~1 734bp位置多了3个碱基TCA,导致其氨基酸序列在234位置增加1个K(Lys)。另外还发现9株PCV2Cap蛋白除了唯一糖基化位点(NYS)(第143~145位氨基酸)呈高度保守外,还存在较多的氨基酸变异,这为山西地区PCV2的免疫预防等的研究提供理论依据,并为深入开展PCV2的分子致病机理提供基础理论数据。  相似文献   

猪圆环病毒Ⅱ型全基因组的克隆和序列分析     

毋艳萍 《国外畜牧学(猪与禽)》2014,(5):50-53

根据Genbank已发表的猪圆环病毒Ⅱ型(PCV-2)全基因组序列,设计两对特异性引物,建立了PCV-2全基因组的克隆和序列分析方法,并对甘肃省两个规模化养猪场采集的疑似PMWS病料进行了全基因克隆和序列分析,确定了PCV-2毒株基因序列的变异情况。结果表明,PCV-2核苷酸序列稳定,1株标准株与2株分离株全基因序列均由1 768 bp组成,彼此间序列的同源性达94.0%~99.8%,2个分离株之间同源性达94.2%~99.8%;分离株与标准株和Genbank已发表的23株PCV-2毒株参考毒株同源性达92.6%~100%。  相似文献   

陕西省部分地区猪圆环病毒2型全基因组的遗传变异分析     

徐丽美  付明哲  何亚鹏  许信刚  于三科  张琪 《动物医学进展》2017,38(3)

为了解陕西省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,根据GenBank登录的PCV2全基因组序列,设计1对引物,从陕西省部分地区规模化猪场疑似PCV2感染的病猪采集病料9份,应用PCR扩增PCV2的全基因,其中6份为阳性,并对扩增的6个PCV2全基因组序列进行测序和序列分析。基因测序表明,PCV2基因组全长为1 767bp;对6株病毒序列进行同源性比较,6个毒株全基因之间核苷酸同源性为98.3%~100%,与GenBank上已发表的国内外毒株全基因组比较,同源性为96.3%~97.8%;与近几年陕西株比较发现基因变异程度不稳定,与2013年分离株(KX352154.1)同源性最高,2015年分离株(KX352159.1)次之,反而与2014年分离株(KX068219.1)最低;对6个毒株的ORF1和ORF2基因进行同源性比较,6个毒株的ORF1和ORF2基因的核苷酸同源性分别为98.1%~100%和98.2%~100%,与GenBank上已发表的国内外参考株ORF1和ORF2基因进行同源性比较,同源性分别为97.6%~99.8%和91.5~96.0%。陕西省流行的PCV2基因组较为保守,变异不大,同源性很高。  相似文献   

猪圆环病毒2型四川分离株ORF2基因的克隆与序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

杨泽晓  刘宁  王印  姚学萍  张彦明  杨增岐  汪开毓  韩茜 《动物医学进展》2011,32(6)

对临床分离毒株PCV-2 sch2010 ORF2基因全序列进行了克隆和序列分析.结果表明,PCV-2sch2010 ORF2全基因共705 bp,编码234个氨基酸,与GenBank发表的21株PCV-2的ORF2参考序列的核苷酸氨基酸序列同源性分别为88.4%～99.7%和87.2%～99.6%;与2株PCV-1 ORF2(GU371908、FJ475129)的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为58.7%～59.5%和62.8%～64.5%;PCV-2 sch2010分离株与PCV-2的欧洲分支群亲缘关系较近.  相似文献   

Cloning and Sequence Analysis of Complete Genomes of Porcine Circovirus Type 2 (PCV-2) Jiangxi Strains     

CAI Gao-feng  LI Kai  ZHANG Li  WANG Wei-song  HE Hou-jun 《中国畜牧兽医》2017,44(3):790-798

