共查询到17条相似文献，搜索用时 328 毫秒
1.
莫荷罗非鱼“广福1号”与其亲本间DNA甲基化的差异分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了探讨罗非鱼杂种优势形成过程中基因组DNA甲基化模式的变化,运用甲基化敏感扩增多态技术(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分析橙色莫桑比克罗非鱼、荷那龙罗非鱼及其杂交种莫荷罗非鱼"广福1号"的皮肤、肌肉和鳃等11种组织的DNA甲基化水平差异。采用16对引物进行选择性扩增,经聚丙烯酰胺凝胶电泳带型分析结果显示:莫荷罗非鱼"广福1号"及其亲本在不同组织间的甲基化水平存在组织特异性,相同组织不同亲、子代罗非鱼间的甲基化程度亦不同;橙色莫桑比克罗非鱼、荷那龙罗非鱼以及"广福1号"各组织平均总甲基化水平分别为32.21%、38.03%和29.77%,莫荷罗非鱼"广福1号"的甲基化水平低于双亲;与亲本相比,莫荷罗非鱼"广福1号"的甲基化模式除了大多数保持稳定遗传(A、B、C类型分别为19.67%、29.99%、25.42%)之外,24.92%胞嘧啶位点发生去甲基化和超甲基化,且去甲基化位点(E类型,15.73%)多于超甲基化位点(D类型,9.19%)。研究表明,莫荷罗非鱼"广福1号"基因组DNA的低甲基化特征和甲基化模式的重调可能与耐盐杂种优势有关。 相似文献
2.
低温对罗非鱼基因组DNA甲基化的影响 总被引：4，自引：4，他引：4
以经过连续多代抗寒选育获得的尼罗罗非鱼耐寒品系为实验材料,采用DNA甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分析方法从全基因组水平上探讨了低温适应对罗非鱼DNA序列中CCGG位点的甲基化水平的影响。结果显示,选用的18对选择性扩增引物共检测到849个位点。耐寒品系检测到的位点数为411个,对照组为438个,其中发生甲基化的位点数分别为72和104个,总甲基化率分别为17.52%和23.74%;全甲基化位点分别为37个和65个,全甲基化率分别为9.00%和14.84%;半甲基化位点分别为35个和39个,半甲基化率分别为8.52%和8.90%。结果分析表明,尼罗罗非鱼耐寒品系的总甲基化水平、全甲基化水平和半甲基化水平较对照组均有一定程度的下降。与对照组相比,尼罗罗非鱼耐寒品系基因组DNA甲基化总体水平下降了6.22%,其中以全甲基化位点变异为主,其下降幅度比例明显,为5.84%。由此可见,经过连续多代的低温胁迫可导致尼罗罗非鱼DNA甲基化水平发生改变,发生了去甲基化反应,表现为基因组甲基化程度降低的特征,说明了DNA甲基化与罗非鱼抗寒性反应密切相关。 相似文献
3.
栉孔扇贝、虾夷扇贝及其杂交子代的MSAP分析 总被引：5，自引：1，他引：4
运用甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术对栉孔扇贝(♀)、虾夷扇贝(♂)及其杂交子一代、子二代基因组DNA胞嘧啶甲基化水平进行了研究,并分析了DNA甲基化与各性状的相关性及其与杂种优势的关系。结果表明,(1)DNA甲基化率与壳宽、总重等表型值呈正相关的关系,而与壳长、壳高、软体重和闭壳肌重4个性状表型值呈负相关的关系,其中闭壳肌重与甲基化率的相关性达到极显著水平(P<0.01);(2)虾夷扇贝、栉孔扇贝、F1代、F2代的总甲基化率分别为32.79%、24.13%、19.98%、20.18%,杂交种F1代的甲基化水平低于双亲,是两种扇贝杂交的结果;F1代的甲基化模式经过了重新调整,其变化相对其亲本主要有4种类型:甲基化水平相同、去甲基化、超甲基化、次甲基化,且去甲基化位点多于超甲基化位点。结果证实杂种优势的产生与杂交种F1代基因组DNA甲基化模式的改变和重新调整有关,丰富了杂种优势机理研究内容。 相似文献
4.
