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应用TRAP标记对一个鲤(Cyprinus carpio)改良品系72个个体进行扩增,采用其中25个多态性较好引物组合用于该群体遗传多样性分析.运用卡方检验分析25对引物在体质量差异显著的2组鱼中频率差异显著的位点,初步筛选出与体质量和体长性状相关的TRAP标记.将初步筛选的TRAP标记用于随机群体132个个体进行位点性状间的关联分析.结果表明,25个TRAP分子标记共扩增出353个位点,其中多态性位点230个,平均多态性比率65％,平均多态性信息含量为0.28,Nei's遗传多样性指数平均值为0.219,Shannon信息指数平均值为0.329,表明该群体遗传多样性较为丰富.在初步筛选出的3个TRAP位点(ghlTrap04-140、4rTrap04-308、igf4Ga5-135)中,4rTrap04-308与体质量、体长呈极显著相关(P<0.01).本研究利用TRA这一新型分子标记对1个鲤改良群体进行遗传分析,并寻找出1个可能与鲤体质量,体长性状相关的功能基因位点,旨在为鲤体质量、体长性状的QTL定位和分子标记辅助育种奠定基础. 相似文献
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靶位区域扩增多态性（target region amplification polymorphism,TRAP）是一种新型功能性分子标记,比较了L16（4^5）正交试验和单因素方法优化罗非鱼（Oreochromis spp．）TRAP反应体系。2种分析方法结果中dNTPs浓度、随机引物浓度、DNA浓度相同而镁离子（Mg2＋）浓度和TaqDNA聚合酶浓度不同,不同因素间存在一定的交互作用。正交设计方法比单因素法更简单、科学、合理。该试验获得罗非鱼15txLTRAP最优反应体系为DNA模板浓度为60ng、Mg2＋浓度为1．5mmol·L^-1、dNTPs浓度为0．3mmol·L^-1、TaqDNA聚合酶0．5U、随机引物浓度为7pmol·L^-1和固定引物浓度为10pmol·L^-1。该反应体系在4个罗非鱼群体中验证,表现出良好的稳定性和重复性,该反应体系的建立为TRAP标记应用于罗非鱼遗传多样性评价、种质鉴定、分子标记辅助育种等研究提供了新的手段。 相似文献
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3个不同地理群体真鲷遗传变异的RAPD分析 总被引：6，自引：1，他引：6
随机扩增多态DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)是建立在PCR技术基础上的检测DNA序列多态性和建立分子遗传标记的技术,Williams等[1]首次运用随机引物扩增寻找多态DNA片段作为分子遗传标记.Welsh等[2]也发现以寡核苷酸作为引物对基因组DNA进行扩增,产物的图谱表现出高度的变异性.因其具有操作简单、能够快速高效地提供许多个体或基因型许多位点的DNA序列多态性数据等优点,在生物的遗传多样性、群体遗传学、分类学及农牧业的遗传育种等研究中得到了广泛的应用. 相似文献
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湖鲟微卫星引物在三种鲟鱼及杂交子代的通用性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
利用12对湖鲟(Acipenser fulvescens Rafinesque)微卫星引物对小体鲟(Acipenser ruthenus Linnaeus)、施氏鲟(Acipenser schrenckii Brandt)、西伯利亚鲟(Acipenserbaeri Brandt)及三种杂交鲟进行种间的通用性研究.结果表明:12对湖鲟微卫星引物在六种鲟鱼中有较高的通用性,有6对引物(50%)在6种鲟鱼中扩增出PCR产物,但仅有4对在6种鲟鱼中得到清晰可辨且有多态性的条带,可以直接用来分析几种鲟鱼的遗传多样性和进行杂交鲟的辅助育种工作.其中,位点LS-68在三种纯种鲟鱼中的等位基因大小范围上有明显差异,可作为三种纯种鲟鱼的分子标记位点;位点AfuG112在除施氏鲟外的其他鲟鱼中都得到特异扩增产物,可以用于检测施氏鲟群体的纯度(施氏鲟无带,怎么能用来检测纯度),人工辅助育种的品种选择;位点AfuG122仅在三种杂交鲟中得到清晰可辨的条带,可以作为区分杂交种与纯种的分子标记位点. 相似文献
