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1.
为了探讨马氏珠母贝免疫防御机制,筛选免疫防御相关功能基因,以致病性溶藻弧菌人工感染的马氏珠母贝血淋巴为材料,采用抑制性差减杂交(SSH)技术,构建了溶藻弧菌诱导的马氏珠母贝血淋巴cDNA差减文库;以马氏珠母贝管家基因β-actin作为差减指标检测该文库的差减效率;对选取的600个阳性克隆进行测序及生物信息学分析。结果显示,该文库的差减效率可达210倍;PCR阳性检测显示差减片段为100~750 bp,对随机挑取600个克隆的测序结果显示,共获得414个有效EST序列;通过BLAST同源性比对,有167个EST序列(占40.34%)与NCBI数据库中已知功能蛋白质具较高同源性,其中7个EST序列(占1.69%)与免疫防御相关基因同源;此外,204个EST(占49.28%)在数据库中未发现同源序列。研究表明,SSH技术能有效富集马氏珠母贝血淋巴差异表达基因,研究结果为探索马氏珠母贝免疫基因作用机理和调控机制奠定了基础。 相似文献
2.
《渔业科学进展》2016,(2)
Sox(SRY-related HMG-box)基因家族是在动物体内发现的一类编码转录因子的基因家族,广泛参与了动物生长发育、理化反应,特别是性别决定和分化等过程。本研究采用生物信息学方法,利用Sox基因高度保守的HMG-box区序列作为种子序列,检索半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)基因组注释的蛋白数据库,共鉴定分离出23个Sox基因。并在全基因组水平对半滑舌鳎Sox基因家族进行了保守结构域序列、进化、基因结构、染色体定位及基因表达模式的系统分析。结果显示,通过保守结构域分析发现了半滑舌鳎Sox基因家族除Cse Sox32外,皆存在一段9个氨基酸残基(RPMNAFMVW)的高度保守基序;结合保守结构域及进化分析,所有半滑舌鳎Sox基因被分为B1、B2、C、D、E、F和K共7个亚族,且不同的亚族在进化上存在种间趋同性和种内特异性;基因结构分析将半滑舌鳎Sox基因分为两大类,即单外显子类和多外显子类;而染色体定位分析则显示,Sox基因在染色体上散乱分布,不存在集簇现象;不同类型性腺及幼鱼变态前后的Sox基因家族表达谱显示,半滑舌鳎Sox基因具有不同的组织表达模式,表明其在性别分化、性腺发育及早期幼鱼发育过程中可能发挥了重要作用。本研究对于今后半滑舌鳎Sox基因家族深入的功能验证及分子作用机制研究具有重要的意义,也为日益丰富的水产基因组资源的挖掘利用提供了参考。 相似文献
3.
胰岛素样生长因子2结合蛋白( IGF2BPs)是一种重要的RNA代谢调控因子,涉及多个不同的生物学过程。本研究鉴定了一个马氏珠母贝IGF2BP1基因,命名为PfIGF2BP1-1,该基因cDNA全长为7348 bp,ORF长 1818 bp,编码605个氨基酸。多序列比对和系统进化分析表明,PfIGF2BP1-1有2个RRM结构域和4个KH结构域,与其他物种来源的IGF2BPs同源。实时荧光定量PCR结果显示,PfIGF2BP1-1 在马氏珠母贝的8个组织中均有表达,在肌肉组织表达最高,其次为足和外套膜组织。利用pET-32a 原核表达载体构建了含有PfIGF2BP1-1成熟多肽区的重组质粒并成功表达蛋白。在IPTG浓度为0.5 mmol/L,37 ℃培养8 h的条件下诱导表达PfIGF2BP1-1蛋白最佳。PfIGF2BP1-1蛋白刺激马氏珠母贝外套膜原代细胞,引起壳基质蛋白基因Accbp、MSI7、Nacrein的表达水平显著上升(p < 0.05),表明PfIGF2BP1-1蛋白可诱导壳矿化相关基因的表达参与马氏珠母贝的生物矿化过程。 相似文献
4.
