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1.
红笛鲷头肾消减cDNA文库的构建与分析 总被引：2，自引：0，他引：2
应用抑制性消减杂交技术(SSH)构建红笛鲷(Lutjanus sanguineus)头肾消减cDNA文库,筛选红笛鲷免疫相关基因的EST.以哈氏弧菌(Vibrio harveyi)灭活疫苗体内诱导红笛鲷为实验组,以注射无菌生理盐水的红笛鲷为驱动组,通过SSH技术构建红笛鲷头肾消减.DNA文库.利用PCR技术和斑点杂交对文库进行筛选,从2 424个含插人片段的阳性克隆中筛选了680个克隆在上海生工进行了序列测定.使用BLASTx和BLASTn工具对获得的ESTs与GenBank数据库进行同源性比较并根据相似性序列的名称通过GO法对ESTs进行注释.结果获得了30个与红笛鲷免免疫防御相关基因的EST,如组织相容性抗原复合物基因(MHC I和MHCII),免疫球蛋白基因(IgH和IgL)、热休克蛋白基因(HSP10,HSP70和HSP90)等.本研究构建了哈氏弧菌灭活疫苗免疫后与正常组织差异表达的消减cDNA文库,并获得一批与红笛鲷免疫防御相关的ESTs,旨在为探讨红笛鲷分子免疫防御机制、筛选参与免疫防御调控相关的功能基因,揭示红笛鲷免疫抗病机制、提高机体抗病力、实现遗传改良奠定基础. 相似文献
2.
含 C1q 结构域蛋白(C1q domain containing, C1qDC)是经典补体途径的起始分子, 能够识别免疫复合物, 启动补体系统经典途径。本研究基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)全基因组测序数据, 结合生物信息学方法对 C1qDC 基因进行了鉴定, 同时对其系统进化关系、序列结构、基序组成、染色体定位和基因家族成员的表达水平进行了分析。结果显示, 从马氏珠母贝全基因组数据中共鉴定出 285 个 C1qDC 基因; 根据系统进化关系聚集为 5 个亚类, 不均匀分布在 14 条染色体上; 所有 C1qDC 序列均含有保守基序 1。比较转录组数据分析显示, 在溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)攻毒 4 h 后, 马氏珠母贝 C1qDC 基因家族中有 56 个基因在血细胞中的表达水平发生了显著变化。其中, 上调表达基因 32 个, 下调表达基因 24 个。实时荧光定量 PCR 检测结果表明, 随机挑选的 8 个 C1qDC 基因的表达模式与转录组数据一致。本研究结果为进一步解析马氏珠母贝 C1qDC 基因的进化模式及其在贝类免疫应答中的调控作用提供了理论基础。 相似文献
3.
马氏珠母贝EST微卫星的筛选 总被引：5，自引：2，他引：3
构建了马氏珠母贝的血液、足、鳃、胃、肝、心脏、外套膜、珍珠囊和感染多毛虫马氏珠母贝的血液(血感)等9个组织的cDNA文库,测序获得了6979个EST序列,从中查找到了268个重复序列,隶属于243个EST,含微卫星的EST数占EST总数的3.48%.珍珠囊cDNA文库含微卫星的序列所占比例最高,为6.16%,血感的最低,为1.65%.双碱基重复序列130个,占48.5%,(AT/AT)n类型最常见;三碱基类型的83个,占约31%,其中(AAT/ATT)n和(AAG/CTT)n较多;四碱基重复的有30个,占11.2%,(AAAT/ATTT)n占了该类型的约50%.一共能够设计151对微卫星引物,有130对可以扩增,占合成引物总数的86.09%,其中,多态性引物45对.多态性EST-SSR的筛选将为马氏珠母贝的分子遗传学研究、种质鉴定和野生资源保护等提供可靠的工具. 相似文献
4.
