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1.
《渔业科学进展》2016,(3)
本研究分别以普通刺参(Apostichopus japonicus)和白刺参基因组DNA为实验材料,应用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对刺参体壁、呼吸树和消化道3个组织的DNA甲基化水平和甲基化模式进行了研究,初步探讨了DNA甲基化对刺参组织间基因特异性表达的影响。结果显示,筛选得到的9对引物组合能够在普通刺参和白刺参两个群体中得到稳定扩增,在两群体刺参中分别检测到5932和5208个位点,均以未甲基化位点为主,普通刺参和白刺参未甲基化位点数分别为4317和3944,分别占总扩增条带数的72.78%和75.73%。普通刺参体壁的甲基化水平为31.07%,呼吸树为23.36%,消化道为26.34%;白刺参中体壁的甲基化水平为29.88%,呼吸树为23.25%,消化道为19.45%,由此可见,体壁的甲基化率在两群体中是最高的。普通刺参和白刺参同一组织间的甲基化水平和甲基化模式不同,同一群体体壁、呼吸树和消化道不同组织间的甲基化水平和模式也不同。甲基化在普通刺参和白刺参组织分化和发育过程中可能发挥着十分重要的作用。在检测的3个组织中,CCGG序列的全甲基化位点较半甲基化位点多。 相似文献
2.
为探讨病原菌胁迫下刺参(Apostichopus japonicus)基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异,本研究采用人工攻毒侵染胁迫,获得刺参化皮体壁组织,并以未攻毒组的健康体壁组织为对照,对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序(WGBS)和转录组高通量测序,解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异,筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因。同时,通过基因组甲基化和转录组联合分析,筛选负相关关联基因,为解析刺参响应灿烂弧菌(Vibrio splendidus)侵染的分子机理提供基础数据。结果显示,刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为(3.59±0.04)%和(3.87±0.27)%,侵染组甲基化水平显著升高;在发生甲基化的位点中,攻毒组和对照组的mCpG占比分别为83.06%和81.91%,mCpG为最主要的甲基化形式。本研究共筛选出差异甲基化区域(DMRs) 626 677个,注释到23 706个功能基因。转录组测序共检测到29 290个基因,筛选到差异表达基因496个,其中,上调基因214个,下调基因282个。在基因组甲基化与转录组的关联分析中,筛选到180个负相关关联基因,其中,差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个。对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析,筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD等关键基因。本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供数据,也为刺参抗病性状选育提供科学参考。 相似文献
3.
本研究分别以普通刺参(Apostichopus japonicus)和白刺参基因组DNA为实验材料,应用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术对刺参体壁、呼吸树和消化道3个组织的DNA甲基化水平和甲基化模式进行了研究,初步探讨了DNA甲基化对刺参组织间基因特异性表达的影响.结果显示,筛选得到的9对引物组合能够在普通刺参和白刺参两个群体中得到稳定扩增,在两群体刺参中分别检测到5932和5208个位点,均以未甲基化位点为主,普通刺参和白刺参未甲基化位点数分别为4317和3944,分别占总扩增条带数的72.78％和75.73％.普通刺参体壁的甲基化水平为31.07％,呼吸树为23.36％,消化道为26.34％;白刺参中体壁的甲基化水平为29.88％,呼吸树为23.25％,消化道为19.45％,由此可见,体壁的甲基化率在两群体中是最高的.普通刺参和白刺参同一组织间的甲基化水平和甲基化模式不同,同一群体体壁、呼吸树和消化道不同组织间的甲基化水平和模式也不同.甲基化在普通刺参和白刺参组织分化和发育过程中可能发挥着十分重要的作用.在检测的3个组织中,CCGG序列的全甲基化位点较半甲基化位点多. 相似文献
4.
为探讨急性温度胁迫对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)基因组 DNA 甲基化水平的影响,本研究从表观遗传学角度,运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术比较分析了升温海水(17℃和24℃)急性胁迫虾夷扇贝(原暂养于9℃的海水中)9 h 和24 h 后基因组 DNA 甲基化的变化情况。结果显示,9对引物在各组的总扩增位点数为314–337,总甲基化位点为79–94,所占比例为23.45%–28.51%;所有处理组基因组 DNA 总甲基化率低于对照组,急性升温胁迫使虾夷扇贝基因组 DNA 发生去甲基化,而且去甲基化程度随胁迫温差增大和胁迫时间增长而增强,说明急性升温胁迫能够改变 DNA 甲基化水平和模式。本研究为进行虾夷扇贝抗逆基因的筛查提供了新思路和研究基础,丰富了表观遗传学在扇贝中的研究资料。 相似文献
5.