为了研究珠母贝属的分类地位和系统演化情况,通过聚合酶链式反应技术(PCR)扩增并直接测序出雷州半岛珠母贝属中的马氏珠母贝、大珠母贝、珠母贝、斑珠母贝和黑珠母贝的3种线粒体基因(12S r RNA、16S r RNA和COⅠ)部分序列,分析其碱基组成和种间遗传距离。同时结合Gen Bank上发表的白珠母贝序列,构建珠母贝属的分子系统树。结果显示,5种珍珠贝的3种基因部分序列碱基AT含量大于GC含量,与其他无脊椎动物线粒体DNA序列基本一致,序列都处于高度饱和的状态。系统分析显示,构建的分子系统树与传统的形态分类基本一致。在黑珠母贝和白珠母贝亲缘关系上,3种线粒体DNA片段在碱基组成、种间遗传距离和系统进化树上都显示黑珠母贝和白珠母贝非常相近,可以认为是同一种中的2个亚种。在斑珠母贝的亲缘关系上,系统分析显示斑珠母贝与黑珠母贝和白珠母贝更为接近。研究表明,大珠母贝和珠母贝在系统进化中较早的分离出来,是一个比较原始的种类。3种分子标记对马氏珠母贝亲缘关系分析上存在一定差异,根据现有的数据尚不足以得出结论,需进一步做分子系统研究并结合形态特征和解剖结构进行分析。 相似文献
5.
Sox(SRY-related HMG-box)基因家族是在动物体内发现的一类编码转录因子的基因家族,广泛参与了动物生长发育、理化反应,特别是性别决定和分化等过程.本研究采用生物信息学方法,利用Sox基因高度保守的HMG-box区序列作为种子序列,检索半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)基因组注释的蛋白数据库,共鉴定分离出23个Sox基因.并在全基因组水平对半滑舌鳎Sox基因家族进行了保守结构域序列、进化、基因结构、染色体定位及基因表达模式的系统分析.结果显示,通过保守结构域分析发现了半滑舌鳎Sox基因家族除CseSox32外,皆存在一段9个氨基酸残基(RPMNAFMVW)的高度保守基序;结合保守结构域及进化分析,所有半滑舌鳎Sox基因被分为B1、B2、C、D、E、F和K共7个亚族,且不同的亚族在进化上存在种间趋同性和种内特异性;基因结构分析将半滑舌鳎Sox基因分为两大类,即单外显子类和多外显子类;而染色体定位分析则显示,Sox基因在染色体上散乱分布,不存在集簇现象;不同类型性腺及幼鱼变态前后的Sox基因家族表达谱显示,半滑舌鳎Sox基因具有不同的组织表达模式,表明其在性别分化、性腺发育及早期幼鱼发育过程中可能发挥了重要作用.本研究对于今后半滑舌鳎Sox基因家族深入的功能验证及分子作用机制研究具有重要的意义,也为日益丰富的水产基因组资源的挖掘利用提供了参考. 相似文献
6.
马氏珠母贝TLR6基因的克隆、序列分析与表达 总被引：1，自引：1，他引：0
为了探究TLR6(Toll like receptor 6)在马氏珠母贝免疫反应中的作用,实验采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得了马氏珠母贝TLR6基因(Pm-TLR6)c DNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了Pm-TLR6在马氏珠母贝各组织中的表达情况、哈维氏弧菌刺激后和植核移植后血淋巴中的表达模式。结果显示:Pm-TLR6c DNA全长2295 bp,其中5′非编码区(UTR)长94 bp,3′UTR长89 bp,开放阅读框(ORF)长2112 bp,编码703个氨基酸;多序列比对结果表明物种间TLR6具有较高的保守性;PmTLR6具有跨膜域、富含亮氨酸的重复序列(LRRs)和TIR域,符合TLRs家族特征。q RTPCR数据分析表明,Pm-TLR6在马氏珠母贝肝胰脏、血细胞、鳃、性腺、闭壳肌、外套膜中均有表达,其中肝胰脏中表达量最高;哈维氏弧菌刺激后,Pm-TLR6在2 h表达上调,约为对照组(0 h)的9倍,随后的6 h恢复至正常水平,直至16 h表达水平开始回升并于24 h达到最大表达量,是对照组的29.4倍,具有显著性差异;植核移植实验结果显示PmTLR6在植核后5和10 d表达水平没有显著性变化,15和20 d表达量出现上升趋势,但差异不显著,最后于30 d达到最大值,约为空白对照组(0 d)的5倍,具有显著性差异。研究表明,Pm-TLR6可能在马氏珠母贝免疫防御反应中担任着重要的角色。 相似文献
7.
