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1.
采用PCR扩增和序列测定等技术,对岩扇贝(Crassadoma gigantea)线粒体DNA 16S rRNA和COⅠ基因片段进行初步研究,得到16S rRNA基因片段的大小在613.0～634.0 bp之间,A、T(U)、G、C的平均含量分别为26.5%、29.7%、24.5%、19.3%;COⅠ基因片段的大小为660 bp,碱基A、T、G、C的平均含量分别为17.2%、40.3%、27.2%、15.3%。16S基因在岩扇贝中偏好使用GUU、UUG、AUU、ACG、UAU、CAA、GAG、UUU、UCU、GAU、GGU、GAG、AGG和GGA等25个密码子。COⅠ系统进化树表明,与岩扇贝亲缘关系最近的是柿孔扇贝(Azumapecten farreri),其次是冰岛扇贝(Chlamys islandica)。16S系统进化树亲缘关系由近到远依次是北美扇贝(Patinopecten caurinus)、虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)、Chlamys islandica。 相似文献
2.
5个罗非鱼品种(系)线粒体DNA 16S rRNA和Cyt b基因片段序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对3个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)品系(埃及、无锡、吉富)和奥利亚罗非鱼(Oreochromis au-reus)以及杂交种奥吉(奥利亚♀×吉富♂)的线粒体16SrRNA和细胞色素b(Cytb)的部分序列进行了PCR扩增和序列测定,并分析了其序列差异。结果表明:PCR产物纯化后测序,16S rRNA扩增产物得到长度为596bp的基因片段,其碱基组成G+C平均含量为47.5%,序列比对分析显示变异位点13个,没有碱基的插入/缺失变异,转换/颠换比率为3.33;Cytb扩增产物测序得到659bp的同源片段,其碱基组成G+C含量平均为45.2%,无插入/缺失变异,变异位点共2个,都为转换,2处变异都发生在密码子第3位上,编码的氨基酸未发生变异。序列分析表明,尼罗罗非鱼3品系的序列完全相同,奥利亚的序列则与奥吉相同。这表明在罗非鱼线粒体DNA中,16S rRNA进化速率相对较快,而Cytb基因则高度保守,不适于研究罗非鱼种内和种间的亲缘关系和种类鉴别标记。 相似文献
3.
用ISSR-PCR(Inter Simple Sequence Repeats PCR)技术对栉孔扇贝Chlamys farreri♀和虾夷扇贝Patinopecten yessoensis ♂及其单对杂交子一代担轮幼虫进行了分析.结果表明:从20个ISSR引物中筛选出4个引物对栉孔扇贝♀、虾夷扇贝♂及其单对杂交子一代担轮幼虫进行PCR扩增,共得到153个清晰稳定的扩增位点,其中母本栉孔扇贝的特异位点有38个,父本虾夷扇贝的特异位点有32个.对ISSR扩增图谱的分析结果证实,所研究的杂交子代是栉孔扇贝和虾夷扇贝的杂交种.杂交子代与母本栉孔扇贝的平均遗传相似性系数为0.6086,与父本虾夷扇贝的平均遗传相似性系数为0.4402,表明杂交子代在遗传上偏向于母本栉孔扇贝. 相似文献
4.
本研究采用AFLP技术,对2005年引自加拿大的海扇贝(Placopecten magellanicus)以及中国北方主要养殖的虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和海湾扇贝(Argopecten irradians)进行了遗传学比较分析。结果表明,共用5对AFLP引物进行了扩增,共扩增出501个位点,多态性位点为392个,多态位点比例为78.24%。平均Nei氏基因多样性指数H分别为0.2139、0.1684、0.1441和0.1670,平均Shannon氏指数I分别为0.3356、0.2681、0.2439和0.2656。海扇贝多态位点比例、Nei氏基因多样性指数和Shannon氏指数均处在较高水平,说明海扇贝遗传多样性较高。UPGMA聚类结果表明,海扇贝与虾夷扇贝亲缘关系最近。 相似文献
5.