《渔业科学进展》2016,(5)
为探讨急性温度胁迫对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)基因组DNA甲基化水平的影响,本研究从表观遗传学角度,运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术比较分析了升温海水(17℃和24℃)急性胁迫虾夷扇贝(原暂养于9℃的海水中)9 h和24 h后基因组DNA甲基化的变化情况。结果显示,9对引物在各组的总扩增位点数为314–337,总甲基化位点为79–94,所占比例为23.45%–28.51%;所有处理组基因组DNA总甲基化率低于对照组,急性升温胁迫使虾夷扇贝基因组DNA发生去甲基化,而且去甲基化程度随胁迫温差增大和胁迫时间增长而增强,说明急性升温胁迫能够改变DNA甲基化水平和模式。本研究为进行虾夷扇贝抗逆基因的筛查提供了新思路和研究基础,丰富了表观遗传学在扇贝中的研究资料。 相似文献
6.
为探讨干露胁迫对海产贝类基因组DNA甲基化的影响,应用荧光标记甲基化敏感扩增多态性(fluorescencelabeled methylation sensitive amplified polymorphism,F-MSAP)技术,比较了不同干露条件下(0 d、0.5 d、1 d、3 d、5 d、7 d、9 d和11 d)长牡蛎(Crassostrea gigas)基因组DNA甲基化的变化。结果表明,对照组(干露处理0 d)闭壳肌与鳃组织的总体甲基化水平分别为29.76%和29.82%;干露处理0.5 d、1 d、3 d、5 d、7 d、9 d和11 d的长牡蛎全基因组甲基化水平呈现先增高后降低的趋势,其中,闭壳肌组织的总体甲基化水平分别为36.59%、38.86%、43.02%、39.30%、51.13%、46.79%和35.06%,鳃组织总体甲基化水平分别为39.39%、42.13%、39.36%、43.54%、56.19%、38.57%和28.99%;干露处理7 d的长牡蛎甲基化水平明显高于其他时期(P0.05),11 d时甲基化水平基本恢复至初始状态。甲基化变异模式分析发现,闭壳肌与鳃组织DNA甲基化变异位点存在差异,甲基化升高位点变化程度较大(P0.05)。以上结果表明,长牡蛎通过改变DNA甲基化模式来应答干露胁迫,发生了不同程度的甲基化与去甲基化反应,DNA甲基化与长牡蛎的抗逆性状密切相关。 相似文献
7.
研究了不同温度(4、8、12、16、20、24℃和温度突变)下干露对刺参体壁非特异性免疫的影响。结果表明,在温度20和24℃条件下干露24h后,刺参全部死亡,其余处理组刺参成活率为100%。刺参体壁水解酶类和抗氧化指标对于不同温度下干露胁迫具有不同的响应:(1)在本研究的温度范围内,刺参体壁酸性磷酸酶(ACP)、碱性磷酸酶(AKP)活性总体随温度升高而增高,随干露时间的延长而逐渐下降;(2)刺参体壁中超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)和总抗氧化(T-AOC)活性等抗氧化指标呈现随温度的升高先增强,再逐渐下降的趋势,以16℃为最高。对于干露胁迫时间的响应,抗氧化酶活性等则在低温时(4~16℃)呈现先升高,然后逐渐下降的趋势,在高温(20和24℃)干露胁迫下,则呈现持续下降的趋势。(3)而模拟干法运输的刺参非特异性免疫指标的响应,总体上与12~16℃下干露胁迫相当,而且4~24h之内,其AKP、SOD活性和T-AOC和MDA数值基本保持稳定。本研究结果表明,刺参干法运输中保持适当的低温可有效降低刺参的胁迫反应,提高刺参运输的成活率。 相似文献
8.
利用重亚硫酸盐测序法,对适于三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)线粒体基因组甲基化分析的BSP(Bisulfite sequencing PCR)引物进行了筛选,在设计的21对引物中,获得了12对BSP引物。利用这12对引物分析了三疣梭子蟹海州湾群体(江苏连云港)和莱州湾群体(山东东营)线粒体基因组本底甲基化水平,结果表明:海州湾群体不存在甲基化现象,莱州湾群体发现了2个个体在ND2基因(NADH脱氢酶亚基2)位点存在甲基化现象;在存在甲基化的个体中,甲基化类型主要为CHG和CHH类型,还有少量Cp G类型。该研究结果说明,莱州湾群体和海州湾群体线粒体基因组本底水平上的甲基化特征存在一定差异,相关研究值得进一步深入探讨。 相似文献
9.