Rab蛋白是膜泡运输过程中的重要调节因子,在囊泡运输和水产动物的免疫应答中行使重要功能。本研究鉴定了马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)的Rab7基因(Pm-Rab7),分析了Pm-Rab7在6个组织中及在温度胁迫(低温组17 ℃、对照组22 ℃、高温组32 ℃)下的表达模式,筛选和比较分析了马氏珠母贝耐低温选育系(low temperature resistant line, R) F3和北部湾野生群体(Beibu Gulf wild population, W)的Pm-Rab7外显子区的SNP位点。结果显示,Pm-Rab7序列全长为1 153 bp,5′端、3′端和开放阅读框(ORF)序列长度分别为30、505和618 bp,共编码205个氨基酸;Pm-Rab7具有一个RAB保守结构域,并与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)相似度最高(92.79%)。系统进化树结果显示,Pm-Rab7与太平洋牡蛎等软体动物聚为一支。Pm-Rab7在所检测的组织都有表达,其中在性腺和鳃中的表达显著高于外套膜和肝胰腺等组织(P<0.05)。Pm-Rab7温度胁迫后时序表达分析发现,在17 ℃低温组,Pm-Rab7的表达量呈先上升再下降的趋势,在6 h~3 d内均显著高于22 ℃对照组(P<0.05),在1 d时达到峰值;在32 ℃高温组,Pm-Rab7表达量总体稳定,仅12 h时显著高于对照组(P<0.05),其他时间点与对照组无显著差异(P>0.05);说明该基因的表达与马氏珠母贝对低温胁迫的响应密切相关。Pm-Rab7基因的外显子区域在马氏珠母贝耐低温选育系和北部湾野生群体中共检测到7个SNP位点,其中3个位点的基因型频率在2个群体间具有显著性差异,说明这些位点可能与其耐低温性状相关。结果表明,Pm-Rab7可能在马氏珠母贝耐低温适应过程中发挥重要作用,研究结果可为深入探讨马氏珠母贝对温度变化的环境适应性研究提供参考资料。 相似文献
8.
以合浦珠母贝(Pinctada fucata)转录组中的matrilin-1基因片段为基础,开展了matrilin-1的c DNA全长(Pfmatrilin-1)克隆和定量表达分析。Pfmatrilin-1基因c DNA全长2 036 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)1 194 bp,编码397个氨基酸,包括1个信号肽序列和2个血管性血友病因子A(von Willebrand factor A,VWA)样结构域。系统进化分析显示无脊椎动物的matrilins与脊椎动物的matrilins进化关系较远。荧光定量PCR表达分析结果显示,Pfmatrilin-1 mRNA在合浦珠母贝各个组织中均有表达,其中在血液中表达量最高(P0.05);Pfmatrilin-1从担轮幼虫期至变态期均有表达,眼点期表达量最高(P0.05),而贝类幼虫发育到眼点期就会开始附着,眼点期幼虫原壳生长停滞,次生壳形成,因此推测其可能与次生壳的形成有关。这些结果表明Pfmatrilin-1在合浦珠母贝生物矿化中发挥重要作用。 相似文献
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为了阐明大菱鲆丝裂原活化蛋白激酶激酶(mitogen-activated protein kinase kinases,MAPKKs或MKKs)基因家族在生物和非生物应激响应中的作用，本实验首先通过生物信息学方法对大菱鲆MKK基因家族进行了全基因组水平的鉴定，利用多个应激相关转录组数据集分析了大菱鲆MKK家族成员在不同组织及不同生物和非生物应激下的表达模式。结果显示，本研究在大菱鲆全基因组水平上共鉴定出9个MKK基因家族成员，它们不均匀地分布在7条染色体上，并分别对其编码蛋白的理化性质、蛋白二级结构和亚细胞定位进行了预测。基于系统发育分析，将SmMKKs划分为5个亚家族。内含-外显子结构、保守基序和多重序列比对分析结果不仅为大菱鲆MKK亚家族分类提供了证据，而且表明SmMKKs在进化上高度保守。SmMKKs在不同组织及不同生物和非生物应激下的基因表达模式分析表明，SmMKKs具有明显的组织特异性表达。另外，结果显示，粘孢子虫和肿大细胞病毒感染后，SmMKK6a呈极显著差异表达；热应激处理后，SmMKK6a呈极显著差异表达；高盐或低盐胁迫后，SmMKK4a、SmMKK4b、SmMKK6a... 相似文献
11.