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平胸龟遗传多样性的RAPD分析 总被引：3，自引：0，他引：3
应用RAPD技术对平胸龟(Platysternon megacephalum Gay)的遗传多样性进行了分析,用27个随机引物对福建寿宁平胸龟21个个体的基因组DNA进行了PCR扩增,共扩增出5187条DNA片段,平均每个个体扩增出247条带。在检测到的247条带中,多态性条带为141条,多态性条带百分比为55.97%(25.0%~88.89%),条带大小在100bp~2000bp之间,21个个体间遗传距离为0.0972~0.3198,平均遗传距离为0.1750±0.0387,表明平胸龟具有较高的遗传多样性水平。采用类平均聚类法(NJTREE)构建了21个个体相互关系的分子聚类图,表明该地区平胸龟并没有形成种群的分化。 相似文献
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本研究从NCBI的EST数据库中下载大叶藻EST序列共计10 659条,从中得到SSR位点共65个,SSR发生频率为1.7%,平均分布距离为21.7 kb。其中三核苷酸为优势重复类型,占49.2%,二核苷酸数量仅次于三核苷酸,占33.8%。基于65条含有SSR的EST序列,设计并合成了30对引物,其中26对引物的扩增产物单一,片段大小与预测的相近或较大。在由16个大叶藻个体组成的群体中,其中8对引物的扩增条带具有多态性。利用这8对引物对青岛汇泉湾大叶藻自然群体进行了遗传多样性分析,结果表明,8个SSR共检测出33个等位基因,平均每个SSR能检测出4.1个等位基因,多个遗传多样性参数表明,青岛汇泉湾大叶藻群体具有较高的遗传多样性（Ho=0.538 2;He=0.577 6;I=0.560 7）。本研究开发的EST-SSR标记,可进一步丰富大叶藻SSR标记信息,为大叶藻分子生态和群体遗传研究提供更多的标记选择。 相似文献
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条斑紫菜6个品系的SRAP分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为鉴别条斑紫菜不同品系的种质,使用相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)标记对条斑紫菜的5个选育品系和1个野生品系进行遗传分析,结果从35对引物组合中筛选出可扩增出稳定清晰条带的组合11对,共获得131个扩增位点,其中多态性位点125个,多态性比例高达95.42%。6个品系 间的遗传距离为0.364 3～0.867 9,平均为0.593 0。用UPGMA法进行聚类分析,结果将6个品系分为2个群,所反映的亲缘关系与各品系的来源基本一致,说明SRAP 标记技术可以成为条斑紫菜品系间遗传分析的有效工具。在131个多态性位点中,选择扩增出的4个位点构建了6个品系的指纹图谱。另外,通过ME1/EM6引物组合 扩增得到耐高温品系TM-18的特异性条带,经回收测序和重新设计引物,该条带在其丝状体和叶状体DNA中均能稳定地被扩增出来,可用于该品系的种质鉴别 。 相似文献
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磁珠富集法制备大口鲶的微卫星分子标记 总被引：10，自引：0，他引：10
通过磁珠富集的方法分离大口鲶（Silurus meriaionalis）的微卫星分子标记。将基因组DNA酶切，梯度离心收集400～900bp片段并纯化，连接Brown接头，用生物素标记的寡核苷酸（CA）15作探针与其杂交，杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上，然后将这些片段洗脱，PCR扩增，进行克隆构建“基因组文库”，再通过同位素标记的探针（CA）15进行2次杂交筛选，所得到的阳性克隆测序。从所获得593个阳性克隆中选取178个经测序，97．19％（173个）含有微卫星序列，90．60％重复数在10以上，75．98％为完美型。除探针中使用的CA重复单元外，还观察到Cr、GA、ATG的重复序列。设计获得120对微卫星引物，合成40对经PCR筛选，结果31对引物扩增出多态性条带。显示出，磁珠富集法是获得微卫星分子标记的一种有效的方法，可成为今后发展该标记的主要方法。同时，制备出的微卫星标记可为今后研究大口鲶的分子遗传育种提供有用的遗传标记。 相似文献