为探讨急性温度胁迫对虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)基因组 DNA 甲基化水平的影响,本研究从表观遗传学角度,运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术比较分析了升温海水(17℃和24℃)急性胁迫虾夷扇贝(原暂养于9℃的海水中)9 h 和24 h 后基因组 DNA 甲基化的变化情况。结果显示,9对引物在各组的总扩增位点数为314–337,总甲基化位点为79–94,所占比例为23.45%–28.51%;所有处理组基因组 DNA 总甲基化率低于对照组,急性升温胁迫使虾夷扇贝基因组 DNA 发生去甲基化,而且去甲基化程度随胁迫温差增大和胁迫时间增长而增强,说明急性升温胁迫能够改变 DNA 甲基化水平和模式。本研究为进行虾夷扇贝抗逆基因的筛查提供了新思路和研究基础,丰富了表观遗传学在扇贝中的研究资料。 相似文献
5.
本研究为了探讨刺参(Apostichopus japonicus)在不同温度胁迫下的DNA甲基化水平与甲基化模式变化,利用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)和酶联免疫吸附法(ELISA)对刺参在3个温度下(20℃、26℃和32℃)的纵肌、呼吸树、消化道和体壁4个组织进行分析。WGBS测序结果显示,在消化道组织中,20℃、26℃和32℃温度组全基因组总甲基化水平分别为(1.70±0.01)%、(1.79±0.11)%和(1.59±0.04)%,26℃组处于休眠状态,刺参消化道基因组甲基化水平升高,而32℃组高温胁迫下,甲基化水平下降;在总甲基化位点中,CG类型是主要的甲基化修饰(96%以上),CHH和CHG位点占比较低;30%甲基化水平的甲基化位点中,CHG和CHH为本类型甲基化的最高点,且显著高于CG类型。ELISA检测结果显示,3种不同温度下,刺参呼吸树和消化道组织的甲基化水平范围为2.68%~3.29%,均高于纵肌和体壁组织;温度变化后,刺参呼吸树和消化道组织的总甲基化水平均有显著变化,而纵肌和体壁的总甲基化水平基本不变,表明DNA甲基化可能参与刺参的高温胁迫调控机制。刺参应对温度变化过程中DNA甲基化水平的研究,从表观遗传学视角解析温度升高对刺参不同组织的影响,可为丰富刺参甲基化研究内容和无脊椎动物的甲基化发生规律提供参考。 相似文献
6.
低温压力会导致鱼类生理功能失调、机体损伤甚至死亡,鱼类会产生各种适应性变化来应对低温压力,其中涉及的表观遗传学机制越来越受到重视。为了探讨鱼类低温应激压力下的表观遗传学调控机制,本研究对斑马鱼(Daniorerio)胚胎成纤维细胞ZF4进行短期低温胁迫(18℃处理3d、5d和10℃处理3d、5d)和长期低温胁迫(18℃处理30 d),然后用具有不同甲基化敏感性的同裂酶HpaⅡ和MspⅠ对细胞基因组DNA进行酶切以监测细胞基因组DNA甲基化水平变化。结果显示短期低温胁迫下ZF4细胞生长受到抑制甚至死亡,而经过长期低温胁迫的ZF4细胞对低温压力产生了一定适应性。并且低温胁迫下DNA甲基化水平呈现动态变化,短期低温培养细胞的基因组DNA甲基化水平明显增高,但是长期低温培养细胞的DNA甲基化水平反而下降。此外,研究发现抗氧化剂N-乙酰半胱氨酸(N-acetylcysteine,NAC)或者共济失调–毛细血管扩张突变蛋白(ataxia telangiectasia mutated,ATM)抑制剂KU-55933可以抑制18℃5 d低温处理后的ZF4细胞DNA甲基化水平的增高,说明活性氧(reactive oxygen species,ROS)的产生和ATM的激活介导了DNA甲基化水平的增高。本研究结果显示,短期低温刺激下ZF4细胞ROS的产生导致DNA损伤,激活DNA损伤修复机制,进而导致基因组DNA甲基化水平上升,该研究为后期斑马鱼低温胁迫分子机制的研究奠定基础。 相似文献
7.