为探讨温度胁迫对刺参基因表达的影响,从已构建的刺参耐寒基因筛选cDNA文库中选取差异基因主要卵黄蛋白(major yolk protein,MYP):MYP1和MYP2,利用实时荧光定量PCR研究了其在刺参胚胎发生和个体发育9个阶段(受精卵、囊胚期、原肠期、小耳状幼体、中耳幼体、大耳幼体、樽形幼体、五触手幼体和稚参)、成体7种组织(呼吸树、体腔液、肠、纵肌、体壁、雄性性腺和雌性性腺)、长时温度胁迫(20℃、4℃,30 d)和低温短时胁迫(7℃、4℃、1℃、-2℃,12 h)成体肠组织中的表达量。结果发现,MYP1和MYP2表达模式基本相同:(1)在胚胎发育阶段樽形幼体时期开始表达,随后的阶段持续表达,到稚参阶段表达量最高;(2)在7种组织中,肠中的表达量最高,在体腔液中基本不表达,其余组织中均有表达;(3)在长时(30 d)温度胁迫下,肠组织中MYP表达量由高到低依次为4℃、12℃、20℃,且在4℃的表达量为20℃的6倍左右;(4)在低温短时胁迫(1℃、-2℃,12 h)条件下,肠组织中MYP表达量受到显著抑制,约为常温条件下的一半。研究表明,MYP在刺参胚胎发育的樽形幼体阶段开始合成,成体合成部位主要为肠,水温过低会抑制其表达。 相似文献
10.
为探讨盐碱水环境对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)基因组DNA甲基化的影响,本研究利用MethylRAD-Seq技术探究了长期盐碱水养殖组(SAS)和正常海水养殖对照组(SW)脊尾白虾鳃组织中的DNA甲基化水平,并对关键通路和基因进行了差异表达分析。结果显示,脊尾白虾鳃组织基因组中CG和CWG位点(W=A或T)分别检测到2 347 003和416 176处甲基化,甲基化普遍存在于基因组的基因间区和内含子区域,共筛选到8805个(8189个CG-DMSs和616个CWG-DMSs)差异甲基化位点,盐碱水环境下DNA甲基化水平略有增强。通过KEGG富集分析发现,DMS所在差异表达基因显著富集在HIF-1信号通路和剪接体通路,通路中hif-p、hk和sf3b1等关键基因在脊尾白虾盐碱水环境适应中可能发挥着重要作用;对SW和SAS组差异甲基化基因(DMG)进行筛选,得到158个CG-DMGs和94个CWG-DMGs,其中,富集到脂质代谢和囊泡介导的转运通路中的DMG最多;此外,有一些DNA甲基化位点与基因表达呈负相关,表明DNA甲基化与基因调控之间存在复杂的联系,大部分基因组DNA甲基化对基因表达有正调控效应。本研究结果首次分析了在盐碱水环境下脊尾白虾鳃组织的DNA甲基化水平特征,为解析甲壳类盐碱水环境适应机制提供了基础信息。 相似文献
11.
本文介绍了DNA芯片技术的基本过程,主要包括DNA芯片的制备、样品的制备及与探针的杂交、杂交结果的检测与读出。还介绍了其应用前景及目前存在的一些问题。 相似文献
12.
鲉形目鱼类DNA条形码分析及鲉科DNA条形码电子芯片建立 总被引：1，自引：1，他引：0
为建立鲉形目内各物种的快速鉴别方法,本研究扩增了我国47个鲉形目物种并下载了Gen Bank上收录的鲉形目共计23科85属233种873条细胞色素C氧化酶I基因(COI)序列,分析该基因结构特性。结果表明,鲉形目DNA条形码基因的碱基变异中,不变位点508个,占总位点数的82.1%;转换位点70个,颠换位点41个,分别占总位点数的11.3%和6.6%;种内遗传距离为0~0.019,平均遗传距离为0.003?0.0034;属内种间遗传距离为0.003~0.258,平均值为0.086?0.038;基于233个物种的COI序列构建的系统进化树显示,227个物种(97.4%)能聚为独立分支,且具有较高支持度。在此基础上以鲉科11属39种鱼类的DNA条形码为例,筛选出25个种的37个特异性探针,以此探针对鲉科鱼类进行物种快速鉴定成功率为64.1%,研究结果表明DNA条形码芯片用于鲉科的鉴定具有一定的可行性。 相似文献
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9种鱼类非放射性DNA指纹图谱 总被引：7，自引：0，他引：7
用ＤＩＧ标记Ｊｅｆｆｒｅｙｓ人源小卫星３３．６和３３．１５为探针,与青鱼、草于、鲢、鳙、鲤、团头鲂、鳜鱼、尼罗罗非鱼,奥利亚罗非鱼基团组ＤＮＡ进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交,获得多态性丰富的个体特异性ＤＮＡ指纹图谱,建立了９种鱼类的非放射性ＤＮＡ指纹图谱。用ＤＩＧ标记小卫星探针制作鱼类ＤＮＡ指纹图谱安全可靠,克服了用放射性元素标记探针制作鱼类ＤＮＡ指纹图谱的限制和不足,拓宽了鱼类ＤＮＡ方图谱的应用范围９ 相似文献
14.