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三角帆蚌微卫星富集文库的构建、鉴定及多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
通过磁珠富集法构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)微卫星富集文库。共获得800个阳性克隆,其中的100个阳性克隆经测序分析,共获得微卫星序列54个。利用这些微卫星序列可设计33对引物,经过PCR扩增筛选获得了25对可用引物。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳,对洞庭湖1个种群的30只三角帆蚌进行扩增,发现13对引物呈现多态性,等位基因数在4～9。观测杂合度在0.2543～0.9827,期望杂合度在0.3629～0.8217,信息多态含量平均为0.5198。由于存在无效等位基因,两个微卫星基因座(GenBank登录号为GQ302651和GQ302658)明显地偏离哈代-温伯格平衡,但没有发现连锁不平衡现象。这说明利用磁珠富集法构建的三角帆蚌微卫星文库质量较好,13对多态性微卫星引物可为三角帆蚌微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、分子标记辅助育种以及经济性状的QTL定位提供帮助。 相似文献
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遗传连锁图谱的构建是实现分子标记辅助育种与数量性状定位的必要手段,为构建龙须菜(Gracilariopsis lemaneiformis)遗传连锁图谱提供多态性分子标记,本实验共采用400对SSR引物和91对RSAP引物对组合,对龙须菜两个F1代配子体作图群体的亲本进行了多态性标记筛选,并对4个亲本间的遗传距离进行了评估.得到的SSR多态性标记在GL-F3/GL-M8间为15个,GL-F6/GL-M9间为8个;多态性RSAP标记在GL-F3/GL-M8间为88个;GL-F6/GL-M9间为93个.分析了基于SSR、RSAP技术的两对亲本间的遗传距离,SSR结果显示GL-F3/GL-M8间遗传距离为0.071 2,GL-F6/GL-M9间的遗传距离为0.043 6;RSAP结果显示GL-F3/GL-M8间遗传距离为0.228 4,GL-F6/GL-M9间的遗传距离为0.253 7.结果表明,在引物组合平均覆盖的位点和引物组合平均产生的多态性方面,RSAP均远高于SSR,在GL-F3/GL-M8间RSAP分别是SSR的4.48与12.13倍,在GL-F6/GL-M9间RSAP分别是SSR的5.81与25.5倍,RSAP标记更适合应用于龙须菜的遗传距离估计和资源的遗传多样性研究.本研究揭示出作图群体亲本间遗传多样性特征,SSR与RSAP分子标记的开发为龙须菜遗传连锁图谱的构建奠定了基础. 相似文献
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利用ISSR分子标记技术检测了长江野生鳡子一代养殖群体的遗传多样性。在77个引物中, 对筛选出条带清晰、稳定的5个引物扩增结果进行统计, 其中二碱基重复序列2个, 三碱基重复序列1个, 四碱基重复序列2个。共得到24个条带, 其中呈多态性的条带15个, 多态性位点比例达62. 5%。遗传多样性指数为0. 2552, Shannon系数为0. 3707。结果表明, 长江野生鳡子一代养殖群体的多态性位点比例和遗传多样性指数都处于中间水平, 而Shannon系数相对偏低, 个体间遗传差异较大。 相似文献
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利用ISSR分子标记技术检测了长江野生鳡子一代养殖群体的遗传多样性.在77个引物中,对筛选出条带清晰、稳定的5个引物扩增结果进行统计,其中二碱基重复序列2个,三碱基重复序列1个,四碱基重复序列2个.共得到24个条带,其中呈多态性的条带15个,多态性位点比例达62.5%.遗传多样件指数为0.2552,Shahnon系数为0.3707.结果表明,长江野生鳡子一代养殖群体的多态性位点比例和遗传多样性指数都处于中间水平,而Shannon系数相对偏低,个体问遗传差异较大. 相似文献