为探讨盐碱水环境对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)基因组DNA甲基化的影响,本研究利用MethylRAD-Seq技术探究了长期盐碱水养殖组(SAS)和正常海水养殖对照组(SW)脊尾白虾鳃组织中的DNA甲基化水平,并对关键通路和基因进行了差异表达分析。结果显示,脊尾白虾鳃组织基因组中CG和CWG位点(W=A或T)分别检测到2 347 003和416 176处甲基化,甲基化普遍存在于基因组的基因间区和内含子区域,共筛选到8805个(8189个CG-DMSs和616个CWG-DMSs)差异甲基化位点,盐碱水环境下DNA甲基化水平略有增强。通过KEGG富集分析发现,DMS所在差异表达基因显著富集在HIF-1信号通路和剪接体通路,通路中hif-p、hk和sf3b1等关键基因在脊尾白虾盐碱水环境适应中可能发挥着重要作用;对SW和SAS组差异甲基化基因(DMG)进行筛选,得到158个CG-DMGs和94个CWG-DMGs,其中,富集到脂质代谢和囊泡介导的转运通路中的DMG最多;此外,有一些DNA甲基化位点与基因表达呈负相关,表明DNA甲基化与基因调控之间存在复杂的联系,大部分基因组DNA甲基化对基因表达有正调控效应。本研究结果首次分析了在盐碱水环境下脊尾白虾鳃组织的DNA甲基化水平特征,为解析甲壳类盐碱水环境适应机制提供了基础信息。 相似文献
8.
野生和“黄海1号”中国明对虾不同组织基因组DNA的MSAP分析 总被引：4，自引：2，他引：2
为了从表观遗传学角度讨论中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体和人工选育新品种“黄海1号”不同组织间甲基化水平和多态性差异,应用甲基化敏感扩增多态性(mehylation sensitive amplified polymorphism, MSAP)分别对野生群体组中国明对虾和“黄海1号”肌肉、鳃、血液3种组织样品基因组DNA的CCGG甲基化水平进行对比分析,试图从表观遗传学角度探讨影响中国明对虾生长性状的分子机制.采用30对引物进行选择性扩增,经聚丙烯酰胺凝胶电泳(Polyacrylamide Gel Electrophoresis, PAGE)带型结果显示,野生群体组中国明对虾肌肉、鳃和血液的甲基化比例分别为23.1%,22.3%和19.7%;而“黄海1号”肌肉、鳃和血液的甲基化比例分别为21.4%、19.6%和18.9%.野生群体组中国明对虾和“黄海1号”同一组织间的甲基化水平和甲基化多态性水平不同,肌肉、鳃和血液不同组织间的甲基化水平和甲基化多态性水平亦不同.DNA 甲基化多态性带型分析显示,鳃组织的甲基化水平和多态性水平在野生群体组中国明对虾和“黄海1号”间变化趋势最大,肌肉最稳定.本研究旨为甲基化修饰与中国明对虾生长性状间的相关性研究提供依据. 相似文献
9.
为探讨病原菌胁迫下刺参(Apostichopus japonicus)基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异,本研究采用人工攻毒侵染胁迫,获得刺参化皮体壁组织,并以未攻毒组的健康体壁组织为对照,对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序(WGBS)和转录组高通量测序,解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异,筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因。同时,通过基因组甲基化和转录组联合分析,筛选负相关关联基因,为解析刺参响应灿烂弧菌(Vibrio splendidus)侵染的分子机理提供基础数据。结果显示,刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为(3.59±0.04)%和(3.87±0.27)%,侵染组甲基化水平显著升高;在发生甲基化的位点中,攻毒组和对照组的mCpG占比分别为83.06%和81.91%,mCpG为最主要的甲基化形式。本研究共筛选出差异甲基化区域(DMRs) 626 677个,注释到23 706个功能基因。转录组测序共检测到29 290个基因,筛选到差异表达基因496个,其中,上调基因214个,下调基因282个。在基因组甲基化与转录组的关联分析中,筛选到180个负相关关联基因,其中,差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个。对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析,筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD等关键基因。本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供数据,也为刺参抗病性状选育提供科学参考。 相似文献
10.