用ISSR—PCR（Inter Simple Sequence Repeats PCR）技术对栉孔扇贝Cldamys farreri♀和虾夷扇贝Patinopecten yessoensis ♂及其单对杂交子一代担轮幼虫进行了分析。结果表明：从20个ISSR引物中筛选出4个引物对栉孔扇贝♀、虾夷扇贝♂及其单对杂交子一代担轮幼虫进行PCR扩增，共得到153个清晰稳定的扩增位点，其中母本栉孔扇贝的特异位点有38个，父本虾夷扇贝的特异位点有32个。对ISSR扩增图谱的分析结果证实，所研究的杂交子代是栉孔扇贝和虾夷扇贝的杂交种。杂交子代与母本栉孔扇贝的平均遗传相似性系数为0．6086，与父本虾夷扇贝的平均遗传相似性系数为0．4402，表明杂交子代在遗传上偏向于母本栉孔扇贝。 相似文献
6.
运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540～560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602～604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且（A＋T）含量高于（G＋C）含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。 相似文献
7.
[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。 相似文献
8.
虾夷扇贝群体的遗传结构及微卫星标记与体尺、体重的相关性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
选用39个虾夷扇贝Patinopecten yessoensis多态性微卫星分子标记对大连獐子岛海域虾夷扇贝一个家系群体（以獐子岛海域底播虾夷扇贝和日本产野生虾夷扇贝为父母本交配产生的F1代）的有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）等进行了检测,以卡方检验估计群体Hardy—Weinberg平衡。结果表明：在39个基因座位中共检测到105个等位基因,每个座位检测到的等位基因数为2—4个不等,等位基因片段大小为95～440bp,平均等位基因数为2．70个,平均有效等位基因数为2．40个,观测杂合度平均值0．6280,期望杂合度平均值为0．5240,平均多态信息含量为0．4556,经卡方检验（P〈0．01）值显示多于半数的位点都发生了偏离。采用SAS8．2软件中的一般线性模型（GLM）对39个微卫星标记与虾夷扇贝群体的生长性状进行连锁显著性检验。结果表明：在39个微卫星座位中,HLJX202位点与体重、壳长、壳高、壳宽都显著相关,HLJX109、HLJX196位点与体重、壳长、壳高显著相关,HLJX183位点与壳长、壳高显著相关,而HLJX128和HLJX236位点分别只与壳宽和体重显著连锁。 相似文献
9.
为探讨新引进种岩扇贝Crassadoma gigantea与国内3种主要经济扇贝(虾夷扇贝Patinopecten yessoensis、栉孔扇贝Chlamys farreri和海湾扇贝Argopecten irradians)的遗传变异水平及其之间的亲缘关系,通过PCR扩增及测序获得4种扇贝的mtDNA Cyt b基因全序列,并对其序列组成、遗传多样性、遗传距离和系统发育等进行了分析。结果表明:4种扇贝的单倍型数、多态性位点数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数,分别在3~4、2~15、0.545~0.800、0.001 00~0.005 72和0.788~6.545之间,表现出较低的遗传变异水平;4种扇贝的种间遗传距离为0.255~0.429,其中,岩扇贝与虾夷扇贝的遗传距离最近(0.255),与海湾扇贝的遗传距离最远(0.429);系统进化树分析显示,岩扇贝与虾夷扇贝独自聚为一支,表明二者之间的亲缘关系较近。本研究结果将为岩扇贝的引种与养殖以及今后的遗传育种研究工作提供基础信息。 相似文献
10.