线粒体DNA作为分子标记已广泛应用于各个研究领域,并取得了许多有价值的成果。文章综述了动物线粒体DNA的结构特征、遗传特征及线粒体DNA多态性的研究方法,并概述了家猪线粒体DNA(mtDNA)的一些特点,着重讨论了家猪mtDNA多态性的最新研究领域成果,详细地论述了mtDNA多态性在家猪的起源、进化、分类以及群体遗传结构分析等方面的应用,旨在为今后开展家猪的繁殖、育种工作提供一些有益的帮助。 相似文献
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16.
Genetic differences between a collection of aeromonads were studied in two laboratories by analysis of randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). A single randomly designed primer, generated reproducible profiles of genomic DNA in both laboratories for Aeromonas salmonicida subspecies salmonicida, although the profiles differed between laboratories. Analysis of atypical strains of A. salmonicida and isolates of the A. hydrophila group produced scattered profiles in both laboratories. The uniform fingerprints produced for A. salmonicida subspecies salmonicida indicate genomic homogeneity. The scattered RAPD profiles of the motile aeromonads demonstrate the genomic diversity of this group. A group of unspeciated motile aeromonads gave uniform fingerprints, suggesting the possibility of a genomically homogeneous species. Although the RAPD technique is susceptible to the effects of minor technical variations, this study has demonstrated that where there is DNA similarity, it can be recognized, and where there is diversity, differentiation can be made. RAPD promises to be useful in epidemiological studies for rapid identification of bacteria where a source of reference DNA is available and may be useful in preliminary investigations of relatedness within groups. 相似文献
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ABSTRACT: The DNA content of whole fish from 31 different North Atlantic fish species was determined. Sample preparation was performed on board the fishery research vessel 'Walter Herwig III' directly after catch and sorting. Up to three homogenates were prepared of each 10 specimens per species by mincing the whole fish. The homogenates were heated to destroy nuclease activity, and then stored at frozen temperature until being analyzed in the laboratory. Measurement of DNA content was carried out using the DNA specific fluorescent dye Hoechst 33258 (Serva Biochemica, Heidelberg, Germany). Matrix effects as light scattering and quenching could be estimated by use of standard addition of calf thymus DNA. DNA contents were referred to dry weight of sample material, and ranged from 570 µg to 3500 µg/g dry weight of homogenate. The coefficient of variation did not exceed 25% of mean for one species; coefficient of variation for all investigated species did not exceed 30% of mean, which was 1020 µg/g dry weight. 相似文献
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利用20个高GC含量的8bp的随机引物开展野生鲮鱼(Cirrhina molitorella)DNA扩增指纹的研究，以建立鲮鱼13NA扩增指纹(DAF)技术，包括引物设计，PCR反应条件的设置。结果显示，13AF引物浓度相对较高，最佳引物浓度为3．5μmol/L。DAF引物pn-16(GCGACCTG)扩增表明，DAF有好的重复性，引物pn-16扩增特征性谱带可用于鉴定鲮鱼。DAF扩增产物可揭示鲮DNA的多态性。同时建立了DNA尿素-聚丙烯酰胺凝胶银染快速检测技术和最佳银染参数，银染检测大约需要1h，建立包括固定、漂洗、染色、显色、停显色的银染程序和尿素-聚丙烯酰胺凝胶湿法与干法的保存方法。 相似文献
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环境DNA分析技术—一种水生生物调查新方法 总被引：2，自引：0，他引：2
掌握珍稀濒危和外来入侵物种的分布状况对于物种保护和管理十分重要。环境DNA(Environmental DNA)分析通过收集、分离和分析环境样品中的DNA来检测物种是否存在,是一种低耗、高效、高灵敏度的无损伤性物种监测新技术(e DNA)。本文综述了环境DNA技术的发展、分析方案、优势及存在的问题,主要综述了该方法在外来入侵物种足迹追踪、濒危珍稀水生生物资源调查和物种多样性分析中的研究现状,并对环境DNA分析技术在生物多样性保护研究中的应用前景进行了展望。 相似文献
20.
鳙小卫星DNA的克隆 总被引：6，自引：2，他引：4
鳙基因组ＤＮＡ 经内切酶Ｓａｕ３ＡⅠ完全酶切后，与Ｂａｍ ＨⅠ－ ｐＵＣ１８ 质粒连接，转化ＤＨ５α后，获得９３３ 个重组体。用人源小卫星探针３３ ．１５ 对重组体进行原位杂交筛选，获得１４ 个阳性克隆，取其中的１ 个阳性克隆（ 即小卫星ｐＢＣ１７４） 作探针，与５ 尾鳙和４ 尾鲢基因组ＤＮＡ 杂交，能产生具有高度变异性的、个体特异性的ＤＮＡ 指纹图，表明克隆的鳙小卫星ｐＢＣ１７４ 可用于鱼类ＤＮＡ 指纹分析。 相似文献