应用抑制差减杂交（SSH）技术构建了施氏鲟（Acipenser schrenckii）精巢和卵巢组织的SMART cDNA文库及其cDNA差减文库，从两个差减文库中随机挑取200个克隆进行PCR检测，随机挑选其中的123个cDNA克隆测序。将所测序列经GenBank检索和生物信息学比较，发现有55个cDNA片段序列在GenBank上无明显的同源性，68个片段与已报道的基因有较高的同源性，其中17个cDNA片断为精巢中特异表达的基因，而51个为卵巢中特异表达的基因。精巢中大量表达的主要为延长因子（EF-1）和脂肪酸连接蛋白等与精子生成发育有关的基因，而卵巢主要为ZPC、组蛋白和周期蛋白等与卵细胞发育成熟相关的基因。这些EST数据为进一步筛选和克隆鲟鱼性腺组织特异性表达基因提供了材料平台，为鲟鱼基因组数据增补了大量信息。 相似文献
5.
罗非鱼免疫前后白细胞cDNA差减文库的构建及其表达序列标签初步分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为筛选得到罗非鱼白细胞免疫相关基因，促进鱼类免疫防治进展，本研究应用抑制性差减杂交（SSH）技术成功构建了罗非鱼链球菌疫苗免疫前后正、反两个白细胞eDNA差减文库，富集了免疫过程中表达谱发生变化的白细胞基因。随机挑选阳性克隆PCR检测。显示插入片段在300～750bp。正反文库各随机挑选300个阳性克隆（共600个克隆）进行测序及EST初步分析。正库筛选得到18个免疫期间袁达丰度上调基因，其中2个与罗非鱼已知基因具有相似性，6个与其他鱼类已知基因相似，其他6个与其他物种已知基因具有相似性，4个为未知新基因。负库筛选得到22个免疫期间表达丰度下调的基因，其中4个与罗非鱼已知基因具有相似性，5个与其他鱼类已知基因相似，6个与其他物种已知基因具有相似性，7个为未知新基因。随着序列的进一步分析及利用RACE等技术得到罗非鱼抗菌或免疫相关全基因，深入开展鱼类功能基因研究奠定良好的基础。 相似文献
6.
马氏珠母贝鳃组织抗菌活性的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
用纸片琼脂扩散法和微量测定法对制备的马氏珠母贝鳃组织匀浆物进行抗菌活性分析.结果表明,马氏珠母贝鳃组织匀浆物具有抗革兰氏阴性菌-副溶血弧菌、河流弧菌、嗜水气单胞菌、大肠杆菌、绿脓杆菌活性;对革兰氏阳性菌-金黄葡萄球菌具一定抑制活性,但对枯草芽孢杆菌无抑制活性.利用胰蛋白酶对马氏珠母贝鳃组织匀浆物水解后,其抗菌活性消失,表明其中抗菌成分为蛋白质.将马氏珠母贝鳃组织匀浆物在不同温度(37～95 ℃)和不同pH(2.5～5)保温,发现其抗菌活性成分对热及酸耐受性较强.马氏珠母贝鳃组织匀浆物在低浓度无溶血活性.该抗菌组分在马氏珠母贝的免疫防御中具有一定的作用. 相似文献
7.
合浦珠母贝微卫星DNA标记分离与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用生物素标记的（CA）15、（AG）12、（ACA）15、（GATA）8、（GATT）75个探针和磁珠富集法构建马氏珠母贝（Pinctada martensii Dunker）基因组微卫星富集文库。随机挑选500个进行PCR筛选,得到138（27．6％）个候选克隆,测序分析发现130个克隆含有微卫星基重复单元。进一步通过序列比对,最终获得109个具有特异微卫星序列的阳性克隆,其中包含179个微卫星DNA结构域。获得的微卫星序列中,属于完全型序列的有154条,不完全型重复型序列有19条,复合型重复序列有6条。序列长度为70～490bp,平均295bp。微卫星核心序列两碱基重复3到39次,绝大多数序列重复次数大于10。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了13对能够在马氏珠母贝基因组有效扩增的微卫星引物。本研究旨为进一步开展马氏珠母贝分子育种及资源评价分析提供基础资料。 相似文献
8.