【目的】证实前期消减文库的研究结果,揭示紫外诱导条件下麦长管蚜的生态遗传机理。【方法】根据前人研究证明的细胞色素b基因和SOD基因的保守性区域,设计特异性引物,采用RT-PCR方法,扩增紫外线照射24,48h和对照麦长管蚜变异基因的部分序列,进行测序及核苷酸分析,并推导氨基酸序列。【结果】RT-PCR扩增分别得到长度420bp的细胞色素b基因cDNA片段和357bp的超氧化物歧化酶(SOD)基因cDNA片段。序列分析表明,细胞色素b基因编码140个氨基酸残基,30W紫外辐射48h处理的麦长管蚜细胞色素b基因突变位点为3个,其编码的氨基酸序列变异位点为2个;SOD基因编码119个氨基酸残基,且对照与处理的序列一致,未发现变异位点。【结论】紫外诱导条件下,麦长管蚜细胞色素b基因发生突变部分的具体位点已经找到,其突变方式为转换和颠换;SOD基因未发现变异位点。 相似文献
11.
为了解新疆春秋两季不同地区耐药猪源大肠杆菌携带β-内酰胺酶和16S rRNA甲基化酶基因及其共存情况。通过PCR方法对克拉玛依地区142株春季猪源耐药菌、9株克拉玛依秋季猪源耐药菌、78株昌吉地区春季猪源耐药菌和52株昌吉地区秋季猪源耐药菌进行β-内酰胺酶(blaTEM、blaCMY-2、blaLAP-1、blaKPC、blaSHV和blaOXA)和16S rRNA甲基化酶(arm A和rmt B)基因检测,并对检出耐药基因的PCR产物进行测序。结果显示:克拉玛依春季猪源耐药菌携带的β-内酰胺酶基因为blaTEM(142/142,100%)、blaOXA(16/142,11.3%)、blaCMY-2(7/142,4.9%)和blaLAP-1(1/142,0.7%);克拉玛依秋季猪源耐药菌携带的β-内酰胺酶为blaTEM(9/9,100%)和blaOXA(1/9,11.1%),克拉玛依春秋两季猪源耐药菌均未检测出16S rRNA甲基化酶基因;昌吉地区春季猪源耐药菌携带的β-内酰胺酶基因为blaTEM(78/78,100%)、blaOXA(9/78,11.5%)、blaCMY-2(3/78,3.8%)和16S rRNA甲基化酶基因rmt B(1/78,1.3%);昌吉地区秋季猪源耐药菌携带的β-内酰胺酶基因为blaTEM(52/52,100%)、blaOXA(4/52,7.7%)、blaCMY-2(3/52,5.8%)和blaSHV(1/52,1.9%),未检测出16S rRNA甲基化酶基因。上述结果表明春秋两季不同地区猪源大肠杆菌blaTEM检出率均为100%;其次不同地区春季猪源大肠杆菌对blaOXA检出率均高于秋季猪源大肠杆菌。产生β-内酰胺酶及16S rRNA甲基化酶基因是猪源菌对β-内酰胺类及氨基糖苷类抗菌药物耐药的主要原因之一,养殖场应合理使用抗菌药物,加强对产生β-内酰胺酶及16S rRNA甲基化酶基因的监控。 相似文献
12.
云南西盟蔗区发现检疫性病害甘蔗白叶病 总被引：1，自引：1，他引：0
研究旨在明确2018年在云南西盟蔗区发现的甘蔗病害是否为植原体引起的甘蔗白叶病。使用植原体16S rRNA基因序列通用引物P1/P7和R16F2n/R16R2对10份采自云南西盟蔗区的疑似甘蔗白叶病样品进行巢氏PCR检测,并将巢氏PCR 产物进行克隆测序和序列分析。巢氏PCR结果表明,所有10份样品均能扩增得到1240bp左右的片段。测序结果表明所有获得的10条16S rRNA基因序列大小均为1247bp,序列间的核苷酸一致性为100%。BLASTN分析表明从病株扩增到的所有核苷酸序列与先前云南临沧甘蔗白叶病植原体分离物LC7和LC9的16S rRNA基因序列(Genbank登陆号：KR020691和KR020692)的核苷酸序列一致性为100%。虚拟RFLP分析表明西盟分离物的16S rRNA基因序列的酶切图谱与16SrXI-B亚组植原体相同。本研究结果表明云南西盟蔗区发现的甘蔗病害为16SrXI-B亚组植原体引起的甘蔗白叶病。 相似文献
13.