为探讨石斑鱼杂种优势形成过程中基因组DNA甲基化水平的变化,本研究采用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism, MSAP)技术检测云纹石斑鱼(Epinephelus moara)、鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)及云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F1 3个群体的基因组DNA甲基化水平,分析杂交F1与亲本基因组DNA甲基化水平的差异。结果显示,云纹石斑鱼和鞍带石斑鱼的基因组DNA属于甲基化程度较高的类群;云纹石斑鱼、鞍带石斑鱼及其杂交F1的DNA总甲基化率分别为60.62%、59.38%和55.78%,DNA全甲基化率分别为31.37%、30.67%和29.27%,DNA半甲基化率分别为29.25%、28.71%和26.51%;杂交F1的DNA总甲基化率、全甲基化率和半甲基化率均低于双亲,并存在极显著差异(P<0.01),3个群体的全甲基化率均大于半甲基化率。研究表明,云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F1 DNA甲基化水平与杂种优势呈负相关,杂交F1 DNA甲基化水平的降低可能是形成快速生长等杂种优势的原因之一。 相似文献
11.
太平洋牡蛎不同组织DNA甲基化的F-MSAP分析 总被引：3，自引：2，他引：1
采用荧光标记的甲基化敏感性扩增多态性(F-MSAP)技术对太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)的6个组织进行全基因组CCGG位点甲基化水平的检测。结果表明: 鳃、闭壳肌、外套膜、唇瓣、性腺、消化盲囊6个组织的甲基化水平分别为: 31.77%、36.41%、32.00%、36.47%、32.77%和37.92%。甲基化模式分为全甲基化和半甲基化, 在太平洋牡蛎中, 全甲基化模式与总体甲基化水平一致, 消化盲囊、唇瓣、闭壳肌组织的甲基化水平较高, 而鳃、外套膜、性腺组织的甲基化程度较低; 半甲基化位点显著少于全甲基化位点, 并且不同组织间的半甲基化位点不存在显著性差异, 而从全甲基化位点及总甲基化水平分析, 不同组织之间甲基化水平差异显著。太平洋牡蛎中存在组织特异性甲基化片段和非组织特异性甲基化片段, 但却只在一个或部分个体中出现, 没有发现在所有研究个体中都存在的甲基化差异片段, 这可能与牡蛎较高的杂合度相关。对实验样品进行的荧光标记的扩增片段长度多态性(F-AFLP)分析发现, 样品间的确存在较大的遗传差异, 基于以上结果可以推测基因组甲基化水平可能与个体遗传背景相关联。
相似文献12.
为明确经济养殖贝类捕后早期干露耐受性,选取活力良好的菲律宾蛤仔、长牡蛎和虾夷扇贝在4 ℃条件下进行8 d的无水贮藏,以闭壳肌pH、糖原、腺苷三磷酸(ATP)关联化合物、磷酸精氨酸的含量和奥品脱氢酶活性为指标,研究3种贝类的品质变化规律。试验结果表明,无水贮藏期间,菲律宾蛤仔pH无明显变化( P <0.05),而长牡蛎和虾夷扇贝pH分别由7.23和7.39降至6.88和6.80。3种贝的糖原含量均呈下降趋势。ATP在菲律宾蛤仔和长牡蛎初始含量仅为0.41、0.42 μmol/g,且贮藏过程无显著变化( P <0.05);在虾夷扇贝的初始含量为4.05 μmol/g,且随着贮藏时间延长急剧下降。虾夷扇贝和菲律宾蛤仔闭壳肌中章鱼碱脱氢酶活性最大,且随贮藏时间呈增加趋势。长牡蛎中alanopine脱氢酶和strombine脱氢酶起主要作用。结合主成分分析推定,长牡蛎、菲律宾蛤仔、虾夷扇贝对干露耐受时间分别是8、4、2 d。试验结果表明,在活贝捕后流通过程中应结合干露耐受性差异建立品种针对性的管理措施。 相似文献
13.