珍珠贝基于16S rRNA基因序列的亲缘关系研究 总被引：1，自引：1，他引：0
利用PCR技术分别扩增合浦珠母贝（Pinctada fucata）、长耳珠母贝（P.chemnitzi）和企鹅珍珠贝（Pteria penguin）的16S rRNA基因片段,PCR产物直接测序,删去引物及部分端部序列后,得到439bp可供分析的核苷酸片段,用MEGA3．1软件分析了核苷酸差异。结果表明,合浦珠母贝种内个体间序列完全相同,长耳珠母贝种内个体间有2个颠换（Transversion）突变位点,而企鹅珍珠贝种内个体间有1个转换（Transision）突变位点,5个颠换（Transversion）突变位点。与GenBank数据库中其他9种珍珠贝的序列进行比较,得到464个同源比对位点,包括51个插入／缺失位点和231个变异位点（173个简约信息位点和53个单突变子）。合浦珠母贝与长耳珠母贝的同源性为83．2％,合浦珠母贝、长耳珠母贝与企鹅珍珠贝的同源性分别为55．4％和59％。NJ系统进化树表明合浦珠母贝和长耳珠母贝与珠母贝属的种类聚在一起,而企鹅珍珠贝与珍珠贝属的种类聚在一起,与形态学分类一致。 相似文献
9.
Rab家族基因在囊泡的形成、转运、黏附、锚定和融合等各个阶段发挥重要作用。在已有的马氏珠母贝RabcDNA片段的基础上,采用RACE方法克隆了该基因的全长。cDNA长度2519bp,编码区长618bp,编码206个氨基酸。编码的蛋白质序列分析表明,该基因具有Rab家族的全部保守结构,与人类等其他生物的Rab7亚家族的同源性最高。RT-PCR结果显示,该基因在马氏珠母贝的鳃、足和胃组织中没有扩增产物,在卵、感染和未感染凿贝才女虫Polydora ciliata的马氏珠母贝的肝脏和血液中均检测到了与预期大小相符的扩增产物,存在组织差异性表达。 相似文献
10.
对本实验室和其他学者已经发表的马氏珠母贝外套膜和珍珠囊的454焦磷酸测序转录组数据以及NCBI中的EST数据进行了重组装、同源序列比对和GO注释分析。重组装获得了30266个contig,平均长度522 bp,其中最长的contig为4144 bp;NR数据库BLAST分析获取了2310个相似性contig(E≤10?5),其中1902个在模式动物(人、小鼠、海胆、线虫、斑马鱼、果蝇或者太平洋牡蛎和珠母贝)中可以查找到同源序列。基因注释(GO)结果表明,注释到生物学过程的3846个contig可分为23个亚类,其中代谢过程蛋白、细胞过程蛋白和生物学调控蛋白为contig数量最多的3个亚类;注释到分子功能的4601个contig共分为11个亚类,其中结合蛋白的contig数量最多,其次是具有催化活性的蛋白和结构分子活性蛋白;注释到细胞成分的2992个contig分为17个亚类,其中细胞和细胞组成部分的contig数量最多,其次分别是细胞器和大分子复合体contig数量。本研究结果有助于开展外套膜和珍珠囊特异性表达基因的大规模筛选。 相似文献
11.