采用同源克隆和RT-PCR技术对合浦珠母贝(Pinctada fucata)热休克蛋白hsp70基因进行了克隆和表达分析。获得cDNA全长序列2 365 bp,其中3’非编码区域(UTR)为318 bp,5’UTR为88 bp,开放阅读框(ORF)为1 959 bp,编码652个氨基酸,分子量约为71.39 kD,理论等电点为5.22,并含有3个HSP70家族的签名序列IDLGTTYS、DLGGGTFD和EEVD。同源性分析表明,合浦珠母贝HSP70的氨基酸序列与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)等双壳贝类的相似性高达86%以上,基于氨基酸序列的聚类分析表明,合浦珠母贝与牡蛎属种类亲缘关系最近。高温、高盐刺激后,半定量RT-PCR检测发现hsp70基因的表达明显增加,高温刺激的表达量高于高盐刺激,高温刺激组不同组织的表达量由大到小依次为鳃、消化腺、外套膜、肌肉、性腺,高盐刺激组不同组织的表达量由大到小依次为鳃、外套膜、肌肉、消化腺、性腺,表明HSP70参与了机体对刺激的应答过程。该基因的克隆为进一步深入研究合浦珠母贝的抗逆机理及其遗传改良奠定了重要基础。 相似文献
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合浦珠母贝C-型凝集素基因的序列特征和功能分析 总被引：4，自引：1，他引：3
通过EST筛选结合重测序法获得合浦珠母贝一种C-型凝集素cDNA的全长序列(命名为PoLEC1)。PoLEC1全长988 bp,5′-UTR为33 bp,3′-UTR为101 bp,开放阅读框为864 bp,编码287个氨基酸,分子量为31.68 ku,理论等电点约5.83。预测的氨基酸序列中含有信号肽(Met1-Ser19)和糖结合位点。同源性分析结果表明,PoLEC1与其它物种C-型凝集素的的糖识别结构域序列的同源性在18.8%~28.6%,相似性在28.9%~50.0%之间。进化树分析结果表明,PoLEC1与栉孔扇贝聚为一支。组织表达分析表明,PoLEC1 mRNA在消化腺、外套膜、性腺、闭壳肌、肠、鳃和血淋巴组织均有表达,在消化腺中的表达分析表明,经溶藻弧菌刺激后2 h表达显著下调,而在4和24 h后表达显著上调。利用PoLEC1成熟肽构建原核表达载体,在大肠杆菌中进行重组表达。制备包涵体后,用IDA HisBind 树脂纯化得到单一的重组蛋白,凝菌试验表明该蛋白对大肠杆菌有明显的凝集作用。 相似文献
13.
Masatomi HOSOI Shoko HOSOI-TANABE Hideki SAWADA Masahiro UENO Haruhiko TOYOHARA Isao HAYASHI 《Fisheries Science》2004,70(4):629-637
ABSTRACT: One of the biggest and long-standing difficulties in investigation of larval ecology in the field is species-level identification. In the present study, we developed polymerase chain reaction–restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis based on the large subunit (LSU) rRNA gene (rDNA) D1/D2/D3 region for identification of multiple species of bivalve larvae using 14 species of bivalve collected from Maizuru Bay. The LSU rDNA D1/D2/D3 region of all analyzed species could be amplified by PCR using bvD1f/bvD3r primers, and RFLP analysis by Hae III digestion on the PCR products showed species-specific fragment patterns. Furthermore, this analysis applied to single bivalve larvae in Maizuru Bay revealed efficient amplification of the target region and the species-specific pattern from 80% of the larvae, 75% of which showed a pattern that matched a certain pattern of the adult bivalves. In addition, the analysis of inter- and intraspecies variation of the LSU rDNA D1/D2/D3 region using the sequence data of the genus Crassostrea from the DDBJ database showed high applicability of this RFLP analysis on closely related species. Because of the wide applicability and technical simplicity, this method can become the standard for the identification of bivalve larvae species once the sequence data of the LSU rDNA D1/D2/D3 region of many bivalve species have been accumulated. 相似文献
14.