Masaya TAKAGI Takeshi KIKKO Masatomi HOSOI Isao HAYASHI Haruhiko TOYOHARA 《Fisheries Science》2004,70(4):682-687
ABSTRACT: We have cloned a cDNA encoding the matrix metalloproteinase (MMP) from oyster Crassostrea gigas . The clone contains a 1797 bp open reading frame encoding a protein of 599 amino acids. Oyster MMP (Cg-MMP) has a transmembrane domain at its C-terminal and a furin/prohormone convertase cleavage site at the end of a propeptide domain, which are commonly observed in membrane-type MMPs (MT-MMPs). This suggests that Cg-MMP is an MT-MMP. The deduced amino acid sequence of oyster MMP shares approximately 30% identity with human MT4-MMP and MMPs from fruit fly and hydra. Cg-MMP mRNA was detected in the gill, mantle and adductor muscle, and more intense signals in the northern blot analysis were recognized in the gill and adductor muscle. Similar tissue distribution was observed for tissue inhibitor of metalloproteinase (Cg-TIMP) in oyster. In response to hypoxic stress, the abundance of Cg-MMP mRNA was elevated in the gill, while that of Cg-TIMP mRNA remained almost constant. These findings suggest that promotion of collagen metabolism may be implicated in the hypoxic adaptation in oyster. 相似文献
14.
The Pacific oyster Crassostrea gigas is a sessile bivalve that inhabits the intertidal zone and therefore frequently exposed to air during the tidal cycle. It
is highly adaptive to hypoxic conditions. We have studied the physiological state of oysters during long-term exposure to
air. The oysters became hypoxic when exposed to air or hypoxic seawater. The 50% lethal time of oysters exposed to air at
4, 15 and 20°C was 47.8, 15.9 and 12.2 days, respectively. The hemolymph pH decreased by day 3; however, it showed a slight
increase by day 5 at both 4 and 20°C. The adenylate energy charge (AEC) values decreased rapidly on the first day of air exposure
in the adductor muscle, mantle, gill and body trunk, and these decreases were accompanied by decreases in ATP concentrations
and increases in AMP concentrations. The AEC values in all of the tissues had fallen to below 30% by day 50 of air exposure
at 4°C. These data suggest that the energy state of oysters deteriorates rapidly with air exposure. Consequently, AEC values
may be useful indices of the physiological state of the oyster during long-term exposure to air. 相似文献
15.
为了解长牡蛎MITF基因的表达及其与壳色的关联,验证了长牡蛎中的4个MITF基因,对长牡蛎MITF氨基酸序列进行了序列分析和多序列比对,分析了长牡蛎幼体发育各时期的转录组,采用荧光定量PCR的方法研究长牡蛎各组织及黑壳、白壳牡蛎特定部位mRNA表达情况。4个MITF基因中有3个基因可能为假基因,有表达的长牡蛎MITF基因共编码448个氨基酸,为亲水性不稳定蛋白,含有N端结构域(MITFTFEBC3N superfamily)和高度保守的功能性结构域HLH结构域。转录组分析发现MITF在长牡蛎个体发育的各个时期均有表达,在稚贝期达到最高。组织表达结果显示MITF在外套膜中的表达水平显著高于其他组织。MITF在黑壳牡蛎闭壳肌中的表达量显著低于白壳牡蛎,而在黑壳牡蛎外套膜中的表达量高于白壳牡蛎,但不显著。在黑壳、白壳牡蛎外套膜边缘的表达量都显著高于内侧。研究表明,长牡蛎MITF基因可能在牡蛎壳形成早期就参与了黑色素的生成调控和个体的生长发育,可调控牡蛎酪氨酸酶Tyr2基因,参与外套膜和贝壳中黑色素的形成。本研究为进一步研究牡蛎壳色形成机制奠定了基础。 相似文献
16.
17.
A herpes-like virus infecting Crassostrea gigas and Ruditapes philippinarum larvae in France 总被引：2，自引：0，他引：2
Concomitant sporadic high mortalities were reported in June 1997 among batches of larval Pacific oyster, Crassostrea gigas, and Manila clam, Ruditapes philippinarum , in a French commercial hatchery. Histological observation showed the presence of cellular abnormalities in affected animals. Electron transmission microscopy revealed the presence of herpes-like virus particles in infected larvae of both bivalve species. Viruses observed in C. gigas and R. philippinarum are closely related with respect to ultrastructure and morphogenesis. They were detected simultaneously in both bivalve species larvae indicating possible interspecific transmission. Moreover, PCR analysis using oyster herpes-like virus specific primers allowed amplification of fragments of expected sizes for both bivalve species and demonstrated the presence of viral DNA. The PCR products obtained for both bivalve species and digested by restriction enzymes displayed the same patterns. These data suggest that the same herpes-like virus may infect larval oysters and clams. 相似文献