In order to understand the epidemiology and evolution of PCV-2 in Jiangxi province, a pair of primers was designed according to the PCV-2 gene sequence published in GenBank. After PCR amplification, we got the whole genome sequence of 9 strains PCV-2 isolates, and the nucleotide and protein sequences were analyzed, the genetic evolutionary tree was constructed. The results showed that the complete genome of 8 out of the 9 strains were 1 767 bp in length and one strain was 1 768 bp. By analyzing the whole genome sequences of the nucleotide,the homology of nucleotide sequences of the 9 strains was 94.7% to 99.9%.Compared with other whole genome sequences of PCV-2 in GenBank, the homology was 94.3% to 99.8%. The homology of nucleotide sequences of the ORF1 of the 9 strain was 96.9% to 100.0%. ORF2 and ORF3 encoding protein amino acid sequence had some locus mutation. Phylogenetic tree analysis showed that the 9 strains could be divided into 3 genotypes,5 strains belonged to PCV-2b, 3 strains belonged to PCV-2d, and 1 strain belonged to PCV-2a. This study was helpful to monitor and control of PCV-2 in Jiangxi province.  相似文献   

两株猪圆环病毒2型ORF2基因的克隆和序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

何逸民  罗玉均  潘全会  吴翠花  曹宗喜  孔留五  李少方  张桂红 《动物医学进展》2007,28(11):4-7

根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV-2)ORF2基因序列,设计一对引物,从分离的PCV-2 GZ株、HN株的细胞培养物中扩增出ORF2基因(702 bp).将此基因片段克隆入pMD18-T载体,筛选获得重组质粒pMD-ORF2,并对其测序.结果表明,所克隆的ORF2基因与其他PCV-2的ORF2基因核苷酸序列同源性在90.6%～99.6%之间,推导的氨基酸序列同源性在88.9%～98.7%之间.  相似文献   

4株猪圆环病毒2型凉山州分离株全基因组进化分析     

郝桂英  韩松伟  郑晶  何金川  王辉  蒲响林  郭嘉玲  张涛  周国燕  黄剑锋 《中国动物传染病学报》2021,(1)

为了解猪圆环病毒2型(PCV2)凉山州分离株的基因型,本研究采用PCR方法对采自凉山州3个发病猪场的4个PCV2阳性样品进行全基因组序列的扩增、克隆、测序分析,并绘制遗传进化树。结果显示:4个PCV2凉山州分离株全基因组序列长度均为1767 bp,核苷酸同源性为99.4%~99.8%,与国内外101株PCV2参考毒株核苷酸同源性为93.8%~99.9%,与4个PCV2国产疫苗株核苷酸同源性为95.1%~96.0%;4个分离株ORF1和ORF2基因核苷酸同源性分别为99.3%~99.8%和99.6%~100%;构建的系统进化树显示,4个分离株均为PCV2d亚型,与YA1株(四川雅安,MH094769)的亲缘关系最近。本研究为凉山州PCV2疫苗毒株的选择提供了科学依据。  相似文献   

上海市猪圆环病毒2型全基因组的克隆与序列分析     

刘健  鞠厚斌  张维谊  杨德全  王建  刘佩红  周锦萍 《中国动物传染病学报》2012,(3):73-77

参照国外发表的猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)全基因组序列,设计合成了1对特异性引物,从上海市临床病料中提取PCV-2基因组DNA,进行PCR全基因扩增。回收PCR产物,将其插入pMD18-T载体,并对筛选出的阳性质粒进行测序。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV-2序列与GenBank中登录的国内外PCV-2毒株进行同源性比较。结果显示,PCV-2上海株与国内外毒株的核苷酸同源性高达95.0%～100%。进化树分析结果显示,其中9株PCV-2病毒属于PCV-2b亚型,3株PCV-2病毒属于PCV-2a亚型,且9株PCV-2b亚型毒株部分核苷酸位点显示其属于强毒力毒株。研究表明,上海市PCV-2感染以PCV-2b亚型为主,且氨基酸位点表明其具有较高的毒力。  相似文献   

猪Ⅱ型圆环病毒ORF2基因的克隆及其序列分析     

蒋智勇  宋长绪  王贵平  高向阳  赵亚华 《动物医学进展》2005,26(3):63-66

根据 GenBank 中猪圆环病毒Ⅱ型(PCV- 2)ORF2基因序列,设计一对引物,应用PCR从疑似断奶仔猪多系统消耗综合征(PMWS)的死亡仔猪组织病料中扩增出 ORF2 基因(702 bp)。将此基因片段克隆入 pMD -18 T载体,筛选获得重组质粒 pMD ORF2 并对其测序,结果表明所克隆的ORF2基因与德国分离株AF201897核苷酸序列同源性为99.5%与其它PCV- 2 的 ORF2 核苷酸序列同源性在92.1%~99.9%之间,推导的氨基酸序列同源性在90.2%~99.5%之间。  相似文献   