为研究太平洋鳕发育早期特异免疫系统形成的机制,通过RAG1和IgM基因的转录水平衡量特异免疫系统的发育特点.根据GenBank中RAG1和IgM的序列信息,分别设计1对特异引物,从太平洋鳕头肾中扩增得到RAG1和IgM的基因片段.将所获基因片段分别插入到克隆载体pMD18-T中,从而构建太平洋鳕RAG1和IgM基因的质粒标准品.建立并优化太平洋鳕RAG1和IgM基因绝对荧光定量PCR方法.为进一步验证该方法的可靠性,分别利用绝对定量和相对定量检验目的基因在太平洋鳕早期发育过程不同组织内的表达差异.以优化后的绝对荧光定量PCR方法检测不同发育时期太平洋鳕RAG1和IgM的表达情况.结果显示,RAG1的回归方程为y=-3.266x+33.77,回归系数R2=0.996;IgM的回归方程为y=-3.119x +27.61,回归系数R2 =0.998.绝对定量和相对定量结果在基因转录趋势上显现出一致性,即RAG1基因在胸腺和头肾中表达,且在胸腺中的表达量显著高于头肾中的表达量,在肝脏和脾脏中无表达;IgM基因在胸腺、头肾、肝脏和脾脏中均有表达,其中脾脏中表达量最高,其次是头肾.RAG1基因在太平洋鳕发育早期的表达水平很低,到61日龄(days posthatching,dph)至95 dph表达量显著提高;IgM基因在早期表达水平同样很低,到33 dph至61 dph才有明显表达,在95 dph时表达量显著提高.研究表明,本实验方法可靠,特异性较强,可成功对目标基因转录水平进行检测. 相似文献
12.
This study investigated: 1) susceptibility differences to infection by Neobenedenia girellae (Capsalidae) between amberjack Seriola dumerili (Carangidae), yellowtail S. quinqueradiata and Japanese flounder Paralichthys olivaceus (Paralichthyidae); 2) growth and egg production of N. girellae on each fish species; 3) acquired protection of each fish species against this parasite. The number of N. girellae on S. dumerili was significantly higher than on S. quinqueradiata and P. olivaceus when these fishes were exposed to oncomiracidia in the same aquarium. Neobenedenia girellae growth on S. dumerili was fastest and, thus the number of eggs laid by parasites on S. dumerili was greater than on the other two species. Seriola dumerili and P. olivaceus, which were previously infected with N. girellae and treated by freshwater bath, acquired partial protection against re-infection by N. girellae. The relative re-infection of three S. dumerili individuals out of eleven individuals was markedly low compared with the initial infection, and the relative initial infection and re-infection on two P. olivaceus out of eleven individuals was markedly low. The results of this study could be useful to control N. girellae infections when cultivating S. dumerili, S. quinqueradiata and P. olivaceus. 相似文献
13.
罗非鱼海豚链球菌病的病理学观察 总被引：1，自引：1，他引：0
采用光学显微镜和透射电子显微镜技术分别对患海豚链球菌病的罗非鱼的病理学变化进行了研究。分离的病原菌革兰氏染色呈阳性,透射电镜负染观察菌体球形或卵圆形,直径0.6~1.0μm,多数呈链状排列。组织学病变主要表现为全身多组织、器官水肿,出血、变性、坏死以及炎症反应,特别是肝、脾、肾和脑分别表现为肝炎,脾炎,间质性肾炎和脑膜炎。超微结构观察发现病鱼肝、脾、肾、脑、心肌和骨骼肌等器官的细胞超微结构都有较为严重的破坏,细胞核畸形,染色质浓缩或边集,粗面内质网囊泡化及脱粒,线粒体肿胀,嵴断裂或溶解消失。研究表明,海豚链球菌能造成罗非鱼全身性组织器官病变,致使器官功能障碍,正常生理代谢调节紊乱,最后导致死亡。 相似文献
14.