Ji Hoe Kim Toshiyuki Suzuki Ka Jeong Lee Poong Ho Kim Takashi Kamiyama Tae Seek Lee 《Fisheries Science》2008,74(2):433-438
ABSTRACT: Lipophilic toxin profiles associated with diarrhetic shellfish poisoning in Korean bivalves were investigated by liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS). Okadaic acid (OA), dinophysistoxins (DTX), pectenotoxins (PTX) and yessotoxin (YTX) in bivalves were quantified by LC-MS. Thirty-eight bivalve samples were collected from five different areas on the south coast of Korea during January to June 2006. Dinophysistoxin-1 (DTX1) and OA were found in some samples of both mussel Mytilus edulis and oyster Crassostrea gigas . The levels of DTX1 and OA found in the hepatopancreas of the samples were 0.04–0.23 µg/g and 0.03–0.08 µg/g, respectively. Dinophysistoxin-3 was found in the hepatopancreas of the short-necked clam Ruditapes philippinarum at a concentration of 0.06 µg/g. PTX and YTX were not detected from all of the samples examined. This is the first report of the unambiguous identification of OA and its derivatives, by LC-MS, in Korean bivalves. 相似文献
15.
A herpes-like virus infecting Crassostrea gigas and Ruditapes philippinarum larvae in France 总被引：2，自引：0，他引：2
Concomitant sporadic high mortalities were reported in June 1997 among batches of larval Pacific oyster, Crassostrea gigas, and Manila clam, Ruditapes philippinarum , in a French commercial hatchery. Histological observation showed the presence of cellular abnormalities in affected animals. Electron transmission microscopy revealed the presence of herpes-like virus particles in infected larvae of both bivalve species. Viruses observed in C. gigas and R. philippinarum are closely related with respect to ultrastructure and morphogenesis. They were detected simultaneously in both bivalve species larvae indicating possible interspecific transmission. Moreover, PCR analysis using oyster herpes-like virus specific primers allowed amplification of fragments of expected sizes for both bivalve species and demonstrated the presence of viral DNA. The PCR products obtained for both bivalve species and digested by restriction enzymes displayed the same patterns. These data suggest that the same herpes-like virus may infect larval oysters and clams. 相似文献
16.
S.J. de Groot 《Aquaculture (Amsterdam, Netherlands)》1984,41(2):189-191
Serotonin induced spawning in six bivalve species using individual spawning techniques without any additional stimuli. Intragonadal injection of serotonin induced spawning in the bay scallop Argopecten irradians, the American oyster Crassostrea virginica, and the surf clam Spisula solidissima. Injection of serotonin into the anterior adductor muscle of the ocean quahog Arctica islandica, the ribbed mussel Geukensia demissa, and the hard clam Mercenaria mercenaria induced spawning. The dosage of 0.4 ml of 2 mM serotonin solution used in this study stimulated bivalves to spawn within 15 min. 相似文献
17.