对分离自条斑紫菜(Porphyrae yezoensis L.)褐斑病的1株能够分解褐藻酸的假交替单胞菌(Pseudoalteromonas sp.)Z2进行了致病性、形态特征、生理生化特性及16 S rRNA与gyrB基因序列的系统发育学分析等研究.结果表明,该菌能够使条斑紫菜出现红斑,为革兰氏染色阴性杆菌,有动力,氧化酶阳性,严格需氧,生长需要Na+,大小约在(1.0～1.2)μm×(2.0～2.5)μm;其16 S rRNA和gyrB基因序列通过Blast检索均与假交替单胞菌属(Pseudoalte romonas)细菌具有较高的同源性,gyrB基因序列与产黑假交替单胞菌(Pseudoalteromonas nigrifaciens)同源性在99％,综合分离菌的形态、生理生化特性及16 S rRNA和gyrB两种基因的分子鉴定,确认分离菌为假交替单胞菌,且初步认为其可导致紫菜发生褐斑病. 相似文献
14.
氨基糖苷类药物高水平耐药16S rRNA甲基化酶基因在动物源大肠杆菌中的检测 总被引：2，自引：0，他引：2
为了解郑州地区氨基糖苷类药物高水平耐药16S rRNA甲基化酶基因(armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD和npmA)在健康动物大肠杆菌中的流行情况,对2009年在郑州地区鸡、犬、猪的肛门拭子中分离保存的231株大肠杆菌进行了药敏试验,并分别设计特异性引物对其进行16S rRNA甲基化酶基因的聚合酶链式反应扩增。结果显示:在6种基因中,鸡、犬源大肠杆菌可检测到armA和rmtB,而猪源大肠杆菌仅检测出rmtB。鸡、犬源大肠杆菌armA的检测率分别为7.6%和3.3%;鸡、犬、猪源大肠杆菌rmtB的检出率分别为47.8%、20.0%和0.9%。其中,鸡、犬中分别有3.3%的大肠杆菌可同时检测到armA和rmtB。 相似文献
15.
实验以植物乳杆菌Lp为实验材料,用荧光定量PCR技术分析16S rRNA、Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenas、L-lactate dehydrogenase以及rec A protein四个候选内参基因的表达情况。应用两种软件ge Norm和Norm Finder程序对实验结果进行分析。实验结果显示在植物乳杆菌Lp中,稳定值最小的是16S ribosomal RNA,用Norm Finder软件分析,稳定值最小的也是16S ribosomal RNA。揭示16S ribosomal RNA适合做植物乳杆菌正常生长状态下的内参基因。 相似文献
16.
为研究西北干旱地区豆科植物柠条锦鸡儿(Caragana korshinskii)根瘤菌的系统发育地位及共生基因多样性,对从甘肃省分离得到的菌株进行16SrRNA PCR-RFLP和序列分析,构建系统发育树,确定其分类地位,并通过分析共生基因nodA和nifH,确定种群共生类型。结果表明:从柠条根瘤内分离到64株菌,共有7个PCR-RFLP 16SrRNA基因型,主要归属于Ensifer(占分离总数43.8%)、Mesorhizobium(31.2%)、Rhizobium(25%),其中,Ensifer为主要类群,约占34.4%。共生基因nodA和nifH与Ensifer和Mesorhizobium模式菌株同源性较高,与16SrRNA基因确定的根瘤菌分类地位相比,发现部分共生基因与16S rRNA基因确定的分类地位不同,揭示了共生基因横向转移现象的发生。 相似文献
17.