L.M.P. Valente A. Gouveia P. Rema J. Matos I.S. Pinto 《Aquaculture (Amsterdam, Netherlands)》2006,252(1):85-91
The aim of this study was to evaluate the inclusion of three seaweeds Gracilaria bursa-pastoris (GP), Ulva rigida (UR) and Gracilaria cornea (GC) as dietary ingredients on the performance, nutrient utilisation and body composition of European sea bass juveniles. Six experimental diets were formulated to replace 5% (GP-5, UR-5, and GC-5 Diets) and 10% (GP-10, UR-10 and GC-10 Diets) fish protein hydrolysate (CPSP) by each of the three seaweeds. A control diet was used, without inclusion of any seaweed. Diets were fed to duplicate groups of 25 European sea bass (Dicentrarchus labrax) juveniles (IBW = 4.7 g) for 10 weeks. Growth performance was only significantly reduced (P < 0.05) in fish fed the GC-10 diet, whereas the feed conversion ratio increased significantly in those fish. The apparent digestibility coefficients of dry matter and lipid were significantly lower in fish fed diet GC-10 relative to those fed the control diet. Carcass composition was similar among treatments, although fish fed GC-10 exhibited significantly higher ash content.The results obtained in this study suggest that the inclusion of G. bursa-pastoris (GP) and U. rigida (UR), up to 10%, can be considered as very interesting ingredients in diets for sea bass juveniles, as no negative consequences on growth performance, nutrient utilization or body composition were observed. On the other hand, the inclusion of G. cornea (GC) should be limited to 5% of the diet. 相似文献
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Zhaoxia Li Jian Li Qingyin Wang Yuying He Ping Liu 《Aquaculture (Amsterdam, Netherlands)》2006,261(2):463-472
This paper presents the genetic linkage map of the Chinese shrimp Penaeus (Fenneropenaeus) chinensis constructed with 472 AFLP markers. A hundred F1 progeny from an intercross between a female from the new variety “Yellow Sea No. 1” and wild caught male used for the mapping study. Two separate maps were constructed for each parent. The female linkage map consisted of 197 marker loci forming 35 linkage groups and spanned a total length of 2191.1 cM, with an average marker space of 13.5 cM. The male map consisted of 194 marker loci mapped to 36 linkage groups and spanned a total length of 1737.3 cM, with an average marker spacing of 11.0 cM. The level of segregation distortion observed in this study was 12.2%. The estimated genome length of P. chinensis was 3150.3 cM for the female and 2549.3 cM for the male, respectively. The observed genome coverage was 69.6% for the female and 68.1% for the male map. The linkage maps constructed in this study provide basic information for further linkage studies on Chinese shrimp, and more importantly, the construction of the maps are part of the work of the genetic breeding programs which will be used for growth discovered in the QTL analysis of P. chinensis. 相似文献
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拟态弧菌的绿色荧光蛋白标记及其在感染草鱼体内的动态分布 总被引：1，自引：1，他引：0
为了示踪研究拟态弧菌感染草鱼的动态过程,将增强型绿色荧光蛋白编码基因EGFP克隆至质粒pBAD24,并转化到拟态弧菌04-14菌株构建荧光标记重组菌.重组菌经阿拉伯糖诱导后,能高效表达EGFP蛋白;荧光显微镜观察和流式细胞仪检测均发现重组菌能够发出明显的绿色荧光信号,且传至30代后质粒稳定率仍为100％;生物学特性检测结果显示,与野生株相比,重组菌的形态、生长特性和细胞黏附性均未发生明显改变.用标记重组菌浸泡感染草鱼,定点采集鳃、肠道、肌肉、头肾、脾脏和肝脏,借助荧光信号检测4d内细菌在不同组织脏器中的动态分布.结果发现感染4h后即可在肠道和鳃中检测到绿色荧光信号,标记菌检出量分别为3.60×108和2.36×106 CFU/g,直至10 h,其含量无明显变化,12 h后含菌量逐渐下降,但持续存在直至鱼死亡.标记菌在肌肉、头肾、脾脏和肝脏中呈现相似的动力学,感染24 h后才检测到荧光信号,24～ 85 h时间段含菌量呈现先增加后下降的变化,48 h达到峰值,检出量分别为9.58×104(肌肉)、8.75×104(头肾)、1.50×104(脾脏)和4.50×104 CFU/g(肝脏),但均低于肠道中的检出量,结果表明肠道是拟态弧菌黏附定植与繁殖的主要靶器官. 相似文献