ABSTRACT: Quantification of lipophilic toxins in bivalves associated with diarrhetic shellfish poisoning was investigated by liquid chromatography–mass spectrometry (LC–MS). Using a C8-silica reversed phase column and a mobile phase of aqueous acetonitrile containing 2 mM ammonium formate and 50 mM formic acid, okadaic acid, dinophysistoxin-1, 7- O -palmitoyldinophysistoxin-1, pectenotoxin-1, pectenotoxin-2, pectenotoxin-6, pectenotoxin-2 seco-acid, yessotoxin, and 45-hydroxyyessotoxin in bivalves were quantified by LC–MS in the negative mode. When the crude 90% methanol extracts were analyzed by LC–MS, there were no significant effects from bivalve matrices on the quantification of toxins. More than 200 bivalve samples collected from various production areas in Japan were analyzed by LC–MS. Pectenotoxin-6 and dinophysistoxin-1 were the dominant toxins in scallops and mussels, respectively. Yessotoxin and 45-hydroxyyessotoxin were also detected in both species. Comparison of the quantitative results obtained for these bivalve samples between LC–MS and mouse bioassay indicates that LC–MS is suitable for routine monitoring of lipophilic toxins in Japanese bivalves. 相似文献
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Herpes-like virus infections in hatchery-reared bivalve larvae in Europe: specific viral DNA detection by PCR 总被引：1，自引：0，他引：1
Periodic losses in oyster hatcheries are regularly reported in Europe. Herpes-like virus infections seem to play a key role. Polymerase chain reaction (PCR) was used to investigate the presence of herpes-like virus DNA in larval samples belonging to different bivalve species from different geographical origins. Seventeen samples of the 81 analysed appeared positive for the herpes-like virus DNA by PCR. These results confirm previous data indicating that herpes-like virus infections occur in commercial French hatcheries. Polymerase chain reaction positive results were also obtained for bivalve larval samples originating from Spain and the UK. The number of virus DNA positive samples depended on the primer pair used. The primer pair C2/C6 appears well adapted for herpes-like virus DNA detection because of processing ease and great sensitivity. Positive samples were observed in four bivalve species: Crassostrea gigas , Ostrea edulis , Ruditapes decussatus and Ruditapes philippinarum . Herpes-like virus DNA detection is reported in larval R. decussatus for the first time. Many samples in which viral DNA was detected by PCR correspond to larval batches presenting mortalities. Herpes-like viruses may be one of the causative agents of mortalities observed in bivalve hatcheries. 相似文献
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中国明对虾C 型凝集素基因(Fclectin)的重组表达及活性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
研究拟通过分析对虾C型凝集素的活性特点,探讨其在对虾先天免疫应答过程中的潜在功能以及在养殖生产实践中的应用。实验利用原核表达系统对中国明对虾C-型凝集素基因的两个串联的糖识别结构域(carbohydrate recognition domain,CRD)进行了重组表达,并通过纯化复性获得了重组目的蛋白(rFclectin-CRD1和rFclectin-CRD2)。活性分析结果显示,重组目的蛋白对多种病原菌有凝集和抑制生长的作用,并且具有Ca2+依赖活性;其凝集活性可被半乳糖、肽聚糖、脂多糖等多种病原相关分子模式所抑制,研究结果证实,Fclectin是一种典型的C-型凝集素,它可能作为中国明对虾先天免疫中重要的模式识别受体,在一定程度上参与了机体应答病原微生物的防御过程。 相似文献
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溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)是近年来贝类病害中最常见的细菌性病原之一,对贝类养殖产业的健康发展构成严重威胁。本研究旨在分析不同养殖环境水体和贝类组织中,溶藻弧菌的基因变异、毒力基因、耐药性及其分布规律。对12株溶藻弧菌分离株开展多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)、毒力因子以及菌株耐药性分析,结果显示,12株溶藻弧菌的序列型(sequence typing, ST)分型互不相同,7株为PubMLST数据库已经收录的ST型,5株因管家基因的等位基因位点变化而形成新的ST型,贝类养殖环境中的溶藻弧菌具有较高的遗传多样性。12株溶藻弧菌都携带tlh、fur和collagenase三种毒力基因,但均未检测到tdh、trh、toxR和tcpA毒力基因。溶藻弧菌携带毒力因子的种类和数量受地区分布等因素的影响。不同来源的溶藻弧菌均具有多重耐药特征,对青霉素和氨苄西林产生抗性。本研究表明,贝类养殖环境中的溶藻弧菌具有种群复杂、遗传多样性高的特点;不同来源菌株在毒力基因携带和耐药性方面存在较大差异。本研究通过探究不同区域内不同来源的溶藻弧菌遗传变异及耐药性差异,对贝源溶藻弧菌的有效防控提供一定理论参考。 相似文献