猪圆环病毒2型河北株的全基因组克隆与系统进化分析   总被引：2，自引：1，他引：1  

王光祥  郑海学  刘湘涛  尚佑军  常艳燕  靳野 《动物医学进展》2008,29(10)

应用PCR方法从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）的死亡仔猪组织病料中扩增出PCV-2全基因组（1767bp）,将此基因片段克隆入pMD20-T载体,筛选获得重组质粒pMD-PCV2并对其进行序列测定,然后对全基因组进行同源性和遗传进化分析。结果表明,PCV-2分离毒株与参考株的全基N组同源性介于94％～98．4％之间,ORF1的同源性介于97．0％～98．8％,ORF2的同源性略低,介于91．9％～98．4％之间。该毒株与荷兰株、广西株和上海株等在一个进化分支上。本研究有助于监测PCV-2的疫源和进化关系,为进一步深入研究病毒基因功能奠定一定基础。  相似文献   

猪圆环病毒2型山东分离株全基因组的克隆与序列分析     

柳美玲  秦晓冰  王爱华  牛晋国  单虎 《动物医学进展》2008,29(1):13-17

根据猪圆环病毒2型(PCV-2)全基因组序列,设计一对特异性引物,从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)病料中扩增出PCV-2基因组DNA,将基因片段克隆于pMD18-T载体,筛选获得含有相应片段的阳性重组质粒pMD18-T-PCV-2。对筛选出的阳性质粒进行测序。结果表明,PCV山东株的全基因组为1 767 bp,与国内外毒株核苷酸同源性高达99.6%。  相似文献   

Genome Sequence Analysis of Porcine Circovirus Type 2 Strains from Shanxi Province     

MENG Fan  WU Xin  YAO Jing-ming  FAN Zhen-hua  LIU Wen-jun  WANG Juan-ping  HAN Yi-chao  XUE Yi-peng  MI Rui-juan  Li Yu-bin 《中国畜牧兽医》2016,43(12):3127-3134

In order to study genetic variation of porcine circovirus type 2 (PCV2) strains in Shanxi province, the genomic sequences of four PCV2 strains which were SXXZ1, SXXZ2, SXTY and SXJZ were isolated recently from some areas of Shanxi province, they were amplified, cloned and sequenced. The amplified PCV2 genomic sequences of these four strains were analyzed and compared with that of 34 published PCV2 stains by DNAStar and drawing phylogenetic tree. The results showed that the genomic sequences of SXJZ PCV2 strain was 1 768 bp, and the others were 1 767 bp, which accounted for 25% and 75%, respectively. The homologies of nucleotide sequences of the four strains were 95.9% to 100.0%, the homologies of nucleotide sequences of the four strains with the 34 isolates from different regions of the world PCV strain were 94.5% to 99.9%, and the homologies of nucleotide sequences of the four strains with the domestic vaccine strains were 95.6% to 99.8%. The phylogenetic tree analysis showed that SXXZ1, SXXZ2 and SXTY belonged to PCV-2b genotype, and SXJZ belonged to PCV-2e genotype. The evolutionary relationship among SXXZ1, SXXZ2 and the QY strain of Guangdong were closer, we also found a recent evolutionary relationship between SXTY and AUT5 of Austria, and a recent evolutionary relationship between SXJZ and FJ of Fujian. Besides the evolutionary relationship among SXXZ1, SXXZ2, SXTY and the DBN-SX07-2 of PCV2 vaccine of Shanxi province, a recent evolutionary relationship between SXJZ and LG of PCV2 vaccine were found. Thus PCV2 strains were popular based on PCV-2b in Shanxi province, also PCV-2e was isolated and existed. It laid a foundation for the molecular epidemiology, genetic variation, prevention and control of PCV2 in Shanxi province.  相似文献