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长江流域泥鳅与大鳞副泥鳅种质资源调查与研究 总被引：2，自引：1，他引：1
对长江流域泥鳅和大鳞副泥鳅野生群体进行了系统资源调查,结果显示,二倍体泥鳅(2n)与多倍体泥鳅(3n,4n,5n)在长江流域均有分布,其中二倍体泥鳅数目占有绝对优势,少量多倍体泥鳅集中分布于长江流域中游地区及若干湖泊。此外,显著性分析表明,泥鳅和大鳞副泥鳅的雌性个体都显著大于雄性个体,两物种间个体大小无显著性差异。二倍体泥鳅的体长与体质量明显小于三倍体泥鳅及四倍体泥鳅,而三倍体泥鳅与四倍体泥鳅间无显著性差异。野生群体中,泥鳅雌性个体所占比例从上游到下游逐渐减少,大鳞副泥鳅无明显变化。相关性分析显示,泥鳅体质量与地域经度呈负相关,大鳞副泥鳅体质量与地域经度无显著相关性。研究表明,长江流域多倍体泥鳅和大鳞副泥鳅物种资源丰富。 相似文献
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采用qRT-PCR、RACE等方法,获得了拟穴青蟹丝裂原活化蛋白激酶激酶(MAPKK)基因cDNA全长序列。该基因全长1 558 bp,开放阅读框长度为1 224 bp,编码407个氨基酸残基。同源分析显示,该基因编码的蛋白与昆虫的相似性高达70%,推测MAPKK基因在节肢动物具有较高的保守性。经荧光定量PCR检测,MAPKK基因在拟穴青蟹多个组织中有表达,且在脑神经节和卵巢中表达量较高。在拟穴青蟹卵巢发育过程中,MAPKK基因在卵巢发育期(Ⅲ期)表达量最高,发育期为卵母细胞快速生长期,推测MAPKK具有促进卵母细胞快速生长的作用。 相似文献
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The present study was undertaken to investigate the distribution of Listonella anguillarum in a Japanese flounder (Paralichthys olivaceus) hatchery. A total of 2704 isolates were obtained from the developing fish, live diets and artificial feeds of Japanese flounder and their rearing water, 439 of which were identified as L. anguillarum by the combining incubation on thiosulfate-citrate-bile salt-sucrose (TCBS) agar at 35 °C overnight with polymerase chain reaction (PCR) detection for the VAH1 hemolysin gene. L. anguillarum was detected in all seven rotifer samples, with densities of 2.5 × 103 to 4.6 × 106 colony forming units (CFU) g− 1. Both the analyzed samples of Nannochloropsis oculata contained this bacterium at densities of 1.6 × 104 to 1.4 × 105 CFU g− 1. L. anguillarum was detected in only one of four samples of Artemia nauplii with a density of 4.8 × 105 CFU g− 1 (35%) and it was not detected in the two analyzed artificial feed samples. L. anguillarum was detected in 11 of 18 specimens of larval and juvenile Japanese flounder at densities of 5.0 × 101 to 7.4 × 105 CFU g− 1, while it was not detected in the two analyzed egg specimens of Japanese flounder. These results indicate that L. anguillarum associated with the developing Japanese flounder is likely derived from rearing water and live diets such as rotifers. Further, it is strongly suggested that L. anguillarum is a transient bacterium of the intestinal microflora for the Japanese flounder but is a permanently indigenous one for the Japanese flounder hatcheries. 相似文献
20.
Pablo Balseiro Jaime Montes Beatriz Novoa 《Aquaculture (Amsterdam, Netherlands)》2006,261(4):1135-1143
In recent years, the cultured production of the flat oyster Ostrea edulis has suffered a dramatic decrease in Europe partially attributed to the protozoan parasite Bonamia ostreae, the causative agent of the Bonamiosis. In this paper the results of a PCR assay for the diagnosis of B. ostreae were compared with those obtained using two classical methods of diagnosis recommended by the OIE (Office International des Epizooties) and the European Union, histology and cytology. The same samples were analyzed by two different laboratories, showing that the results obtained with the PCR method have high sensitivity and good correlation between laboratories. This method is cheaper and faster than histopathology and cytology, with no need of specifically trained personnel to perform the diagnoses. It is appropriate for fast screening of stocks of great numbers of oysters. 相似文献