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大黄鱼性别特异SNP标记的开发与验证 总被引：1，自引：1，他引：0
大黄鱼是我国养殖量最大的海水经济鱼类,其雌鱼生长显著快于雄鱼,但两性的外部形态差异不明显,也没有异形性染色体,依靠传统方法无法对其活体准确进行生理性别和遗传性别的判别与鉴定,需要开发性别特异的分子标记。本研究从2尾雌鱼和2尾雄鱼、以及分别由50雌鱼与50尾雄鱼组成的2个混合样品的基因组重测序数据比较中筛选与性别显著关联的SNP位点,对其中11个位点分别设计引物在15尾雌鱼和15尾雄鱼中扩增出PCR产物进行Sanger测序验证,鉴定出1个与性别完全连锁的位点(SNP6,15尾雌鱼均为纯合、15尾雄鱼均为杂合)。然后,设计等位基因特异性PCR引物,其中包括2条雌性与雄性通用引物和1条雄性特异引物,在闽—粤东族与岱衢族大黄鱼合计近2 200个个体中进行扩增,结果在全部雌鱼中都只扩增出1个348 bp的条带,而在全部雄鱼中还扩增出1个194 bp的Y染色体特异条带,检出率达到100%。研究表明,大黄鱼属于XX♀-XY♂类型的性别决定。本研究鉴定出一个雄性特异SNP标记,并建立了一种新的大黄鱼遗传性别鉴定技术,为大黄鱼单性育种、基因组选择育种和性别决定分子机制研究提供了重要的技术手段。 相似文献
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采用RAD测序技术对瓦氏黄颡鱼进行简化基因组测序,利用MISA软件对拼接的数据进行SSR搜索。结果共获得2 275 778条contig序列,共检测到466 983个SSR位点,其中二碱基重复位点最多,有335 095个,占总数的71.8%。随机挑选碱基重复次数较多的微卫星引物25对进行合成,有19对引物通过PCR扩增可以获得目的片段。用长江武汉段30个瓦氏黄颡鱼样本进行多态性验证,其中13个SSR验证为高多态性标记。这些高多态性瓦氏黄颡鱼标记可应用于其群体遗传学、亲子鉴定、分子标记辅助育种等方面的研究。 相似文献
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金钱鱼(Scatophagus argus)是我国东南沿海名优养殖鱼类, 具有 XY 性别决定系统, Dmrt1 是其性别决定候选基因。金钱鱼生长具有性别二态性, 雌鱼生长快于雄鱼。目前缺乏快速鉴定金钱鱼遗传性别的分子标记, 阻碍了其性别控制育种技术的建立。本研究以公布的金钱鱼基因组数据, 在 Dmrt1 附近设计多对标记引物, 并通过 PCR 扩增验证标记的性别特异性。其中, 标记引物 Dmrt1-Marker-4-F/R 在雌鱼中仅扩增出一条 593 bp X 染色体条带, 而在雄鱼中能扩增出 593 bp 和 693 bp 两条条带, 分别来自 X 和 Y 染色体, 表明该标记为共显性标记。利用该标记检测我国南海沿岸 3 个不同地理群体 213 尾金钱鱼的遗传性别与表型性别完全一致。此外, 快速 DNA 提取试剂盒提取的片段较短 DNA 样品也可用于该对标记引物准确鉴定遗传性别。本研究建立了一种快速、准确、经济可靠的金钱鱼遗传性别鉴定方法, 将旨为促进金钱鱼性别控制育种技术的建立, 并为金钱鱼性别决定与分化机制研究提供依据。 相似文献
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以赤眼鳟生理失活精子诱导的雌核发育草鱼F1群体(CC)和与之母本同源的普通草鱼群体(PC)为材料,采用RAPD和SCAR分子标记相结合的技术,在100条RAPD随机引物扩增的16条有效引物中扩增筛选出7条群体差异条带,其中1条为异精雌核发育草鱼群体中特有,其余均表现为异精雌核发育草鱼群体缺失;对7条RAPD特异条带的回收中仅得到S32和S336的特异条带。经回收、克隆、测序后根据序列信息设计了4对SCAR引物,其中S336的2对SCAR引物在两群体间扩增出的条带一致,特异性消失;S32的2对SCAR引物能扩增出两群体间的特异条带;对S32-Scar1F/S32-Scar1R扩增出的SCAR标记S321643进行大样本检测结果表明:该标记在异精雌核发育草鱼群体中的出现频率为0(0/55),在普通草鱼群体中出现频率为76.7%(46/60)。 相似文献