志贺菌属(Shigellae)是感染性腹泻的重要病原菌之一,志贺菌H24是临床多耐药株.在H24的分类过程中,发现血清分型和16S rRNA分类都有一定的局限性,16S rRNA不能直接把H24鉴定至种,通过分析H24外排泵基因emrE、cmr、ydhE、acrB基因序列信息,尝试利用外排泵的基因序列信息对志贺菌进行鉴定分类.结果表明,H24外排泵基因emrE、cmr、acrB和ydhE具有很强的进化保守性,未发现染色体上的外排泵基因在不同种属之间有明显的水平转移痕迹,对志贺菌仅用16S rRNA基因序列信息连属的分类都不能做到,但结合emrE和cmr的基因序列信息可直接将志贺菌鉴定到种,首次提出以外排泵基因为分子靶标对志贺菌和大肠杆菌进行快速分类的方法. 相似文献
18.
16S rRNA和COI基因条形码在12种观赏鱼种类鉴定中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
应用通用引物测定观赏鱼市场上价值较高的红尾金龙鱼、黄尾龙鱼、青龙鱼、珍珠龙鱼、银龙鱼、神仙鱼、非洲珠宝鱼、接吻鱼、珍珠毛足鲈、蓝钻石孔雀、孔雀鱼、锦鲤等12种观赏鱼的16SrRNA基因和COI基因部分序列。应用DNA序列分析软件,对这些基因进行同源性比较和系统发育分析。通过GenBank中的核酸BLAST和BOLD SYSTEMS数据库对这些基因序列进行比对,结果表明16SrRNA基因和COI基因可以在物种水平作为基因条码对亚洲龙鱼、珍珠龙鱼、银龙鱼和神仙鱼等观赏鱼进行准确的鉴别,而且应用COI基因构建的系统发育树比16SrRNA基因更加接近现有的鱼类分类体系。但对形态十分相似的慈鲷等观赏鱼,以及红尾金龙鱼、黄尾龙鱼、青龙鱼等同一个物种不同品系的观赏鱼依靠16SrRNA基因或COI基因都无法准确鉴定,需要研究进化速度更快的DNA基因条码。 相似文献
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根据日本鳗、欧洲鳗和美洲鳗3种鳗鱼的16S rRNA基因序列,设计特异性引物,进行16SrRNA基因的PCR扩增,然后对PCR产物进行ApaI酶切反应.结果显示,日本鳗和欧洲鳗的PCR产物均出现211 bp的特异性扩增条带,美洲鳗的PCR产物出现两条DNA条带;日本鳗的PCR产物经ApaI酶切产生大小为135 bp和76 bp的两条条带,而欧洲鳗的PCR产物经ApaI酶切没有变化.因此,利用该方法可鉴别出日本鳗、欧洲鳗和美洲鳗等3种鳗鱼. 相似文献
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产蛋前期和产蛋期籽鹅组织内参基因的稳定性 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】分析比较使用广泛的7个候选内参基因在产蛋前期和产蛋期籽鹅组织中的表达情况,筛选籽鹅组织基因表达分析中最佳的内参基因及其数目。【方法】应用实时定量反转录PCR技术,分别检测28S rRNA、18S rRNA、GAPDH、ACTB、HPRT1、SDH和TUB在产蛋前期与产蛋期健康籽鹅肝脏、肾脏、心脏、腿肌和卵巢组织中的表达情况,采用绝对定量方法确定基因拷贝数,然后分别使用geNorm和NormFinder程序进行数据分析。【结果】产蛋前期籽鹅各组织中7个内参基因表达稳定度的顺序分别为：GAPDH=HRPT1（0.195）＞TUB（0.244）＞28S rRNA（0.414）＞18S rRNA（0.495）＞ACTB（0.541）＞SDH（0.610）;产蛋期籽鹅各组织中7个内参基因表达稳定度的顺序分别为：GAPDH=28S rRNA（0.128）＞TUB（0.181）＞ACTB（0.192）＞SDH（0.221）＞HRPT1（0.316）＞18S rRNA（0.362）,且7个基因的配对差异分析分别为V2/3（产蛋前期）=0.084、V2/3（产蛋期）=0.069,内参基因的最适数目均为2个。【结论】产蛋前期和产蛋期籽鹅组织目的基因的表达分析中相对适合的内参基因分别为GAPDH和HRPT1、GAPDH和28S rRNA。 相似文献